Bloodstream and endovascular infections due to Abiotrophia defectiva and Granulicatella species

BACKGROUND: Abiotrophia and Granulicatella species, previously referred to as nutritionally variant streptococci (NVS), are significant causative agents of endocarditis and bacteraemia. In this study, we reviewed the clinical manifestations of infections due to A. defectiva and Granulicatella species that occurred at our institution between 1998 and 2004. METHODS: The analysis included all strains of NVS that were isolated from blood cultures or vascular graft specimens. All strains were identified by 16S rRNA sequence analysis. Patients' medical charts were reviewed for each case of infection. RESULTS: Eleven strains of NVS were isolated during the 6-year period. Identification of the strains by 16S rRNA showed 2 genogroups: Abiotrophia defectiva (3) and Granulicatella adiacens (6) or "para-adiacens" (2). The three A. defectiva strains were isolated from immunocompetent patients with endovascular infections, whereas 7 of 8 Granulicatella spp. strains were isolated from immunosuppressed patients, mainly febrile neutropenic patients. We report the first case of "G. para-adiacens" bacteraemia in the setting of febrile neutropenia. CONCLUSION: We propose that Granulicatella spp. be considered as a possible agent of bacteraemia in neutropenic patients

An original phylogenetic approach identified mitochondrial haplogroup T1a1 as inversely associated with breast cancer risk in BRCA2 mutation carriers

Introduction: Individuals carrying pathogenic mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes have a high lifetime risk of breast cancer. BRCA1 and BRCA2 are involved in DNA double-strand break repair, DNA alterations that can be caused by exposure to reactive oxygen species, a main source of which are mitochondria. Mitochondrial genome variations affect electron transport chain efficiency and reactive oxygen species production. Individuals with different mitochondrial haplogroups differ in their metabolism and sensitivity to oxidative stress. Variability in mitochondrial genetic background can alter reactive oxygen species production, leading to cancer risk. In the present study, we tested the hypothesis that mitochondrial haplogroups modify breast cancer risk in BRCA1/2 mutation carriers. Methods: We genotyped 22,214 (11,421 affected, 10,793 unaffected) mutation carriers belonging to the Consortium of Investigators of Modifiers of BRCA1/2 for 129 mitochondrial polymorphisms using the iCOGS array. Haplogroup inference and association detection were performed using a phylogenetic approach. ALTree was applied to explore the reference mitochondrial evolutionary tree and detect subclades enriched in affected or unaffected individuals. Results: We discovered that subclade T1a1 was depleted in affected BRCA2 mutation carriers compared with the rest of clade T (hazard ratio (HR) = 0.55; 95% confidence interval (CI), 0.34 to 0.88; P = 0.01). Compared with the most frequent haplogroup in the general population (that is, H and T clades), the T1a1 haplogroup has a HR of 0.62 (95% CI, 0.40 to 0.95; P = 0.03). We also identified three potential susceptibility loci, including G13708A/rs28359178, which has demonstrated an inverse association with familial breast cancer risk. Conclusions: This study illustrates how original approaches such as the phylogeny-based method we used can empower classical molecular epidemiological studies aimed at identifying association or risk modification effects.Peer reviewe

Le bois mort : élément structurant des communautés d'oiseaux et de chauves-souris ?

National audienceLe but de cette étude est d’évaluer l’influence respective de l’exploitation forestière, de la structure et du paysage sur les communautés de chiroptères et d’oiseaux en forêt exploitée et non exploitée en France. Nos résultats montrent que la richesse totale de l'avifaune et des chiroptères, la richesse des oiseaux forestiers et des chiroptères de lisière augmente faiblement avec le volume total de bois mort. La richesse des oiseaux généralistes, des omnivores et des cavicoles est légèrement plus élevée dans les forêts non exploitées. Les chiroptères glaneurs sont positivement influencés par la densité de bois mort debout. Par contre, les variables paysagères retenues n’ont que peu d’influence sur la biodiversité. Malgré des effets assez faibles, notre étude confirme l’intérêt du bois mort pour la diversité de ces groupes

Effets de la structure forestière, de l'abandon de gestion et des caractéristiques du paysage sur les oiseaux et les chauves-souris et implications pour leur conservation

