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    Economic Development and the Church in French Canada

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    Cette étude nous a permis de constater nombre de choses intéressantes entre autres : qu'il n'est pas exact de prétendre que l'Eglise catholique ait exercée une influence négative déterminante dans le développement économique qui s'est manifesté au Canada français durant la période 1896-1914. Loin d'être une entrave, il est possible d'affirmer que cette Eglise s'est probablement montrée plus consciente du facteur économique et s'y est plus directement identifiée que ne le font généralement les Eglises anglo-saxonnes. Nous avons constaté de plus que l'enseignement théologique ou religieux cédait le pas aux questions économiques et culturelles et que loin d'être effrayée par le phénomène d'industrialisation intense qui se manifestait alors, l'Eglise s'efforça de canaliser cette énergie nouvelle à l'avantage du peuple faisant en sorte cependant que ne soient pas submergées les valeurs nationales et religieuses. Le grand problème de l'époque n'était pas l'explosion économique mais plutôt l'immigration en masse vers les Etats-Unis. Il s'agissait bien plus d'une crise raciale que religieuse, même si l'on identifiait alors « français » et « catholique ».Au nombre des changements importants qui reçurent l'appui de l'Eglise à cette époque, figurent l'avènement du syndicalisme, et la mise en place d'associations de tout genre axées sur le principe de la coopération qui allait permettre aux Canadiens-français toujours foncièrement individualistes, de grouper leurs forces en vue de rattraper le terrain perdu sur le plan économique, sans pour cela perdre de vue la protection des valeurs spirituelles constamment menacées par les influences étrangères. L'intérêt moins marqué pour l'agriculture s'expliquait par le fait que nombreux étaient ceux qui voyaient dans l'essor industriel une solution de rechange valable qui permettrait d'enrayer l'immigration en masse vers les Etats-Unis. Ceux qui raisonnaient ainsi oubliaient qu'en fait les Canadiens français avaient très peu à dire dans la mise en place des nouvelles structures, car aussi longtemps qu'ils continueraient à former la masse des travailleurs non spécialisés, l'agriculture resterait pour eux un débouché naturel, non pour une simple question de religion, mais tout simplement parce que c'était ce domaine qui leur était le plus familier et où ils pouvaient espérer rester maîtres de leur destinée et se sentir économiquement libres.Il est assez étonnant de constater avec quelle facilité le curé de paroisse, dont la formation et l'expérience étaient pourtant d'un tout autre ordre, savait non seulement apprécier les besoins et les aspirations de ses ouailles, mais aussi leur servir d'intermédiaire avec le monde extérieur et les hommes d'affaires anglo-saxons. Ce qui surprend peut-être encore plus c'est de voir la multiplicité des mesures qu'employaient les évêques et les prêtres qui, tout en encourageant le développement économique, voulaient éviter qu'il ait comme conséquence de détourner les hommes de Dieu. Notre étude n'a porté jusqu'ici que sur l'influence des évêques et des curés, mais il ne faudrait pas oublier pour autant de mentionner ce secteur important du clergé que formaient les professeurs et les écrivains dont il est si souvent fait mention dans toutes les études traitant du Canada français.Ces professeurs et écrivains, étant moins directement engagés que les autres membres du clergé, pouvaient plus facilement raisonner sur le plan spéculatif, critiquer plus librement, et parfois même se laisser aller à la rêverie. Leur situation particulière à l'intérieur de la société leur permettait une sphère de rayonnement beaucoup plus étendue que celle des évêques et des simples curés ; de plus, leurs études classiques et leurs connaissances de la rhétorique et de la littérature, leur permettaient d'exprimer leurs idées avec beaucoup plus de force et d'assurance. Nous trouvons dans leurs rangs des hommes de très grande valeur : Mgr Laflamme, dont les réalisations dépassèrent de beaucoup celles de tout autre personne durant cette période de l'histoire de la province de Québec et qui, en plus d'encourager de meilleures techniques d'arpentage et de développement rationnel de la forêt, fit un effort réel pour vulgariser les techniques concernant l'exploitation forestière, la connaissance des sols et le développement des ressources hydrauliques ; Mgr Lapointe, homme d'action qui se dépensa sans compter pour que s'instaure un royaume agricole et industriel dans la région du Saguenay ; l'abbé Baillairgé, à qui l'on doit le premier traité canadien d'économie politique ; et enfin les moines de la trappe d'Oka qui, d'année en année, améliorèrent les méthodes d'enseignement de leur école et publièrent quantité d'ouvrages concernant la science agricole.Il se trouvait par ailleurs dans ce groupe des hommes timorés, prophètes de malheur, beaucoup