129 research outputs found
Characterization of human Sec16B: indications of specialized, non-redundant functions
- Author
- A Budnik
- AK Townley
- AT Hammond
- CA Kaiser
- D Bhattacharyya
- D Bhattacharyya
- DA Shaywitz
- DJ Stephens
- DJ Stephens
- F Supek
- G Palade
- GE Morris
- H Hughes
- H Hughes
- JR Whittle
- JT Weissman
- K Witte
- KJ Palmer
- L Orci
- L Trinkle-Mulcahy
- M Yamaguchi
- M Yamaguchi
- M Yamaguchi
- MP Mayer
- MS Fliss
- NC Leksa
- P Espenshade
- P Novick
- P Watson
- P Watson
- PL Connerly
- R Forster
- RE Gimeno
- SI Bannykh
- T Iinuma
- TG Chappell
- V Ivan
- V Ivan
- V Lallemand-Breitenbach
- Publication venue
- Nature Publishing Group
- Publication date
- 01/01/2011
- Field of study
The endoplasmic reticulum (ER) represents the entry point into the secretory pathway and from here newly synthesized proteins and lipids are delivered to the Golgi. The selective cargo export from the ER is mediated by COPII-assembly at specific sites of the ER, the so-called transitional ER (tER). The peripheral membrane protein Sec16, first identified in yeast, localizes to transitional ER and plays a key role in organization of these sites. Sec16 defines the tER and is thought to act as a scaffold for the COPII coat assembly. In humans two isoforms of Sec16 are present, the larger Sec16A and the smaller Sec16B. Nevertheless, the functional differences between the two isoforms are ill-defined. Here we describe characterization of the localization and dynamics of Sec16B relative to Sec16A, provide evidence that Sec16B is likely a minor or perhaps specialized form of Sec16, and that it is not functionally redundant with Sec16A
Alu distribution and mutation types of cancer genes
- Author
- A Tsirigos
- A Viel
- Andrea Edwards
- B Dennis
- D Grover
- D Sellis
- D Srikanta
- DW Huang
- E Teugels
- EM Kvikstad
- G Abrusan
- G Casella
- G Franke
- GE Novick
- H van der Klift
- J Jurka
- J Jurka
- J Jurka
- J O'Neil
- J Wang
- JE Stenger
- JR Korenberg
- K Debacker
- K Zhang
- Kun Zhang
- L Lin
- MA Batzer
- MP Strout
- MW McCoy
- N Gilbert
- N Sela
- N. J. D. NAGELKERKE
- P Medstrand
- PA Callinan
- PA Futreal
- PL Deininger
- Prescott Deininger
- RJ Hu
- S Myers
- S Schwartz
- S Volinia
- S Yang
- SJ Baker
- SK Sen
- SK Sen
- SY Hsieh
- TA Morrish
- TJ Gu
- V Ricci
- VP Belancio
- Wei Fan
- Wensheng Zhang
- Y Benjamini
- Publication venue
- BioMed Central
- Publication date
- 01/01/2011
- Field of study
Background: Alu elements are the most abundant retrotransposable elements comprising ~11% of the human genome. Many studies have highlighted the role that Alu elements have in genetic instability and how their contribution to the assortment of mutagenic events can lead to cancer. As of yet, little has been done to quantitatively assess the association between Alu distribution and genes that are causally implicated in oncogenesis.Results: We have investigated the effect of various Alu densities on the mutation type based classifications of cancer genes. In order to establish the direct relationship between Alus and the cancer genes of interest, genome wide Alu-related densities were measured using genes rather than the sliding windows of fixed length as the units. Several novel genomic features, such as the density of the adjacent Alu pairs and the number of Alu-Exon-Alu triplets, were developed in order to extend the investigation via the multivariate statistical analysis toward more advanced biological insight. In addition, we characterized the genome-wide intron Alu distribution with a mixture model that distinguished genes containing Alu elements from those with no Alus, and evaluated the gene-level effect of the 