Evolutionary Pathways to Persistence of Highly Fit and Resistant Hepatitis C Virus Protease Inhibitor Escape Variants

Protease inhibitors (PIs) are important components of treatment regimens for patients with chronic hepatitis C virus (HCV) infection. However, emergence and persistence of antiviral resistance could reduce their efficacy. Thus, defining resistance determinants is highly relevant for efforts to control HCV. Here, we investigated patterns of PI resistance–associated substitutions (RASs) for the major HCV genotypes and viral determinants for persistence of key RASs. We identified protease position 156 as a RAS hotspot for genotype 1‐4, but not 5 and 6, escape variants by resistance profiling using PIs grazoprevir and paritaprevir in infectious cell culture systems. However, except for genotype 3, engineered 156‐RASs were not maintained. For genotypes 1 and 2, persistence of 156‐RASs depended on genome‐wide substitution networks, co‐selected under continued PI treatment and identified by next‐generation sequencing with substitution linkage and haplotype reconstruction. Persistence of A156T for genotype 1 relied on compensatory substitutions increasing replication and assembly. For genotype 2, initial selection of A156V facilitated transition to 156L, persisting without compensatory substitutions. The developed genotype 1, 2, and 3 variants with persistent 156‐RASs had exceptionally high fitness and resistance to grazoprevir, paritaprevir, glecaprevir, and voxilaprevir. A156T dominated in genotype 1 glecaprevir and voxilaprevir escape variants, and pre‐existing A156T facilitated genotype 1 escape from clinically relevant combination treatments with grazoprevir/elbasvir and glecaprevir/pibrentasvir. In genotype 1 infected patients with treatment failure and 156‐RASs, we observed genome‐wide selection of substitutions under treatment. Conclusion : Comprehensive PI resistance profiling for HCV genotypes 1‐6 revealed 156‐RASs as key determinants of high‐level resistance across clinically relevant PIs. We obtained in vitro proof of concept for persistence of highly fit genotype 1‐3 156‐variants, which might pose a threat to clinically relevant combination treatments

What is the easier and more reliable dose calculation for iv Phenytoin in children at risk of developing convulsive status epilepticus, 18 mg/kg or 20 mg/kg?

Background: With the Convulsive Status Guidelines due for renewal, we wondered if a phenytoin dose of ‘20 mg/kg’ would be easier to calculate correctly and therefore safer than the current ‘18 mg/kg’. An educational exercise in dose calculation was therefore undertaken to assess ease of calculation. Method: A standard question paper was prepared, comprising five clinical scenarios with children of varying ages and estimated body weights. Medical students, trainee doctors at registrar and senior house officer level, and consultant paediatricians were asked to complete the exercise, in private, by one of two medical students (SD, PS). Calculations were done with and without a calculator, for 18 mg/kg and for 20 mg/kg in randomised order. Speed and errors (greater than 10%) were determined. The data analysis was performed using SPSS version 18. Results: All answered all 20 scenarios, giving a total of 300 answers per doctor/student group, and 300 answers per type of calculation. When comparing the 2 doses, the numbers of errors more than 10% were significantly less in 20 mg/kg dose (0.33%) as compared to the 18 mg/kg dose (9.3%) (p<0.0001). Speed off calculation was significantly decreased in 20 mg/kg dose when compared with 18 mg/kg dose, with (p<0.001) or without (p<0.0001) the calculator. Speed was more than halved and errors were much less frequent by using a calculator, for the 18 mg/kg dose but no difference with or without the calculator for 20 mg/kg dose. Conclusion: We recommend that the future guidelines should suggest iv Phenytoin at 20 mg/kg rather than 18 mg/kg. This will make the calculation easier and reduce the risk of significant errors

Protocol for the value of urodynamics prior to stress incontinence surgery (VUSIS) study: a multicenter randomized controlled trial to assess the cost effectiveness of urodynamics in women with symptoms of stress urinary incontinence in whom surgical treatment is considered

