Applying deep learning extreme multi-label classification to the biomedical and multilingual panoramas

Tese de mestrado em Bioinformática e Biologia Computacional, Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2020A indexação automática de documentos é um passo fundamental para a organização de dados e para a extração de informação relevante dos mesmos. Esta extração de informação é realizada através de processos de prospecção de texto e de técnicas de processamento de linguagem natural que tornam a linguagem natural perceptível para o computador. Actualmente, muitas das soluções que são aplicadas a estes processos consistem em soluções de aprendizagem automática. No entanto, tem se assistido a um aumento contínuo da aplicação de soluções de aprendizagem profunda em tarefas de prospecção de texto e de processamento de linguagem natural visto que, graças aos desenvolvimentos contínuos ao longo dos últimos anos, estas soluções têm conseguido obter cada vez melhores resultados. Uma dessas técnicas é a classificação multi-rótulo extrema, uma técnica de processamento de linguagem natural que consiste na indexação de documentos com rótulos pertencentes a um conjunto que pode conter milhares ou mesmo milhões de possíveis rótulos. Este trabalho apresenta um sistema desenvolvido para as ciências biomédicas e para o domínio multilinguístico, através da adaptação de um algoritmo de classificação multi-rótulo extrema usando aprendizagem profunda. O sistema desenvolvido combina ainda um software de reconhecimento de entidades nomeadas com o algoritmo de classificação multi-rótulo extrema de forma a melhorar a atribuição de rótulos aos documentos biomédicos. Para testar o sistema desenvolvido, participei em três competições internacionais com foco na área das ciências biomédicas, nomeadamente na BioASQ task 8a, BioASQ task MESINESP e ainda na subtarefa CODING da competição CANTEMIST. O objectivo comum destas três competições consistia na indexação de documentos biomédicos com rótulos pertencentes a um dado vocabulário biomédico. No entanto, enquanto na task 8a os dados estavam escritos em Inglês, na task MESINESP e na CANTEMIST, os dados biomédicos estavam escritos em Espanhol. Nas competições da BioASQ, o sistema desenvolvido destacou-se sobretudo nas medidas de precisão, superando a grande maioria dos sistemas e ainda alcançando o 1º lugar por duas semanas consecutivas numa das medidas da BioASQ task 8a. Na subtarefa CODING da CANTEMIST, o sistema atingiu uma pontuação de 0.506 na medida mais relevante.Automatic document indexation is a fundamental step for data organization and information retrieval tasks. Information retrieval can be realized through processes of text mining and natural language processing techniques that make natural language understandable to the computer. Nowadays, most solutions that are applied to these processes use machine learning algorithms. However, thanks to continuous developments through recent years, there has been an increasing usage of deep learning solutions applied to text mining and natural language processing tasks, due to the continuous achievement of better results. One of those techniques is extreme multi-label classification, a natural language processing task consisting in the indexation of documents with labels from a label set that may contain thousands or even millions of possible labels. This work presents a system developed for the biomedical and multilingual panoramas based on the adaptation of a deep learning extreme multi-label classification algorithm. The developed system also combines a named entity recognition software with the extreme multi-label classification algorithm in order to improve the label classification of the biomedical documents. To test the developed system, I participated in three international challenges focused on the biomedical sciences, namely in the BioASQ task 8a, BioASQ task MESINESP and in CANTEMIST CODING subtask. The common goal of these three competitions was the indexation of biomedical documents with labels belonging to a specific biomedical vocabulary. However, while the data in task 8a was in English, in task MESINESP and in CANTEMIST the biomedical data was written in Spanish. In the BioASQ competitions, the system stood out in the precision measures, surpassing most competing systems and achieving the 1st place for two consecutive weeks in one evaluation measure in the BioASQ task 8a. In the CANTEMIST CODING subtask, the system achieved a score of 0.506 in the most relevant measure

Mobile router : control plane

Tese de mestrado integrado. Engenharia Electrotécnica e de Computadores (Major de Telecomunicações). Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 200

Transformar o capitalismo com utopias reais: em torno do legado de Erik Olin Wright. Uma introdução

“Transformar o capitalismo com utopias reais” foi o lema que escolhemos para o congresso internacional dedicado a homenagear o sociólogo Erik Olin Wright, quando se cumpria um ano após a sua morte – ocorrida em janeiro de 2019. A formulação que se encontrou para o tema de fundo procurou, por um lado, ser fiel às temáticas que este sociólogo trabalhou ao longo da sua carreira académica e, por outro, suscitar um espaço de reflexão centrado nos principais desafios e perplexidades que a circunsta..

