Société, économie et territoires à l’âge du Fer dans le Centre-Est de la France. Analyse des corpus céramiques des habitats du Hallstatt D – La Tène A (viie-ve siècle av. J.-C.)

16 novembre 2012Université de BourgogneDirecteurs de thèse :Jean-Paul Guillaumet, Directeur de recherche HDR, CNRSPhilippe Barral, Ingénieur de recherche HDR, Université de France-Comté, co-encadrantMembres du Jury :Rapporteurs :Anne-Marie Adam, Professeur, université de Strasbourg Cynthia Dunning, Professeur, Comité d’Archéologie SuisseExaminateurs :Jean-Paul Demoule, Professeur, université de Paris IStefan Wirth, Professeur, université de Bourgogne Consultable en ligne sur : http://www.thes..

La céramique protohistorique et antique du grand bâtiment

Le mobilier céramique découvert sur l'ensemble de la fouille du bâtiment à abside fournit un corpus de 18 498 restes (NR) correspondant à 1 648 individus vases (NMI) et à un poids de 143 kg. L'emprise fouillée livre du mobilier archéologique et des structures fossoyées qui témoignent de la succession des occupations humaines du plateau, depuis le Néolithique, au Bronze final, au Hallstatt final, à La Tène finale et enfin à l'Antiquité tardive. Les rares éléments du Néolithique sont retrouvés dans la couche de surface ou en position résiduelle. L'occupation du Bronze final IIIb (fin X e et IX e siècle av. J.-C.) est illustrée par plusieurs dépotoirs domestiques et quelques structures au caractère cultuel. Les vestiges postérieurs correspondent aux fondations du grand bâtiment à abside du Hallstatt final (Ha D2-D3, deuxième moitié VI e et premier quart V e siècle av. J.-C.). Une occupation laténienne est ensuite reconnue par quelques trous de poteaux et des mobiliers résiduels de LT C/D (fin II e et I er siècle av. J.-C.). Enfin, des aménagements de l'Antiquité tardive-Mérovingien (VI e-VII e siècle), sont identifiés par plusieurs fosses et éventuels fonds de cabanes, qui recoupent certaines structures du bâtiment à abside hallstattien

Les procédés de façonnage des potiers gaulois en Cambrésis

Les corpus céramiques des contextes funéraires d’époque gauloise (La Tène C et D) récemment découverts dans le Cambrésis se prêtent à une étude des traces de façonnage et à une reconnaissance des procédés de montages. Ils ont également fourni l’occasion de reconstituer certains gestes techniques dans une démarche d’expérimentation conduite par le potier P.-A. Capt. Cette approche liminaire permet ainsi de considérer les savoir-faire céramiques et leur évolution, soulignant notamment la poursuite de procédés traditionnels, mais aussi l’existence de procédés mixtes originaux utilisant des dispositifs de tournage, alors même que l’usage du montage au tour n’apparaîtra que tardivement avec la romanisation.The ceramics corpuses of the Gallic period in funerary contexts (La Tène C and D) recently discovered in the Cambresis, lend themselves to a study of the remains of shaping and to a recognition of the assembly processes. They also provided the opportunity to reconstruct some technical gestures in an experiment led by potter P.-A. Capt. This introductory approach thus makes it possible to consider the ceramic know how and it's evolution, emphasizing in particular the continuation of traditional processes, but also the existence of original mixed processes using turning devices, even though the use of the lathe assembly will appear only belatedly with romanization.Los corpus cerámicos de los contextos funerarios de la época gala (La Tène C y D) recientemente descubiertos en el Cambrésis se han prestado para un estudio de las huellas de moldeado, así como el reconocimiento de los procedimientos de elaboración. Además, han ofrecido una buena ocasión para reconstituir ciertos gestos técnicos dentro de un proceso de experimentación llevado a cabo por el alfarero Pierre-Alain Capt. Este enfoque preliminar ha permitido tomar en cuenta los conocimientos cerámicos y su evolución, subrayando particularmente la continuación de los procedimientos tradicionales, pero también la existencia de procedimientos mixtos originales, a través del uso de dispositivos de torneado (pese a que la rueda de alfarero no aparecería sino más adelante, con la romanización)