5\u27-TTAAAA motif associated with Alu insertion sites using a two-step regression analysis method.Conclusions: The study resulted in several novel findings worthy of further investigation. They include: (1) Recessive cancer genes (tumor suppressor genes) are enriched with Alu elements (p \u3c 0.01) compared to dominant cancer genes (oncogenes) and the entire set of genes in the human genome; (2) Alu-related genomic features can be used to cluster cancer genes into biological meaningful groups; (3) The retention of exon Alus has been restricted in the human genome development, and an upper limit to the chromosome-level exon Alu densities is suggested by the distribution profile; (4) For the genes with at least one intron Alu repeat in individual chromosomes, the intron Alu densities can be well fitted by a Gamma distribution; (5) The effect of the 5\u27-TTAAAA motif on Alu densities varies across different chromosomes
An orally available, small-molecule interferon inhibits viral replication
- Author
- A Farnsworth
- AD Kwong
- C Hézode
- D Ge
- D Lavanchy
- D Novick
- D Platis
- DF Mercer
- DL Thomas
- DP Webster
- E Pattyn
- F Poordad
- G Lutfalla
- G Uze
- GR Stark
- H Hemmi
- H Hemmi
- H Sakamoto
- HM Chen
- IM Jacobson
- J Czepiel
- JD Mosca
- JG McHutchison
- JJ Ghislain
- JU Gutterman
- K Hoshino
- K Inoue
- K Shuai
- L Velazquez
- M Lewerenz
- M Sarasin-Filipowicz
- M Yamamoto
- MG Ghany
- MJ de Veer
- MO Diaz
- NM Kneteman
- NM Kneteman
- S Dash
- S Gupta
- S Leung
- S Pestka
- S Zeuzem
- SD Der
- ST Perry
- T Kawai
- T Takeuchi
- T Wakita
- V Lohmann
- V Suppiah
- X Li
- Y Tanaka
- Publication venue
- Nature Publishing Group
- Publication date
- 27/09/2016
- Field of study
Most acute hepatitis C virus (HCV) infections become chronic and some progress to liver cirrhosis or hepatocellular carcinoma. Standard therapy involves an interferon (IFN)-α-based regimen, and efficacy of therapy has been significantly improved by the development of protease inhibitors. However, several issues remain concerning the injectable form and the side effects of IFN. Here, we report an orally available, small-molecule type I IFN receptor agonist that directly transduces the IFN signal cascade and stimulates antiviral gene expression. Like type I IFN, the small-molecule compound induces IFN-stimulated gene (ISG) expression for antiviral activity in vitro and in vivo in mice, and the ISG induction mechanism is attributed to a direct interaction between the compound and IFN-α receptor 2, a key molecule of IFN-signaling on the cell surface. Our study highlights the importance of an orally active IFN-like agent, both as a therapy for antiviral infections and as a potential IFN substitute
Macrophage Activation Syndrome: different mechanisms leading to a one clinical syndrome
- Author
- A Ravelli
- A Zeft
- AA Grom
- AA Grom
- B Kilani
- B Shrestha
- C Bracaglia
- C Bracaglia
- Claudia Bracaglia
- D Novick
- EM Behrens
- F Jordan ML
- F Minoia
- Fabrizio De Benedetti
- FE Sepulveda
- G Singh
- GE Janka
- Giusi Prencipe
- GS Schulert
- H Ozdemir
- I Caiello
- JR Groom
- K Lehmberg
- K Put
- K Zhang
- KM Kaufman
- L Cifaldi
- M Shimizu
- M Yanagimachi
- M Zhang
- MB Jordan
- MM Hazen
- MR Jenkins
- N Hashemi-Sadraei
- N Romberg
- P Krebs
- PA Nigrovic
- R Strippoli
- R Strippoli
- S Chandrakasan
- S Gupta
- S Yokota
- SE Stepp
- SJ Vastert
- SK Dunmire
- SW Canna
- V Boom
- WA Spessott
- XJ Xu
- XJ Xu
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- Field of study
Phage-inducible chromosomal islands are ubiquitous within the bacterial universe
- Author
- A Ruzin
- A Tocchetti
- AD Dearborn
- AF Flockhart
- Alfred Fillol-Salom
- B Frígols
