Utilization of Tissue Ploidy Level Variation in de Novo Transcriptome Assembly of Pinus sylvestris

Compared to angiosperms, gymnosperms lag behind in the availability of assembled and annotated genomes. Most genomic analyses in gymnosperms, especially conifer tree species, rely on the use of de novo assembled transcriptomes. However, the level of allelic redundancy and transcript fragmentation in these assembled transcriptomes, and their effect on downstream applications have not been fully investigated. Here, we assessed three assembly strategies for short-reads data, including the utility of haploid megagametophyte tissue during de novo assembly as single-allele guides, for six individuals and five different tissues in Pinus sylvestris. We then contrasted haploid and diploid tissue genotype calls obtained from the assembled transcriptomes to evaluate the extent of paralog mapping. The use of the haploid tissue during assembly increased its completeness without reducing the number of assembled transcripts. Our results suggest that current strategies that rely on available genomic resources as guidance to minimize allelic redundancy are less effective than the application of strategies that cluster redundant assembled transcripts. The strategy yielding the lowest levels of allelic redundancy among the assembled transcriptomes assessed here was the generation of SuperTranscripts with Lace followed by CD-HIT clustering. However, we still observed some levels of heterozygosity (multiple gene fragments per transcript reflecting allelic redundancy) in this assembled transcriptome on the haploid tissue, indicating that further filtering is required before using these assemblies for downstream applications. We discuss the influence of allelic redundancy when these reference transcriptomes are used to select regions for probe design of exome capture baits and for estimation of population genetic diversity.Peer reviewe

Jänisjoen vesistön säännöstelyn kehittäminen – yhteenveto ja suositukset

Jänisjoen vesistön säännöstelyn kehittämisselvitys toteutettiin vuosina 2007–2009. Hanke toteutettiin vesistön eri käyttäjäryhmien ja intressitahojen laajana yhteistyönä säännöstelyn vaikutuksien ja kehittämismahdollisuuksien selvittämiseksi. Mukana olivat mm. matkailun, kalastuksen, vesistön muun virkistyskäytön ja ekologian näkökulma, alueen kunnat Joensuu ja Tohmajärvi, Pohjois-Karjalan Sähkö Oy ja Pohjois-Karjalan ympäristökeskus. Konsulttina hankkeessa toimi Suomen ympäristökeskus. Hankkeessa tuotettiin tietoa säännöstelyn vaikutuksista Jänisjoen vesistössä ja siitä kuinka eri sidosryhmät kokevat vaikutukset sekä arvioitiin tarvetta ja mahdollisuuksia säännöstelykäytännön muuttamiseen. Hankkeen yhteydessä tehtiin säännöstelyn vaikutusten arviointia tukevia osaselvityksiä. Tässä raportissa on esitetty selvitystyön toteutustapa, yhteenveto Jänisjoen vesistön säännöstelyn vaikutuksista sekä hankkeen keskeiset tulokset, 15 suositusta. Suositukset koskevat mm. säännöstelykäytännön parantamista, rantojen kunnostusta, kalakantojen hoitoa ja kalastusta, virkistyskäyttöä ja veneilyä, yhteistyötä ja viestintää sekä seurantaa ja jatkoselvityksiä. Selvitystyön ohjausryhmä on hyväksynyt suositukset yksimielisesti 26.8.2009

Taming the massive genome of Scots pine with PiSy50k, a new genotyping array for conifer research

Pinus sylvestris (Scots pine) is the most widespread coniferous tree in the boreal forests of Eurasia, with major economic and ecological importance. However, its large and repetitive genome presents a challenge for conducting genome-wide analyses such as association studies, genetic mapping and genomic selection. We present a new 50K single-nucleotide polymorphism (SNP) genotyping array for Scots pine research, breeding and other applications. To select the SNP set, we first genotyped 480 Scots pine samples on a 407 540 SNP screening array and identified 47 712 high-quality SNPs for the final array (called 'PiSy50k'). Here, we provide details of the design and testing, as well as allele frequency estimates from the discovery panel, functional annotation, tissue-specific expression patterns and expression level information for the SNPs or corresponding genes, when available. We validated the performance of the PiSy50k array using samples from Finland and Scotland. Overall, 39 678 (83.2%) SNPs showed low error rates (mean = 0.9%). Relatedness estimates based on array genotypes were consistent with the expected pedigrees, and the level of Mendelian error was negligible. In addition, array genotypes successfully discriminate between Scots pine populations of Finnish and Scottish origins. The PiSy50k SNP array will be a valuable tool for a wide variety of future genetic studies and forestry applications.Peer reviewe