International audienceSustainable forest management aims to produce wood while preserving habitats for biodiversity, which is particularly challenging for vertebrates with local and landscape scale requirements, such as birds or bats. Managers need additional scientific evidence to help them balance conservative and integrative management methods. In this study, the relative influence of management abandonment, stand structure and landscape features on bird and bat communities in 14 managed and unmanaged forests in France is evaluated. Total birds and bats richness, richness for forest and threatened birds and edge-specialized bats significantly increased with total deadwood quantities. Richness of generalist, omnivorous and cavity-nesting birds was higher in unmanaged stands and richness of gleaner bats was positively influenced by the density of standing deadwood. By contrast, landscape variables had little influence on the different ecological groups but did have effects on individual species. Though the effects showed relatively limited magnitude, this study supports the value of deadwood and the importance of management abandonment for forest vertebrates. This study confirms that for integrated conservation strategies to be fully efficient they must be complemented by designating strict forest reserves because some target species groups depend on structural features found only at sufficient levels in those areas

Sélection et évaluation agronomique de génotypes performants euraméricains à des fins de futaie et de biomasse. Rapport final

Le présent document rapporte les activités de recherche des trois membres INRA, FCBA et Cemagref constituant le Groupement d'Intérêt Scientifique « Peupliers » pour la période mai 2010 à mai 2011. Les deux séries d'hybrides euraméricains « single-pair » et « factoriel » terminent leur processus de sélection vis-à-vis de M. larici-populina et de Marssonina brunnea dans des essais pépinières.Malgré des comportements instables dus notamment à des effets climatiques annuels, les essais de sensibilité à Marssonina brunnea ont permis de synthétiser l'information relative à la sensibilité des clones DN du GIS à la fois sur feuilles et sur rameaux. Les résultats de l'essai traité / non traité nous confirment l'intérêt d'une protection phytosanitaire sur la croissance, mais ne permet pas de relier facilement le niveau d'infestation et la perte de croissance engendrée contrairement à ce qu'on observe pour Melampsora larici-populina. A l'issue de plusieurs années d'observation, les dispositifs expérimentaux ont permis de collecter des informations importantes sur le comportement des clones vis-à-vis de cet agent pathogène important. Un travail approfondi de mesure de l'état sanitaire par photo aérienne (télédétection à très haute résolution) a permis de confirmer les potentialités de ces techniques et de les comparer aux notations de symptômes classiques, au sol. Enfin les travaux sur feuilles en survie au laboratoire se sont poursuivis. Après deux années de notations et de mesures sur l'essai rouille de Charrey-sur-Saône (2009-2010), dont les résultats sont bien corrélés, le GIS dispose d'une bonne évaluation de la sensibilité de ses clones euraméricains pour ce critère. La perte de croissance engendrée par les attaques de rouille est elle aussi évaluée et permet d'évaluer leur tolérance à la maladie. Les résultats obtenus, qu'il faudra confronter aux autres critères de sélection, laissent entrevoir la possibilité d'identifier facilement des clones ayant à la fois un niveau de sensibilité acceptable et une bonne tolérance à la maladie. Par ailleurs, toujours dans le cadre de l'étude de comportement face aux agents pathogènes, une évaluation de la sensibilité à M. larici-populina, au laboratoire, a été conduite cette année, à partir de plusieurs souches d'agressivité connue, sur une cinquantaine de clones interaméricains du GIS. Enfin, les résultats acquis sur l'essai de comportement face au chancre bactérien ont permis de confirmer le comportement d'une soixantaine de clones P. deltoides, dont les 4 clones GIS en cours d'inscription. Trois parcelles expérimentales de comparaison de clones en futaie (DN et D) ont été implantées au printemps 2010 ainsi que deux parcelles à vocation de production de biomasse (DN), dans des régions non couvertes. Les travaux d'évaluation sur les croisements intra-spécifiques (P. nigra et P. deltoides) se sont poursuivis, notamment pour la croissance et la résistance à Mlp. Ces recombinaisons permettront dans le futur de valoriser des caractères intéressants mais portés par individus du « mauvais sexe » dans le cadre des hybridations P. deltoides x P. nigra, qui ne fonctionnent que dans le sens P. deltoides-femelle et P. nigra-mâle. Enfin le GIS a entamé une étude sur la pertinence des caractères définis par l'UPOV et utilisés dans le cadre de l'évaluation DHS des variétés de peuplier. Cette première approche a permis de découvrir une grande variabilité de certains caractères selon l'époque d'observation et selon le site (Orléans vs. Guémené-Penfao)

Premières sorties variétales P. deltoides du GIS peuplier et recherche de génotypes performants euraméricains. Rapport final

