Programação de relatórios de dados clínicos para submissão regulamentar de ensaios clínicos de phase I

The following report describes the activities performed during the internship in clinical data programming developed at BlueClinical, Ltd, with a major focus on the methodologies and regulatory issues related to the Tables, Figures and Listings (TFLs) that will be represented in the Clinical Study Report (CSR), in the scope of the Master in Clinical Bioinformatics. The report begins with a description of the company and the specific activities of a clinical data developer. It then covers fundamental aspects of Clinical Research, with emphasis on its situation in Portugal and the regulatory environment it finds itself in, as well as documents associated with clinical studies to be considered in TFLs. This report also briefly elaborates on data standardization, specifically mentioning the Study Data Tabulation Model (SDTM) and Analysis Dataset Model (ADaM), and some relevant examples of each. Finally, TFLs are explained, and examples of the processes of creating a specific Table and a specific Figure are addressed. These referred activities allowed the acquisition of practical knowledge in clinical data programming.O presente relatório descreve as atividades realizadas durante o estágio curricular em programação de dados clínicos desenvolvido na BlueClinical, Lda, com maior foco nas metodologias e questões regulamentares relacionadas com as Tabelas, Figuras e Listagens (TFLs) que irão ser representadas no Relatório do estudo Clínico (CSR), no âmbito do Mestrado em Bioinformática Clínica. O relatório começa com a descrição da empresa e das atividades especificas de um programador de dados clínicos. De seguida aborda aspetos fundamentais da Investigação Clínica, dando depois enfâse à sua situação em Portugal e ao ambiente regulamentar em que se encontra, como também aborda documentos associados a estudos clínicos a serem considerados nas TFLs. Este relatório também elabora de forma sucinta a standardização de dados, mencionando especificamente os modelos Study Data Tabulation Model (SDTM) e Analysis Data Model (ADaM), e alguns exemplos relevantes de cada modelo. Por último, as TFLs são explicadas, e de seguida exemplos de processos da criação de uma Tabela específica e de uma Figura específica serão abordados. Estas atividades referidas permitiram a aquisição de conhecimentos práticos em programação de dados clínicos.Mestrado em Bioinformática Clínic

Clinicopathological study of oral focal mucinosis : a retrospective case series

Oral focal mucinosis (OFM) is a rare soft tissue lesion of unknown etiology that exhibits tumor-like growth. It is considered the oral counterpart of cutaneous focal mucinosis or cutaneous myxoid cyst. This is a retrospective study of oral OFM diagnosed over a period of 42 years at an oral pathology service. Clinical, histopathological and immunohistochemical data were analyzed. Alcian blue staining and S-100 immunohistochemistry were performed. Eleven cases were retrieved (4:1 female-to-male ratio). The mean age was 44 years. The gingiva was the most affected site. The main clinical presentation was sessile or pedunculated lesions of fibrous or hyperplasic appearance, most of them asymptomatic. Positive Alcian blue staining and absence of S-100 protein were observed in all specimens, which supported the histological diagnosis of OFM. Surgical excision was the treatment of choice. Although rare, this study supports the inclusion of OFM in the differential diagnosis of intraoral myxoid lesions

Digestibility and feeding behavior of cattle fed soybean hulls to replace corn in high concentrate diets

The objective of this study was to evaluate the replacement of 0, 25, 50, 75 and 100% of ground corn (GC) with pelleted soybean hulls (SH) in the concentrate portion of cattle diets. The evaluation was conducted using five 13-month-old Nellore steers cannulated in the rumen, with a mean body weight of 265.00 + 11.60 kg. The steers received a diet composed of 90% concentrate and 10% sugarcane bagasse as the only source of roughage. The statistical design used was a 5x5 Latin square. There was no effect (p > 0.05) of replacement levels or interaction (p > 0.05) between replacement levels and sampling time on ruminal pH, which ranged from 5.8 to 6.0. The apparent digestibility of DM, CP, EE, CHOT and CHONF were not influenced (p > 0.05) by the replacement levels, showing mean values of 67.88 + 2.02; 67.43 + 2.89; 68.29 + 4.11; 70.54 + 1.68 and 80.21 + 1.85%, respectively. The NDF digestibility increased linearly (p 0.05) of replacement levels on time spent feeding (F) and total idle time (TI), with mean values of 10.51 and 4.61% of the day, respectively. However there was a quadratic effect (p < 0.05) of soybean hull inclusion on the time spent ruminating. It was concluded that although the replacement of corn with soybean hull does not improve the ruminal pH of steers fed diets with a high proportion of concentrate, pelleted soybean hulls improve the digestibility of the fibrous fraction of the diet and increase the time spent ruminating, indicating that this ingredient can be included in high-concentrate diets to improve economic efficiency