Integrative Identification of Arabidopsis Mitochondrial Proteome and Its Function Exploitation through Protein Interaction Network

Mitochondria are major players on the production of energy, and host several key reactions involved in basic metabolism and biosynthesis of essential molecules. Currently, the majority of nucleus-encoded mitochondrial proteins are unknown even for model plant Arabidopsis. We reported a computational framework for predicting Arabidopsis mitochondrial proteins based on a probabilistic model, called Naive Bayesian Network, which integrates disparate genomic data generated from eight bioinformatics tools, multiple orthologous mappings, protein domain properties and co-expression patterns using 1,027 microarray profiles. Through this approach, we predicted 2,311 candidate mitochondrial proteins with 84.67% accuracy and 2.53% FPR performances. Together with those experimental confirmed proteins, 2,585 mitochondria proteins (named CoreMitoP) were identified, we explored those proteins with unknown functions based on protein-protein interaction network (PIN) and annotated novel functions for 26.65% CoreMitoP proteins. Moreover, we found newly predicted mitochondrial proteins embedded in particular subnetworks of the PIN, mainly functioning in response to diverse environmental stresses, like salt, draught, cold, and wound etc. Candidate mitochondrial proteins involved in those physiological acitivites provide useful targets for further investigation. Assigned functions also provide comprehensive information for Arabidopsis mitochondrial proteome

An original phylogenetic approach identified mitochondrial haplogroup T1a1 as inversely associated with breast cancer risk in BRCA2 mutation carriers

Introduction: Individuals carrying pathogenic mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes have a high lifetime risk of breast cancer. BRCA1 and BRCA2 are involved in DNA double-strand break repair, DNA alterations that can be caused by exposure to reactive oxygen species, a main source of which are mitochondria. Mitochondrial genome variations affect electron transport chain efficiency and reactive oxygen species production. Individuals with different mitochondrial haplogroups differ in their metabolism and sensitivity to oxidative stress. Variability in mitochondrial genetic background can alter reactive oxygen species production, leading to cancer risk. In the present study, we tested the hypothesis that mitochondrial haplogroups modify breast cancer risk in BRCA1/2 mutation carriers. Methods: We genotyped 22,214 (11,421 affected, 10,793 unaffected) mutation carriers belonging to the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2 for 129 mitochondrial polymorphisms using the iCOGS array. Haplogroup inference and association detection were performed using a phylogenetic approach. ALTree was applied to explore the reference mitochondrial evolutionary tree and detect subclades enriched in affected or unaffected individuals. Results: We discovered that subclade T1a1 was depleted in affected BRCA2 mutation carriers compared with the rest of clade T (hazard ratio (HR) = 0.55; 95% confidence interval (CI), 0.34 to 0.88; P = 0.01). Compared with the most frequent haplogroup in the general population (that is, H and T clades), the T1a1 haplogroup has a HR of 0.62 (95% CI, 0.40 to 0.95; P = 0.03). We also identified three potential susceptibility loci, including G13708A/rs28359178, which has demonstrated an inverse association with familial breast cancer risk. Conclusions: This study illustrates how original approaches such as the phylogeny-based method we used can empower classical molecular epidemiological studies aimed at identifying association or risk modification effects.Peer reviewe

Flower proteome: changes in protein spectrum during the advanced stages of rose petal development

Flowering is a unique and highly programmed process, but hardly anything is known about the developmentally regulated proteome changes in petals. Here, we employed proteomic technologies to study petal development in rose ( Rosa hybrida ). Using two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis, we generated stage-specific (closed bud, mature flower and flower at anthesis) petal protein maps with ca. 1,000 unique protein spots. Expression analyses of all resolved protein spots revealed that almost 30% of them were stage-specific, with ca. 90 protein spots for each stage. Most of the proteins exhibited differential expression during petal development, whereas only ca. 6% were constitutively expressed. Eighty-two of the resolved proteins were identified by mass spectrometry and annotated. Classification of the annotated proteins into functional groups revealed energy, cell rescue, unknown function (including novel sequences) and metabolism to be the largest classes, together comprising ca. 90% of all identified proteins. Interestingly, a large number of stress-related proteins were identified in developing petals. Analyses of the expression patterns of annotated proteins and their corresponding RNAs confirmed the importance of proteome characterization.Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/47485/1/425_2005_Article_1512.pd