The GenTree Dendroecological Collection, tree-ring and wood density data from seven tree species across Europe

The dataset presented here was collected by the GenTree project (EU-Horizon 2020), which aims to improve the use of forest genetic resources across Europe by better understanding how trees adapt to their local environment. This dataset of individual tree-core characteristics including ring-width series and whole-core wood density was collected for seven ecologically and economically important European tree species: silver birch (Betula pendula), European beech (Fagus sylvatica), Norway spruce (Picea abies), European black poplar (Populus nigra), maritime pine (Pinus pinaster), Scots pine (Pinus sylvestris), and sessile oak (Quercus petraea). Tree-ring width measurements were obtained from 3600 trees in 142 populations and whole-core wood density was measured for 3098 trees in 125 populations. This dataset covers most of the geographical and climatic range occupied by the selected species. The potential use of it will be highly valuable for assessing ecological and evolutionary responses to environmental conditions as well as for model development and parameterization, to predict adaptability under climate change scenarios

The GenTree Platform: growth traits and tree-level environmental data in 12 European forest tree species

Background: Progress in the field of evolutionary forest ecology has been hampered by the huge challenge of phenotyping trees across their ranges in their natural environments, and the limitation in high-resolution environmental information. Findings: The GenTree Platform contains phenotypic and environmental data from 4,959 trees from 12 ecologically and economically important European forest tree species: Abies alba Mill. (silver fir), Betula pendula Roth. (silver birch), Fagus sylvatica L. (European beech), Picea abies (L.) H. Karst (Norway spruce), Pinus cembra L. (Swiss stone pine), Pinus halepensis Mill. (Aleppo pine), Pinus nigra Arnold (European black pine), Pinus pinaster Aiton (maritime pine), Pinus sylvestris L. (Scots pine), Populus nigra L. (European black poplar), Taxus baccata L. (English yew), and Quercus petraea (Matt.) Liebl. (sessile oak). Phenotypic (height, diameter at breast height, crown size, bark thickness, biomass, straightness, forking, branch angle, fructification), regeneration, environmental in situ measurements (soil depth, vegetation cover, competition indices), and environmental modeling data extracted by using bilinear interpolation accounting for surrounding conditions of each tree (precipitation, temperature, insolation, drought indices) were obtained from trees in 194 sites covering the species’ geographic ranges and reflecting local environmental gradients. Conclusion: The GenTree Platform is a new resource for investigating ecological and evolutionary processes in forest trees. The coherent phenotyping and environmental characterization across 12 species in their European ranges allow for a wide range of analyses from forest ecologists, conservationists, and macro-ecologists. Also, the data here presented can be linked to the GenTree Dendroecological collection, the GenTree Leaf Trait collection, and the GenTree Genomic collection presented elsewhere, which together build the largest evolutionary forest ecology data collection available

Between but not within species variation in the distribution of fitness effects

New mutations provide the raw material for evolution and adaptation. The distribution of fitness effects (DFE) describes the spectrum of effects of new mutations that can occur along a genome, and is therefore of vital interest in evolutionary biology. Recent work has uncovered striking similarities in the DFE between closely related species, prompting us to ask whether there is variation in the DFE among populations of the same species, or among species with different degrees of divergence, i.e., whether there is variation in the DFE at different levels of evolution. Using exome capture data from six tree species sampled across Europe we characterised the DFE for multiple species, and for each species, multiple populations, and investigated the factors potentially influencing the DFE, such as demography, population divergence and genetic background. We find statistical support for there being variation in the DFE at the species level, even among relatively closely related species. However, we find very little difference at the population level, suggesting that differences in the DFE are primarily driven by deep features of species biology, and that evolutionarily recent events, such as demographic changes and local adaptation, have little impact

