Cooperación internacional al desarrollo: cartografía colaborativa en los sectores de Rukara y Huye (Rwanda)

El proyecto de Cartografía Colaborativa en los sectores de Rukara y Huye (Rwanda), como acción geográfica de cooperación al desarrollo, se ha centrado en la implementación de una cartografía generada desde cero por estudiantes locales de enseñanza secundaria dentro de un proyecto de cartografía participativa como es OpenStreetMap, mediante la colaboración de cuatro socios: Colegio de Geógrafos de España, Universidad de Alicante, Nacional University of Rwanda y la ONGD Nueva Fraternidad de Torrevieja (Alicante)

Propuesta de una plataforma web para aplicar técnicas de visualización en didáctica de la Geografía

En esta comunicación se destaca el potencial pedagógico de las TICs en la enseñanza de los contenidos sobre la estructura y dinámica de la población. Las técnicas de visualización de datos cobran especial interés debido a su auge en numerosas disciplinas científicas. A pesar de los beneficios que pueden aportar, el uso de estas tecnologías no se ha generalizado tanto como sería esperable. Esta escasa adopción por parte de los docentes en Ciencias Sociales está relacionada con la complejidad de las herramientas y la ausencia de interfaces de usuario intuitivos. En esta comunicación se han diseñado herramientas que solucionen estos problemas

Cuantificación de incertidumbres en el trasvase de tráfico de mercancías en ejes de transporte

El objetivo del trabajo es el desarrollo de un simulador del proceso de trasvase de mercancías de la carretera al ferrocarril en ejes de transporte seleccionados, con la estimación de la incertidumbre en cada una de las etapas en las que se descompone el proceso con el horizonte del año 2020. Las etapas son: estimación del tráfico terrestre -carretera y ferrocarril- de mercancías (total y por tipos) y en los ejes de transporte seleccionados, estimación de los factores de ocupación en ambos modos, estimación de las proporciones de trasvase modal (total y por tipos) en cada eje y finalmente la estimación del impacto medioambiental de las toneladas trasvasadas, en términos de emisiones contaminantes en toneladas de CO, CO2, NOx, CH4, NH3, etc. Cada una de estas estimaciones presenta incertidumbre, que debe ser cuantificada a través de un enfoque estadístico, de forma que la incertidumbre de la variable final o respuesta del proceso (emisiones) recoja la propagación de las incertidumbres a través de las etapas, para las que se proporcionan horquillas. El cálculo de la propagación de las incertidumbres no es factible analíticamente y por ello se recurre a la simulación estocástica de Monte Carlo. En este trabajo se presenta la metodología para la cuantificación de incertidumbre de los factores que intervienen en el proceso de trasvase de mercancías de la carretera a otro modo (ferrocarril)