An original phylogenetic approach identified mitochondrial haplogroup T1a1 as inversely associated with breast cancer risk in BRCA2 mutation carriers

Abstract Introduction Individuals carrying pathogenic mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes have a high lifetime risk of breast cancer. BRCA1 and BRCA2 are involved in DNA double-strand break repair, DNA alterations that can be caused by exposure to reactive oxygen species, a main source of which are mitochondria. Mitochondrial genome variations affect electron transport chain efficiency and reactive oxygen species production. Individuals with different mitochondrial haplogroups differ in their metabolism and sensitivity to oxidative stress. Variability in mitochondrial genetic background can alter reactive oxygen species production, leading to cancer risk. In the present study, we tested the hypothesis that mitochondrial haplogroups modify breast cancer risk in BRCA1/2 mutation carriers. Methods We genotyped 22,214 (11,421 affected, 10,793 unaffected) mutation carriers belonging to the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2 for 129 mitochondrial polymorphisms using the iCOGS array. Haplogroup inference and association detection were performed using a phylogenetic approach. ALTree was applied to explore the reference mitochondrial evolutionary tree and detect subclades enriched in affected or unaffected individuals. Results We discovered that subclade T1a1 was depleted in affected BRCA2 mutation carriers compared with the rest of clade T (hazard ratio (HR) = 0.55; 95% confidence interval (CI), 0.34 to 0.88; P = 0.01). Compared with the most frequent haplogroup in the general population (that is, H and T clades), the T1a1 haplogroup has a HR of 0.62 (95% CI, 0.40 to 0.95; P = 0.03). We also identified three potential susceptibility loci, including G13708A/rs28359178, which has demonstrated an inverse association with familial breast cancer risk. Conclusions This study illustrates how original approaches such as the phylogeny-based method we used can empower classical molecular epidemiological studies aimed at identifying association or risk modification effects

Société, économie et territoires à l’âge du Fer dans le Centre-Est de la France : analyse des corpus céramiques des habitats du Ha D-LT A (VIIe-Ve av. J.-C.)

