Generalized Pyoderma Gangrenosum Associated with Ulcerative Colitis: Successful Treatment with Infliximab and Azathioprine

No abstract available</p

Updated Field Synopsis and Systematic Meta-Analyses of Genetic Association Studies in Cutaneous Melanoma: The MelGene Database

We updated a field synopsis of genetic associations of cutaneous melanoma (CM) by systematically retrieving and combining data from all studies in the field published as of August 31, 2013. Data were available from 197 studies, which included 83,343 CM cases and 187,809 controls and reported on 1,126 polymorphisms in 289 different genes. Random-effects meta-analyses of 81 eligible polymorphisms evaluated in >4 data sets confirmed 20 single-nucleotide polymorphisms across 10 loci (TYR, AFG3L1P, CDK10, MYH7B, SLC45A2, MTAP, ATM, CLPTM1L, FTO, and CASP8) that have previously been published with genome-wide significant evidence for association (P<5 × 10−8) with CM risk, with certain variants possibly functioning as proxies of already tagged genes. Four other loci (MITF, CCND1, MX2, and PLA2G6) were also significantly associated with 5 × 10−8<P<1 × 10−3. In supplementary meta-analyses derived from genome-wide association studies, one additional locus located 11 kb upstream of ARNT (chromosome 1q21) showed genome-wide statistical significance with CM. Our approach serves as a useful model in analyzing and integrating the reported germline alterations involved in CM

Systematic meta-analyses, field synopsis and global assessment of the evidence of genetic association studies in colorectal cancer

Objective: To provide an understanding of the role of common genetic variations in colorectal cancer (CRC) risk, we report an updated field synopsis and comprehensive assessment of evidence to catalogue all genetic markers for CRC (CRCgene2). Design: We included 869 publications after parallel literature review and extracted data for 1063 polymorphisms in 303 different genes. Meta-Analyses were performed for 308 single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 158 different genes with at least three independent studies available for analysis. Scottish, Canadian and Spanish data from genome-wide association studies (GWASs) were incorporated for the meta-Analyses of 132 SNPs. To assess and classify the credibility of the associations, we applied the Venice criteria and Bayesian False-Discovery Probability (BFDP). Genetic associations classified as â € positive' and â € less-credible positive' were further validated in three large GWAS consortia conducted in populations of European origin. Results: We initially identified 18 independent variants at 16 loci that were classified as â € positive' polymorphisms for their highly credible associations with CRC risk and 59 variants at 49 loci that were classified as â € less-credible positive' SNPs; 72.2% of the â € positive' SNPs were successfully replicated in three large GWASs and the ones that were not replicated were downgraded to â € less-credible' positive (reducing the â € positive' variants to 14 at 11 loci). For the remaining 231 variants, which were previously reported, our meta-Analyses found no evidence to support their associations with CRC risk. Conclusion: The CRCgene2 database provides an updated list of genetic variants related to CRC risk by using harmonised methods to assess their credibility.</p

Recurrent, low-frequency coding variants contributing to colorectal cancer in the Swedish population

<div><p>Genome-wide association studies (GWAS) have identified dozens of common genetic variants associated with risk of colorectal cancer (CRC). However, the majority of CRC heritability remains unclear. In order to discover low-frequency, high-risk CRC susceptibility variants in Swedish population, we genotyped 1 515 CRC patients enriched for familial cases, and 12 108 controls. Case/control association analysis suggested eight novel variants associated with CRC risk (OR 2.0–17.6, p-value < 2.0E-07), comprised of seven coding variants in genes <i>RAB11FIP5</i>, <i>POTEA</i>, <i>COL27A1</i>, <i>MUC5B</i>, <i>PSMA8</i>, <i>MYH7B</i>, and <i>PABPC1L</i> as well as one variant downstream of <i>NEU1</i> gene. We also confirmed 27 out of 30 risk variants previously reported from GWAS in CRC with a mixed European population background. This study identified rare, coding sequence variants associated with CRC risk through analysis in a relatively homogeneous population. The segregation data suggest a complex mode of inheritance in seemingly dominant pedigrees.</p></div

Microarray analysis of port wine stains before and after pulsed dye laser treatment