MultiBaC: A strategy to remove batch effects between different omic data types

[EN] Diversity of omic technologies has expanded in the last years together with the number of omic data integration strategies. However, multiomic data generation is costly, and many research groups cannot afford research projects where many different omic techniques are generated, at least at the same time. As most researchers share their data in public repositories, different omic datasets of the same biological system obtained at different labs can be combined to construct a multiomic study. However, data obtained at different labs or moments in time are typically subjected to batch effects that need to be removed for successful data integration. While there are methods to correct batch effects on the same data types obtained in different studies, they cannot be applied to correct lab or batch effects across omics. This impairs multiomic meta-analysis. Fortunately, in many cases, at least one omics platform-i.e. gene expression- is repeatedly measured across labs, together with the additional omic modalities that are specific to each study. This creates an opportunity for batch analysis. We have developed MultiBaC (multiomic Multiomics Batch-effect Correction correction), a strategy to correct batch effects from multiomic datasets distributed across different labs or data acquisition events. Our strategy is based on the existence of at least one shared data type which allows data prediction across omics. We validate this approach both on simulated data and on a case where the multiomic design is fully shared by two labs, hence batch effect correction within the same omic modality using traditional methods can be compared with the MultiBaC correction across data types. Finally, we apply MultiBaC to a true multiomic data integration problem to show that we are able to improve the detection of meaningful biological effects.The author(s) disclosed receipt of the following financial support for the research, authorship, and/or publication of this article: This work is part of a research project that is totally funded by Conselleria d'Educacio, Cultura i Esport (Generalitat Valenciana) through PROMETEO grants program for excellence research groups.Ugidos, M.; Tarazona Campos, S.; Prats-Montalbán, JM.; Ferrer, A.; Conesa, A. (2020). MultiBaC: A strategy to remove batch effects between different omic data types. Statistical Methods in Medical Research. 29(10):2851-2864. https://doi.org/10.1177/0962280220907365S285128642910Kupfer, P., Guthke, R., Pohlers, D., Huber, R., Koczan, D., & Kinne, R. W. (2012). Batch correction of microarray data substantially improves the identification of genes differentially expressed in Rheumatoid Arthritis and Osteoarthritis. BMC Medical Genomics, 5(1). doi:10.1186/1755-8794-5-23Gregori, J., Villarreal, L., Méndez, O., Sánchez, A., Baselga, J., & Villanueva, J. (2012). Batch effects correction improves the sensitivity of significance tests in spectral counting-based comparative discovery proteomics. Journal of Proteomics, 75(13), 3938-3951. doi:10.1016/j.jprot.2012.05.005Ritchie, M. E., Phipson, B., Wu, D., Hu, Y., Law, C. W., Shi, W., & Smyth, G. K. (2015). limma powers differential expression analyses for RNA-sequencing and microarray studies. Nucleic Acids Research, 43(7), e47-e47. doi:10.1093/nar/gkv007Gagnon-Bartsch, J. A., & Speed, T. P. (2011). Using control genes to correct for unwanted variation in microarray data. Biostatistics, 13(3), 539-552. doi:10.1093/biostatistics/kxr034Nueda, M. j., Ferrer, A., & Conesa, A. (2011). ARSyN: a method for the identification and removal of systematic noise in multifactorial time course microarray experiments. Biostatistics, 13(3), 553-566. doi:10.1093/biostatistics/kxr042Jansen, J. J., Hoefsloot, H. C. J., van der Greef, J., Timmerman, M. E., Westerhuis, J. A., & Smilde, A. K. (2005). ASCA: analysis of multivariate data obtained from an experimental design. Journal of Chemometrics, 19(9), 469-481. doi:10.1002/cem.952Nueda, M. J., Conesa, A., Westerhuis, J. A., Hoefsloot, H. C. J., Smilde, A. K., Talón, M., & Ferrer, A. (2007). Discovering gene expression patterns in time course microarray experiments by ANOVA–SCA. Bioinformatics, 23(14), 1792-1800. doi:10.1093/bioinformatics/btm251Giordan, M. (2013). A Two-Stage Procedure for the Removal of Batch Effects in Microarray Studies. Statistics in Biosciences, 6(1), 73-84. doi:10.1007/s12561-013-9081-1Nyamundanda, G., Poudel, P., Patil, Y., & Sadanandam, A. (2017). A Novel Statistical Method to Diagnose, Quantify and Correct Batch Effects in Genomic Studies. Scientific Reports, 7(1). doi:10.1038/s41598-017-11110-6Reese, S. E., Archer, K. J., Therneau, T. M., Atkinson, E. J., Vachon, C. M., de Andrade, M., … Eckel-Passow, J. E. (2013). A new statistic for identifying batch effects in high-throughput genomic data that uses guided principal component analysis. Bioinformatics, 29(22), 2877-2883. doi:10.1093/bioinformatics/btt480Papiez, A., Marczyk, M., Polanska, J., & Polanski, A. (2018). BatchI: Batch effect Identification in high-throughput screening data using a dynamic programming algorithm. Bioinformatics, 35(11), 1885-1892. doi:10.1093/bioinformatics/bty900Keel, B. N., Zarek, C. M., Keele, J. W., Kuehn, L. A., Snelling, W. M., Oliver, W. T., … Lindholm-Perry, A. K. (2018). RNA-Seq Meta-analysis identifies genes in skeletal muscle associated with gain and intake across a multi-season study of crossbred beef steers. BMC Genomics, 19(1). doi:10.1186/s12864-018-4769-8Li, M. D., Burns, T. C., Morgan, A. A., & Khatri, P. (2014). Integrated multi-cohort transcriptional meta-analysis of neurodegenerative diseases. Acta Neuropathologica Communications, 2(1). doi:10.1186/s40478-014-0093-yAndres-Terre, M., McGuire, H. M., Pouliot, Y., Bongen, E., Sweeney, T. E., Tato, C. M., & Khatri, P. (2015). Integrated, Multi-cohort Analysis Identifies Conserved Transcriptional Signatures across Multiple Respiratory Viruses. Immunity, 43(6), 1199-1211. doi:10.1016/j.immuni.2015.11.003Sandhu, V., Labori, K. J., Borgida, A., Lungu, I., Bartlett, J., Hafezi-Bakhtiari, S., … Haibe-Kains, B. (2019). Meta-Analysis of 1,200 Transcriptomic Profiles Identifies a Prognostic Model for Pancreatic Ductal Adenocarcinoma. JCO Clinical Cancer Informatics, (3), 1-16. doi:10.1200/cci.18.00102Huang, H., Liu, C.-C., & Zhou, X. J. (2010). Bayesian approach to transforming public gene expression repositories into disease diagnosis databases. Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(15), 6823-6828. doi:10.1073/pnas.0912043107Pelechano, V., & Pérez-Ortín, J. E. (2010). 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Archaeology and documentary research: the first bastioned fortifications of Alacant (Spain)