Transformational Leadership and Job Satisfaction: Assessing the Influence of Organizational Contextual Factors and Individual Characteristics

Purpose – In this study we investigate the influence of organizational contextual factors and individual characteristics on the relationship between transformational leadership and job satisfaction. Design/methodology/approach – Quantitative research, with data collected through electronic questionnaires, answered by 166 individuals from different types of organizations, areas of professional training, and gender, subsequently applying sequential regression analyses. Findings – The results indicate that the relationship between transformational leadership and job satisfaction is moderated by the followers’ gender, being stronger for female followers. The relationship is not affected by the followers’ area of professional training, nor by type of organization (public/private). The study also evidenced the importance of taking into account individual affective states in studies of work attitudes. Originality/value – The research examines boundary conditions for the effect of transformational leaders in modern organizations, expanding the knowledge on organizational contextual factors that strengthen their influence on employee attitudes, while also controlling for individual differences

A new chalcone derivative with promising antiproliferative and anti-invasion activities in glioblastoma cells

Glioblastoma (GBM) is the most common and most deadly primary malignant brain tumor. Current therapies are not effective, the average survival of GBM patients after diagnosis being limited to few months. Therefore, the discovery of new treatments for this highly aggressive brain cancer is urgently needed. Chalcones are synthetic and naturally occurring compounds that have been widely investigated as anticancer agents. In this work, three chalcone derivatives were tested regarding their inhibitory activity and selectivity towards GBM cell lines (human and mouse) and a non-cancerous mouse brain cell line. The chalcone 1 showed the most potent and selective cytotoxic effects in the GBM cell lines, being further investigated regarding its ability to reduce critical hallmark features of GBM and to induce apoptosis and cell cycle arrest. This derivative showed to successfully reduce the invasion and proliferation capacity of tumor cells, both key targets for cancer treatment. Moreover, to overcome potential systemic side effects and its poor water solubility, this compound was encapsulated into liposomes. Therapeutic concentrations were incorporated retaining the potent in vitro growth inhibitory effect of the selected compound. In conclusion, our results demonstrated that this new formulation can be a promising starting point for the discovery of new and more effective drug treatments for GBM.This research was funded by FCT to the PhD grant of DM fellowship (PD/BD/143038/2018) and the projects PATH (PD/00169/2013), FROnTHERA (NORTE-01-0145-FEDER-000023), Cells4_IDs (PTDC/BTM-SAL/28882/2017) and the NORTE 2020 Structured Project, co-funded by Norte2020 (NORTE-01-0145-FEDER-000021). This research was also supported by the Strategic Funding UIDB/04423/2020 and UIDP/04423/2020 (Group of Natural Products and Medicinal ChemistryCIIMAR) through national funds provided by the FCT and ERDF, within the framework of the program PT2020. Joana Moreira acknowledges her grant (SFRH/BD/135852/2018)