BACKGROUND AND OBJECTIVES: Neither the pathogenesis of port wine stain (PWS) birthmarks nor tissue effects of pulsed dye laser (PDL) treatment of these lesions is fully understood. There are few published reports utilizing gene expression analysis in human PWS skin. We aim to compare gene expression in PWS before and after PDL, using DNA microarrays that represent most, if not all, human genes to obtain comprehensive molecular profiles of PWS lesions and PDL-associated tissue effects. MATERIALS AND METHODS: Five human subjects had PDL treatment of their PWS. One week later, three biopsies were taken from each subject: normal skin (N); untreated PWS (PWS); PWS post-PDL (PWS + PDL). Samples included two lower extremity lesions, two facial lesions, and one facial nodule. High-quality total RNA isolated from skin biopsies was processed and applied to Affymetrix Human gene 1.0ST microarrays for gene expression analysis. We performed a 16 pair-wise comparison identifying either up- or down-regulated genes between N versus PWS and PWS versus PWS + PDL for four of the donor samples. The PWS nodule (nPWS) was analyzed separately. RESULTS: There was significant variation in gene expression profiles between individuals. By doing pair-wise comparisons between samples taken from the same donor, we were able to identify genes that may participate in the formation of PWS lesions and PDL tissue effects. Genes associated with immune, epidermal, and lipid metabolism were up-regulated in PWS skin. The nPWS exhibited more profound differences in gene expression than the rest of the samples, with significant differential expression of genes associated with angiogenesis, tumorigenesis, and inflammation. CONCLUSION: In summary, gene expression profiles from N, PWS, and PWS + PDL demonstrated significant variation within samples from the same donor and between donors. By doing pair-wise comparisons between samples taken from the same donor and comparing these results between donors, we were able to identify genes that may participate in formation of PWS and PDL effects. Our preliminary results indicate changes in gene expression of angiogenesis-related genes, suggesting that dysregulation of angiogenic signals and/or components may contribute to PWS pathology

Melanocortin-1 Receptor, Skin Cancer and Phenotypic Characteristics (M-SKIP) Project: Study Design and Methods for Pooling Results of Genetic Epidemiological Studies

Background: For complex diseases like cancer, pooled-analysis of individual data represents a powerful tool to investigate the joint contribution of genetic, phenotypic and environmental factors to the development of a disease. Pooled-analysis of epidemiological studies has many advantages over meta-analysis, and preliminary results may be obtained faster and with lower costs than with prospective consortia. Design and methods: Based on our experience with the study design of the Melanocortin-1 receptor (MC1R) gene, SKin cancer and Phenotypic characteristics (M-SKIP) project, we describe the most important steps in planning and conducting a pooled-analysis of genetic epidemiological studies. We then present the statistical analysis plan that we are going to apply, giving particular attention to methods of analysis recently proposed to account for between-study heterogeneity and to explore the joint contribution of genetic, phenotypic and environmental factors in the development of a disease. Within the M-SKIP project, data on 10,959 skin cancer cases and 14,785 controls from 31 international investigators were checked for quality and recoded for standardization. We first proposed to fit the aggregated data with random-effects logistic regression models. However, for the M-SKIP project, a two-stage analysis will be preferred to overcome the problem regarding the availability of different study covariates. The joint contribution of MC1R variants and phenotypic characteristics to skin cancer development will be studied via logic regression modeling. Discussion: Methodological guidelines to correctly design and conduct pooled-analyses are needed to facilitate application of such methods, thus providing a better summary of the actual findings on specific fields

Factors which affect the duaration and the level of viraemia and the ability of transmission of bluetongue virus in sheep

