A Solve-RD ClinVar-based reanalysis of 1522 index cases from ERN-ITHACA reveals common pitfalls and misinterpretations in exome sequencing

Purpose Within the Solve-RD project (https://solve-rd.eu/), the European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies aimed to investigate whether a reanalysis of exomes from unsolved cases based on ClinVar annotations could establish additional diagnoses. We present the results of the “ClinVar low-hanging fruit” reanalysis, reasons for the failure of previous analyses, and lessons learned. Methods Data from the first 3576 exomes (1522 probands and 2054 relatives) collected from European Reference Network for Intellectual disability, TeleHealth, Autism and Congenital Anomalies was reanalyzed by the Solve-RD consortium by evaluating for the presence of single-nucleotide variant, and small insertions and deletions already reported as (likely) pathogenic in ClinVar. Variants were filtered according to frequency, genotype, and mode of inheritance and reinterpreted. Results We identified causal variants in 59 cases (3.9%), 50 of them also raised by other approaches and 9 leading to new diagnoses, highlighting interpretation challenges: variants in genes not known to be involved in human disease at the time of the first analysis, misleading genotypes, or variants undetected by local pipelines (variants in off-target regions, low quality filters, low allelic balance, or high frequency). Conclusion The “ClinVar low-hanging fruit” analysis represents an effective, fast, and easy approach to recover causal variants from exome sequencing data, herewith contributing to the reduction of the diagnostic deadlock

Structural and functional characterization of the Clostridium perfringens N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase essential for the sialic acid salvage pathway.

International audiencePathogenic bacteria are endowed with an arsenal of specialized enzymes to convert nutrient compounds from their cell hosts. The essential N-acetylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase (NanE) belongs to a convergent glycolytic pathway for utilization of the three amino sugars, GlcNAc, ManNAc, and sialic acid. The crystal structure of ligand-free NanE from Clostridium perfringens reveals a modified triose-phosphate isomerase (?/?)8 barrel in which a stable dimer is formed by exchanging the C-terminal helix. By retaining catalytic activity in the crystalline state, the structure of the enzyme bound to the GlcNAc-6P product identifies the topology of the active site pocket and points to invariant residues Lys(66) as a putative single catalyst, supported by the structure of the catalytically inactive K66A mutant in complex with substrate ManNAc-6P. (1)H NMR-based time course assays of native NanE and mutated variants demonstrate the essential role of Lys(66) for the epimerization reaction with participation of neighboring Arg(43), Asp(126), and Glu(180) residues. These findings unveil a one-base catalytic mechanism of C2 deprotonation/reprotonation via an enolate intermediate and provide the structural basis for the development of new antimicrobial agents against this family of bacterial 2-epimerases

Evaluation of synthase and hemisynthase activities of glucosamine-6-phosphate synthase by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry

International audienc

Le journalisme en invention

La multiplication des publications en ligne et des magazines de marque, le phénomène des blogues sur Internet, le déclin de la presse d’information générale payante et le succès de la presse gratuite et des magazines, sont autant de lieux de manifestation des transformations à l’œuvre dans les médias. Celles-ci touchent l’ensemble de la production et de la diffusion d’information : extension des domaines d’intervention des entreprises de presse au-delà de l’expertise journalistique vers la gestion de l’information publique ou promotionnelle ; élasticité de la fonction journalistique entre l’information et la production de contenu ; modulation de la mission d’information par la prise en compte accrue du destinataire à capter ; cœxistence temporelle du flux de l’actualité et du stock de l’archive ; fragmentation accrue et instabilité croissante des publics. Nous assistons à un « brouillage » croissant des frontières qui semblaient jusque-là établies entre les stratégies, les pratiques, les identités, les produits, les énonciations, les usages. Est-il possible de rendre compte de ces mouvements autrement qu’en termes de confusion, de subversion, de domination, de renoncement ? Partant du postulat que le journalisme n’a jamais eu l’homogénéité qu’on lui attribue, les contributeurs de cet ouvrage s’efforcent de décrire des objets en mutation dans une perspective non normative. En s’appuyant sur les concepts foucaldiens de « formation discursive » et de « dispersion », ils font apparaître les discontinuités dans les pratiques nouvelles et entre les acteurs en émergence, mais aussi les airs de famille qui les rattachent au journalisme. Ainsi, d’objets a priori marginaux, les « gratuits » d’information générale, le magazine Epok de la Fnac, les blogues « d’information éthique », le discours de l’intime dans la presse féminine, apparaissent comme autant de manifestations dispersées d’une même pratique discursive - le journalisme - mais qui ne peut se réduire à l’espace, même « flou », de son exercice professionnel. Revendiquant une approche « socio-discursive », les études ici présentées multiplient les angles et les méthodes : de l’ethnographie des acteurs à l’étude économique, de l’analyse de discours à la sociologie des professions, des stratégies d’entreprise à l’étude de la réception. Il ne s’agit pas pour autant de proposer une juxtaposition de points de vue, ni un syncrétisme de mauvais aloi, mais de montrer que le journalisme - comme toute activité de production discursive - est un travail permanent sur les normes (en particulier les normes de « genres ») qui en retour le constituent. L’identité journalistique ne peut être définie par un catalogue de formes, mais comme une pratique toujours en invention entre des logiques homogénéisantes et ses résurgences dispersées

Etudes sur le droit de la concurrence et quelques thèmes fondamentaux : mélanges en l'honneur d'Yves Serra

Le Professeur Fasquelle y a écrit l'article suivant : L’incidence des difficultés des entreprises sur l'application des règles de concurrenceInternational audienceTout au long de sa carrière universitaire, Yves Serra s'est passionné pour le droit de la concurrence qu'il a professé sans interruption jusqu'à sa mort et qu'il a définitivement marqué de son empreinte. Ses pertinentes analyses sur l'équilibre des clauses de non-concurrence et sur l'évolution de la théorie de la concurrence déloyale, souvent consacrées par la jurisprudence, ont charmé les juristes qui s'intéressent à la matière. Sa plume incisive et sûre, sa pensée novatrice et limpide ont marqué tous ceux qui, étudiants ou collègues, l'ont lu. Ses qualités oratoires ont séduit tous ceux qui, du concours d'agrégation aux récents colloques du Centre de droit de la concurrence dont il fut le fondateur et auquel il a laissé son nom, l'ont écouté.Les contributeurs à ces Mélanges ont entendu rendre un dernier hommage à ce pédagogue hors pair en lui consacrant un peu de leur temps pour écrire une étude ayant trait au droit de la concurrence ou à quelques autres thèmes fondamentaux de droit privé. Il faut dire qu'Yves Serra a également enseigné de nombreuses matières de droit privé : le droit des obligations, des régimes matrimoniaux et des successions, sans oublier le droit processuel..

Le site de référence du Partenariat européen d’innovation pour un vieillissement actif et en bonne santé MACVIA-LR (contre les maladies chroniques pour un vieillissement en bonne santé en Languedoc-Roussillon)

International audienceLe site de référence du Partenariat européen d'innovation pour un vieillissement actif et en bonne santé MACVIA-LR (contre les maladies chroniques pour un vieillissement en bonne santé en Languedoc-Roussillon

Science et développement durable : 75 ans de recherche au Sud

Comment, depuis plusieurs décennies, la recherche scientifique contribue-t-elle au développement des pays du Sud ? À travers plus de 100 succès emblématiques de la recherche en partenariat, cet ouvrage nous plonge au coeur des grandes questions de développement : oeuvrer pour des sociétés plus justes, lutter contre les maladies, faire face aux risques naturels, mettre en place une agriculture durable garantissant la sécurité alimentaire, préserver la biodiversité, partager les savoirs... Il montre ainsi comment la recherche contribue à l'amélioration des conditions de vie et à la préservation de l'environnement dans les pays en développement, en soulignant le rôle de la science pour répondre aux défis du monde actuel et à venir. Composé de textes courts, didactiques et richement illustrés, il s'adresse à tous les publics