Evolución a largo plazo de virus RNA en ambiente biológico constante

Tesis Doctoral inédita leída en la Universidad Autónoma de Madrid, Facultad de Ciencias, Departamento de Biología Molecular. Fecha de lectura: 24-05-2017Los virus RNA replican como distribuciones complejas y dinámicas que son denominadas cuasiespecies víricas. La dinámica de cuasiespecies es consecuencia de las altas tasas de mutación y de las interacciones intrapoblacionales que se establecen entre los componentes de un espectro de mutantes. La dinámica de cuasiespecies puede favorecer los incrementos de eficacia biológica o fitness y es un factor en la emergencia de genomas virales. Sin embargo, hay muchas cuestiones pendientes para el entendimiento general de las cuasiespecies. El principal objetivo de esta Tesis Doctoral es examinar algunas de estas cuestiones utilizando dos virus RNA que replican durante largo tiempo en un ambiente constante proporcionado por células en cultivo. Durante los pases sucesivos en tiempo prolongado del virus de la fiebre aftosa (FMDV) en células de riñón de hámster (BHK-21) el virus acumuló múltiples mutaciones puntuales y dio lugar a la segmentación de su genoma. Estos genomas fueron infecciosos por complementación y causaban muerte celular. En la presente Tesis Doctoral mostramos que las mutaciones puntuales localizadas en la región codificante de las proteínas no estructurales (P2, P3) incrementaron el fitness relativo de la versión segmentada. Por tanto, la acumulación de mutaciones puntuales fue esencial para permitir la dominancia del genoma segmentado. La complementación involucró a varias proteínas, una de ellas la proteína L. Nuestro estudio reveló que existían eventos a distancia durante el procesamiento de la poliproteína. Durante los pases sucesivos en tiempo prolongado del virus de la hepatitis C (HCV) en células de hepatoma humano, el virus se adaptó a las células, lo cual se probó por el aumento en la producción de progenie. La tasa de acumulación de mutaciones en la secuencia consenso y el análisis del espectro de mutantes revelaron una compleja dinámica de olas mutacionales que se incrementaba a partir del pase 100. Además, el virus mostró varios cambios fenotípicos: aumento de la muerte celular, resistencia parcial a inhibidores, cambio hacia una mayor densidad de la partícula y mayor inhibición de la síntesis de proteínas celulares. Fluctuaciones en la producción de progenie y la falta de equilibrio poblacional a nivel genómico sugieren inestabilidades internas. Mecanismos posibles para el desequilibrio poblacional serán analizados a la luz de la teoría de cuasiespecies.RNA viruses replicate as complex and dynamic mutant distributions that are termed viral quasispecies. Quasispecies dynamics is a consequence of high mutation rates and of the intrapopulation interactions that are established among components of a mutant spectrum. Quasispecies dynamic can favor viral fitness increases and eventually is a factor in the emergence of viral genomes. However, there are several pendent questions on the general understanding of viral quasispecies and disease features of viral pathogens. The main aim of this PhD thesis is to examine some of these issues using long-term replication of two RNA viruses in a non-coevolving environment provided by cells in culture. During long-term passages of Foot-and-mouth disease virus in baby hamster kidney-21 cells, the virus accumulated multiple point mutations and underwent a transition to genome segmentation. The standard single RNA genome molecule was replaced by genomes harboring internal in-frame deletions. These genomes were infectious and killed cells by complementation. In this PhD thesis, we show that the point mutations in the nonstructural protein-coding region (P2, P3) increased the relative fitness of the segmented version relative to the standard genome. Thus, the accumulation of point mutations was essential to permit dominance of the segmented genome. The complementation between the twogenome segments involved several viral proteins, one of them being the leader proteinase L. The study of complementation revealed distance effects on polyprotein processing events. During long-term passages of Hepatitis C virus in human hepatoma cells, the virus adapted to the cells, as evidenced by increase in progeny production. The rate of accumulation of mutations in the genomic consensus sequence and mutant spectrum analyses revealed a complex dynamics of mutational waves which was increased beyond passage 100. The virus underwent several phenotypic changes some of which affected the virus-host relationship, such as enhanced cell killing, partial resistance to several viral inhibitors, shift towards higher virion density, and increased shut-off of host cell protein synthesis. Fluctuations in progeny production and failure to reach population equilibrium at the genomic level suggest internal instabilities. Possible mechanisms for population disequilibrium are analyzed in the light of quasispecies theory

Using Moodle as a Platform for Educational Research: An Application to Computer Learner Corpora