- BH Lindqvist
- BJ O’Hara
- C Solano
- C Ubeda
- C Ubeda
- C Ubeda
- C Ubeda
- C Ubeda
- D Viana
- E Maiques
- F Magnoni
- G Ram
- G Ram
- G Ziegelin
- GE Christie
- I Mir-Sanchis
- J Bowring
- J Chen
- J Chen
- JE Kirby
- JE Trempy
- John Chen
- José R. Penadés
- JR Penadés
- KA Datsenko
- KD Seed
- M Agarwal
- M Asadulghani
- MA Tormo
- MAacute Tormo-Más
- MAacute Tormo-Más
- ME Porter
- N Carpena
- N Quiles-Puchalt
- N Quiles-Puchalt
- PK Damle
- R Martínez-Rubio
- RA Welch
- RC Matos
- Rezheen F. Abdulrahman
- Robert Davies
- Roser Martínez-Rubio
- RP Novick
- RP Novick
- S Calì
- S Saha
- SM Tallent
- VB Rao
- Publication venue
- 'Springer Science and Business Media LLC'
- Publication date
- 01/01/2018
- Field of study
Phage-inducible chromosomal islands (PICIs) are a recently discovered family of pathogenicity islands that contribute substantively to horizontal gene transfer, host adaptation and virulence in Gram-positive cocci. Here we report that similar elements also occur widely in Gram-negative bacteria. As with the PICIs from Gram-positive cocci, their uniqueness is defined by a constellation of features: unique and specific attachment sites, exclusive PICI genes, a phage-dependent mechanism of induction, conserved replication origin organization, convergent mechanisms of phage interference, and specific packaging of PICI DNA into phage-like infectious particles, resulting in very high transfer frequencies. We suggest that the PICIs represent two or more distinct lineages, have spread widely throughout the bacterial world, and have diverged much more slowly than their host organisms or their prophage cousins. Overall, these findings represent the discovery of a universal class of mobile genetic elements
Global transpiration data from sap flow measurements : the SAPFLUXNET database
- Author
- Adams Mark A.
- Adorján Balázs
- Aguadé David
- Aidar Marcos P. M.
- Alle Scott
- Alvarado-Barrientos M. Susana
- Anderson-Teixeira Kristina J.
- Aparecido Luiza Maria
- Arain M. Altaf
- Aranda Ismael
- Asbjornsen Heidi
- Baxter Robert
- Beamesderfer Eric
- Berry Z. Carter
- Berveiller Daniel
- Blakely Bethany
- Boggs Johnny
- Bohrer Gil
- Bolstad Paul V.
- Bonal Damien
- Brito Patricia
- Brodeur Jason
- Casanoves Fernando
- Chave Jérôme
- Chen Hui
- Cisneros Cesar
- Clark Kenneth
- Cremonese Edoardo
- Dang Hongzhong
- David Jorge S.
- David Teresa S.
- Delpierre Nicolas
- Desai Ankur R.
- Do Frederic C.
- Dohnal Michal
- Domec Jean-Christophe
- Dzikiti Sebinasi
- Edgar Colin
- Eichstaedt Rebekka
- El-Madany Tarek S.
- Elbers Jan
- Eller Cleiton B.
- Euskirchen Eugénie S.
- Ewers Brent
- Flo Víctor
- Fonti Patrick
- Forner Alicia
- Forrester David I.
- Freitas Helber C.
- Galvagno Marta
- García-Tejera Omar
- Ghimire Chandra Prasad
- Gimeno Teresa E.
- Grace John
- Granda Víctor
- Granier André
- Griebel Anne
- Guangyu Yan
- Gush Mark B.
- Hanson Paul J.
- Hasselquist Niles J.
- Heinrich Ingo
- Hernández-Santana Virginia
- Herrmann Valentine
- Holwerda Friso
- Hölttä Teemu
- Irvine James
- Jarvis Paul G.
- Jochheim Hubert
- Joly Carlos A.
- Kaplick Julia
- Kim Hyun Seok
- Klemedtsson Leif
- Kropp Heather
- Lagergren Fredrik
- Lane Patrick
- Lang Petra
- Lapenas Andrei
- Lechuga Víctor
- Lee Minsu
- Leuschner Christoph
- Limousin Jean-Marc
- Linares Juan Carlos
- Linderson Maj-Lena
- Lindroth Anders
- Llorens Pilar
- Loranty Michael M.
- López-Bernal Álvaro
- Lüttschwager Dietmar
- Macinnis-Ng Cate
- Martin Timothy A.
- Martínez-Vilalta Jordi
- Maréchaux Isabelle
- Matheny Ashley
- McDowell Nate
- McMahon Sean
- Meir Patrick
- Mencuccini Maurizio
- Migliavacca Mirco
- Mitchell Patrick
- Montagnani Leonardo
- Moore Georgianne W.
