Estudo exploratório sobre a utilização de Web 2.0 por Docentes do Ensino Superior

Neste relatório sintetizam-se os principais passos dados na preparação e condução de um estudo exploratório sobre a utilização de ferramentas conotadas com a “Web 2.0” por parte de Docentes do Ensino Superior, quer em Portugal, quer em outros Países. O estudo baseou-se num Questionário constituído por sete perguntas de respostas aberta, o qual foi disponibilizado na Internet através do serviço SurveyMonkey, e foi também enviado por e-mail para um conjunto selecionado de destinatários (Docentes). Neste relatório descreve-se a construção do Questionário, o procedimento usado na recolha de dados, e apresentam-se os resultados obtidos até ao momento com este estudo. Para a apresentação dos resultados, utiliza-se uma abordagem descritiva, através da qual se procura sintetizar e enfatizar a informação mais relevante recolhida. Deste trabalho, surgem diversos vetores orientadores da Investigação futura

A Importância da Integração dos Riscos Geológicos, no Planeamento, no Ordenamento do Território e na Protecção do Meio Ambiente: Conceitos e Algumas Ideias

De forma resumida e simplificada, explana-se um conjunto de conceitos e ideias acerca da importância crescente que o tratamento dos riscos naturais, e em particular o tratamento dos riscos geológicos, ocupa (ou deve ocupar) nas diferentes etapas do planeamento, ordenamento do território e da preservação da sua envolvente ambiental. São comentados as acções e aspectos gerais da prevenção de riscos naturais em geral, e de riscos geológicos em particular, como a identificação de zonas de risco, a estimação da periodicidade das fases paroxísmicas dos processos naturais, a previsão do momento em que tais podem ocorrer e a prevenção e correcção de danos. O zonamento do território baseado na avaliação da vulnerabilidade e do risco é considerado o instrumento fundamental para a integração dos riscos no planeamento ambiental; distingue-se entre o zonamento para o planeamento e ordenamento do território, o de carácter preventivo e o de carácter correctivo. Os níveis de vulnerabilidade e de risco são estabelecidos por elaboração e análise de cartas de unidades integradas (zonas) ou de cartas temáticas específicas. Em ambos os casos o risco é um factor primordial para a avaliação da capacidade das unidades territoriais para os distintos usos. Com base na informação recolhida nas cartas de riscos, podem estabelecer-se normas de carácter preventivo, determinar prioridades quanto às medidas correctivas dos danos, estabelecer planos de protecção civil e implementar sistemas de vigilância dos fenómenos e alerta às populações

