Precarizaciones salariales y resistencias sociales: ¿Hacia una renovación de la mirada sociológica desde el caso francés?

Increasing precariousness among workers is closely associated with trade unionism contemporary weakness. But this process also open new possibilities for social resistance and - union's form and repertoire of actions recomposition. To identify these we need to revisit wage labor history and different types of responses to reduce insecurity. It seems particularly interesting to examine the stabilization dynamic of wage and the claims for unconstrained mobility. This historically detour helps to identify the truly new dimension in the process of contemporary insecurity and question how trade unions are reacting.La precarización del mundo laboral se encuentra íntimamente ligada a su debilitamiento como actor colectivo. Pero al mismo tiempo es portadora de potencialidades de resistencia social y de reestructuración de la forma sindical. Una mejor identificación de estas últimas arroja una nueva luz sobre la historia de los asalariados y sus respuestas ante la inseguridad. En particular, parece interesante explorar las dinámicas de estabilización de los asalariados y de reivindicación de una movilidad no impuesta. Esta digresión histórica no sólo permite identificar las dimensiones auténticamente nuevas del actual proceso de precarización, sino también cuestionar la manera como las organizaciones sindicales lo enfrentan

How to identify pathogenic mutations among all those variations: Variant annotation and filtration in the genome sequencing era

High-throughput sequencing technologies have become fundamental for the identification of disease-causing mutations in human genetic diseases both in research and clinical testing contexts. The cumulative number of genes linked to rare diseases is now close to 3,500 with more than 1,000 genes identified between 2010 and 2014 because of the early adoption of Exome Sequencing technologies. However, despite these encouraging figures, the success rate of clinical exome diagnosis remains low due to several factors including wrong variant annotation and nonoptimal filtration practices, which may lead to misinterpretation of disease-causing mutations. In this review, we describe the critical steps of variant annotation and filtration processes to highlight a handful of potential disease-causing mutations for downstream analysis. We report the key annotation elements to gather at multiple levels for each mutation, and which systems are designed to help in collecting this mandatory information. We describe the filtration options, their efficiency, and limits and provide a generic filtration workflow and highlight potential pitfalls through a use case

Visual counts, bioacoustics and RADAR: three methods to study waterfowl prenuptial migration in Southern France

