CDK11 is required for transcription of replication-dependent histone genes

Replication-dependent histones (RDH) are required for packaging of newly synthetized DNA into nucleosomes during the S phase when their expression is highly upregulated. However, the mechanisms of this upregulation in metazoan cells remain poorly understood. Using iCLIP and ChIP–seq, we found that human cyclin-dependent kinase 11 (CDK11) associates with RNA and chromatin of RDH genes primarily in the S phase. Moreover, its amino-terminal region binds FLASH, an RDH-specific 3′-end processing factor, which keeps the kinase on the chromatin. CDK11 phosphorylates serine 2 (Ser2) of the carboxy-terminal domain of RNA polymerase II (RNAPII), which is initiated when RNAPII reaches the middle of RDH genes and is required for further RNAPII elongation and 3′-end processing. CDK11 depletion leads to decreased number of cells in S phase, likely owing to the function of CDK11 in RDH gene expression. Thus, the reliance of RDH expression on CDK11 could explain why CDK11 is essential for the growth of many cancers

Διερεύνηση συστημάτων ιχνηλασιμότητας σε βιομηχανίες πουλερικών

Η παρούσα πτυχιακή διατριβή ασχολείται με την εφαρμογή της διαδικασίας της ιχνηλασιμότητα στις βιομηχανίες παραγωγής τροφίμων και την ενσωμάτωση του συστήματος της σε αυτές. Εστιάζει στις βιομηχανίες παραγωγής νωπού κοτόπουλου και προϊόντων και υπογραμμίζει ότι η εφαρμογή της ιχνηλασιμότητας είναι απαραίτητη. Συγκεκριμένα στο πρώτο μέρος γίνεται αναφορά και περιγραφή κάποιων γενικών στοιχείων που αφορούν τα συστήματα ιχνηλασιμότητας και τονίζεται η ανάγκη εφαρμογής στις βιομηχανίες. Επιπρόσθετα, αναφέρονται κίνδυνοι από την κατανάλωση κοτόπουλων και τυχόν ασθένειες που μπορεί να προκληθούν στον άνθρωπο. Στο δεύτερο μέρος, γίνεται μία ανασκόπηση για την παγκόσμια και επικρατούσα κατάσταση αναφορικά με τα συστήματα ιχνηλασιμότητας (μέλλον, παρόν και αποτυχίες εφαρμογής με προοπτικές). Έπειτα, στο τρίτο μέρος, αναλύεται το σύστημα ιχνηλασιμότητας και ανάκλησης που εφαρμόζεται σε τοπική, σημαντική βιομηχανία εκτροφής, σφαγής και παραγωγής προϊόντων πουλερικών. Η ανάλυση επικεντρώνεται από το σημείο τεμαχισμού μέχρι τη διάθεση των προϊόντων στην αγορά. Τελικώς, στο τέταρτο σκέλος, καταγράφονται προβλήματα στη διαχείριση του υποφαινόμενου συστήματος ιχνηλασιμότητας και δίνονται προτάσεις βελτίωσής του, λαμβάνοντας υπόψη τα όσα ερευνήθηκαν και καταγράφθηκαν στο πρώτο και δεύτερο μέρος της πτυχιακής διατριβής.This project deals with the traceability systems which apply in food industries and describes how important its implementation is. It focuses in poultry production chains and underlines the importance of applying the traceability system in food industries. Particularly, in the first part general clues about traceability are mentioned and why the system is important. Additionally, the risks and human diseases that can be caused by consuming poultry products are listed. In the second part, an overview of the globally and applicable traceability systems are given while the present, future and application failures with prospects are discussed. In the third part, the traceability procedure of a major, local poultry meat producer is described. The description focuses from cutting to the market. The fourth part, deals with problems in managing the underlying traceability system and recommendations for improvement are given, taking into account what has been investigated in the first and second part of the dissertation

Naturally occurring quaternary benzo[c]phenanthridine alkaloids selectively stabilize G quadruplexes

In this work, the interaction of six natural benzo[c]phenanthridine alkaloids (macarpine, sanguilutine, sanguirubine, chelerythrine, sanguinarine and chelirubine) with parallel and antiparallel G-quadruplex DNA structures was studied. HT22 corresponding to the end of human telomere and the modified promoter oncogenes c-kit21 and Pu22 sequences have been used. Spectroscopically-monitored melting experiments and fluorescence titrations, competitive dialysis and nuclear magnetic resonance spectroscopy were used with this purpose. The results showed that these alkaloids stabilized G-quadruplex structures in terms of increments of Tm values (from 15 to 25 oC) with high selectivity over duplexes and unfolded DNA. The mode of binding was mainly by stacking on the terminal G-tetrads with stoichiometries 1:2 (DNA:ligand). The presence of non-specific electrostatics interaction was also observed. Overall, the results pointed to a strong stabilization of G-quadruplex structures by these alkaloids