Holocene demographic fluctuations, climate and erosion in the Mediterranean: A meta data-analysis

As part of the Changing the Face of the Mediterranean Project, we consider how human pressure and concomitant erosion has affected a range of Mediterranean landscapes between the Neolithic and, in some cases, the post-medieval period. Part of this assessment comprises an investigation of relationships among palaeodemographic data, evidence for vegetation change and some consideration of rapid climate change events. The erosion data include recent or hitherto unpublished work from the authors. Where possible, we consider summed probabilities of 14C dates as well as the first published synthesis of all known optically stimulated luminescence dated sequences. The results suggest that while there were some periods when erosion took place contemporaneously across a number of regions, possibly induced by climate changes, more often than not, we see a complex and heterogeneous interplay of demographic and environmental changes that result in a mixed pattern of erosional activity across the Mediterranean

Évaluation du risque sanitaire face au PVY, associé à des infections tardives du plant

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PVY-CANOPY : L'aide du numérique

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La section virologie : le PVY, toujours un sujet phare

National audienceLa variabilité et l'évolution du virus Y de la pomme de terre (PVY) ont concentré une grande part des débats de la 16e rencontre de la section virologie de l'EAPR. Celle-ci s'est déroulée en Slovénie fin mai

Section Virologie EAPR/conférence PVYwide : virus PVY à la loupe

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Caractérisation moléculaire du pouvoir pathogène du virus Y de la pomme de terre (PVY), en relation avec le phénomène de nécrose

Diplôme : Dr. d'UniversiteLe PVY, Potato virus Y. appartenant à la famille des Potyviridae, est le membre-type du genre des Potyvirus. Historiquement, les souches pomme de terre du PVY sont divisées en trois groupes de souches : PVYO, PVYN et PVYC selon leur réaction sur Nicotiana tabacum et Solanum tuberosum. Depuis 1980, deux variants importants du groupe de souches PVYN ont été décrits : le PVYNTN, qui induit la maladie des nécroses annulaires superficielles sur les tubercules de pomme de terre (PTNRD) et le PVYN-W, qui cause des nécroses nervaires typiques sur Nicotiana tabacum, mais se différencie des isolats PVYN par sa non-réaction avec des anticorps monoclonaux anti-PVYN. En raison de l'importance économique croissante de la PTNRD, un programme de recherche a été engagé afin d'apporter de nouvelles connaissances sur le génome du PVY et de tenter d'identifier le ou les gènes viraux impliqués dans le phénomène de nécrose sur les tubercules de pomme de terre ainsi que sur les feuilles de tabac. Dans cette optique, nous avons sélectionné une gamme d'isolats PVY comprenant des isolats PVYN, PVYNTN, PVYN-W et PVYO qui se différencient par leur aptitude à induire des nécroses sur ces deux plantes hôtes. L'ensemble du génome et chaque gène de ces isolats sont soumis à une étude RT-PCR-RFLP afin de localiser une région où les profils de restriction sont corrélés aux propriétés biologiques. Ainsi la comparaison du polymorphisme génétique avec le pouvoir nécrosant des isolats PVY, nous permet de proposer des hypothèses sur la localisation génétique des facteurs de la nécrose. Dans le cadre de la nécrose sur tabac, les résultats obtenus indiquent que la région du génome PVY responsable de ce symptôme serait localisée dans les 4 000 premiers nucléotides. Plus précisément, il semblerait que le facteur assistant de la transmission aphidienne (HC-Pro) soit impliqué, du fait que seuls les isolats nécrosant (PVYN, PVYNTN, PVYN-W) présentent les mêmes profils de restriction au niveau de cette région. Concernant la nécrose sur les tubercules de pomme de terre, la localisation précise du déterminant de la nécrose est plus délicate. Les résultats enregistrés indiquent que les 5 600 derniers nucléotides de l'ARN viral semblent jouer un rôle dans cette maladie. Suite à l'analyse RFLP effectuée sur chaque gène, nous observons que seuls les restrictotypes obtenus au niveau des régions NIa, NIb et CP permettent de différencier les isolats nécrotiques des isolats non-nécrotiques sur tubercule de pomme de terre. Par conséquent, ces régions seraient, seules ou en association, impliquées dans ce phénomène. Ce travail de thèse a également révélé le caractère multi-recombinant du génome des isolats PVYNTN, et dans une moindre mesure pour celui des isolats PVYN-W. Ainsi, la propriété nécrosante des isolats PVYNTN sur les tubercules de pomme de terre pourrait également résulter de la structure mosaïque de leur génome. La succession de séquences de type PVYN et PVYO pourrait être impliquée dans ce phénomène par des interactions spécifiques entre les gènes ou des parties de gènes de nature différente. Pour contrôler ces hypothèse, plusieurs mutations ciblant les gènes susceptibles d'intervenir dans ces phénomènes de nécrose ont été initiées en utilisant un clone infectieux complet de PVY. Ce travail de thèse à également apporté des informations sur l'évolution du PVY en démontrant l'importance des événements de recombinaison au sein des variants PVYNTN et PVYN-W. En conclusion, cette caractérisation génétique a permis d'acquérir une meilleure connaissance du génome du PVY, qui conduira à très court terme à la mise au point d'outils de détection spécifiques des isolats PVY variants