Conteos visuales, bioacústica y RADAR: tres métodos para estudiar la migración prenupcial de aves acuáticas en el sur de Francia Este estudio es el resultado de cuatro años de monitorización (2006–2009) en dos lugares durante la migración prenupcial. En cada uno, se llevó a cabo un seguimiento de 24 horas, durante periodos de 10 días, a lo largo de la segunda década de enero (J2), el mes de febrero (F1–F3), marzo (M1–M3) y la primera década de abril (A1). La migración se monitorizó mediante RADAR (FURUNO FAR2127), asociado con grabaciones bioacústicas nocturnas, y censos visuales en las mismas áreas. El esfuerzo de muestreo fue considerable: los conteos visuales totalizaron 282 conteos–sitios (n = 262.030 patos contados), mediante bioacústica se obtuvierono 9.573 vocalizaciones en 814 horas de grabación nocturna y mediante RADAR se registraron 67.368 ecos durante 2.128 horas de vigilancia. Los censos visuales muestran una disminución del número de aves a finales de enero/principios de febrero. Los registros nocturnos presentan un máximo o mínimo del índice bioacústico en F2 y F3 función del año. El RADAR, el mejor método para estudiar los movimientos de aves a nivel de población, identificó dos picos de abundancia diferentes, utilizando las variables “altura de vuelo > 400m” y “dirección de vuelo hacia noreste/sureste” consideradas como características de la migración prenupcial. El primer pico se detectó en F1 en el Sitio 1 sólo en el 2007 (un año de cada cuatro) y en F2 en el Sitio 2 sólo en el 2006 (un año de cada cuatro). Un segundo pico, de mayor intensidad, se detectó en M1 (Sitio 1) y en M2 (Sitio 2). Aunque todos los métodos considerados pueden tener sesgos, el uso de dos nuevas tecnologías en combinación con los conteos visuales, nos ha permitido obtener datos fiables y actuales sobre la migración de aves acuáticas en el área mediterránea.Conteos visuales, bioacústica y RADAR: tres métodos para estudiar la migración prenupcial de aves acuáticas en el sur de Francia Este estudio es el resultado de cuatro años de monitorización (2006–2009) en dos lugares durante la migración prenupcial. En cada uno, se llevó a cabo un seguimiento de 24 horas, durante periodos de 10 días, a lo largo de la segunda década de enero (J2), el mes de febrero (F1–F3), marzo (M1–M3) y la primera década de abril (A1). La migración se monitorizó mediante RADAR (FURUNO FAR2127), asociado con grabaciones bioacústicas nocturnas, y censos visuales en las mismas áreas. El esfuerzo de muestreo fue considerable: los conteos visuales totalizaron 282 conteos–sitios (n = 262.030 patos contados), mediante bioacústica se obtuvierono 9.573 vocalizaciones en 814 horas de grabación nocturna y mediante RADAR se registraron 67.368 ecos durante 2.128 horas de vigilancia. Los censos visuales muestran una disminución del número de aves a finales de enero/principios de febrero. Los registros nocturnos presentan un máximo o mínimo del índice bioacústico en F2 y F3 función del año. El RADAR, el mejor método para estudiar los movimientos de aves a nivel de población, identificó dos picos de abundancia diferentes, utilizando las variables “altura de vuelo > 400m” y “dirección de vuelo hacia noreste/sureste” consideradas como características de la migración prenupcial. El primer pico se detectó en F1 en el Sitio 1 sólo en el 2007 (un año de cada cuatro) y en F2 en el Sitio 2 sólo en el 2006 (un año de cada cuatro). Un segundo pico, de mayor intensidad, se detectó en M1 (Sitio 1) y en M2 (Sitio 2). Aunque todos los métodos considerados pueden tener sesgos, el uso de dos nuevas tecnologías en combinación con los conteos visuales, nos ha permitido obtener datos fiables y actuales sobre la migración de aves acuáticas en el área mediterránea.This study comes from four years (2006–2009) of monitoring on two sites during the prenuptial migration. On each site, a monitoring of 24 hours per each 10–day period from the second 10–day period of January (J2), though February (F1–F3) and March (M1–M3), up to the first 10–day period of April (A1). Monitoring was carried out by RADAR (FURUNO FAR2127), associated with nocturnal bioacoustics recordings, and visual censuses on the same areas. The monitoring effort was considerable: visual counts carried out represent 282 counts–sites (n = 262,030 ducks counted), bioacoustics detected 9,573 calls during 814 hours of nocturnal recording and RADAR recorded 67,368 echoes on a set of 2,128 hours of monitoring. Visual counts showed a decline in the number of birds from late January/early February. Two patterns were observed with the nocturnal recordings with a maximum or a minimum of the value of bioacoustics index on F2 and F3, depending on the years. RADAR, the most relevant method for tracking of bird movements at a population level, identified two different abundance peaks using variables ‘flight altitude > 400 m’ and ‘flight direction towards north–east/south–east’, considered as characteritics of the prenuptial migration. The first peak was detected during F1 on Site 1 only in 2007 (once every four years) and during F2 on Site 2 only in 2006 (once every four years). A second peak with a higher number of echoes was recorded on M1 (Site 1) and on M2 (Site 2). Although all methods may suffer from different biases, the combination of two new technologies complementary to visual counts provided reliable and updated data for waterfowl migration in the Mediterranean area

Rail transport in the Warsaw agglomeration as a determinant of sustainable transport

Abstract: This article describes the conditions for the functioning of railway transport in the area of the Warsaw agglomeration, the legal conditions for the functioning of metropolitan areas and attempts to define the areas of development and limitations for sustainable transport. Due to the professional experience of the authors, an additional issue discussed in this study will be the functioning of rail transport on the example of the Fast Urban Railway sp. z o.o. in Warsaw. Keywords: Agglomeration; Railway transport; Suburban trai

Landscape ecology and wild rabbit (Oryctolagus cuniculus) habitat modeling in the Mediterranean region