Brändi-imagon kirkastaminen sosiaalisen median avulla : Case Helin Matkat

Opinnäytetyön avulla selvitettiin, miten Helin Matkatoimisto Oy voi sosiaalisen median käytön kehityksellä kirkastaa brändi-imagoa, joka syntyy asiakkaiden mielissä. Tavoitteena oli tutkia yrityksen häämatkasegmentin sosiaalisen median käyt-tötottumuksia ja mieltymyksiä, segmentin mielikuvia Helin Matkojen brändistä ja näiden mielikuvien yhdenmukaisuutta yrityksen brändi-identiteetin kanssa. Tutkimus toteutettiin kvantitatiivisena verkkokyselynä Webropolin kautta, ja sitä jaettiin sähköpostitse, yrityksen kotisivujen ja Facebookin kautta häämatkasegmenttiin kuuluville. Kyselyyn vastasi 151 henkilöä aikavälillä 23.4.2014–11.5.2014. Verkkokyselyn pohjaksi toteutettiin kvalitatiivinen taustatutkimus, joka sisälsi kaksi strukturoitua haastattelua ja havainnointia. Tuloksista ilmeni, että häämatkasegmentin brändi-imagon vastaavuus brändi-identiteettiin oli yleisesti hyvä, mutta siinä ilmeni myös joitakin poikkeuksia. Sosiaa-lisen median kanavista Facebook oli ylivoimaisesti tärkein. Tuloksista ilmenivät sosiaalisen median sisältömuodot ja aktiviteetit, joita häämatkasegmentti suosii ja sosiaalisen median ja Internetin asema yleisimpinä tiedonhaun kanavina. Toimeksiantaja voi hyödyntää tutkimustuloksia sosiaalisen median käytön kohden-tamiseen selkeämmin niihin aktiviteetteihin, jotka kiinnostavat ja aktivoivat häämatkasegmenttiä. Yritys pystyy tulosten pohjalta kohdentamaan sosiaalisen median sisältöä niin, että se viestittää paremmin brändi-identiteetin kohtia, jotka ovat tär-keimpiä, eivät toteudu tai ovat epäselviä brändi-imagossa.The purpose of the thesis was to find out how the travel agency Helin Matkat could develop their use of social media to enhance the brand image, among the custom-ers. The aim of the thesis was to study the company's main customer segment’s, i.e. the honeymooner’s, patterns and preferences regarding social media. In addi-tion, it was studied what the the brand image of Helin Matkat was and compare its conformity with the company’s brand identity. The research was carried out as a quantitative online survey through Webropol, and it was distributed to the persons who belonged to the segment by e-mail, the company website and Facebook. In total 151 responses were received during 23.4.2014-11.5.2014. As a base for the online survey, also a qualitative prestudy was conducted, which contained two structured interviews and observation. The results showed that the brand image correlation with the brand identity was generally good, but the results also revealed some exceptions. Out of all social media channels, Facebook proved to be the most important channel for the re-spondents. The results also revealed clear favorites in different forms of social me-dia content and activities, and that social media and the Internet were the most common sources of information for the responders. The assigner can utilize the research results by concentrating its social media activ-ities more clearly on the channels that interest the honeymoon segment and make them active. The results will also help the company target its social media content so that it better communicates the parts of the brand identity that the company considers to be most important, or the parts that don’t occur or are unclear in the brand image

