SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity are associated with genetic variants affecting gene expression in a variety of tissues

Variability in SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity between individuals is partly due to genetic factors. Here, we identify 4 genomic loci with suggestive associations for SARS-CoV-2 susceptibility and 19 for COVID-19 disease severity. Four of these 23 loci likely have an ethnicity-specific component. Genome-wide association study (GWAS) signals in 11 loci colocalize with expression quantitative trait loci (eQTLs) associated with the expression of 20 genes in 62 tissues/cell types (range: 1:43 tissues/gene), including lung, brain, heart, muscle, and skin as well as the digestive system and immune system. We perform genetic fine mapping to compute 99% credible SNP sets, which identify 10 GWAS loci that have eight or fewer SNPs in the credible set, including three loci with one single likely causal SNP. Our study suggests that the diverse symptoms and disease severity of COVID-19 observed between individuals is associated with variants across the genome, affecting gene expression levels in a wide variety of tissue types

A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19

peer reviewe

Villes connectées : détection du risque biologique

International audienceLa sécurité dans les villes est un enjeu majeur dans les pays européens. Le projet IMPETUS vise à développer une plateforme numérique pour améliorer la gestion des évènements.Parmi les outils disponibles, il apparait des manques pour la sécurisation. Un outil pour détecter une attaque biologique est proposé. Il fonctionne en continu et analyse de manière régulière la concentration en bactéries dans l’air. Il permet d’alerter lorsqu’une concentration mesurée présente une valeur supérieure à un seuil. Suite à cette alerte, une phase d’identification de l’organisme sera entreprise. Les campagnes d’essais réalisées dans 3 villes ont permis de montrer une différence entre le contenu microbien de l’air dans des salles vides, des salles avec des activités classiques et des salles avec une simulation d’attaque biologique

Villes connectées : détection du risque biologique

International audienceLa sécurité dans les villes est un enjeu majeur dans les pays européens. Le projet IMPETUS vise à développer une plateforme numérique pour améliorer la gestion des évènements.Parmi les outils disponibles, il apparait des manques pour la sécurisation. Un outil pour détecter une attaque biologique est proposé. Il fonctionne en continu et analyse de manière régulière la concentration en bactéries dans l’air. Il permet d’alerter lorsqu’une concentration mesurée présente une valeur supérieure à un seuil. Suite à cette alerte, une phase d’identification de l’organisme sera entreprise. Les campagnes d’essais réalisées dans 3 villes ont permis de montrer une différence entre le contenu microbien de l’air dans des salles vides, des salles avec des activités classiques et des salles avec une simulation d’attaque biologique

Villes connectées : détection du risque biologique

International audienceLa sécurité dans les villes est un enjeu majeur dans les pays européens. Le projet IMPETUS vise à développer une plateforme numérique pour améliorer la gestion des évènements.Parmi les outils disponibles, il apparait des manques pour la sécurisation. Un outil pour détecter une attaque biologique est proposé. Il fonctionne en continu et analyse de manière régulière la concentration en bactéries dans l’air. Il permet d’alerter lorsqu’une concentration mesurée présente une valeur supérieure à un seuil. Suite à cette alerte, une phase d’identification de l’organisme sera entreprise. Les campagnes d’essais réalisées dans 3 villes ont permis de montrer une différence entre le contenu microbien de l’air dans des salles vides, des salles avec des activités classiques et des salles avec une simulation d’attaque biologique

The risk of COVID-19 death is much greater and age dependent with type I IFN autoantibodies

International audienceSignificance There is growing evidence that preexisting autoantibodies neutralizing type I interferons (IFNs) are strong determinants of life-threatening COVID-19 pneumonia. It is important to estimate their quantitative impact on COVID-19 mortality upon SARS-CoV-2 infection, by age and sex, as both the prevalence of these autoantibodies and the risk of COVID-19 death increase with age and are higher in men. Using an unvaccinated sample of 1,261 deceased patients and 34,159 individuals from the general population, we found that autoantibodies against type I IFNs strongly increased the SARS-CoV-2 infection fatality rate at all ages, in both men and women. Autoantibodies against type I IFNs are strong and common predictors of life-threatening COVID-19. Testing for these autoantibodies should be considered in the general population

The risk of COVID-19 death is much greater and age dependent with type I IFN autoantibodies

International audienceSignificance There is growing evidence that preexisting autoantibodies neutralizing type I interferons (IFNs) are strong determinants of life-threatening COVID-19 pneumonia. It is important to estimate their quantitative impact on COVID-19 mortality upon SARS-CoV-2 infection, by age and sex, as both the prevalence of these autoantibodies and the risk of COVID-19 death increase with age and are higher in men. Using an unvaccinated sample of 1,261 deceased patients and 34,159 individuals from the general population, we found that autoantibodies against type I IFNs strongly increased the SARS-CoV-2 infection fatality rate at all ages, in both men and women. Autoantibodies against type I IFNs are strong and common predictors of life-threatening COVID-19. Testing for these autoantibodies should be considered in the general population

COVID-19 Host Genetics Initiative. A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19

The COVID-19 pandemic continues to pose a major public health threat, especially in countries with low vaccination rates. To better understand the biological underpinnings of SARS-CoV-2 infection and COVID-19 severity, we formed the COVID-19 Host Genetics Initiative1. Here we present a genome-wide association study meta-analysis of up to 125,584 cases and over 2.5 million control individuals across 60 studies from 25 countries, adding 11 genome-wide significant loci compared with those previously identified2. Genes at new loci, including SFTPD, MUC5B and ACE2, reveal compelling insights regarding disease susceptibility and severity.</p