Disseny i implementació d'una interfície web amb Symfony

Els principals objectius que es buscava complir amb la realització d'aquest projecte són: Masterització del framework pel desenvolupament d'aplicacions web Symfony. Entendre la lògica del mecanisme de serveis de l'aplicació web. Implementació d'un entorn per l'aplicació basat en la relació entre escoles i aules. Implementació d'una política de permisos d'accés pels usuaris. Implementació d'un entorn per la gestió d'escoles i aules. Integració d'aplicacions externes dins de l'aplicació desenvolupada com a serveis. Implementació d'estructura de dades i de gestió que permeti afegir nous continguts als serveis sense la necessitat de realitzar tasques d'adaptació. Implementació d'estructura de dades i de gestió quer permeti diferenciar els serveis en diferents sub-tipus. Corregir els bugs existents. Internacionalització i localització de l'aplicació. Aplicació d'un estil i una identitat pròpia per l'aplicació. Control i estadístiques d'accés

Enhanced Transcriptome Maps from Multiple Mouse Tissues Reveal Evolutionary Constraint in Gene Expression for Thousands of Genes

We characterized by RNA-seq the transcriptional profiles of a large and heterogeneous collection of mouse tissues, augmenting the mouse transcriptome with thousands of novel transcript candidates. Comparison with transcriptome profiles obtained in human cell lines reveals substantial conservation of transcriptional programs, and uncovers a distinct class of genes with levels of expression across cell types and species, that have been constrained early in vertebrate evolution. This core set of genes capture a substantial and constant fraction of the transcriptional output of mammalian cells, and participates in basic functional and structural housekeeping processes common to all cell types. Perturbation of these constrained genes is associated with significant phenotypes including embryonic lethality and cancer. Evolutionary constraint in gene expression levels is not reflected in the conservation of the genomic sequences, but is associated with strong and conserved epigenetic marking, as well as to a characteristic post-transcriptional regulatory program in which sub-cellular localization and alternative splicing play comparatively large roles

[Avian cytogenetics goes functional] Third report on chicken genes and chromosomes 2015

High-density gridded libraries of large-insert clones using bacterial artificial chromosome (BAC) and other vectors are essential tools for genetic and genomic research in chicken and other avian species... Taken together, these studies demonstrate that applications of large-insert clones and BAC libraries derived from birds are, and will continue to be, effective tools to aid high-throughput and state-of-the-art genomic efforts and the important biological insight that arises from them

Lidar Observations in South America. Part I - Mesosphere and Stratosphere

South America covers a large area of the globe and plays a fundamental function in its climate change, geographical features, and natural resources. However, it still is a developing area, and natural resource management and energy production are far from a sustainable framework, impacting the air quality of the area and needs much improvement in monitoring. There are significant activities regarding laser remote sensing of the atmosphere at different levels for different purposes. Among these activities, we can mention the mesospheric probing of sodium measurements and stratospheric monitoring of ozone, and the study of wind and gravity waves. Some of these activities are long-lasting and count on the support from the Latin American Lidar Network (LALINET). We intend to pinpoint the most significant scientific achievements and show the potential of carrying out remote sensing activities in the continent and show its correlations with other earth science connections and synergies. In Part I of this chapter, we will present an overview and significant results of lidar observations in the mesosphere and stratosphere. Part II will be dedicated to tropospheric observations

Lidar Observations in South America. Part II - Troposphere

In Part II of this chapter, we intend to show the significant advances and results concerning aerosols’ tropospheric monitoring in South America. The tropospheric lidar monitoring is also supported by the Latin American Lidar Network (LALINET). It is concerned about aerosols originating from urban pollution, biomass burning, desert dust, sea spray, and other primary sources. Cloud studies and their impact on radiative transfer using tropospheric lidar measurements are also presented

NGS applications in genome evolution and adaptation : A reproducible approach to NGS data analysis and integration

In this PhD I have used NGS technologies in different organisms and scenarios such as in ENCODE, comparing the conservation and evolution of long non-coding RNA sequences between human and mouse, using experimental evidences from genome, transcriptome and chromatin. A similar approach was followed in other organisms such as the mesoamerican common bean and in chicken. Other analysis carried with NGS data involved the well known parasite, Leishmania Donovani, the causative agent of Leishmaniasis. I used NGS data obtained from genome and transcriptome to study the fate of its genome in survival strategies for adaptation and long term evolution. All this work was approached while working in tools and strategies to efficiently design and implement the bioinformatics analysis also known as pipelines or workflows, in order to make them easy to use, easily deployable, accessible and highly performing. This work has provided several strategies in order to avoid lack of reproducibility and inconsistency in scientific research with real biological applications towards sequence analysis and genome evolution.En aquest doctorat he utilitzat tecnologies NGS en diferents organismes i projectes com l'ENCODE, comparant la conservació i evolució de seqüències de RNA llargs no codificant entre el ratolí i l'humà, utilitzant evidències experimentals del genoma, transcriptoma i cromatina. He seguit una estratègia similar en altres organismes com són la mongeta mesoamericana i el pollastre. En altres anàlisis he hagut d'utilitzar dades NGS en l'estudi del conegut paràsit leishmània Donovani, l'agent causatiu de la malaltia Leishmaniosis. Utilitzant dades NGS obtingudes del genoma i transcriptoma he estudiat les conseqüències del genoma en estratègies d'adaptació i evolució a llarg termini. Aquest treball es va realitzar mentre treballava en eines i estratègies per dissenyar eficientment i implementar els anàlisis bioinformàtics coneguts com a diagrames de treball, per tal de fer-los fàcils d'utilitzar, fàcilment realitzables, accessibles i amb un alt rendiment. Aquest treball present diverses estratègies per tal d'evitar la falta de reproductibilitat i consistència en la investigació científica amb aplicacions reals a la biologia de l'anàlisi de seqüències i evolució de genomes

