La réforme foncière au Vietnam: Analyse des jeux d'acteurs et du processus de transformation des institutions aux échelons central et provincial

rapport scientifiqueUne des particularités du foncier vietnamien réside dans l'existence d'un « état zéro » des institutions foncières, que l'on peut dater approximativement au début des années 1980, à partir duquel l'ensemble des institutions a été mis en place. Cet « état zéro » des institutions ne signifie bien entendu pas l'absence d'héritages : les institutions qui émergent aujourd'hui portent la trace de chacune des périodes passées. C'est le cas par exemple de la multiplicité des institutions coutumières locales dont les principes de répartition sociale et spatiale des ressources se manifestent encore nettement à cet échelon. C'est le cas aussi du système foncier français dont on retrouve par exemple la trace dans le choix qui est fait de privilégier le système d'enregistrement des certificats de propriété plutôt que le système de preuve par les titres eux-mêmes, plutôt anglosaxon. Le processus de mise en place des institutions foncières a cependant une dimension synchronique nette et reflète autant qu'il participe au processus de transformation profonde de l'État et de la société vietnamienne dans son ensemble. Ainsi, entre 1979 et 1993, les institutions foncières ont d'abord été conçues ad minima, de façon à répondre aux attentes fortes de la société, alors profondément rurale, sans autonomiser le foncier. Cette période est celle de la dissolution progressive des coopératives par réduction toujours plus grande de leurs prérogatives sur le foncier. L'État procède alors par petites touches et reconnaît tout d'abord (décret 100, décret 10 et loi foncière de 1989), les individus et les foyers comme usagers potentiels de la terre, les droits d'usage étant cependant alors toujours limités et définis au sein des coopératives par le biais de contrats temporaires passés entre les coopératives qui détiennent toujours les droits de gestion délégués, et ces nouveaux usagers. Elle s'achève par la loi foncière de 1993 qui ne remet toujours pas ouvertement en cause les coopératives mais qui fournit les moyens de leur disparition en reconnaissant aux individus et aux foyers, outre le droit d'usage des terres agricoles, des droits de gestion dérivés fondamentaux (droits d'échanger, de céder, de louer, de laisser en succession et d'hypothéquer.), pour des périodes fixées relativement longues. Cela leur confère une maîtrise importante du foncier et dépossède du coup les coopératives de leur capacité réelle de gestion de la terre. Ces droits sont associés au droit d'usage, et ce n'est donc pas la terre qui peut être transmise ou hypothéquée, mais le droit de l'utiliser et d'en percevoir les fruits. Cependant, l'existence même de ces droits et la fixation des durées de leur allocation aux foyers sur un terme assez long font qu'un marché foncier peut se développer et que le foncier s'apparente, dans son fonctionnement mais non dans sa nature, à un foncier fondé sur la propriété privée. La seconde étape est celle d'une transition qui permet de passer en « douceur » d'un foncier conçu pour répondre aux attentes des ruraux à un foncier conçu pour accompagner le projet d'un Viêt Nam moderne, industriel et urbain. Elle correspond grosso modo aux dix années qui séparent les lois foncières de 1993 et 2003. Pendant ces dix années, l'État touche peu aux droits accordés aux individus et aux foyers et modifie peu le foncier agricole. En revanche, il oeuvre à la mise en place de l'administration foncière, administration pour laquelle il crée en 1994 un organe indépendant de niveau ministériel, le Département général de gestion foncière (ou GDLA, General Department of Land Administration). Celui-ci regroupe pour la première fois en son sein les dimensions décisionnelle, opérationnelle (ex-Département général de la gestion foncière créé en 1979) et techniques (ex-Département national des enquêtes et de la cartographie) du foncier, ce qui témoigne alors de la volonté gouvernementale d'autonomiser et de donner du poids à ce domaine. L'État réglemente aussi progressivement – mais dans le désordre, par une accumulation considérable de textes – les modalités d'accès aux terrains urbains, industriels et commerciaux, et 8 augmente les droits concédés aux entreprises privées, préparant ainsi aux changements de la période suivante. La troisième étape débute avec une réforme de l'administration foncière en 2002 et la publication d'une nouvelle loi foncière en 2003. La nouvelle configuration est celle d'un foncier devenant un outil d'aménagement du territoire au service de l'industrialisation et de l'urbanisation. Cela est nettement perceptible dans la loi de 2003 qui intègre les réglementations de la période précédente et se préoccupe peu du rural. L'accès aux terres agricoles et forestières, qui avait été réglementé en 1993, est relativement