En este artículo describimos la infraestructura y protocolos que hemos desarrollado para utilizar el gestor de aprendizaje Moodle como plataforma de apoyo a la investigación, en este caso para la creación de un corpus de aprendices de lenguas extranjeras, cuya finalidad es el estudio del conocimiento que los estudiantes universitarios tienen de la lengua inglesa. Ponemos el énfasis en la metodología empleada, más que en la aplicación específica a los córpora de aprendices de lenguas, ya que pensamos que puede ser aplicada a cualquier otro ámbito de investigación educativa que requiera de un proceso de recogida de datos controlado.This paper describes the infrastructure and protocols that we have developed in order to use the Moodle Learning Management System as a platform for research support, specifically for the creation of a Computer Learner Corpus, whose aim is to study the English language skills of university students. The emphasis is on the methodology itself, rather than its specific application to Learner Corpora studies, since we believe that it can be applied to any other topic in educational research that requires a controlled data collection process

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Resumen tomado de la publicaciónSe describe la infraestructura y protocolos que se han desarrollado para utilizar el gestor de aprendizaje Moodle como plataforma de apoyo a la investigación, en este caso para la creación de un corpus de aprendices de lenguas extranjeras, cuya finalidad es el estudio del conocimiento que los estudiantes universitarios tienen de la lengua inglesa. Se pone el énfasis en la metodología empleada, más que en la aplicación específica a los córpora de aprendices de lenguas, ya que se piensa que puede ser aplicada a cualquier otro ámbito de investigación educativa que requiera de un proceso de recogida de datos controlado.ES

“Crecemos en democracia” un proyecto de aprendizaje y difusión con los archivos

“Crecemos en democracia” es una actividad didáctica transversal que ha conseguido unir a tres instituciones distintas: la Universidad de Alicante, Archivo Histórico Provincial de Alicante (AHPA) y el Colegio Público San Gabriel de esta misma ciudad. Asimismo esta transversalidad se ha visto incrementada porque dentro de la citada institución universitaria dos son los centros que intervienen en ella: la Facultad de Educación y la Facultad de Filosofía y Letras a un doble nivel: participación de profesorado y de alumnado de prácticas externas del Grado de Historia. El objetivo primordial ha sido generar un “aprendizaje en dominó” desde los docentes universitarios a nuestros estudiantes de grado; y éstos a su vez, a través de la asignatura de prácticas externas o prácticas de empresa destinados en el AHPA, han aprendido a aplicar los conocimientos adquiridos, generando recursos educativos destinados a la enseñanza de la Historia para el alumnado del tercer ciclo de Educación Primaria. Así pues, desde la docencia universitaria hemos generado un vínculo con los centros de Educación Primaria para el aprendizaje y el desarrollo de competencias vinculadas a la Historia y la Educación para la Ciudadanía, a partir de los medios materiales y documentales con los que cuentan los archivos. Tomando como hilo conductor algunos hitos electorales a lo largo de la Historia de España, se dan a conocer los mecanismos de funcionamiento de nuestra sociedad democrática, y al mismo tiempo mostrar el papel que en ella desempeñan las administraciones públicas, en este caso los archivos públicos, en la defensa y desarrollo de los derechos así como en la garantía de los servicios que ofrecen a los ciudadanos

Evaluación científica de la eficacia del nuevo método cognitivo-constructivista de iniciación al aprendizaje de nuevas lenguas. Implantación y difusión de resultados

El objetivo general del proyecto es evaluar, corregir, implantar y difundir un modelo de espacio autoformativo virtual dedicado al aprendizaje de nuevas lenguas. En concreto este modelo se ha implementado en dos espacios formativos para dos lenguas diferentes: latín y alemán. Dichos espacios están localizados en: - Curso de iniciación al aprendizaje de latín: https://cv4.ucm.es/moodle/course/view.php?id=115039 - Curso de iniciación al aprendizaje de alemán: https://cv4.ucm.es/moodle/course/view.php?id=115038 Ambos cursos tienen como soporte sendos diccionarios didácticos digitales desde los que también son accesibles los cursos: - Diccionario Didáctico Digital de latín: http://repositorios.fdi.ucm.es/DiccionarioDidacticoLatin - Diccionario Didáctico Digital de alemán: http://repositorios.fdi.ucm.es/DiccionarioDidacticoAlema

Effect of viral storm in patients admitted to intensive care units with severe COVID-19 in Spain: a multicentre, prospective, cohort study