- Mészáros Ilona
- Mölder Meelis
- Na Ayutthaya Supat Isarangkool
- Nakada Ryogo
- Niu Furong
- Nolan Rachael H.
- Norby Richard
- Novick Kimberly
- Oberhuber Walter
- Obojes Nikolaus
- Oishi A. Christopher
- Oliveira Rafael S.
- Oren Ram
- Ourcival Jean-Marc
- Paljakka Teemu
- Peri Pablo L.
- Peters Richard L.
- Pfautsch Sebastian
- Pockman William T.
- Poyatos Rafael
- Preisler Yakir
- Pérez-Priego Oscar
- Rascher Katherine
- Roberto L. Salomón
- Robinson George
- Rocha Humberto
- Rocheteau Alain
- Rosado Bruno H. P.
- Rowland Lucy
- Rubtsov Alexey V.
- Röll Alexander
- Sabaté Santiago
- Salmon Yann
- Salomón Roberto L.
- Schuldt Bernhard
- Schäfer Karina V. R.
- Shashkin Alexandr
- Stahl Clément
- Steppe Kathy
- Stojanović Marko
- Sun Ge
- Suárez Juan Carlos
- Szatniewska Justyna
- Sánchez-Costa Elisenda
- Tatarinov Fyodor
- Tesař Miroslav
- Thomas Frank M.
- Tor-ngern Pantana
- Urban Josef
- Valladares Ros Fernando
- Van der Tol Christiaan
- Van Meerveld Ilja
- Varlagin Andrej
- Voigt Hom
- Warren Jeffrey
- Werner Christiane
- Werner Willy
- Wieser Gerhard
- Wingate Lisa
- Wullschleger Stan
- Yi Koon
- Zweifel Roman
- Zweifel Roman
- Publication venue
- Publication date
- 01/01/2021
- Field of study
Plant transpiration links physiological responses of vegetation to water supply and demand with hydrological, energy, and carbon budgets at the land-atmosphere interface. However, despite being the main land evaporative flux at the global scale, transpiration and its response to environmental drivers are currently not well constrained by observations. Here we introduce the first global compilation of whole-plant transpiration data from sap flow measurements (SAPFLUXNET, https://sapfluxnet.creaf.cat/, last access: 8 June 2021). We harmonized and quality-controlled individual datasets supplied by contributors worldwide in a semi-automatic data workflow implemented in the R programming language. Datasets include sub-daily time series of sap flow and hydrometeorological drivers for one or more growing seasons, as well as metadata on the stand characteristics, plant attributes, and technical details of the measurements. SAPFLUXNET contains 202 globally distributed datasets with sap flow time series for 2714 plants, mostly trees, of 174 species. SAPFLUXNET has a broad bioclimatic coverage, with woodland/shrubland and temperate forest biomes especially well represented (80 % of the datasets). The measurements cover a wide variety of stand structural characteristics and plant sizes. The datasets encompass the period between 1995 and 2018, with 50 % of the datasets being at least 3 years long. Accompanying radiation and vapour pressure deficit data are available for most of the datasets, while on-site soil water content is available for 56 % of the datasets. Many datasets contain data for species that make up 90 % or more of the total stand basal area, allowing the estimation of stand transpiration in diverse ecological settings. SAPFLUXNET adds to existing plant trait datasets, ecosystem flux networks, and remote sensing products to help increase our understanding of plant water use, plant responses to drought, and ecohydrological processes. SAPFLUXNET version 0.1.5 is freely available from the Zenodo repository (https://doi.org/10.5281/zenodo.3971689; Poyatos et al., 2020a). The "sapfluxnetr" R package - designed to access, visualize, and process SAPFLUXNET data - is available from CRAN.Peer reviewe
Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)1.
