Characterization of non-discriminating tetramethylammonium hydroxide-induced thermochemolysis-capillary gas chromatography-mass spectrometry as a method for profiling fatty acids in bacterial biomasses

Abstract Thermochemolysis using tetramethylammonium hydroxide (TMAH) as a method for profiling fatty acids (FAs) as methyl esters (FAMEs) was studied with respect to discrimination of bacterial fatty acid patterns in Gram-negative Pseudomonas putida in comparison with patterns obtained by classical preparation schemes (pressurized solvent extraction, alkaline saponification). A new, non-discriminating pyrolysis approach was used in these experiments. In this method, pyrolysis is carried out inside a deactivated stainless steel capillary constituting a part of the column train. This approach made it possible to distinguish analyte discrimination brought about by (i) the pyrolyzer set-up in conventional pyrolysis and (ii) chemical thermochemolysis reaction itself. Our results showed no significant discrimination for saturated, monounsaturated and cyclopropane FAs when using thermochemolysis temperatures up to 550 • C with the non-discriminating, capacitivedischarged based approach. Likewise, the cis/trans ratio of monounsaturated FAs was preserved. This is in sharp contrast to conventional pyrolysis systems (both Curie-point or flash pyrolyzers) using much longer thermochemolysis times. When using these systems, artificial monounsaturated FAMEs were formed during heat treatment resulting in biased species identification/classification. Hydroxy-FAs, chiefly bound covalently in lipopolysaccharides, could be almost quantitatively liberated by TMAH using non-discriminating pyrolysis (beyond 90%), whereas the recoveries were lower with conventional approaches. The new method makes it possible to profile fatty acids in very small amounts of both solid and liquid samples without significant sample preparation. This was exemplified by the results of TMAH-thermochemolysis of a fermentation broth taken from an in situ bioremediation reactor to monitor enhanced natural attenuation processes, and tomato roots which were subjected to cellulolytic bacteria attacks (Streptomyces), resulting in adsorption of these carboxymethyl-cellulose decomposing bacteria onto the root

Buendnis 90/ Die Gruenen ein schwieriges Buendnis in der Bewaehrungsprobe

UuStB Koeln(38)-940106613 / FIZ - Fachinformationszzentrum Karlsruhe / TIB - Technische InformationsbibliothekSIGLEDEGerman

Informations- und Kommunikationstechnologien in der oeffentlichen Verwaltung Bd. 3, Die automatisierte Datenverarbeitung in der Bundesverwaltung; Ergebnisse einer Untersuchung