plus familiers avec tout ce qui se passait à Rome, en Grèce ou en France qu'avec les nouvelles lignes de pensée qui avaient cours dans la province et dans leur ville ; peut-être de bonne foi, mais bien naïvement, ils laissaient croire aux parents qu'il suffisait à leurs enfants d'avoir une éducation commerciale de quatre à cinq ans pour se tailler une place enviable dans le commerce ou l'industrie. Il faudrait mentionner aussi ceux qui, n'ayant aucune expérience pratique en agriculture et des connaissances très superficielles quant aux ressources agricoles de la province, restaient enfermés dans leur tour d'ivoire et encourageaient l'immigration vers le nord, vers ce pays de roches du bouclier canadien, ignorant complètement l'essor industriel et le phénomène d'urbanisation qui éclataient de toute part.Que dire de ces zélés nationalistes qui, en dépit des mises en garde de l'épiscopat, se mirent à enseigner à toute une génération d'étudiants des collèges que la race et la religion sont intimement reliées et qu'il faut rejeter tout compromis! Que dire aussi des journalistes qui — comme plusieurs de leurs contemporains laïques — préféraient se délecter dans des batailles de mots avec tous ceux qui différaient d'opinion avec eux, tout particulièrement au sujet des questions concernant la réforme de l'enseignement, plutôt que de proposer des solutions pratiques acceptables tout comme les évêques et les curés, plus proches de la réalité, avaient été obligés de trouver !Il y avait aussi tous ces tribuns qui cherchaient à faire oublier aux Canadiens français leur statut d'infériorité sur le plan social et industriel en faisant miroiter à leurs yeux le mythe, qu'inconsciemment ils chérissaient dans leur coeur : la mission qu'ils avaient héritée de la France, fille aînée de l'Eglise, de civiliser et christianiser les peuples du monde — rôle qui, disaient-ils, était de beaucoup supérieur aux aspirations purement matérialistes des anglo-saxons.Nous trouvons enfin dans cette catégorie les prêtres missionnaires agricoles et colonisateurs, dont plusieurs étaient des curés. Ceux-ci, en raison de leur fonction particulière, étaient des partisans, des propagandistes. Il leur était alors loisible de se servir des valeurs spirituelles et nationales pour atteindre leur objectif: enseigner à la population de mieux apprécier la dignité d'une agriculture intelligente et la gloire de conquérir et de défricher des terres boisées au nom de la race et de la religion. Il est évident qu'il serait plutôt osé de considérer l'un quelconque des prêtres de cette catégorie comme étant vraiment représentatif de l'opinion du clergé canadien-français.Sur le sujet très épineux de l'éducation nous nous limiterons ici à quelques brèves observations. L'Eglise avec ses ressources financières et son apport de personnel a usé de toute son influence morale pour encourager la fréquentation scolaire et améliorer la qualité de l'enseignement dispensé au niveau primaire. Par ailleurs, elle refusait catégoriquement de céder quelque parcelle que ce soit de l'influence prédominante qui était sienne dans ce domaine pour permettre à l'Etat de légiférer concernant l'enseignement obligatoire et gratuit, l'uniformité des programmes. Elle refusait de systématiquement de laisser le gouvernement créer un ministère de l'éducation. L'Eglise, de plus, tenait farouchement aux programmes d'étude de ses collèges classiques et insistait pour que le nouveau secteur de l'enseignement technique opère en parallèle avec ces collèges, sans changer ceux-ci en écoles spécialisées. En règle générale, l'Eglise donnait tout son appui à l'enseignement technique et scientifique, mais restait sur le qui-vive craignant que ce nouveau type d'enseignement ne devienne le cheval de Troie qui, sournoisement, permettrait à l'école neutre d'envahir la place forte de l'école confessionnelle à l'intérieur de la province.Il est possible de croire que si selon une perspective économique l'Eglise a pu faire fausse route dans ce domaine, c'est précisément pour avoir érigé et maintenu l'équivalent d'un mur de chine destiné à protéger suivant elle des valeurs vitales : culture, langue et intégrité de la religion. L'économique n'avait pourtant ainsi rien à faire avec cette décision. On peut se demander si cette muraille avait besoin d'être érigée aussi imposante et aussi hermétique pour atteindre cette fin. Cette décision, beaucoup plus que n'importe quelle autre, ne fut pas en définitive la cause de l'état d'infériorité des Canadiens français dans le domaine économique, état de chose qui a toujours découlé du manque de communication. Le peuple s'exprimait et vivait en marge du monde des affaires anglo-saxon. Ce n'est quel tout dernièrement que le gouvernement s'est enfin décidé à seconder les efforts de la nouvelle vague des entrepreneurs canadiens-français, des ingénieurs et des scientifiques, et de les mettre en position de concurrencer leurs rivaux anglo-saxons déjà solidement en place et bénéficiant d'une situation