Microscopic Image Segmentation to Quantification of Leishmania Infection in Macrophages

The determination of infection rate parameter from in vitro macrophages infected by Leishmania amastigotes is fundamental in the study of vaccine candidates and new drugs for the treatment of leishmaniasis. The conventional method that consists in the amastigotes count inside macrophages, normally is done by a trained microscope technician, which is liable to misinterpretation and sampling. The objective of this work is to develop a method for the segmentation of images to enable the automatic calculation of the infection rate by amastigotes. Segmentation is based on mathematical morphology in the context of a computer vision system. The results obtained by computer vision system presents a 95% accuracy in comparison to the conventional method. Therefore, the proposed method can contribute to the speed and accuracy of analysis of infection rate, minimizing errors from the traditional methods, especially in situations where exhaustive repetitions of the procedure are required from the technician.A determinação de parâmetros como taxa de infecção em monocultura de macrófagos cultivados in vitro com Leishmania é fundamental no estudo de candidatos vacinais e novos fármacos para o tratamento de leishmanioses. O método convencional que consiste na contagem de amastigotas no interior de macrófagos, normalmente é realizada por um especialista treinado em microscopia óptica, o que está sujeito a erros de interpretação e amostragem. O objetivo do trabalho é desenvolver um método para a segmentação de imagens como etapa preliminar para o cálculo automático da taxa de infecção por amastigotas. A segmentação é baseada em morfologia matemática no contexto de um sistema de visão computacional. Os resultados obtidos pelo método computacional demonstraram acerto de 95% quando comparados ao método convencional. Conclui-se que a metodologia computacional baseada na segmentação de imagem como pré-requisito para o cálculo de taxa de infecção, pode contribuir para a rapidez e a precisão na obtenção dos resultados e na minimização de erros cometidos no método tradicional, especialmente em situações em que exaustivas repetições do procedimento são exigidas ao observador

Núcleos de Ensino da Unesp: artigos 2007

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

Characterisation of microbial attack on archaeological bone

As part of an EU funded project to investigate the factors influencing bone preservation in the archaeological record, more than 250 bones from 41 archaeological sites in five countries spanning four climatic regions were studied for diagenetic alteration. Sites were selected to cover a range of environmental conditions and archaeological contexts. Microscopic and physical (mercury intrusion porosimetry) analyses of these bones revealed that the majority (68%) had suffered microbial attack. Furthermore, significant differences were found between animal and human bone in both the state of preservation and the type of microbial attack present. These differences in preservation might result from differences in early taphonomy of the bones. © 2003 Elsevier Science Ltd. All rights reserved