In diesem Forschungsbericht werden 'Planung, Beschaffung und Anwendung automatisierter Datenverarbeitungsanlagen' in der Bundesverwaltung, ferner Institutionen und Instrumente der ressortuebergreifenden Koordination der EDV sowie deren Ergebnisse und Probleme dargestellt. Die Informationsbasis bestand, da zum Thema 'Keine kontinuierlichen und zuverlaessig vergleichbare Erhebungen' vorliegen, ('aus 16 zum Teil halbtaegigen Intensivinterviews in verschiedenen Ministerien und nachgeordneten Behoerden, Dokumenten aus dem Regierungs- und Parlamentsbereich, darunter auch solchen, die nicht bzw. noch nicht oeffentlich zugaenglich sind, sowie der eher spaerlichen Sekundaerliteratur zu unserem Gegenstandsbereich.') Die Verfasser kommen zu dem Ergebnis, dass sich der Hauptanteil der EDV-Anwendung in Bundesbehoerden auf wenige Ressort konzentriert, wobei die Ausgaben fuer EDV in den letzten Jahren z. T. sprunghaft angestiegen sind, und dass sich eine Verschiebung des mit EDV verarbeiteten Inhalte von der 'routinierten Massendatenverarbeitung' zum eigentlichen Leistungsbereich der Behoerden abzeichnet, wobei 'Informationsdienste eine immer groessere Rolle spielt. Sie stellen fest, 'dass die Bundesverwaltung hinsichtlich des konventionellen DV-Einsatzes inzwischen aus der Position des Abwartens herausgewachsen ist und gegenueber den privaten Anwendern weitgehend gleichgezogen hat. Genauso wird man jedoch darauf hinweisen muessen, dass die neueren Techniken der Bueroautomatisierung und der Telekommunikation bisher kaum systematischen und integrierten Eingang in die oeffentliche Verwaltung generell und hier in die Bundesverwaltung speziell gefunden haben.') Das prinzipielle Problem der Koordination der EDV-Anwendung in der Bundesverwaltung sehen die Verfasser in der Beschraenkung der 'Duchsetzungsmacht' der mit der Koordination betrauten Gremien durch die verfassungsrechtlich vorgeschriebene 'dezentrale Kompetenzstruktur' der Bundesverwaltung. Nach ihrem Befund ist die Nutzung von Inforamtionstechnologien in der oeffentlichen Verwaltung nie wirklich als ein allgemeinpolitisches, sondern fast ausschliesslich als verwaltungspolitisches und verwaltungsorganisatorisches Problem begriffen worden.') Die dezentrale Kompetenzstruktur birgt jedoch insofern auch die Chance von 'Innovationsanstoessen', als zwar ('mit zunehmendem DV-Sachverstand in den Ministerien wird deren Selbstaendigkeit noch unterstuetzt, gleichzeitig aber auch die Moeglichkeit zu intensivem fachlichen Austausch gefoerdert wird. In dem Moment, wo ein solcher Diskussionsstand und eine entsprechende Qualifikation der Beteiligten erreicht ist, waere ein 'Promotor' hilfreich, der diese Diskussion vorbereiten und koordinieren koennte. Angesichts der bestehenden Kompetenzstrukturen kann dieser 'Promotor' nur durch Fachautoritaet ueberzeugen und den Diskussionsverlauf in seinem Sinne beeinflussen.') (IAB2)SIGLEAvailable from IAB / FIZ - Fachinformationszzentrum Karlsruhe / TIB - Technische InformationsbibliothekDEGerman

Moeglichkeiten und Grenzen sozio-oekonomischer Modelle Bd. 2

Vorgelegt werden Beitraege zu mikroanalytischen Modellen und gesamtwirtschaftlichen Energiemodellen. Im einzelnen werden folgende soziooekonomische Modelle behandelt: (1) Aufbau und Anwendung des Einkommensteuermodells des Bundesministeriums der Finanzen; (2) Probleme der Modellierung finanzieller Wirkungen von Gesetzentwuerfen am Beispiel der Reform des Hinterbliebenenrechts in der gesetzlichen Krankenversicherung; (3) Grundlagen, Moeglichkeiten und Grenzen des Einsatzes von Energiemodellen fuer die Energiepolitik unter besonderer Beruecksichtigung der Energiemodellentwicklung in der Bundesrepublik Deutschland; (4) Entwicklung und Anwendung eines disaggregierten Simulationsmodells zur Analyse der Zusammenhaenge zwischen Energiewirtschaft und Gesamtwirtschaft; (5) Probleme der Anwendung gesamtwirtschaftlicher oekonometrischer Modelle in der praktischen Arbeit. (ICE)SIGLEAvailable from UuStB Koeln(38)-3L3667 / FIZ - Fachinformationszzentrum Karlsruhe / TIB - Technische InformationsbibliothekDEGerman

STATT Partei Aufstieg und schneller Fall einer Protestpartei

UuStB Koeln(38)-950106030 / FIZ - Fachinformationszzentrum Karlsruhe / TIB - Technische InformationsbibliothekSIGLEDEGerman

Informations- und Kommunikationstechnologien in der oeffentlichen Verwaltung Bd. 1, Anwendungsstand und Ansatzpunkte fuer informationstechnische Innovationen; Ergebnisse einer Untersuchung