- Author
- Abdel-Aziz AK
- Abdelfatah S
- Abdellatif M
- Abdoli A
- Abel S
- Abeliovich H
- Abildgaard MH
- Abudu YP
- Acevedo-Arozena A
- Adamopoulos IE
- Adeli K
- Adolph TE
- Adornetto A
- Aflaki E
- Agam G
- Agarwal A
- Aggarwal BB
- Agnello M
- Agostinis P
- Agrewala JN
- Agrotis A
- Aguilar PV
- Ahmad ST
- Ahmed ZM
- Ahumada-Castro U
- Aits S
- Aizawa S
- Akkoc Y
- Akoumianaki T
- Akpinar HA
- Al-Abd AM
- Al-Akra L
- Al-Gharaibeh A
- Alaoui-Jamali MA
- Alberti S
- Alcocer-Gómez E
- Alessandri C
- Ali M
- Alim Al-Bari MA
- Aliwaini S
- Alizadeh J
- Almacellas E
- Almasan A
- Alonso A
- Alonso GD
- Altan-Bonnet N
- Altieri DC
- Alves da Costa C
- Alves S
- Alzaharna MM
- Amadio M
- Amantini C
- Amaral C
- Ambrosio S
- Amer AO
- Ammanathan V
- An Z
- Andersen SU
- Andrabi SA
- Andrade-Silva M
- Andres AM
- Angelini S
- Ann D
- Anozie UC
- Ansari MY
- Antas P
- Antebi A
- Antón Z
- Anwar T
- Apetoh L
- Apostolova N
- Araki T
- Araki Y
- Arasaki K
- Araya J
- Araújo WL
- Arden C
- Arguelles S
- Arias E
- Arikkath J
- Arimoto H
- Ariosa AR
- Armstrong-James D
- Arnauné-Pelloquin L
- Aroca A
- Arroyo DS
- Arsov I
- Artero R
- Arévalo M-A
- Asaro DML
- Aschner M
- Ashrafizadeh M
- Ashur-Fabian O
- Atanasov AG
- Au AK
- Auberger P
- Auner HW
- Aurelian L
- Autelli R
- Avagliano L
- Aveic S
- Aveleira CA
- Avin-Wittenberg T
- Aydin Y
- Ayton S
- Ayyadevara S
- Azzopardi M
- Baba M
- Backer JM
- Backues SK
- Bae D-H
- Bae O-N
- Bae SH
- Baehrecke EH
- Baek A
- Baek S-H
- Baek SH
- Bagetta G
- Bagniewska-Zadworna A
- Bai H
- Bai J
- Bai X
- Bai Y
- Bairagi N
- Baksi S
- Balazadeh S
- Balbi T
- Baldari CT
- Balduini W
- Ballabio A
- Ballester M
- Balzan R
- Bandopadhyay R
- Banerjee S
- Banerjee S
- Bao Y
- Baptista MS
- Baracca A
- Barbati C
- Bargiela A
- Barilà D
- Barlow PG
- Barmada SJ
- Barreiro E
- Barreto GE
- Bartek J
- Bartel B
- Bartolome A
- Barve GR
- Basagoudanavar SH
- Bassham DC
- Bast RC
- Basu A
- Batoko H
- Batten I
- Baulieu EE
- Baumgarner BL
- Bayry J
- Beale R
- Beau I
- Beaumatin F
- Bechara LRG
- Beck GR
- Beers MF
- Begun J
- Behl C
- Behrends C
- Behrens GMN
- Bei R
- Bejarano E
- Bel S
- Belaid A
- Belgareh-Touzé N
- Bellarosa C
- Belleudi F
- Bello-Morales R
- Belló Pérez M
- Beltran JSDO
- Beltran S
- Benbrook DM
- Bendorius M
- Benitez BA
- Benito-Cuesta I
- Bensalem J
- Berchtold MW
- Berezowska S
- Bergamaschi D
- Bergami M
- Bergmann A
- Berliocchi L
- Berlioz-Torrent C
- Bernard A
- Berthoux L
- Besirli CG
- Besteiro S
- Betin VM
- Beyaert R
- Bezbradica JS
- Bhaskar K
- Bhatia-Kissova I
- Bhattacharya R
- Bhattacharya S
- Bhattacharyya S
- Bhuiyan MS
- Bhutia SK
- Bi L
- Bi X
- Biden TJ
- Bijian K
- Billes VA
- Binart N
- Bincoletto C
- Birgisdottir AB
- Bjorkoy G
- Blanco G
- Blas-Garcia A
- Blasiak J
- Blomgran R
- Blomgren K
- Blum JS
- Boada-Romero E
- Boban M
- Boesze-Battaglia K
- Boeuf P
- Boland B
- Bomont P
- Bonaldo P
- Bonam SR
- Bonfili L
- Bonifacino JS
- Boone BA
- Bootman MD
- Bordi M
- Borner C
- Bornhauser BC
- Borthakur G
- Bosch J
- Bose S
- Botana LM
- Botas J
- Boulanger CM
- Boulton ME
- Bourdenx M
- Bourgeois B
- Bourke NM
- Bousquet G
- Boya P
- Bozhkov PV
- Bozi LHM
- Bozkurt TO
- Brackney DE
- Brand-Saberi B
- Brandts CH
- Braun RJ
- Braus GH
- Bravo-Sagua R
- Bravo-San Pedro JM
- Brest P
- Bringer M-A
- Briones-Herrera A
