A precise DNA bend angle is essential for the function of the phage φ29 transcriptional regulator

Bacteriophage φ29 protein p4 is essential for the regulation of the switch from early to late phage transcription. The protein binds to two regions of the phage genome located between the regulated promoters. Each region contains two inverted repeats separated by 1 bp. We used circular permutation assays to study the topology of the DNA upon binding of the protein and found that p4 induced the same extent of bending independent of the topology of the binding region. In addition, the results revealed that the p4-induced bending is not dependent on the affinity to the binding site but is intrinsic to p4 binding. Independent binding sites were identified through the characterization of the minimal sequence required for p4 binding. The protein has different affinity for each of its binding sites, with those overlapping the A2c and A2b promoter cores (sites 1 and 3), having the highest affinity. The functionality of the p4 binding sites and the contribution of p4-mediated promoter restructuring in transcription regulation is discussed

DNA sequence-specific recognition by a transcriptional regulator requires indirect readout of A-tracts

The bacteriophage Ø29 transcriptional regulator p4 binds to promoters of different intrinsic activities. The p4–DNA complex contains two identical protomers that make similar interactions with the target sequence 5′-AACTTTTT-15 bp-AAAATGTT-3′. To define how the various elements in the target sequence contribute to p4's affinity, we studied p4 binding to a series of mutated binding sites. The binding specificity depends critically on base pairs of the target sequence through both direct as well as indirect readout. There is only one specific contact between a base and an amino acid residue; other contacts take place with the phosphate backbone. Alteration of direct amino acid–base contacts, or mutation of non-contacted A·T base pairs at A-tracts abolished binding. We generated three 5 ns molecular dynamics (MD) simulations to investigate the basis for the p4–DNA complex specificity. Recognition is controlled by the protein and depends on DNA dynamic properties. MD results on protein–DNA contacts and the divergence of p4 affinity to modified binding sites reveal an inherent asymmetry, which is required for p4-specific binding and may be crucial for transcription regulation

Candidate Genes for Eyelid Myoclonia with Absences, Review of the Literature

Eyelid myoclonia with absences (EMA), also known as Jeavons syndrome (JS) is a childhood onset epileptic syndrome with manifestations involving a clinical triad of absence seizures with eyelid myoclonia (EM), photosensitivity (PS), and seizures or electroencephalogram (EEG) paroxysms induced by eye closure. Although a genetic contribution to this syndrome is likely and some genetic alterations have been defined in several cases, the genes responsible for have not been identified. In this review, patients diagnosed with EMA (or EMA-like phenotype) with a genetic diagnosis are summarized. Based on this, four genes could be associated to this syndrome (SYNGAP1, KIA02022/NEXMIF, RORB, and CHD2). Moreover, although there is not enough evidence yet to consider them as candidate for EMA, three more genes present also different alterations in some patients with clinical diagnosis of the disease (SLC2A1, NAA10, and KCNB1). Therefore, a possible relationship of these genes with the disease is discussed in this review

CfDNA Measurement as a Diagnostic Tool for the Detection of Brain Somatic Mutations in Refractory Epilepsy

Epilepsy is a neurological disorder that affects more than 50 million people. Its etiology is unknown in approximately 60% of cases, although the existence of a genetic factor is estimated in about 75% of these individuals. Hundreds of genes involved in epilepsy are known, and their number is increasing progressively, especially with next-generation sequencing techniques. However, there are still many cases in which the results of these molecular studies do not fully explain the phenotype of the patients. Somatic mutations specific to brain tissue could contribute to the phenotypic spectrum of epilepsy. Undetectable in the genomic DNA of blood cells, these alterations can be identified in cell-free DNA (cfDNA). We aim to review the current literature regarding the detection of somatic variants in cfDNA to diagnose refractory epilepsy, highlighting novel research directions and suggesting further studies

Spreadsheet for the simulation of artificial neural networks (ANNs)