privilégiée.Finalement, comment expliquer le décalage existant entre l'effort déployé par l'Eglise, et les nombreuses initiatives qu'elle a à son crédit dans le domaine du développement économique, et les maigres résultats obtenus. Il est évident que l'essor économique qui s'est manifesté à différents degrés à l'intérieur du Québec ne peut être attribué aux seules attitudes et initiatives de l'Eglise catholique, quelque importante que fut sa contribution, mais est plutôt attribuable à des facteurs plus tangibles tels que : l'esprit d'entreprise, l'abondance de capital et le savoir faire technique.Rien dans notre étude permet de conclure, comme certains l'ont fait à priori, que la religion peut retarder le développement économique ou encore que le spirituel soit l'ennemi du matériel. Au contraire notre étude nous a convaincu que les intérêts de l'Eglise et ceux de l'économique pouvaient très bien aller de pair. Et à ce sujet disons que nous acceptons avec beaucoup de réserves les conclusions de certaines études, à l'effet qu'il est assez facile d'identifier les comportements économiques aux doctrines théologiques. Au contraire, notre étude nous incite à croire qu'il est parfois extrêmement difficile, à l'intérieur d'un certain comportement économique, d'isoler l'influence religieuse de l'influence ethnique et culturelle, et d'ignorer l'incidence du fait minoritaire de tout un groupe.Les recherches qu'il nous faudrait faire pour compléter cette étude et lui donner une portée plus générale seraient :1.—De voir qu'elles ont été les attitudes et initiatives prises, durant la même période, par les églises catholiques de la minorité anglo-saxonne du Québec ;2.—De pousser plus avant nos recherches et d'étudier de plus près : (a) quelle a été la conséquence du contrôle quasi exclusif qu'a exercé l'Eglise durant cette période dans le domaine de l'éducation ; ( b) d'établir s'il est bien vrai que la vocation de prêtres, de frères ou de soeurs s'allie difficilement au rôle d'éducateurs chargés de former les citoyens de demain et (c) de voir dans quelle mesure les études classiques sont responsables du peu d'intérêt manifesté par le peuple pour tout ce qui touchait à la technique et au savoir faire scientifique ;3.—D'examiner de plus près la situation qui existait dans la région de Montréal, tout particulièrement dans des centres comme Saint-Henri et Lachine qui, croyons-nous, refléterait assez fidèlement l'action de l'Eglise dans tous les petits centres de la province ;4.—De compléter nos données fragmentaires concernant les biens de l'Eglise, ses revenus en propre et ses placements, de manière à pouvoir contrôler de plus près l'exactitude de certaines conclusions.Il serait intéressant de voir comment cadrent les conclusions de notre étude sur le plan international en examinant quelles ont été, dans un autre pays catholique, les tendances de développement économique, il faudrait choisir, de préférence, un pays où le nationalisme, la survivance raciale et le fait minoritaire ne sont pas intimement liés aux intérêts de la religion catholique, et où l'essor industriel dépend directement, non d'une caste étrangère mais bien des ressortissants catholiques eux-mêmes. Une telle étude permettrait de mieux comprendre jusqu'à quel point le facteur religion peut jouer, indépendamment du facteur ethnique et national, dans le processus du développement économique. Il faudrait de plus voir, non seulement dans quelle mesure l'Eglise est capable d'adapter son système éducationnel plus efficacement aux réalités économiques quand elle exerce un contrôle absolu et une influence déterminante dans le domaine des affaires et du commerce, mais aussi jusqu'à quel point, dans ces conditions, le curé de paroisse peut continuer à servir d'intermédiaire entre le monde extérieur et les tendances qui s'y manifestent et ceux qui le reconnaissent comme chef de file, et ont foi dans son jugement. Il faudrait enfin voir dans quelle mesure la philosophie agricole peut varier parallèlement aux fluctuations du cycle économique comme cela semble être le cas au Canada français.Une étude poussée dans cette direction nous permettrait de mieux juger comment il serait possible de canaliser la force de l'Eglise en vue de promouvoir le développement économique des pays catholiques moins favorisés et de neutraliser, dans la mesure du possible, les reculs qui pourraient découler d'attitudes qui, comme le démontre notre étude, n'ont pas de relations directes avec son enseignement et sa théologie mais découlent plutôt de réalités concrètes étrangères au facteur religion.The author has chosen to dwell at some length of the methodology, limitations and general conclusions of his research project — his doctoral thesis presented at Harvard University. Among the more interesting findings of this research is the following : there appears to be little hard evidence that the Catholic Church exercised a significantly negative influence on the economic spurt that took place in Québec in the period 1896-1914

