Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020

We show the distribution of SARS-CoV-2 genetic clades over time and between countries and outline potential genomic surveillance objectives. We applied three available genomic nomenclature systems for SARS-CoV-2 to all sequence data from the WHO European Region available during the COVID-19 pandemic until 10 July 2020. We highlight the importance of real-time sequencing and data dissemination in a pandemic situation. We provide a comparison of the nomenclatures and lay a foundation for future European genomic surveillance of SARS-CoV-2.Peer reviewe

Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19

Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care1 or hospitalization2,3,4 after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes—including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)—in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease

Estudo da vascularização folicular e do corpo lúteo de éguas cíclicas tratadas com extrato de pituitária equina utilizando ultrassom Doppler colorido

RESUMO Informações sobre a vascularização da parede folicular e do corpo lúteo equino, associadas à superovulação, são escassas. Com o objetivo de avaliar o efeito superovulatório do extrato de pituitária equina (EPE) no fluxo sanguíneo folicular e luteal, foram utilizadas seis éguas Puro Sangue Árabe, em dois ciclos estrais (controle e tratamento). As éguas foram monitoradas diariamente por ultrassonografia modo B, até que os folículos atingissem diâmetro de 23mm (desvio). No ciclo tratamento, as éguas receberam 8mg de EPE, uma vez ao dia, por via IM, até que dois ou mais folículos atingissem o diâmetro entre 32 e 35mm. A ovulação foi induzida com acetato de deslorelina, quando os folículos atingiram, no mínimo, 35mm. No momento do desvio folicular, da indução da ovulação e do último exame pré-ovulatório, foi utilizada a ultrassonografia modo B para medir o diâmetro dos folículos e, no oitavo dia pós-ovulação, para a área do corpo lúteo (CL). Utilizou-se também ultrassonografia com Doppler colorido para avaliar a perfusão sanguínea da parede folicular e do parênquima luteal. No ciclo controle, foi realizado o mesmo procedimento, exceto pelo uso do EPE. Os dados foram submetidos à análise de variância, com nível de significância de 5%. Não foi observado efeito do EPE sobre o número de ovulações, o diâmetro dos folículos, a vascularização da parede folicular e a concentração sérica de estrógeno. Os animais, tratados ou não, apresentaram CLs funcionais, não havendo diferença na área do parênquima ou da vascularização luteal, nem na concentração sérica de progesterona, no oitavo dia após a ovulação. Foi observado que o EPE proporcionou um maior número de folículos subordinados no momento da indução da ovulação do folículo dominante (P ≤ 0,05). Embora esses folículos não tenham chegado a ovular, concluiu-se que o EPE atuou no crescimento de folículos, que podem ser utilizados em outras biotécnicas, como a transferência de oócitos, com maior aproveitamento da reserva folicular de ovários equinos