15e rassemblement en Turquie

Le quinzième rassemblement de la section Virologie de l'EAPR s'est tenu en Turquie du 28 au 31 mai. L'occasion d'échanger sur les avancées des différents membres de l'association sur des thématiques ayant trait aux maladies virales touchant la pomme de terre

Détection du virus (PVY) : directement sur tubercules

National audienceLes travaux menés ont permis de définir une nouvelle méthodologie. Elle concilie fiabilité de détection du PVY et rapidité d'obtention des résultats de qualité sanitaire des semences

CARACTERISATION MOLECULAIRE DU POUVOIR PATHOGENE DU VIRUS Y DE LA POMME DE TERRE (PVY), EN RELATION AVEC LE PHENOMENE DE NECROSE

LE PVY, POTATO VIRUS Y. APPARTENANT A LA FAMILLE DES POTYVIRIDAE, EST LE MEMBRE-TYPE DU GENRE DES POLYVIRUS. HISTORIQUEMENT, LES SOUCHES POMME DE TERRE DU PVY SONT DIVISEES EN TROIS GROUPES DE SOUCHES : PVY O, PVY N ET PVY C SELON LEUR REACTION SUR NICOTIANA TABACUM ET SOLANUM TUBEROSUM. DEPUIS 1980, DEUX VARIANTS IMPORTANTS DU GROUPE DE SOUCHES PVY N ONT ETE DECRITS : LE PVY N T N, QUI INDUIT LA MALADIE DES NECROSES ANNULAIRES SUPERFICIELLES SUR LES TUBERCULES DE POMME DE TERRE (PTNRD) ET LE PVY N-W, QUI CAUSE DES NECROSES NERVAIRES TYPIQUES SUR NICOTIANA TABACUM, MAIS SE DIFFERENCIE DES ISOLATS PVY N PAR SA NON-REACTION AVEC DES ANTICORPS MONOCLONAUX ANTI-PVY N. EN RAISON DE L'IMPORTANCE ECONOMIQUE CROISSANTE DE LA PTNRD, UN PROGRAMME DE RECHERCHE A ETE ENGAGE AFIN D'APPORTER DE NOUVELLES CONNAISSANCES SUR LE GENOME DU PVY ET DE TENTER D'IDENTIFIER LE OU LES GENES VIRAUX IMPLIQUES DANS LE PHENOMENE DE NECROSE SUR LES TUBERCULES DE POMME DE TERRE AINSI QUE SUR LES FEUILLES DE TABAC. DANS CETTE OPTIQUE, NOUS AVONS SELECTIONNE UNE GAMME D'ISOLATS PVY COMPRENANT DES ISOLATS PVY N, PVY N T N, PVY N-W ET PVY O QUI SE DIFFERENCIENT PAR LEUR APTITUDE A INDUIRE DES NECROSES SUR CES DEUX PLANTES HOTES. L'ENSEMBLE DU GENOME ET CHAQUE GENE DE CES ISOLATS SONT SOUMIS A UNE ETUDE RT-PCR-RFLP AFIN DE LOCALISER UNE REGION OU LES PROFILS DE RESTRICTION SONT CORRELES AUX PROPRIETES BIOLOGIQUES. AINSI LA COMPARAISON DU POLYMORPHISME GENETIQUE AVEC LE POUVOIR NECROSANT DES ISOLATS PVY, NOUS PERMET DE PROPOSER DES HYPOTHESES SUR LA LOCALISATION GENETIQUE DES FACTEURS DE LA NECROSE. DANS LE CADRE DE LA NECROSE SUR TABAC, LES RESULTATS OBTENUS INDIQUENT QUE LA REGION DU GENOME PVY RESPONSABLE DE CE SYMPTOME SERAIT LOCALISEE DANS LES 4 000 PREMIERS NUCLEOTIDES. PLUS PRECISEMENT, IL SEMBLERAIT QUE LE FACTEUR ASSISTANT DE LA TRANSMISSION APHIDIENNE (HC-PRO) SOIT IMPLIQUE, DU FAIT QUE SEULS LES ISOLATS NECROSANT (PVY N, PVY N T N, PVY N-W) PRESENTENT LES MEMES PROFILS DE RESTRICTION AU NIVEAU DE CETTE REGION. CONCERNANT LA NECROSE SUR LES TUBERCULES DE POMME DE TERRE, LA LOCALISATION PRECISE DU DETERMINANT DE LA NECROSE EST PLUS DELICATE. LES RESULTATS ENREGISTRES INDIQUENT QUE LES 5 600 DERNIERS NUCLEOTIDES