Bluetongue is an infectious but non-contagious, arthropod-borne viral disease affecting sheep and other domesticated and wild ruminants. The causative agent, bluetongue virus (BTV), is a dsRNA virus and is the prototype species for the genus Orbivirus within the family Reoviridae and transmitted by Culicoides spp. At present, 26 antigenically distinct serotypes have been recognised. BTV infection of sheep can cause a disease which is characterised by pyrexia, haemorrhage, inflammation, ulceration and cyanosis of the mucous membranes lining the oral and nasal cavities, oedema of the head and neck, torticollis, coronitis and laminitis. During the last outbreaks in Greece (1998 – 2001), the disease caused mild clinical signs in sheep. Generally, the duration and severity of the disease varies considerably between different breeds of sheep, viral serotypes/strains and immune response of each animal to viral disease.The objective of this work was to investigate if immunosuppression or immunostimulation could play a role in the pathogenesis of infection, allowing for higher and/or longer viraemia, and greater potential for acquisition of virus by the arthropod vector.Before the main experiment, 3 basic preliminary experiments were done. The first was done in order to set up the experimental model. Sheep of two breeds were inoculated with BTV–9 (GR 199/98RS), subcutaneously and intradermally with 105.75-106 TCID50/ml and the results were evaluated, based on clinical signs, viraemia and necropsy findings. Karagouniko sheep was found more sensitive than Chios and so it was selected for the following experiments. The second study was to develop pharmacological protocol for immunosuppression or immunostimulation in sheep, for which the literature was extremely poor. Cyclophosphamide, used, in one dose of 37.5 mg/kg (intravenously) caused significant leukopaenia and lymphopaenia, which is one of the indicators of immunosuppression. In particular there was a decrease of the T-and B-lymphocyte numbers from day 3 to day 12, and helper and cytotoxic T-lymphocytes from day 3 to day 8. Immunosuppression was maintained at least 8 days after administration of cyclophosphamide, while leukocytes and lymphocyte subsets returned to normal values after 12 days. For the immunostimulation, Freund’s complete adjuvant was selected at a dose of 3 ml per animal, but blood cells were normal. The third study compared six methods for extraction of the viral genome (dsRNA) of BTV, improved protocol denaturation of dsRNA virus and evaluated the design of a quantitative real time RT-PCR (qRT-PCR), using blood samples of experimentally infected sheep. The optimization of extraction methods of BTV and qRT-PCR could be useful in studies of transmission of the disease, the pathogenesis and evaluation of vaccines and the detection and quantification of other dsRNA viruses. From all experiments it was demonstrated that the titre of the virus expressed in EID50/ml, showed a high degree of correlation with copies of BTV dsRNA identified by qRT-PCR. However, this association shows linearity up to 28 days after infection, which makes possible the use of qRT-PCR to determine the concentration of virus in the blood of the animal until this day to avoid the inoculation of ECEs, which is time consuming and laborious process.In the final experiment Karagouniko sheep were immunosuppressed or immunostimulated. The animals were divided into 4 groups, A (subgroups A1 & A2), B, C and D. The animals of subgroups A1 and A2 were treated with cyclophosphamide and animals of group B with Freund’s complete adjuvant, as a non-specific immunostimulant. The animals of subgroup A1 and those of groups B and C were infected with BTV-9, while the animals of group D were environment controls.It was observed that immunosuppressed sheep (subgroup A1) compared to non-immunosuppressed (group C) had earlier clinical signs and viraemia (virus detection by day 3 after infection compared to the 4th) with higher titre (0.73 ± 0.11 log10 ECEs / ml RBCs), from 3rd to 7th days after infection. It is characteristic that virus itself (group C) caused also immunosuppression, since the BTV-infected animals showed significant leukopaenia and lymphopaenia from the first days after infection. Particularly, there was a decrease of helper T-lymphocytes (CD4+) and cytotoxic T-lymphocytes (CD8+) for 3 days, where on day 7th counts had returned to normal. However, immunosuppressed sheep (subgroup A1) had a greater reduction in the number of leukocytes, particularly of B-lymphocytes than non-immunosuppressed (group C). This resulted in a delay by one day, the appearance of antibodies in animals of subgroup A1. By the end of the experiment (93rd day after infection), no significant differences were found in the titre of neutralising antibodies between immunosuppressed and non-immunosuppressed sheep. Therefore, the use of cyclophosphamide in the dose and route of administration, affected mildly only the humoral and cell-mediated immunity of the experimental sheep, the intensity of viraemia and thus the ability of virus transmission, and only for 10 days, so there may contribute to increased transmission of BTV during this period. Finally, the use of Freund’s aduvant (group B) did not provide evidence of immunostimulation, since the immunological tests showed that the values of B- and T- lymphocytes were similar to those of animals in group C. Moreover, the virus was detected by qRT-PCR and isolation in ECEs, as in group C, four days after infection and the titre of virus was similar.Ο καταρροϊκός πυρετός είναι μία αρθροποδομεταδιδόμενη νόσος, που προσβάλλει το πρόβατο και άλλα κατοικίδια και άγρια μηρυκαστικά. Οφείλεται στον ιό Bluetongue (Bluetongue Virus, BTV), έναν dsRNA ιό, που αποτελεί το πρότυπο είδος του γένους Orbivirus, ανήκει στην οικογένεια Reoviridae, και μεταδίδεται με έντομα του γένους Culicoides. Μέχρι σήμερα ο BTV έχει 26 ορότυπους. Στο πρόβατο προκαλεί νόσο που χαρακτηρίζεται από πυρετό, αιμορραγία, φλεγμονή, εξοίδηση και κυάνωση του στοματικού και ρινικού βλεννογόνου, οίδημα κεφαλής και τραχήλου, στρεψαυχενισμό, ποδοδερματίτιδα και ενδονυχίτιδα. Στην τελευταία επιζωοτία που εμφανίστηκε στην Ελλάδα (1998 – 2001), η νόσος προκάλεσε ήπια συμπτώματα στα πρόβατα. Γενικώς, η διάρκεια και η βαρύτητα της νόσου διαφέρουν ανάλογα με τη φυλή του προβάτου, τον ορότυπο/στέλεχος του ιού και την ανοσολογική αντίδραση του κάθε ζώου.Σκοπός της παρούσας εργασίας ήταν να διαπιστωθεί κατά πόσο η ανοσοκαταστολή ή η ανοσοενίσχυση θα μπορούσαν να επηρεάσουν την εξέλιξη της λοίμωξης και να παίξουν ρόλο στη μετάδοση του ιού, αυξάνοντας τον τίτλο του λοιμογόνου ιού στο αίμα, την παραμονή του στο ζώο και τη μετάδοσή του με τους ξενιστές.Πριν το κυρίως πείραμα προηγήθηκαν τρεις απαραίτητες βασικές προκαταρκτικές μελέτες. Η πρώτη είχε ως σκοπό τη διαμόρφωση του πειραματικού προτύπου μόλυνσης. Χρησιμοποιήθηκαν πρόβατα δύο ελληνικών φυλών, Καραγκούνικης και Χίου, που μολύνθηκαν με τον ορότυπο BTV–9 (GR 199/98RS) υποδόρια και ενδοδερμικά με 105,75-106 TCID50/ml, και τα αποτελέσματα αξιολογήθηκαν βάσει των συμπτωμάτων, της ιαιμίας και των νεκροτομικών αλλοιώσεων. Το πρόβατο της Καραγκούνικης φυλής ήταν πιο ευαίσθητο από εκείνο της Χίου κι έτσι επιλέχθηκε για τα επόμενα πειράματα. Η δεύτερη μελέτη αφορούσε στη διαμόρφωση της μεθόδου ανοσοκατατολής ή ανοσοενίσχυσης στο πρόβατο, για τα οποία η βιβλιογραφία είναι εξαιρετικά φτωχή. Επιλέχθηκε η χρήση κυκλοφωσφαμίδης για την πρόκληση ανοσοκαταστολής, της οποίας μία δόση των 37,5 mg/kg (ενδοφλεβίως) βρέθηκε ότι προκαλεί σημαντική λευκοπενία και λεμφοκυτταροπενία, που αποτελούν δείκτες ανοσοκαταστολής. Συγκεκριμένα, υπήρξε μείωση των Τ- και Β- λεμφοκυττάρων από την 3η