Assessing pseudogene expression during neural differentiation by RNA-Seq

Tese de mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional (Biologia Computacional), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2015Os pseudogenes são sequências genómicas que foram desprezadas ao longo do tempo, por se pensar que não passavam de réplicas ancestrais de genes codificantes de proteína. Esta visão tem sido desmistificada nos últimos anos e vários estudos têm vindo a surgir mostrando que os pseudogenes não são apenas meras cópias disfuncionais dos genes codificantes de proteína, pois também eles desempenham funções biológicas relevantes. Existem 14,285 pseudogenes anotados no genoma humano pelo projeto GENCODE (versão 22, Outubro de 2014). O número tem vindo a aumentar ao longo dos anos devido ao desenvolvimento das tecnologias de sequenciação de nova geração (next generation sequencing - NGS) e de algoritmos para identificação de novos pseudogenes. No genoma de ratinho encontram-se anotados 8,526 pseudogenes pelo projeto GENCODE (versão M5, Dezembro de 2014). A origem destas sequências que derivam de genes codificantes de proteína (genes parentais) dá-se na sua grande maioria por um de dois mecanismos de pseudogenização: duplicação genómica de um locus do gene parental (pseudogene duplicado ou não-processado); ou retrotransposição (pseudogene processado), onde um mRNA é reversamente transcrito em DNA de novo e inserido aleatoriamente no genoma. Este último é o processo pelo qual a maioria dos pseudogenes são originados, levando esta classe a ser a mais estudada. Inicialmente estas sequências podem ser operacionais, mas ao longo do tempo acumulam mutações deletérias que podem resultar na tradução de um codão stop prematuro, ou em mutações frameshift que levam a uma mudança na grelha de leitura, impedindo a expressão bem sucedida destas sequências. Existe ainda uma terceira classe de pseudogenes, os unitários, que não resultam de nenhum tipo de inserções genómicas, apenas de mutações pontuais, levando assim a que se torne um “gene vestigial”. O primeiro pseudogene foi descoberto em 1977, coincidindo com o aparecimento da primeira técnica de sequenciação. O desenvolvimento das tecnologias de NGS, bem como a redução de custo das mesmas, têm permitido que cada vez mais laboratórios em todo o mundo sequenciem as suas amostras e incorporem a sequenciação de moléculas de DNA (Deoxyribonucleic acid) ou RNA (robonucleic acid) na sua investigação. Uma destas tecnologias é a sequenciação do transcriptoma (RNA-seq) que representa uma forte alternativa ao uso de microarrays no estudo da expressão genética, sendo que para a análise destes dados são essenciais conhecimentos na área da Bioinformática e Biologia Computacional. Esta tecnologia tem permitido o estudo ao nível do transcriptoma não só de genes codificantes de proteína, como de outras sequências nucleotídicas não codificantes. Exemplos disto são os pseudogenes e ncRNAs (non-coding RNAs), permitindo assim compreender que também estes transcriptos não codificantes desempenham um papel importante em termos biológicos. Assim, a ideia de que estas sequências eram apenas zonas do genoma sem qualquer tipo de importância, sendo consideradas “lixo”, tem sido desmistificada. Os pseudogenes podem interagir com os seus genes parentais de diferentes formas: fonte de pequenos RNAs de interferência; transcriptos antisense; inibidores competitivos da tradução; RNAs endógenos competitivos; competindo pela ligação a microRNAs partilhados. Apresentam uma expressão específica de tecido para tecido, sendo que o cérebro e os testículos são os tecidos que apresentam uma maior expressão de pseudogenes. Em 2014 foi descrito o caso de um gene (OCT4A) com um padrão de regulação associado a três dos seus pseudogenes durante a diferenciação neural de células estaminais humanas. Contudo, a extensão de pseudogenes envolvidos na regulação dos padrões de expressão associados com diferenciação nunca foram abordados globalmente. Deste modo, este trabalho tem o propósito de estudar a expressão dos pseudogenes na diferenciação de células estaminais em percursores neuronais, tanto em humano como em ratinho. De modo a atingir o objetivo, foram analisados dados de transcripoma (RNASeq) de amostras obtidas ao longo da diferenciação neural em humano e ratinho. De modo a obter um catálogo completo de pseudogenes foram usadas três bases de dados (Ensembl, Yale e Noncode), perfazendo um total de 19444 pseudogenes no genoma de ratinho e 18061 no genoma de humano. Além disso foi também construída uma pipeline para descobrir novos potenciais pseudogenes, resultando num total de 130 (41 nas amostras de ratinho e 89 nas amostras de humano). Para obter os pseudogenes com expressão diferencial foram testados três métodos implementados em pacotes do R (DESeq e EdgeR), tendo-se optado por usar o pacote EdgeR para a análise final. Devido à elevada semelhança entre as sequencias do pseudogene e o respetivo gene parental, os alinhamentos contemplaram apenas reads