peu modifié et n'est guère assoupli pour les foyers ruraux. Mais les autres catégories de terres et les autres catégories d'usagers – dont certaines apparaissent pour la première foi dans la législation – prennent une place grandissante et même dominante dans la loi. Ainsi, la nouvelle législation est riche en dispositions destinées à faciliter les investissements industriels et commerciaux des entreprises privées et des étrangers, et elle permet que se développent marché immobilier et marché des droits d'usage du sol. La nouvelle législation précise aussi les procédures d'inventaire et de planification. La planification de l'usage du sol reste une procédure descendante, pilotée par l'Office foncier aux différents échelons, mais la législation étend les prérogatives des provinces et introduit la possibilité de modification du statut des terres par les autorités administratives infra-provinciales, ce qui donne une plus grande souplesse à cette planification. Depuis 2002, le contexte foncier est aussi un contexte de multiplication et d'intensification des enjeux fonciers, et cela à plusieurs niveaux. La décentralisation partielle et mal maîtrisée de la gestion foncière multiplie les dysfonctionnements et les tensions au passage entre échelon central et provincial. D'un côté, l'Office foncier, qui bénéficie de gros efforts de modernisation et est responsable de la planification à tous les échelons, n'a jamais eu autant de pouvoir potentiel qu'aujourd'hui. De nature à effrayer le pouvoir central, ce pouvoir lui a très probablement valu en 2002 de perdre son rang de ministère pour être rattaché au MoNRE (ministère des Ressources naturelles et de l'Environnement). D'un autre côté, les provinces profitent des failles encore importantes du système administratif pour alléger les contraintes d'une planification centralisée et composent très largement avec la législation afin de répondre aux attentes locales et en particulier à celles des intérêts privés. Un autre sujet de tension est en effet celui de la privatisation croissante du foncier. Jusqu'à aujourd'hui, l'État (et ce depuis la Constitution de 1959) est propriétaire de l'ensemble des terres au nom du peuple entier et les droits fonciers individuels, s'ils sont sans cesse étendus, sont des droits d'usage et de gestion délégués. La multiplication des usagers reconnus, l'assouplissement des conditions d'accès à la terre et l'extension progressive des droits associés au droit d'usage permettent cependant aux entreprises privées, nationales ou étrangères, de devenir des acteurs prépondérants du foncier, ce dont témoigne la croissance spectaculaire du nombre et de la dimension des emprises foncières réservées aux projets industriels, commerciaux, immobiliers ou de loisir, notamment dans les espaces périurbains. La création, en 2004, des « organisations de développement des fonds fonciers » est symptomatique des problèmes que pose la redéfinition du rôle des provinces et des investisseurs privés. Un problème récurrent des investissements est en effet celui des modalités d'expropriation, en particulier les indemnisations, des personnes détenant les droits d'usage. Ce problème n'a longtemps pas été réglementé et a été traité au cas par cas par les provinces ou par l'Office foncier. Dans la loi de 2003, l'État apparait toujours comme le principal acteur de la répartition des terres dans la mesure où il est toujours celui qui reprend le terrain pour le réattribuer immédiatement aux investisseurs. Depuis 2004 cependant, l'État s'est désengagé des transactions intervenant lorsque les terrains sont repris en créant une nouvelle personnalité mandatée par l'État, les « organisations de développement des fonds fonciers », dont la tâche est de simplifier les démarches des investisseurs en leur proposant un unique interlocuteur, de gérer les fonds provenant des terrains récupérés par l'État après décision des organes compétents et de préparer ces terrains avant qu'ils ne soient remis aux investisseurs. Or ces organisations, non commerciales mais pas totalement publiques, n'ont pas de réalité forte. Elles ne disposent pas de 9 capacité financière propre, leur création n'est pas obligatoire et leur forme est floue, y compris leur échelon de compétence, celui-ci pouvant être de niveau districtal ou provinciale. Une telle imprécision, qui se traduit par la création d'organismes de nature très variée selon les provinces, donne à penser que l'État cherche plus à se décharger du problème hautement sensible des expropriations aux dépens de ceux qui en bénéficient qu'à le résoudre durablement. Les problèmes engendrés par les modalités d'expropriation préalable aux projets d'investissement sont pourtant une des épines la plus profondément enfoncée dans le pied du pouvoir de Hanoï. Comment comprendre alors ce désengagement ? Une des raisons est probablement à chercher dans la complexité croissante de la gestion foncière