URNAS FUNERÁRIAS NO LAGO AMANÃ, MÉDIO SOLIMÕES, AMAZONAS: CONTEXTOS, GESTOS E PROCESSOS DE CONSERVAÇÃO

The Lake Amanã, located near the junction of the Japurá and the Solimões rivers, is in a still poorly known archaeological region. However, since 2006, surveys and excavations have been conducted with the support of the Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (IDSM). This pa­per presents preliminary data on the funerary contexts of that region as well as on the potentials of the recovered material. The results obtained from the study of some funerary urns from Bom Jesus do Baré and São Miguel do Cacau indicate unique burial practices. The presence of accompa­nying mortuary furniture inside the vessels, the possibility of being primary burials, the proximity of the urns within the sites, and the vessels’ character­istics suggest a high degree of uniformity during the Caiambé phase, related do the Incised Rim Tradition or Barrancoid Series. Keywords: Funerary urns, Lake Amanã, taphonomy.La région du Lac Amanã, proche de la confluence des fleuves Japurá et Solimões, est encore peu connue archéologiquement. Toutefois, depuis 2006 des prospections et des fouilles ont été menées avec le soutien de l’Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (IDSM). Dans cet article seront présentées quelques données, pré­liminaires, sur les contextes funéraires de la région et le potentiel du matériel retrouvé. Les résultats de l'étude de quelques urnes des sites de Bom Jesus do Baré e São Miguel do Cacau indiquent des pratiques funéraires propres à la région. La présence de maté­riel d'accompagnement dans les urnes, la possibilité d'inhumations primaires,la proximité des vases et leurs caractéristiques, suggèrent un haut degré d'uniformité pendant la Phase Caiambé, la Tradition Bord Incisé ou Barrancoïde. Mots-Clés : Urnes funéraires, Lac Amanã, taphonomie.A região do Lago Amanã, próximo à confluência dos rios Japurá e Solimões é ainda pouco conhecida arqueologicamente. Desde 2006, no entanto, levantamentos e escavações vêm sendo ali realizados com o apoio do Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá (IDSM). Nesse artigo serão apresentados alguns dados, ainda incipientes, sobre os contextos funerários da região e os potenciais do material encontrado. Os resultados obtidos a partir do estudo de algumas urnas funerárias dos sítios Bom Jesus do Baré e São Miguel do Cacau indicam práticas funerárias particulares à região. A presença de material de acompanhamento dentro dos vasos, a possibilidade de enterramentos primários, a proximidades das urnas nos sítios a forma e as características dos vasos, levam a pensar num alto grau de uniformidade durante a fase Caiambé, relacionada à Tradição Borda Incisa ou série Barrancóide. Palavras-Chave: Urnas funerárias, Lago Amanã, tafonomia

Ruptured arteriovenous fistula pseudoaneurysm treatment by balloon‐assisted direct percutaneous thrombin injection

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Cenários de penetração de ônibus com sistema dual-fuel diesel-gás no transporte coletivo do Rio de Janeiro / Penetration scenarios for dual-fuel diesel-gas buses in public transportation in Rio de Janeiro

Este trabalho conduz uma avaliação do uso de sistema dual-fuel diesel-gás no transporte urbano de passageiros por ônibus. Para isso, foram desenvolvidos três cenários de uso de energia e emissões com base na penetração da frota circulante de ônibus adaptados para sistema diesel-gás em uma megacidade de um país emergente. O procedimento considera uma abordagem bottom-up para estimar o consumo energético total e as emissões do ciclo de vida para cada cenário. Como primeiro resultado, tem-se um o rendimento energético local para a nova categoria de ônibus. Adicionalmente, os cenários desenvolvidos apontam para uma redução de até 3% das emissões de CO2e no cenário de 30% de penetração de ônibus dual-fuel na frota circulante e 10,4% no cenário com 100% da frota substituída. Como implicações políticas, evidencia-se uma alternativa estratégica de uso de energia setor. Ademais, o estudo pode subsidiar estimativas de uso de energia do setor com o objetivo de aumentar a segurança energética, altamente dependente do diesel

The Snf2 Homolog Fun30 acts as a homodimeric ATP-dependent chromatin-remodeling enzyme

The Saccharomyces cerevisiae Fun30 (Function unknown now 30) protein shares homology with an extended family of Snf2-related ATPases. Here we report the purification of Fun30 principally as a homodimer with a molecular mass of about 250 kDa. Biochemical characterization of this complex reveals that it has ATPase activity stimulated by both DNA and chromatin. Consistent with this, it also binds to both DNA and chromatin. The Fun30 complex also exhibits activity in ATP-dependent chromatin remodeling assays. Interestingly, its activity in histone dimer exchange is high relative to the ability to reposition nucleosomes. Fun30 also possesses a weakly conserved CUE motif suggesting that it may interact specifically with ubiquitinylated proteins. However, in vitro Fun30 was found to have no specificity in its interaction with ubiquitinylated histones