Im Rahmen dieser Doktorarbeit wird das hallstattzeitliche Keramikgeschirr von der Mitte des VI. bis zum Ende des V. Jahrhunderts im östlichen Zentralfrankreich untersucht (Île-de-France, südliche Champagne, nördliche Bourgogne).Da Keramikbeigaben aus Gräbern weitgehend fehlen, konzentriert sich unsere Untersuchung auf Fundzusammenhänge aus Siedlungen. Dank des konsequenten Zugriffs der Präventivarchäologie hat sich in diesem Bereich in den letzten 30 Jahren die Dokumentation stark vermehrt. In unserer Arbeit wird die Keramik vom Mont Lassois (Vix, dép. Côte-d’Or) vorgelegt ; ihr steht die Siedlungskeramik der im Untersuchungsgebiet ausgewählten Fundstellen gegenüber. Innerhalb eines vorab erstellten Inventars von 414 Fundstellen wurde ein Corpus von 67 Fundstellen ausgewählt. Mehrere Zehntausend Keramikfragmente und etwa 7000 ganze Gefäße werden vorgestellt, ausgewertet und in ihren Kontext eingeordnet. Der zweibändige Katalog, der als Referenzwerk angelegt ist, bietet eine konzise Darstellung der Fundstellen, die Auswertung und die Abbildungstafeln der zugehörigen Keramikfunde. Der Textband vereint die verschiedenen Schritte der zusammenfassenden Auswertung.Im Anschluß an den Untersuchungsrahmen und methodische Überlegungen wird in Kürze die chronokulturelle Untersuchung dargestellt. Eine systematische Beschreibung und typologische Klassifizierung der nicht auf der Drehscheibe hergestellten Keramik und der Drehscheibenkeramik erlaubt eine qualitative und quantitative Durchdringung des Corpus und der einzelnen Fundkomplexe.Die chronologische Untersuchung beruht auf der Herausarbeitung charakteristischer typologischer Fazies und stützt sich auf eine statistische Behandlung mithilfe automatischer Seriation. Sie zeigt die innere Entwicklung der Fundgattung auf und verbessert durch die Definition von fünf aufeinanderfolgenden Zeitstufen die Feinchronologie. Die chronologische Stellung dieser Stufen wird anhand der Zusammenschau mit anderen Indizien untersucht (Trachtschmuck aus Metall u.a., Importkeramik) und die Korrelation mit den Phasen Ha D1, Ha D1/2, Ha D2, Ha D3 und Lt A1 der konventionellen deutschen Chronologie kommentiert.Es bestätigt sich für das östlichen Zentralfrankreich von der Hallstattzeit eine gewisser innerer Zusammenhang. Das Untersuchungsgebiet unterscheidet sich dabei kulturell von den Nachbargebieten, die dem atlantischen Bereich und dem Norden (Bereich Aisne-Marne) nahestehen, aber auch von denen im Südosten und Osten (Rhônegebiet und französischer Alpenraum, französisch-schweizerischer Jura, Moselgebiet). Ein typisches Kennzeichen des Untersuchungsgebietes ist die Verbreitung des Maldekors in der Art des sog. Vixéen. Der Erscheinung regionaler Einflußbereiche wird ebenso nachgegangen wie derjenigen kultureller Randzonen. Gewisse regionale Eigenheiten bestätigen sich verstärkt mit der Frühlatènezeit (LT A). Sie werden insbesondere im Senonengebiet greifbar und kündigen die Territorialstruktur der ausgehenden Eisenzeit an.Auf der Grundlage des hier erarbeiteten chronokulturellen Rahmens wird die wirtschaftliche Seite des Töpferhandwerks betrachtet. Dabei werden die Modalitäten von Produktion, Absatz und Konsum untersucht. Es wird auch auf Aussagekraft der verschiedenen « Service » hinsichtlich sozialer Interpretationen eingegangen. Das nicht scheibengedrehte Tongeschirr findet sich in zahlreichen Lokalproduktionen beschränkter Verbreitung. Es handelt sich um gängige Zweckformen, die den Formtraditionen einer bäuerlich geprägten Gesellschaft entsprechen. Dagegen präsentiert sich das scheibengedrehte Geschirr als innovatives, in hohem Maße spezialisiertes Produkt von geradezu luxuriösem Status. Es erscheint in Ha B2/3 im spezifischen Zusammenhang der « Fürstensitze », namentlich in Vix, und ausschließlich in privilegiertem Kontext.Auf der Grundlage unseres heutigen Wissens zum Siedlungswesen und anhand der Ergebnisse unserer Untersuchung wird unter Berücksichtigung einer Vielzahl von Informationen und Indizien eine Hierarchisierung der Siedlungsformen vorgeschlagen. Sie gibt Anlaß zu weiteren Überlegungen im Hinblick auf die soziale und kulturelle Dynamik der eisenzeitlichen Gesellschaften, bei denen die territoriale Organisation und die geschichtliche Entwicklung der betroffenen keltischen Bevölkerungsgruppen im Vordergrund stehen.This thesis examines pottery dating from the middle of the 6th to the end of the 5th century BC, from Central-Eastern France, an area located between Northern Burgundy and the western confines of the Ile de France region.Confronted by the absence of pottery in well dated funerary contexts, the focus of this study is on settlement contexts, the documentation of which has multiplied in the last 30 years thanks to a systematic approach to archaeology and its professionalization. The pottery assemblages of Vix are of course included in this work and they are compared to assemblages from other regional settlement sites. 