DE L'ARN VIRAL SEMBLENT JOUER UN ROLE DANS CETTE MALADIE. SUITE A L'ANALYSE RFLP EFFECTUEE SUR CHAQUE GENE, NOUS OBSERVONS QUE SEULS LES RESTRICTOTYPES OBTENUS AU NIVEAU DES REGIONS NIA, NIB ET CP PERMETTENT DE DIFFERENCIER LES ISOLATS NECROTIQUES DES ISOLATS NON-NECROTIQUES SUR TUBERCULE DE POMME DE TERRE. PAR CONSEQUENT, CES REGIONS SERAIENT, SEULES OU EN ASSOCIATION, IMPLIQUEES DANS CE PHENOMENE. CE TRAVAIL DE THESE A EGALEMENT REVELE LE CARACTERE MULTI-RECOMBINANT DU GENOME DES ISOLATS PVY N T N, ET DANS UNE MOINDRE MESURE POUR CELUI DES ISOLATS PVY N-W. AINSI, LA PROPRIETE NECROSANTE DES ISOLATS PVY N T N SUR LES TUBERCULES DE POMME DE TERRE POURRAIT EGALEMENT RESULTER DE LA STRUCTURE MOSAIQUE DE LEUR GENOME. LA SUCCESSION DE SEQUENCES DE TYPE PVY N ET PVY O POURRAIT ETRE IMPLIQUEE DANS CE PHENOMENE PAR DES INTERACTIONS SPECIFIQUES ENTRE LES GENES OU DES PARTIES DE GENES DE NATURE DIFFERENTE. POUR CONTROLER CES HYPOTHESE, PLUSIEURS MUTATIONS CIBLANT LES GENES SUSCEPTIBLES D'INTERVENIR DANS CES PHENOMENES DE NECROSE ONT ETE INITIEES EN UTILISANT UN CLONE INFECTIEUX COMPLET DE PVY. CE TRAVAIL DE THESE A EGALEMENT APPORTE DES INFORMATIONS SUR L'EVOLUTION DU PVY EN DEMONTRANT L'IMPORTANCE DES EVENEMENTS DE RECOMBINAISON AU SEIN DES VARIANTS PVY N T N ET PVY N-W. EN CONCLUSION, CETTE CARACTERISATION GENETIQUE A PERMIS D'ACQUERIR UNE MEILLEURE CONNAISSANCE DU GENOME DU PVY, QUI CONDUIRA A TRES COURT TERME A LA MISE AU POINT D'OUTILS DE DETECTION SPECIFIQUES DES ISOLATS PVY VARIANTS.RENNES1-BU Sciences Philo (352382102) / SudocSudocFranceF

Detection and characterization of viral species/subspecies using isothermal Recombinase Polymerase Amplification (RPA) assays

BGPI : équipe 6Numerous molecular-based detection protocols include an amplification step of the targeted nucleic acids. This step is important to reach the expected sensitive detection of pathogens in diagnostic procedures. Amplifications of nucleic acid sequences are generally performed, in the presence of appropriate primers, using thermocyclers. However, the time requested to amplify molecular targets and the cost of the thermocycler machines could impair the use of these methods in routine diagnostics. Recombinase polymerase amplification (RPA) technique allows rapid (short-term incubation of sample and primers in an enzymatic mixture) and simple (isothermal) amplification of molecular targets. RPA protocol requires only basic molecular steps such as extraction procedures and agarose gel electrophoresis. Thus, RPA can be considered as an interesting alternative to standard molecular-based diagnostic tools. In this paper, the complete procedures to set up an RPA assay, applied to detection of RNA (Potato virus Y, Potyvirus) and DNA (Wheat dwarf virus, Mastrevirus) viruses, are described. The proposed procedure allows developing species- or subspecies-specific detection assay