Evaluation des performances des outils de recherche d'informations sur internet en biologie

International audienceLe réseau internet révolutionne peu à peu les pratiques des chercheurs tant du point de vue de leurs recherches documentaires que du point de vue de la diffusion de leurs travaux. Si l'opportunité d'accéder à une masse d'informations colossale " d'un simple clic " est une perspective particulièrement séduisante pour tout chercheur en biologie, la découverte d'informations pertinentes dans cet " océan " s'avère en réalité relativement difficile, et cela malgré l'existence d'un nombre croissant d'outils de recherche mis à la disposition des internautes

Typologie et mode de fonctionnement des outils de recherche d'information sur internet en Biologie/Médecine

International audienceLes outils nécessaire au repérage des informations pertinentes dans le domaine de la biologie ainsi que leur mode de fonctionnement sont souvent trop mal connus des utilisateurs du réseau internet. L'objet de cet article est de détailler ce fonctionnement, afin de permettre aux biologistes de mieux les utiliser et ainsi, d'augmenter leur potentialité à localiser des informations pertinentes sur internet

Mise en place de formations doctorales à la maîtrise de l’information via un Collège d’Écoles Doctorales

Texte de la communication de Christophe Boudry, Maître de Conférences en Sciences de l’Information et de la Communication à l’Université de Caen et co-responsable de l\u27URFIST de Paris, à l\u27occasion des 10e Rencontres Formist et de la 3e journée d’études du réseau des URFIST

Étude comparative des fonctionnalités des moteurs de recherche d'images sur Internet

International audienceLe réseau Internet offre un gisement d'images numériques considérable. La localisation de ces images passe le plus souvent par l'utilisation d'outils de recherche spécialement dédiés à la recherche d'images. Si la littérature est assez riche en ce qui concerne les outils de recherche de pages web, peu d'articles ou d'études se sont attachés jusqu'à présent à décrire le fonctionnement des outils de recherche d'images. L'objectif de cet article est donc de comparer les fonctionnalités de ces outils de recherche, en distinguant ceux qui dérivent directement d'outils de recherche de pages web de ceux qui ont été spécialement créés et développés pour la recherche d'images sur Internet

Recherche bibliographique en biologie et médecine : du bon usage de Medline PubMed...

International audienceTo be informed of the last publications that have been recently published, or to produce a bibliography in a given thematic field, is essential for researchers in the biomedical field. If the use of Internet information searching tools as Google or Alltheweb makes possible to discover a great part of the grey literature, the bibliographic databases like Embase, Current Contents, Biosis or Medline via PubMed are tools to privileged in order to locate scientific articles. Among these bibliographic databases, Medline PubMed, thanks to its free access, is the most used. However, correct use of the various functionalities proposed (use of the thesaurus MeSH, systematization of bibliographic searches...), and consequently the increase of the quality of bibliographic researches carried out in this database, require to master elementary knowledge which are exposed in this article.La recherche bibliographique représente en quelque sorte, les fondations de l'édifice des connaissances sur lesquelles les chercheurs s'appuient au quotidien dans leurs laboratoires pour réaliser leurs travaux de recherche. Il s'agit donc d'une étape importante de ce travail. Parmi les nombreuses bases de données bibliographiques disponibles dans le domaine bio-médical (Embase, Current Contents, Biosis...), Medline PubMed, de par la gratuité de son accès, est de loin la plus usitée. Cependant, la bonne utilisation des différentes fonctionnalités qu'elle propose (utilisation du vocabulaire contrôlé MeSH, réalisation de revues de sommaire, systématisation de recherches bibliographiques...), et par conséquent la réalisation de recherches bibliographiques de qualité, requiert de maîtriser un certain nombre de connaissances et notions qui sont exposées dans le présent article

Mise en place de formations doctorales à la maîtrise de l’information via un Collège d’Ecoles Doctorales - Diaporama

Diaporama de la communication de Christophe Boudry, Maître de Conférences en Sciences de l’Information et de la Communication à l’Université de Caen et co-responsable de l\u27URFIST de Paris, à l\u27occasion des 10e Rencontres Formist et de la 3e journée d’études du réseau des URFIST

Automatic morphological sieving: comparison between different methods, application to DNA ploidy measurements

The aim of the present study is to propose alternative automatic methods to time consuming interactive sorting of elements for DNA ploidy measurements. One archival brain tumour and two archival breast carcinoma were studied, corresponding to 7120 elements (3764 nuclei, 3356 debris and aggregates). Three automatic classification methods were tested to eliminate debris and aggregates from DNA ploidy measurements (mathematical morphology (MM), multiparametric analysis (MA) and neural network (NN)). Performances were evaluated by reference to interactive sorting. The results obtained for the three methods concerning the percentage of debris and aggregates automatically removed reach 63, 75 and 85% for MM, MA and NN methods, respectively, with false positive rates of 6, 21 and 25%. In-* Corresponding author. formation about DNA ploidy abnormalities were globally preserved after automatic elimination of debris and aggregates by MM and MA methods as opposed to NN method, showing that automatic classification methods can offer alternatives to tedious interactive elimination of debris and aggregates, for DNA ploidy measurements of archival tumours

Generation and analysis of a 29,745 unique Expressed Sequence Tags from the Pacific oyster (Crassostrea gigas) assembled into a publicly accessible database: the GigasDatabase