Influence of aerobic and anaerobic variables on repeated sprint tests

O objetivo deste estudo foi determinar o modo e o grau com que variáveis aeróbias e anaeróbias influenciam o desempenho e a fadiga em “sprints” repetidos (RS) na corrida. Para este fim, participaram do estudo 24 homens, sendo oito corredores velocistas, oito corredores fundistas e oito sujeitos ativos. Em uma pista sintética de atletismo estes sujeitos foram submetidos aos seguintes testes: 1) teste incremental para determinação do VO2max e da velocidade aeróbia máxima (VAM); 2) teste de velocidade constante realizado a 110%VAM para determinar a cinética do VO2 durante exercício e o máximo déficit acumulado de oxigênio (MAOD); 3) teste de “sprints” repetidos (10 “sprints” de 35 m, intercalados com 20 s de recuperação) para determinar o tempo total dos “sprints” (TT), tempo do melhor sprint (TM) e a queda do desempenho em percentual (Sdec). Para analisar a diferença entre os grupos e as relações entre as variáveis foram utilizadas a análise de variância ANOVA “one-way”, complementada pelo teste de Tukey, e a correlação de Pearson, respectivamente. O TT em RS foi diferente significativamente entre todos os grupos (velocistas, 49,5 ± 0,8 s; fundistas, 52,6 ± 3,1 s; ativos, 55,5 ± 2,6 s) e Sdec foi significativamente inferior em fundistas comparado aos outros grupos (velocistas, 8,9 ± 2,1%; fundistas, 4,0 ± 2,0%; ativos, 8,4 ± 4,4%). O TT foi correlacionado significativamente com o TM (r = 0,85, p < 0,01) e com o MAOD (r = −0,54, p < 0,01). Além disso, Sdec foi correlacionado significativamente com variáveis aeróbias (VO2max, r = −0,58, p < 0,01; VAM, r = −0,59, p < 0,01; constante de tempo “tau”, r = 0,45, p = 0,03). Portanto, conclui-se que apesar de índices aeróbios influenciarem na redução da fadiga em RS, o desempenho em RS é principalmente influenciado por características anaeróbias.This study aimed to determine the manner and degree to which aerobic and anaerobic variables influence repeated running sprint performance and ability. Twenty four males (sprinters = 8, endurance runners = 8 and physical active subjects = 8) performed in a synthetic track the following tests: 1) incremental test to determine the VO2max and the maximum aerobic velocity (MAV); 2) constant velocity test performed at 110% of MAV to determine the VO2 kinetics and the maximum accumulated oxygen deficit (MAOD); 3) repeated sprint test (10 sprints of 35-m interspersed by 20s) to determine sprint total time (TT), best sprint time (BT) and score decrement (Sdec). Between-groups comparisons and the correlations between variables were analyzed by one-way ANOVA with a Tukey post-hoc tests and Pearson correlation, respectively. TT was significantly different among all groups (sprinters = 49.5 ± 0.8 s; endurance = 52.6 ± 3.1 s; active = 55.5 ± 2.6 s) and Sdec was significantly lower in endurance runners as compared with sprinters and physical active subjects (sprinters = 8.9 ± 2.1%; endurance = 4.0 ± 2.0%; active = 8.4 ± 4.4%). TT correlated significantly with BT (r = 0.85, p < 0.01) and MAOD (r = −0.54, p < 0.01). Moreover, Sdec was significantly correlated with aerobic parameters (VO2max, r = −0.58, p < 0.01; MAV, r = −0.59, p < 0.01; time constant tau, r = 0.45, p = 0.03). In conclusion, although the aerobic parameters have an important contribution to RS ability, RS performance is mainly influenced by anaerobic parameters

Prototype of an affordable pressure-controlled emergency mechanical ventilator for COVID-19

We present a viable prototype of a simple mechanical ventilator intended as a last resort to ventilate COVID-19 patients. The prototype implements the pressure-controlled continuous mandatory ventilation mode (PC-CMV) with settable breathing rates, inspiration/expiration time ratios and FiO2 modulation. Although safe, the design aims to minimize the use of technical components and those used are common in industry, so its construction may be possible in times of logistical shortage or disruption or in areas with reduced access to technical materials and at a moderate cost, affordable to lower income countries. Most of the device can be manufactured by modest technical means and construction plans are provided.Comment: This version differs from version 2 in that it includes toxicological and bio-safety tests and updated electronic

Características morfofisiológicas da soja em Latossolo Amarelo submetida a diferentes fontes de fertilizantes fosfatados no cerrado piauiense

As fontes de fertilizantes fosfatados apresentam diferenças no produto das reações químicas entre o fertilizante e o solo, sendo influenciadas pelas características químicas e texturais do solo. Nesse sentido, objetivou-se com este estudo avaliar características morfofisiológicas da cultura da soja sob diferentes fontes de fósforo no sudoeste piauiense. O delineamento experimental foi em blocos casualizados, sendo que os tratamentos constaram de quatro fontes de fósforo (o superfosfato simples (SSP), o superfosfato triplo (SPT), fosfato natural reativo (FNR) e o fosfato natural reativo + enxofre (FNR+S)), mais uma testemunha com calcário Cincal, com quatro repetições. O experimento foi implantado no ano agrícola 2012/13 e as avaliações foram realizadas durante as safras 2013/14 e 2014/15. Foram avaliadas variáveis do estádio fenológico de florescimento pleno e de produção da soja. As características morfofisiológicas da cultura da soja foram influenciadas pelas fontes de fósforo, conforme constatado no estande de plantas, índice de área foliar, radiação fotossintética ativa e eficiência da radiação fotossintética ativa, fitomassa seca, produtividade e no peso de mil grãos

Proposta de métricas de avaliação da qualidade da informação médica para Sistemas de Recomendação baseados no perfil do usuário

A Web é uma fonte de busca onde as pessoas procuram informações sobre cuidados em saúde. Entretanto, é aberta a vários tipos de publicação e provedores de informação, portanto a qualidade das informações em saúde que são publicadas são altamente variáveis e dinâmicas.  Um usuário leigo que busca informação nem sempre possui o conhecimento e educação suficientes para avaliar e validar a informação disponível. Neste relatório aborda-se um sistema de recomendação baseado no perfil do usuário e na qualidade da informação recomendada

Identificação de Problemas e Propostas para Melhoria

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