- Broaddus VC
- Brodersen P
- Brodsky JL
- Brody SL
- Bronson PG
- Bronstein JM
- Brown CN
- Brown RE
- Brum PC
- Brumell JH
- Brunetti-Pierri N
- Bruno D
- Bryson-Richardson RJ
- Bucci C
- Buch S
- Buchan JR
- Buchrieser C
- Buckingham EM
- Budak H
- Budini M
- Bueno M
- Buitrago-Molina LE
- Bultynck G
- Burada F
- Buraschi S
- Burgoyne JR
- Burón MI
- Bustos V
- Butturini E
- Byrd A
- Bánréti Á
- Büttner S
- Cabas I
- Cabrera-Benitez S
- Cadwell K
- Cai J
- Cai L
- Cai Q
- Cairó M
- Calbet JA
- Caldwell GA
- Caldwell KA
- Call JA
- Calvani R
- Calvo AC
- Calvo-Rubio Barrera M
- Camara NO
- Camonis JH
- Camougrand N
- Campanella M
- Campbell EM
- Campbell-Valois F-X
- Campello S
- Campesi I
- Campos JC
- Camuzard O
- Cancino J
- Candido de Almeida D
- Canesi L
- Caniggia I
- Canonico B
- Cantí C
- Cao B
- Caraglia M
- Caramés B
- Carchman EH
- Cardenal-Muñoz E
- Cardenas C
- Cardenas L
- Cardoso SM
- Carew JS
- Carle GF
- Carleton G
- Carloni S
- Carmona-Gutierrez D
- Carneiro LA
- Carnevali O
- Carosi JM
- Carra S
- Carrier A
- Carrier L
- Carroll B
- Carter AB
- Carvalho AN
- Casanova M
- Casas C
- Casas J
- Cassioli C
- Castillo EF
- Castillo K
- Castillo-Lluva S
- Castoldi F
- Castori M
- Castro AF
- Castro-Caldas M
- Castro-Hernandez J
- Castro-Obregon S
- Catz SD
- Cavadas C
- Cavaliere F
- Cavallini G
- Cavinato M
- Cayuela ML
- Cebollada Rica P
- Cecarini V
- Cecconi F
- Cechowska-Pasko M
- Cenci S
- Ceperuelo-Mallafré V
- Cerqueira JJ
- Cerutti JM
- Cervia D
- Cetintas VB
- Cetrullo S
- Chae H-J
- Chagin AS
- Chai C-Y
- Chakrabarti G
- Chakrabarti O
- Chakraborty T
- Chakraborty T
- Chami M
- Chamilos G
- Chan DW
- Chan ED
- Chan EYW
- Chan H
- Chan HH
- Chan HYE
- Chan MTV
- Chan YS
- Chandra PK
- Chang C
- Chang C-P
- Chang H-C
- Chang K
- Chao J
- Chapman T
- Charlet-Berguerand N
- Chatterjee S
- Chaube SK
- Chaudhary A
- Chauhan S
- Chaum E
- Checler F
- Cheetham ME
- Chen C-S
- Chen G-C
- Chen J-F
- Chen L
- Chen L
- Chen LL
- Chen M
- Chen M-K
- Chen N
- Chen Q
- Chen R-H
- Chen S
- Chen W
- Chen W
- Chen X
- Chen X-M
- Chen X-W
- Chen Y
- Chen Y
- Chen Y
- Chen Y-G
- Chen Y-J
- Chen Y-Q
- Chen Z
- Chen Z
- Chen Z
- Chen Z-H
- Chen ZJ
- Chen ZS
- Cheng H
- Cheng J
- Cheng S-Y
- Cheng W
- Cheng X
- Cheng X-T
- Cheng Y
- Cheng Z
- Cheong H
- Cheong JK
- Chernyak BV
- Cherry S
- Cheung CFR
- Cheung CHA
- Cheung K-H
- Chevet E
- Chi RJ
- Chiang AKS
- Chiaradonna F
- Chiarelli R
- Chiariello M
- Chica N
- Chiocca S
- Chiong M
- Chiou S-H
- Chiramel AI
- Chiurchiù V
- Cho D-H
- Choe S-K
- Choi AMK
- Choi ME
- Choudhury KR
- Chow NS
- Chu CT
- Chua JJE
- Chua JP
- Chung H
- Chung KP
- Chung S
- Chung S-H
- Chung Y-L
- Cianfanelli V
- Ciechomska IA
- Cifuentes M
- Cinque L
- Cirak S
- Cirone M
- Clague MJ
- Clarke R
- Clementi E
- Coccia EM
- Codogno P
- Cohen E
- Cohen MM
- Colasanti T
- Colasuonno F
- Colbert RA
- Colell A
- Coll NS
- Collins MO
- Colombo MI
- Colón-Ramos DA
- Combaret L
- Comincini S
- Cominetti MR
- Consiglio A
- Conte A
- Conti F
- Contu VR
- Cookson MR
- Coombs KM
- Coppens I
- Corasaniti MT
- Cordes N
- Corkery DP
- Cortese K
- Costa MDC
- Costantino S
- Costelli P
- Coto-Montes A
- Crack PJ
- Crespo JL
- Criollo A
- Crippa V
- Cristofani R
- Csizmadia T
- Cuadrado A
- Cui B
- Cui J
- Cui Y
- Cui Y
- Culetto E
- Cumino AC
- Cybulsky AV
- Czaja MJ