    Alignment of the CMS silicon tracker during commissioning with cosmic rays

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    This is the Pre-print version of the Article. The official published version of the Paper can be accessed from the link below - Copyright @ 2010 IOPThe CMS silicon tracker, consisting of 1440 silicon pixel and 15 148 silicon strip detector modules, has been aligned using more than three million cosmic ray charged particles, with additional information from optical surveys. The positions of the modules were determined with respect to cosmic ray trajectories to an average precision of 3–4 microns RMS in the barrel and 3–14 microns RMS in the endcap in the most sensitive coordinate. The results have been validated by several studies, including laser beam cross-checks, track fit self-consistency, track residuals in overlapping module regions, and track parameter resolution, and are compared with predictions obtained from simulation. Correlated systematic effects have been investigated. The track parameter resolutions obtained with this alignment are close to the design performance.This work is supported by FMSR (Austria); FNRS and FWO (Belgium); CNPq, CAPES, FAPERJ, and FAPESP (Brazil); MES (Bulgaria); CERN; CAS, MoST, and NSFC (China); COLCIENCIAS (Colombia); MSES (Croatia); RPF (Cyprus); Academy of Sciences and NICPB (Estonia); Academy of Finland, ME, and HIP (Finland); CEA and CNRS/IN2P3 (France); BMBF, DFG, and HGF (Germany); GSRT (Greece); OTKA and NKTH (Hungary); DAE and DST (India); IPM (Iran); SFI (Ireland); INFN (Italy); NRF (Korea); LAS (Lithuania); CINVESTAV, CONACYT, SEP, and UASLP-FAI (Mexico); PAEC (Pakistan); SCSR (Poland); FCT (Portugal); JINR (Armenia, Belarus, Georgia, Ukraine, Uzbekistan); MST and MAE (Russia); MSTDS (Serbia); MICINN and CPAN (Spain); Swiss Funding Agencies (Switzerland); NSC (Taipei); TUBITAK and TAEK (Turkey); STFC (United Kingdom); DOE and NSF (USA)

    Commissioning and performance of the CMS pixel tracker with cosmic ray muons

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    This is the Pre-print version of the Article. The official published verion of the Paper can be accessed from the link below - Copyright @ 2010 IOPThe pixel detector of the Compact Muon Solenoid experiment consists of three barrel layers and two disks for each endcap. The detector was installed in summer 2008, commissioned with charge injections, and operated in the 3.8 T magnetic field during cosmic ray data taking. This paper reports on the first running experience and presents results on the pixel tracker performance, which are found to be in line with the design specifications of this detector. The transverse impact parameter resolution measured in a sample of high momentum muons is 18 microns.This work is supported by FMSR (Austria); FNRS and FWO (Belgium); CNPq, CAPES, FAPERJ, and FAPESP (Brazil); MES (Bulgaria); CERN; CAS, MoST, and NSFC (China); COLCIENCIAS (Colombia); MSES (Croatia); RPF (Cyprus); Academy of Sciences and NICPB (Estonia); Academy of Finland, ME, and HIP (Finland); CEA and CNRS/IN2P3 (France); BMBF, DFG, and HGF (Germany); GSRT (Greece); OTKA and NKTH (Hungary); DAE and DST (India); IPM (Iran); SFI (Ireland); INFN (Italy); NRF (Korea); LAS (Lithuania); CINVESTAV, CONACYT, SEP, and UASLP-FAI (Mexico); PAEC (Pakistan); SCSR (Poland); FCT (Portugal); JINR (Armenia, Belarus, Georgia, Ukraine, Uzbekistan); MST and MAE (Russia); MSTDS (Serbia); MICINN and CPAN (Spain); Swiss Funding Agencies (Switzerland); NSC (Taipei); TUBITAK and TAEK (Turkey); STFC (United Kingdom); DOE and NSF (USA)