έως τη 12η ημέρα, και των βοηθητικών και κυτταροτοξικών Τ-λεμφοκυττάρων από την 3η έως την 8η ημέρα. Η ανοσοκαταστολή διατηρήθηκε τουλάχιστον 8 ημέρες μετά την έγχυση της φαρμακευτικής ουσίας, ενώ τα λευκοκύτταρα και οι λεμφοκυτταρικοί υποπληθυσμοί επανήλθαν στις φυσιολογικές τους τιμές μετά τη 12η ημέρα. Για την ανοσοενίσχυση επιλέχθηκε το πλήρες ανοσοενισχυτικό του Freund, στη δόση των 3 ml ανά ζώο, που όμως είχε ως αποτέλεσμα φυσιολογικές τιμές κυττάρων του αίματος. Στην τρίτη μελέτη συγκρίθηκαν έξι μέθοδοι εκχύλισης του ιικού γενώματος (dsRNA) του BTV, βελτιώθηκε το πρωτόκολλο αποδιάταξης του dsRNA του ιού και αξιολογήθηκε ο σχεδιασμός μιας ποσοτικής πραγματικού χρόνου RT-PCR (qRT-PCR), χρησιμοποιώντας δείγματα αίματος πειραματικά μολυσμένων προβάτων. Η βελτιστοποίηση των μεθόδων εκχύλισης του BTV και της qRT-PCR θα μπορούσαν να χρησιμεύσουν στις μελέτες της μετάδοσης της νόσου, στην παθογένεια και στην αξιολόγηση εμβολίων, καθώς και στην ανίχνευση και ποσοτικοποίηση και άλλων dsRNA ιών. Από το σύνολο των πειραματισμών αποδείχθηκε ότι ο τίτλος του ιού, εκφρασμένος σε EID50/ml, εμφάνισε υψηλό βαθμό συσχέτισης με τα dsRNA αντίγραφα του BTV που προσδιορίστηκαν με qRT-PCR. Ωστόσο, η συσχέτιση αυτή παρουσιάζει γραμμικότητα μέχρι την 28η ημέρα μετά τη μόλυνση, γεγονός που καθιστά δυνατή τη χρήση της qRT-PCR για τον προσδιορισμό της συγκέντρωσης του ιού στο αίμα του ζώου μέχρι την ημέρα αυτή, ώστε να αποφευχθεί ο ενοφθαλμισμός εμβρυοφόρων αυγών, που είναι χρονοβόρος και επίπονη διαδικασία.Στο τελικό πείραμα έγινε ανοσοκαταστολή ή ανοσοδιέγερση Καραγκούνικων προβάτων. Τα πειραματόζωα χωρίστηκαν σε 4 ομάδες, τις Α (Α1 & Α2), Β, Γ και Δ. Στα ζώα των υποομάδων Α1 και Α2 χορηγήθηκε κυκλοφωσφαμίδη και στα ζώα της ομάδας Β το πλήρες ανοσοενισχυτικό του Freund. Τα ζώα της υποομάδας Α1 και αυτά των ομάδων Β και Γ μολύνθηκαν με τον BTV–9, ενώ τα ζώα της ομάδας Δ χρησιμοποιήθηκαν ως μάρτυρες περιβάλλοντος. Παρατηρήθηκε ότι τα ανοσοκατεσταλμένα πρόβατα (υποομάδα Α1), σε σχέση με τα μη ανοσοκατεσταλμένα (ομάδα Γ), εμφάνισαν νωρίτερα πυρετό και ιαιμία (ανίχνευση ιού από την 3η ημέρα μετά τη μόλυνση έναντι της 4ης), με υψηλότερο τίτλο ιού (0,73±0,11 log10 ECEs/ml ερυθροκυττάρων) από την 3η έως την 7η ημέρα μετά τη μόλυνση. Χαρακτηριστικό είναι ότι ανοσοκαταστολή προκάλεσε και ο ιός, αφού τα μολυσμένα με BTV ζώα παρουσίασαν σημαντική λευκοπενία και λεμφοκυτταροπενία από την 1η ημέρα μετά τη μόλυνση. Συγκεκριμένα, υπήρξε μείωση των βοηθητικών Τ-λεμφοκυττάρων (CD4+) και των κυτταροτοξικών Τ-λεμφοκυττάρων (CD8+) που διήρκησε 3 ημέρες περίπου, ενώ την 7η ημέρα επανήλθαν στις φυσιολογικές τους τιμές.Ωστόσο τα ανοσοκατεσταλμένα πρόβατα (υποομάδα Α1) είχαν μεγαλύτερη μείωση του αριθμού των λευκοκυττάρων και ιδιαίτερα των Β-λεμφοκυττάρων σε σχέση με τα μη ανοσοκατεσταλμένα (ομάδα Γ). Αυτό είχε ως αποτέλεσμα την καθυστέρηση, κατά μία ημέρα, της εμφάνισης αντισωμάτων στα ζώα της υποομάδας Α1. Εντούτοις, δεν διαπιστώθηκαν στατιστικά σημαντικές διαφορές στους τίτλους των εξουδετερωτικών αντισωμάτων μεταξύ ανοσοκατεσταλμένων και μη προβάτων μέχρι το τέλος του πειράματος (93η ημέρα μετά τη μόλυνση). Επομένως, η κυκλοφωσφαμίδη στη δόση και στην οδό χορήγησης που χρησιμοποιήθηκε επηρέασε σε σχετικά μικρό βαθμό τη χυμική και την κυτταρική ανοσία του προβάτου, την ένταση της ιαιμίας και κατ’ επέκταση την ικανότητα μετάδοσης του ιού, αλλά μόνο για 10 ημέρες, επομένως ελάχιστα ή οριακά θα μπορούσε να συμβάλλει σε αυξημένη μετάδοση του ιού. Τέλος, σχετικά με την ομάδα Β (πλήρες ανοσοενισχυτικό του Freund) δεν υπήρξαν ενδείξεις ανοσοενίσχυσης, αφού οι ανοσολογικές εξετάσεις των ζώων έδειξαν ότι οι τιμές των Β- και Τ- λεμφοκυττάρων ήταν παρόμοιες με εκείνες των ζώων της ομάδας Γ. Επίσης ο ιός ανιχνεύτηκε με qRT-PCR και απομονώθηκε σε εμβρυοφόρα αυγά, όπως και στην ομάδα Γ, τέσσερις ημέρες μετά τη μόλυνση και οι τίτλοι του ιού ήταν παρόμοιοι