La utilización de Redes de Neuronas Artificiales (RNA) en problemas de predicción de series de tiempo, clasificación y reconocimiento de patrones ha aumentado considerablemente en los últimos años. Programas informáticos de matemáticas de propósito general tales como MATLAB, MATHCAD y aplicaciones estadísticas como SPSS y S-PLUS incorporan herramientas que permiten implementar RNAs. A esta oferta de software hay que añadir programas específicos como NeuralWare, EasyNN o Neuron. Desde un punto de vista educativo, el acceso de los estudiantes a estos programas puede ser difícil dado que no están pensadas como herramientas didácticas. Por otro lado, las hojas de cálculo como Excel y Gnumeric incorporan utilidades que permiten implementar RNAs y son de fácil acceso para los estudiantes. El objetivo de este trabajo es proporcionar un pequeño tutorial sobre la utilización de Excel para implementar una RNA que nos permita ajustar los valores de una serie de tiempo correspondiente a actividad cerebral alfa y que permita al alumno entender el funcionamiento de estos dispositivos de cálculo.In recent years, the use of Artificial Neural Networks or ANNs has increased considerably to solve prediction problems in time series, classification and recognition of patterns. General-purpose mathematical programs such as MATLAB, MATHCAD and mathematical and statistical programs such as SPSS and S-PLUS incorporate tools that allow the implementation of ANNs. In addition to these, specific programs such as NeuralWare, EasyNN, or Neuron, complete the software offer using ANNs. From an educational point of view, an aspect that concerns the authors of this work, student access to these programs can be expensive or, in sorne case, unadvisable given the few possibilities they provide as didactic instruments. These programs are usually easy to use but do not facilitate the understanding of the technique used. On the other hand, spreadsheets like Excel or Gnumeric incorporate tools that allow all of the necessary calculations to implement an ANN. These programs are user-friendly to the point that they are used by university laboratories, as well as psychology, economic science, and engineering students, to mention a few. This paper provides a small tutorial on the use of a spreadsheet, specifically Excel, to implement an ANN to adjust the values of a time series corresponding to cerebral alpha activity

Lectura de contexto y abordaje psicosocial desde los enfoques narrativos. Popayán, Medellín, San Vicente del Cagu y Pasto.

Tipo de pregunta Pregunta Justificación Estratégicas 1. ¿Qué fortalezas piensa usted que ha adquirido después de haber vivido dos desplazamientos? La interrogante promueve la importancia de generar espacios de confianza, perseverancia, valor, convicción en el proceso de reinserción que se ha tomado y así poder ganar su propio espacio y permitiendo que las personas representen recursos y den nuevos significados a sus vidas. 2. ¿Cómo podríamos intervenir los profesionales de manera que logremos generar identidad simbólica en las victimas? Su efecto es constrictivo y, fácilmente, el interlocutor expresará oposición 3. ¿En algún momento dentro de la violencia que vivió, se ha puesto a pensar que hubiera pasado si en vez de ayudar a las víctimas hubiera huido hacia otra población para olvidarlo todo? Confrontan a las partes con la realidad en busca de la proyección de sus intereses, logrando adaptar sus responsabilidades y con posibles alternativas de solución. 4. ¿De qué manera puede usted ayudar para que Esta clase de preguntas permiten que las personas confronten su realidad. 8 las personas que han pasado por su misma situación salgan del papel de víctimas? Circular 5. ¿Qué estrategias considera que debe desarrollar el Gobierno de Colombia para evitar futuras o nuevas manifestaciones de conflicto en un escenario de posconflicto? Que reconozca y pueda dimensionar un futuro, si las estrategias o planteamientos del estado no funcionan y pueda identificar, cuáles pueden ser los detonantes que puedan dar inicio a nuevos conflictos. 6. ¿Considera usted que las víctimas de la violencia puedan perdonar a sus victimarios? La influencia de la persona en el ambiente y en otras personas, y del ambiente u otras personas sobre la primera. 7. ¿Cuál cree usted que fue la herramienta más valiosa, la cual le permitió conectarse con la realidad de las víctimas a las que ayudo dentro de su proceso de restauración? Permite lograra la comprensión de los acontecimientos, en donde el resultado se da cuando la víctima se siente comprendida 8. ¿Qué la motiva para que usted haga cambios positivos en su vida y de las personas que la Busca conocer información y establecer vínculos para entender las relaciones con familiares y su entorno en general. 9 rodean? Reflexiva 9. ¿Cómo le gustaría que lo recordaran en su pueblo y en su familia por los cambios positivos que ha obtenido? Promueven a la reflexión de su verdadero empoderamiento de su presente y futuro como re constrictor. 10. ¿Qué tipo de experiencia sería útil para conseguir una reparación efectiva al as víctimas? Permiten también generar por sí misma nuevas percepciones y conductas que faciliten la solución de sus problemas. 11. ¿Considera usted que el haber sufrido la violencia del desplazamiento, le dio la experiencia para lograr ayudar a las demás víctimas del conflicto armado? Se busca que la persona reconozca sus logros y le permita visualizar hasta dónde puede llegar.En el presente documento plasmaremos las actividades como propuestas finales, recopilando los saberes abordados en el trascurrir del mismo y dándoles aplicabilidad con los casos que se nos presentan, de esta manera articulamos el conocimiento de todas las Unidades vistas, llevando sus temáticas a una interacción vincularía en el que hacer psicológico, una apropiación de ese conocimiento en escenarios que aunque se saben que son reales y que no abordamos directamente nos permite desarrollar capacidades y habilidades de la mano de la experiencia que imprime el contexto histórico de nuestro país. Es preciso comprender que nuestras acciones deben enfocarse en la consecución de la reparación del sufrimiento de cada víctima, mediante estrategias con enfoque psicosocial y mediante modelos de intervención integral dentro de los contextos de sufrimiento en donde las víctimas han vivenciado sus experiencias dolorosas, que nos permitan resaltar la capacidad de sobrevivir y de salir adelante ante la adversidad.In the present document we will shape the activities as final proposals, compiling the knowledge addressed in the course of the same and giving them applicability with the cases that are presented to us, in this way we articulate the knowledge of all the Units seen, taking their themes to an interlinked interaction. in which to do psychological, an appropriation of that knowledge in scenarios that although they are known to be real and that we do not directly address, allows us to develop skills and abilities hand in hand with the experience that prints the historical context of our country. It is necessary to understand that our actions should focus on achieving the reparation of the suffering of each victim, through strategies with a psychosocial approach and through comprehensive intervention models within the contexts of suffering where the victims have experienced their painful experiences, allowing us to highlight the ability to survive and get ahead in the face of adversity