    Performance of the CMS drift-tube chamber local trigger with cosmic rays

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    The performance of the Local Trigger based on the drift-tube system of the CMS experiment has been studied using muons from cosmic ray events collected during the commissioning of the detector in 2008. The properties of the system are extensively tested and compared with the simulation. The effect of the random arrival time of the cosmic rays on the trigger performance is reported, and the results are compared with the design expectations for proton-proton collisions and with previous measurements obtained with muon beams

    Performance of the CMS Level-1 trigger during commissioning with cosmic ray muons and LHC beams

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    This is the Pre-print version of the Article. The official published version can be accessed from the link below - Copyright @ 2010 IOPThe CMS Level-1 trigger was used to select cosmic ray muons and LHC beam events during data-taking runs in 2008, and to estimate the level of detector noise. This paper describes the trigger components used, the algorithms that were executed, and the trigger synchronisation. Using data from extended cosmic ray runs, the muon, electron/photon, and jet triggers have been validated, and their performance evaluated. Efficiencies were found to be high, resolutions were found to be good, and rates as expected.This work is supported by FMSR (Austria); FNRS and FWO (Belgium); CNPq, CAPES, FAPERJ, and FAPESP (Brazil); MES (Bulgaria); CERN; CAS, MoST, and NSFC (China); COLCIENCIAS (Colombia); MSES (Croatia); RPF (Cyprus); Academy of Sciences and NICPB (Estonia); Academy of Finland, ME, and HIP (Finland); CEA and CNRS/IN2P3 (France); BMBF, DFG, and HGF (Germany); GSRT (Greece); OTKA and NKTH (Hungary); DAE and DST (India); IPM (Iran); SFI (Ireland); INFN (Italy); NRF (Korea); LAS (Lithuania); CINVESTAV, CONACYT, SEP, and UASLP-FAI (Mexico); PAEC (Pakistan); SCSR (Poland); FCT (Portugal); JINR (Armenia, Belarus, Georgia, Ukraine, Uzbekistan); MST and MAE (Russia); MSTDS (Serbia); MICINN and CPAN (Spain); Swiss Funding Agencies (Switzerland); NSC (Taipei); TUBITAK and TAEK (Turkey); STFC (United Kingdom); DOE and NSF (USA)

    Performance of the CMS hadron calorimeter with cosmic ray muons and LHC beam data

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    This is the Pre-print version of the Article. The official published version of the Paper can be accessed from the link below - Copyright @ 2010 IOPThe CMS Hadron Calorimeter in the barrel, endcap and forward regions is fully commissioned. Cosmic ray data were taken with and without magnetic field at the surface hall and after installation in the experimental hall, hundred meters underground. Various measurements were also performed during the few days of beam in the LHC in September 2008. Calibration parameters were extracted, and the energy response of the HCAL determined from test beam data has been checked.This work is supported by FMSR (Austria); FNRS and FWO (Belgium); CNPq, CAPES, FAPERJ, and FAPESP (Brazil); MES (Bulgaria); CERN; CAS, MoST, and NSFC (China); COLCIENCIAS (Colombia); MSES (Croatia); RPF (Cyprus); Academy of Sciences and NICPB (Estonia); Academy of Finland, ME, and HIP (Finland); CEA and CNRS/IN2P3 (France); BMBF, DFG, and HGF (Germany); GSRT (Greece); OTKA and NKTH (Hungary); DAE and DST (India); IPM (Iran); SFI (Ireland); INFN (Italy); NRF (Korea); LAS (Lithuania); CINVESTAV, CONACYT, SEP, and UASLP-FAI (Mexico); PAEC (Pakistan); SCSR (Poland); FCT (Portugal); JINR (Armenia, Belarus, Georgia, Ukraine, Uzbekistan); MST and MAE (Russia); MSTDS (Serbia); MICINN and CPAN (Spain); Swiss Funding Agencies (Switzerland); NSC (Taipei); TUBITAK and TAEK (Turkey); STFC (United Kingdom); DOE and NSF (USA)

    Performance of the CMS Level-1 trigger during commissioning with cosmic ray muons and LHC beams

