Highly-multiplexed SNP genotyping for genetic mapping and germplasm diversity studies in pea

Background: Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) can be used as genetic markers for applications such as genetic diversity studies or genetic mapping. New technologies now allow genotyping hundreds to thousands of SNPs in a single reaction. In order to evaluate the potential of these technologies in pea, we selected a custom 384-SNP set using SNPs discovered in Pisum through the resequencing of gene fragments in different genotypes and by compiling genomic sequence data present in databases. We then designed an Illumina GoldenGate assay to genotype both a Pisum germplasm collection and a genetic mapping population with the SNP set. Results: We obtained clear allelic data for more than 92% of the SNPs (356 out of 384). Interestingly, the technique was successful for all the genotypes present in the germplasm collection, including those from species or subspecies different from the P. sativum ssp sativum used to generate sequences. By genotyping the mapping population with the SNP set, we obtained a genetic map and map positions for 37 new gene markers. Conclusion: Our results show that the Illumina GoldenGate assay can be used successfully for high-throughput SNP genotyping of diverse germplasm in pea. This genotyping approach will simplify genotyping procedures for association mapping or diversity studies purposes and open new perspectives in legume genomics

Pyroséquençage pour le développement d'EST et de SNP aviaires

Le but du programme est de combler les déficits en marqueurs observés pour trois espèces aviaires : la caille, le canard et la poule. La stratégie choisie est l'obtention, à partir de plusieurs individus de lignées d'intérêt, de SNP (Single Nucleotide Polymorphism, polymorphisme d'un nucléotide) par une nouvelle technologie de séquençage à haut débit (séquenceur 454 GS-FLX, Roche). Nous séquençons des représentations réduites du génome, en sélectionnant d'une part des fragments de restriction d'ADN génomique - les mêmes chez tous les individus - et d'autre part les transcrits qui représentent globalement la partie du génome correspondant aux gènes exprimés. Ces expérimentations sont réalisées à partir d'échantillons d'ADN ou d'ARN issus d'individus de lignées à l'origine de croisements existants, pour chacune des trois espèces. Les données générées par plusieurs "runs" de séquence seront traitées in silico : contigage à haut débit, recherche de SNP, comparaison avec les banques de séquences connues...En plus de l'intérêt que représente la production d'un très grand nombre de SNP nouveaux, cette technologie devrait permettre de mieux séquencer les régions riches en (G+C) correspondant aux plus petits des microchromosomes pour lesquels il n'y a pas de séquence chez la poule. La comparaison des séquences des transcrits obtenues chez la caille et le canard avec la séquence du génome de la poule permettra d'établir une "cartographie virtuelle" des SNP obtenus, grâce à la grande conservation de synténie existant entre ces trois espèces

Биофизика зрительной сенсорной системы человека

Зрительная сенсорная система – это система, которая воспринимает излучение видимого спектра, после чего формируется изображение предметов окружающей среды в виде определенных ощущений (сенсорных чувств)

Arbres et pollinoses d'Aurillac à Nîmes

MONTPELLIER-BU Pharmacie (341722105) / SudocSudocFranceF

Impact du climat et de la tectonique sur la dynamique des systèmes sédimentaires pendant l'ouverture de l'Atlantique Sud

