Avaliação da performance de diferentes plásticos usados para selar arranjos de cDNA em náilon

cDNA arrays are a powerful tool for discovering gene expression patterns. Nylon arrays have the advantage that they can be re-used several times. A key issue in high throughput gene expression analysis is sensitivity. In the case of nylon arrays, signal detection can be affected by the plastic bags used to keep membranes humid. In this study, we evaluated the effect of five types of plastics on the radioactive transmittance, number of genes with a signal above the background, and data variability. A polyethylene plastic bag 69 μm thick had a strong shielding effect that blocked 68.7% of the radioactive signal. The shielding effect on transmittance decreased the number of detected genes and increased the data variability. Other plastics which were thinner gave better results. Although plastics made from polyvinylidene chloride, polyvinyl chloride (both 13 μm thick) and polyethylene (29 and 7 μm thick) showed different levels of transmittance, they all gave similarly good performances. Polyvinylidene chloride and polyethylene 29 mm thick were the plastics of choice because of their easy handling. For other types of plastics, it is advisable to run a simple check on their performance in order to obtain the maximum information from nylon cDNA arrays.Os arranjos de cDNA são uma poderosa ferramenta para o estudo de padrões de expressão gênica. Os arranjos em membranas de náilon apresentam ainda a vantagem de poderem ser reutilizados diversas vezes. Porém, um ponto bastante delicado em estudos de expressão gênica em larga escala é a sensibilidade. No caso de arranjos em membranas de náilon, a detecção dos sinais pode ser afetada pelo envoltório plástico utilizado para manter as membranas úmidas. Nesse estudo, nós avaliamos os efeitos de cinco tipos de plásticos na transmissão radioativa detectada, no número de genes com sinal acima da emissão de fundo e na variabilidade dos dados. O plástico produzido com polietileno com 69 μm de espessura apresentou uma forte interferência na emissão radioativa, bloqueando 68.7% do sinal detectado. Este bloqueio na transmitância diminuiu o numero de genes detectados e aumentou a variabilidade dos dados. Outros plásticos mais finos tiveram resultados melhores. Apesar de plásticos feitos de cloreto de polivinilideno e cloreto de polivinila (ambos com 13 μm de espessura) e polietileno (29 e 7 μm de espessura) terem diferentes níveis de transmitância, todos apresentaram performances semelhantes nos testes realizados. Cloreto de polivinilideno e polietileno com 29 μm de espessura foram os plásticos escolhidos devido à facilidade de manuseio. Para outros tipos de plásticos, é recomendável realizar um teste de suas performances antes de utilizá-los para envolver membranas de náilon, de forma a obter o máximo de informação dos experimentos com arranjos de cDNA.18831887Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES

Metabolic disorders and post-acute hospitalization in black/mixed-race patients with long COVID in Brazil: A cross-sectional analysis.

BACKGROUND: Although low-middle income countries have been disproportionately affected by the COVID-19 pandemic, there is scarce information about the impact of long COVID on their population. This study aimed to evaluate long COVID symptomatology, complications (hospital readmission and metabolic disorders), and main clinical features that impact Quality of Life (QoL). METHODS: This cross-sectional study provides a detailed clinical and laboratory picture of individuals who presented residual symptoms after mild to severe acute COVID-19. Between Aug-2020 to Sep-2021, long COVID patients were evaluated in a reference center for long COVID in Bahia State, Brazil. The EQ-5D-5L questionnaire accessed QoL. RESULTS: A total of 1164 (52 ±13.4 years, 57% female, 88% black/mixed-race) were evaluated 2.3 [IQR = 1.6-3.7] months after mild (n = 351, 30.2%), moderate (338, 29.0%) or severe (475, 40.8%) acute illness. Dyspnea (790, 67.9%), fatigue (738, 63.5%), and chest pain (525, 42.9%) were the most frequent residual symptoms regardless of acute severity, affecting the QoL of 88.9% of patients (n/N-826/925), mainly the domains of anxiety/depression and pain/discomfort. High levels of HbA1c were detected for 175 out of 664 patients (26.6%), 40% of them without a previous diagnosis of diabetes mellitus. Of note, hospital admission one-to-three months after the acute phase of disease was required for 51 (4.4%) patients. CONCLUSION: In this majority-black/mixed-race population, long COVID was associated with post-acute hospitalization, newly diagnosed diabetes mellitus, and decreased QoL, particularly in women and regardless of disease severity of acute infection, suggesting important implications for health care system

Avaliação da qualidade ambiental através do teste da cebola (Allium cepa L.) Exposta diretamente em leito de rios urbanos

O presente estudo teve como objetivo avaliar a qualidade ambiental de rios urbanos através do teste da cebola (Allium cepa L.)exposta diretamente no leito dos rios do município de Vassouras-RJ. O experimento teve quatro tratamentos, no Rio Bonito,Rio Santa Catarina e Rio das Mortes e na confluência dos três, e como testemunha, um lago próximo a uma nascente. Foramutilizadas cinco estruturas de isopor que permite as cebolas flutuar na água. Durante o experimento, ocorreu uma enxurradaque fez perdermos três experimentos, restando apenas a testemunha e o do Rio Bonito. Após sete dias, os experimentosrestantes foram desmontados e mediu-se a massa e o comprimento das raízes. Os resultados obtidos entre o tratamento e a testemunha foram estatisticamente significativo, através do teste t-student (p<0,05), tanto no comprimento das raízes quanto na massa, assim podendo-se concluir que há compostos químicos que inibiram o crescimento normal das raízes no Rio Bonito e que, apesar de possíveis erros na metodologia, os resultados corroboram outros estudos com ensaios em laboratório