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    This is the Pre-print version of the Article. The official published version can be accessed from the link below - Copyright @ 2010 IOPThe CMS Level-1 trigger was used to select cosmic ray muons and LHC beam events during data-taking runs in 2008, and to estimate the level of detector noise. This paper describes the trigger components used, the algorithms that were executed, and the trigger synchronisation. Using data from extended cosmic ray runs, the muon, electron/photon, and jet triggers have been validated, and their performance evaluated. Efficiencies were found to be high, resolutions were found to be good, and rates as expected.This work is supported by FMSR (Austria); FNRS and FWO (Belgium); CNPq, CAPES, FAPERJ, and FAPESP (Brazil); MES (Bulgaria); CERN; CAS, MoST, and NSFC (China); COLCIENCIAS (Colombia); MSES (Croatia); RPF (Cyprus); Academy of Sciences and NICPB (Estonia); Academy of Finland, ME, and HIP (Finland); CEA and CNRS/IN2P3 (France); BMBF, DFG, and HGF (Germany); GSRT (Greece); OTKA and NKTH (Hungary); DAE and DST (India); IPM (Iran); SFI (Ireland); INFN (Italy); NRF (Korea); LAS (Lithuania); CINVESTAV, CONACYT, SEP, and UASLP-FAI (Mexico); PAEC (Pakistan); SCSR (Poland); FCT (Portugal); JINR (Armenia, Belarus, Georgia, Ukraine, Uzbekistan); MST and MAE (Russia); MSTDS (Serbia); MICINN and CPAN (Spain); Swiss Funding Agencies (Switzerland); NSC (Taipei); TUBITAK and TAEK (Turkey); STFC (United Kingdom); DOE and NSF (USA)

    Performance study of the CMS barrel resistive plate chambers with cosmic rays

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    This is the Pre-print version of the Article. The official published version can be accessed from the link below - Copyright @ 2010 IOPIn October and November 2008, the CMS collaboration conducted a programme of cosmic ray data taking, which has recorded about 270 million events. The Resistive Plate Chamber system, which is part of the CMS muon detection system, was successfully operated in the full barrel. More than 98% of the channels were operational during the exercise with typical detection efficiency of 90%. In this paper, the performance of the detector during these dedicated runs is reported.This work is supported by FMSR (Austria); FNRS and FWO (Belgium); CNPq, CAPES, FAPERJ, and FAPESP (Brazil); MES (Bulgaria); CERN; CAS, MoST, and NSFC (China); COLCIENCIAS (Colombia); MSES (Croatia); RPF (Cyprus); Academy of Sciences and NICPB (Estonia); Academy of Finland, ME, and HIP (Finland); CEA and CNRS/IN2P3 (France); BMBF, DFG, and HGF (Germany); GSRT (Greece); OTKA and NKTH (Hungary); DAE and DST (India); IPM (Iran); SFI (Ireland); INFN (Italy); NRF (Korea); LAS (Lithuania); CINVESTAV, CONACYT, SEP, and UASLP-FAI (Mexico); PAEC (Pakistan); SCSR (Poland); FCT (Portugal); JINR (Armenia, Belarus, Georgia, Ukraine, Uzbekistan); MST and MAE (Russia); MSTDS (Serbia); MICINN and CPAN (Spain); Swiss Funding Agencies (Switzerland); NSC (Taipei); TUBITAK and TAEK (Turkey); STFC (United Kingdom); DOE and NSF (USA)

    Schizophrenia-associated somatic copy-number variants from 12,834 cases reveal recurrent NRXN1 and ABCB11 disruptions

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    While germline copy-number variants (CNVs) contribute to schizophrenia (SCZ) risk, the contribution of somatic CNVs (sCNVs)—present in some but not all cells—remains unknown. We identified sCNVs using blood-derived genotype arrays from 12,834 SCZ cases and 11,648 controls, filtering sCNVs at loci recurrently mutated in clonal blood disorders. Likely early-developmental sCNVs were more common in cases (0.91%) than controls (0.51%, p = 2.68e−4), with recurrent somatic deletions of exons 1–5 of the NRXN1 gene in five SCZ cases. Hi-C maps revealed ectopic, allele-specific loops forming between a potential cryptic promoter and non-coding cis-regulatory elements upon 5′ deletions in NRXN1. We also observed recurrent intragenic deletions of ABCB11, encoding a transporter implicated in anti-psychotic response, in five treatment-resistant SCZ cases and showed that ABCB11 is specifically enriched in neurons forming mesocortical and mesolimbic dopaminergic projections. Our results indicate potential roles of sCNVs in SCZ risk
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