- Czuczwar SJ
- D'Adamo S
- D'Amelio M
- D'Arcangelo D
- D'Lugos AC
- D'Orazi G
- da Silva JA
- Dafsari HS
- Dagda RK
- Dagdas Y
- Daglia M
- Dai X
- Dai Y
- Dai Y
- Dal Col J
- Dalhaimer P
- Dalla Valle L
- Dallenga T
- Dalmasso G
- Damme M
- Dando I
- Dantuma NP
- Darling AL
- Das H
- Dasarathy S
- Dasari SK
- Dash S
- Daumke O
- Dauphinee AN
- Davies JS
- Davis RJ
- Davis T
- Dayalan Naidu S
- De Amicis F
- De Bosscher K
- De Felice F
- De Franceschi L
- De Leonibus C
- de Mattos Barbosa MG
- De Meyer GRY
- De Milito A
- De Nunzio C
- De Palma C
- De Santi M
- De Virgilio C
- De Zio D
- Debnath J
- DeBosch BJ
- Decuypere J-P
- Deehan MA
- Deflorian G
- DeGregori J
- Dehay B
- Del Rio G
- Delaney JR
- Delbridge LMD
- Delorme-Axford E
- Delpino MV
- Demarchi F
- Dembitz V
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- Sarkar S
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- Shu H-B
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- Sierra-Torre V
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- Singh SK
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- Zhu Y
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- Zorzano A
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- Zou Z
- Zou Z
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- Zwerschke W
- Álvarez ÉMC
- Ávalos Y
- Önal G
- Üstün S
- Čolić M
- Đokić J
- Žerovnik E
- Publication venue
- 'Informa UK Limited'
- Publication date
- 01/01/2021
- Field of study
In 2008, we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, this topic has received increasing attention, and many scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Thus, it is important to formulate on a regular basis updated guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Despite numerous reviews, there continues to be confusion regarding acceptable methods to evaluate autophagy, especially in multicellular eukaryotes. Here, we present a set of guidelines for investigators to select and interpret methods to examine autophagy and related processes, and for reviewers to provide realistic and reasonable critiques of reports that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a dogmatic set of rules, because the appropriateness of any assay largely depends on the question being asked and the system being used. Moreover, no individual assay is perfect for every situation, calling for the use of multiple techniques to properly monitor autophagy in each experimental setting. Finally, several core components of the autophagy machinery have been implicated in distinct autophagic processes (canonical and noncanonical autophagy), implying that genetic approaches to block autophagy should rely on targeting two or more autophagy-related genes that ideally participate in distinct steps of the pathway. Along similar lines, because multiple proteins involved in autophagy also regulate other cellular pathways including apoptosis, not all of them can be used as a specific marker for bona fide autophagic responses. Here, we critically discuss current methods of assessing autophagy and the information they can, or cannot, provide. Our ultimate goal is to encourage intellectual and technical innovation in the field
Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)
- Author
- A. -G. Wu
- A. C. Ma
- A. K. Au
- Abdel-Aziz A. K.