unicamente mapeadas. Assim, foi necessário estudar a mapabilidade dos pseudogenes, percebendo a singularidade dos mesmos e dessa forma filtrar os resultados. Após esta análise foi possível identificar 513 pseudogenes (92 de ratinho e 421 de humano) a variarem ao longo da diferenciação neural. A análise funcional dos respetivos genes parentais revelou 172 pseudogenes, potencialmente interessantes para a diferenciação celular e neural. A comparação dos resultados de ambos os organismos identificou um dos novos pseudogenes de ratinho como homólogo de um pseudogene humano anotado e contendo o ortólogo gene parental (FAM205A). De modo a explorar a regulação dos genes parentais pelos seus pseudogenes, foi avaliada a correlação dos níveis de expressão para cada par de pseudogeneparental, sendo que em ambos os organismos foi encontrado um elevado número de pares de genes positivamente correlacionados. Neste estudo, foram ainda incluídos os resultados com dados de transcriptoma ao nível de célula-única (single-cell). Devido ao nível baixo de sequenciação dos dados de célula-única a percentagem de pseudogenes expressos (com contagens processadas) foi reduzida e não permitiu detetar os pseudogenes da análise de transcriptoma global. Contudo, a análise destes dados revelaram quatro pseudogenes diferencialmente expressos cujos parentais têm funções relevantes a nível da diferenciação neuronal e envolvidos nas vias de sinalização de doenças neurodegenerativas. Concluindo, o presente trabalho permitiu obter um conjunto de pseudogenes que variam ao longo da diferenciação neural e com o potencial para regularem genes parentais associados com diferenciação celular, neural ou doenças neurais. Além disso, os resultados realçam a importância da utilização de dados das tecnologias desequenciação em larga-escala na descoberta de novos transcritos.Pseudogenes are nucleotide sequences that were been neglected since they were discovered. In the last years this point of view is changing, and their functions have been studied and there are been annotated more pseudogenes than the estimated number in human genome. Pseudogenization process can occur essentially by two mechanisms: genomic duplication of a parental gene locus (duplicated pseudogene); or retrotransposition (processed pseudogene) where an mRNA is reversely transcribed and randomlyinserted in the genome. Initially these type of sequences can operate as a normal protein coding gene, but after some time and accumulation of deleterious mutations the open reading frame is modified, preventing their well-succeeded expression. RNA-Seq technology allows studying the transcriptome of all type of biologic sequences, not only protein coding genes, giving an idea of the roles performed by them and demystifying the idea that they are genomic “junk”. There are evidences of interaction with their parental genes as: source of endogenous siRNAs; antisense transcripts; competitive inhibitors of translation; competitive endogenous RNAs (ceRNAs); competing for binding to shared miRNAs. In 2014 (last year) was described that a protein coding gene (OCT4) with a regulation patern associated with three of its pseudogenes in human stem cells differentiation. To achieve our goal, were analyzed transcriptome sequencing (RNA-Seq) of neural differentiation datasets of human and mouse. Three databases were merged and a pipeline was constructed in order to find new possible pseudogenes, resulting in a total 130 in two dataset. Differential expression analysis was performed with two R packages (DESeq and EdgeR) with three different approaches, and after comparison, EdgeR pair wise analysis was selected as the best for our study. Because of the high similarity between pseudogenes and their cognates, we only allowed reads uniquely mapped. Thus, it was necessary to study mappability of pseudogenes, realizing the uniqueness of them and therefore filter results. After this analysis, was possible to identify 513 pseudogenes varying along differentiation (92 in mouse dataset and 421 in human dataset). Functional analysis allowed to identify 172 potentially interesting pseudogenes in neural differentiation. Comparison of results between organisms identified one new putative mouse pseudogene homologous of an annotated pseudogene in human, with an ortholog parental (FAM205A). To assess regulation of cognates by their pseudogenes, expression values were evaluated with Pearson’s coefficient and there were found many pairs with significant correlation. Processed data from single-cell experiments were analyzed too and there were highlighted four differentially expressed pseudogenes associated with neurodegenerative diseases and neural differentiation. Finally, this work enabled to obtain a set of pseudogenes varying along neural differentiation with regulatory potential of parental genes associated with cell and neural differentiation or neurodegenerative diseases. The results highlight the importance of high throughput sequencing in discovery of new transcripts