BACKGROUND: Stress urinary incontinence (SUI) is a common problem. In the Netherlands, yearly 64.000 new patients, of whom 96% are women, consult their general practitioner because of urinary incontinence. Approximately 7500 urodynamic evaluations and approximately 5000 operations for SUI are performed every year. In all major national and international guidelines from both gynaecological and urological scientific societies, it is advised to perform urodynamics prior to invasive treatment for SUI, but neither its effectiveness nor its cost-effectiveness has been assessed in a randomized setting. The Value of Urodynamics prior to Stress Incontinence Surgery (VUSIS) study evaluates the positive and negative effects with regard to outcome, as well as the costs of urodynamics, in women with symptoms of SUI in whom surgical treatment is considered. METHODS/DESIGN: A multicentre diagnostic cohort study will be performed with an embedded randomized controlled trial among women presenting with symptoms of (predominant) SUI. Urinary incontinence has to be demonstrated on clinical examination and/or voiding diary. Physiotherapy must have failed and surgical treatment needs to be under consideration. Patients will be excluded in case of previous incontinence surgery, in case of pelvic organ prolapse more than 1 centimeter beyond the hymen and/or in case of residual bladder volume of more than 150 milliliter on ultrasound or catheterisation. Patients with discordant findings between the diagnosis based on urodynamic investigation and the diagnosis based on their history, clinical examination and/or micturition diary will be randomized to operative therapy or individually tailored therapy based on all available information. Patients will be followed for two years after treatment by their attending urologist or gynaecologist, in combination with the completion of questionnaires. Six hundred female patients will be recruited for registration from approximately twenty-seven hospitals in the Netherlands. We aspect that one hundred and two women with discordant findings will be randomized. The primary outcome of this study is clinical improvement of incontinence as measured with the validated Dutch version of the Urinary Distress Inventory (UDI). Secondary outcomes of this study include costs, cure of incontinence as measured by voiding diary parameters, complications related to the intervention, re-interventions, and generic quality of life changes. TRIAL REGISTRATION: Clinical Trials NCT0081474

Biomarkers for the Discrimination of Acute Kawasaki Disease From Infections in Childhood

Funding Information: We would like to thank all the patients and their relatives as well as the treatment teams for their participation in this study. We also thank Dr. Mischa Keizer for his help in developing the MRP8/14 ELISA. We would like to thank the EUCLIDS Consortium, PERFORM Consortium, and the Genetic Determinants of Kawasaki Disease Study group (UK). Funding. This work was partially supported by the European Seventh Framework Program for Research and Technological Development (FP7) under EUCLIDS grant agreement no. 279185; from the European Union's Horizon 2020 research and innovation program under grant agreement no. 668303; by STINAFO and anonymous donor; and by Sanquin Blood Supply Product and Process Development Cellular Products Fund (PPOC 1957). Publisher Copyright: © Copyright © 2020 Zandstra, van de Geer, Tanck, van Stijn-Bringas Dimitriades, Aarts, Dietz, van Bruggen, Schweintzger, Zenz, Emonts, Zavadska, Pokorn, Usuf, Moll, Schlapbach, Carrol, Paulus, Tsolia, Fink, Yeung, Shimizu, Tremoulet, Galassini, Wright, Martinón-Torres, Herberg, Burns, Levin, Kuijpers, EUCLIDS Consortium, PERFORM Consortium and UK Kawasaki Disease Genetics Study Network. Copyright: Copyright 2020 Elsevier B.V., All rights reserved.Background: Kawasaki disease (KD) is a vasculitis of early childhood mimicking several infectious diseases. Differentiation between KD and infectious diseases is essential as KD's most important complication—the development of coronary artery aneurysms (CAA)—can be largely avoided by timely treatment with intravenous immunoglobulins (IVIG). Currently, KD diagnosis is only based on clinical criteria. The aim of this study was to evaluate whether routine C-reactive protein (CRP) and additional inflammatory parameters myeloid-related protein 8/14 (MRP8/14 or S100A8/9) and human neutrophil-derived elastase (HNE) could distinguish KD from infectious diseases. Methods and Results: The cross-sectional study included KD patients and children with proven infections as well as febrile controls. Patients were recruited between July 2006 and December 2018 in Europe and USA. MRP8/14, CRP, and HNE were assessed for their discriminatory ability by multiple logistic regression analysis with backward selection and receiver operator characteristic (ROC) curves. In the discovery cohort, the combination of MRP8/14+CRP discriminated KD patients (n = 48) from patients with infection (n = 105), with area under the ROC curve (AUC) of 0.88. The HNE values did not improve discrimination. The first validation cohort confirmed the predictive value of MRP8/14+CRP to discriminate acute KD patients (n = 26) from those with infections (n = 150), with an AUC of 0.78. The second validation cohort of acute KD patients (n = 25) and febrile controls (n = 50) showed an AUC of 0.72, which improved to 0.84 when HNE was included. Conclusion: When used in combination, the plasma markers MRP8/14, CRP, and HNE may assist in the discrimination of KD from both proven and suspected infection.publishersversionPeer reviewe