Ecología del paisaje y modelización del hábitat del conejo (Oryctolagus cuniculus) en la región mediterránea La modificación del paisaje es una de las razones de la disminución de las poblaciones de conejo. El objetivo de este estudio era la modelización del hábitat del conejo, usando la ecología del paisaje para crear un método de diagnóstico capaz de evaluar la calidad del hábitat a gran escala. Se observó la presencia/ausencia de conejos en 536 parcelas de 1 ha. Los recuentos nocturnos mediante transectos indicaron una abundancia relativa baja (IKA = 2,3 conejos/km). Por otra parte se realizó, mediante teledetección, una cartografía de uso del suelo con precisión métrica. Se identificaron el agua, el suelo desnudo, las plantas herbáceas, arbustos y los árboles. Se evaluaron la estructura del paisaje y su diversidad utilizando las variables disponibles en FRAGSTATS. Para evaluar la relación entre la presencia/ausencia del conejo y la estructura del paisaje se utilizó una regresión logística. Nuestros resultados indican que un hábitat adecuado tiene una gran diversidad, un número medio de parcelas y una pequeña proporción de arbustos. Estos resultados podrían ser utilizados para diagnosticar el paisaje antes de cualquier acción de gestión enfocada a aumentar las poblaciones de conejo, y a la inversa, ser un instrumento de control integrado en los casos de invasiones locales que causan daños a la agricultura.Ecología del paisaje y modelización del hábitat del conejo (Oryctolagus cuniculus) en la región mediterránea La modificación del paisaje es una de las razones de la disminución de las poblaciones de conejo. El objetivo de este estudio era la modelización del hábitat del conejo, usando la ecología del paisaje para crear un método de diagnóstico capaz de evaluar la calidad del hábitat a gran escala. Se observó la presencia/ausencia de conejos en 536 parcelas de 1 ha. Los recuentos nocturnos mediante transectos indicaron una abundancia relativa baja (IKA = 2,3 conejos/km). Por otra parte se realizó, mediante teledetección, una cartografía de uso del suelo con precisión métrica. Se identificaron el agua, el suelo desnudo, las plantas herbáceas, arbustos y los árboles. Se evaluaron la estructura del paisaje y su diversidad utilizando las variables disponibles en FRAGSTATS. Para evaluar la relación entre la presencia/ausencia del conejo y la estructura del paisaje se utilizó una regresión logística. Nuestros resultados indican que un hábitat adecuado tiene una gran diversidad, un número medio de parcelas y una pequeña proporción de arbustos. Estos resultados podrían ser utilizados para diagnosticar el paisaje antes de cualquier acción de gestión enfocada a aumentar las poblaciones de conejo, y a la inversa, ser un instrumento de control integrado en los casos de invasiones locales que causan daños a la agricultura.Landscape modification is one of the reasons for the decrease in rabbit populations. The objective of this study was to model wild rabbit habitat using landscape ecology to create a diagnosis method able to assess habitat quality at a large scale. Rabbit presence/absence was recorded on 536 plots of 1 ha. Spotlight transect counts indicated a low relative abundance (KIA = 2.3 rabbits/km). We produced a land use map with metric precision using remote sensing. Water, bare soil, herbaceous, shrubs and trees were identified. Landscape structure and diversity were evaluated using variables available in FRAGSTATS. A logistic regression was performed to assess the link between rabbit presence/absence and landscape structure. Our results indicate that a suitable habitat has a high diversity, a medium number of patches and a small proportion of shrubs. These results could be used to diagnose the landscape prior to any management action to enhance rabbit populations and conversely be helpful as a tool of integrated control in the cases of local outbreaks with agricultural damages

Precarizaciones salariales y resistencias sociales: ¿Hacia una renovación de la mirada sociológica desde el caso francés?

La precarización del mundo laboral se encuentra íntimamente ligada a su debilitamiento como actor colectivo. Pero al mismo tiempo es portadora de potencialidades de resistencia social y de reestructuración de la forma sindical. Una mejor identificación de estas últimas arroja una nueva luz sobre la historia de los asalariados y sus respuestas ante la inseguridad. En particular, parece interesante explorar las dinámicas de estabilización de los asalariados y de reivindicación de una movilidad no impuesta. Esta digresión histórica no sólo permite identificar las dimensiones auténticamente nuevas del actual proceso de precarización, sino también cuestionar la manera como las organizaciones sindicales lo enfrentan

