Les anomalies climatiques associées à ENSO ont-elles une influence au voisinage de la Nouvelle-Calédonie ?

Ce rapport présente l'étude de quatre paramètres observés autour de la Nouvelle Calédonie (27°S-17°S et 160°E-170°E) sur la période 1972-1992. Les paramètres étudiés sont la température et la salinité de surface de la mer, les vents et précipitations. Il en résulte des informations précises sur les caractéristiques moyennes et sur les cycles annuels de ces paramètres. Les variations interannuelles de ces paramètres sont également quantifiées et il est établi qu'elles présentent une bonne correspondance avec le phénomène ENSO (El Nino Southern Oscillation). Cette étude a été effectuée au sein du groupe SURTROPAC (Surveillance du Pacifique Tropical) du centre ORSTOM de Nouméa, de mars à juin 1995. (Résumé d'auteur

Nonparametric Estimation of Natural Selection on a Quantitative Trait using Mark-Recapture Data

Assessing natural selection on a phenotypic trait in wild populations is of primary importance for evolutionary ecologists. To cope with the imperfect detection of individuals inherent to monitoring in the wild, we develop a nonparametric method for evaluating the form of natural selection on a quantitative trait using mark-recapture data. Our approach uses penalized splines to achieve flexibility in exploring the form of natural selection by avoiding the need to specify an a priori parametric function. If needed, it can help in suggesting a new parametric model. We employ Markov chain Monte Carlo sampling in a Bayesian framework to estimate model parameters. We illustrate our approach using data for a wild population of sociable weavers (Philetairus socius) to investigate survival in relation to body mass. In agreement with previous parametric analyses, we found that lighter individuals showed a reduction in survival. However, the survival function was not symmetric, indicating that body mass might not be under stabilizing selection as suggested previously

Dispositif spécifique des soins infirmiers à domicile genevois pour faire face à la complexité de la pandémie COVID-19

Introduction : L’émergence de la COVID-19 a mis à l’épreuve les systèmes de soins. À Genève (Suisse), les services de soins infirmiers à domicile sont très mobilisés auprès des personnes les plus vulnérables pour faire face aux problématiques de dépistage, de vaccination, de prises en charge aigües et chroniques des plus fragiles. Objectif : Mise en place d’un dispositif spécifique de soins infirmiers pour répondre à une complexité et un continuum de prise en charge et d’intervention domiciliaire en situation de crise sanitaire COVID. Démarche : Un itinéraire clinique multimodal, interprofessionnel a été élaboré par l’institution genevoise de maintien à domicile et pour lequel les infirmières ont un rôle essentiel pour 1) le dépistage, 2) les soins durant la phase aigüe de l’infection, 3) le suivi post hospitalisation et la phase de réadaptation, 4) la vaccination des plus fragiles. Résultats :  En décembre 2021, 81 infirmières sont intervenues auprès de : 1) 5 500 personnes pour le dépistage, 2) 6 600 patients pour des soins en phase aigüe, 3) 796 patients pour des soins post-hospitalisation et réadaptation, et 4) 2 200 personnes pour la vaccination. Les infirmières ont agi sur des axes préventifs (prévention de la contamination, repérage des risques de dénutrition, sédentarité, isolement, etc.), curatifs (aides et soins) et palliatifs (gestion des COVID longues) intégrant l’axe de coordination avec les différents acteurs de santé du réseau genevois. Discussion et conclusion : Ce dispositif piloté par les soins infirmiers à domicile a permis d’apporter des réponses cliniques et opérationnelles de proximité pour soulager les tensions hospitalières et maintenir à domicile des personnes vulnérables.Introduction : L’émergence de la COVID-19 a mis à l’épreuve les systèmes de soins. À Genève (Suisse), les services de soins infirmiers à domicile sont très mobilisés auprès des personnes les plus vulnérables pour faire face aux problématiques de dépistage, de vaccination, de prises en charge aigües et chroniques des plus fragiles. Objectif : Mise en place d’un dispositif spécifique de soins infirmiers pour répondre à une complexité et un continuum de prise en charge et d’intervention domiciliaire en situation de crise sanitaire COVID. Démarche : Un itinéraire clinique multimodal, interprofessionnel a été élaboré par l’institution genevoise de maintien à domicile et pour lequel les infirmières ont un rôle essentiel pour 1) le dépistage, 2) les soins durant la phase aigüe de l’infection, 3) le suivi post hospitalisation et la phase de réadaptation, 4) la vaccination des plus fragiles. Résultats :  En décembre 2021, 81 infirmières sont intervenues auprès de : 1) 5 500 personnes pour le dépistage, 2) 6 600 patients pour des soins en phase aigüe, 3) 796 patients pour des soins post-hospitalisation et réadaptation, et 4) 2 200 personnes pour la vaccination. Les infirmières ont agi sur des axes préventifs (prévention de la contamination, repérage des risques de dénutrition, sédentarité, isolement, etc.), curatifs (aides et soins) et palliatifs (gestion des COVID longues) intégrant l’axe de coordination avec les différents acteurs de santé du réseau genevois. Discussion et conclusion : Ce dispositif piloté par les soins infirmiers à domicile a permis d’apporter des réponses cliniques et opérationnelles de proximité pour soulager les tensions hospitalières et maintenir à domicile des personnes vulnérables