End-user centred infrastructure operation: Towards integrated end-use service delivery

Reliable provision of water, energy and transportation, all supplied through infrastructure, is necessary for the most basic human and economic development to occur. Such development however, is not enabled by specific end-use products (e.g. litres of water, kWh of electricity, litres of diesel and petrol), or by infrastructure itself (i.e. the systems of energy, transport, digital information, water, waste and flood protection assets), but rather through the infrastructure end-use services (e.g. hygiene, thermal comfort, communication, or accessibility). The present form of infrastructure operation consists of supply systems provisioning unconstrained demand of end-use products, with larger consumption volumes corresponding to higher economic revenue. Providing infrastructure capacity to meet unmanaged growing demand is ultimately unsustainable, both in environmental and economic terms. Past research has focused on physical infrastructure assets on the one hand, and sustainable consumption and production on the other, often neglecting infrastructure end-use services. An important priority for sustainable infrastructure operation is therefore to analyse the infrastructure end-use service demands, and the variety of end-users’ wants and behaviours. This paper outlines the key aspects of an end-user and service-centred approach to infrastructure operation. It starts with an overview of relevant research areas and literature. It then describes the infrastructure end-use services provided by different infrastructure streams quantitatively, with the UK domestic sector as an illustration. Subsequently, insights into infrastructure integration at the end-user level are presented. Finally, the infrastructure end-use service perspective is described as a holistic framework for intervention: understanding technological changes in context, acting directly on end-use demand, and including social implications of service-based solutions

The Greek-Danish excavations in Aetolian Chalkis 1997-1998. Second preliminary report.