Le présent rapport présente les travaux du GIS peuplier en 2009/2010, il s'agit en particulier de la poursuite de la sélection des différents types botaniques créés par le GIS. Une procédure d'inscription de 4 clones hybrides P. deltoïdes x P. deltoïdes a été lancée sur la base des résultats acquis fin 2008. Un travail d'approfondissement du travail de sélection des clones euraméricains (P. deltoïdes x P. nigra) est également engagé avec le suivi de l'essai « rouille » installé à Charrey-sur-Saône par le FCBA et le suivi des essais Marssonina brunnea installés par le Cemagref à Nogent-sur-Vernisson. Les essais de sensibilité à Marssonina brunnea ont montré un bon niveau d'attaque de l'agent pathogène en 2009, en progression par rapport aux années précédentes. Des travaux au laboratoire et au champ ont également été conduits afin d'améliorer les connaissances biologiques et méthodologiques afférentes à l'agent pathogène marssonina brunea. Une première approche de mesure de l'état sanitaire par photo aérienne (caméra thermique) a permis de confirmer le potentiel des mesures de T° des couverts végétaux, ce qui pourrait permettre de relier ce facteur à un état sanitaire plus ou moins altéré par les agents pathogènes. Un travail important a été réalisé sur les propriétés du bois de 54 clones avec en particulier une corrélation significative de certains caractères entre bois adulte et bois jeune (4 ans). Cela permet au GIS de pouvoir juger à un stade juvénile de certaines qualités du bois et déterminer dès l'âge de deux ans par exemple si un nouveau clone est de type bois « lourd » ou « léger ». Les essais agronomiques se poursuivent avec deux parcelles expérimentales de comparaison de clones en futaie implantées au printemps 2009 et comprenant chacune une cinquantaine de génotypes euraméricains issus des travaux de sélection du GIS Peuplier. Le GIS a également créé pour ses membres un espace collaboratif à accès réservé qui accueillera en particulier les documents importants du GIS. Un nouvel espace public pourrait être également y être ouvert afin de devenir une vitrine extérieure permettant de mieux communiquer sur les activités du GIS. Un important effort de renouvellement des géniteurs P. deltoïdes et P. nigra par recombinaison intra spécifique se poursuit. Un premier tri sur valeur phénotypique des meilleurs recombinants est en cours à la pépinière de Guémené-Penfao. Des récoltes de pollen ont été initiées au sein de géniteurs P. deltoïdes x P. trichocarpa afin de poursuivre la sélection d'hybrides interaméricains

Poursuite de la sélection des hybrides euraméricains du GIS peuplier, recherche de prédicteurs précoces des propriétés du bois et de l'efficience de l'utilisation de l'eau. Rapport final

Le travail effectué dans le cadre de cette convention cherchait à pousuivre le processus de sélection des deux grands types de peupliers hybrides, euraméricains et interaméricains, crées par le GIS peuplier (Tâches 1,2 et 5). La troisième tâche consistait à identifier de futurs parents potentiels de peupliers deltoïdes et d'hybrides interaméricains, utilisables dans de futurs plans de croisement. La tâche N°4 a permis d'acquérir des données sur les propriétés du bois juvénile et de rechercher des corrélations avec les propriétés du bois adulte

Exploration de la variabilité de la distribution de biomasse dans les arbres forestiers

International audienceNowadays, fossil fuels represent more than half the total energy consumption in developed countries. As biomass is a renewable resource and fi xes carbon when growing, there is a strong interest to use it as energy, as bio-fuel, and in construction. In some countries like France, ambitious plans for increasing harvest have been made until 2020 (namely +35% of annual wood harvesting). When dealing with such stakes, an accurate and reliable estimation of forest resource is needed. When they are built from empirical approaches, traditional biomass equations are hampered by diffi culties to extrapolate to other species and site conditions. To build biomass models that are as robust as possible, it is important to explore the variability for many species on a whole country. We gathered biomass measurements from the main seven French forest organizations into a unique database. This dataset includes volume and/or biomass for around 150,000 trees from 1920 to 2009, half of them having been precisely measured up to 0- or 4-cm diameter in stems and branches, and more than 1 million trees from the National Forest Inventory. Here we show interesting results and analyses, linked to theoretical considerations of biomass distribution in trees

Modéliser

À l'heure de la liquidation des IUFM, l'objet du présent dossier est la modélisation des pratiques de ses professionnels : dans la classe, en formation, avec l'enfant en difficulté, en ZEP. En leur proposant de modéliser une théorie de leurs pratiques, chacun pourra lire ici des expériences innovantes et positives ; l'interaction entre le savoir universitaire et le savoir professionnel décrit la perfectibilité de l'élève, le rôle du silence ou encore le projet en classe spécialisée, l'expérience de la formation continue

EMERGE : quelle biomasse de bois dans nos forêts ?

National audiencePremière présentation du projet EMERGE, projet financé par l'ANR BIOÉNERGIE, au séminaire de début de projets. EMERGE signifie Élaboration de Modèles pour une Estimation Robuste et Générique du bois Énergie