Infinitely long branches and an informal test of common ancestry

Background: The evidence for universal common ancestry (UCA) is vast and persuasive. A phylogenetic test has been proposed for quantifying its odds against independently originated sequences based on the comparison between one versus several trees. This test was successfully applied to a well-supported homologous sequence alignment, which was however criticized on the basis of simulations showing that alignments without any phylogenetic structure could mislead its conclusions.Results: Here we present a simplified version of this same counterexample, which can be interpreted as a tree with arbitrarily long branches, and where the UCA test fails again. We also present another case whereby any sufficiently similar alignment will favour UCA irrespective of the true independent origins for the sequences. Finally, we present a class of frequentist tests that perform better than the purportedly formal UCA test.Conclusion: Despite claims to the contrary, we show that the counterexamples successfully detected a drawback of the original UCA test, of relying on sequence similarity. In light of our own simulations, we therefore conclude that the UCA test as originally proposed should not be trusted unless convergence has already been ruled out a priori.Reviewers: This article was reviewed by Professor Eugene Koonin, Dr. Yuri I. Wolf and Professor William Martin

Portugal's bailout and the crisis of the European Union from a capability perspective

The global financial crisis revealed the weaknesses of the EU integration process, in general, and of the Eurozone, in particular. The EU institutions responded to the crisis in an inadequate way, in the belief that government debt stabilisation had to be pursued before the economy recovers. This strategy was based on economic forecasting errors, exposing member-states to the speculative behaviour of financial markets, leading to the bailout of countries such as Portugal, and undermining the confidence in the single currency, in the European economy and in the European project itself. We analyse here the crisis of the European Union (EU) in light of the bailout of Portugal, and propose an alternative strategy for Portugal and the EU, drawing upon Amartya Sen's capability approach.info:eu-repo/semantics/acceptedVersio

Transação penal nos crimes militares impróprios cometidos por militares estaduais

The law which established the Minor Criminal Offences Courts in Brazilian legal system aimed to reduce judicial demand, contribute to legal proceedings’ celerity and offer alternative penalties to imprisonment. Therefore, the present research analyses, through a deductive, qualitative and bibliographic method, the applicability of the plea deal as one of the decriminalizing institutes provided by Law no. 9.099/95 to improper military crimes committed by military officers of the states. Before the amendment introduced by article no. 90-A of Law no. 9.839/95, the plea deal was applied by Military Justice. The current study is divided in three chapters. The first one debates general aspects of Law no. 9.099/95 and its decriminalizing institutes which brings an innovative consensual ideal to our legal system with the resulting social benefits of its application. The second one debates the Military Justice and its competence to try proper and improper military crimes. The third chapter focuses on the principles that guide the applicability of the plea deal by Military Justice: equality and human dignity. In addition, hierarchy and discipline principles are also approached as basis to the inapplicability of the mentioned institute and also how the plea deal is being applied by the Military Justice of the State of Paraíba on crimes committed by military officers of the state which may lead to the application of the Law no. 9.099/95 despite the strict prohibition set by article no. 90-A.A Lei dos Juizados Especiais Criminais foi instituída na legislação brasileira com o escopo de reduzir a demanda do judiciário, tornar a justiça mais célere e oferecer uma modalidade punitiva diferente da privativa de liberdade. Sendo assim, a presente monografia foi realizada através de pesquisa com método dedutivo, qualitativo e bibliográfico analisando a aplicabilidade da transação penal, um dos institutos despenalizadores previstos na Lei 9.099/95 diante dos crimes militares impróprios cometidos por militares dos estados. Antes da alteração trazida pela Lei 9839/95 através do artigo 90-A ela era aplicada na justiça castrense. O presente trabalho foi dividido em três capítulos. O primeiro traz uma abordagem geral da Lei 9.099/95, seus institutos despenalizadores com seu modelo consensual inovador em nosso ordenamento jurídico e os consequentes benefícios sociais de sua aplicabilidade. O segundo capítulo aborda a justiça militar e sua competência diante dos crimes militares próprios e impróprios. O terceiro e último capítulo analisa os princípios norteadores da aplicabilidade da transação penal na justiça militar: igualdade e dignidade da pessoa humana. Aborda ainda, os princípios da hierarquia e disciplina como base para inaplicabilidade desse instituto e, como vem sendo aplicada a transação penal na justiça militar do estado da Paraíba diante dos crimes cometidos por militares do estado que dão margem para aplicação da Lei 9.099/95 em detrimento da vedação taxativa do art. 90-A