Innerhalb des auf informations- und kommunikationstechnische Anwendungen in der oeffentlichen Vollzugsverwaltung eingegrenzten Untersuchungsbereichs 'sollten zwei Fragenkomplexe bearbeitet werden. Einmal ging es darum, etwas ueber den Stand informations- und kommunikationstechnischer Anwendungen in der Vollzugsverwaltung auszusagen. Zum anderen sollte versucht werden, Ansaetze und Perspektiven fuer einen angemessenen Einsatz dieser Technologien in der Zukunft auszumachen. Es ging hier also in einem bestimmten Sinne darum, den 'Bedarf' der oeffentlichen Verwaltung an technischer Unterstuetzung aufzuzeigen, wobei jedoch von vornherein nicht etwa an eine Marktuntersuchung gedacht war. Anstatt etwa Absatzchancen fuer konkrete Hardware- und Software-Produkte auszuleuchten, ging es in dieser Untersuchung vielmehr darum, den moeglichen Beitrag dieser Technologien zur Behebung von Defiziten bei der Aufgabenerledigung der oeffentlichen Verwaltung abzuschaetzen. ... Methodisch wurde ... der Weg gewaehlt, in ausgewaehlten Aufgabenbereichen der oeffentlichen Vollzugsverwaltung kleinere Fallstudien durchzufuehren, die anschliessend im Sinne der uebergreifenden Fragestellungen ausgewertet wurden.' Der Forschungsbericht ist in zwei Kapitel eingeteilt. 'Kapitel 1 resuemiert knapp die wesentlichsten Ergebnisse aus den drei Anlagebaenden, die Stand und Entwicklungstendenzen (vor allem) informationstechnologischer Anwendungen in der Kommunalverwaltung, den Landesverwaltungen und der Bundesverwaltung behandeln. Kapitel 2 stellt dagegen im wesentlichen dar, was an Ergebnissen aus den Fallstudien gewonnen wurde; hier geht es zentral um das Problemloesungspotential der modernen Technologie fuer die oeffentliche Verwaltung - und seine Grenzen. Dabei wird die Frage, welche Schlussfolgerungen die GMD fuer ihre eigene Rolle im technologischen Innovationsprozess speziell im Bereich der oeffentlichen Verwaltung ziehen koennte, am Schluss nur sehr knapp angesprochen.' (IAB2)SIGLEAvailable from IAB / FIZ - Fachinformationszzentrum Karlsruhe / TIB - Technische InformationsbibliothekDEGerman

Impact of Pre-Blood Collection Factors on Plasma Metabolomic Profiles

Demographic, lifestyle and biospecimen-related factors at the time of blood collection can influence metabolite levels in epidemiological studies. Identifying the major influences on metabolite concentrations is critical to designing appropriate sample collection protocols and considering covariate adjustment in metabolomics analyses. We examined the association of age, sex, and other short-term pre-blood collection factors (time of day, season, fasting duration, physical activity, NSAID use, smoking and alcohol consumption in the days prior to collection) with 133 targeted plasma metabolites (acylcarnitines, amino acids, biogenic amines, sphingolipids, glycerophospholipids, and hexoses) among 108 individuals that reported exposures within 48 h before collection. The differences in mean metabolite concentrations were assessed between groups based on pre-collection factors using two-sided t-tests and ANOVA with FDR correction. Percent differences in metabolite concentrations were negligible across season, time of day of collection, fasting status or lifestyle behaviors at the time of collection, including physical activity or the use of tobacco, alcohol or NSAIDs. The metabolites differed in concentration between the age and sex categories for 21.8% and 14.3% metabolites, respectively. In conclusion, extrinsic factors in the short period prior to collection were not meaningfully associated with concentrations of selected endogenous metabolites in a cross-sectional sample, though metabolite concentrations differed by age and sex. Larger studies with more coverage of the human metabolome are warranted

ModelCIF: An Extension of PDBx/mmCIF Data Representation for Computed Structure Models