Photography-based taxonomy is inadequate, unnecessary, and potentially harmful for biological sciences

The question whether taxonomic descriptions naming new animal species without type specimen(s) deposited in collections should be accepted for publication by scientific journals and allowed by the Code has already been discussed in Zootaxa (Dubois & Nemésio 2007; Donegan 2008, 2009; Nemésio 2009a–b; Dubois 2009; Gentile & Snell 2009; Minelli 2009; Cianferoni & Bartolozzi 2016; Amorim et al. 2016). This question was again raised in a letter supported by 35 signatories published in the journal Nature (Pape et al. 2016) on 15 September 2016. On 25 September 2016, the following rebuttal (strictly limited to 300 words as per the editorial rules of Nature) was submitted to Nature, which on 18 October 2016 refused to publish it. As we think this problem is a very important one for zoological taxonomy, this text is published here exactly as submitted to Nature, followed by the list of the 493 taxonomists and collection-based researchers who signed it in the short time span from 20 September to 6 October 2016

Effect of the GSNO in the Genic Expression in Cells Suspension of Sugar Cane

Plant-pathogen interactions, apoptose, respiration and stomatal closure are some of the process that are modulated at least in part by nitric oxide (NO). Only recently a NO forming enzyme was cloned in Arabidopsis thaliana and the knowledge on the genes that are modulated by this molecule is limited. In this work we evaluated the effect of a NO donor on the gene expression in sugacane cells suspension. Nylon cDNA arrays containing 6144 genes were hybridized with cDNA obtained from cells exposed to 0.1, 1.0 and 5.0 mM for six hours. Thirteen genes were induced and two were repressed. Genes encoding aminotransferases, peroxidases and proteins with unknown functions were differentially expressed. The role of these gene in the putative NO pathway in sugarcane will be described

DINÂMICA POPULACIONAL DE INSETOS-PRAGA EM UM CULTIVO AGROECOLÓGICO DE LIMA ÁCIDA TAHITI (CITRUS LATIFOLIA TANAKA) NO MUNICÍPIO DE VASSOURAS-RJ.

As pragas da lima ácida Tahiti (Citrus latifolia Tanaka) representam um perigo para a manutenção sustentável da cultura. Enquanto a maioria das vezes usa-se produtos químicos no seu combate, alguns métodos alternativos têm sido empregados, e o objetivo deste trabalho foi monitorar os insetos-praga em um cultivo agroecológico, a fim de entender a sua dinâmica populacional. O estudo foi conduzido entre março de 2012 e janeiro de 2013 em um pomar no município de Vassouras, RJ, a metodologia utilizada consiste na verificação aleatoriamente das folhas das plantas, observando a presença de insetos-praga e inimigos naturais. A presença de insetos predadores mostrou ser proporcional a diversidade de insetos-praga, levando em consideração a maior oferta de alimento. Já a diversidade de espécies não mostrou relação positiva com a abundância, mas sim com a riqueza de espécies. Este método se mostrou eficaz para o entendimento da dinâmica populacional de insetos praga, podendo auxiliar no melhor manejo agroecológico na citricultura

Dinâmica populacional de insetos-praga em um cultivo agroecológico de Lima Ácida Tahiti (Citrus latifolia Tanaka) no município de Vassouras-RJ

As pragas da lima ácida Tahiti (Citrus latifolia Tanaka) representam um perigo para a manutenção sustentável da cultura. Enquanto a maioria das vezes usa-se produtos químicos no seu combate, alguns métodos alternativos têm sido empregados, e o objetivo deste trabalho foi monitorar os insetos-praga em um cultivo agroecológico, a fim de entender a sua dinâmica populacional. O estudo foi conduzido entre março de 2012 e janeiro de 2013 em um pomar no município de Vassouras, RJ, a metodologia utilizada consiste na verificação aleatoriamente das folhas das plantas, observando a presença de insetos-praga e inimigos naturais. A presença de insetos predadores mostrou ser proporcional a diversidade de insetos-praga, levando em consideração a maior oferta de alimento. Já a diversidade de espécies não mostrou relação positiva com a abundância, mas sim com a riqueza de espécies. Este método se mostrou eficaz para o entendimento da dinâmica populacional de insetos praga, podendo auxiliar no melhor manejo agroecológico na citricultura.</p

Composição e Diversidade da Fauna de Grilos (Orthoptera: Grylloidea) em um Fragmento de Floresta Pluvial Atlântica do Estado do Rio de Janeir