Taxonomic resolution of the ribosomal RNA operon in bacteria: Implications for its use with long-read sequencing

DNA barcoding through the use of amplified regions of the ribosomal operon, such as the 16S gene, is a routine method to gain an overview of the microbial taxonomic diversity within a sample without the need to isolate and culture the microbes present. However, bacterial cells usually have multiple copies of this ribosomal operon, and choosing the ‘wrong’ copy could provide a misleading species classification. While this presents less of a problem for well-characterized organisms with large sequence databases to interrogate, it is a significant challenge for lesser known organisms with unknown copy number and diversity. Using the entire length of the ribosomal operon, which encompasses the 16S, 23S, 5S and internal transcribed spacer regions, should provide greater taxonomic resolution but has not been well explored. Here, we use publicly available reference genomes and explore the theoretical boundaries when using concatenated genes and the full-length ribosomal operons, which has been made possible by the development and uptake of long-read sequencing technologies. We quantify the issues of both copy choice and operon length in a phylogenetic context to demonstrate that longer regions improve the phylogenetic signal while maintaining taxonomic accuracy

A importância da tecnologia para a participação nas instituições de ensino: o caso da autoavaliação do IFRS / The importance of technology for participation in educational institutions: the case of IFRS self-assessment

A Tecnologia atinge a cada dia novos avanços em diferentes áreas, da produção de bens de consumo à pesca, da comunicação à medicina. E, embora estas tecnologias de ponta estejam com acesso restrito a quem pode pagar por elas, a influência destes avanços atinge a maior parte da sociedade humana (senão toda ela). A tecnologia, portanto, tem papel fundamental independente de seu acesso e, na educação, isto não é diferente. Se mantivermos o protagonismo humano frente aos processos educacionais, a tecnologia pode ser um instrumento de mediação, e contribuir, como nunca antes na história da utilização de artefatos tecnológicos, para a construção das instituições de ensino, e um exemplo salutar é o da autoavaliação, como a que é desenvolvida no IFRS. 

Detection of Masses in Digital Mammograms using K-means and Support Vector Machine

Breast cancer is a serious public health problem in several countries. Computer Aided Detection/Diagnosis systems (CAD/CADx) have been used with relative success aiding health care professionals. The goal of such systems is contribute on the specialist task aiding in the detection of different types of cancer at an early stage. This work presents a methodology for masses detection on digitized mammograms using the K-means algorithm for image segmentation and co-occurrence matrix to describe the texture of segmented structures. Classification of these structures is accomplished through Support Vector Machines, which separate them in two groups, using shape and texture descriptors: masses and non-masses. The methodology obtained 85% of accuracy

A PERPETUAÇÃO DO RACISMO ESTRUTURAL E INSTITUCIONAL POR MEIO DA INVISIBILIZAÇÃO DA PESSOA PRETA E DA SUA HISTÓRIA NOS CENTROS HEGEMÔNICOS DE EXERCÍCIO DOS PODERES DA UNIÃO

Este estudo justifica-se pelo pressuposto da necessidade de ampliar pesquisas que se proponham a investigar a representatividade racial no âmbito da atuação das instituições dos poderes da União, especialmente do Poder Judiciário, e no âmbito da Ordem dos Advogados do Brasil (OAB). Essa realização busca viabilizar a identificação daquelas estratégias que possam reconhecer a complexidade de fatores que convergem para a implementação de ações afirmativas. Notadamente, nos Poderes da União — Legislativo, Judiciário e Executivo —, os espaços ainda são pouco ocupados por negros, o que merece atenção para fortalecer essa participação e torná-la mais efetiva e, consequentemente, desenvolver a desnaturalização da hierarquia racial. Neste texto, vamos tratar de identificar e criticar a existência de racismo estrutural no âmbito dos Poderes da União, contextualizando o racismo estrutural e institucional e seus efeitos na sociedade