ModelCIF (github.com/ihmwg/ModelCIF) is a data information framework developed for and by computational structural biologists to enable delivery of Findable, Accessible, Interoperable, and Reusable (FAIR) data to users worldwide. ModelCIF describes the specific set of attributes and metadata associated with macromolecular structures modeled by solely computational methods and provides an extensible data representation for deposition, archiving, and public dissemination of predicted three-dimensional (3D) models of macromolecules. It is an extension of the Protein Data Bank Exchange / macromolecular Crystallographic Information Framework (PDBx/mmCIF), which is the global data standard for representing experimentally-determined 3D structures of macromolecules and associated metadata. The PDBx/mmCIF framework and its extensions (e.g., ModelCIF) are managed by the Worldwide Protein Data Bank partnership (wwPDB, wwpdb.org) in collaboration with relevant community stakeholders such as the wwPDB ModelCIF Working Group (wwpdb.org/task/modelcif). This semantically rich and extensible data framework for representing computed structure models (CSMs) accelerates the pace of scientific discovery. Herein, we describe the architecture, contents, and governance of ModelCIF, and tools and processes for maintaining and extending the data standard. Community tools and software libraries that support ModelCIF are also described

Carbon-nitrogen interactions in European forests and semi-natural vegetation - Part 1 : Fluxes and budgets of carbon, nitrogen and greenhouse gases from ecosystem monitoring and modelling

The impact of atmospheric reactive nitrogen (N-r) deposition on carbon (C) sequestration in soils and biomass of unfertilized, natural, semi-natural and forest ecosystems has been much debated. Many previous results of this dC/dN response were based on changes in carbon stocks from periodical soil and ecosystem inventories, associated with estimates of N-r deposition obtained from large-scale chemical transport models. This study and a companion paper (Flechard et al., 2020) strive to reduce uncertainties of N effects on C sequestration by linking multi-annual gross and net ecosystem productivity estimates from 40 eddy covariance flux towers across Europe to local measurement-based estimates of dry and wet N-r deposition from a dedicated collocated monitoring network. To identify possible ecological drivers and processes affecting the interplay between C and N-r inputs and losses, these data were also combined with in situ flux measurements of NO, N2O and CH4 fluxes; soil NO3- leaching sampling; and results of soil incubation experiments for N and greenhouse gas (GHG) emissions, as well as surveys of available data from online databases and from the literature, together with forest ecosystem (BAS-FOR) modelling. Multi-year averages of net ecosystem productivity (NEP) in forests ranged from -70 to 826 gCm(-2) yr(-1) at total wet + dry inorganic N-r deposition rates (N-dep) of 0.3 to 4.3 gNm(-2) yr(-1) and from -4 to 361 g Cm-2 yr(-1) at N-dep rates of 0.1 to 3.1 gNm(-2) yr(-1) in short semi-natural vegetation (moorlands, wetlands and unfertilized extensively managed grasslands). The GHG budgets of the forests were strongly dominated by CO2 exchange, while CH4 and N2O exchange comprised a larger proportion of the GHG balance in short semi-natural vegetation. Uncertainties in elemental budgets were much larger for nitrogen than carbon, especially at sites with elevated N-dep where N-r leaching losses were also very large, and compounded by the lack of reliable data on organic nitrogen and N-2 losses by denitrification. Nitrogen losses in the form of NO, N2O and especially NO3- were on average 27%(range 6 %-54 %) of N-dep at sites with N-dep 3 gNm(-2) yr(-1). Such large levels of N-r loss likely indicate that different stages of N saturation occurred at a number of sites. The joint analysis of the C and N budgets provided further hints that N saturation could be detected in altered patterns of forest growth. Net ecosystem productivity increased with N-r deposition up to 2-2.5 gNm(-2) yr(-1), with large scatter associated with a wide range in carbon sequestration efficiency (CSE, defined as the NEP/GPP ratio). At elevated N-dep levels (> 2.5 gNm(-2) yr(-1)), where inorganic N-r losses were also increasingly large, NEP levelled off and then decreased. The apparent increase in NEP at low to intermediate N-dep levels was partly the result of geographical cross-correlations between N-dep and climate, indicating that the actual mean dC/dN response at individual sites was significantly lower than would be suggested by a simple, straightforward regression of NEP vs. N-dep.Peer reviewe