Comprehensive field synopsis and systematic meta-analyses of genetic association studies in cutaneous melanoma and the melgene database of cutaneous melanoma

The incidence of cutaneous melanoma (CM) has steadily increasedamong populations of European descent during the past five decades.Metastatic melanoma is the leading cause of skin cancer-related mortality andis characterized by a poor prognosis and limited treatment options. As earlydetection of CM provides the best opportunity for cure, identification of high-riskindividuals is an important preventative strategy for reducing mortality.Susceptibility to CM is likely determined by an interaction of environmental riskfactors including excessive exposure to ultraviolet radiation and geneticallycontrolled phenotypic traits such as nevus propensity, red or blonde hair, lightcoloredeyes, fair skin, and limited tanning ability. The heritability, that is, thecontribution of genetic factors to CM risk, has been estimated to be 18%–55%.Approximately, 5%–10% of patients exhibit an autosomal-dominant hereditaryform of the disease, which canbe caused by rare highly penetrant genemutations, such as in the cyclin-dependent kinase inhibitor 2A gene (CDKN2A)on chromosome 9p21, the cyclin-dependent kinase 4 gene (CDK4) onchromosome 12q14, and other potentially novel loci. However, for the majorityof CM patients, the genetic architecture is more complex, involving numerousgenetic risk factors of relatively high frequencies but low penetrance. Among thelow-penetrance genes, the most consistent association with CM has beenreported for the gene encoding melanocortin-1 receptor (MC1R) onchromosome 16q24.3. Other putative risk alleles involved in various cellularpathways such as pigmentation, DNA repair, oxidation stress, apoptosis, cellgrowth, and melanocyte differentiation and migration have also been implicatedin melanoma susceptibility. Within the last 15 years, approximately 150 geneticassociation studies including two GWAS have been published that claim orrefute associations between CM risk and putative melanoma genes. Although highly valuable for the understanding of the underlyingpathogenesis and for the assessment of risk prediction, the increasing amountof information has become difficult to evaluate and interpret. To assess theevidence and strength of genetic associations with CM, we have collected andcomprehensively cataloged all genetic association studies published in the fieldand conducted systematic meta-analyses for all eligible polymorphisms.Systematic field synopses and meta-analyses have previously been performedfor other diseases using similar study designs (e.g. Alzheimer, Parkinson)(Bertram, 2009; Lill, 2012). Furthermore, we have graded the epidemiologicalvalidity of nominally statistically significant meta-analysis results by applying theVenice criteria proposed by the Human Genome Epidemiology Network.Detailed summaries of all association studies and meta-analysis results areavailable on a regularly updated publicly available online database, MelGene(http://www.melgene.org), which currently highlights the most promising geneticloci associated with CM risk.We systematically annotated data from all genetic association studiespublished in the CM field (n = 145), including data from genome-wideassociation studies (GWAS), and performed random-effects meta-analysesacross all eligible polymorphisms on the basis of four or more independentcase-control datasets in the main analyses. Supplementary analyses of threeavailable datasets derived from GWAS and GWAS-replication studies were alsodone. Nominally statistically significant associations between polymorphismsand CM were graded for the strength of epidemiological evidence on the basisof the Human Genome Epidemiology Network Venice criteria. All statistical testswere two-sided. Forty-two polymorphisms across 18 independent loci evaluatedin four or more datasets including candidate gene studies and available GWASdata were