HISTOPATHOLOGY ASPECTS AND FIBROSIS EVALUATION OF BOVINE NATURALLY INFECTED LIVERS BY Fasciola hepatica

Fasciolose é uma zoonose que infecta especialmente os ruminantes e os danos ao fígado causado pela infecção crônica pelo parasito são graves. Objetiva-se com este estudo avaliar os achados histopatológicos no fígado de bovinos naturalmente infectados com Fasciola hepatica, bem como propor a classificação de lesão hepática causada por essa doença baseado na inflamação crônica e fibrose. Foram utilizados fragmentos do lobo direito e esquerdo de 100 fígados bovinos com fasciolose. Os fragmentos foram submetidos a processamento histológico e coloração com HE e Tricrômico de Masson. A classificação das lesões foi realizada por meio da atribuição de uma classificação gradual de I a III, de acordo com a intensidade das alterações inflamatórias e fibróticas. As lesões mais prevalentes foram a proliferação do ducto biliar, infiltração de células mononucleares, arteriosclerose e fibrose periportal e periductal. Lesões fibróticas foram mais intensas do que a inflamação e 45% das amostras pertenciam à categoria II, seguido de 39% na categoria I e 16% na categoria III. A proposta de categorização histopatológica da lesão hepática em fasciolose crônica em bovinos naturalmente infectados provou ser um método valioso de avaliação microscópica, uma vez que permite determinar a evolução da doença

O real da existência como realidade fraturada: universos oníricos e sobrenaturalidade em Onde estivestes de noite e Aurélia

Propomos-nos a realizar um percurso comparativo entre as obras Onde estivestes de noite (1999), de Clarice Lispector, e Aurélia (1986), de Gérard de Nerval. Percebendo alinhamentos nas suas construções composicionais, especialmente no que se refere à atuação ativa dos narradores, e, no conteúdo temático, a uma representação que faz uso do onírico e do sobrenatural, propomos uma compreensão que aproxima as obras nesse contexto. Para nossa análise, as obras de teóricos como Todorov e Roas servem para perceber efeitos e construções que se assemelham aos empregados pelo fantástico. No caso das menções a Todorov, também é relevante a importância que Aurélia tem para sua definição do gênero. Defendemos, assim, a hipótese de que a obra de Nerval é uma precursora da de Lispector. DOI: https://doi.org/10.47295/mgren.v8i3.221

Método de seleção de sementes de milho crioulo para pequenos produtores

The selection of seeds with physiological quality is essential for small farmers, who select and save seeds for the next crop. The objective of this work was to evaluate the physiological quality of seeds in three positions on the ear of two varieties landrace maize. The experiment was carried out in the municipality of Bagé, in the year 2020, with seeds from the 2019/2020 harvest at Faculdade IDEAU. Seeds of the Ferrinho and Amarelão varieties were used, in a completely randomized design, with four replications and the treatments were composed by separating the seeds in three positions of the ear: Basal, Intermediate and Apical. Tests for germination, first germination count, seedling length and seedling dry mass were performed. The seeds of the Basal and Intermediate positions present germination between 94 and 98%, higher than the Apical position. The first germination count and the tests of seedling length and dry mass showed a low level of vigor for all treatments. The seeds of the Basal and Intermediate positions of var. of Crioulo Amarelão and Ferrinho corn showed higher viability than the seeds from the apical position of the ear. However, both showed a low level of vigor, indicating that cultivation techniques need to be improved to generate seeds with a high level of vigour.A seleção de sementes com qualidade fisiológica é fundamental para pequenos agricultores, que selecionam e salvam as sementes para a próxima safra. O objetivo do trabalho foi avaliar a qualidade fisiológica de sementes em três posições na espiga, de duas variedades de milho crioulo. O experimento foi realizado no município de Bagé, no ano de 2020, com sementes da safra 2019/2020 na Faculdade IDEAU. Foram utilizadas sementes das variedades Ferrinho e Amarelão, no delineamento inteiramente casualizado, com quatro repetições e os tratamentos foram compostos pela separação das sementes em três posições da espiga: Basal, Intermediária e Apical. Foram realizados os testes de germinação, primeira contagem da germinação, comprimento de plântula e massa seca de plântula. As sementes das posições Basal e Intermediária apresentam germinação entre 94 e 98%, superior a posição Apical. A primeira contagem da germinação e os testes de comprimento e massa seca de plântula mostraram baixo nível de vigor para todos os tratamentos. As sementes das posições Basal e Intermediária das var. de milho Crioulo Amarelão e Ferrinho apresentam maior viabilidade do que as sementes da posição Apical da espiga. Entretanto, ambas apresentaram baixo nível de vigor, indicando que as técnicas de cultivo precisam ser aperfeiçoadas para gerar sementes com alto nível de vigor