ainsi que dans la question des moyens humains et financiers pouvant être dévolus à l'administration pour réaliser les tâches qui lui sont imparties. Ces besoins restent très importants, en particulier aux échelons les plus bas (communes, districts) où le personnel est généralement peu ou pas formé. Mais les aspects techniques et financiers ne sont pas tout et le désengagement de l'État est aussi une des manifestations du malaise ressenti par l'État face aux deux priorités de nature très différentes auxquelles il doit faire face : celle de mener le Viêt Nam vers la modernité en le transformant en un pays industriel et urbain et celle de ménager la population rurale, fragile et numériquement majoritaire, qui fut longtemps habituée à porter les valeurs socialistes. En effet, un des facteurs qui aggrave aujourd'hui la question des expropriations est le maintien, depuis quinze ans, des terres agricoles et forestières dans un état relatif d'isolement et d'immobilité. Cet État, dont on peut penser qu'il doit les protéger (et protéger leurs usagers), les rend aujourd'hui fragiles face aux dynamiques du foncier urbain et/ou non agricole (industriel et commercial, de loisir, etc.) S'il s'est bien produit quelques changements les concernant depuis 1993, les terres agricoles ont un accès très réglementé, en particulier par le maintien de superficies et de durées d'allocation des droits maximales permettant de limiter les processus d'accumulation et de garantir un accès égalitaire au foncier au sein de la population rurale. Selon la même logique, les terres agricoles dont les droits sont alloués aux foyers par l'État ne sont pas imposables et leur valeur est fixée en fonction de la valeur de la production agricole et non par comparaison avec le prix des terres adjacentes (prix du marché), ce qui doit permettre qu'elles restent accessibles aux foyers ruraux, même démunis. Mais ce statut spécifique, et en particulier celui du foncier rizicole qui est particulièrement protégé, joue en défaveur des foyers ruraux en les enfermant dans des exploitations de petite dimension et de faible valeur ce qui les fragilise lorsque des intérêts privés et/ou non agricoles entrent en jeu. Les foyers agricoles ne sont-ils pas alors – avec l'agriculture – sacrifiés à l'industrialisation et à l'urbanisation plutôt qu'ils ne sont protégés ? La réponse à cette question n'est pas aussi simple que le laissent supposer ces dernières lignes. La situation des foyers ruraux est, d'une part, extrêmement inégale selon les régions, et il est des cas où les modalités d'accès aux terres agricoles et forestières sont de nature à protéger effectivement les foyers ruraux, en particulier les plus fragiles d'entre eux. Des événements récents, la crise alimentaire mondiale en particulier, ont rappelé au Viêt Nam qu'il n'en avait pas fini avec l'agriculture et avec les paysans et ont remis la question du foncier rural sur le devant de la scène. En réponse à cette crise (et à une augmentation considérable du prix du riz), le gouvernement a décidé du gel de plus d'un million d'hectares de rizières et a lancé une campagne (les « trois nông ») dont l'objectif est de revaloriser le milieu rural par rapport au milieu urbain. Il est trop tôt pour savoir si le retour du « rural » qui a marqué l'année 2008 aura un impact durable sur le foncier agricole et quel sera précisément cet impact. Mais les décisions prises montrent que le foncier agricole reste un levier que le gouvernement n'hésite pas à actionner lorsque le besoin se fait sentir. Pour certains cadres nationaux, le foncier agricole demeure un symbole fort du socialisme et son règlement reste un élément crucial de la paix sociale dans une société encore très largement rurale et attachée à la terre. À travers la question du foncier agricole, c'est ainsi toute la question du rôle de l'État dans la voix du « socialisme de marché » qui est posée. C'est aussi celle de la légitimité du Parti communiste. Il est en effet possible de comprendre les hésitations (ou les approximations) en matière foncière comme la manifestation d'un certain pragmatisme d'État qui 10 s'inscrirait en continuité de celui de la période socialiste. Les évolutions récentes du foncier remettent cependant en cause les fondements même de la légitimité du Parti communiste, ce qu'il pourrait chercher à atténuer, à travers le gouvernement, en maintenant le statut spécifique du foncier rural. Le Viêt Nam s'achemine-t-il vers un foncier à deux vitesses, une partie des terres – la grande masse des terres agricoles et forestières allouées à titre gratuit – continuant à être gérée par le pouvoir central pour l'intérêt de tous, une autre partie mobilisable à loisir dans la première catégorie, et gérée de manière libérale de façon à soutenir le développement économique du pays ? Répondre à cette question nécessite de se tourner vers les acteurs du foncier et de questionner leur positionnement