Variability in the analysis of a single neuroimaging dataset by many teams

Data analysis workflows in many scientific domains have become increasingly complex and flexible. To assess the impact of this flexibility on functional magnetic resonance imaging (fMRI) results, the same dataset was independently analyzed by 70 teams, testing nine ex-ante hypotheses. The flexibility of analytic approaches is exemplified by the fact that no two teams chose identical workflows to analyze the data. This flexibility resulted in sizeable variation in hypothesis test results, even for teams whose statistical maps were highly correlated at intermediate stages of their analysis pipeline. Variation in reported results was related to several aspects of analysis methodology. Importantly, meta-analytic approaches that aggregated information across teams yielded significant consensus in activated regions across teams. Furthermore, prediction markets of researchers in the field revealed an overestimation of the likelihood of significant findings, even by researchers with direct knowledge of the dataset. Our findings show that analytic flexibility can have substantial effects on scientific conclusions, and demonstrate factors related to variability in fMRI. The results emphasize the importance of validating and sharing complex analysis workflows, and demonstrate the need for multiple analyses of the same data. Potential approaches to mitigate issues related to analytical variability are discussed

Variability in the analysis of a single neuroimaging dataset by many teams

Data analysis workflows in many scientific domains have become increasingly complex and flexible. To assess the impact of this flexibility on functional magnetic resonance imaging (fMRI) results, the same dataset was independently analyzed by 70 teams, testing nine ex-ante hypotheses. The flexibility of analytic approaches is exemplified by the fact that no two teams chose identical workflows to analyze the data. This flexibility resulted in sizeable variation in hypothesis test results, even for teams whose statistical maps were highly correlated at intermediate stages of their analysis pipeline. Variation in reported results was related to several aspects of analysis methodology. Importantly, meta-analytic approaches that aggregated information across teams yielded significant consensus in activated regions across teams. Furthermore, prediction markets of researchers in the field revealed an overestimation of the likelihood of significant findings, even by researchers with direct knowledge of the dataset. Our findings show that analytic flexibility can have substantial effects on scientific conclusions, and demonstrate factors related to variability in fMRI. The results emphasize the importance of validating and sharing complex analysis workflows, and demonstrate the need for multiple analyses of the same data. Potential approaches to mitigate issues related to analytical variability are discussed

Évaluation fine des performances énergétiques des exploitations agricoles par l’utilisation des NTIC

National audienceLes données utiles au calcul d’indicateurs de performances énergétiques des exploitations agricoles à différentes échelles nécessitent une collecte plus fine et un stockage plus important d’informations auxquels seules les avancées technologiques peuvent répondre. Un travail de recensement des solutions technologiques existantes montre que de plus en plus de solutions sont aujourd’hui disponibles, notamment sur les nouveaux agroéquipements, pour fournir un grand nombre de données utiles au calcul de ces indicateurs. Un important travail reste cependant à réaliser pour proposer aux agriculteurs des solutions bas-coûts, faciles à mettre en ½uvre et totalement adaptées à leurs besoins pour faciliter la mesure, la collecte et le stockage des informations de façon automatique et raisonnée. En matière de systèmes d’informations, la technologie des entrepôts de données spatiales fait émerger de nouvelles solutions pour le recueil et l’utilisation décisionnelle des données. Ces technologies permettent d’établir, sur des données collectées et archivées, toutes sortes d’indicateurs résultant d’opérations agrégées en fonction de différents critères (périodes de temps, types de machines ou d’outils, types de travaux, etc.), ainsi que des découvertes de relations causales et de classification de données. Les récentes avancées technologiques (capteurs embarqués, localisation GPS, communication et réseaux sans fil) et le déploiement de systèmes d’acquisition et d’information dans les entreprises agricoles permettent d’envisager aujourd’hui d’accéder en continu à des données de qualité, en quantité suffisante et à une échelle plus fine de gestion. L’intégration de ces solutions technologiques dans l’exploitation agricole contribuera à améliorer les connaissances sur l’évaluation des dépenses énergétiques et le pilotage énergétique par une gestion raisonnée des informations collectées à une échelle plus fine de temps (jour, semaine, mois, année civile, année culturale, cycle de production, etc.), d’espace (parcelle/bâtiment, etc.) et de production (culture/lot d’animaux, chantier, tâche, outil, opérateur, etc.)

Scalable chromatography-based purification of virus-like particle carrier for epitope based influenza A vaccine produced in Escherichia coli.