This study aimed to analyze the fauna of cricket, its relation with different plant compositions, litter level and seasonality effects. Four collections were performed, in four season of the year, between April 2008 and March 2009. It was collected 503 crickets using soil traps, in eight sampling points. The insects collected were identified as the genera Anurogryllus, Argizala, Hygronemobius, Nemobius, Odontogryllus e Pteronemobius. The crickets have no affinity with uncovered soil, decreasing significantly in more impacted places. The litter level did not affect the abundance and the seasonal changes shown importance in the population variation, however, diversity and dominance showed fidelity to environmental changes even in lower abundance. These results show that crickets may be environmental indicators due to the answers the changes in environment.O objetivo foi analisar a fauna de grilídeos, sua relação com diferentes composições vegetais, o nível de serapilheira e os efeitos da sazonalidade. Foram realizadas quatro coletas, nas quatro estações do ano, entre abril de 2008 e março de 2009. Foram coletados 503 grilídeos com armadilhas de solo, em oito pontos de coleta. Os insetos coletados foram identificados os seguintes gêneros Anurogryllus, Anurogryllus, Argizala, Hygronemobius, Nemobius, Odontogryllus e Pteronemobius. Os grilídeos não possuem afinidade com solos descampados, diminuindo consideravelmente no local mais impactado. O nível de serapilheira não interferiu na abundância e as mudanças sazonais mostraram importância na variação populacional, entretanto, a diversidade e dominância mostraram-se fiéis às alterações ambientais mesmo em menores valores de abundância. Esses resultados mostram que os grilídeos podem ser indicadores ambientais, pois respondem às modificações do meio

Efficiency of the aquatic macrophyte salvinia auriculata in purification of urban effluents, validated by allium test (Allium Cepa L.)

This study aimed to evaluate the efficiency of the aquatic macrophytes Salvinia auriculata Aublet in purification of polluted effluents, and evaluate macroscopically the efficiency of macrophytes using the Allium cepa Linnaeus (onion test). Three collections were performed in September 2011, the first analysis was performed with water collected directly from River Santa Catarina, the second was performed seven days after the contact of the effluent with the macrophytes, and the third, fifteen days after the first analyses. The data were analyzed using Student’s t-test (p<0.05). To verify the normality of the data was used the Kolmogorov-Smirnov test (p<0.05), for each sample (treatment). According to the results of the Allium test, the aquatic macrophyte S. auriculata was efficient in the removing of pollutants agents after fifteen days in contact with the effluent

Evaluation of the performance of different plastics used to seal nylon cDNA arrays Avaliação da performance de diferentes plásticos usados para selar arranjos de cDNA em náilon

cDNA arrays are a powerful tool for discovering gene expression patterns. Nylon arrays have the advantage that they can be re-used several times. A key issue in high throughput gene expression analysis is sensitivity. In the case of nylon arrays, signal detection can be affected by the plastic bags used to keep membranes humid. In this study, we evaluated the effect of five types of plastics on the radioactive transmittance, number of genes with a signal above the background, and data variability. A polyethylene plastic bag 69 &#956;m thick had a strong shielding effect that blocked 68.7% of the radioactive signal. The shielding effect on transmittance decreased the number of detected genes and increased the data variability. Other plastics which were thinner gave better results. Although plastics made from polyvinylidene chloride, polyvinyl chloride (both 13 &#956;m thick) and polyethylene (29 and 7 &#956;m thick) showed different levels of transmittance, they all gave similarly good performances. Polyvinylidene chloride and polyethylene 29 mm thick were the plastics of choice because of their easy handling. For other types of plastics, it is advisable to run a simple check on their performance in order to obtain the maximum information from nylon cDNA arrays.Os arranjos de cDNA são uma poderosa ferramenta para o estudo de padrões de expressão gênica. Os arranjos em membranas de náilon apresentam ainda a vantagem de poderem ser reutilizados diversas vezes. Porém, um ponto bastante delicado em estudos de expressão gênica em larga escala é a sensibilidade. No caso de arranjos em membranas de náilon, a detecção dos sinais pode ser afetada pelo envoltório plástico utilizado para manter as membranas úmidas. Nesse estudo, nós avaliamos os efeitos de cinco tipos de plásticos na transmissão radioativa detectada, no número de genes com sinal acima da emissão de fundo e na variabilidade dos dados. O plástico produzido com polietileno com 69 &#956;m de espessura apresentou uma forte interferência na emissão radioativa, bloqueando 68.7% do sinal detectado. Este bloqueio na transmitância diminuiu o numero de genes detectados e aumentou a variabilidade dos dados. Outros plásticos mais finos tiveram resultados melhores. Apesar de plásticos feitos de cloreto de polivinilideno e cloreto de polivinila (ambos com 13 &#956;m de espessura) e polietileno (29 e 7 &#956;m de espessura) terem diferentes níveis de transmitância, todos apresentaram performances semelhantes nos testes realizados. Cloreto de polivinilideno e polietileno com 29 &#956;m de espessura foram os plásticos escolhidos devido à facilidade de manuseio. Para outros tipos de plásticos, é recomendável realizar um teste de suas performances antes de utilizá-los para envolver membranas de náilon, de forma a obter o máximo de informação dos experimentos com arranjos de cDNA