Molecular Interactions and Protein-Induced DNA Hairpin in the Transcriptional Control of Bacteriophage Ø29 DNA

Studies on the regulation of phage Ø29 gene expression revealed a new mechanism to accomplish simultaneous activation and repression of transcription leading to orderly gene expression. Two phage-encoded early proteins, p4 and p6, bind synergistically to DNA, modifying the topology of the sequences encompassing early promoters A2c and A2b and late promoter A3 in a hairpin that allows the switch from early to late transcription. Protein p6 is a nucleoid-like protein that binds DNA in a non-sequence specific manner. Protein p4 is a sequence-specific DNA binding protein with multifaceted sequence-readout properties. The protein recognizes the chemical signature of only one DNA base on the inverted repeat of its target sequence through a direct-readout mechanism. In addition, p4 specific binding depends on the recognition of three A-tracts by indirect-readout mechanisms. The biological importance of those three A-tracts resides in their individual properties rather than in the global curvature that they may induce

Recent Region-wide Declines in Caribbean Reef Fish Abundance

Profound ecological changes are occurring on coral reefs throughout the tropics, with marked coral cover losses and concomitant algal increases, particularly in the Caribbean region. Historical declines in the abundance of large Caribbean reef fishes likely reflect centuries of overexploitation. However, effects of drastic recent degradation of reef habitats on reef fish assemblages have yet to be established. By using meta-analysis, we analyzed time series of reef fish density obtained from 48 studies that include 318 reefs across the Caribbean and span the time period 1955–2007. Our analyses show that overall reef fish density has been declining significantly for more than a decade, at rates that are consistent across all subregions of the Caribbean basin (2.7% to 6.0% loss per year) and in three of six trophic groups. Changes in fish density over the past half-century are modest relative to concurrent changes in benthic cover on Caribbean reefs. However, the recent significant decline in overall fish abundance and its consistency across several trophic groups and among both fished and nonfished species indicate that Caribbean fishes have begun to respond negatively to habitat degradation

Wage inequality, segregation by skill and the price of capital in an assignment model

Some pieces of empirical evidence suggest that in the U.S., over the last few decades, (i) wage inequality between-plants has risen much more than wage inequality within-plants and (ii) there has been an increase in the segregation of workers by skill into separate plants. This paper presents a frictionless assignment model in which these two features can be explained simultaneously as the result of the decline in the relative price of capital. Additional implications of the model regarding the skill premium and the dispersion in labor productivity across plants are also consistent with the empirical evidence. [resumen de autor