Background: The contribution of the virus to the pathogenesis of severe COVID-19 is still unclear. We aimed to evaluate associations between viral RNA load in plasma and host response, complications, and deaths in critically ill patients with COVID-19. Methods: We did a prospective cohort study across 23 hospitals in Spain. We included patients aged 18 years or older with laboratory-confirmed SARS-CoV-2 infection who were admitted to an intensive care unit between March 16, 2020, and Feb 27, 2021. RNA of the SARS-CoV-2 nucleocapsid region 1 (N1) was quantified in plasma samples collected from patients in the first 48 h following admission, using digital PCR. Patients were grouped on the basis of N1 quantity: VIR-N1-Zero ([removed]2747 N1 copies per mL). The primary outcome was all-cause death within 90 days after admission. We evaluated odds ratios (ORs) for the primary outcome between groups using a logistic regression analysis. Findings: 1068 patients met the inclusion criteria, of whom 117 had insufficient plasma samples and 115 had key information missing. 836 patients were included in the analysis, of whom 403 (48%) were in the VIR-N1-Low group, 283 (34%) were in the VIR-N1-Storm group, and 150 (18%) were in the VIR-N1-Zero group. Overall, patients in the VIR-N1-Storm group had the most severe disease: 266 (94%) of 283 patients received invasive mechanical ventilation (IMV), 116 (41%) developed acute kidney injury, 180 (65%) had secondary infections, and 148 (52%) died within 90 days. Patients in the VIR-N1-Zero group had the least severe disease: 81 (54%) of 150 received IMV, 34 (23%) developed acute kidney injury, 47 (32%) had secondary infections, and 26 (17%) died within 90 days (OR for death 0·30, 95% CI 0·16–0·55; p<0·0001, compared with the VIR-N1-Storm group). 106 (26%) of 403 patients in the VIR-N1-Low group died within 90 days (OR for death 0·39, 95% CI 0·26–0·57; p[removed]11 página

Measurement of the top quark forward-backward production asymmetry and the anomalous chromoelectric and chromomagnetic moments in pp collisions at √s = 13 TeV

Abstract The parton-level top quark (t) forward-backward asymmetry and the anomalous chromoelectric (d̂ t) and chromomagnetic (μ̂ t) moments have been measured using LHC pp collisions at a center-of-mass energy of 13 TeV, collected in the CMS detector in a data sample corresponding to an integrated luminosity of 35.9 fb−1. The linearized variable AFB(1) is used to approximate the asymmetry. Candidate t t ¯ events decaying to a muon or electron and jets in final states with low and high Lorentz boosts are selected and reconstructed using a fit of the kinematic distributions of the decay products to those expected for t t ¯ final states. The values found for the parameters are AFB(1)=0.048−0.087+0.095(stat)−0.029+0.020(syst),μ̂t=−0.024−0.009+0.013(stat)−0.011+0.016(syst), and a limit is placed on the magnitude of | d̂ t| &lt; 0.03 at 95% confidence level. [Figure not available: see fulltext.

Calibration of the CMS hadron calorimeters using proton-proton collision data at root s=13 TeV

Methods are presented for calibrating the hadron calorimeter system of theCMSetector at the LHC. The hadron calorimeters of the CMS experiment are sampling calorimeters of brass and scintillator, and are in the form of one central detector and two endcaps. These calorimeters cover pseudorapidities vertical bar eta vertical bar ee data. The energy scale of the outer calorimeters has been determined with test beam data and is confirmed through data with high transverse momentum jets. In this paper, we present the details of the calibration methods and accuracy.Peer reviewe

Measurement of the Jet Mass Distribution and Top Quark Mass in Hadronic Decays of Boosted Top Quarks in pp Collisions at root s=13 TeV

A measurement is reported of the jet mass distribution in hadronic decays of boosted top quarks produced in pp collisions at root s = 13 TeV. The data were collected with the CMS detector at the LHC and correspond to an integrated luminosity of 35.9 fb(-1). The measurement is performed in the lepton + jets channel of t (t) over bar events, where the lepton is an electron or muon. The products of the hadronic top quark decay t -> bW -> bq (q) over bar' are reconstructed as a single jet with transverse momentum larger than 400 GeV. The t (t) over bar cross section as a function of the jet mass is unfolded at the particle level and used to extract a value of the top quark mass of 172.6 +/- 2.5 GeV. A novel jet reconstruction technique is used for the first time at the LHC, which improves the precision by a factor of 3 relative to an earlier measurement. This highlights the potential of measurements using boosted top quarks, where the new technique will enable future precision measurements.Peer reviewe