[EN] In the Courts of the Crown of Aragon held in Monzón (Huesca, 1528) it was raised the need to organise the coast defence of the Kingdom of Valencia through a series of fortification works and the creation and maintenance of militias in order to avoid the attacks and incursions of the Turks and the Berber corsairs. In Alacant (1533), under the auspice of the Duke of Calabria, viceroy of the Kingdom of Valencia, and the design of Joan de Cervelló, noble, military and engineer of King Carlos I and with great experience in artillery and fortification of cities, three bastions were built taking advantage of the medieval walls: Sant Francesc, Sant Bertomeu and Sant Sebastià. These improvement works on the walls continued with the rise of two more towers that protected the gate (Puerta del Mar or Montserrat). The bastions had a circular plan and an escarp elevation up to their half and vertical until the crowning, besides a low armed parapet. They were demolished because of the urban renovations that Alacant experienced during the nineteenth century. However, the historical planimetry, engraving images and photographs, as well as the archaeological excavations carried out in them allow to know their morphology and materials, which are explained in this paper.Bevià I Garcia, M.; Mira Rico, J.; Giner Martínez, JM.; Ortega Pérez, JR. (2020). Arqueología e investigación documental: las defensas pre-abaluartadas de Alacant (España). Editorial Universitat Politècnica de València. 523-530. https://doi.org/10.4995/FORTMED2020.2020.11341OCS52353

Los repositorios institucionales de las universidades públicas valencianas: situación actual y retos para el futuro

El objetivo de la presente comunicación es realizar un análisis sobre la situación actual de los repositorios institucionales en las universidades públicas valencianas y reflexionar sobre los retos que se platean en los próximos años, con la finalidad de impulsar el conocimiento abierto en el ámbito valenciano. Esta reflexión, además de novedosa en nuestro ámbito geográfico-político, es necesaria y oportuna en este momento, puesto que recientemente se ha creado el grupo de trabajo de repositorios institucionales de las universidades públicas valencianas, formado por la Universitat de València, la Universitat Politècnica de València, la Universitat d?Alacant, la Universidad Miguel Hernández de Elche y la Universitat Jaume I de Castellón. Este grupo se enmarca en el proyecto Campus Habitat 5U , en el que las bibliotecas de las universidades públicas valencianas han creado diferentes grupos de trabajo para impulsar proyectos en común, entre ellos, el que trata sobre los repositorios. El punto de partida es el siguiente: las cinco universidades cuentan con sus respectivos repositorios institucionales, creados en diferentes años y con lógicas diferencias, pero con características comunes: mismo software, Dspace, contenidos similares, y con intereses comunes: hacer del repositorio institucional el archivo de la producción científica, docente y académica de la universidad, impulsando la difusión en acceso abierto del conocimiento universitario. Para llevar a cabo el análisis de la situación actual de cada repositorio, se ha elaborado una encuesta con diferentes indicadores, unos cualitativos y otros cuantitativos, sobre los propios repositorios y sobre el acceso abierto en general. A partir de estos datos se ha elaborado un informe sobre la situación actual de los repositorios universitarios valencianos y el acceso abierto. Estos mismos datos nos han permitido, por una parte, entrever los retos que se nos plantean en un futuro inmediato a los repositorios valencianos, y, por otra parte, destacar aquellos aspectos en los que el trabajo cooperativo puede ser útil para alcanzar el objetivo inicial, de impulso del acceso abierto en el ámbito valenciano. El siguiente paso ha sido establecer las prioridades de trabajo. Como resultado, se presenta en esta comunicación un resumen de dicho informe y las conclusiones sobre los retos planteados en cuanto a difusión, interoperabilidad y eficiencia en la gestión de los repositorios. Para alcanzar con éxito dichos retos resulta imprescindible el trabajo cooperativo. Se trata, en definitiva, de una reflexión general sobre los horizontes de los repositorios valencianos, que bien se podría extrapolar a otros ámbitos.Gómez Castaño, J.; Barrueco Cruz, JM.; París-Folch, M.; Aguilar-Lorente, E.; Martínez-Galindo, FJ. (2015). Los repositorios institucionales de las universidades públicas valencianas: situación actual y retos para el futuro. http://hdl.handle.net/10251/4807