Τα έτη 1997 και 1998 συνεχίστηκαν οι ανασκαφές στο λόφο της Αγ. Τριάδας στην Κάτω Βασιλική Αιτωλίας (Αρχαία Χαλκίδα), με τη συνεργασία της ΣΤ' Εφορείας Προϊστορικών και Κλασσικών Αρχαιοτήτων Πάτρας και του Iνστιτούτου της Δανίας στην Αθήνα. Στη δεύτερη προκαταρκτική έκθεση παρουσιάζεται το χρονικό των ανασκαφών, μια στατιστική προσέγγιση στα ευρήματα, τα πρώτα αποτελέσματα των γεωλογικών ερευνών στην περιοχή της Αγ. Τριάδας καθώς και τα πρώτα ευρήματα από το νεκροταφείο της αρχαίας πόλης, που ήρθαν στο φως από σωστική ανασκαφή της εφορείας. Στην έκθεση αυτή παρουσιάζονται εηίσης νομίσματα που βρέθηκαν στην ανασκαφή καθώς και η τυπολογία των κεραμίδων που χρησιμοποιήθηκαν στις κατοικίες. Τέλος, δημοσιεύεται αντιπροσωπεuτική κεραμεική της εγκα­τάστασης στη θέση Πάγκαλη, η οποία ανήκει στην Τελική Νεολιθική περίοδο.Η ανασκαφή στο λόφο της Αγ. Τριάδας κατά τα παραπάνω έτη είχε διερευνητικό χαρακτήρα για τον έλεγχο της στρωματογραφίας σε διαφορετικά σημεία του λόφου. Για το λόγο αυτό ορίστηκαν πέντε δοκιμαστικές τομές συνολικού μήκους 140 μέτρων και πλάτους 1 μ. και 2μ., που στην πλειοψηφία τους ερευνήθηκαν έως το φυσικό βράχο. Το βάθος της στωματογραφίας ποικίλει από 0,10 μ. έως 3,75 μ. Επίσης ερευνήθηκαν κατάλοιπα κλασσικών-ελληνιστικών οικιών σε τρεις ακόμα τομές, συνολικής επιφάνειας 60 τμ. Από την έρευνα προέκυψαν 60-70.000 όστρακα, 4.000 κιλά κεραμίδων και 500 περίπου κινητά ευρήματα (αγγεία, νομίσματα, μεταλλικά, πήλινα και λίθινα μικροαντικείμενα).Οι έως τώρα έρευνες στο λόφο της Αγ. Τριάδας επιτρέπουν με σχετική ασφάλεια να κατανοήσουμε την εγκατάσταση στην Αρχαία Χαλκίδα. Είμαστε πλέον βέβαιοι στρωματογραφικά ότι η κατοίκηση στο λόφο ξεκινά από την Τελική Νεολιθική I Πρωτοελλαδική περίοδο. Τα διάφορα ευρήματα από την Εποχή του Χαλκού, τη Γεωμετρική, την Αρχαϊκή και την Κλασσική-Ελληνιστική περίοδο που βρέθηκαν κυρίως σε μεικτά στρώματα, μας οδηγούν στο συμπέρασμα πως το κορυφαίο τμήμα του λόφου κατοικήθηκε για μεγάλα χρονικά διαστήματα. Επιπλέον γνωρίζουμε βασικά στοιχεία του αρχιτεκτονικού σχεδίου του κλασσικού ελληνιστικού οικισμού, ενώ διαπιστώσαμε την παρουσία αδιατάραχτου τμήματος της αρχαϊκής πόλης στη δυτική πλαγιά του λόφου, κοντά στο χώρο όπου οι γεωλογικές έρευνες τοηοθετούν το αρχαίο λιμάνι. Διάφορα πήλινα θραύσματα (σίμες, μετόπες) στοιχειοθετούν την παρουσία ενός ή περισσοτέρων ναών στην κορυφή του λόφου, πιθανώς στο χώρο που καrέλαβε η Παλαιοχριστιανική βασιλική. Η εισηγμένη κεραμεική από rην Αθήνα, την Κόρινθο, την Αχαΐα και την Ηλεία φανερώνει τις σχέσεις και επαφές. ενώ από την μελέτη των νομισμάτων προκύπτουν επαφές με την κεντρική Ελλάδα, την Ακαρνανία και πόλεις του Κορινθιακού Κόλπου.Τα αποτελέσματα των τελευταίων ανασκαφών συνιστούν το πρώτο βήμα στην κατανόηση του χαρακτήρα και της σημασίας της Αρχαίας Χαλκίδας, όχι μόνο στην ευρύτcρη περιοχή της αλλά και σε σχέση με τα άλλα μικρά λιμάνια στην περιοχή του Κορινθιακού και στην έξοδο προς το Iόvιο.

Surveys and excavations in Chalkis, Aetolias, 1995-1996. First preliminary report