subjected to meta-analysis. Eight loci were identified in the mainmeta-analyses as being associated with a risk of CM (P < 0.05) of which fourloci showed a genome-wide statistically significant association (P < 1 × 10-7),including 16q24.3 (MC1R), 20q11.22 (MYH7B/PIGU/ASIP), 11q14.3 (TYR), and5p13.2 (SLC45A2). Grading of the cumulative evidence by the Venice criteriasuggested strong epidemiological credibility for all four loci with genome-widestatistical significance and one additional gene at 9p23 (TYRP1). In thesupplementary meta-analyses, a locus at 9p21.3 (CDKN2A/MTAP) reachedgenome-wide statistical significance with CM and had strong epidemiologicalcredibility. Demographic details of the studies included in our meta-analyses,genotype data, forest plots, and cumulative meta-analyses results can be foundon the publicly available continuously updated MelGene website(http://www.melgene.org). In summary, although genetic studies have reported a number of lociassociated with cutaneous melanoma (CM) risk, a comprehensive synopsis ofgenetic association studies published in the field and systematic meta-analysisfor all eligible polymorphisms lacking. To the best of our knowledge, we presentthe first systematic and comprehensive assessment of the current evidence ofgenetic epidemiology research in melanoma. The putative risk factors that haveemerged from our meta-analyses and the qualitative summary provided by ourfield synopsis-accessible on a continuously updated, publicly available websiteunderlinethe most promising melanoma susceptibility genes described so far.The integration of results from large-scale genomic approaches will furtherexpand MelGene into a credible knowledge base of the genetic predispositionof melanoma. Although genetic risk factors may compete against other riskfactors, i.e., behavioral aspects, in modulating disease risk, and while other riskdeterminingfactors, such as gene-environment interactions are underinvestigation, systematic approaches, such as MelGene, may provide a usefultool of integrating genetic information in melanoma risk prediction models in thefuture.Το ΚΜ είναι ένα κακόηθες νεόπλασμα που προέρχεται από ταμελανοκύτταρα του δέρματος. Η επίπτωση του ΚΜ έχει αυξηθεί με ταχύτατορυθμό μεταξύ των καυκάσιων πληθυσμών τις τελευταίες πέντε δεκαετίες. Τομεταστατικό ΚΜ αποτελεί το πρώτο αίτιο θανάτου καρκίνου του δέρματος.Παρόλο που αντιπροσωπεύει μόλις το 4% των κακοήθων όγκων του δέρματος,το ΚΜ είναι υπεύθυνο για το 80% των θανάτων από καρκίνο του δέρματος.Παρά την αυξημένη θνησιμότητα που εμφανίζει το ΚΜ στις προχωρημένεςμορφές του, το 95% των περιπτώσεων είναι δυνητικά θεραπεύσιμο με τηνέγκαιρη διάγνωσή και την άμεση χειρουργική του αφαίρεση.Το ΚΜ οφείλεται στην αλληλεπίδραση διαφόρων γενετικών,φαινοτυπικών και περιβαλλοντικών παραγόντων. Το ανοιχτόχρωμο δέρμα, ηευπάθεια στο ηλιακό έγκαυμα, η αυξημένη διαλείπουσα έκθεση στην υπεριώδηακτινοβολία και οι πολλαπλοί ή δυσπλαστικοί σπίλοι αποτελούν τουςισχυρότερους προδιαθεσικούς παράγοντες. Η συμβολή γενετικών παραγόντωνστην προδιάθεση της νόσου υπολογίζεται να είναι της τάξης του 18-55%.Σχεδόν σε 5-10% των περιπτώσεων συνυπάρχει αυτοσωμική – επικρατούσακληρονομικότητα, η οποία προέρχεται από σπάνια, υψηλής διεισδυτικότηταςγονίδια, όπως για παράδειγμα το γονίδιο CDKN2A (encoding cyclin-dependentkinase inhibitor 2A) στο χρωμόσωμα 9p21, το CDK4 (cyclin-dependent kinase4) στο χρωμόσωμα 12q14 και άλλα. Παρόλα αυτά, για την πλειοψηφία τωνπεριπτώσεων μελανώματος, η γενετική βάση της νόσου είναι πιο περίπλοκη καιενοχοποιούνται γονίδια υψηλής συχνότητας αλλά χαμηλής διεισδυτικότητας.Μεταξύ των γονιδίων χαμηλής διεισδυτικότητας συγκαταλέγεται το MC1R(melanocortin-1 receptor), για το οποίο έχουν αναφερθεί οι περισσότεροισυσχετισμοί με το μελάνωμα. Άλλα γονίδια, που έχουν συσχετιστεί με τομελάνωμα, συμμετέχουν σε διάφορα κυτταρικά μονοπάτια, όπως τηςκυτταρικής απόπτωσης (π.χ. FASLG, FAS), της κυτταρικής ανάπτυξης (π.χ.EGF), της μελάγχρωσης του δέρματος (π.