Alternativa skötselmetoder för ängs- och betesmarker och användning av skördat växtmaterial

Ängs- och betesmarker utgör unika livsmiljöer och är mycket värdefulla för den biologiska mångfalden. I dagsläget är utmaningarna stora i Sverige för att kunna hävda ängs- och betesmarkerna med hög kvalitet, till stor del beroende på det minskande antalet betesdjur och minskat behov av fodermarker. Denna rapport sammanställer aktuell kunskap kring möjliga nya skötselmetoder för våra ängs- och betesmarker samt hur skördat material kan användas som en resurs i samhället. Sammanställningen bygger på vetenskaplig och populärvetenskaplig litteratur, författarnas erfarenheter inom området, samt information om pågående teknikutveckling och praktisk tillämpning. Utmaningarna för att utveckla hävden av ängs- och betesmarker består i huvudsak i att hitta rationella system, dels för hantering av betesdjur och dels för effektiv insamling och användning av biomassa. Vi har identifierat följande skötselmetoder och användningsområden som särskilt intressanta för vidare analyser: 1. Flexibel hävd genom till exempel extensivt bete, varierad hävd genom olika skötselmetoder olika år (hävdföljd), kombination av olika metoder genom till exempel maskinell skörd och bränning eller slåtter i kombination med bete. 2. Maskinanpassad hävd av skogsbeten och lövängar – kombinationen av ängsväxter och träd för såväl biologisk mångfald som kolinlagring och produktion av biomassa (både gräs och träd). 3. Småskalig och situationsanpassad teknik – slåtter och borttransport av biomassa från små och hinderrika fält genom en kombination av motormanuella och rationella lösningar. Detta kräver viss metodutveckling och logistik lämpad för avslagning, uppsamling och transport. 4. Samordning och utveckling av avsättning för biomassan för bioenergiändamål. Användning av ängsbiomassa som biogassubstrat har särskilt stor miljönytta och möjliggör effektivt resursutnyttjande genom att man både utvinner energi och en växtnäringsrik rötrest (biogödsel) samtidigt som markerna hävdas. Flera nya studier visar på små eller inga skillnader när slåtter genomförs med skärande eller klippande redskap (lie och knivslåtterbalk) jämfört med roterande redskap (rotorslåttermaskiner med vassa knivar eller röjsnöre). Denna kunskap öppnar upp för maskinell skötsel av slåtterängar som annars hotas av utebliven hävd

Evaluation of secretion prediction highlights differing approaches needed for oomycete and fungal effectors

© 2015 Sperschneider, Williams, Hane, Singh and Taylor. The steadily increasing number of sequenced fungal and oomycete genomes has enabled detailed studies of how these eukaryotic microbes infect plants and cause devastating losses in food crops. During infection, fungal and oomycete pathogens secrete effector molecules which manipulate host plant cell processes to the pathogen's advantage. Proteinaceous effectors are synthesized intracellularly and must be externalized to interact with host cells. Computational prediction of secreted proteins from genomic sequences is an important technique to narrow down the candidate effector repertoire for subsequent experimental validation. In this study, we benchmark secretion prediction tools on experimentally validated fungal and oomycete effectors. We observe that for a set of fungal SwissProt protein sequences, SignalP 4 and the neural network predictors of SignalP 3 (D-score) and SignalP 2 perform best. For effector prediction in particular, the use of a sensitive method can be desirable to obtain the most complete candidate effector set. We show that the neural network predictors of SignalP 2 and 3, as well as TargetP were the most sensitive tools for fungal effector secretion prediction, whereas the hidden Markov model predictors of SignalP 2 and 3 were the most sensitive tools for oomycete effectors. Thus, previous versions of SignalP retain value for oomycete effector prediction, as the current version, SignalP 4, was unable to reliably predict the signal peptide of the oomycete Crinkler effectors in the test set. Our assessment of subcellular localization predictors shows that cytoplasmic effectors are often predicted as not extracellular. This limits the reliability of secretion predictions that depend on these tools. We present our assessment with a view to informing future pathogenomics studies and suggest revised pipelines for secretion prediction to obtain optimal effector predictions in fungi and oomycetes