relatif. Actifs depuis relativement peu de temps car longtemps mis à l'écart d'un domaine stratégique sensible, les acteurs étrangers considèrent dans leur majorité la réforme inaboutie, ce qui est considéré comme une cause importante de corruption, et exercent des pressions pour débarrasser la loi de ces « archaïsmes socialistes » et la rendre plus libérale encore. Très récemment (en mars 2008) la Banque mondiale, dont il est possible de considérer qu'elle est le symbole mondial du libéralisme et qui fut jusqu'alors délibérément écartée du domaine foncier, a signé un projet de coopération très ambitieux dans le domaine foncier (Land Administration Project), ce qui la positionne aujourd'hui comme le chef de file des acteurs étrangers dans ce domaine et est un indicateur fort de l'orientation donnée au foncier. Les positions exprimées par les différents acteurs nationaux du foncier ne sont pourtant pas aussi nettes. D'un côté, nettement marquée chez les cadres de l'administration foncière, il existe une approche assez technicienne du foncier où dominent les préoccupations d'efficacité aussi bien pour l'administration que la législation, ainsi qu'une volonté de rendre autonome le domaine foncier. Il s'agit de cadres en relation directe avec des experts étrangers qui adoptent un point de vue « d'en haut », considérant le développement du pays dans son ensemble avec ses contraintes liées aux processus d'urbanisation, d'industrialisation et d'ouverture. De l'autre côté, représenté plutôt dans notre échantillon par des membres du MARD (Ministère de l'agriculture et du développement rural) certains acteurs considèrent plutôt le foncier comme une question qui ne peut être détachée des contextes locaux et sectoriels, le foncier agricole devant par exemple répondre aux besoins de l'agriculture et des populations rurales alors que le foncier forestier doit répondre avant tout à des objectifs de protection de l'environnement, etc. Aujourd'hui, le premier groupe d'acteurs est nettement le plus influent en raison de la position stratégique qu'il occupe dans l'administration foncière, et par l'appui de la coopération internationale. Cependant la question de l'agriculture, des populations et des espaces ruraux demeure un frein à la libéralisation en redevant conjoncturellement une priorité. Qu'il soit planifié ou libéralisé, priorité ou non, rien n'indique jusqu'à présent que le foncier agricole puisse à l'avenir tenir compte des spécificités du monde rural, et en particulier de sa grande diversité. Contrôlé par l'État, le foncier agricole se distingue surtout par la multiplicité des contraintes qu'il impose (catégories, limites temporelles et spatiales, etc.) et non par sa capacité à s'adapter à celles du monde agricole, des populations comme de leurs pratiques et leur environnement. Libéralisé, ce foncier se rapprochera d'un système de propriété individuelle ce qui fera de la législation foncière un carcan dans nombre de contextes locaux où les droits d'accès aux ressources ne sont pas gérés de cette façon. La loi foncière de 2003 introduit des innovations qui atténuent ce carcan en créant notamment une nouvelle catégorie d'usagers, les « communauté de population » qui permet à des groupements de détenir collectivement des droits d'usage sur des terres agricoles et forestières qui leur sont attribuées à titre gratuit sans limitation de durée et de superficie. Cette nouvelle mesure est cependant elle-même très contraignante, tant en ce qui concerne les conditions de constitution d'une « communauté », que des démarches qu'elle nécessite et du cadre qu'elle impose à la gestion collective. Quelle est alors la place des systèmes fonciers coutumiers dans le système foncier tel qu'il émerge ? Cette place n'est pas prévue ou de façon très insatisfaisante dans les institutions. Le maintien d'une grande diversité des situations locales semble finalement découler des hésitations qui sont encore celles du gouvernement concernant le foncier agricole. Les systèmes coutumiers peuvent subsister dans l'entre-deux créé 11 par la cohabitation d'acteurs ayant des positionnements divergents concernant cette question ainsi que sur le rôle de l'État. Ils sont aussi rendus possibles par l'abandon relatif du monde rural, en particulier lointain, ce qui s'y produit n'étant pas considéré comme important tant que cela ne remet pas en cause les objectifs d'urbanisation et d'industrialisation. Aussi, le regain récent d'intérêt pour ce domaine peut potentiellement avoir la capacité de relancer le sujet des systèmes considérés comme non conformes avec la mise en place d'un État moderne, que ce soit en raison des pratiques agricoles comme celles de défriche-brûlis ou par le fonctionnement de systèmes de pouvoir locaux originaux. Les systèmes coutumiers subsistent aussi tant que le projet du développement d'une agriculture intensive, de type industriel, n'est pas soutenu efficacement et partout