L'ouverture de l'Atlantique Sud s'est initiée par une phase de rifting au Crétacé inférieur. Pendant cette période, une épaisse série salifère s'est développée dans tout le segment Central. La présence contemporaine d'évaporites, communément associées à un climat aride, suggère donc la possibilité d'avoir eu, au Crétacé inférieur, des zones arides à proximité de l'Equateur. Cette observation soulève alors des questions majeures: quelle a été l'incidence du rifting sur le climat? Et quels rôles ont pu jouer ces deux processus dans la dynamique sédimentaire et entre autre sur la dynamique des dépôts du sel? Dans ce but, une approche par modélisation numérique a été choisie et trois grandes étapes ont été suivies, (1) une synthèse paléogéographique, (2), une modélisation climatique, et (3) une modélisation stratigraphique. La synthèse paléogéographique a permis, dans un premier temps, de mettre en évidence une évolution diachrone de l'activité du rift, précoce au Nord du segment Central avant de se propager dans la partie Sud, et d'autre part de préciser la chronologie des deux phases d'extension, rift et sag. Les modélisations climatiques ont montré l'existence d'une ceinture climatique humide au Nord de la zone d'étude, ainsi qu'une forte saisonnalité. Enfin, les modélisations stratigraphiques ont révélé l'importance de la prise en compte (1) de cette saisonnalité dans les modèles et (2) de la paléogéographie du segment Central. L'interaction entre les trois thématiques a permis de préciser l'importance des paramètres de contrôle pour la formation des évaporites. Ainsi, (1) le climat a joué un rôle majeur en offrant des conditions climatiques favorables grâce à la saisonnalité du climat dans la mise en place des évaporites, mais (2) le rift a exercé un contrôle primordial puisqu'il a généré un régime de subsidence permettant la connexion marine et l'apport de sel nécessaire au dépôt des évaporites dans un bassin encore protégé.The opening of the South Atlantic was initiated by a rifting phase during the Early Cretaceous. During this period a large salt sequence develops in the Central segment. The presence of evaporites, commonly associated to an arid climate, suggests the possibility of having, during the Cretaceous, arid zones close to the equator. This observation raises majors questions: what was the incidence of the rifting on the climate ? And what were the roles of these two processes on the sedimentary dynamic and particularly during the salt deposit? In this purpose a numerical modeling approach was chosen and three major steps were followed: (1) paleogeographic synthesis, (2) climate modeling, and (3) stratigraphic modeling. The paleogeographic synthesis has highlighted, in a first time, a diachronous evolution of rift activity, early in the northern part of the Central segment before spreading in the southern part, and secondly to clarify the chronology of two phases of extension, rift and sag. Climate models have shown the existence of a humid climatic belt northern to the study area, and a strong seasonality. Finally, stratigraphic modeling revealed the importance of taking into account (1) of this seasonality pattern and (2) of the paleogeography of the Central segment. The interaction between the three thematic has clarified the importance of the control factors for the formation of evaporites. Thus, (1) the climate played a major role in providing favorable climatic conditions due to the seasonnality, but (2) the rift has been the primary control factor by allowing a subsidence for marine connection and income of salt for deposition of evaporites in a restricted basin.RENNES1-BU Sciences Philo (352382102) / SudocSudocFranceF

Impact of the South Atlantic opening on global and regional climate during Aptian and Albian times

International audienceThe South Atlantic ocean was initiated with a rifting phase during the Cretaceous: the Austral segment until the Walvis-Rio Grande Fracture zone opening during the upper Jurassic and lower Cretaceous, and the Central segment, from the Walvis-Rio Grande ridge to Ascension Fracture zone opening during Aptian. The latter is characterized by the presence of a thick salt layer (Brice et al., 1982; Brognon et Verrier, 1996), distinctive of an arid climate. During the connexion between the North and the South Atlantic during Albian times, a wet climatic belt occurs north of the Central segment (Chumakov et al., 1995). What does the occurring of this belt mean? What is the impact of the South Atlantic opening on climatic changes? What are the consequences on the sedimentary deposits? In order to integrate climatic controls in sedimentary record of this section of the South Atlantic, we used an Earth system model called FOAM (for Fast Ocean Atmopshere Model) allowing to integrate and to simulate the consequences of the South Atlantic ocean opening. Three continental configurations were used: Lower and Upper Aptian, and Albian, according to palaeogeography of Sewall et al., 2007. Elevation of Andes and paleoshorelines were modified for the american and african cratons. Owing to the existing uncertainties about the elevation of the rift, we tested 1000m and 3000m of rift shoulders. The atmospheric CO2 concentration was kept constant for the three experiments, and set at 1120ppm. On a global scale, contrary to the evolution of the climatic zonation suggested by Chumakov et al., 1995, we found that the wet climatic belt north of the Central segment is a robust and constant feature of our simulations for the entire studied time period (125-109 Ma). The situation of this belt (ITCZ for Intertropical Convergent Zone) is not disrupted by a rift shoulder of 1000m. Conversely, the presence of a rift shoulder of 3000m plays a major role, the ITCZ becomes discontinuous on the African continent, and a monsoon system occurs on American rift shoulder. On a regional scale, the salinity of the Central segment is controlled by the intensity of runoff. An intense runoff into the Central Segment causes a dilution of seawater, resulting in low salinity. This portion of the South Atlantic is located near of the ITCZ, and is therefore affected by seasonality for both rift shoulders. During the summer in the North hemisphere, the South Atlantic is characterized by a negative precipitation-evaporation (p-e) balance because of the movement of the ITCZ to higher northern latitudes. Conversely during the winter, the South Atlantic is affected by a positive p-e induced by the movement of the ITCZ to lower southern latitudes. The presence of a rift shoulder of 3000m involving a monsoonal system causes a drying of a part of Africa, where the ITCZ is discontinuous. In conclusion, our climatic simulations show that the evaporites of the South Atlantic were not deposited in an arid climate

Fentanyl transmuqueux à liberation immédiate : à propos d’un cas

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High opioids tolerance due to transmucosal fentanyl abuse

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