Disseny i implementació d'una interfície web amb Symfony

Els principals objectius que es buscava complir amb la realització d'aquest projecte són: Masterització del framework pel desenvolupament d'aplicacions web Symfony. Entendre la lògica del mecanisme de serveis de l'aplicació web. Implementació d'un entorn per l'aplicació basat en la relació entre escoles i aules. Implementació d'una política de permisos d'accés pels usuaris. Implementació d'un entorn per la gestió d'escoles i aules. Integració d'aplicacions externes dins de l'aplicació desenvolupada com a serveis. Implementació d'estructura de dades i de gestió que permeti afegir nous continguts als serveis sense la necessitat de realitzar tasques d'adaptació. Implementació d'estructura de dades i de gestió quer permeti diferenciar els serveis en diferents sub-tipus. Corregir els bugs existents. Internacionalització i localització de l'aplicació. Aplicació d'un estil i una identitat pròpia per l'aplicació. Control i estadístiques d'accés

"Finger Paint", Cómo las técnicas pueden ser aplicadas a proyectos bilingües

El "finger Paint" o pintura de dedos, es una innovadora técnica artística que utiliza como herramientas de trabajo las manos y dedos en lugar de los pinceles o brochas. Esta técnica puede llegar a convertirse en una técnica muy efectiva en proyectos bilingües, ya que la expresión artística es un buen enlace para superar las barreras del idioma. A través de esta técnica pretendemos fomentar la creatividad, donde los alumnos pueden transmitir ideas, emociones o incluso conceptos, aquellos que no podemos explicar con palabras. Esta herramienta trata de promover la comunicación y colaboración en un entorno bilingüe, ya que este tipo de técnicas no solo tienen que ser empleadas en el aula."Finger Paint" is an innovative artistic technique that uses hands and fingers instead of brushes as work tools. This technique can become a very effective technique in bilingual projects, since artistic expression is a good link to overcome language barriers. Through this technique we aim to promote creativity, where students can transmit ideas, emotions or even concepts, those that we cannot explain with words. This tool tries to promote communication and collaboration in a bilingual environment, since these types of techniques do not only have to be used in the classroom

The impact of Docker containers on the performance of genomic pipelines

Genomic pipelines consist of several pieces of third party software and, because of their experimental nature, frequent changes and updates are commonly necessary thus raising serious deployment and reproducibility issues. Docker containers are emerging as a possible solution for many of these problems, as they allow the packaging of pipelines in an isolated and self-contained manner. This makes it easy to distribute and execute pipelines in a portable manner across a wide range of computing platforms. Thus, the question that arises is to what extent the use of Docker containers might affect the performance of these pipelines. Here we address this question and conclude that Docker containers have only a minor impact on the performance of common genomic pipelines, which is negligible when the executed jobs are long in terms of computational time

Enhanced transcriptome maps from multiple mouse tissues reveal evolutionary constraint in gene expression

Mice have been a long-standing model for human biology and disease. Here we characterize, by RNA sequencing, the transcriptional profiles of a large and heterogeneous collection of mouse tissues, augmenting the mouse transcriptome with thousands of novel transcript candidates. Comparison with transcriptome profiles in human cell lines reveals substantial conservation of transcriptional programmes, and uncovers a distinct class of genes with levels of expression that have been constrained early in vertebrate evolution. This core set of genes captures a substantial fraction of the transcriptional output of mammalian cells, and participates in basic functional and structural housekeeping processes common to all cell types. Perturbation of these constrained genes is associated with significant phenotypes including embryonic lethality and cancer. Evolutionary constraint in gene expression levels is not reflected in the conservation of the genomic sequences, but is associated with conserved epigenetic marking, as well as with characteristic post-transcriptional regulatory programme, in which sub-cellular localization and alternative splicing play comparatively large roles.This work was supported by the National Human Genome Research Institute (NHGRI) grants number 1U54HG007004-1, U41HG007000, U01HG004695, U54HG004555 and U41HG007234, by the Spanish Plan Nacional grants number BIO2011-26205 and BFU2011-28575, the ERC grant number 294653, LaCaixa and the EU-FP7 quantomics project