Human Splicing Finder: an online bioinformatics tool to predict splicing signals

Thousands of mutations are identified yearly. Although many directly affect protein expression, an increasing proportion of mutations is now believed to influence mRNA splicing. They mostly affect existing splice sites, but synonymous, non-synonymous or nonsense mutations can also create or disrupt splice sites or auxiliary cis-splicing sequences. To facilitate the analysis of the different mutations, we designed Human Splicing Finder (HSF), a tool to predict the effects of mutations on splicing signals or to identify splicing motifs in any human sequence. It contains all available matrices for auxiliary sequence prediction as well as new ones for binding sites of the 9G8 and Tra2-β Serine-Arginine proteins and the hnRNP A1 ribonucleoprotein. We also developed new Position Weight Matrices to assess the strength of 5′ and 3′ splice sites and branch points. We evaluated HSF efficiency using a set of 83 intronic and 35 exonic mutations known to result in splicing defects. We showed that the mutation effect was correctly predicted in almost all cases. HSF could thus represent a valuable resource for research, diagnostic and therapeutic (e.g. therapeutic exon skipping) purposes as well as for global studies, such as the GEN2PHEN European Project or the Human Variome Project

New Topoisomerase I mutations are associated with resistance to camptothecin

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Topoisomerase I (TOP1) is a nuclear enzyme that catalyzes the relaxation of supercoiled DNA during DNA replication and transcription. TOP1 is the molecular target of camptothecin and related drugs such as irinotecan and SN38 (irinotecan's active metabolite). Irinotecan is widely used as an anti-cancer agent in the treatment of metastatic colon cancer. However, its efficacy is often limited by the development of resistance.</p> <p>Methods</p> <p>We previously established several SN38 resistant HCT116-derived clones to study the mechanisms underlying resistance to SN38. Here, we investigated whether resistance to SN38 in these cell lines could be linked to the presence of <it>TOP1 </it>mutations and changes in its expression and activity. Functional analyses were performed on these cell lines challenged with SN38 and we specifically monitored the double strands breaks with γH2AX staining and replication activity with molecular combing.</p> <p>Results</p> <p>In SN38 resistant HCT116 clones we identified three new <it>TOP1 </it>mutations, which are located in the core subdomain III (p.R621H and p.L617I) and in the linker domain (p.E710G) and are packed together at the interface between these two domains. The presence of these <it>TOP1 </it>mutations in SN38 resistant HCT116 cells did not modify TOP1 expression or intrinsic activity. Conversely, following challenge with SN38, we observed a decrease of TOP1-DNA cleavage complexes and a reduction in double-stranded break formation). In addition, we showed that SN38 resistant HCT116 cells present a strong decrease in the SN38-dependent asymmetry of replication forks that is characteristic of SN38 sensitive HCT116 cells.</p> <p>Conclusions</p> <p>These results indicate that the <it>TOP1 </it>mutations are involved in the development of SN38 resistance. We hypothesize that p.L617, p.R621 and p.E710 TOP1 residues are important for the functionality of the linker and that mutation of one of these residues is sufficient to alter or modulate its flexibility. Consequently, linker fluctuations could have an impact on SN38 binding by reducing the enzyme affinity for the drug.</p

Large genomic rearrangements in the CFTR gene contribute to CBAVD

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>By performing extensive scanning of whole coding and flanking sequences of the <it>CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator</it>) gene, we had previously identified point mutations in 167 out of 182 (91.7%) males with isolated congenital bilateral absence of the vas deferens (CBAVD). Conventional PCR-based methods of mutation analysis do not detect gross DNA lesions. In this study, we looked for large rearrangements within the whole <it>CFTR </it>locus in the 32 CBAVD patients with only one or no mutation.</p> <p>Methods</p> <p>We developed a semi-quantitative fluorescent PCR assay (SQF-PCR), which relies on the comparison of the fluorescent profiles of multiplex PCR fragments obtained from different DNA samples. We confirmed the gross alterations by junction fragment amplification and identified their breakpoints by direct sequencing.</p> <p>Results</p> <p>We detected two large genomic heterozygous deletions, one encompassing exon 2 (c.54-5811_c.164+2186del8108ins182) [or <it>CFTRdele2</it>], the other removing exons 22 to 24 (c.3964-3890_c.4443+3143del9454ins5) [or <it>CFTRdele 22_24</it>], in two males carrying a typical CBAVD mutation on the other parental <it>CFTR </it>allele. We present the first bioinformatic tool for exon phasing of the <it>CFTR </it>gene, which can help to rename the exons and the nomenclature of small mutations according to international recommendations and to predict the consequence of large rearrangements on the open reading frame.</p> <p>Conclusion</p> <p>Identification of large rearrangements further expands the <it>CFTR </it>mutational spectrum in CBAVD and should now be systematically investigated. We have designed a simple test to specifically detect the presence or absence of the two rearrangements identified in this study.</p