Investigating the Direct and Indirect Effects of Forest Fragmentation on Plant Functional Diversity

Ongoing habitat loss and fragmentation alter the functional diversity of forests. Generalising the magnitude of change in functional diversity of fragmented landscapes and its drivers is challenging because of the multiple scales at which landscape fragmentation takes place. Here we propose a multi-scale approach to determine whether fragmentation processes at the local and landscape scales are reducing functional diversity of trees in the East Usambara Mountains, Tanzania. We employ a structural equation modelling approach using five key plant traits (seed length, dispersal mode, shade tolerance, maximum tree height, and wood density) to better understand the functional responses of trees to fragmentation at multiple scales. Our results suggest both direct and indirect effects of forest fragmentation on tree functional richness, evenness and divergence. A reduction in fragment area appears to exacerbate the negative effects resulting from an increased amount of edge habitat and loss of shape complexity, further reducing richness and evenness of traits related to resource acquisition and favouring tree species with fast growth. As anthropogenic disturbances affect forests around the world, we advocate to include the direct and indirect effects of forest fragmentation processes to gain a better understanding of shifts in functional diversity that can inform future management efforts

Uncovering regulatory pathways that affect hematopoietic stem cell function using 'genetical genomics'

We combined large-scale mRNA expression analysis and gene mapping to identify genes and loci that control hematopoietic stem cell (HSC) function. We measured mRNA expression levels in purified HSCs isolated from a panel of densely genotyped recombinant inbred mouse strains. We mapped quantitative trait loci (QTLs) associated with variation in expression of thousands of transcripts. By comparing the physical transcript position with the location of the controlling QTL, we identified polymorphic cis-acting stem cell genes. We also identified multiple trans-acting control loci that modify expression of large numbers of genes. These groups of coregulated transcripts identify pathways that specify variation in stem cells. We illustrate this concept with the identification of candidate genes involved with HSC turnover. We compared expression QTLs in HSCs and brain from the same mice and identified both shared and tissue-specific QTLs. Our data are accessible through WebQTL, a web-based interface that allows custom genetic linkage analysis and identification of coregulated transcripts.

There's no place like home: seedling mortality contributes to the habitat specialisation of tree species across Amazonia

Understanding the mechanisms generating species distributions remains a challenge, especially in hyperdiverse tropical forests. We evaluated the role of rainfall variation, soil gradients and herbivory on seedling mortality, and how variation in seedling performance along these gradients contributes to habitat specialisation. In a 4-year experiment, replicated at the two extremes of the Amazon basin, we reciprocally transplanted 4638 tree seedlings of 41 habitat-specialist species from seven phylogenetic lineages among the three most important forest habitats of lowland Amazonia. Rainfall variation, flooding and soil gradients strongly influenced seedling mortality, whereas herbivory had negligible impact. Seedling mortality varied strongly among habitats, consistent with predictions for habitat specialists in most lineages. This suggests that seedling performance is a primary determinant of the habitat associations of adult trees across Amazonia. It further suggests that tree diversity, currently mostly harboured in terra firme forests, may be strongly impacted by the predicted climate changes in Amazonia

Land use not litter quality is a stronger driver of decomposition in hyperdiverse tropical forest

Funded by Natural Environment Research Council. Grant Number: NE/K016253/1Peer reviewedPublisher PD

StemChecker: a web-based tool to discover and explore stemness signatures in gene sets