67 sites have been selected from a corpus of 414. Tens of thousands of sherds and over 7000 vessels are presented, analyzed and subsequently replaced into context. The catalogue (two volumes) has been developed to be used as a reference tool; it includes documentation on each site, pottery studies and illustrations of the vessels. The volume 1 presents the different stages of this analysis.After the presentation of the study’s framework and methodology, the chrono-cultural analysis uses a pre-determined descriptive system and a typological classification of what is known as the “traditional” hand thrown pottery production and of the “new” productions of wheel thrown pottery. This has led to the elaboration of a quantitative and qualitative examination of the sites and the pottery assemblages. The chronological approach is based on the definition of characteristic assemblage facies using statistical analysis and computerized serialization. This approach highlights a progressive evolution of pottery that can be divided into five phases, thus sequencing pottery for the whole period. The position of each phase is defined by comparison with objects such as jewelry or other metallic objects, imported pottery, etc. in order to correlate them with the Ha D1, Ha D1/2, Ha D2, Ha D3 and LTA1 periods of the conventional German chronology. The variation in pottery typology has brought to the fore the specifics of regional productions from as early as the Hallstatt period. These productions can be distinguished from the Atlantic and Northern (Aisne-Marne domain) cultural entities but also from the North-Alpine zone to the East and South-East. The distribution of the “Vix” painted motifs is emblematic of these productions. The phenomena of local influences and cultural fringes are also studied. Other regional originalities appear more visible during the LTA and are particularly present in the Sénon area announcing the cultural territories of the end of the Middle and Late Iron Age. Using the chrono-cultural framework other aspects of pottery production, diffusion and consumption have been studied and used to determine the hierarchy of certain pottery services. We can consider that hand thrown pottery corresponds to the many local productions defined by their limited diffusion and their standardization for common use, which is intrinsic to a traditional rural society. Wheel-thrown pottery can however be seen as an innovation, a specialized production and a sign of luxury that first appears during the Hallstat D2/3 in aristocratic residences such as Vix.Using the information from settlements and the results of this study, different settlement types have been placed within a hierarchical framework taking into account the plurality of the input and elements is proposed. These different aspects are employed in defining the social and cultural interactions that prevail over the organisation and the historical development of Celtic communities.(traduction Rebecca Peake)Cette recherche doctorale est consacrée à l’étude de la vaisselle céramique des territoires du Centre-Est de la France (Île-de-France, sud de la Champagne et nord de la Bourgogne) pour la période couvrant la fin du premier et le début du second âge du Fer, soit le milieu du VIe jusqu’à la fin du Ve siècle av. J.-C. En l’absence de déposition céramique dans les tombes ou à de rares exceptions, l’étude se focalise sur les contextes d’habitats, dont la documentation s’est multipliée ces 30 dernières années grâce à la systématisation d’une archéologie préventive. Les problématiques de mise en place du référentiel typo-chronologique régional et de l’étude des faciès sont au cœur de ce travail, comme préalable indispensable, à toute étude historique de ces sociétés. L’objectif poursuivi étant de replacer les découvertes archéologiques dans une compréhension de l’évolution des cultures matérielles, d’en analyser les fondements sociaux et économiques ainsi que les identités et territoires culturels. Un inventaire préalable comptabilisant plus de 400 sites permet de dresser un bilan de la documentation archéologique disponible sur ce secteur. Une sélection de 64 sites d’habitats de différents statuts, dont le complexe aristocratique de Vix, permet de réunir un corpus de plusieurs dizaines de milliers de restes céramiques et d’environ 7000 vases. Les productions céramiques indigènes