- Abdelfatah S.
- Abdellatif M.
- Abdoli A.
- Abel S.
- Abeliovich H.
- Abildgaard M. H.
- Abudu Y. P.
- Acevedo-Arozena A.
- Adamopoulos I. E.
- Adeli K.
- Adolph T. E.
- Adornetto A.
- Aflaki E.
- Agam G.
- Agarwal A.
- Aggarwal B. B.
- Agnello M.
- Agostinis P.
- Agrewala J. N.
- Agrotis A.
- Aguilar P. V.
- Ahmad S. T.
- Ahmed Z. M.
- Ahumada-Castro U.
- Aits S.
- Aizawa S.
- Akkoc Y.
- Akoumianaki T.
- Akpinar H. A.
- Al-Abd A. M.
- Al-Akra L.
- Al-Gharaibeh A.
- Alaoui-Jamali M. A.
- Alberti S.
- Alcocer-Gomez E.
- Alessandri C.
- Ali M.
- Alim Al-Bari M. A.
- Aliwaini S.
- Alizadeh J.
- Almacellas E.
- Almasan A.
- Alonso A.
- Alonso G. D.
- Altan-Bonnet N.
- Altieri D. C.
- Alvarez E. M. C.
- Alves da Costa C.
- Alves S.
- Alzaharna M. M.
- Amadio M.
- Amantini C.
- Amaral C.
- Ambrosio S.
- Amer A. O.
- Ammanathan V.
- An Z.
- Andersen S. U.
- Andrabi S. A.
- Andrade-Silva M.
- Andres A. M.
- Angelini S.
- Ann D.
- Anozie U. C.
- Ansari M. Y.
- Antas P.
- Antebi A.
- Anton Z.
- Anwar T.
- Apetoh L.
- Apostolova N.
- Araki T.
- Araki Y.
- Arasaki K.
- Araujo W. L.
- Araya J.
- Arden C.
- Arevalo M. -A.
- Arguelles S.
- Arias E.
- Arikkath J.
- Arimoto H.
- Ariosa A. R.
- Armstrong-James D.
- Arnaune-Pelloquin L.
- Aroca A.
- Arroyo D. S.
- Arsov I.
- Artero R.
- Asaro D. M. L.
- Aschner M.
- Ashrafizadeh M.
- Ashur-Fabian O.
- Atanasov A. G.
- Auberger P.
- Auner H. W.
- Aurelian L.
- Autelli R.
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- Aveleira C. A.
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- Ayton S.
- Ayyadevara S.
- Azzopardi M.
- B. C. B. Ko
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- Backer J. M.
- Backues S. K.
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- Bae O. -N.
- Bae S. H.
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- Baek A.
- Baek S. -H.
- Baek S. H.
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- Bai H.
- Bai J.
- Bai X.
- Bai Y.
- Bairagi N.
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- Balazadeh S.
- Balbi T.
- Baldari C. T.
- Balduini W.
- Ballabio A.
- Ballester M.
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- Banerjee S.
- Banerjee S.
- Banreti A.
- Bao Y.
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- Barbati C.
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- Barmada S. J.
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- Barreto G. E.
- Bartek J.
- Bartel B.
- Bartolome A.
- Barve G. R.
- Basagoudanavar S. H.
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- Bello-Morales R.
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- Benito-Cuesta I.
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- Berliocchi L.
- Berlioz-Torrent C.
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- Berthoux L.
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- Betin V. M.
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- Bhattacharya R.
- Bhattacharya S.
- Bhattacharyya S.
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- Bhutia S. K.
- Bi L.
- Bi X.
- Biden T. J.
- Bijian K.
- Billes V. A.
- Binart N.
- Bincoletto C.
- Birgisdottir A. B.
- Bjorkoy G.
- Blanco G.
- Blas-Garcia A.
- Blasiak J.
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- 01/01/2021
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Molecular variability in Amerindians: widespread but uneven information
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Antimutagenic compounds and their possible mechanisms of action
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