Από το έτος 1995 βρίσκεται σε εξέλιξη ένα μεγάλο πρόγραμμα αρχαιολογικών ερευνών και πολιτιστικής ανάδειξης της περιοχής της ΚάτωΒασιλικής στη ΝΑ Αιτωλία, όπου διατηρούντα_ι_ τα ερείπια της αρχαίας πόληςΧαλκίδας, γνωστής και από τις aρχαίες πηγές. Το πρόγραμμα καταρτίστηκε από το Αρχαιολογικό Ινστιτούτο της Δανίας στην Αθήνα και μετά από γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου και σχετική εγκρι τική απόφαση του ΥΠΠΟ, υλοποιείται σε συνεργασία με τη ΣΤ' ΕΠΚΑ Πατρών.Κατά το πρώτο έτος υλοποίησης του προγράμματος, καλοκαίρι του 1995, οργανώθηκε εκτεταμένη επιφανειακή έρευνα στις θέσεις Πάγκαλη και Αγ. Τριάδα όπου είναι ορατές οχυρώσεις της υστεροκλασικής και βυζαντινής περιόδου. Σκοπός της επιφανειακής έρευνας ήταν η αναζήτηση και ο εντοπισμός όλων των ορατών καταλοίπων ανθρώπινης παρέμβασης στο χώρο κατά την αρχαιότητα, προκειμένου να καταγραφούν, σχεδιαστούν και φωτογραφηθούν και να ληφθούν υπόψη κατά την περαιτέρω φάση υλοποίησης του προγράμματος. Τα επόμενα χρόνια 1996-1997, παράλληλα με την επιφανειακή έρευνα στις παραπάνω θέσεις, άρχισε και αρχαιολογική ανασκαφή.Στο κείμενο αυτό παραθέτουμε τα πρώτα αποτελέσματα της έρευνας κατά ταέτη 1995-1996, τα οποία σε γενικές γραμμές είναι:Α' περίοδος 1995: Στη θέση Πάγκαλη η επιφανειακή έρευνα που διενεργήθηκε στην ανατολική πλευρά του όρους Βαράσοβα και ειδικότερα στο χώρο που ορίζουν τα δύο οχυρωματικά τείχη της αρχαίας Χαλκίδας, μεταξύ άλλων απέφερε και όστρακα της νεώτερης νεολιθικής περιόδου. Διαπιστώθηκε επίσης η σύντομη χρονικά χρήση του χώρου κατά την κλασική περίοδο και αποτυπώθηκαν οι ορατές θεμελιώσεις μεγάλων ορθογωνίων κτιρίων. Εξίσου σημαντικά είναι και τα νέα στοιχεία που ήρθαν στο φως από την επιφανειακή έρευνα στο άλλο μέτωπο του προγράμματος, στο λόφο της Αγίας Τριάδας. Η διαχρονική κατοίκηση εδώ από τα υστεροκλασικά έως τα βυζαντινά χρόνια μας ήταν γνωστή τόσο από τα ορατά ερείπια αυτών των περιόδων όσο και από τη συστηματική ανασκαφή που διενήργησε ο καθ. του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων Αθ. Παλιούρας και η οποία αποκάλυψε στηνκορυφή του λόφου παλαιοχριστιανική βασιλική. Από τη δική μας όμως σχολαστική επιφανειακή έρευνα προήλθαν σημαντικά στοιχεία, κυρίως όστρακα, που διαφοροποιούν πλέον το χρονολογικό στίγμα της περιοχής.Ο λόφος της Αγ. Τριάδας, ευρισκόμενος σε ένα στρατηγικό σημείο τηςπεριοχής από το οποίο ελέγχεται η είσοδος και η έξοδος του Κορινθιακού, από τα στοιχεία που περισυλλέξαμε εκεί, φαίνεται ότι, με εξαίρεση τη ρωμαίκή περίοδο, κατοικήθηκε αδιάκοπα από τα ΠΕ μέχρι τα βυζαντινά χρόνια.Β' περίοδος 1996: Στη θέση Πάγκαλη, παράλληλα με τη συνέχιση τηςεπιφανειακής έρευνας, στο χώρο όπου κατά το 1995 είχαν περισυλλεγεί νεολιθικά όστρακα, διενεργήσαμε δοκιμαστική ανασκαφή με τομή διαστάσεων 2 Χ 2 μ. που δεν συνέπεσε μεν με δομικά στοιχεία (τοίχους κτλ.) της περιόδου αυτής, μας απέφερε όμως στρωματογραφικά διάφορες φάσεις κατοίκησης της νεώτερης νεολιθικής.Στο άλλο μέτωπο της έρευνας στο λόφο της Αγ. Τριάδας, αρχίσαμε ανασκαφή κατά συστηματικό τρόπο. Ο υπό έρευνα χώρος ορίστηκε σε μεγάλους τομείς (Α, Β, C, ... F, ... Ζ) από τους οποίους ερευνήθηκαν μικρά τμήματα (F14, F15, F19, F25, G11, S9, βλ. εικ. 15). Η ανασκαφή κάλυψε χώρο που εκτείνεται εντός και εκτός της βυζαντινής οχύρωσης. Τρεις δοκιμαστικές Txl, Τχ2, Τχ3 που διενεργήσαμε μέχρι το φυσικό έδαφος κρίθηκαν αναγκαίες για τον έλεγχο της στρωματογραφίας.Τα αποτελέσματα της πρώτης ανασκαφικής μας παρέμβασης στο λόφο τηςΑγ. Τριάδας είναι κατά την άποψή μας πολύ σημαντικά γιατί, εκτός από τιςθεμελιώσεις του 5ου και 4ου αι. π.Χ. που ήρθαν στο φως, επιβεβαιώθηκεστρωματογραφικά και η μεγάλη περίοδος κατοίκησης στο λόφο.Το κείμενο συνοδεύεται από σχέδια χαρακτηριστικών οστράκων