Red para la docencia especializada en cartografía digital, geomática y sistemas de información geográfica basado en software libre

Esta proyecto pretender crear una red docente especializada en las tecnologías de la información geográfica (TIG), con especial interés en la geomática, y en la captura, análisis y publicación de datos geográficos. Estos sistemas deben de ser sostenibles, por ello se hace especial énfasis en el uso de programas, servicios y datos libres, con el fin de poder impartir una docencia que aporte un perfil diferente al alumno, que no solo será analista, sino también productor y difusor de contenidos geográficos en forma de cartografía. Todo ello repercute en el alumnado facilitando el conocimiento de la información originados por esta red docente, elevando las posibilidades de inserción laboral, y dinamizando el emprendimiento. Por ello, las acciones colaborativas y metodológicas se centran en la creación y personalización de un aula experimental de cartografía y Sistemas de Información Geográfica (SIG) donde poder practicar los servicios y procesos que la sociedad está demandando, y que los productores están sirviendo. Estos esfuerzos requieren el concurso de un servidor de servicios y datos que también forma parte de este proyecto

El cultivo del caqui

En este libro se escribe del caqui en toda su amplitud, los mejores investigadores en las diferentes especialidades nos explican los resultados de la investigación y experiencias en fertirrigación, pies y variedades, sanidad vegetal, poda y postcosecha; acompañado y documentado de una amplia bibliografía de los investigadores de los principales países productores del mundo: China, Japón e Israel, e Italia, más que por su producción, por su continua y avanzada investigación. Este libro, fruto del trabajo de las diferentes líneas de investigación del producto, coordinada por el magnífico equipo de investigadores del IVIA, pone a disposición de la producción, postcosecha y comercialización todos los avances conocidos a nivel nacional e internacional

Twitter as a Tool for Teaching and Communicating Microbiology: The #microMOOCSEM Initiative

Online social networks are increasingly used by the population on a daily basis. They are considered a powerful tool for science communication and their potential as educational tools is emerging. However, their usefulness in academic practice is still a matter of debate. Here, we present the results of our pioneering experience teaching a full Basic Microbiology course via Twitter (#microMOOCSEM), consisting of 28 lessons of 40-45 minutes duration each, at a tweet per minute rate during 10 weeks. Lessons were prepared by 30 different lecturers, covering most basic areas in Microbiology and some monographic topics of general interest (malaria, HIV, tuberculosis, etc.). Data analysis on the impact and acceptance of the course were largely affirmative, promoting a 330% enhancement in the followers and a >350-fold increase of the number of visits per month to the Twitter account of the host institution, the Spanish Society for Microbiology. Almost one third of the course followers were located overseas. Our study indicates that Massive Online Open Courses (MOOC) via Twitter are highly dynamic, interactive, and accessible to great audiences, providing a valuable tool for social learning and communicating science. This strategy attracts the interest of students towards particular topics in the field, efficiently complementing customary academic activities, especially in multidisciplinary areas like Microbiology.Versión del edito