χ. MC1R, ASIP, OCA2, TYR), τηςεπιδιόρθωσης του DNA (π.χ. ERCC5, ERCC1, ERCC2), του πολλαπλασιασμούκαι διαφοροποιήσης των κυττάρων (π.χ. BRAF, TP53) και του μεταβολισμούτοξικών παραγόντων (π.χ GSTM1, GSTT1). Πρόσφατες μελέτες ολικήςσάρωσης γονιδιώματος (GWAS-genome-wide association studies)περιγράφουν επιπλέον γονιδιακούς επίτοπους που ρυθμίζουν τη μελάγχρωσητου δέρματος ή την ανάπτυξη των μελανοκυτταρικών σπίλων.Τα τελευταία 15 χρόνια έχουν δημοσιευθεί σχεδόν 150 γενετικοίσυσχετισμοί για το ΚΜ. Ο μεγάλος αριθμός των πληροφοριών καθιστά δύσκολητην παρακολούθηση των ερευνητικών εργασιών πάνω στο ΚΜ. Στόχος τηςπαρούσας διατριβής είναι να γίνει συλλογή και ταξινόμηση όλων των γενετικώνσυσχετισμών που έχουν δημοσιευθεί πάνω στο πεδίο του ΚΜ και να υποβληθούν σε μετα-ανάλυσεις πολυμορφισμών, όπως έχει γίνει και με άλλανοσήματα (π.χ. Αλσχάιμερ, Πάρκινσον) (Bertram, 2009; Lill, 2012). Η μετα-ανάλυση με τον συνδυασμό στοιχείων από επιμέρους μελέτες αυξάνει τηνστατιστική ισχύ και την ακρίβεια και εξασφαλίζει την εξαγωγή εγκυρότερωναποτελεσμάτων από ό,τι οι κάθε επιμέρους μελέτη ξεχωριστά. Η στατιστικήανάλυση έγινε σε συνεργασία με το Max Planck Institute of Molecular Genetics,Βερολίνο. Tα αποτελέσματα αυτής της σύνοψης θα εμφανίζονται στηνδιαδικτυακή βάση δεδομένων που θα δημιουργηθεί σε συνεργασία με το τμήμαΒιοϊατρικής Πληροφορικής του Ιδρύματος Ιατροβιολογικών Ερευνών τηςΑκαδημίας Αθηνών (http://www.melgene.org/).Με βάση τη διεθνή βιβλιογραφία θα συλλεχθούν όλες οι μελέτεςασθενών-μαρτύρων που έχουν δημοσιευθεί πάνω στο ΚΜ, από το 1992 εώς τοΙούλιο 2010, συμπεριλαμβανομένου τη συλλογή στοιχείων από μελέτες ολικήςσάρωσης γονιδιώματος (GWAS-genome-wide association studies). Νεότεραδεδομένα που δημοσιεύονται από τον Ιούλιο 2010 και μετά προστίθενται στηνανάλυση και στη βάση δεδομένων μας. Για όλους τους πολυμορφισμούς σετουλάχιστον 4 ανεξάρτητες μελέτες θα υπολογιστεί ο λόγος των αναλογιών(odds ratio, OR) και τα διαστήματα εμπιστοσύνης (95% CIs) χρησιμοποιώνταςσύγκριση αλληλίων (ελλάσονος έναντι μείζονος αλληλίου) και θα γίνει μετα-ανάλυση τυχαίων επιδράσεων (random-effects). Επίσης θα πραγματοποιηθείσυμπληρωματική μετα-ανάλυση με διαθέσιμες τρεις μόνο ομάδες δεδομένωναπό GWAS και GWAS-replication μελέτες. Για την καλύτερη αξιολόγηση τωνστατιστικών αποτελεσμάτων της μετα-ανάλυσης, θα εφαρμοστούν τα κριτήριαHuGENet Venice (Ioannidis, 2008; Khoury, 2009)Συνολικά συλλέχθηκαν, σύμφωνα με τα κριτήρια επιλογής, 145 μελέτεςασθενών-μαρτύρων και μετα-αναλύθηκαν 42 πολυμορφισμοί 18 ανεξάρτητωνγενετικών επιτόπων (loci) σε 4 ανεξάρτητες μελέτες. Οκτώ (8) επίτοποι τηςκύριας μετα-ανάλυσης συσχετίστηκαν με το ΚΜ (P < 0.05), από τους οποίους 4έδειξαν genome-wide στατιστική σημαντικότητα (P<1×10-7),συμπεριλαμβανομένου 16q24.3 (MC1R), 20q11.22 (MYH7B/PIGU/ASIP),11q14.3 (TYR) και 5p13.2 (SLC45A2). Σύμφωνα με τα κριτήρια HuGENetVenice και οι 4 γενετικοί επίτοποι έδειξαν ισχυρή επιδημιολογική αξιοπιστία,όπως και ένα επιπλέον γονίδιο στον επίτοπο (locus) 9p23 (TYRP1). Στησυμπληρωματική μετα-ανάλυση το locus 9p21.3 (CDKN2A/MTAP) είχεgenome-wide στατιστική σημαντικότητα και ισχυρή επιδημιολογική αξιοπιστία.Τα χαρακτηριστικά των μελετών που συμπεριλήφθηκαν στη μετα-ανάλυση, ταγονοτυπικά στοιχεία και τα αποτελέσματα της μετα-ανάλυσης καταχωρήθηκανστη βάση δεδομένων ελεύθερης πρόσβαση MelGene website(http://www.melgene.org). Συμπερασματικά, αν και γενετικές μελέτες έχουν δημοσιεύσει ένα μεγάλοαριθμό επιτόπων (loci) που σχετίζονται με το ΚΜ, μια ολοκληρωμένη σύνοψηόλων των γενετικών συσχετισμών του ΚΜ και μια συστηματική μετα-ανάλυσηγια όλους τους πολυμορφισμούς δεν έχει πραγματοποιηθεί μέχρι τώρα. Ηπαρούσα μελέτη είναι η πρώτη ολοκληρωμένη σύνοψη και συστηματική μετα-ανάλυση για τον εντοπισμό γονιδίων και πολυμορφισμών που συσχετίζονται μετο ΚΜ. Tα αποτελέσματα αυτής της σύνοψης και μετα-ανάλυσης εμφανίζονταιστη βάση δεδομένων MelGene (http://www.melgene.org) και η οποία αποτελείμία προσβάσιμη πηγή για την ανεύρεση όλων των δημοσιευμένων γενετικώνσυσχετίσεων του ΚΜ