se distinguent en deux grandes catégories ; d’une part une céramique commune de production traditionnelle, non tournée, qui présente pour une part un décor de peinture et/ou barbotine emblématique des faciès régionaux, aussi appelé décor peint vixéen ; d’autre part une production innovante, façonnée au tour et décorée de cannelure, qui apparait au cours de la période. La présentation et l’analyse de chaque corpus sont compilées au sein du catalogue. La première étape de l’analyse synthétique passe par la mise en place des outils de l’analyse : une classification typologique de la céramique est tout d’abord proposée selon des critères techniques et morphologiques, puis les aspects décoratifs sont pris en compte selon une classification technique et stylistique, qui permettent de proposer différents outils typologiques ainsi que des répertoires détaillés des formes et des décors de la vaisselle. À la suite de cette première étape de caractérisation est réalisée l’analyse chronologique, qui se fonde sur la mise en évidence de faciès typologiques caractéristiques, en s’appuyant sur un traitement statistique par sériation automatique des ensembles archéologiques. Une évolution progressive des répertoires selon des renouvellements partiels est mise en évidence et son interprétation permet de proposer une périodisation en cinq étapes. La position chronologique de ces étapes est analysée sur la base du croisement avec d’autres indices mobiliers (parures métalliques, céramiques d’importation…). Elle est évaluée par une correspondance avec le système chronologique conventionnel sur des phases du Hallstatt D1, Hallstatt D1/2, Hallstatt D2, Hallstatt D3 et La Tène A. Le séquençage régional de la période est ainsi affiné et les grandes phases de changement des faciès mobiliers sont soulignées. Un renouvellement important se réalise entre les répertoires des étapes 1 et 2 (Hallstatt D1-Hallstatt D1/2) et ceux des étapes 3 et 4 (Hallstatt D2 et Hallstatt D3). Une forte continuité est mise en valeur entre les faciès des étapes 4 et 5 (Hallstatt D3 et La Tène A) ; ce qui avait jusqu’alors conduit à la confusion de ces phases chronologiques et à l’absence de reconnaissance précise d’une étape du début de La Tène ancienne.D’un point de vue culturel, l’unité générale des répertoires du Centre-Est s’accompagne de tendances locales et régionales pouvant correspondre à des « terroirs », en lien avec des phénomènes de marge et d’influence des régions limitrophes. Certaines limites culturelles se démarquent au regard des spécificités morphologiques et/ou des spécificités décoratives et leur évolution est analysée au cours des étapes chronologiques. L’espace Centre Est se singularise notamment des espaces septentrionaux champenois et picards, caractérisés par un faciès céramique caréné qui connait une influence grandissante au début de La Tène ancienne. Il se distingue aussi de faciès plus atlantiques (Normandie, bassin versant de la Loire) ou de ceux de territoires plus orientaux (jurassiens, lorrains notamment), qui n’attestent pas ou très peu de la présence d’une céramique décorée à la peinture et/ou à la barbotine. Certaines singularités régionales s’affirment davantage à partir de La Tène A, et cela est particulièrement appréhendable pour un espace Sénon qui annonce l’entité territoriale de ce peuple, mentionné dès le IVe siècle av. J.-C.L’économie de l’artisanat céramique ainsi que les valeurs sociales et culturelles des différents « services » céramiques sont enfin analysées au travers des critères techniques de la production ainsi que des aspects de diffusion et de consommation des céramiques. La vaisselle non tournée illustre l’économie d’une société rurale traditionnelle. Elle correspond à des productions locales nombreuses destinées au besoin de la communauté environnante et ne connaissant qu’une diffusion très limitée. La vaisselle façonnée au tour se présente en revanche comme un artisanat de cour et une vaisselle luxueuse, relevant d’une production très spécialisée, initiée au Hallstatt D2/3 dans le contexte spécifique de la résidence aristocratique de Vix et n’apparaissant que dans les contextes privilégiés, pour se « démocratiser » légèrement au début de La Tène ancienne.Sur la base des connaissances réunies sur les sites ainsi que la prise en compte des faciès de consommation de la vaisselle, une hiérarchisation des formes de l’habitat, tenant compte de la pluralité des critères, est enfin proposée. Elle permet d’alimenter les réflexions sur les dynamiques sociales et culturelles des sociétés, prévalant à l’organisation territoriale et au développement historique de ces populations celtiques