Romaninaisten kokemuksia äitiydestä ja asiakkuudesta terveydenhuollossa

Romaneilla on pitkä historia suomalaisessa yhteiskunnassa. Siitäkin huolimatta, he ovat yhä erillinen ja syrjitty vähemmistö Suomessa. Romanien tapakulttuuriin liittyy vahvoja erityispiirteitä, joita voi olla vaikeaa ymmärtää, mikäli ei tiedetä syitä niiden takana. Tapakulttuuri vaikuttaa vahvasti romanien terveyskäyttäytymiseen sekä äitiyteen. Naiset ovat merkittävässä osassa romanikulttuuria ja vetovastuussa perheen hyvinvoinnista. Romaninaisten kokemuksia ja elämänkulkua on kuitenkin tutkittu Suomessa vähän. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli kuvata äitiyttä romanikulttuurissa ja romaninaisten kokemuksia asiakkuudesta terveydenhuollossa. Tavoitteena oli tuottaa näyttöön perustuvaa tietoa romanikulttuurista ja pyrkiä siten korjaamaan romaneihin kohdistuvia väärinymmärryksiä, ja helpottaa kulttuurien kohtaamisia terveydenhuollon näkökulmasta. Opinnäytetyö toteutettiin kirjallisuuskatsauksena ja aineisto analysoitiin induktiivisella sisällönanalyysillä. Aineisto koostui ulkomaisista tutkimusartikkeleista, suomalaisesta väitöskirjatutkimuksesta sekä romanien historian ja kulttuurin tutkijoiden tuottamasta kirjallisuudesta. Tulosten mukaan romanikulttuurin yksilöllinen huomioiminen terveyspalveluiden organisoinnissa on puutteellista. Romaninaisten hoitoon hakeutuminen on heikkoa johtuen kommunikaation haasteista hoitohenkilöstön kanssa, terveystiedon puutteellisuudesta, sosioekonomisista esteistä sekä hoitohenkilöstön ennakkoluuloista romanikulttuuria kohtaan. Naiset kokevat myös välillistä ja välitöntä syrjintää yhteiskunnan tasolla. Naisilla on yksinomainen vastuu perheestä ja kodista, joka kuormittaa heidän fyysistä ja psyykkistä terveyttään. Yhteiskunnan syrjivä kohtelu lisää naisten kokemaa stressiä ja sen terveysvaikutuksia. Häveliäs tapakulttuuri aiheuttaa ristiriitaa äidinvaiston ja kulttuurin kunnioittamisen välillä. Romaninaisen äitiyteen liittyy erilaisia varjopuolia ja huolia, siitä huolimatta äitiys on naisten elämässä äärimmäisen toivottu ja luonnollinen asia. Opinnäytetyön tuloksia voidaan hyödyntää sekä hoitohenkilöstön koulutuksessa, että terveyspalveluiden kehittämisessä yhdenvertaisempaan suuntaan, vastaamaan romanien tarpeisiin. Opinnäytetyö on osa suunnitteilla olevaa Im/migrant and Ethnic Minority Women's Health-hanketta.Gypsies have a long history in the Finnish society, yet they still are a separate and discriminated minority in Finland. The gypsy culture has a lot of specific features which determine how they act. It can be difficult to understand this behavior unless we are aware of the reasons behind it. The gypsy culture influences women's health behavior and motherhood. The women have a significant role in the gypsy culture: they are in charge of wellbeing of the whole family. There is only a few studies in Finland about the experiences and life of gypsy women. The purpose of this thesis was to describe maternity in gypsy culture and gypsy women's experiences as health care customers. The aim was to present evidence based knowledge about gypsy culture. With this information the goal was to strive to correct misunderstandings towards the Gypsies and to facilitate cultural encounters from the perspective of health care. This thesis was carried out as a literature review and the material was analyzed by using content analysis. The material consisted of foreign research papers, Finnish dissertation research, and other kind of literature made by history and cultural researchers of the gypsies. The material shows that the individual attention of gypsy culture in the organization of health services is inadequate. Gypsy women use health care services poorly due to communication problems with the staff, lack of health knowledge and socioeconomical obstacles. In addition, health care professionals prejudice towards gypsy culture was a significant factor. Women also experience indirect and immediate discrimination from the society. Women have the exclusive responsibility of the family which burdens their physical and mental health. The discrimination from the society increases the stress experienced by the women and its negative effects to their health. The gypsies’ prudish culture generates conflicts between maternal instinct and the want to respect the culture. Maternity in gypsy culture has lot of downsides and worries. However, motherhood is extremely desirable and the most natural thing for gypsy women. The results of this thesis can be used to advance healthcare towards equality and to better meet the needs of the gypsy women. This thesis is part of the Im/migrant and Ethnic Minority Women's Health project