Testing for Associations between Loci and Environmental Gradients Using Latent Factor Mixed Models

Adaptation to local environments often occurs through natural selection acting on a large number of loci, each having a weak phenotypic effect. One way to detect these loci is to identify genetic polymorphisms that exhibit high correlation with environmental variables used as proxies for ecological pressures. Here, we propose new algorithms based on population genetics, ecological modeling, and statistical learning techniques to screen genomes for signatures of local adaptation. Implemented in the computer program "latent factor mixed model" (LFMM), these algorithms employ an approach in which population structure is introduced using unobserved variables. These fast and computationally efficient algorithms detect correlations between environmental and genetic variation while simultaneously inferring background levels of population structure. Comparing these new algorithms with related methods provides evidence that LFMM can efficiently estimate random effects due to population history and isolation-by-distance patterns when computing gene-environment correlations, and decrease the number of false-positive associations in genome scans. We then apply these models to plant and human genetic data, identifying several genes with functions related to development that exhibit strong correlations with climatic gradients.Comment: 29 pages with 8 pages of Supplementary Material (V2 revised presentation and results part

Genome-Wide Crossover Distribution in Arabidopsis thaliana Meiosis Reveals Sex-Specific Patterns along Chromosomes

In most species, crossovers (COs) are essential for the accurate segregation of homologous chromosomes at the first meiotic division. Their number and location are tightly regulated. Here, we report a detailed, genome-wide characterization of the rate and localization of COs in Arabidopsis thaliana, in male and female meiosis. We observed dramatic differences between male and female meiosis which included: (i) genetic map length; 575 cM versus 332 cM respectively; (ii) CO distribution patterns: male CO rates were very high at both ends of each chromosome, whereas female CO rates were very low; (iii) correlations between CO rates and various chromosome features: female CO rates correlated strongly and negatively with GC content and gene density but positively with transposable elements (TEs) density, whereas male CO rates correlated positively with the CpG ratio. However, except for CpG, the correlations could be explained by the unequal repartition of these sequences along the Arabidopsis chromosome. For both male and female meiosis, the number of COs per chromosome correlates with chromosome size expressed either in base pairs or as synaptonemal complex length. Finally, we show that interference modulates the CO distribution both in male and female meiosis

Biogeographical network analysis of plant species distribution in the Mediterranean region

International audienceThe study of biotic taxa distribution on a territory represents a key step in theunderstanding, analysis and conservation of ecosystems, but often hindered by alevel of diversity and complexity that may appear overwhelming at first glance. Tobetter understand and visualize the biogeographical structure of a territory, it istherefore necessary to divide this territory into meaningful and coherentgeographical regions, minimizing the heterogeneity in taxonomic compositionwithin regions while maximizing the differences between them. While thedelineation of biogeographical regions has been based for a long time on expertknowledge of qualitative data collection, the increasing availability of species-leveldistribution data and the recent technological advances have allowed for thedevelopment of more rigorous frameworks. While limited consideration is given tonetwork approaches in biogeography, the generic nature of networks and the levelof complexity that they can capture at different scale, make it a powerful tool forinvesting the interactions among species occurring on a territory. In this work, weused a network approach to identify and characterize biogeographical regions insouthern France, based on a large database containing information on millions ofvegetation plant samples corresponding to more than 3,500 plant species