&lt;p&gt;Virus-like particles (VLPs) are promising molecular structures for the design and construction of novel vaccines, diagnostic tools, and gene therapy vectors. Size, oligomer assembly and repetitiveness of epitopes are optimal features to induce strong immune responses. Several VLP-based vaccines are currently licensed and commercialized, and many vaccine candidates are now under preclinical and clinical studies. In recent years, the development of genetically engineered recombinant VLPs has accelerated the need for new, improved downstream processes. In particular, a rapid low cost purification process has been identified as a remaining key challenge in manufacturing process development. In the present study we set up a size-exclusion chromatography-based, scalable purification protocol for the purification of a VLP-based influenza A vaccine produced in Escherichia coli. Recombinant VLPs derived from the RNA bacteriophage MS2 displaying an epitope from the ectodomain of Matrix 2 protein from influenza A virus were produced and purified. The 3 steps purification protocol uses a recently developed multimodal size-exclusion chromatography medium (Capto™ Core 700) in combination with detergent extraction and size-exclusion polishing to reach a 89% VLP purity with a 19% yield. The combination of this downstream strategy following production in E. coli would be suited for production of VLP-based veterinary vaccines targeting livestock and companion animals where large amounts of doses must be produced at an affordable price.&lt;/p&gt;</p

Effets combinés de l'apport d'acide caproïque et de la concentration en protéines sur l'utilisation de laits artificiels par l'agneau préruminant. 1 - Utilisation digestive des principaux constituants du régime

National audienceLes effets de la nature des lipides (suif-coprah, « SC », ou suif-coprah tricaproïne, « SCT »), de la teneur en protéine (moyenne, « M », c.à.d. 24 p. 100 de la matière sèche, « MS », ou haute, « H », c.à.d. 31 p. 100 de MS) ou de la quantité de tricaproïne utilisée (4,5 ou 11,4 p. 100 de MS) sur l’utilisation digestive de laits de remplacements ont été comparés au cours de 3 essais successifs mettant en jeu 56 agneaux préruminants. La digestibilité a été mesurée à 2 et 5 semaines (essai 1, 16 agneaux limousins), à 1, 2 et 3 semaines (essai 2, 24 agneaux limousins) et à 2 et 4 semaines (essai 3, 16 agneaux Ile-de-France). Dans le cas des laits « SC », la digestibilité de MS, E (énergie) et N (azote) augmente de façon linéaire (P < 0,005) entre la première semaine (CUDa de 95,5, 94,6 et 95,1 p. 100 respectivement) et la troisième semaine (CUDa de 98,0, 97,6 et 97,0 p. 700 respectivement). Pour ce type de laits, la digestibilité des 3 constituants s’accroît avec la teneur en protéines (P < 0,05) chez les animaux les plus jeunes (1 et 2 semaines) de 95,3, 94,2 et 95,0 p. 100 à 96,8, 97,1 et 96,3 p. 100 respectivement pour les laits « SCM » ou « SCH ». Dans le cas des laits « SCT », la digestibilité des 3 constituants n’est pas influencée par l’âge des animaux ou la teneur en protéines des laits ; en comparaison des valeurs observées dans le cas des laits « SC », elle est accrue (P < 0,05) chez les animaux les plus jeunes (1 et 2 semaines) de 96,1, 95,6 et 95,5 p. 100 à 98,4, 98,3 et 97,0 p. 100 respectivement pour MS, E ou N. Dans le cas des laits « SCM » et chez les animaux de 1 semaine, la digestibilité des 3 constituants est corrélée positivement avec le poids de naissance des agneaux (r = 0,70) et inversement avec leur vitesse de croissance dans le cas de MS et de E (r = - 0,86). A tous les autres âges ou pour tous les autres régimes, aucune relation ne relie la digestibilité de MS, E ou N au poids de naissance ou à la vitesse de croissance des animaux

Simultaneous surface display and cargo loading of encapsulin nanocompartments and their use for rational vaccine design.

&lt;p&gt;In the past decades protein nanoparticles have successfully been used for vaccine applications. Their particulate nature and dense repetitive subunit organization makes them perfect carriers for antigen surface display and confers high immunogenicity. Nanoparticles have emerged as excellent candidates for vectorization of biological and immunostimulating molecules. Nanoparticles and biomolecular nanostructures such as ferritins or virus like particles have been used as diagnostic and therapeutic delivery systems, in vaccine development, as nanoreactors, etc. Recently, a new class of bacterial protein compartment has been discovered referred to as encapsulin nanocompartment. These compartments have been used for targeted diagnostics, as therapeutic delivery systems and as nanoreactors. Their biological origin makes them conveniently biocompatible and allows genetic functionalization. The aim of our study was to implement encapsulin nanocompartements for simultaneous epitope surface display and heterologous protein loading for rational vaccine design. For this proof-of-concept-study, we produced Thermotoga maritima encapsulin nanoparticles in E. coli. We demonstrated the ability of simultaneous display in our system by inserting Matrix protein 2 ectodomain (M2e) of influenza A virus at the nanoparticle surface and by packaging of a fluorescent reporter protein (GFP) into the internal cavity. Characterization of the nanoparticles by electronic microscopy confirmed homogenously shaped particles of 24 nm diameter in average. The results further show that engineering of the particle surface improved the loading capacity of the heterologous reporter protein suggesting that surface display may induce a critical elastic deformation resulting in improved stiffness. In Balb/c mice, nanoparticle immunization elicited antibody responses against both the surface epitope and the loaded cargo protein. These results confirm the potential of encapsulin nanocompartments for customized vaccine design and antigen delivery.&lt;/p&gt;</p

Effets combinés de l'apport d'acide caproïque et de la concentration en protéines sur l'utilisation de laits artificiels par l'agneau préruminant. 1 - Utilisation digestive des principaux constituants du régime

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