En modell för att beräkna jordpackningens effekter på grödornas avkastning

Vid avdelningen för jordbearbetning har utarbetats en empirisk modell för att beräkna skördesänkningar orsakade av jordpackning, och värdet av olika motåtgärder. Modellen är baserad på resultat i fältförsök, huvudsakligen utförda i Sverige, och beräkningarna gäller i första hand odlingssystem med årlig plöjning. Modellen är datoriserad och avsedd för rådgivning på gårdsnivå, och beräkningarna avser fyra typer av packningsskador: 1. Effekter av återpackning efter plöjning. Det antas att en viss återpackning (rätt "packningsgrad") krävs efter plöjning krävs för att ge maximal skörd. På basis av körspårens fördelning, maskinernas vikt, marktryck och fuktighet vid körtillfället beräknas packningsgraden för olika delytor. Packningsgradens fördelning ligger i sin tur till grund för en beräkning av skörden. 2. Strukturskador i matjorden som finns kvar efter plöjning. Beräkning av skördeförlusten baseras på körintensiteten i antal tonkm (maskinernas vikt gånger körsträckan på fältet), lerhalten, marktrycket och markfuktigheten vid körtillfället. Effekterna kan kvarstå i fem år, och den totala förlusten anges i procent av en årsskörd. 3. Skador av packning i alven. Beräkningarna liknar de för del 2, men bara maskiner med hög axelbelastning beaktas och skadorna antas bli mera bestående. Förlusten antas vara oberoende av jordarten. 4. Effekter av körning i vall. Beräkningarna liknar de för del 1. Förlusten skattas från körspårens fördelning på fältet, med hänsyn bl.a. till vallens ålder och fuktigheten vid körtillfället

Harvsådd i konventionella och plöjningsfria bearbetningssystem

I en serie med långliggande försök jämfördes två storruteled (plöjning till 25 cm djup respektive stubbearbetning till 13 cm djup) och två småruteled (konventionell såbäddsberedning och sådd respektive harv sådd) för att testa om en reducering av antalet överfarter minskar de negativa effekter av packning av centrala matjorden som förknippas med plöjningsfri odling. Skörden bestämdes varje år på alla platserna. En undersökning av jordens fysikaliska och kemiska egenskaper samt rotfördelning genomfördes 1991 på en av de fyra försöksplatserna. - Bearbetningsdjup, aggregatstorleksfördelning och vattenhalt i såbädden och i såbäddens botten var liknande i de olika leden medan såbäddens botten var jämnare i det oplöjda ledet. Det påverkade ej grödans uppkomst, som var liknande mellan leden. - Andelen porer > 100 µm, porkontinuitet, mättad vattengenomsläpplighet och luftgenomsläpplighet påverkades positivt av plöjningsfri odling jämfört med konventionell bearbetning. - Skrymdensitet, packningsgrad och penetrometermotstånd var liknande i bearbetningssystemen i nivån 0-13 cm, men signifikant högre i oplöjda led i nivån 13-25 cm, där rotdensiteten var signifikant lägre. - Kalium och kol var koncentrerade till de övre 13 cm i oplöjda rutor, medan fosfor och pH ej påverkades av bearbetningssystemen. - Harvsådd gav 2 % högre skörd än konventionell såbäddsberedning och verkar vara ett gott alternativ till konventionell såbäddsberedning, men andra metoder för att reducera packningen av jorden, som till exempel däck med extremt låga tryck, bör testas

A case-only study to identify genetic modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 mutation carriers.

Breast cancer (BC) risk for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers varies by genetic and familial factors. About 50 common variants have been shown to modify BC risk for mutation carriers. All but three, were identified in general population studies. Other mutation carrier-specific susceptibility variants may exist but studies of mutation carriers have so far been underpowered. We conduct a novel case-only genome-wide association study comparing genotype frequencies between 60,212 general population BC cases and 13,007 cases with BRCA1 or BRCA2 mutations. We identify robust novel associations for 2 variants with BC for BRCA1 and 3 for BRCA2 mutation carriers, P < 10-8, at 5 loci, which are not associated with risk in the general population. They include rs60882887 at 11p11.2 where MADD, SP11 and EIF1, genes previously implicated in BC biology, are predicted as potential targets. These findings will contribute towards customising BC polygenic risk scores for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers

Identification of 12 new susceptibility loci for different histotypes of epithelial ovarian cancer.