Biogeographical network analysis of plant species distribution in the French Mediterranean area

International audienc

Evolution de la composition génétique du tissu nourricier de la graine (Double fécondation, polysporie et empreinte parentale)

Chez les plantes à graine, l'albumen est un tissu nourricier surprenant, puisqu'il résulte de la double fécondation, qui est la fécondation concomitante de l'oosphère d'une part, et de la cellule mère de l'albumen, la cellule centrale, d'autre part. Dans cette thèse, nous étudions les pressions de sélection qui déterminent l'évolution de l'albumen et pourraient expliquer l'évolution (1) de la double fécondation, (2) d'un doublement des contributions maternelles dans la cellule centrale, (3) de la polysporie, qui consiste en la participation de plusieurs produits de méiose à la formation du gamétophyte, et (4) de l'empreinte parentale, l'expression différentielle des allèles maternels et paternels.Ces innovations modifient l'hétérozygotie dans le tissu nourricier et par conséquent, ont le potentiel de changer l'hétérosis de la graine. Dans cette thèse, nous commençons par étudier comment les changements génétiques qui découlent de la double fécondation, du doublement des contributions maternelles, de la polysporie et de l'empreinte parentale modifient l'hétérosis, ce qui peut jouer en faveur ou en défaveur de leurs évolutions. Puis, nous faisons une revue des données disponibles dans la littérature pour tester si ces traits sont le résultat d'un conflit mâle-femelle sur l'allocation des ressources. Enfin, nous étudions de manière expérimentale les patrons de l'allocation des ressources chez le maïs, pour tester si les embryons sont en compétition pour les ressources, ce qui est une des conditions nécessaires pour qu'un conflit sur l'allocation des ressources ait lieu.Nos modèles théoriques nous permettent de décrire un conflit mâle-femelle sur l'exposition des allèles délétères dans les tissus pour lesquels l'expression des gènes est asymétrique. Ce conflit n'avait jamais été décrit auparavant, et ouvre de nouvelles perspectives pour la compréhension de l'évolution de l'expression génétique. L'analyse des données indique que les théories alternatives à la théorie du conflit sur l'allocation des ressources ont parfois un bon pouvoir explicatif, et méritent par conséquent d'être d'avantage explorées. Enfin, notre étude expérimentale sur le maïs montre que la compétition entre embryons est prédominante lors de l'allocation des ressources chez cette espèce, ce qui est concordant avec les prédictions de la théorie du conflit sur l'allocation.In seed plants, the endosperm is a surprising nutritive tissue, because it results from double fertilization, an eccentricity which results from the parallel fertilization of the egg cell on the one hand, and of the mother cell of the endosperm, the central cell, on the other hand. In this thesis, we study the selective pressures which drive the evolution of the endosperm and may explain the evolution of (1) double fertilization, (2) a doubling of maternal contributions in the central cell, (3) polyspory, the participation of several meiotic products to the gametophyte and (4) imprinting, the differential expression of maternal and paternal alleles. These innovations modify heterozygosity in the endosperm and as a consequence, have the potential to change heterosis in the seed. In this thesis, we first investigate how genetic changes that result from double fertilization, doubling of maternal contribution, polyspory and imprinting modify heterosis, which may play in favour or against the evolution of these traits. Second, we review the available data to test whether these traits are the result of a male-female conflict over resource allocation. Finally, we study experimentally patterns of resource allocation in maize to assess whether embryos compete for resources, which is a necessary condition for the conflict over resource allocation to occur. Our theoretical models allow us to describe a male-female conflict over the exposition of deleterious alleles in tissues with asymmetrical gene expression. This conflict had never been described before and opens perspectives for understanding the evolution of gene expression. We conclude from our analysis of data that theories which are alternative to the conflict theory over resource allocation may have a better explanatory power and therefore deserve to be further explored. Finally, our experimental study in maize shows that competition between embryos drives resource allocation in this species, which is consistent with predictions of the conflict over resource allocation theory.MONTPELLIER-BU Sciences (341722106) / SudocSudocFranceF

Dataset Rode et al 2011

Experimental data in Excel forma