Global crises and market turmoil : exploring financial contagion

Mestrado Bolonha em Mathematical FinanceThis study investigates the financial contagion effects of the COVID-19 pandemic and Russia’s invasion of Ukraine on global stock markets. The research focuses on five key stock market indices: SSE (Shanghai Stock Exchange), MOEX (Moscow Exchange), SX5E (Euro Stoxx 50), SPX (S&P 500), and NIFTY50 (National Stock Exchange Fifty). Utilizing the Vector Autoregressive Multivariate General Autoregressive Conditional Heteroskedasticity (VAR-MGARCH) modelling aproach, the study analyzes the conditional standard deviations and correlations between these indices to provide insights into their volatility and interdependencies. The findings reveal significant increases in volatility across all indices during the initial outbreak and global spread of the COVID-19 virus and the subsequent Russian invasion of Ukraine. The study also observes distinct patterns in the correlations among the indices, shedding light on their interdependencies and the potential for financial spillover effects. The results underscore the interconnectedness of global financial markets and the potential for localized economic events to have far-reaching impacts, providing crucial insights for investors, policymakers, and financial regulators. The study concludes by highlighting the importance of international cooperation in managing financial contagion and the need for effective risk management strategies in the face of global crises.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

The influence of CEO personality traits on firm performance and growth

Small and Medium-sized Enterprises constitute the backbone of the Portuguese economy, being of invaluable importance. These companies are the focus of my study, which aims to assess the impact of CEO personality on firm performance and growth. To achieve this, a survey-based approach was followed to measure the influence of the big five personality traits (conscientiousness, neuroticism, openness to experience, extraversion and agreeableness) of a sample of recruited CEOs, on several performance metrics. Results showed that neuroticism is the only CEO personality trait significantly correlated with firm performance (on an inverse basis), while both neuroticism and conscientiousness show significant influence on company growth. Neither of the other traits are related to performance nor growth. It is worth mentioning that his dissertation was significantly influenced by Covid-19, which affected the performances of most companies in question, and by the process of collecting CEO responses, which was of extreme difficulty and led to a low response count. This study contributes to further create knowledge in an underdeveloped area, one that has extreme importance as it has been proven that CEO personality affects company performance, meaning that it has to be considered when companies choose their leaders. As CEO effects have been studied in detail in the academic literature, most papers have focused on their influence in firm strategy, employee motivation, leadership, culture setting, among others. However, personality, by affecting the way CEOs think, feel and act, should be more and more assessed to account for the effects it has on performance.As Pequenas e Médias Empresas constituem o principal suporte da economia portuguesa, sendo dotadas de uma importância incomensurável. Estas empresas são o foco do meu estudo, cujo propósito é analisar o impacto da personalidade dos CEOs no desempenho e evolução da performance empresarial. Com este objetivo em mente, realizei uma abordagem baseada num questionário, por mim desenvolvido, que serviu para medir o impacto dos Cinco Grandes Fatores da Personalidade (amabilidade, conscienciosidade, neuroticismo, abertura à experiência e extroversão) de uma amostra de CEOs, em várias métricas de desempenho. Os resultados mostram que o neuroticismo é o único fator de personalidade dos CEOs que correlaciona com o desempenho empresarial, embora inversamente, enquanto ambos neuroticismo e conscienciosidade impactam significativamente a melhoria da performance ao longo do tempo. Nenhum outro fator foi considerado significativo. De salientar que esta dissertação foi bastante influenciada pelo Covid-19, que afetou as empresas em análise e trouxe bastante incerteza, assim como por um reduzido número de respostas de CEOs, que, de salientar, são de bastante difícil contacto. Este estudo contribui para a contínua criação de conhecimento numa área subdesenvolvida que, por influenciar contratações de líderes empresariais e estar relacionada com o desempenho empresarial, é bastante importante. Apesar do estudo de CEOs ser um tópico bastante desenvolvido na academia, a maior parte dos estudos foca-se em áreas que não a personalidade - estratégia, motivação, liderança, cultura, entre outros. Ao influenciar a maneira de pensar, sentir e agir e ao influenciar a performance, a personalidade devia ser mais utilizada nestes estudos

Assessment of Using Superconducting Magnetic Energy Storage for Current Harmonic Compensation

This thesis was developed in the frame of the increasing need for power quality control due to the presence of non-linear loads connected to the grid that inject undesired harmonics. The absence of research regarding the simulation of Superconducting Magnetic Energy Storage technology in this type of application made it an interesting approach to study and develop, with the additional benefit of creating an open-source project to catalyze further research. This harmonic correction was achieved by using an active filter composed of a voltage source converter, a capacitor, and a Superconducting Magnetic Energy Storage unit. Using Superconducting Magnetic Energy Storage technology allows the use of this type of system in renewable generation, more specifically wind farms, reducing production variation and ensuring an increased power quality of the electrical grid. This work exhibits a positive result of using Superconducting Magnetic Energy Storage technology on harmonic correction and catalyzes further simulation research and possibly a practical application derived from this work’s developments and provided tools.Esta tese foi desenvolvida no contexto do aumento de cargas não lineares conectadas à rede que injetam harmónicas indesejadas e a consequente necessidade de controlo de qualidade da energia fornecida. A ausência de material de estudo relativo à simulação da tecnologia de armazenamento de energia em bobinas supercondutoras neste tipo de aplicação foi interessante para o estudo e desenvolvimento, com o benefício adicional de criar um projeto para catalisar novos desenvolvimentos. Esta correção de harmónicas foi obtida por meio de um filtro ativo composto por um conversor baseado numa fonte de tensão, um condensador e uma unidade de bobinas supercondutoras. O uso de tecnologia de armazenamento de energia em bobinas supercondutoras permite a utilização deste tipo de sistemas em fontes de energia renovável, mais especificamente em parques eólicos, atenuando as variações na produção e garantindo a qualidade de energia da rede elétrica. Deste trabalho resulta um resultado positivo do uso da tecnologia de armazenamento de energia em bobinas supercondutoras na correção de harmónicas e catalisa novas pesquisas de simulação e, possivelmente, uma aplicação prática que tenha como base os desenvolvimentos deste trabalho e das ferramentas fornecidas