Stem cells present unique regenerative abilities, offering great potential for treatment of prevalent pathologies such as diabetes, neurodegenerative and heart diseases. Various research groups dedicated significant effort to identify sets of genes-so-called stemness signatures-considered essential to define stem cells. However, their usage has been hindered by the lack of comprehensive resources and easy-to-use tools. For this we developed StemChecker, a novel stemness analysis tool, based on the curation of nearly fifty published stemness signatures defined by gene expression, RNAi screens, Transcription Factor (TF) binding sites, literature reviews and computational approaches. StemChecker allows researchers to explore the presence of stemness signatures in user-defined gene sets, without carrying-out lengthy literature curation or data processing. To assist in exploring underlying regulatory mechanisms, we collected over 80 target gene sets of TFs associated with pluri- or multipotency. StemChecker presents an intuitive graphical display, as well as detailed statistical results in table format, which helps revealing transcriptionally regulatory programs, indicating the putative involvement of stemness-associated processes in diseases like cancer. Overall, StemChecker substantially expands the available repertoire of online tools, designed to assist the stem cell biology, developmental biology, regenerative medicine and human disease research community. StemChecker is freely accessible at http://stemchecker.sysbiolab.eu.Portuguese Fundacao para a Ciencia e Tecnologia (FCT) [RH/BPD/96890/2013, SFRH/BPD/70718/2010, PTDC/BIA/GEN/116519/2010, IF/00881/2013, PTDC/BIA-GEN/116519/2010]; Programa Doutoral ProRegeM-Mecanismos de Doenca e Medicina Regenerativa [PD/00117/2012]info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Intraspecific leaf trait variability along a boreal-to-tropical community diversity gradient

Disentangling the mechanisms that shape community assembly across diversity gradients is a central matter in ecology. While many studies have explored community assembly through species average trait values, there is a growing understanding that intraspecific trait variation (ITV) can also play a critical role in species coexistence. Classic biodiversity theory hypothesizes that higher diversity at species-rich sites can arise from narrower niches relative to species-poor sites, which would be reflected in reduced ITV as species richness increases. To explore how ITV in woody plant communities changes with species richness, we compiled leaf trait data (leaf size and specific leaf area) in a total of 521 woody plant species from 21 forest communities that differed dramatically in species richness, ranging from boreal to tropical rainforests. At each forest, we assessed ITV as an estimate of species niche breadth and we quantified the degree of trait overlap among co-occurring species as a measure of species functional similarity. We found ITV was relatively invariant across the species richness gradient. In addition, we found that species functional similarity increased with diversity. Contrary to the expectation from classic biodiversity theory, our results rather suggest that neutral processes or equalizing mechanisms can be acting as potential drivers shaping community assembly in hyperdiverse forests.Leaf data used to come to this manuscript resulted from many different studies involving different funding sources: European Union Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under grant agreement no. 265171; Spanish-funded project REMEDINAL3eCM (S2013/MAE-2719); Ecometas excellence network (CGL2014-53840-REDT); a FPU grant by the Spanish Government (AP2010-5600); a Marie Curie IEF fellowship (FP7-PEOPLE-2011-IEF. no. 302445);Peer Reviewe

Semiparametric Regression of Multidimensional Genetic Pathway Data: Least-Squares Kernel Machines and Linear Mixed Models

We consider a semiparametric regression model that relates a normal outcome to covariates and a genetic pathway, where the covariate effects are modeled parametrically and the pathway effect of multiple gene expressions is modeled parametrically or nonparametrically using least-squares kernel machines (LSKMs). This unified framework allows a flexible function for the joint effect of multiple genes within a pathway by specifying a kernel function and allows for the possibility that each gene expression effect might be nonlinear and the genes within the same pathway are likely to interact with each other in a complicated way. This semiparametric model also makes it possible to test for the overall genetic pathway effect. We show that the LSKM semiparametric regression can be formulated using a linear mixed model. Estimation and inference hence can proceed within the linear mixed model framework using standard mixed model software. Both the regression coefficients of the covariate effects and the LSKM estimator of the genetic pathway effect can be obtained using the best linear unbiased predictor in the corresponding linear mixed model formulation. The smoothing parameter and the kernel parameter can be estimated as variance components using restricted maximum likelihood. A score test is developed to test for the genetic pathway effect. Model/variable selection within the LSKM framework is discussed. The methods are illustrated using a prostate cancer data set and evaluated using simulations.Peer Reviewedhttp://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/65964/1/j.1541-0420.2007.00799.x.pd