A novel class of peptide pheromone precursors in ascomycetous fungi

Recently, sexual development in the heterothallic ascomycete Trichoderma reesei (anamorph of Hypocrea jecorina) has been achieved and thus initiated attempts to elucidate regulation and determinants of this process. While the α-type pheromone of this fungus fits the consensus known from other fungi, the assumed a-type peptide pheromone precursor shows remarkably unusual characteristics: it comprises three copies of the motif (LI)GC(TS)VM thus constituting a CAAX domain at the C-terminus and two Kex2-protease sites. This structure shares characteristics of both a- and α-type peptide pheromone precursors. Presence of hybrid-type peptide pheromone precursor 1 (hpp1) is essential for male fertility, thus indicating its functionality as a peptide pheromone precursor, while its phosphorylation site is not relevant for this process. However, sexual development in a female fertile background is not perturbed in the absence of hpp1, which rules out a higher order function in this process. Open reading frames encoding proteins with similar characteristics to HPP1 were also found in Fusarium spp., of which Fusarium solani still retains a putative a-factor-like protein, but so far in no other fungal genome available. We therefore propose the novel class of h-type (hybrid) peptide pheromone precursors with H. jecorina HPP1 as the first member of this class

Multi-decadal changes in tundra environments and ecosystems: Synthesis of the International Polar Year-Back to the Future Project (IPY-BTF).

Understanding the responses of tundra systems to global change has global implications. Most tundra regions lack sustained environmental monitoring and one of the only ways to document multi-decadal change is to resample historic research sites. The International Polar Year (IPY) provided a unique opportunity for such research through the Back to the Future (BTF) project (IPY project #512). This article synthesizes the results from 13 papers within this Ambio Special Issue. Abiotic changes include glacial recession in the Altai Mountains, Russia; increased snow depth and hardness, permafrost warming, and increased growing season length in sub-arctic Sweden; drying of ponds in Greenland; increased nutrient availability in Alaskan tundra ponds, and warming at most locations studied. Biotic changes ranged from relatively minor plant community change at two sites in Greenland to moderate change in the Yukon, and to dramatic increases in shrub and tree density on Herschel Island, and in sub-arctic Sweden. The population of geese tripled at one site in northeast Greenland where biomass in non-grazed plots doubled. A model parameterized using results from a BTF study forecasts substantial declines in all snowbeds and increases in shrub tundra on Niwot Ridge, Colorado over the next century. In general, results support and provide improved capacities for validating experimental manipulation, remote sensing, and modeling studies

Hävdens betydelse för miljön

Det finns många skäl att ägna sig åt agrarhistoria, precis som det också finns många skäl att syssla med skogshistoria. Båda disciplinerna ger naturligtvis betydande bidrag till den allmänna förståelsen av samhällets utveckling. Här vill jag dock speciellt framhålla dessa discipliners stora roll för ett antal konkreta nutida aktiviteter. En sådan aktivitet är naturligtvis den kulturmiljövård som bedrivs i landskapet

Skånsk kulturlandskapshistoria

Forfattren er Fil. dr. i vækstøkologi. Han lægger ud med en grundig beskrivelse af Skåne som et grænseland, ikke blot til Danmark, men også til det øvrige Sverige.Skåne er slettens kulturlandskab med kornavl som primærproduktion, nordpå starter skovbygden med træ som vigtigste produktion

Kartanalys för Sydsveriges agrara landskap

”Genetisk variation som kulturarv i Sydsveriges agrara landskap” (GRAAL) är ett projekt som nyligen initierats och bedrivs i samarbete mellan Sveriges Lantbruksuniversitet (SLU), Centrum för Biologisk Mångfald (CBM) och Nordiskt Genresurscenter (NordGen). Projektets syfte är att studera den genetiska mångfalden och föreslå bevarandeåtgärder kring det genetiska kulturarvet i träd och buskar i dagens landskap. Projektet avser således att identifiera och åldersbestämma samt att bedöma den genetiska variationen hos stubbskottsträd i det skånska kulturlandskapet. Projektet avser också att som ett led i detta arbete ta fram ett tvärvetenskapligt och tvärsektoriellt arbetssätt där moderna genetiska analyser samspelar med nya arkeologiska och historiska metoder och landskapsanalys. Denna rapport presenterar en historisk kartstudie som går ut på att identifiera områden där gamla flerstammiga träd med sockel kan påträffas

Flätgären – speciella gärdesgårdar på skånska

Ordet gärdesgård leder idag tankarna till endera stenmurar eller hankgärdes-gårdar av trä. Så dock inte i Skåne. I det gamla bondesamhället fanns det betydligt fler sätt än så att hägna in eller ut boskapen. Typiskt för södra delen av Sverige är istället olika former av ris- och flätgärden. I Skåne kallades olika typer av gärdesgårdar för gärden, i folkmun gäre, vilket också är det ord som kommer att användas i denna rapport