LiDAR based Biomass Estimation System for Forested Areas

In continental Portugal, forest fires are considered the biggest and most serious cause of forest deterioration and therefore the introduction of forest management mechanisms and biomass monitoring are imperative for a better future. However, conducting field studies on a large scale is a very expensive and time-consuming task. Alternatively, through remote sensing via a LiDAR, it becomes possible to map, with high accuracy, forest parameters such as tree height, diameter at breast height or tree canopy length in order to carry out other relevant estimates such as above ground biomass. In this sense, this dissertation aims to develop a system capable of, through algorithms and filters of point cloud processing, as statistical outlier removal, progressive morphological filters and region growing segmentation, extract in detail,a digital terrain model and correctly detect the number of trees in a given area, proceeding to the measurement of some interesting variables from the point of view of a forest inventory. Thus, testing data of different characteristics, our detection method obtained positive results, with all the average detection rates above 80 %.Em Portugal continental, os incêndios florestais são considerados a maior e mais grave causa de deterioramento da floresta e por isso a introdução de mecanismos de gestão florestal e monitorização da biomassa são imperativos para um futuro melhor. No entanto, realizar estudos de campo em grande escala é uma tarefa muito dispendiosa e demorosa. Em alternativa, através da deteção remota por vias de um LiDAR torna-se possível mapear, com elevado rigor, parâmetros florestais como altura das arvores, diâmetro do tronco ou comprimento da copa da arvore de modo a proceder a outras relevantes estimações como a biomassa. Neste sentido, esta dissertação teve como objetivo o desenvolvimento de um sistema capaz de, através de algoritmos e filtros de processamento de nuvens de pontos, como remoção de outliers estatístico, filtros morfologicos progressivos e segmentação por crescimento de regiões anexas , extrair com detalhe, um modelo digital do terreno e detetar corretamente o número de arvores numa determinada área, procedendo à medição de algumas variáveis interessantes do ponto de vista do inventário florestal. Assim, testando dados de diferentes características, o nosso método de deteção obteve resultados positivos, com todas as taxas deteção média superiores a 80 %

VI Workshop on Computational Data Analysis and Numerical Methods: Book of Abstracts

The VI Workshop on Computational Data Analysis and Numerical Methods (WCDANM) is going to be held on June 27-29, 2019, in the Department of Mathematics of the University of Beira Interior (UBI), Covilhã, Portugal and it is a unique opportunity to disseminate scientific research related to the areas of Mathematics in general, with particular relevance to the areas of Computational Data Analysis and Numerical Methods in theoretical and/or practical field, using new techniques, giving especial emphasis to applications in Medicine, Biology, Biotechnology, Engineering, Industry, Environmental Sciences, Finance, Insurance, Management and Administration. The meeting will provide a forum for discussion and debate of ideas with interest to the scientific community in general. With this meeting new scientific collaborations among colleagues, namely new collaborations in Masters and PhD projects are expected. The event is open to the entire scientific community (with or without communication/poster)

Calibration of model parameters for the cyclic response of end-plate beam-to-column steel-concrete composite joints

Composite joints, considering the composite action of steel and concrete, exhibit, in general, high strength and high ductility. As a consequence, the use of this type of joint has been increasing in many countries, especially in those that are located in earthquake-prone regions. In this paper, a hysteretic model with pinching is presented that is able to reproduce the cyclic response of steel and composite joints. Secondly, the computer implementation and adaptation of the model in a spring element within the computer code Seismosoft is described. The model is subsequently calibrated using a series of experimental test results for composite joints subjected to cyclic loading. Finally, typical parameters for the various joint configurations are proposed.Financial support from the Portuguese Ministry of Science, Technology and Higher Education (Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior) under contract grants from PRODEP III (5.3), for Pedro Nogueiro, Foundation of Science and Technology through POCI/ECM/55783/2004 and FEDER through INTERREG-III-A (project RTCT-B-Z-/SP2.P18) is gratefully acknowledged. The assistance provided by Seismosoft, is also most (http://www.seismosoft.com). The supply of the data files from experimental tests by D. Dubina and R. Liew is warmly thanked

Numerical implementation and calibration of a hysteretic model with pinching for the cyclic response of steel and composite joints

In this paper, a hysteretic model with pinching is presented that is able to reproduce the cyclic response of steel and composite joints. Secondly, the computer implementation and adaptation of the model in a spring element within the computer code Seismosoft is described. The model is subsequently calibrated using a series of experimental test results for steel and composite joints subjected to cyclic loading. Finally, typical parameters for the various joint configurations are proposed