POR UNA CULTURA DE PAZ: UNA MIRADA DESDE LAS CIENCIAS DE LA CONDUCTA

En
 virtud
 de
 lo
 anterior,
 los
 estudiosos
 de
 las
 ciencias
 de
 la
 conducta
 
de
 la
 Universidad
Autónoma 
del
 Estado 
de 
México,

ante 
la
persistencia
 y 
proliferación
 de
 estos 
hechos
 en
 diversas
 partes
 del
Mundo
 y
 de
 nuestro 
país 
en 
particular, se
 convocó
 a
 los
 estudiosos
 interesados
 y
 a
 la
 sociedad
 en
 general
 a
 presentar
 trabajos
 para
 analizar,
 debatir
 y
 proponer
 estrategias
 de
 acción
 y
 dirección,
 que
 fortalezcan
 una
 convivencia y bienestar con sentido humanista para una cultura de paz. El
 presente
 texto
 es
 producto
 de 
esta convocatoria 
que
 recoge 
los
trabajos 
de 

los
 interesados 
en 
la
 temática,

 de
 diferentes 
países
(España,
Argentina,
Cuba,
Brasil,
Costa
 Rica
 y
 México)
 retomando
 con
 ello
 sus
 experiencias
 relativas
 al
 estudio,
 análisis,
 comprensión
 e
 instrumentación
 de
 la
 cultura
 de
 paz
 en
 los
 distintos
 ámbitos
 institucionales
 en
 los
 que
 participan:
 educativo,
 salud,
 penitenciario,
 social,
laboral,
familia,
alimentario,
psicológico,
por 
mencionar 
algunos.
 El
 presente
 libro,
 propicia
 un
 espacio
 de
 reflexión,
 diálogo
 y
 posicionamiento
 de
 las 
ciencias 
de 
la 
conducta
 para 
la 
apropiación,
análisis,
debate
 y 
propuestas 
que
 fortalezcan 
una
 cultura
 de 
paz
 a
través
 de 
la
 convivencia 
y
 el 
bienestar
 social 
con
 sentido 
humanista.
El
 sistema 
económico
 neoliberal
 y 
el 
proceso
 de 
globalización 
han
 contribuido
al
 logro
 de
 avances
 significativos
 en
 la
 ciencia
 y
 la
 tecnología,
 pero
 también
 han
 propiciado
 la
 polarización
 de
 las
 sociedades
 lo
 que
 ha
 impactado
 de
 manera
 negativa
 a
 la
 sociedad
 en
 su
 conjunto,
 pero
 en
 mayor
 medida
 a
 los grupos
 vulnerables. Dicha
 polarización
 ha
 traído
 consigo
 un
 desarrollo
 desigual
 del
 mundo
 que
 se
 expresa
 de
 diferentes
 maneras
 tanto
 en
 países
 desarrollados
 como
 en
 los
 llamados
 del
 tercer
 mundo,
 en
 donde
 no
 están
 satisfechas
 las
 necesidades
 humanas 
elementales
 de
 todos 
los
sectores 
de 
la 
población,
siempre 
falta 
algo. 
Si 
a
 esto 
le
 sumamos 
los
conflictos
 internacionales por
 diferentes
 motivos
 que
 enfrentan
 algunas
 naciones,
 una
 insuficiente
 cobertura
 educativa
 y
 de
 salud,

 desempleo
 y
 pobreza 
extrema,
 entre 
otras
 cosas; 
estamos
 frente
 a
retos 
de
 gran
 envergadura
 para
 los
 gobiernos,
 para
 los
 estudiosos
 y
 para
 la
 sociedad
 civil
 en
 general. Uno 
de 
los
 intentos
 para
 frenar 
y prevenir 
la
 agudización
 de 
estas 
problemáticas
 es
 la
 cultura 
de 
paz,
cuyo
 estudio
y propuestas 
han 
ido 
avanzando 
en 
diferentes
 sentidos 
y 
de 
manera 
favorable,
el 
tema 
está 
presente 
en 
diferentes 
Organismos
 Internacionales
 como
 la
 ONU,
 la
 UNESCO,
 la
 OCDE,
 El
 Banco
 Mundial,
 entre
 otros.
 Pero
 falta 
mucho 
por 
hacer.Universidad Autónoma del Estado de Méxic