Background: Although bivalves are among the most-studied marine organisms because of their ecological role and economic importance, very little information is available on the genome sequences of oyster species. This report documents three large-scale cDNA sequencing projects for the Pacific oyster Crassostrea gigas initiated to provide a large number of expressed sequence tags that were subsequently compiled in a publicly accessible database. This resource allowed for the identification of a large number of transcripts and provides valuable information for ongoing investigations of tissue-specific and stimulus-dependant gene expression patterns. These data are crucial for constructing comprehensive DNA microarrays, identifying single nucleotide polymorphisms and microsatellites in coding regions, and for identifying genes when the entire genome sequence of C. gigas becomes available. Description: In the present paper, we report the production of 40,845 high-quality ESTs that identify 29,745 unique transcribed sequences consisting of 7,940 contigs and 21,805 singletons. All of these new sequences, together with existing public sequence data, have been compiled into a publicly-available Website http://public-contigbrowser.sigenae.org:9090/Crassostrea_gigas/index.htm l. Approximately 43% of the unique ESTs had significant matches against the SwissProt database and 27% were annotated using Gene Ontology terms. In addition, we identified a total of 208 in silico microsatellites from the ESTs, with 173 having sufficient flanking sequence for primer design. We also identified a total of 7,530 putative in silico, single-nucleotide polymorphisms using existing and newly-generated EST resources for the Pacific oyster. Conclusion: A publicly-available database has been populated with 29,745 unique sequences for the Pacific oyster Crassostrea gigas. The database provides many tools to search cleaned and assembled ESTs. The user may input and submit several filters, such as protein or nucleotide hits, to select and download relevant elements. This database constitutes one of the most developed genomic resources accessible among Lophotrochozoans, an orphan clade of bilateral animals. These data will accelerate the development of both genomics and genetics in a commercially-important species with the highest annual, commercial production of any aquatic organism

Gametogenesis in the Pacific Oyster Crassostrea gigas: A Microarrays-Based Analysis Identifies Sex and Stage Specific Genes

Background: The Pacific oyster Crassostrea gigas (Mollusca, Lophotrochozoa) is an alternative and irregular protandrous hermaphrodite: most individuals mature first as males and then change sex several times. Little is known about genetic and phenotypic basis of sex differentiation in oysters, and little more about the molecular pathways regulating reproduction. We have recently developed and validated a microarray containing 31,918 oligomers (Dheilly et al., 2011) representing the oyster transcriptome. The application of this microarray to the study of mollusk gametogenesis should provide a better understanding of the key factors involved in sex differentiation and the regulation of oyster reproduction. Methodology/Principal Findings: Gene expression was studied in gonads of oysters cultured over a yearly reproductive cycle. Principal component analysis and hierarchical clustering showed a significant divergence in gene expression patterns of males and females coinciding with the start of gonial mitosis. ANOVA analysis of the data revealed 2,482 genes differentially expressed during the course of males and/or females gametogenesis. The expression of 434 genes could be localized in either germ cells or somatic cells of the gonad by comparing the transcriptome of female gonads to the transcriptome of stripped oocytes and somatic tissues. Analysis of the annotated genes revealed conserved molecular mechanisms between mollusks and mammals: genes involved in chromatin condensation, DNA replication and repair, mitosis and meiosis regulation, transcription, translation and apoptosis were expressed in both male and female gonads. Most interestingly, early expressed male-specific genes included bindin and a dpy-30 homolog and female-specific genes included foxL2, nanos homolog 3, a pancreatic lipase related protein, cd63 and vitellogenin. Further functional analyses are now required in order to investigate their role in sex differentiation in oysters. Conclusions/Significance: This study allowed us to identify potential markers of early sex differentiation in the oyster C. gigas, an alternative hermaphrodite mollusk. We also provided new highly valuable information on genes specifically expressed by mature spermatozoids and mature oocytes

La formation des doctorants à l'information scientifique et technique

La formation des doctorants aux problématiques de l'information scientifique et technique représente un enjeu particulièrement sensible pour l'enseignement supérieur et la recherche en France. Doublement affectée par de profondes transformations institutionnelles ainsi que par l'évolution accélérée des technologies numériques, la culture de l'information scientifique demeure l'un des piliers fondamentaux de la recherche et un élément incontournable dans la mise en œuvre d'une politique éclairée. La plupart des domaines d'activité du chercheur sont concernés : l'investigation, la propriété intellectuelle, la recherche documentaire, l'écriture scientifique, la publication, la communication scientifique, l'évaluation, les évolutions et les opportunités offertes par les outils numériques, la vulgarisation scientifique… Cet ouvrage se propose de poser quelques jalons afin d'alimenter la réflexion des divers protagonistes, universitaires, documentalistes, bibliothécaires, qui interviennent auprès du doctorant pour l'informer ou le guider tout au long de son parcours : quels seraient les attentes des doctorants et les besoins du monde académique ? Quelles connaissances et compétences les formateurs ont-ils à mobiliser ? Quels enseignements tirer des expériences et dispositifs mis en place ? Autant de questions pour approcher une thématique à la morphologie complexe. Le débat qu'elles suscitent met en lumière un bilan riche en interrogations et fécond pour l'avenir