To identify common alleles associated with different histotypes of epithelial ovarian cancer (EOC), we pooled data from multiple genome-wide genotyping projects totaling 25,509 EOC cases and 40,941 controls. We identified nine new susceptibility loci for different EOC histotypes: six for serous EOC histotypes (3q28, 4q32.3, 8q21.11, 10q24.33, 18q11.2 and 22q12.1), two for mucinous EOC (3q22.3 and 9q31.1) and one for endometrioid EOC (5q12.3). We then performed meta-analysis on the results for high-grade serous ovarian cancer with the results from analysis of 31,448 BRCA1 and BRCA2 mutation carriers, including 3,887 mutation carriers with EOC. This identified three additional susceptibility loci at 2q13, 8q24.1 and 12q24.31. Integrated analyses of genes and regulatory biofeatures at each locus predicted candidate susceptibility genes, including OBFC1, a new candidate susceptibility gene for low-grade and borderline serous EOC

Author Correction: A case-only study to identify genetic modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 mutation carriers.

A Correction to this paper has been published: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23162-4

A case-only study to identify genetic modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 mutation carriers

Abstract: Breast cancer (BC) risk for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers varies by genetic and familial factors. About 50 common variants have been shown to modify BC risk for mutation carriers. All but three, were identified in general population studies. Other mutation carrier-specific susceptibility variants may exist but studies of mutation carriers have so far been underpowered. We conduct a novel case-only genome-wide association study comparing genotype frequencies between 60,212 general population BC cases and 13,007 cases with BRCA1 or BRCA2 mutations. We identify robust novel associations for 2 variants with BC for BRCA1 and 3 for BRCA2 mutation carriers, P < 10−8, at 5 loci, which are not associated with risk in the general population. They include rs60882887 at 11p11.2 where MADD, SP11 and EIF1, genes previously implicated in BC biology, are predicted as potential targets. These findings will contribute towards customising BC polygenic risk scores for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers

Polygenic Risk Modelling for Prediction of Epithelial Ovarian Cancer Risk

Funder: Funding details are provided in the Supplementary MaterialAbstractPolygenic risk scores (PRS) for epithelial ovarian cancer (EOC) have the potential to improve risk stratification. Joint estimation of Single Nucleotide Polymorphism (SNP) effects in models could improve predictive performance over standard approaches of PRS construction. Here, we implemented computationally-efficient, penalized, logistic regression models (lasso, elastic net, stepwise) to individual level genotype data and a Bayesian framework with continuous shrinkage, “select and shrink for summary statistics” (S4), to summary level data for epithelial non-mucinous ovarian cancer risk prediction. We developed the models in a dataset consisting of 23,564 non-mucinous EOC cases and 40,138 controls participating in the Ovarian Cancer Association Consortium (OCAC) and validated the best models in three populations of different ancestries: prospective data from 198,101 women of European ancestry; 7,669 women of East Asian ancestry; 1,072 women of African ancestry, and in 18,915 BRCA1 and 12,337 BRCA2 pathogenic variant carriers of European ancestry. In the external validation data, the model with the strongest association for non-mucinous EOC risk derived from the OCAC model development data was the S4 model (27,240 SNPs) with odds ratios (OR) of 1.38(95%CI:1.28–1.48,AUC:0.588) per unit standard deviation, in women of European ancestry; 1.14(95%CI:1.08–1.19,AUC:0.538) in women of East Asian ancestry; 1.38(95%CI:1.21-1.58,AUC:0.593) in women of African ancestry; hazard ratios of 1.37(95%CI:1.30–1.44,AUC:0.592) in BRCA1 pathogenic variant carriers and 1.51(95%CI:1.36-1.67,AUC:0.624) in BRCA2 pathogenic variant carriers. Incorporation of the S4 PRS in risk prediction models for ovarian cancer may have clinical utility in ovarian cancer prevention programs.</jats:p

A case-only study to identify genetic modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 mutation carriers

Breast cancer (BC) risk for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers varies by genetic and familial factors. About 50 common variants have been shown to modify BC risk for mutation carriers. All but three, were identified in general population studies. Other mutation carrier-specific susceptibility variants may exist but studies of mutation carriers have so far been underpowered. We conduct a novel case-only genome-wide association study comparing genotype frequencies between 60,212 general population BC cases and 13,007 cases with BRCA1 or BRCA2 mutations. We identify robust novel associations for 2 variants with BC for BRCA1 and 3 for BRCA2 mutation carriers, P < 10−8, at 5 loci, which are not associated with risk in the general population. They include rs60882887 at 11p11.2 where MADD, SP11 and EIF1, genes previously implicated in BC biology, are predicted as potential targets. These findings will contribute towards customising BC polygenic risk scores for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers