40 research outputs found
An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
- A. Bergeron
- A. Bossler
- A. Boussioutas
- A. Breggia
- A. Burnette
- A. Chen
- A. Clipca
- A. Davis
- A. De Rienzo
- A. De Rose
- A. Fehrenbach
- A. Gillis
- A. Gimenez-Roqueplo
- A. Gopalan
- A. Haddad
- A. Hartmann
- A. Jimeno
- A. Kastl
- A. Kendler
- A. Kibel
- A. Korkut
- A. Longatto-Filho
- A. Luna
- A. Malykh
- A. Mariamidze
- A. Mes-Masson
- A. Noss
- A. Ochoa
- A. Perin
- A. Piché
- A. Pickens
- A. Rao
- A. Sankarankuty
- A. Secord
- A. Sepulveda
- A. Shabunin
- A. Sharp
- A. Sood
- A. Spillane
- A. Tam
- A. Tischler
- A. Tsao
- A. Unterberg
- A. Vicha
- A. von Deimling
- A.C. Berger
- A.C. de Carvalho
- A.D. Cherniack
- A.D. Cherniack
- A.E. Sloan
- A.G. Robertson
- A.H. Bryce
- A.H. Perou
- A.J. Kovatich
- A.J. Kovatich
- A.J. Lazar
- A.J. Lazar
- A.J. Mungall
- A.K. Godwin
- A.L. Carvalho
- A.L. Guillermo
- A.M. Angulo Gonzalez
- A.M. Hegde
- A.P. Hoyle
- A.R. Metwalli
- A.V. Lee
- B. Bernard
- B. Campos
- B. Czerniak
- B. Deyarmin
- B. Drake
- B. Esmaeli
- B. Hermes
- B. Hernandez
- B. Kohl
- B. Kumar
- B. Pollo
- B. Rabeno
- B. Robinson
- B. Singh
- B. Tê
- B. Van Tine
- B. Wullich
- B.D. Phu
- B.E. Gross
- B.M. Broom
- B.P. O’
- B.S. Taylor
- B.Y. Karlan
- C. Adebamowo
- C. Andry
- C. Behrens
- C. Benz
- C. Bifulco
- C. Bradford
- C. Brewer
- C. Calatozzolo
- C. Carter
- C. Chen
- C. Cibulskis
- C. Fan
- C. Farver
- C. Feltmate
- C. Goparaju
- C. Guo
- C. Herold-Mende
- C. Hovens
- C. Jungk
- C. Kandoth
- C. Larson
- C. Logothetis
- C. Mcpherson
- C. Mirsaidi
- C. Moran
- C. Morrison
- C. Moser
- C. Sander
- C. Scapulatempo-Neto
- C. Schilero
- C. Shelton
- C. Shipman
- C. Stoehr
- C. Yau
- C.A. Miller
- C.C. Benz
- C.C. Fronick
- C.D. Jones
- C.D. Shriver
- C.D. Shriver
- C.D. Vocke
- C.H. Hagedorn
- C.J. Creighton
- C.K. Wong
- C.M. Cebulla
- C.M. Hutter
- C.M. Perou
- C.N. Landen
- C.P. Raut
- C.S. Shelley
- C.W. Seder
- D. Alvaro
- D. Aziz
- D. Beer
- D. Bell
- D. Bigner
- D. Brooks
- D. Chakravarty
- D. Chesla
- D. Crain
- D. Cramer
- D. Hoon
- D. Huntsman
- D. Lee
- D. Mallery
- D. Morton
- D. Murawa
- D. Muzny
- D. Nagorney
- D. O’
- D. Raymond
- D. Rice
- D. Schadendorf
- D. Tan
- D. Tcaciuc
- D. Tirapelli
- D. Voet
- D.A. Levine
- D.A. Levine
- D.A. Wheeler
- D.I. Heiman
- D.J. Brat
- D.J. Van Den Berg
- D.J. Weisenberger
- D.M. Rassl
- D.M. Shin
- D.M. Wolf
- D.N. Hayes
- D.O. Vidal
- D.T. Maglinte
- E. Baudin
- E. Campo
- E. Castle
- E. Chuah
- E. Curley
- E. Gaudio
- E. Giné
- E. Kebebew
- E. Korpershoek
- E. Lipp
- E. Reznik
- E. Shinbro
- E. Swisher
- E. Thompson
- E. Zmuda
- E.C. Zwarthoff
- E.G. Van Meir
- E.L. Appelbaum
- E.M. Godwin
- E.M. Mora Pinero
- E.R. Duffy
- E.R. Mardis
- F. Beuschlein
- F. Brimo
- F. Carey
- F. Cheng
- F. Dimeco
- F. Facciolo
- F. Giuliante
- F. Khuri
- F. Meric-Bernstam
- F. Moiseenko
- F. Que
- F. Saad
- F. Sanchez-Vega
- F. Valdivieso
- F. Williams
- F. Zhao
- G. Barnett
- G. Bubley
- G. Carlos
- G. Carpino
- G. Finocchiaro
- G. Getz
- G. Gorincioi
- G. Grazi
- G. Long
- G. Manikhas
- G. Mann
- G. Mckercher
- G. Petersen
- G. Saksena
- G. Sauter
- G. Setdikova
- G. Sica
- G. Thomas
- G. Wolf
- G.B. Mills
- G.F. Gao
- H. Al-Ahmadie
- H. Colman
- H. Dinh
- H. Doddapaneni
- H. Fan
- H. Gabra
- H. Gavin
- H. Hai
- H. Hai
- H. Hibshoosh
- H. Huland
- H. Jianhong
- H. Juhl
- H. Kakavand
- H. Liang
- H. Noushmehr
- H. Pass
- H. Sekhon
- H. Shen
- H. Stoop
- H. Taubert
- H. Thai
- H. Timmers
- H. Yang
- H. Zaren
- H. Zhang
- H. Zhang
- H. Zhang
- H.C.S. Silveira
- H.G. Rosenthal
- H.J. Sofia
- H.K. Schmidt
- I. Alexopoulou
- I. Caraman
- I. Chemencedji
- I. de Bruijn
- I. Felau
- I. Forgie
- I. Shmulevich
- I. Stancul
- I. Wistuba
- I. Yang
- J. Armenia
- J. Bartlett
- J. Bennett
- J. Bondaruk
- J. Bowen
- J. Carlotti
- J. Catto
- J. Chabot
- J. Cheville
- J. Cho
- J. Creaney
- J. Dipersio
- J. Drummond
- J. Eckman
- J. Engel
- J. Eschbacher
- J. Fujimoto
- J. Fulop
- J. Galbraith
- J. Gao
- J. Gardner
- J. Gershenwald
- J. Harr
- J. Henderson
- J. Hess
- J. Hilty
- J. Houck
- J. Kim
- J. Kocher
- J. Lang
- J. Liu
- J. Liu
- J. Luketich
- J. Marks
- J. Martin
- J. Melamed
- J. Miller
- J. Moyer
- J. Myers
- J. Parfitt
- J. Park
- J. Paulauskis
- J. Phillips
- J. Powers
- J. Roach
- J. Santibanez
- J. Shih
- J. Simko
- J. Slotta-Huspenina
- J. Smith
- J. Stretch
- J. Thompson
- J. Waldmann
- J. Walker
- J. Wang
- J. Wang
- J. Wilmott
- J. Zhang
- J. Zhenlin
- J.(. Zhang
- J.A. Ajani
- J.A. Borgia
- J.A. Copland
- J.A. Demchok
- J.A. Hooke
- J.A. Martignetti
- J.B. Elder
- J.C. Zenklusen
- J.D. Yang
- J.E. Schein
- J.H. Fregnani
- J.I. Lee
- J.J. Olson
- J.L. Fantacone-Campbell
- J.M. Chan
- J.M. Gastier-Foster
- J.M. Stuart
- J.N. Weinstein
- J.S. Barnholtz-Sloan
- J.S. Dos Santos
- J.S. Parker
- J.T. Auman
- J.V. Simons
- K. Agnew
- K. Ahn
- K. Becker
- K. Birsoy
- K. Chang
- K. Chung
- K. Covington
- K. Delman
- K. Devine
- K. Evason
- K. Janssen
- K. Junker
- K. Kasaian
- K. Kopp
- K. Lau
- K. Lee
- K. Leinonen
- K. Magliocca
- K. Moore
- K. Moxley
- K. Mungall
- K. Pacak
- K. Rai
- K. Roggin
- K. Senecal
- K. Shannon
- K. Shimmel
- K. Smith-McCune
- K. Smolenski
- K. Tse
- K. Tucker
- K.A. Hoadley
- K.A. Hoadley
- K.C. Sexton
- K.E. van Kessel
- K.J. Kang
- K.M. Fong
- K.M. Leraas
- L. Cope
- L. Cuppini
- L. Danilova
- L. Desjardins
- L. Ding
- L. Haydu
- L. Jacobus
- L. Jun
- L. Konnor
- L. Kvecher
- L. Lacombe
- L. Landrum
- L. Lewis
- L. Lolla
- L. Looijenga
- L. Mattei
- L. Omberg
- L. Omberg
- L. Peterson
- L. Ramondetta
- L. Roberts
- L. Rozek
- L. Scarpace
- L. Schoenfield
- L. Wang
- L. Wei
- L. Wise
- L. Xuan
- L. Yang
- L. Yiling
- L. Zhang
- L.A. Donehower
- L.A. Fulton
- L.A. Zach
- L.E. Mose
- L.M. Poisson
- L.S. Schmidt
- M. Albert
- M. Aymerich
- M. Bailey
- M. Balasundaram
- M. Behera
- M. Bellair
- M. Birrer
- M. Borad
- M. Carney
- M. Cernat
- M. Couce
- M. Deqin
- M. Dinkin
- M. Dubina
- M. Farnell
- M. Fassnacht
- M. Feldman
- M. Gerken
- M. Goodman
- M. Graefen
- M. Iacocca
- M. Ittmann
- M. Kasapi
- M. Kendrick
- M. Knudson
- M. Ladanyi
- M. Latour
- M. Mannelli
- M. Marino
- M. Mayo
- M. Mcgraw
- M. Meyerson
- M. Milhem
- M. Miller
- M. Moncrieff
- M. Morgan
- M. Muto
- M. Nelson
- M. Peto
- M. Pirtac
- M. Pool
- M. Prados
- M. Prince
- M. Quinn
- M. Quintero-Aguilo
- M. Rivera
- M. Ryan
- M. Schiffman
- M. Sherman
- M. Sheth
- M. Stanton
- M. Stern
- M. Synott
- M. Tavobilov
- M. Torbenson
- M. Wang
- M. Wiznerowicz
- M. Yussanne
- M.A. Marra
- M.A. Rubin
- M.C. Bragazzi
- M.D. Mclellan
- M.D. Wilkerson
- M.G. Cordes
- M.G. Nissan
- M.G. Soloway
- M.H. Abdel-Rahman
- M.H. Kucherlapati
- M.J. Liptay
- M.L. Anderson
- M.L. Ferguson
- M.S. Bootwalla
- M.S. Lawrence
- M.S. Noble
- N. Botnariuc
- N. Chambwe
- N. Corcoran
- N. Dhalla
- N. Gehlenborg
- N. Giama
- N. Girard
- N. Hayward
- N. Horowitz
- N. Kwok-Shing
- N. Schultz
- N. Thiessen
- N. Van Bang
- N. Wentzensen
- N.A. Pennell
- N.C. Ramirez
- N.D. Aredes
- N.L. Lehman
- N.P. Hung
- N.V. Tien
- O. Bathe
- O. Mariani
- O. Olabode
- O. Paklina
- O. Potapova
- O. Voronina
- P. Anur
- P. Disaia
- P. Drwiega
- P. Glenn
- P. Hansen
- P. Hersey
- P. Lin
- P. Lohavanichbutr
- P. Nair
- P. Nguyen
- P. Sipahimalani
- P. Spellman
- P. Swanson
- P. Tamboli
- P. Tennstedt
- P. Troncoso
- P. Wakely
- P. Westervelt
- P. Yena
- P.A. Mieczkowski
- P.A. Pinto
- P.D. Castro
- P.H. Lai
- P.R. Carroll
- P.R. Dottino
- P.T. Hanh
- P.W. Laird
- Q. Sun
- Q.T. Ostrom
- R. Akbani
- R. Berkowitz
- R. Beroukhim
- R. Bowlby
- R. Bowman
- R. Broaddus
- R. Bueno
- R. Carlsen
- R. de Krijger
- R. Dhanasekaran
- R. Dhir
- R. Duell
- R. Ghossein
- R. Glenn
- R. Govindan
- R. Holt
- R. Kefford
- R. Kemp
- R. Korst
- R. Kramer
- R. Kundra
- R. Lechan
- R. Madan
- R. Mandt
- R. Mannel
- R. Mclendon
- R. Merola
- R. Naresh
- R. Penny
- R. Pilarski
- R. Postier
- R. Saw
- R. Scolyer
- R. Sheridan
- R. Sigmund
- R. Simon
- R. Singh
- R. Smallridge
- R. Steele
- R. Stoehr
- R. Tamakawa
- R. Tarnuzzer
- R. Thorp
- R. Warnick
- R. Worrell
- R. Zuna
- R.A. Gibbs
- R.A. Moore
- R.C. Rintoul
- R.H. Thompson
- R.J. Mural
- R.K. Kelley
- R.K. Wilson
- R.M. Reis
- R.S. Fulton
- R.S. Kanchi
- R.S. Kucherlapati
- S. Balu
- S. Baylin
- S. Bell
- S. Chevalier
- S. Chudamani
- S. Cottingham
- S. Cuzzubbo
- S. Doruc
- S. Force
- S. Frazer
- S. Gilbert
- S. Heath
- S. Kalkanis
- S. Kendall
- S. Lee
- S. Ling
- S. Maithel
- S. Mccall
- S. Meier
- S. Meng
- S. Morris
- S. Mura
- S. Porten
- S. Ramalingam
- S. Reynolds
- S. Roman-Roman
- S. Sadeghi
- S. Sifri
- S. Signoretti
- S. Singer
- S. Somiari
- S. Stepa
- S. Tao
- S. Vandenberg
- S. Wach
- S.B. Gabriel
- S.E. Schumacher
- S.J. Caesar-Johnson
- S.J.M. Jones
- S.L. Asa
- S.M. Phillips
- S.M. Staugaitis
- S.N. Adebamowo
- S.O. Sumer
- S.R. Jefferys
- T. Akeredolu
- T. Bocklage
- T. Bodenheimer
- T. Broudy
- T. Carey
- T. Costello
- T. Defreitas
- T. Flotte
- T. Giordano
- T. Hinoue
- T. Knijnenburg
- T. Knutson
- T. Ley
- T. Lichtenberg
- T. Mikkelsen
- T. Naska
- T. Owonikoko
- T. Patel
- T. Pihl
- T. Schlomm
- T. Shelton
- T. Skelly
- T. Smyrk
- T. Thompson
- T. Wang
- T. Wong
- T. Zelinka
- T.A. Chan
- T.M. Lichtenberg
- U. Veluvolu
- V. Cardinale
- V. Chandan
- V. Dhankani
- V. Jakrot
- V. Korchina
- V. Lyadov
- V. Reuter
- V. Thorsson
- V. Thorsson
- W. Barrett
- W. Eijckenboom
- W. Hale
- W. Kycler
- W. Liu
- W. Oosterhuis
- W. Urba
- W. Ye
- W. Zhang
- W. Zhou
- W.E. Grizzle
- W.G. Richards
- W.J. Edenfield
- W.K. Chatila
- W.K. Rathmell
- W.M. Linehan
- X. Liu
- X. Liu
- X. Sastre
- Y. Han
- Y. Liu
- Y. Shi
- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 01/01/2018
- Field of study
For a decade, The Cancer Genome Atlas (TCGA) program collected clinicopathologic annotation data along with multi-platform molecular profiles of more than 11,000 human tumors across 33 different cancer types. TCGA clinical data contain key features representing the democratized nature of the data collection process. To ensure proper use of this large clinical dataset associated with genomic features, we developed a standardized dataset named the TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (TCGA-CDR), which includes four major clinical outcome endpoints. In addition to detailing major challenges and statistical limitations encountered during the effort of integrating the acquired clinical data, we present a summary that includes endpoint usage recommendations for each cancer type. These TCGA-CDR findings appear to be consistent with cancer genomics studies independent of the TCGA effort and provide opportunities for investigating cancer biology using clinical correlates at an unprecedented scale. Analysis of clinicopathologic annotations for over 11,000 cancer patients in the TCGA program leads to the generation of TCGA Clinical Data Resource, which provides recommendations of clinical outcome endpoint usage for 33 cancer types
Driver Fusions and Their Implications in the Development and Treatment of Human Cancers.
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
- A. Bergeron
- A. Bossler
- A. Boussioutas
- A. Breggia
- A. Burnette
- A. Chen
- A. Clipca
- A. Davis
- A. De Rienzo
- A. De Rose
- A. Fehrenbach
- A. Gillis
- A. Gimenez-Roqueplo
- A. Gopalan
- A. Haddad
- A. Hartmann
- A. Jimeno
- A. Kastl
- A. Kendler
- A. Kibel
- A. Korkut
- A. Longatto-Filho
- A. Luna
- A. Malykh
- A. Mariamidze
- A. Mes-Masson
- A. Noss
- A. Ochoa
- A. Perin
- A. Piché
- A. Pickens
- A. Rao
- A. Sankarankuty
- A. Secord
- A. Sepulveda
- A. Shabunin
- A. Sharp
- A. Sood
- A. Spillane
- A. Tam
- A. Tischler
- A. Tsao
- A. Unterberg
- A. Vicha
- A. von Deimling
- A.C. Berger
- A.C. de Carvalho
- A.D. Cherniack
- A.E. Sloan
- A.G. Robertson
- A.H. Bryce
- A.H. Perou
- A.J. Kovatich
- A.J. Lazar
- A.J. Lazar
- A.J. Lazar
- A.J. Mungall
- A.K. Godwin
- A.L. Carvalho
- A.L. Guillermo
- A.M. Hegde
- A.M.A. Gonzalez
- A.P. Hoyle
- A.R. Metwalli
- B. Bernard
- B. Campos
- B. Czerniak
- B. Deyarmin
- B. Drake
- B. Esmaeli
- B. Hermes
- B. Hernandez
- B. Kohl
- B. Kumar
- B. Pollo
- B. Rabeno
- B. Robinson
- B. Singh
- B. Tê
- B. Van Tine
- B. Wullich
- B.A. Van Tine
- B.A. Van Tine
- B.D. Phu
- B.E. Gross
- B.M. Broom
- B.P. O’
- B.S. Taylor
- B.Y. Karlan
- C. Adebamowo
- C. Andry
- C. Behrens
- C. Benz
- C. Bifulco
- C. Bradford
- C. Brewer
- C. Calatozzolo
- C. Carter
- C. Chen
- C. Cibulskis
- C. Fan
- C. Farver
- C. Feltmate
- C. Goparaju
- C. Guo
- C. Herold-Mende
- C. Hovens
- C. Jungk
- C. Kandoth
- C. Larson
- C. Logothetis
- C. Mcpherson
- C. Mirsaidi
- C. Moran
- C. Morrison
- C. Moser
- C. Sander
- C. Scapulatempo-Neto
- C. Schilero
- C. Shelton
- C. Shipman
- C. Stoehr
- C. Yau
- C.A. Miller
- C.C. Fronick
- C.D. Jones
- C.D. Shriver
- C.D. Vocke
- C.G. Carlotti
- C.H. Hagedorn
- C.J. Creighton
- C.K. Wong
- C.M. Cebulla
- C.M. Hutter
- C.M. Perou
- C.N. Landen
- C.P. Raut
- C.S. Shelley
- C.W. Seder
- D. Alvaro
- D. Aziz
- D. Beer
- D. Bell
- D. Bigner
- D. Brooks
- D. Chakravarty
- D. Chesla
- D. Crain
- D. Cramer
- D. Hoon
- D. Huntsman
- D. Lee
- D. Mallery
- D. Morton
- D. Murawa
- D. Muzny
- D. Nagorney
- D. O’
- D. Raymond
- D. Rice
- D. Schadendorf
- D. Tan
- D. Tcaciuc
- D. Tirapelli
- D. Voet
- D.A. Levine
- D.A. Wheeler
- D.I. Heiman
- D.J. Brat
- D.J. Van Den Berg
- D.J. Weisenberger
- D.M. Rassl
- D.M. Shin
- D.N. Hayes
- D.O. Vidal
- D.T. Maglinte
- E. Baudin
- E. Campo
- E. Castle
- E. Chuah
- E. Curley
- E. Gaudio
- E. Giné
- E. Kebebew
- E. Korpershoek
- E. Lipp
- E. Reznik
- E. Shinbrot
- E. Swisher
- E. Thompson
- E. Zmuda
- E.C. Zwarthoff
- E.G. Van Meir
- E.L. Appelbaum
- E.M. Godwin
- E.M.M. Pinero
- E.R. Duffy
- E.R. Mardis
- F. Beuschlein
- F. Brimo
- F. Carey
- F. Chen
- F. Chen
- F. Cheng
- F. Dimeco
- F. Facciolo
- F. Giuliante
- F. Khuri
- F. Meric-Bernstam
- F. Moiseenko
- F. Que
- F. Saad
- F. Sanchez-Vega
- F. Valdivieso
- F. Williams
- F. Zhao
- G. Barnett
- G. Bubley
- G. Carpino
- G. Finocchiaro
- G. Getz
- G. Gorincioi
- G. Grazi
- G. Long
- G. Manikhas
- G. Mann
- G. Mckercher
- G. Mutharasu
- G. Petersen
- G. Saksena
- G. Sauter
- G. Setdikova
- G. Sica
- G. Thomas
- G. Wolf
- G.B. Mills
- G.F. Gao
- H. Al-Ahmadie
- H. Colman
- H. Dinh
- H. Doddapaneni
- H. Fan
- H. Gabra
- H. Gavin
- H. Hai
- H. Hibshoosh
- H. Huland
- H. Jianhong
- H. Juhl
- H. Kakavand
- H. Liang
- H. Noushmehr
- H. Pass
- H. Sekhon
- H. Shen
- H. Stoop
- H. Taubert
- H. Thai
- H. Timmers
- H. Yang
- H. Zaren
- H. Zhang
- H. Zhang
- H. Zhang
- H.C.S. Silveira
- H.G. Rosenthal
- H.J. Sofia
- H.K. Schmidt
- I. Alexopoulou
- I. Caraman
- I. Chemencedji
- I. de Bruijn
- I. Felau
- I. Forgie
- I. Shmulevich
- I. Shmulevich
- I. Shmulevich
- I. Stancul
- I. Wistuba
- I. Yang
- J. Armenia
- J. Bartlett
- J. Bennett
- J. Bondaruk
- J. Bowen
- J. Catto
- J. Chabot
- J. Cheville
- J. Cho
- J. Creaney
- J. Dipersio
- J. Drummond
- J. Eckman
- J. Engel
- J. Eschbacher
- J. Fujimoto
- J. Fulop
- J. Galbraith
- J. Gao
- J. Gardner
- J. Gershenwald
- J. Harr
- J. Henderson
- J. Hess
- J. Hilty
- J. Houck
- J. Kim
- J. Kocher
- J. Lang
- J. Liu
- J. Luketich
- J. Marks
- J. Martin
- J. Melamed
- J. Miller
- J. Moyer
- J. Myers
- J. Parfitt
- J. Park
- J. Paulauskis
- J. Phillips
- J. Powers
- J. Roach
- J. Santibanez
- J. Shih
- J. Simko
- J. Slotta-Huspenina
- J. Smith
- J. Stretch
- J. Thompson
- J. Waldmann
- J. Walker
- J. Wang
- J. Wang
- J. Wilmott
- J. Zhang
- J. Zhenlin
- J.(. Zhang
- J.A. Ajani
- J.A. Borgia
- J.A. Copland
- J.A. Demchok
- J.A. Hooke
- J.A. Martignetti
- J.B. Elder
- J.C. Zenklusen
- J.D. Yang
- J.E. Schein
- J.H. Fregnani
- J.I. Lee
- J.J. Olson
- J.L. Fantacone-Campbell
- J.M. Chan
- J.M. Gastier-Foster
- J.M. Stuart
- J.N. Weinstein
- J.S. Barnholtz-Sloan
- J.S. Dos Santos
- J.S. Parker
- J.T. Auman
- J.V. Simons
- K. Agnew
- K. Ahn
- K. Becker
- K. Birsoy
- K. Chang
- K. Chen
- K. Chen
- K. Chung
- K. Covington
- K. Delman
- K. Devine
- K. Evason
- K. Janssen
- K. Junker
- K. Kasaian
- K. Kopp
- K. Lau
- K. Lee
- K. Leinonen
- K. Magliocca
- K. Moore
- K. Moxley
- K. Mungall
- K. Pacak
- K. Rai
- K. Roggin
- K. Senecal
- K. Shannon
- K. Shimmel
- K. Smith-McCune
- K. Smolenski
- K. Tse
- K. Tucker
- K.A. Hoadley
- K.C. Sexton
- K.E. van Kessel
- K.J. Kang
- K.M. Fong
- K.M. Leraas
- L. Cope
- L. Cuppini
- L. Danilova
- L. Desjardins
- L. Ding
- L. Ding
- L. Ding
- L. Haydu
- L. Jacobus
- L. Jun
- L. Konnor
- L. Kvecher
- L. Lacombe
- L. Landrum
- L. Lewis
- L. Lolla
- L. Looijenga
- L. Mattei
- L. Omberg
- L. Peterson
- L. Ramondetta
- L. Roberts
- L. Rozek
- L. Scarpace
- L. Schoenfield
- L. Wang
- L. Wei
- L. Wise
- L. Xuan
- L. Yang
- L. Yao
- L. Yiling
- L. Zhang
- L.A. Donehower
- L.A. Fulton
- L.A. Zach
- L.E. Mose
- L.S. Schmidt
- M. Albert
- M. Aymerich
- M. Bailey
- M. Balasundaram
- M. Behera
- M. Bellair
- M. Birrer
- M. Borad
- M. Carney
- M. Cernat
- M. Couce
- M. Deqin
- M. Dinkin
- M. Dubina
- M. Farnell
- M. Fassnacht
- M. Feldman
- M. Gerken
- M. Goodman
- M. Graefen
- M. Iacocca
- M. Ittmann
- M. Kasapi
- M. Kendrick
- M. Knudson
- M. Ladanyi
- M. Latour
- M. Mannelli
- M. Marino
- M. Mayo
- M. Mcgraw
- M. Meyerson
- M. Milhem
- M. Miller
- M. Moncrieff
- M. Morgan
- M. Muto
- M. Nelson
- M. Nykter
- M. Nykter
- M. Peto
- M. Pirtac
- M. Pool
- M. Prados
- M. Prince
- M. Quinn
- M. Quintero-Aguilo
- M. Rivera
- M. Ryan
- M. Schiffman
- M. Sherman
- M. Sheth
- M. Stanton
- M. Stern
- M. Synott
- M. Tavobilov
- M. Torbenson
- M. Wang
- M. Wiznerowicz
- M. Yussanne
- M.A. Marra
- M.A. Rubin
- M.A. Wyczalkowski
- M.C. Bragazzi
- M.C. Wendl
- M.C. Wendl
- M.D. Mclellan
- M.D. Wilkerson
- M.G. Cordes
- M.G. Nissan
- M.G. Soloway
- M.H. Abdel-Rahman
- M.H. Kucherlapati
- M.J. Liptay
- M.L. Anderson
- M.L. Ferguson
- M.S. Bootwalla
- M.S. Lawrence
- M.S. Noble
- N. Botnariuc
- N. Chambwe
- N. Corcoran
- N. Dhalla
- N. Gehlenborg
- N. Giama
- N. Girard
- N. Hayward
- N. Horowitz
- N. Kwok-Shing
- N. Schultz
- N. Thiessen
- N. Van Bang
- N. Wentzensen
- N.A. Pennell
- N.C. Ramirez
- N.D. Aredes
- N.L. Lehman
- N.P. Hung
- N.V. Tien
- O. Bathe
- O. Mariani
- O. Olabode
- O. Paklina
- O. Potapova
- O. Voronina
- P. Anur
- P. Disaia
- P. Drwiega
- P. Glenn
- P. Hansen
- P. Hersey
- P. Lin
- P. Lohavanichbutr
- P. Nair
- P. Nguyen
- P. Sipahimalani
- P. Spellman
- P. Swanson
- P. Tamboli
- P. Tennstedt
- P. Troncoso
- P. Wakely
- P. Westervelt
- P. Yena
- P.A. Mieczkowski
- P.A. Pinto
- P.D. Castro
- P.H. Lai
- P.R. Carroll
- P.R. Dottino
- P.T. Hanh
- P.W. Laird
- Q. Gao
- Q. Sun
- Q.T. Ostrom
- R. Akbani
- R. Berkowitz
- R. Beroukhim
- R. Bowlby
- R. Bowman
- R. Broaddus
- R. Bueno
- R. Carlsen
- R. de Krijger
- R. Dhanasekaran
- R. Dhir
- R. Duell
- R. Ghossein
- R. Glenn
- R. Govindan
- R. Holt
- R. Kefford
- R. Kemp
- R. Korst
- R. Kramer
- R. Kundra
- R. Lechan
- R. Madan
- R. Mandt
- R. Mannel
- R. Mclendon
- R. Merola
- R. Naresh
- R. Penny
- R. Pilarski
- R. Postier
- R. Saw
- R. Scolyer
- R. Sheridan
- R. Sigmund
- R. Simon
- R. Singh
- R. Smallridge
- R. Steele
- R. Stoehr
- R. Tamakawa
- R. Tarnuzzer
- R. Thorp
- R. Vij
- R. Vij
- R. Warnick
- R. Worrell
- R. Zuna
- R.A. Gibbs
- R.A. Moore
- R.C. Fields
- R.C. Fields
- R.C. Rintoul
- R.G. Jayasinghe
- R.H. Thompson
- R.J. Mural
- R.K. Kelley
- R.K. Wilson
- R.M. Reis
- R.S. Fulton
- R.S. Kanchi
- R.S. Kucherlapati
- S. Balu
- S. Baylin
- S. Bell
- S. Cao
- S. Chevalier
- S. Chudamani
- S. Cottingham
- S. Cuzzubbo
- S. Doruc
- S. Force
- S. Frazer
- S. Gilbert
- S. Heath
- S. Kalkanis
- S. Kendall
- S. Lee
- S. Ling
- S. Maithel
- S. Mccall
- S. Meier
- S. Meng
- S. Morris
- S. Mura
- S. Porten
- S. Ramalingam
- S. Reynolds
- S. Roman-Roman
- S. Sadeghi
- S. Sifri
- S. Signoretti
- S. Singer
- S. Somiari
- S. Stepa
- S. Tao
- S. Vandenberg
- S. Wach
- S.B. Gabriel
- S.E. Schumacher
- S.J. Caesar-Johnson
- S.J.M. Jones
- S.L. Asa
- S.M. Foltz
- S.M. Phillips
- S.M. Reynolds
- S.M. Staugaitis
- S.N. Adebamowo
- S.O. Sumer
- S.Q. Sun
- S.R. Jefferys
- T. Akeredolu
- T. Bocklage
- T. Bodenheimer
- T. Broudy
- T. Carey
- T. Costello
- T. Defreitas
- T. Flotte
- T. Giordano
- T. Hinoue
- T. Knijnenburg
- T. Knutson
- T. Ley
- T. Mikkelsen
- T. Naska
- T. Owonikoko
- T. Patel
- T. Pihl
- T. Schlomm
- T. Shelton
- T. Skelly
- T. Smyrk
- T. Thompson
- T. Wang
- T. Wong
- T. Zelinka
- T.A. Chan
- T.M. Lichtenberg
- U. Veluvolu
- V. Cardinale
- V. Chandan
- V. Dhankani
- V. Jakrot
- V. Korchina
- V. Lyadov
- V. Reuter
- V. Thorsson
- W. Barrett
- W. Eijckenboom
- W. Hale
- W. Kycler
- W. Liang
- W. Liao
- W. Liu
- W. Oosterhuis
- W. Urba
- W. Ye
- W. Zhang
- W. Zhou
- W.E. Grizzle
- W.G. Richards
- W.J. Edenfield
- W.K. Chatila
- W.K. Rathmell
- W.M. Linehan
- X. Liu
- X. Liu
- X. Sastre
- Y. Han
- Y. Lihua
- Y. Liu
- Y. Shi
- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- Cell Rep
- Publication date
- 01/01/2018
- Field of study
Gene fusions represent an important class of somatic alterations in cancer. We systematically investigated fusions in 9,624 tumors across 33 cancer types using multiple fusion calling tools. We identified a total of 25,664 fusions, with a 63% validation rate. Integration of gene expression, copy number, and fusion annotation data revealed that fusions involving oncogenes tend to exhibit increased expression, whereas fusions involving tumor suppressors have the opposite effect. For fusions involving kinases, we found 1,275 with an intact kinase domain, the proportion of which varied significantly across cancer types. Our study suggests that fusions drive the development of 16.5% of cancer cases and function as the sole driver in more than 1% of them. Finally, we identified druggable fusions involving genes such as TMPRSS2, RET, FGFR3, ALK, and ESR1 in 6.0% of cases, and we predicted immunogenic peptides, suggesting that fusions may provide leads for targeted drug and immune therapy
Comparative Molecular Analysis of Gastrointestinal Adenocarcinomas
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
- A. Bergeron
- A. Bossler
- A. Boussioutas
- A. Breggia
- A. Burnette
- A. Chen
- A. Clipca
- A. Davis
- A. De Rienzo
- A. De Rose
- A. Fehrenbach
- A. Gillis
- A. Gimenez-Roqueplo
- A. Gopalan
- A. Haddad
- A. Hartmann
- A. Jimeno
- A. Kastl
- A. Kendler
- A. Kibel
- A. Korkut
- A. Longatto-Filho
- A. Luna
- A. Malykh
- A. Mariamidze
- A. Mes-Masson
- A. Noss
- A. Ochoa
- A. Perin
- A. Piché
- A. Pickens
- A. Rao
- A. Sankarankuty
- A. Secord
- A. Sepulveda
- A. Shabunin
- A. Sharp
- A. Sood
- A. Spillane
- A. Tam
- A. Tischler
- A. Tsao
- A. Unterberg
- A. Vicha
- A. von Deimling
- A.C. Berger
- A.C. de Carvalho
- A.D. Cherniack
- A.D. Cherniack
- A.E. Sloan
- A.G. Robertson
- A.H. Bryce
- A.H. Perou
- A.I. Ojesina
- A.J. Bass
- A.J. Kovatich
- A.J. Lazar
- A.J. Lazar
- A.J. Mungall
- A.K. Godwin
- A.L. Carvalho
- A.L. Guillermo
- A.M. Hegde
- A.M.A. Gonzalez
- A.P. Hoyle
- A.R. Metwalli
- B. Bernard
- B. Campos
- B. Czerniak
- B. Deyarmin
- B. Drake
- B. Esmaeli
- B. Hermes
- B. Hernandez
- B. Kohl
- B. Kumar
- B. Pollo
- B. Rabeno
- B. Robinson
- B. Singh
- B. Tê
- B. Van Tine
- B. Wullich
- B.D. Phu
- B.E. Gross
- B.G. Schneider
- B.M. Broom
- B.P. O’
- B.S. Taylor
- B.Y. Karlan
- C. Adebamowo
- C. Andry
- C. Behrens
- C. Benz
- C. Bifulco
- C. Bradford
- C. Brewer
- C. Calatozzolo
- C. Carter
- C. Chen
- C. Cibulskis
- C. Fan
- C. Farver
- C. Feltmate
- C. Goparaju
- C. Guo
- C. Herold-Mende
- C. Hovens
- C. Jungk
- C. Kandoth
- C. Larson
- C. Logothetis
- C. Mcpherson
- C. Mirsaidi
- C. Moran
- C. Morrison
- C. Moser
- C. Sander
- C. Scapulatempo-Neto
- C. Schilero
- C. Shelton
- C. Shipman
- C. Stoehr
- C. Yau
- C.A. Miller
- C.C. Fronick
- C.D. Jones
- C.D. Shriver
- C.D. Vocke
- C.G. Carlotti
- C.H. Hagedorn
- C.J. Creighton
- C.K. Wong
- C.M. Cebulla
- C.M. Hutter
- C.M. Perou
- C.N. Landen
- C.P. Raut
- C.S. Pedamallu
- C.S. Rabkin
- C.S. Shelley
- C.W. Seder
- D. Alvaro
- D. Aziz
- D. Beer
- D. Bell
- D. Bigner
- D. Brooks
- D. Chakravarty
- D. Chesla
- D. Crain
- D. Cramer
- D. Hoon
- D. Huntsman
- D. Lee
- D. Mallery
- D. Morton
- D. Murawa
- D. Muzny
- D. Nagorney
- D. O’
- D. Raymond
- D. Rice
- D. Schadendorf
- D. Tan
- D. Tcaciuc
- D. Tirapelli
- D. Voet
- D.A. Levine
- D.A. Wheeler
- D.I. Heiman
- D.J. Brat
- D.J. Van Den Berg
- D.J. Weisenberger
- D.M. Rassl
- D.M. Shin
- D.N. Hayes
- D.O. Vidal
- D.T. Maglinte
- E. Baudin
- E. Campo
- E. Castle
- E. Chuah
- E. Curley
- E. Gaudio
- E. Giné
- E. Kebebew
- E. Korpershoek
- E. Lipp
- E. Reznik
- E. Shinbrot
- E. Swisher
- E. Thompson
- E. Zmuda
- E.C. Zwarthoff
- E.G. Van Meir
- E.L. Appelbaum
- E.M. Godwin
- E.M.M. Pinero
- E.R. Duffy
- E.R. Mardis
- F. Beuschlein
- F. Brimo
- F. Carey
- F. Cheng
- F. Dimeco
- F. Facciolo
- F. Farshidfar
- F. Giuliante
- F. Khuri
- F. Meric-Bernstam
- F. Moiseenko
- F. Que
- F. Saad
- F. Sanchez-Vega
- F. Sanchez-Vega
- F. Valdivieso
- F. Williams
- F. Zhao
- G. Barnett
- G. Bubley
- G. Carpino
- G. Finocchiaro
- G. Getz
- G. Gorincioi
- G. Grazi
- G. Long
- G. Manikhas
- G. Mann
- G. Mckercher
- G. Petersen
- G. Saksena
- G. Sauter
- G. Setdikova
- G. Sica
- G. Thomas
- G. Wolf
- G.B. Mills
- G.F. Gao
- H. Al-Ahmadie
- H. Colman
- H. Dinh
- H. Doddapaneni
- H. Fan
- H. Gabra
- H. Gavin
- H. Hai
- H. Hibshoosh
- H. Huland
- H. Jianhong
- H. Juhl
- H. Kakavand
- H. Liang
- H. Noushmehr
- H. Pass
- H. Sekhon
- H. Shen
- H. Stoop
- H. Taubert
- H. Thai
- H. Timmers
- H. Yang
- H. Zaren
- H. Zhang
- H. Zhang
- H. Zhang
- H.C.S. Silveira
- H.G. Rosenthal
- H.J. Sofia
- H.K. Schmidt
- I. Alexopoulou
- I. Bruijn
- I. Caraman
- I. Chemencedji
- I. Felau
- I. Forgie
- I. Shmulevich
- I. Stancul
- I. Wistuba
- I. Yang
- J. Armenia
- J. Bartlett
- J. Bennett
- J. Bondaruk
- J. Bowen
- J. Catto
- J. Chabot
- J. Cheville
- J. Cho
- J. Creaney
- J. Dipersio
- J. Drummond
- J. Eckman
- J. Engel
- J. Eschbacher
- J. Fujimoto
- J. Fulop
- J. Galbraith
- J. Gao
- J. Gardner
- J. Gershenwald
- J. Harr
- J. Henderson
- J. Hess
- J. Hilty
- J. Houck
- J. Kim
- J. Kim
- J. Kocher
- J. Lang
- J. Liu
- J. Luketich
- J. Marks
- J. Martin
- J. Melamed
- J. Miller
- J. Moyer
- J. Myers
- J. Parfitt
- J. Park
- J. Paulauskis
- J. Phillips
- J. Powers
- J. Roach
- J. Santibanez
- J. Shih
- J. Simko
- J. Slotta-Huspenina
- J. Smith
- J. Stretch
- J. Thompson
- J. Waldmann
- J. Walker
- J. Wang
- J. Wang
- J. Wilmott
- J. Zhang
- J. Zhenlin
- J.(. Zhang
- J.A. Ajani
- J.A. Borgia
- J.A. Copland
- J.A. Demchok
- J.A. Hooke
- J.A. Martignetti
- J.A. Seoane
- J.B. Elder
- J.C. Zenklusen
- J.D. Yang
- J.E. Schein
- J.E. Willis
- J.H. Fregnani
- J.I. Lee
- J.J. Olson
- J.L. Fantacone-Campbell
- J.M. Chan
- J.M. Gastier-Foster
- J.M. Stuart
- J.N. Weinstein
- J.S. Barnholtz-Sloan
- J.S. Dos Santos
- J.S. Parker
- J.T. Auman
- J.V. Simons
- K. Agnew
- K. Ahn
- K. Becker
- K. Birsoy
- K. Chang
- K. Chung
- K. Covington
- K. Delman
- K. Devine
- K. Evason
- K. Janssen
- K. Junker
- K. Kasaian
- K. Kopp
- K. Lau
- K. Lee
- K. Leinonen
- K. Magliocca
- K. Moore
- K. Moxley
- K. Mungall
- K. Pacak
- K. Rai
- K. Roggin
- K. Senecal
- K. Shannon
- K. Shimmel
- K. Smith-McCune
- K. Smolenski
- K. Tse
- K. Tucker
- K.A. Hoadley
- K.C. Sexton
- K.E. van Kessel
- K.J. Kang
- K.K. Wang
- K.M. Fong
- K.M. Leraas
- L. Cope
- L. Cuppini
- L. Danilova
- L. Desjardins
- L. Ding
- L. Haydu
- L. Jacobus
- L. Jun
- L. Konnor
- L. Kvecher
- L. Lacombe
- L. Landrum
- L. Lewis
- L. Lolla
- L. Looijenga
- L. Mattei
- L. Mishra
- L. Omberg
- L. Peterson
- L. Ramondetta
- L. Roberts
- L. Rozek
- L. Scarpace
- L. Schoenfield
- L. Wang
- L. Wei
- L. Wise
- L. Xuan
- L. Yang
- L. Yiling
- L. Zhang
- L.A. Donehower
- L.A. Fulton
- L.A. Zach
- L.E. Mose
- L.S. Schmidt
- M. Albert
- M. Aymerich
- M. Bailey
- M. Balasundaram
- M. Behera
- M. Bellair
- M. Birrer
- M. Borad
- M. Carney
- M. Cernat
- M. Couce
- M. Deqin
- M. Dinkin
- M. Dubina
- M. Farnell
- M. Fassnacht
- M. Feldman
- M. Gerken
- M. Goodman
- M. Graefen
- M. Iacocca
- M. Islam
- M. Ittmann
- M. Kasapi
- M. Kendrick
- M. Knudson
- M. Ladanyi
- M. Latour
- M. Mannelli
- M. Marino
- M. Mayo
- M. Mcgraw
- M. Meyerson
- M. Milhem
- M. Miller
- M. Moncrieff
- M. Morgan
- M. Muto
- M. Nelson
- M. Peto
- M. Pirtac
- M. Pool
- M. Prados
- M. Prince
- M. Quinn
- M. Quintero-Aguilo
- M. Rivera
- M. Ryan
- M. Schiffman
- M. Sherman
- M. Sheth
- M. Stanton
- M. Stern
- M. Synott
- M. Tavobilov
- M. Torbenson
- M. Wang
- M. Wiznerowicz
- M. Yussanne
- M.A. Marra
- M.A. Rubin
- M.C. Bragazzi
- M.D. Mclellan
- M.D. Wilkerson
- M.G. Cordes
- M.G. Nissan
- M.G. Soloway
- M.H. Abdel-Rahman
- M.H. Kucherlapati
- M.J. Liptay
- M.L. Anderson
- M.L. Ferguson
- M.S. Bootwalla
- M.S. Lawrence
- M.S. Noble
- N. Botnariuc
- N. Chambwe
- N. Corcoran
- N. Dhalla
- N. Gehlenborg
- N. Giama
- N. Girard
- N. Hayward
- N. Horowitz
- N. Kwok-Shing
- N. Schultz
- N. Thiessen
- N. Van Bang
- N. Wentzensen
- N.A. Pennell
- N.C. Ramirez
- N.D. Aredes
- N.L. Lehman
- N.P. Hung
- N.S. Sethi
- N.V. Tien
- O. Bathe
- O. Mariani
- O. Olabode
- O. Paklina
- O. Potapova
- O. Voronina
- P. Anur
- P. Disaia
- P. Drwiega
- P. Glenn
- P. Hansen
- P. Hersey
- P. Lin
- P. Lohavanichbutr
- P. Nair
- P. Nguyen
- P. Sipahimalani
- P. Spellman
- P. Swanson
- P. Tamboli
- P. Tennstedt
- P. Troncoso
- P. Wakely
- P. Westervelt
- P. Yena
- P.A. Mieczkowski
- P.A. Pinto
- P.D. Castro
- P.H. Lai
- P.R. Carroll
- P.R. Dottino
- P.T. Hanh
- P.W. Laird
- P.W. Laird
- Q. Sun
- Q.T. Ostrom
- R. Akbani
- R. Akbani
- R. Berkowitz
- R. Beroukhim
- R. Bowlby
- R. Bowlby
- R. Bowman
- R. Broaddus
- R. Bueno
- R. Carlsen
- R. de Krijger
- R. Dhanasekaran
- R. Dhir
- R. Duell
- R. Ghossein
- R. Glenn
- R. Govindan
- R. Holt
- R. Kefford
- R. Kemp
- R. Korst
- R. Kramer
- R. Kundra
- R. Lechan
- R. Madan
- R. Mandt
- R. Mannel
- R. Mclendon
- R. Merola
- R. Naresh
- R. Penny
- R. Pilarski
- R. Postier
- R. Sakai
- R. Saw
- R. Scolyer
- R. Sheridan
- R. Sigmund
- R. Simon
- R. Singh
- R. Smallridge
- R. Steele
- R. Stoehr
- R. Tamakawa
- R. Tarnuzzer
- R. Thorp
- R. Warnick
- R. Worrell
- R. Zuna
- R.A. Gibbs
- R.A. Moore
- R.C. Rintoul
- R.H. Thompson
- R.J. Mural
- R.K. Kelley
- R.K. Wilson
- R.M. Reis
- R.S. Fulton
- R.S. Kanchi
- R.S. Kanchi
- R.S. Kucherlapati
- S. Balu
- S. Baylin
- S. Bell
- S. Bullman
- S. Chevalier
- S. Chudamani
- S. Cottingham
- S. Cuzzubbo
- S. Doruc
- S. Force
- S. Frazer
- S. Gilbert
- S. Heath
- S. Kalkanis
- S. Kendall
- S. Lee
- S. Ling
- S. Maithel
- S. Mccall
- S. Meier
- S. Meng
- S. Morris
- S. Mura
- S. Porten
- S. Ramalingam
- S. Reynolds
- S. Roman-Roman
- S. Sadeghi
- S. Sifri
- S. Signoretti
- S. Singer
- S. Somiari
- S. Stepa
- S. Tao
- S. Vandenberg
- S. Wach
- S.B. Gabriel
- S.E. Schumacher
- S.J. Caesar-Johnson
- S.J. Mccall
- S.J.M. Jones
- S.L. Asa
- S.M. Phillips
- S.M. Staugaitis
- S.N. Adebamowo
- S.O. Sumer
- S.R. Jefferys
- T. Akeredolu
- T. Bocklage
- T. Bodenheimer
- T. Broudy
- T. Carey
- T. Costello
- T. Defreitas
- T. Flotte
- T. Giordano
- T. Hinoue
- T. Hinoue
- T. Knijnenburg
- T. Knutson
- T. Ley
- T. Mikkelsen
- T. Naska
- T. Owonikoko
- T. Patel
- T. Pihl
- T. Schlomm
- T. Shelton
- T. Skelly
- T. Smyrk
- T. Thompson
- T. Wang
- T. Wong
- T. Zelinka
- T.A. Chan
- T.M. Lichtenberg
- U. Veluvolu
- V. Cardinale
- V. Chandan
- V. Dhankani
- V. Jakrot
- V. Korchina
- V. Lyadov
- V. Reuter
- V. Thorsson
- V. Thorsson
- W. Barrett
- W. Chatila
- W. Eijckenboom
- W. Hale
- W. Kycler
- W. Liu
- W. Oosterhuis
- W. Urba
- W. Ye
- W. Zhang
- W. Zhou
- W.E. Grizzle
- W.G. Richards
- W.J. Edenfield
- W.K. Chatila
- W.K. Rathmell
- W.M. Linehan
- X. Liu
- X. Liu
- X. Sastre
- Y. Han
- Y. Liu
- Y. Liu
- Y. Shi
- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 09/04/2018
- Field of study
We analyzed 921 adenocarcinomas of the esophagus, stomach, colon, and rectum to examine shared and distinguishing molecular characteristics of gastrointestinal tract adenocarcinomas (GIACs). Hypermutated tumors were distinct regardless of cancer type and comprised those enriched for insertions/deletions, representing microsatellite instability cases with epigenetic silencing of MLH1 in the context of CpG island methylator phenotype, plus tumors with elevated single-nucleotide variants associated with mutations in POLE. Tumors with chromosomal instability were diverse, with gastroesophageal adenocarcinomas harboring fragmented genomes associated with genomic doubling and distinct mutational signatures. We identified a group of tumors in the colon and rectum lacking hypermutation and aneuploidy termed genome stable and enriched in DNA hypermethylation and mutations in KRAS, SOX9, and PCBP1. Liu et al. analyze 921 gastrointestinal (GI) tract adenocarcinomas and find that hypermutated tumors are enriched for insertions/deletions, upper GI tumors with chromosomal instability harbor fragmented genomes, and a group of genome-stable colorectal tumors are enriched in mutations in SOX9 and PCBP1
Open data from the third observing run of LIGO, Virgo, KAGRA, and GEO
- Author
- Abbott R.
- Abe H.
- Acernese F.
- Ackley K.
- Adhicary S.
- Adhikari N.
- Adhikari R.X.
- Adkins V.K.
- Adya V.B.
- Affeldt C.
- Agarwal D.
- Agathos M.
- Aguiar O.D.
- Aiello L.
- Ain A.
- Ajith P.
- Akutsu T.
- Al-Jodah A.
- Albanesi S.
- Alfaidi R.A.
- Allocca A.
- Alléné C.
- Almualla M.
- Altin P.A.
- Amato A.
- Amez-Droz L.
- Amorosi A.
- Anand S.
- Ananyeva A.
- Andersen R.
- Anderson S.B.
- Anderson W.G.
- Andia M.
- Ando M.
- Andrade T.
- Andres N.
- Andrić T.
- Andrés-Carcasona M.
- Ansoldi S.
- Antelis J.M.
- Antier S.
- Aoumi M.
- Apostolatos T.
- Appavuravther E.Z.
- Appert S.
- Apple S.K.
- Arai K.
- Araya A.
- Araya M.C.
- Areeda J.S.
- Arellano F.E.P.
- Aritomi N.
- Arnaud N.
- Arogeti M.
- Aronson S.M.
- Arun K.G.
- Arène M.
- Asada H.
- Ashton G.
- Aso Y.
- Assiduo M.
- Assis de Souza Melo S.
- Aston S.M.
- Astone P.
- Aubin F.
- AultONeal K.
- Babak S.
- Badalyan A.
- Badaracco F.
- Badger C.
- Bae S.
- Bagnasco S.
- Bai Y.
- Baier J.G.
- Baiotti L.
- Baird J.
- Bajpai R.
- Baka T.
- Ball M.
- Ballardin G.
- Ballmer S.W.
- Baltus G.
- Banagiri S.
- Banerjee B.
- Bankar D.
- Baral P.
- Barayoga J.C.
- Barber J.
- Barish B.C.
- Barker D.
- Barneo P.
- Barone F.
- Barr B.
- Barsotti L.
- Barsuglia M.
- Barta D.
- Barthelmy S.D.
- Barton M.A.
- Bartos I.
- Basak S.
- Basalaev A.
- Bassiri R.
- Basti A.
- Bawaj M.
- Bayley J.C.
- Baylor A.C.
- Bazzan M.
- Bedakihale V.M.
- Beirnaert F.
- Bejger M.
- Bell A.S.
- Benedetto V.
- Beniwal D.
- Benoit W.
- Bentley J.D.
- Bera S.
- Berbel M.
- Bergamin F.
- Berger B.K.
- Bernuzzi S.
- Beroiz M.
- Berry C.P.L.
- Bersanetti D.
- Bertolini A.
- Betzwieser J.
- Beveridge D.
- Bevins N.
- Bhandare R.
- Bhandari A.V.
- Bhardwaj U.
- Bhatt R.
- Bhattacharjee D.
- Bhaumik S.
- Bianchi A.
- Bilenko I.A.
- Bilicki M.
- Billingsley G.
- Bini S.
- Birnholtz O.
- Biscans S.
- Bischi M.
- Biscoveanu S.
- Bisht A.
- Biswas B.
- Bitossi M.
- Bizouard M.-A.
- Blackburn J.K.
- Blair C.D.
- Blair D.G.
- Blair R.M.
- Bobba F.
- Bode N.
- Bogaert G.
- Boileau G.
- Boldrini M.
- Bolingbroke G.N.
- Bonavena L.D.
- Bondarescu R.
- Bondu F.
- Bonilla E.
- Bonilla G.S.
- Bonnand R.
- Booker P.
- Bork R.
- Boschi V.
- Bose N.
- Bose S.
- Bossilkov V.
- Boudart V.
- Bouffanais Y.
- Bozzi A.
- Boër M.
- Bradaschia C.
- Brady P.R.
- Braglia M.
- Branch A.
- Branchesi M.
- Brau J.E.
- Breschi M.
- Briant T.
- Brillet A.
- Brinkmann M.
- Brockill P.
- Brooks A.F.
- Brooks J.
- Brown D.D.
- Brunett S.
- Bruno G.
- Bruntz R.
- Bryant J.
- Bucci F.
- Buchanan J.
- Bulashenko O.
- Bulik T.
- Bulten H.J.
- Buonanno A.
- Burtnyk K.
- Buscicchio R.
- Buskulic D.
- Buy C.
- Byer R.L.
- Bécsy B.
- Cabourn Davies G.S.
- Cabras G.
- Cabrita R.
- Cadonati L.
- Caesar S.
- Cagnoli G.
- Cahillane C.
- Calderón Bustillo J.
- Callaghan J.D.
- Callister T.A.
- Calloni E.
- Camp J.B.
- Canepa M.
- Cannavacciuolo M.
- Cannon K.C.
- Cao H.
- Cao Z.
- Capistran L.A.
- Capocasa E.
- Capote E.
- Carapella G.
- Carbognani F.
- Carlassara M.
- Carlin J.B.
- Carpinelli M.
- Carter J.J.
- Carullo G.
- Casanueva Diaz J.
- Casentini C.
- Castaldi G.
- Castro-Lucas S.Y.
- Caudill S.
- Cavaglià M.
- Cavalieri R.
- Cella G.
- Cerdá-Durán P.
- Cesarini E.
- Chaibi W.
- Chakalis W.
- Chalathadka Subrahmanya S.
- Champion E.
- Chan C.
- Chan C.L.
- Chandra K.
- Chang I.P.
- Chang W.
- Chanial P.
- Chao S.
- Chapman-Bird C.
- Charlton E.L.
- Charlton P.
- Chassande-Mottin E.
- Chastain L.
- Chatterjee C.
- Chatterjee D.
- Chatterjee D.
- Chaturvedi M.
- Chaty S.
- Chatziioannou K.
- Chaudhary S.S.
- Chen D.
- Chen H.
- Chen H.Y.
- Chen J.
- Chen K.H.
- Chen X.
- Chen Y.
- Chen Y.-R.
- Cheng H.
- Chessa P.
- Cheung H.Y.
- Chia H.Y.
- Chiadini F.
- Chiang C.
- Chiang C.-I.
- Chiarini G.
- Chiba A.
- Chiba R.
- Chierici R.
- Chincarini A.
- Chiofalo M.L.
- Chiummo A.
- Choudhary S.
- Christensen N.
- Chua S.S.Y.
- Chung K.W.
- Ciani G.
- Ciecielag P.
- Cieślar M.
- Cifaldi M.
- Ciobanu A.A.
- Ciolfi R.
- Clara F.
- Clark J.A.
- Clarke T.A.
- Clearwater P.
- Clesse S.
- Cleva F.
- Coccia E.
- Codazzo E.
- Cohadon P.-F.
- Colleoni M.
- Collette C.G.
- Colombo A.
- Colpi M.
- Compton C.M.
- Conti L.
- Cooper S.J.
- Corban P.
- Corbitt T.R.
- Cordero-Carrión I.
- Corezzi S.
- Cornish N.J.
- Corsi A.
- Cortese S.
- Coschizza A.C.
- Cottingham R.
- Coughlin M.W.
- Coulon J.-P.
- Countryman S.T.
- Coupechoux J.-F.
- Cousins B.
- Couvares P.
- Coward D.M.
- Cowart M.J.
- Cowburn B.D.
- Coyne D.C.
- Coyne R.
- Craig K.
- Creighton J.D.E.
- Creighton T.D.
- Criswell A.W.
- Crockett-Gray J.C.G.
- Croquette M.
- Crowder S.G.
- Cudell J.R.
- Cullen T.J.
- Cumming A.
- Cummings R.
- Cuoco E.
- Curyło M.
- Dabadie P.
- Dal Canton T.
- Dall’Osso S.
- Danilishin S.
- Danzmann K.
- Darroch K.E.
- Darsow-Fromm C.
- Dasgupta A.
- Datrier L.E.H.
- Datta S.
- Dattilo V.
- Dave I.
- Davenport A.
- Davier M.
- Davis D.
- Davis M.C.
- Daw E.J.
- Dax M.
- De Laurentis M.
- De Lillo F.
- De Lillo N.
- De Matteis F.
- De Pietri R.
- De Rosa R.
- De Rossi C.
- De Simone R.
- DeBra D.
- Deenadayalan M.
- Degallaix J.
- Del Favero V.
- Del Pozzo W.
- Dell’Aquila D.
- Deléglise S.
- Demos N.
- Dent T.
- Depasse A.
- DeSalvo R.
- Dhurandhar S.
- Di Fiore L.
- Di Fronzo C.
- Di Giorgio C.
- Di Giovanni F.
- Di Giovanni M.
- Di Girolamo T.
- Di Lieto A.
- Di Michele A.
- Di Pace S.
- Di Palma I.
- Di Renzo F.
- Diab R.
- Diamond P.Z.
- Didio N.A.
- Dietrich T.
- Diksha D.
- Divyajyoti
- Dmitriev A.
- Doctor Z.
- Dohmen E.
- Doleva P.P.
- Donahue L.
- Donovan F.
- Dooley K.L.
- Dooney T.
- Doravari S.
- Dorosh O.
- Drago M.
- Driggers J.C.
- Drori Y.
- Ducoin J.-G.
- Dunn L.
- Dupletsa U.
- Durante O.
- Duverne P.-A.
- Dwyer S.E.
- Dálya G.
- Díaz M.C.
- D’Angelo B.
- D’Antonio S.
- D’Emilio V.
- D’Onofrio L.
- D’Urso D.
- e Melo I.T.
- Eassa C.
- Easter P.J.
- Ebersold M.
- Eckhardt T.
- Eddolls G.
- Edelman B.
- Edo T.B.
- Edy O.
- Effler A.
- Eichholz J.
- Eisenmann M.
- Eisenstein R.A.
- Ejlli A.
- Engelby E.
- Engl A.J.
- Errico L.
- Essick R.C.
- Estellés H.
- Estevez D.
- Etzel T.
- Evans C.
- Evans M.
- Evans T.M.
- Evstafyeva T.
- Ewing B.E.
- Fabrizi F.
- Faedi F.
- Fafone V.
- Fair H.
- Fairhurst S.
- Fan P.C.
- Fan X.
- Farah A.M.
- Farr B.
- Farr W.M.
- Fauchon-Jones E.J.
- Favaro G.
- Favata M.
- Fays M.
- Feicht J.
- Fejer M.M.
- Fenyvesi E.
- Ferguson D.L.
- Fernandez-Galiana A.
- Ferrante I.
- Ferreira T.A.
- Fidecaro F.
- Figura P.
- Fiori A.
- Fiori I.
- Fishbach M.
- Fisher R.P.
- Fittipaldi R.
- Fiumara V.
- Flaminio R.
- Fleischer S.M.
- Fleming L.S.
- Floden E.
- Fong H.K.
- Font J.A.
- Fornal B.
- Forsyth P.W.F.
- Franke A.
- Frasca S.
- Frasconi F.
- Freed J.P.
- Frei Z.
- Freise A.
- Freitas O.
- Frey R.
- Fritschel P.
- Frolov V.V.
- Fronzé G.G.
- Fujimoto Y.
- Fukunaga I.
- Fulda P.
- Fyffe M.
- Gabbard H.A.
- Gabella W.E.
- Gadre B.U.
- Gaglani K.
- Gair J.R.
- Gais J.
- Galaudage S.
- Gallardo S.
- Gamba R.
- Ganapathy D.
- Ganguly A.
- Gao D.
- Gaonkar S.G.
- Garaventa B.
- Garcia-Bellido J.
- García-Núñez C.
- García-Quirós C.
- Gardner K.A.
- Gargiulo J.
- Garufi F.
- Gasbarra C.
- Gateley B.
- Gayathri V.
- Gemme G.
- Gennai A.
- George J.
- Gerberding O.
- Gergely L.
- Ghonge S.
- Ghosh A.
- Ghosh A.
- Ghosh S.
- Ghosh S.
- Ghosh T.
- Giacoppo L.
- Giaime J.A.
- Giardina K.D.
- Gibson D.R.
- Gier C.
- Giri P.
- Gissi F.
- Gkaitatzis S.
- Glanzer J.
- Gleckl A.E.
- Glotin F.
- Godfrey J.
- Godwin P.
- Goetz E.
- Goetz R.
- Golomb J.
- Goncharov B.
- González G.
- Gosselin M.
- Gouaty R.
- Gould D.W.
- Goyal S.
- Grace B.
- Grado A.
- Graham V.
- Granata M.
- Granata V.
- Gras S.
- Grassia P.
- Gray C.
- Gray R.
- Greco G.
- Green A.C.
- Green R.
- Green S.
- Green S.R.
- Gretarsson A.M.
- Gretarsson E.M.
- Griffith D.
- Griffiths W.L.
- Griggs H.L.
- Grignani G.
- Grimaldi A.
- Grote H.
- Gruson A.S.
- Guerra D.
- Guetta D.
- Guidi G.M.
- Guimaraes A.R.
- Gulati H.K.
- Gulminelli F.
- Gunny A.M.
- Guo H.
- Guo Y.
- Gupta A.
- Gupta A.
- Gupta I.
- Gupta N.C.
- Gupta P.
- Gupta S.K.
- Gurs J.
- Gushima Y.
- Gustafson E.K.
- Gutierrez N.
- Guzman F.
- Haegel L.
- Hain G.
- Haino S.
- Halim O.
- Hall E.D.
- Hamilton E.Z.
- Hammond G.
- Han W.-B.
- Haney M.
- Hanks J.
- Hanna C.
- Hannam M.D.
- Hannuksela O.A.
- Hansen H.
- Hanson J.
- Harada R.
- Harder T.
- Haris K.
- Harmark T.
- Harms J.
- Harry G.M.
- Harry I.W.
- Hartwig D.
- Haskell B.
- Haster C.-J.
- Hathaway J.S.
- Haughian K.
- Hayakawa H.
- Hayama K.
- Hayes F.J.
- Healy J.
- Heffernan A.
- Heidmann A.
- Heintze M.C.
- Heinze J.
- Heinzel J.
- Heitmann H.
- Hellman F.
- Hello P.
- Helmling-Cornell A.F.
- Hemming G.
- Hendry M.
- Heng I.S.
- Hennes E.
- Hennig J.-S.
- Hennig M.
- Henshaw C.
- Hernandez Vivanco F.
- Heurs M.
- Hewitt A.L.
- Higginbotham S.
- Hild S.
- Hill P.
- Himemoto Y.
- Hines A.S.
- Hirata N.
- Hirose C.
- Ho J.
- Hochheim S.
- Hofman D.
- Hohmann J.N.
- Holcomb D.G.
- Holland N.A.
- Holley-Bockelmann K.
- Hollows I.J.
- Holmes Z.J.
- Holt K.
- Holz D.E.
- Hong Q.
- Hornung J.
- Hoshino S.
- Hough J.
- Hourihane S.
- Howell D.
- Howell E.J.
- Hoy C.G.
- Hoyland D.
- Hsieh B.-H.
- Hsieh H.-F.
- Hsiung C.
- Hsu H.
- Hu P.
- Hu Q.
- Huang H.-Y.
- Huang Y.
- Huang Y.-J.
- Huang Y.T.
- Huddart A.D.
- Hughey B.
- Hui D.C.Y.
- Hui V.
- Husa S.
- Huttner S.H.
- Huxford R.
- Huynh-Dinh T.
- Hyland J.
- Hübner M.T.
- Iakovlev A.
- Iandolo G.A.
- Idzkowski B.
- Iess A.
- Inayoshi K.
- Inoue Y.
- Iorio G.
- Iosif P.
- Irwin J.
- Isi M.
- Ismail M.A.
- Itoh Y.
- Iyer B.R.
- JaberianHamedan V.
- Jacqmin T.
- Jacquet P.-E.
- Jadhav S.J.
- Jadhav S.P.
- Jain D.
- Jain T.
- James A.L.
- Jan A.Z.
- Jani K.
- Janiurek L.
- Janquart J.
- Janssens K.
- Janthalur N.N.
- Jaraba S.
- Jaranowski P.
- Jarov S.
- Jasal P.
- Jaume R.
- Javed W.
- Jenkins A.C.
- Jenner K.
- Jennings A.
- Jia W.
- Jiang J.
- Jin H.-B.
- Johansmeyer K.
- Johns G.R.
- Johnson N.A.
- Johnston R.
- Johny N.
- Jones A.W.
- Jones D.H.
- Jones D.I.
- Jones P.
- Jones R.
- Joshi P.
- Ju L.
- Jung K.
- Junker J.
- Juste V.
- Kajita T.
- Kalaghatgi C.
- Kalogera V.
- Kamai B.
- Kamiizumi M.
- Kanda N.
- Kandhasamy S.
- Kang G.
- Kanner J.B.
- Kapadia S.J.
- Kapasi D.P.
- Karat S.
- Karathanasis C.
- Karki S.
- Kas-danouche Y.A.
- Kasamatsu D.
- Kashyap R.
- Kasprzack M.
- Kastaun W.
- Kato J.
- Katsanevas S.
- Katsavounidis E.
- Katsuren J.K.
- Katzman W.
- Kaur T.
- Kawabe K.
- Kawazoe K.
- Keitel D.
- Kellard I.
- Kelley-Derzon J.
- Kennington J.
- Key J.S.
- Khadka S.
- Khalili F.Y.
- Khan S.
- Khanam T.
- Khazanov E.A.
- Khursheed M.
- Kijbunchoo N.
- Kim C.
- Kim J.C.
- Kim K.
- Kim M.H.
- Kim P.
- Kim S.
- Kim W.S.
- Kim Y.-M.
- Kimball C.
- Kimura N.
- Kinley-Hanlon M.
- Kirchhoff R.
- Kissel J.S.
- Kiyota T.
- Klimenko S.
- Klinger T.
- Knee A.M.
- Knust N.
- Kobayashi Y.
- Koch P.
- Koehlenbeck S.M.
- Koekoek G.
- Kohri K.
- Kokeyama K.
- Koley S.
- Koliadko N.D.
- Kolitsidou P.
- Kolstein M.
- Kondrashov V.
- Kong A.K.H.
- Kontos A.
- Korobko M.
- Kossak R.V.
- Kouvatsos N.
- Kovalam M.
- Koyama N.
- Kozak D.B.
- Kranzhoff L.
- Kranzhoff S.L.
- Kringel V.
- Krishnendu N.V.
- Królak A.
- Kuehn G.
- Kuijer P.
- Kukihara M.
- Kulkarni S.
- Kumar A.
- Kumar P.
- Kumar P.
- Kumar R.
- Kumar R.
- Kume J.
- Kuns K.
- Kuroyanagi S.
- Kuwahara S.
- Kwak K.
- Kéfélian F.
- La Rana A.
- La Rosa I.
- Lacaille G.
- Lagabbe P.
- Laghi D.
- Lakkis M.H.
- Lalande E.
- Lalleman M.
- Lamberts A.
- Landry M.
- Lane B.B.
- Lang R.N.
- Lange J.
- Lantz B.
- Lartaux-Vollard A.
- Lasky P.D.
- Lawrence J.
- Laxen M.
- Lazzarini A.
- Lazzaro C.
- Leaci P.
- Leavey S.
- LeBohec S.
- Lecoeuche Y.K.
- Lee E.
- Lee H.M.
- Lee H.W.
- Lee K.
- Lee R.
- Lee R.-L.
- Lee S.
- Legred I.N.
- Lehmann J.
- Lehner L.
- Lemaître A.
- Lenti M.
- Leonardi M.
- Leonova E.
- Leroy N.
- Letendre N.
- Lethuillier M.
- Levesque C.
- Levin Y.
- Leyde K.
- Li A.K.Y.
- Li K.L.
- Li T.G.F.
- Li X.
- Lin C.-Y.
- Lin E.T.
- Lin F.
- Lin F.-K.
- Lin F.-L.
- Lin H.
- Lin H.L.
- Lin L.C.-C.
- Linde F.
- Linker S.D.
- Littenberg T.B.
- Liu A.
- Liu G.C.
- Liu J.
- Llamas F.
- Lo R.K.L.
- Lo T.
- London L.T.
- Longo A.
- Lopez Portilla M.
- Lopez D.
- Lorenzini M.
- Loriette V.
- Lormand M.
- Losurdo G.
- Lott T.P.
- Lough J.D.
- Loughlin H.A.
- Lousto C.O.
- Lovelace G.
- Lowry M.J.
- Lumaca D.
- Lundgren A.P.
- Lung Y.
- Lussier A.W.
- Lynam J.E.
- Lück H.
- Ma L.
- Ma S.
- Macas R.
- MacInnis M.
- Macleod D.M.
- MacMillan I.A.O.
- Macquet A.
- Magazzù C.
- Magaña Hernandez I.
- Magee R.M.
- Maggiore R.
- Magnozzi M.
- Mahesh M.
- Mahesh S.
- Maini M.
- Majorana E.
- Makarem C.N.
- Maliakal S.
- Malik A.
- Man N.
- Mandic V.
- Mangano V.
- Mannix B.
- Mansell G.L.
- Mansingh G.
- Manske M.
- Mantovani M.
- Mapelli M.
- Marchesoni F.
- Marion F.
- Markakis C.
- Markosyan A.S.
- Markowitz A.
- Maros E.
- Marquina A.
- Marsat S.
- Martelli F.
- Martin I.W.
- Martin R.M.
- Martinez B.B.
- Martinez M.
- Martinez V.
- Martinez V.A.
- Martinovic K.
- Martynov D.V.
- Marx E.J.
- Masalehdan H.
- Mason K.
- Masserot A.
- Mastrodicasa M.
- Mastrogiovanni S.
- Mateu-Lucena M.
- Matiushechkina M.
- Matsunaga K.
- Mavalvala N.
- Ma’arif M.
- McCarthy R.
- McClelland D.E.
- McClincy P.K.
- McCormick S.
- McCuller L.
- McGhee G.I.
- McGinn J.
- McIsaac C.
- McIver J.
- McLeod A.
- McRae T.
- McWilliams S.T.
- Meacher D.
- Mehmet M.
- Mehta A.K.
- Meijer Q.
- Melatos A.
- Mendell G.
- Menendez-Vazquez A.
- Menoni C.S.
- Mercer R.A.
- Mereni L.
- Merfeld K.
- Merilh E.L.
- Merritt J.D.
- Merzougui M.
- Messenger C.
- Messick C.
- Meyers P.M.
- Meylahn F.
- Mhaske A.
- Miani A.
- Miao H.
- Michaloliakos I.
- Michel C.
- Michimura Y.
- Middleton H.
- Mihaylov D.P.
- Miller A.
- Miller A.L.
- Miller B.
- Miller S.
- Millhouse M.
- Mills J.C.
- Milotti E.
- Minenkov Y.
- Mio N.
- Mir L.M.
- Miravet-Tenés M.
- Mishra A.
- Mishra C.
- Mishra T.
- Mistry T.
- Mitchell A.L.
- Mitra S.
- Mitrofanov V.P.
- Mitselmakher G.
- Mittleman R.
- Miyakawa O.
- Miyoki S.
- Mo G.
- Modafferi L.M.
- Moguel E.
- Mohapatra S.R.P.
- Mohite S.R.
- Molina-Ruiz M.
- Mondal C.
- Mondin M.
- Montani M.
- Moore C.J.
- Moragues J.
- Moraru D.
- Morawski F.
- More A.
- More S.
- Moreno C.
- Moreno G.
- Morisaki S.
- Moriwaki Y.
- Morras G.
- Moscatello A.
- Mours B.
- Mow-Lowry C.M.
- Mozzon S.
- Muciaccia F.
- Mukherjee D.
- Mukherjee S.
- Mukherjee S.
- Mukherjee S.
- Mukund N.
- Mullavey A.
- Munch J.
- Murray P.G.
- Murray-Dean J.
- Muusse S.
- Muñiz E.A.
- Márka S.
- Márka Z.
- Nadji S.L.
- Nagar A.
- Nagar T.
- Nagarajan N.
- Nakamura K.
- Nakano H.
- Nakano M.
- Nakayama Y.
- Napolano V.
- Nardecchia I.
- Narikawa T.
- Narola H.
- Naticchioni L.
- Nayak R.K.
- Neil B.F.
- Neilson J.
- Nelson A.
- Nelson T.J.N.
- Nery M.
- Nesseris S.
- Neunzert A.
- Ng K.Y.
- Ng S.W.S.
- Nguyen Quynh L.
- Nguyen C.
- Nguyen P.
- Nguyen R.
- Nguyen T.
- Nichols S.A.
- Nieradka G.
- Nishino Y.
- Nishizawa A.
- Nissanke S.
- Nitoglia E.
- Niu W.
- Nocera F.
- Norman M.
- North C.
- Novak J.
- Nurbek G.
- Nuttall L.K.
- Nuño Siles J.F.
- Oberling J.
- Oelker E.
- Oertel M.
- Oganesyan G.
- Oh J.J.
- Oh K.
- Oh S.H.
- Ohashi M.
- Ohashi T.
- Ohkawa M.
- Ohme F.
- Ohta H.
- Oliveira A.S.
- Oliveri R.
- Oohara K.
- Ormiston R.G.
- Ormsby N.D.
- Orselli M.
- Oshima Y.
- Oshino S.
- Ossokine S.
- Osthelder C.
- Ottaway D.J.
- Overmier H.
- O’Dell J.
- O’Hanlon T.
- O’Reilly B.
- O’Shaughnessy R.
- O’Shea E.
- Pace A.E.
- Pagano R.
- Page M.A.
- Pai A.
- Pai S.A.
- Pal S.
- Palashov O.
- Palomba C.
- Pan K.C.
- Panda P.K.
- Pang P.T.H.
- Pannarale F.
- Pant B.C.
- Panther F.H.
- Paoletti F.
- Paoli A.
- Paolone A.
- Papalexakis E.E.
- Pappas G.
- Parisi A.
- Park J.
- Parker W.
- Pascucci D.
- Pasqualetti A.
- Passaquieti R.
- Passuello D.
- Patel M.
- Pathak M.
- Patra A.
- Patricelli B.
- Patron A.S.
- Paul S.
- Payne E.
- Pearce T.
- Pedraza M.
- Pedurand R.
- Pegna R.
- Pegoraro M.
- Pele A.
- Penn S.
- Perego A.
- Pereira A.
- Perez C.J.
- Perkins C.C.
- Perreca A.
- Perriès S.
- Perry J.W.
- Pesios D.
- Petermann J.
- Petrillo C.
- Pfeiffer H.P.
- Pham H.
- Pham K.A.
- Phukon K.S.
- Phurailatpam H.
- Piccinni O.J.
- Pichot M.
- Piendibene M.
- Piergiovanni F.
- Pierini L.
- Pierra G.
- Pierro V.
- Pillant G.
- Pillas M.
- Pilo F.
- Pina D.M.
- Pinard L.
- Pineda-Bosque C.
- Pinto I.M.
- Piotrzkowski B.J.
- Piotrzkowski K.
- Pirello M.
- Pitkin M.D.
- Placidi A.
- Placidi E.
- Planas M.L.
- Plastino W.
- Poggiani R.
- Polini E.
- Pompili L.
- Pong D.Y.T.
- Ponrathnam S.
- Porcelli E.
- Portell J.
- Porter E.K.
- Posnansky C.
- Poulton R.
- Powell J.
- Powell J.
- Pracchia M.
- Pradier T.
- Prajapati A.K.
- Prasai K.
- Prasanna R.
- Pratten G.
- Principe M.
- Prodi G.A.
- Prokhorov L.
- Prosposito P.
- Prudenzi L.
- Puecher A.
- Pullin J.
- Punturo M.
- Puosi F.
- Puppo P.
- Putten M.H.P.M.V.
- Pálfi M.
- Périgois C.
- Pürrer M.
- Qi H.
- Quetschke V.
- Quinonez P.J.
- Quitzow-James R.
- Raab F.J.
- Raaijmakers G.
- Radulesco N.
- Raffai P.
- Rail S.X.
- Raja S.
- Rajan C.
- Ramirez K.E.
- Ramirez T.D.
- Ramos-Buades A.
- Rana D.
- Rana J.
- Randel E.
- Rangnekar P.R.
- Rapagnani P.
- Ray A.
- Raymond V.
- Raza N.
- Razzano M.
- Read J.
- Regimbau T.
- Rei L.
- Reid M.M.
- Reid S.
- Reid S.W.
- Reitze D.H.
- Relton P.
- Renzini A.
- Rettegno P.
- Revenu B.
- Reza A.
- Rezac M.
- Rezaei A.S.
- Ricci F.
- Richards D.
- Richardson J.W.
- Rijal A.
- Riles K.
- Riley H.K.
- Rinaldi S.
- Robertson C.
- Robertson N.A.
- Robinet F.
- Rocchi A.
- Rodriguez S.
- Rolland L.
- Rollins J.G.
- Romanelli M.
- Romano R.
- Romel C.L.
- Romero A.
- Romero-Shaw I.M.
- Romie J.H.
- Ronchini S.
- Roocke T.J.
- Rosa L.
- Rosauer T.J.
- Rose C.A.
- Rosińska D.
- Ross M.P.
- Rossello M.
- Roussel A.
- Rowan S.
- Rowlinson S.J.
- Roy S.
- Royzman A.
- Rozza D.
- Ruggi P.
- Ruiz Morales E.
- Ruiz-Rocha K.
- Ryan K.
- Sachdev S.
- Sadecki T.
- Sadiq J.
- Saffarieh P.
- Saha S.
- Saha S.S.
- Saito Y.
- Sakai K.
- Sakellariadou M.
- Sako T.
- Sakon S.
- Salafia O.S.
- Salces-Carcoba F.
- Salconi L.
- Saleem M.
- Salemi F.
- Sallé M.
- Samajdar A.
- San Martín E.N.T.
- Sanchez E.J.
- Sanchez J.H.
- Sanchez L.E.
- Sanchis-Gual N.
- Sanders J.R.
- Santoro G.C.
- Sanuy A.
- Saravanan T.R.
- Sarin N.
- Sasli A.
- Sassi P.
- Sassolas B.
- Satari H.
- Sauter O.
- Savage R.L.
- Savant V.
- Sawada T.
- Sawant H.L.
- Sayah S.
- Schaetzl D.
- Scheel M.
- Scherf S.J.
- Scheuer J.
- Schiworski M.G.
- Schmidt P.
- Schmidt S.
- Schmitz S.J.
- Schnabel R.
- Schneewind M.
- Schofield R.M.S.
- Schuler H.
- Schulte B.W.
- Schutz B.F.
- Schwartz E.
- Schönbeck A.
- Scott J.
- Scott S.M.
- Seetharamu T.C.
- Seglar-Arroyo M.
- Sekiguchi Y.
- Sellers D.
- Sengupta A.S.
- Sentenac D.
- Seo E.G.
- Sequino V.
- Sergeev A.
- Servignat G.
- Setyawati Y.
- Shaffer T.
- Shahriar M.S.
- Shaikh M.A.
- Shams B.
- Shao L.
- Sharma P.
- Shawhan P.
- Shcheblanov N.S.
- Sheela A.
- Shen B.
- Shepard K.G.
- Sheridan E.
- Shikano Y.
- Shikauchi M.
- Shimizu H.
- Shimode K.
- Shinkai H.
- Shoemaker D.H.
- Shoemaker D.M.
- ShyamSundar S.
- Sider A.
- Siegel H.
- Sieniawska M.
- Sigg D.
- Silenzi L.
- Singer L.P.
- Singh D.
- Singh M.K.
- Singh N.
- Singha A.
- Sintes A.M.
- Sipala V.
- Skliris V.
- Slagmolen B.J.J.
- Slaven-Blair T.J.
- Smetana J.
- Smith J.R.
- Smith L.
- Smith R.J.E.
- Soldateschi J.
- Somala S.N.
- Somiya K.
- Soni K.
- Soni S.
- Sordini V.
- Sorrentino F.
- Sorrentino N.
- Sotani H.
- Soulard R.
- Souradeep T.
- Sowell E.
- Spagnuolo V.
- Spencer A.P.
- Spera M.
- Spinicelli P.
- Srivastava A.K.
- Srivastava V.
- Stachie C.
- Stachurski F.
- Steer D.A.
- Steinlechner J.
- Steinlechner S.
- Stergioulas N.
- StPierre M.
- Strang L.C.
- Stratta G.
- Strong M.D.
- Strunk A.
- Sturani R.
- Stuver A.L.
- Suchenek M.
- Sudhagar S.
- Sueltmann N.
- Sugiyama T.
- Suh H.G.
- Sullivan A.G.
- Summerscales T.Z.
- Sun L.
- Sunil S.
- Sur A.
- Suresh J.
- Sutton P.J.
- Suzuki T.
- Suzuki T.
- Swinkels B.L.
- Syx A.
- Szczepańczyk M.J.
- Szewczyk P.
- Tacca M.
- Tagoshi H.
- Tait S.C.
- Takahashi H.
- Takahashi R.
- Takamori A.
- Takano S.
- Takeda H.
- Takeda M.
- Talbot C.
- Talbot C.J.
- Tamaki M.
- Tamanini N.
- Tanabe D.
- Tanaka K.
- Tanaka T.
- Tanasijczuk A.J.
- Tanioka S.
- Tanner D.B.
- Tao D.
- Tao L.
- Tapia R.D.
- Tarafder R.
- Taranto C.
- Taruya A.
- Tasson J.D.
- Teloi M.
- Tenorio R.
- Terhune J.E.S.
- Terkowski L.
- Themann H.
- Thirugnanasambandam M.P.
- Thomas L.M.
- Thomas M.
- Thomas P.
- Thomas S.
- Thompson J.E.
- Thondapu S.R.
- Thorne K.A.
- Thrane E.
- Tiwari S.
- Tiwari S.
- Tiwari V.
- Toivonen A.M.
- Tolley A.E.
- Tomaru T.
- Tomita K.
- Tomura T.
- Tonelli M.
- Torres-Forné A.
- Torrie C.I.
- Tournefier E.
- Trapananti A.
- Travasso F.
- Traylor G.
- Trenado J.
- Trevor M.
- Tringali M.C.
- Tripathee A.
- Troiano L.
- Trovato A.
- Trozzo L.
- Trudeau R.J.
- Tsang K.W.
- Tsang T.
- Tse M.
- Tso R.
- Tsuchida S.
- Tsukada L.
- Tsutsui T.
- Turbang K.
- Turconi M.
- Turski C.
- Tuyenbayev D.
- Ubach H.
- Ubhi A.S.
- Uchikata N.
- Uchiyama T.
- Udall R.P.
- Uehara T.
- Ueno K.
- Unnikrishnan C.S.
- Ushiba T.
- Utina A.
- Vahlbruch H.
- Vaidya N.
- Vajente G.
- Vajpeyi A.
- Valdes G.
- Valentini M.
- Vallero S.
- Valsan V.
- van Bakel N.
- van Beuzekom M.
- van Dael M.
- Van de Walle A.
- van den Brand J.F.J.
- Van Den Broeck C.
- van der Sluys M.
- van Dongen J.
- van Haevermaet H.
- van Heijningen J.V.
- van Ranst Z.
- van Remortel N.
- Vander-Hyde D.C.
- Vanosky J.
- Vardaro M.
- Vargas A.F.
- Varma V.
- Vasúth M.
- Vecchio A.
- Vedovato G.
- Veitch J.
- Veitch P.J.
- Venneberg J.
- Venugopalan G.
- Verdier P.
- Verkindt D.
- Verma P.
- Verma Y.
- Vermeulen S.M.
- Veske D.
- Vetrano F.
- Viceré A.
- Vidyant S.
- Viets A.D.
- Vijaykumar A.
- Villa-Ortega V.
- Vina M.
- Vincent E.T.
- Vinet J.-Y.
- Viret S.
- Virtuoso A.
- Vitale S.
- Vocca H.
- Voigt D.
- von Reis E.R.G.
- von Wrangel J.S.A.
- Vorvick C.
- Vyatchanin S.P.
- Wade L.E.
- Wade M.
- Wagner K.J.
- Walet R.C.
- Walker M.
- Wallace G.S.
- Wallace L.
- Wang H.
- Wang J.Z.
- Wang W.H.
- Ward R.L.
- Warner J.
- Was M.
- Washimi T.
- Washington N.Y.
- Watada K.
- Watarai D.
- Watchi J.
- Wayt K.E.
- Weaver B.
- Weaving C.R.
- Webster S.A.
- Weinert M.
- Weinstein A.J.
- Weiss R.
- Weller C.M.
- Weller R.A.
- Wellmann F.
- Wen L.
- Wette K.
- Weßels P.
- Whelan J.T.
- White D.D.
- Whiting B.F.
- Whittle C.
- Wilk O.S.
- Wilken D.
- Willetts K.
- Williams D.
- Williams M.J.
- Williamson A.R.
- Willis J.L.
- Willke B.
- Wipf C.C.
- Woan G.
- Woehler J.
- Wofford J.K.
- Wong D.
- Wong H.T.
- Wong I.C.F.
- Wright M.
- Wu C.
- Wu D.S.
- Wu H.
- Wysocki D.M.
- Xiao L.
- Xu V.A.
- Yaala M.B.
- Yadav N.
- Yamada T.
- Yamamoto H.
- Yamamoto K.
- Yamamoto M.
- Yamamoto T.
- Yamamoto T.S.
- Yamashita K.
- Yamazaki R.
- Yang F.W.
- Yang K.Z.
- Yang Y.-C.
- Yap M.J.
- Yeeles D.W.
- Yelikar A.B.
- Yeung T.Y.
- Yokoyama J.
- Yokozawa T.
- Yoo J.
- Yu H.
- Yu H.
- Yuzurihara H.
- Zadrożny A.
- Zannelli A.J.
- Zanolin M.
- Zeeshan M.
- Zeidler S.
- Zelenova T.
- Zendri J.-P.
- Zevin M.
- Zhang J.
- Zhang L.
- Zhang R.
- Zhang T.
- Zhang Y.
- Zhao C.
- Zhao Y.
- Zhao Y.
- Zheng Y.
- Zhong H.
- Zhou R.
- Zhu X.J.
- Zhu Z.-H.
- Zimmerman A.B.
- Zucker M.E.
- Zweizig J.
- Publication venue
- American Astronomical Society
- Publication date
- 01/01/2023
- Field of study
The global network of gravitational-wave observatories now includes five detectors, namely LIGO Hanford, LIGO Livingston, Virgo, KAGRA, and GEO 600. These detectors collected data during their third observing run, O3, composed of three phases: O3a starting in 2019 April and lasting six months, O3b starting in 2019 November and lasting five months, and O3GK starting in 2020 April and lasting two weeks. In this paper we describe these data and various other science products that can be freely accessed through the Gravitational Wave Open Science Center at https://gwosc.org. The main data set, consisting of the gravitational-wave strain time series that contains the astrophysical signals, is released together with supporting data useful for their analysis and documentation, tutorials, as well as analysis software packages
Pathogenic Germline Variants in 10,389 Adult Cancers
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
- A. Bergeron
- A. Bossler
- A. Boussioutas
- A. Breggia
- A. Burnette
- A. Chen
- A. Clipca
- A. Davis
- A. De Rienzo
- A. De Rose
- A. Fehrenbach
- A. Gillis
- A. Gimenez-Roqueplo
- A. Gopalan
- A. Haddad
- A. Hahn
- A. Hartmann
- A. Jimeno
- A. Kastl
- A. Kendler
- A. Kibel
- A. Koire
- A. Korkut
- A. Longatto-Filho
- A. Luna
- A. Malykh
- A. Mariamidze
- A. Mes-Masson
- A. Noss
- A. Ochoa
- A. Perin
- A. Piché
- A. Pickens
- A. Rao
- A. Sankarankuty
- A. Secord
- A. Sepulveda
- A. Shabunin
- A. Sharp
- A. Sood
- A. Spillane
- A. Tam
- A. Tischler
- A. Tsao
- A. Unterberg
- A. Vicha
- A. von Deimling
- A.C. Berger
- A.C. de Carvalho
- A.D. Cherniack
- A.D. Cherniack
- A.D. Scott
- A.E. Sloan
- A.G. Robertson
- A.H. Bryce
- A.H. Perou
- A.J. Kovatich
- A.J. Lazar
- A.J. Lazar
- A.J. Mungall
- A.K. Godwin
- A.L. Carvalho
- A.L. Guillermo
- A.M. Hegde
- A.M.A. Gonzalez
- A.P. Hoyle
- A.R. Metwalli
- B. Bernard
- B. Campos
- B. Czerniak
- B. Deyarmin
- B. Drake
- B. Esmaeli
- B. Hermes
- B. Hernandez
- B. Kohl
- B. Kumar
- B. Pollo
- B. Rabeno
- B. Raphael
- B. Robinson
- B. Singh
- B. Tê
- B. Van Tine
- B. Wullich
- B.D. Phu
- B.E. Gross
- B.M. Broom
- B.P. O’
- B.S. Taylor
- B.Y. Karlan
- C. Adebamowo
- C. Andry
- C. Behrens
- C. Benz
- C. Bifulco
- C. Bradford
- C. Brewer
- C. Calatozzolo
- C. Carter
- C. Chen
- C. Cibulskis
- C. Fan
- C. Farver
- C. Feltmate
- C. Goparaju
- C. Guo
- C. Herold-Mende
- C. Hovens
- C. Jungk
- C. Kandoth
- C. Larson
- C. Logothetis
- C. Mcpherson
- C. Mirsaidi
- C. Moran
- C. Morrison
- C. Moser
- C. Sander
- C. Scapulatempo-Neto
- C. Schilero
- C. Shelton
- C. Shipman
- C. Stoehr
- C. Wang
- C. Yau
- C.A. Miller
- C.C. Fronick
- C.D. Jones
- C.D. Shriver
- C.D. Vocke
- C.G. Carlotti
- C.H. Hagedorn
- C.J. Creighton
- C.K. Wong
- C.M. Cebulla
- C.M. Hutter
- C.M. Perou
- C.N. Landen
- C.P. Raut
- C.S. Shelley
- C.W. Seder
- D. Alvaro
- D. Aziz
- D. Beer
- D. Bell
- D. Bigner
- D. Brooks
- D. Chakravarty
- D. Chesla
- D. Crain
- D. Cramer
- D. Hoon
- D. Huntsman
- D. Lee
- D. Liu
- D. Mallery
- D. Morton
- D. Murawa
- D. Muzny
- D. Nagorney
- D. O’
- D. Raymond
- D. Rice
- D. Schadendorf
- D. Tan
- D. Tcaciuc
- D. Tirapelli
- D. Voet
- D. Wheeler
- D.A. Levine
- D.A. Wheeler
- D.C. Zhou
- D.I. Heiman
- D.I. Ritter
- D.J. Brat
- D.J. Van Den Berg
- D.J. Weisenberger
- D.M. Rassl
- D.M. Shin
- D.N. Hayes
- D.O. Vidal
- D.T. Maglinte
- E. Baudin
- E. Campo
- E. Castle
- E. Chuah
- E. Curley
- E. Gaudio
- E. Giné
- E. Kebebew
- E. Korpershoek
- E. Lipp
- E. Reznik
- E. Shinbrot
- E. Swisher
- E. Thompson
- E. Zmuda
- E.C. Zwarthoff
- E.G. Van Meir
- E.L. Appelbaum
- E.M. Godwin
- E.M.M. Pinero
- E.R. Duffy
- E.R. Mardis
- F. Al-Mulla
- F. Beuschlein
- F. Brimo
- F. Carey
- F. Chen
- F. Cheng
- F. Dimeco
- F. Facciolo
- F. Giuliante
- F. Khuri
- F. Meric-Bernstam
- F. Meric-Bernstam
- F. Moiseenko
- F. Que
- F. Saad
- F. Sanchez-Vega
- F. Valdivieso
- F. Williams
- F. Zhao
- G. Barnett
- G. Bubley
- G. Carpino
- G. Finocchiaro
- G. Getz
- G. Gorincioi
- G. Grazi
- G. Long
- G. Manikhas
- G. Mann
- G. Mckercher
- G. Petersen
- G. Saksena
- G. Sauter
- G. Setdikova
- G. Sica
- G. Thomas
- G. Wolf
- G.B. Mills
- G.F. Gao
- H. Al-Ahmadie
- H. Colman
- H. Dinh
- H. Doddapaneni
- H. Fan
- H. Gabra
- H. Gavin
- H. Hai
- H. Hibshoosh
- H. Huland
- H. Jianhong
- H. Juhl
- H. Kakavand
- H. Liang
- H. Noushmehr
- H. Pass
- H. Sekhon
- H. Shen
- H. Stoop
- H. Taubert
- H. Thai
- H. Timmers
- H. Yang
- H. Zaren
- H. Zhang
- H. Zhang
- H. Zhang
- H.C.S. Silveira
- H.G. Rosenthal
- H.J. Sofia
- H.K. Schmidt
- I. Alexopoulou
- I. Caraman
- I. Chemencedji
- I. de Bruijn
- I. Felau
- I. Forgie
- I. Shmulevich
- I. Shmulevich
- I. Stancul
- I. Wistuba
- I. Yang
- J. Armenia
- J. Bartlett
- J. Bennett
- J. Bondaruk
- J. Bowen
- J. Catto
- J. Chabot
- J. Cheville
- J. Cho
- J. Creaney
- J. Dipersio
- J. Drummond
- J. Eckman
- J. Engel
- J. Eschbacher
- J. Fujimoto
- J. Fulop
- J. Galbraith
- J. Gao
- J. Gardner
- J. Gershenwald
- J. Harr
- J. Henderson
- J. Hess
- J. Hilty
- J. Houck
- J. Kim
- J. Kocher
- J. Lang
- J. Liu
- J. Luketich
- J. Marks
- J. Martin
- J. Melamed
- J. Miller
- J. Moyer
- J. Myers
- J. Parfitt
- J. Park
- J. Paulauskis
- J. Phillips
- J. Powers
- J. Reimand
- J. Roach
- J. Santibanez
- J. Shih
- J. Simko
- J. Slotta-Huspenina
- J. Smith
- J. Stretch
- J. Thompson
- J. Waldmann
- J. Walker
- J. Wang
- J. Wang
- J. Wang
- J. Wilmott
- J. Zhang
- J. Zhenlin
- J.(. Zhang
- J.A. Ajani
- J.A. Borgia
- J.A. Copland
- J.A. Demchok
- J.A. Hooke
- J.A. Martignetti
- J.B. Elder
- J.C. Zenklusen
- J.D. Yang
- J.E. Schein
- J.F. Dipersio
- J.F. Mcmichael
- J.H. Fregnani
- J.I. Lee
- J.J. Olson
- J.L. Fantacone-Campbell
- J.M. Chan
- J.M. Gastier-Foster
- J.M. Stuart
- J.N. Weinstein
- J.S. Barnholtz-Sloan
- J.S. Dos Santos
- J.S. Parker
- J.T. Auman
- J.V. Simons
- K. Agnew
- K. Ahn
- K. Becker
- K. Birsoy
- K. Chang
- K. Chen
- K. Chung
- K. Covington
- K. Delman
- K. Devine
- K. Evason
- K. Huang
- K. Janssen
- K. Junker
- K. Kasaian
- K. Kopp
- K. Lau
- K. Lee
- K. Leinonen
- K. Magliocca
- K. Moore
- K. Moxley
- K. Mungall
- K. Pacak
- K. Rai
- K. Roggin
- K. Senecal
- K. Shannon
- K. Shimmel
- K. Smith-McCune
- K. Smolenski
- K. Tse
- K. Tucker
- K.A. Hoadley
- K.C. Sexton
- K.E. Houlahan
- K.E. van Kessel
- K.J. Johnson
- K.J. Kang
- K.M. Fong
- K.M. Leraas
- L. Cope
- L. Cuppini
- L. Danilova
- L. Desjardins
- L. Ding
- L. Ding
- L. Haydu
- L. Jacobus
- L. Jun
- L. Konnor
- L. Kvecher
- L. Lacombe
- L. Landrum
- L. Lewis
- L. Lolla
- L. Looijenga
- L. Mattei
- L. Omberg
- L. Peterson
- L. Ramondetta
- L. Roberts
- L. Rozek
- L. Scarpace
- L. Schoenfield
- L. Wang
- L. Wang
- L. Wei
- L. Wise
- L. Xuan
- L. Yang
- L. Yiling
- L. Zhang
- L.A. Donehower
- L.A. Fulton
- L.A. Zach
- L.E. Mose
- L.S. Schmidt
- M. Albert
- M. Aymerich
- M. Bailey
- M. Balasundaram
- M. Behera
- M. Bellair
- M. Birrer
- M. Borad
- M. Carney
- M. Cernat
- M. Couce
- M. Deqin
- M. Dinkin
- M. Dubina
- M. Farnell
- M. Fassnacht
- M. Feldman
- M. Gerken
- M. Goodman
- M. Graefen
- M. Iacocca
- M. Ittmann
- M. Kasapi
- M. Kendrick
- M. Knudson
- M. Krassowski
- M. Ladanyi
- M. Latour
- M. Mannelli
- M. Marino
- M. Mayo
- M. Mcgraw
- M. Meyerson
- M. Milhem
- M. Miller
- M. Moncrieff
- M. Morgan
- M. Muto
- M. Nelson
- M. Paczkowska
- M. Peto
- M. Pirtac
- M. Pool
- M. Prados
- M. Prince
- M. Quinn
- M. Quintero-Aguilo
- M. Rivera
- M. Ryan
- M. Schiffman
- M. Sherman
- M. Sheth
- M. Stanton
- M. Stern
- M. Synott
- M. Tavobilov
- M. Torbenson
- M. Wang
- M. Wiznerowicz
- M. Yussanne
- M.A. Marra
- M.A. Rubin
- M.A. Wyczalkowski
- M.C. Bragazzi
- M.C. Wendl
- M.D. Mclellan
- M.D. Mclellan
- M.D. Wilkerson
- M.G. Cordes
- M.G. Nissan
- M.G. Soloway
- M.H. Abdel-Rahman
- M.H. Kucherlapati
- M.J. Liptay
- M.L. Anderson
- M.L. Ferguson
- M.S. Bootwalla
- M.S. Lawrence
- M.S. Noble
- N. Botnariuc
- N. Chambwe
- N. Corcoran
- N. Dhalla
- N. Gehlenborg
- N. Giama
- N. Girard
- N. Hayward
- N. Horowitz
- N. Kwok-Shing
- N. Oak
- N. Schultz
- N. Thiessen
- N. Van Bang
- N. Wentzensen
- N.A. Pennell
- N.C. Ramirez
- N.D. Aredes
- N.L. Lehman
- N.P. Hung
- N.V. Tien
- O. Bathe
- O. Clara
- O. Lichtarge
- O. Mariani
- O. Olabode
- O. Paklina
- O. Potapova
- O. Voronina
- P. Anur
- P. Disaia
- P. Drwiega
- P. Glenn
- P. Hansen
- P. Hersey
- P. Lin
- P. Lohavanichbutr
- P. Nair
- P. Nguyen
- P. Sipahimalani
- P. Spellman
- P. Swanson
- P. Tamboli
- P. Tennstedt
- P. Troncoso
- P. Wakely
- P. Westervelt
- P. Yena
- P.A. Mieczkowski
- P.A. Pinto
- P.C. Boutros
- P.D. Castro
- P.H. Lai
- P.R. Carroll
- P.R. Dottino
- P.T. Hanh
- P.W. Laird
- Q. Sun
- Q.T. Ostrom
- R. Akbani
- R. Berkowitz
- R. Beroukhim
- R. Bowlby
- R. Bowman
- R. Broaddus
- R. Bueno
- R. Carlsen
- R. de Krijger
- R. Dhanasekaran
- R. Dhir
- R. Duell
- R. Ghossein
- R. Glenn
- R. Govindan
- R. Govindan
- R. Holt
- R. Jayasinghe
- R. Kefford
- R. Kemp
- R. Korst
- R. Kramer
- R. Kundra
- R. Lechan
- R. Madan
- R. Mandt
- R. Mannel
- R. Mclendon
- R. Merola
- R. Naresh
- R. Penny
- R. Pilarski
- R. Postier
- R. Saw
- R. Scolyer
- R. Sheridan
- R. Sigmund
- R. Simon
- R. Singh
- R. Smallridge
- R. Steele
- R. Stoehr
- R. Tamakawa
- R. Tarnuzzer
- R. Thorp
- R. Warnick
- R. Worrell
- R. Zuna
- R.A. Gibbs
- R.A. Moore
- R.C. Rintoul
- R.H. Thompson
- R.J. Mashl
- R.J. Mural
- R.K. Kelley
- R.K. Wilson
- R.M. Reis
- R.S. Fulton
- R.S. Kanchi
- R.S. Kucherlapati
- S. Balu
- S. Baylin
- S. Bell
- S. Cao
- S. Chevalier
- S. Chudamani
- S. Cottingham
- S. Cuzzubbo
- S. Doruc
- S. Force
- S. Frazer
- S. Gilbert
- S. Heath
- S. Jain
- S. Kalkanis
- S. Kendall
- S. Kulkarni
- S. Lee
- S. Ling
- S. Maithel
- S. Mccall
- S. Meier
- S. Meng
- S. Morris
- S. Mura
- S. Porten
- S. Ramalingam
- S. Reynolds
- S. Reynolds
- S. Roman-Roman
- S. Sadeghi
- S. Sifri
- S. Signoretti
- S. Singer
- S. Somiari
- S. Stepa
- S. Tao
- S. Vandenberg
- S. Wach
- S.B. Gabriel
- S.E. Plon
- S.E. Schumacher
- S.J. Caesar-Johnson
- S.J.M. Jones
- S.L. Asa
- S.M. Phillips
- S.M. Staugaitis
- S.N. Adebamowo
- S.O. Sumer
- S.R. Jefferys
- T. Akeredolu
- T. Bocklage
- T. Bodenheimer
- T. Broudy
- T. Carey
- T. Costello
- T. Defreitas
- T. Flotte
- T. Giordano
- T. Hinoue
- T. Kim
- T. Knijnenburg
- T. Knutson
- T. Ley
- T. Mikkelsen
- T. Naska
- T. Owonikoko
- T. Patel
- T. Pihl
- T. Schlomm
- T. Shelton
- T. Skelly
- T. Smyrk
- T. Thompson
- T. Wang
- T. Wong
- T. Zelinka
- T.A. Chan
- T.M. Lichtenberg
- U. Veluvolu
- V. Cardinale
- V. Chandan
- V. Dhankani
- V. Hucthagowder
- V. Jakrot
- V. Korchina
- V. Lyadov
- V. Reuter
- V. Thorsson
- W. Barrett
- W. Eijckenboom
- W. Hale
- W. Kycler
- W. Liu
- W. Oosterhuis
- W. Urba
- W. Ye
- W. Yige
- W. Zhang
- W. Zhang
- W. Zhou
- W.E. Grizzle
- W.G. Richards
- W.J. Edenfield
- W.K. Chatila
- W.K. Rathmell
- W.M. Linehan
- X. Liu
- X. Liu
- X. Sastre
- Y. Han
- Y. Liu
- Y. Shi
- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Y.W. Kim
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 05/04/2018
- Field of study
We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer. A pan-cancer analysis identifies hundreds of predisposing germline variants
The Cancer Genome Atlas Comprehensive Molecular Characterization of Renal Cell Carcinoma
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
- A. Bergeron
- A. Bossler
- A. Boussioutas
- A. Breggia
- A. Burnette
- A. Chen
- A. Clipca
- A. Davis
- A. De Rienzo
- A. De Rose
- A. Fehrenbach
- A. Gillis
- A. Gimenez-Roqueplo
- A. Gopalan
- A. Haddad
- A. Hartmann
- A. Jimeno
- A. Kastl
- A. Kendler
- A. Kibel
- A. Korkut
- A. Longatto-Filho
- A. Luna
- A. Malykh
- A. Mariamidze
- A. Mes-Masson
- A. Noss
- A. Ochoa
- A. Perin
- A. Piché
- A. Pickens
- A. Rao
- A. Sankarankuty
- A. Secord
- A. Sepulveda
- A. Shabunin
- A. Sharp
- A. Sood
- A. Spillane
- A. Tam
- A. Tischler
- A. Tsao
- A. Unterberg
- A. Vicha
- A. von Deimling
- A.A. De Cubas
- A.A. Hakimi
- A.C. Berger
- A.C. de Carvalho
- A.D. Cherniack
- A.E. Sloan
- A.G. Robertson
- A.G. Robertson
- A.H. Bryce
- A.H. Perou
- A.J. Kovatich
- A.J. Lazar
- A.J. Mungall
- A.K. Godwin
- A.L. Carvalho
- A.L. Guillermo
- A.M. Hegde
- A.M.A. Gonzalez
- A.P. Hoyle
- A.R. Metwalli
- B. Bernard
- B. Campos
- B. Czerniak
- B. Deyarmin
- B. Drake
- B. Esmaeli
- B. Hermes
- B. Hernandez
- B. Kohl
- B. Krishnan
- B. Kumar
- B. Pollo
- B. Rabeno
- B. Robinson
- B. Shuch
- B. Singh
- B. Tê
- B. Van Tine
- B. Wullich
- B.D. Phu
- B.E. Gross
- B.G. Vincent
- B.M. Broom
- B.P. O&apos
- B.S. Taylor
- B.Y. Karlan
- C. Adebamowo
- C. Andry
- C. Behrens
- C. Benz
- C. Bifulco
- C. Bradford
- C. Brewer
- C. Calatozzolo
- C. Carter
- C. Chen
- C. Cibulskis
- C. Fan
- C. Farver
- C. Feltmate
- C. Goparaju
- C. Guo
- C. Herold-Mende
- C. Hovens
- C. Jungk
- C. Kandoth
- C. Larson
- C. Logothetis
- C. Mcpherson
- C. Mirsaidi
- C. Moran
- C. Morrison
- C. Moser
- C. Sander
- C. Scapulatempo-Neto
- C. Schilero
- C. Shelton
- C. Shipman
- C. Stoehr
- C. Yau
- C.A. Miller
- C.C. Fronick
- C.C. Smith
- C.D. Jones
- C.D. Shriver
- C.D. Vocke
- C.G. Carlotti
- C.H. Hagedorn
- C.J. Creighton
- C.J. Ricketts
- C.K. Wong
- C.M. Cebulla
- C.M. Hutter
- C.M. Perou
- C.N. Landen
- C.P. Raut
- C.S. Shelley
- C.W. Seder
- D. Alvaro
- D. Aziz
- D. Beer
- D. Bell
- D. Bigner
- D. Brooks
- D. Chakravarty
- D. Chesla
- D. Crain
- D. Cramer
- D. Hoon
- D. Huntsman
- D. Lee
- D. Ma
- D. Mallery
- D. Morton
- D. Murawa
- D. Muzny
- D. Nagorney
- D. O&apos
- D. Raymond
- D. Rice
- D. Schadendorf
- D. Tan
- D. Tcaciuc
- D. Tirapelli
- D. Voet
- D.A. Levine
- D.A. Wheeler
- D.I. Heiman
- D.J. Brat
- D.J. Kwaitkowski
- D.J. Van Den Berg
- D.J. Weisenberger
- D.M. Rassl
- D.M. Shin
- D.N. Hayes
- D.O. Vidal
- D.P. Bottaro
- D.T. Maglinte
- E. Baudin
- E. Campo
- E. Castle
- E. Chuah
- E. Curley
- E. Gaudio
- E. Giné
- E. Kebebew
- E. Korpershoek
- E. Lipp
- E. Reznik
- E. Shinbrot
- E. Swisher
- E. Thompson
- E. Zmuda
- E.A. Gibb
- E.C. Zwarthoff
- E.G. Van Meir
- E.L. Appelbaum
- E.M. Godwin
- E.M.M. Pinero
- E.P. Henske
- E.R. Duffy
- E.R. Mardis
- F. Beuschlein
- F. Brimo
- F. Carey
- F. Cheng
- F. Di Meco
- F. Dimeco
- F. Facciolo
- F. Giuliante
- F. Khuri
- F. Meric-Bernstam
- F. Moiseenko
- F. Que
- F. Saad
- F. Sanchez-Vega
- F. Valdivieso
- F. Williams
- F. Zhao
- G. Barnett
- G. Bubley
- G. Carpino
- G. Finocchiaro
- G. Getz
- G. Gorincioi
- G. Grazi
- G. Ha
- G. Long
- G. Manikhas
- G. Mann
- G. Mckercher
- G. Petersen
- G. Saksena
- G. Sauter
- G. Setdikova
- G. Sica
- G. Thomas
- G. Wolf
- G.B. Mills
- G.F. Gao
- H. Al-Ahmadie
- H. Colman
- H. Dinh
- H. Doddapaneni
- H. Fan
- H. Gabra
- H. Hibshoosh
- H. Hu
- H. Huland
- H. Juhl
- H. Kakavand
- H. Liang
- H. Noushmehr
- H. Pass
- H. Sekhon
- H. Shen
- H. Stoop
- H. Taubert
- H. Timmers
- H. Yang
- H. Zaren
- H. Zhang
- H.C.S. Silveira
- H.G. Rosenthal
- H.J. Sofia
- H.K. Schmidt
- I. Alexopoulou
- I. Caraman
- I. Chemencedji
- I. de Bruijn
- I. Felau
- I. Forgie
- I. Shmulevich
- I. Stancul
- I. Wistuba
- I. Yang
- J. Armenia
- J. Bartlett
- J. Bennett
- J. Bondaruk
- J. Bowen
- J. Catto
- J. Chabot
- J. Cheville
- J. Cho
- J. Creaney
- J. Dipersio
- J. Drummond
- J. Eckman
- J. Engel
- J. Eschbacher
- J. Fujimoto
- J. Fulop
- J. Galbraith
- J. Gao
- J. Gardner
- J. Gershenwald
- J. Harr
- J. Henderson
- J. Hess
- J. Hilty
- J. Houck
- J. Hu
- J. Kim
- J. Kocher
- J. Lang
- J. Li
- J. Liu
- J. Luketich
- J. Marks
- J. Martin
- J. Melamed
- J. Miller
- J. Moyer
- J. Myers
- J. Parfitt
- J. Park
- J. Paulauskis
- J. Phillips
- J. Powers
- J. Roach
- J. Santibanez
- J. Shih
- J. Simko
- J. Slotta-Huspenina
- J. Smith
- J. Thompson
- J. Waldmann
- J. Walker
- J. Wang
- J. Wilmott
- J. Zhang
- J.(. Zhang
- J.A. Ajani
- J.A. Borgia
- J.A. Copland
- J.A. Demchok
- J.A. Hooke
- J.A. Martignetti
- J.B. Elder
- J.C. Zenklusen
- J.D. Yang
- J.E. Schein
- J.H. Fregnani
- J.I. Lee
- J.J. Hsieh
- J.J. Olson
- J.L. Fantacone-Campbell
- J.M. Chan
- J.M. Gastier-Foster
- J.M. Stuart
- J.N. Weinstein
- J.S. Barnholtz-Sloan
- J.S. Dos Santos
- J.S. Parker
- J.T. Auman
- J.V. Simons
- K. Agnew
- K. Ahn
- K. Becker
- K. Birsoy
- K. Chang
- K. Chung
- K. Covington
- K. Delman
- K. Devine
- K. Evason
- K. Janssen
- K. Junker
- K. Kasaian
- K. Kopp
- K. La
- K. Lau
- K. Lee
- K. Leinonen
- K. Magliocca
- K. Moore
- K. Moxley
- K. Mungall
- K. Ng
- K. Pacak
- K. Rai
- K. Roggin
- K. Senecal
- K. Shannon
- K. Shimmel
- K. Smith-McCune
- K. Smolenski
- K. Tse
- K. Tucker
- K.A. Hoadley
- K.C. Sexton
- K.E. van Kessel
- K.J. Kang
- K.M. Fong
- K.M. Leraas
- L. Cope
- L. Cuppini
- L. Danilova
- L. Desjardins
- L. Ding
- L. Haydu
- L. Jacobus
- L. Kvecher
- L. Lacombe
- L. Landrum
- L. Lewis
- L. Lolla
- L. Looijenga
- L. Mattei
- L. Omberg
- L. Peterson
- L. Ramondetta
- L. Roberts
- L. Rozek
- L. Scarpace
- L. Schoenfield
- L. Wang
- L. Wise
- L. Xi
- L. Yang
- L. Zhang
- L.A. Donehower
- L.A. Fulton
- L.A. Zach
- L.E. Mose
- L.S. Schmidt
- M. Albert
- M. Aymerich
- M. Bailey
- M. Balasundaram
- M. Behera
- M. Bellair
- M. Birrer
- M. Borad
- M. Carney
- M. Cernat
- M. Couce
- M. Dinkin
- M. Dubina
- M. Farnell
- M. Fassnacht
- M. Feldman
- M. Gerken
- M. Goodman
- M. Graefen
- M. Iacocca
- M. Ittmann
- M. Kasapi
- M. Kendrick
- M. Knudson
- M. Ladanyi
- M. Lang
- M. Latour
- M. Mannelli
- M. Marino
- M. Mayo
- M. Mcgraw
- M. Meyerson
- M. Milhem
- M. Miller
- M. Moncrieff
- M. Morgan
- M. Muto
- M. Nelson
- M. Peto
- M. Pirtac
- M. Pool
- M. Prados
- M. Prince
- M. Quinn
- M. Quintero-Aguilo
- M. Rivera
- M. Ryan
- M. Schiffman
- M. Sherman
- M. Sheth
- M. Stanton
- M. Stern
- M. Synott
- M. Tavobilov
- M. Torbenson
- M. Wang
- M. Wiznerowicz
- M.A. Marra
- M.A. Rubin
- M.C. Bragazzi
- M.D. Mclellan
- M.D. Wilkerson
- M.G. Cordes
- M.G. Nissan
- M.G. Soloway
- M.H. Abdel-Rahman
- M.H. Kucherlapati
- M.J. Liptay
- M.J. Merino
- M.L. Anderson
- M.L. Ferguson
- M.L. Nickerson
- M.S. Bootwalla
- M.S. Lawrence
- M.S. Noble
- N. Botnariuc
- N. Chambwe
- N. Corcoran
- N. Dhalla
- N. Gehlenborg
- N. Giama
- N. Girard
- N. Hayward
- N. Horowitz
- N. Schultz
- N. Thiessen
- N. Van Bang
- N. Wentzensen
- N.A. Pennell
- N.C. Ramirez
- N.D. Aredes
- N.L. Lehman
- N.P. Hung
- N.V. Tien
- O. Bathe
- O. Mariani
- O. Olabode
- O. Paklina
- O. Potapova
- O. Stretch
- O. Voronina
- P. Anur
- P. Disaia
- P. Drwiega
- P. Glenn
- P. Hansen
- P. Hersey
- P. Lin
- P. Lohavanichbutr
- P. Nair
- P. Nguyen
- P. Sipahimalani
- P. Spellman
- P. Swanson
- P. Tamboli
- P. Tennstedt
- P. Troncoso
- P. Wakely
- P. Westervelt
- P. Yena
- P.A. Mieczkowski
- P.A. Pinto
- P.D. Castro
- P.H. Lai
- P.R. Carroll
- P.R. Dottino
- P.T. Hanh
- P.T. Spellman
- P.W. Laird
- Q. Sun
- Q.T. Ostrom
- R. Akbani
- R. Berkowitz
- R. Beroukhim
- R. Bowlby
- R. Bowman
- R. Broaddus
- R. Bueno
- R. Carlsen
- R. de Krijger
- R. Dhanasekaran
- R. Dhir
- R. Duell
- R. Ghossein
- R. Glenn
- R. Govindan
- R. Holt
- R. Kefford
- R. Kemp
- R. Korst
- R. Kramer
- R. Kundra
- R. Lechan
- R. Madan
- R. Mandt
- R. Mannel
- R. Mclendon
- R. Merola
- R. Naresh
- R. Penny
- R. Pilarski
- R. Postier
- R. Saw
- R. Scolyer
- R. Sheridan
- R. Sigmund
- R. Simon
- R. Singh
- R. Smallridge
- R. Srinivasan
- R. Steele
- R. Stoehr
- R. Tamakawa
- R. Tarnuzzer
- R. Thorp
- R. Warnick
- R. Worrell
- R. Zuna
- R.A. Gibbs
- R.A. Moore
- R.C. Rintoul
- R.H. Thompson
- R.J. Mural
- R.K. Kelley
- R.K. Wilson
- R.M. Reis
- R.S. Fulton
- R.S. Kanchi
- R.S. Kucherlapati
- S. Balu
- S. Baylin
- S. Bell
- S. Chevalier
- S. Chudamani
- S. Cottingham
- S. Cuzzubbo
- S. Doruc
- S. Force
- S. Frazer
- S. Gilbert
- S. Haake
- S. Heath
- S. Kalkanis
- S. Kendall
- S. Lee
- S. Ling
- S. Maithel
- S. Mccall
- S. Meier
- S. Meng
- S. Morris
- S. Mura
- S. Porten
- S. Ramalingam
- S. Reynolds
- S. Roman-Roman
- S. Sadeghi
- S. Sifri
- S. Signoretti
- S. Singer
- S. Somiari
- S. Stepa
- S. Vandenberg
- S. Wach
- S.B. Gabriel
- S.E. Schumacher
- S.J. Caesar-Johnson
- S.J.M. Jones
- S.L. Asa
- S.M. Phillips
- S.M. Staugaitis
- S.N. Adebamowo
- S.O. Sumer
- S.R. Jefferys
- T. Akeredolu
- T. Bocklage
- T. Bodenheimer
- T. Broudy
- T. Carey
- T. Costello
- T. Defreitas
- T. Flotte
- T. Giordano
- T. Hinoue
- T. Ho
- T. Knijnenburg
- T. Knutson
- T. Ley
- T. Mikkelsen
- T. Naska
- T. Owonikoko
- T. Patel
- T. Pihl
- T. Schlomm
- T. Shelton
- T. Skelly
- T. Smyrk
- T. Su
- T. Thompson
- T. Wang
- T. Wong
- T. Zelinka
- T.A. Chan
- T.H. Ho
- T.K. Choueiri
- T.M. Lichtenberg
- U. Veluvolu
- V. Cardinale
- V. Chandan
- V. Dhankani
- V. Jakrot
- V. Korchina
- V. Lyadov
- V. Reuter
- V. Thorsson
- V.E. Reuter
- W. Barrett
- W. Eijckenboom
- W. Hale
- W. Kycler
- W. Li
- W. Liu
- W. Lui
- W. Oosterhuis
- W. Urba
- W. Zhang
- W. Zhou
- W.E. Grizzle
- W.G. Richards
- W.J. Edenfield
- W.K. Chatila
- W.K. Rathmell
- W.M. Linehan
- W.T. Kim
- X. Le
- X. Liu
- X. Sastre
- Y. Han
- Y. Liu
- Y. Lu
- Y. Ma
- Y. Shi
- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Y. Wu
- Z. Ju
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 01/01/2018
- Field of study
Renal cell carcinoma(RCC) is not a single disease, but several histologically defined cancers with different genetic drivers, clinical courses, and therapeutic responses. The current study evaluated 843 RCC from the three major histologic subtypes, including 488 clear cell RCC, 274 papillary RCC, and 81 chromophobe RCC. Comprehensive genomic and phenotypic analysis of the RCC subtypes reveals distinctive features of each subtype that provide the foundation for the development of subtype-specific therapeutic and management strategies for patients affected with these cancers. Somatic alteration of BAP1, PBRM1, and PTEN and altered metabolic pathways correlated with subtype-specific decreased survival, while CDKN2A alteration, increased DNA hypermethylation, and increases in the immune-related Th2 gene expression signature correlated with decreased survival within all major histologic subtypes. CIMP-RCC demonstrated an increased immune signature, and a uniform and distinct metabolic expression pattern identified a subset of metabolically divergent (MD) ChRCC that associated with extremely poor survival
Somatic Mutational Landscape of Splicing Factor Genes and Their Functional Consequences across 33 Cancer Types
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
- A. Bergeron
- A. Bossler
- A. Boussioutas
- A. Breggia
- A. Burnette
- A. Chen
- A. Clipca
- A. Davis
- A. De Rienzo
- A. De Rose
- A. Fehrenbach
- A. Gillis
- A. Gimenez-Roqueplo
- A. Gopalan
- A. Haddad
- A. Hartmann
- A. Jimeno
- A. Kastl
- A. Kendler
- A. Kibel
- A. Korkut
- A. Longatto-Filho
- A. Luna
- A. Malykh
- A. Mariamidze
- A. Mes-Masson
- A. Noss
- A. Ochoa
- A. Perin
- A. Piché
- A. Pickens
- A. Rao
- A. Sankarankuty
- A. Secord
- A. Sepulveda
- A. Shabunin
- A. Sharp
- A. Sood
- A. Spillane
- A. Tam
- A. Tischler
- A. Tsao
- A. Unterberg
- A. Vicha
- A. von Deimling
- A.A. Agrawal
- A.C. Berger
- A.C. de Carvalho
- A.D. Cherniack
- A.E. Sloan
- A.G. Robertson
- A.H. Bryce
- A.H. Perou
- A.J. Kovatich
- A.J. Lazar
- A.J. Mungall
- A.K. Godwin
- A.L. Carvalho
- A.L. Guillermo
- A.M. Angulo Gonzalez
- A.M. Hegde
- A.P. Hoyle
- A.R. Metwalli
- B. Bernard
- B. Campos
- B. Czerniak
- B. Deyarmin
- B. Drake
- B. Esmaeli
- B. Hermes
- B. Hernandez
- B. Kohl
- B. Kumar
- B. Pollo
- B. Rabeno
- B. Robinson
- B. Singh
- B. Tê
- B. Van Tine
- B. Wullich
- B.D. Phu
- B.E. Gross
- B.M. Broom
- B.P. O’
- B.S. Taylor
- B.Y. Karlan
- C. Adebamowo
- C. Andry
- C. Behrens
- C. Benz
- C. Bifulco
- C. Bradford
- C. Brewer
- C. Calatozzolo
- C. Carter
- C. Chen
- C. Cibulskis
- C. Fan
- C. Farver
- C. Feltmate
- C. Goparaju
- C. Guo
- C. Herold-Mende
- C. Hovens
- C. Jungk
- C. Kandoth
- C. Larson
- C. Logothetis
- C. Mcpherson
- C. Mirsaidi
- C. Moran
- C. Morrison
- C. Moser
- C. Sander
- C. Scapulatempo-Neto
- C. Schilero
- C. Shelton
- C. Shipman
- C. Stoehr
- C. Yau
- C.A. Miller
- C.C. Fronick
- C.D. Jones
- C.D. Shriver
- C.D. Vocke
- C.G. Carlotti
- C.H. Hagedorn
- C.J. Creighton
- C.K. Wong
- C.M. Cebulla
- C.M. Hutter
- C.M. Perou
- C.N. Landen
- C.P. Raut
- C.S. Shelley
- C.W. Seder
- D. Alvaro
- D. Aziz
- D. Beer
- D. Bell
- D. Bigner
- D. Brooks
- D. Chakravarty
- D. Chesla
- D. Crain
- D. Cramer
- D. Hoon
- D. Huntsman
- D. Lee
- D. Mallery
- D. Morton
- D. Murawa
- D. Muzny
- D. Nagorney
- D. O’
- D. Raymond
- D. Rice
- D. Schadendorf
- D. Tan
- D. Tcaciuc
- D. Tirapelli
- D. Voet
- D.A. Levine
- D.A. Wheeler
- D.I. Heiman
- D.J. Brat
- D.J. Van Den Berg
- D.J. Weisenberger
- D.M. Rassl
- D.M. Shin
- D.N. Hayes
- D.O. Vidal
- D.T. Maglinte
- E. Baudin
- E. Campo
- E. Castle
- E. Chuah
- E. Curley
- E. Gaudio
- E. Giné
- E. Kebebew
- E. Korpershoek
- E. Lipp
- E. Reznik
- E. Shinbrot
- E. Swisher
- E. Thompson
- E. Zmuda
- E.C. Zwarthoff
- E.G. Van Meir
- E.L. Appelbaum
- E.M. Godwin
- E.M. Mora Pinero
- E.R. Duffy
- E.R. Mardis
- F. Beuschlein
- F. Brimo
- F. Carey
- F. Cheng
- F. Dimeco
- F. Facciolo
- F. Giuliante
- F. Khuri
- F. Meric-Bernstam
- F. Moiseenko
- F. Que
- F. Saad
- F. Sanchez-Vega
- F. Valdivieso
- F. Williams
- F. Zhao
- G. Barnett
- G. Bubley
- G. Carpino
- G. Finocchiaro
- G. Getz
- G. Gorincioi
- G. Grazi
- G. Long
- G. Manikhas
- G. Mann
- G. Mckercher
- G. Petersen
- G. Saksena
- G. Sauter
- G. Setdikova
- G. Sica
- G. Thomas
- G. Wolf
- G.B. Mills
- G.F. Gao
- H. Al-Ahmadie
- H. Colman
- H. Dinh
- H. Doddapaneni
- H. Fan
- H. Gabra
- H. Gavin
- H. Hai
- H. Hibshoosh
- H. Huland
- H. Jianhong
- H. Juhl
- H. Kakavand
- H. Liang
- H. Noushmehr
- H. Pass
- H. Sekhon
- H. Shen
- H. Stoop
- H. Taubert
- H. Thai
- H. Timmers
- H. Yang
- H. Zaren
- H. Zhang
- H. Zhang
- H. Zhang
- H.C.S. Silveira
- H.G. Rosenthal
- H.J. Sofia
- H.K. Schmidt
- I. Alexopoulou
- I. Caraman
- I. Chemencedji
- I. de Bruijn
- I. Felau
- I. Forgie
- I. Shmulevich
- I. Stancul
- I. Wistuba
- I. Yang
- J. Armenia
- J. Bartlett
- J. Bennett
- J. Bondaruk
- J. Bowen
- J. Catto
- J. Chabot
- J. Cheville
- J. Cho
- J. Creaney
- J. Dipersio
- J. Drummond
- J. Eckman
- J. Engel
- J. Eschbacher
- J. Fujimoto
- J. Fulop
- J. Galbraith
- J. Gao
- J. Gardner
- J. Gershenwald
- J. Harr
- J. Henderson
- J. Hess
- J. Hilty
- J. Houck
- J. Kim
- J. Kocher
- J. Lang
- J. Liu
- J. Luketich
- J. Marks
- J. Martin
- J. Melamed
- J. Miller
- J. Moyer
- J. Myers
- J. Palacino
- J. Parfitt
- J. Park
- J. Paulauskis
- J. Phillips
- J. Powers
- J. Roach
- J. Santibanez
- J. Shih
- J. Simko
- J. Slotta-Huspenina
- J. Smith
- J. Stretch
- J. Thompson
- J. Waldmann
- J. Walker
- J. Wang
- J. Wang
- J. Wilmott
- J. Zhang
- J. Zhenlin
- J.(. Zhang
- J.A. Ajani
- J.A. Borgia
- J.A. Copland
- J.A. Demchok
- J.A. Hooke
- J.A. Martignetti
- J.B. Elder
- J.C. Zenklusen
- J.D. Yang
- J.E. Schein
- J.H. Fregnani
- J.I. Lee
- J.J. Olson
- J.L. Fantacone-Campbell
- J.M. Chan
- J.M. Gastier-Foster
- J.M. Stuart
- J.N. Weinstein
- J.S. Barnholtz-Sloan
- J.S. Dos Santos
- J.S. Parker
- J.T. Auman
- J.V. Simons
- K. Agnew
- K. Ahn
- K. Becker
- K. Birsoy
- K. Chang
- K. Chung
- K. Covington
- K. Delman
- K. Devine
- K. Evason
- K. Janssen
- K. Junker
- K. Kasaian
- K. Kopp
- K. Lau
- K. Lee
- K. Leinonen
- K. Magliocca
- K. Moore
- K. Moxley
- K. Mungall
- K. Pacak
- K. Rai
- K. Roggin
- K. Senecal
- K. Shannon
- K. Shimmel
- K. Smith-McCune
- K. Smolenski
- K. Tse
- K. Tucker
- K.A. Hoadley
- K.C. Sexton
- K.E. van Kessel
- K.J. Kang
- K.M. Fong
- K.M. Leraas
- L. Cope
- L. Cuppini
- L. Danilova
- L. Desjardins
- L. Ding
- L. Haydu
- L. Jacobus
- L. Jun
- L. Konnor
- L. Kvecher
- L. Lacombe
- L. Landrum
- L. Lewis
- L. Lolla
- L. Looijenga
- L. Mattei
- L. Omberg
- L. Peterson
- L. Ramondetta
- L. Roberts
- L. Rozek
- L. Scarpace
- L. Schoenfield
- L. Wang
- L. Wei
- L. Wise
- L. Xuan
- L. Yang
- L. Yiling
- L. Zhang
- L.A. Donehower
- L.A. Fulton
- L.A. Zach
- L.E. Mose
- L.S. Schmidt
- M. Albert
- M. Aymerich
- M. Bailey
- M. Balasundaram
- M. Behera
- M. Bellair
- M. Birrer
- M. Borad
- M. Carney
- M. Cernat
- M. Couce
- M. Deqin
- M. Dinkin
- M. Dubina
- M. Farnell
- M. Fassnacht
- M. Feldman
- M. Gerken
- M. Goodman
- M. Graefen
- M. Iacocca
- M. Ittmann
- M. Kasapi
- M. Kendrick
- M. Knudson
- M. Ladanyi
- M. Latour
- M. Mannelli
- M. Marino
- M. Mayo
- M. Mcgraw
- M. Meyerson
- M. Milhem
- M. Miller
- M. Moncrieff
- M. Morgan
- M. Muto
- M. Nelson
- M. Peto
- M. Pirtac
- M. Pool
- M. Prados
- M. Prince
- M. Quinn
- M. Quintero-Aguilo
- M. Rivera
- M. Ryan
- M. Schiffman
- M. Seiler
- M. Sherman
- M. Sheth
- M. Stanton
- M. Stern
- M. Synott
- M. Tavobilov
- M. Torbenson
- M. Wang
- M. Wiznerowicz
- M. Yussanne
- M.A. Marra
- M.A. Rubin
- M.C. Bragazzi
- M.D. Mclellan
- M.D. Wilkerson
- M.G. Cordes
- M.G. Nissan
- M.G. Soloway
- M.H. Abdel-Rahman
- M.H. Kucherlapati
- M.J. Liptay
- M.L. Anderson
- M.L. Ferguson
- M.S. Bootwalla
- M.S. Lawrence
- M.S. Noble
- N. Botnariuc
- N. Chambwe
- N. Corcoran
- N. Dhalla
- N. Gehlenborg
- N. Giama
- N. Girard
- N. Hayward
- N. Horowitz
- N. Kwok-Shing
- N. Schultz
- N. Thiessen
- N. Van Bang
- N. Wentzensen
- N.A. Pennell
- N.C. Ramirez
- N.D. Aredes
- N.L. Lehman
- N.P. Hung
- N.V. Tien
- O. Bathe
- O. Mariani
- O. Olabode
- O. Paklina
- O. Potapova
- O. Voronina
- P. Anur
- P. Disaia
- P. Drwiega
- P. Glenn
- P. Hansen
- P. Hersey
- P. Lin
- P. Lohavanichbutr
- P. Nair
- P. Nguyen
- P. Sipahimalani
- P. Spellman
- P. Swanson
- P. Tamboli
- P. Tennstedt
- P. Troncoso
- P. Wakely
- P. Westervelt
- P. Yena
- P. Zhu
- P.A. Mieczkowski
- P.A. Pinto
- P.D. Castro
- P.G. Smith
- P.H. Lai
- P.R. Carroll
- P.R. Dottino
- P.T. Hanh
- P.W. Laird
- Q. Sun
- Q.T. Ostrom
- R. Akbani
- R. Berkowitz
- R. Beroukhim
- R. Bowlby
- R. Bowman
- R. Broaddus
- R. Bueno
- R. Carlsen
- R. de Krijger
- R. Dhanasekaran
- R. Dhir
- R. Duell
- R. Ghossein
- R. Glenn
- R. Govindan
- R. Holt
- R. Kefford
- R. Kemp
- R. Korst
- R. Kramer
- R. Kundra
- R. Lechan
- R. Madan
- R. Mandt
- R. Mannel
- R. Mclendon
- R. Merola
- R. Naresh
- R. Penny
- R. Pilarski
- R. Postier
- R. Saw
- R. Scolyer
- R. Sheridan
- R. Sigmund
- R. Simon
- R. Singh
- R. Smallridge
- R. Steele
- R. Stoehr
- R. Tamakawa
- R. Tarnuzzer
- R. Thorp
- R. Warnick
- R. Worrell
- R. Zuna
- R.A. Gibbs
- R.A. Moore
- R.C. Rintoul
- R.H. Thompson
- R.J. Mural
- R.K. Kelley
- R.K. Wilson
- R.M. Reis
- R.S. Fulton
- R.S. Kanchi
- R.S. Kucherlapati
- S. Balu
- S. Baylin
- S. Bell
- S. Buonamici
- S. Chevalier
- S. Chudamani
- S. Cottingham
- S. Cuzzubbo
- S. Doruc
- S. Force
- S. Frazer
- S. Gilbert
- S. Heath
- S. Kalkanis
- S. Kendall
- S. Lee
- S. Ling
- S. Maithel
- S. Mccall
- S. Meier
- S. Meng
- S. Morris
- S. Mura
- S. Peng
- S. Porten
- S. Ramalingam
- S. Reynolds
- S. Roman-Roman
- S. Sadeghi
- S. Sifri
- S. Signoretti
- S. Singer
- S. Somiari
- S. Stepa
- S. Tao
- S. Vandenberg
- S. Wach
- S.B. Gabriel
- S.E. Schumacher
- S.J. Caesar-Johnson
- S.J.M. Jones
- S.L. Asa
- S.M. Phillips
- S.M. Staugaitis
- S.N. Adebamowo
- S.O. Sumer
- S.R. Jefferys
- T. Akeredolu
- T. Bocklage
- T. Bodenheimer
- T. Broudy
- T. Carey
- T. Costello
- T. Defreitas
- T. Flotte
- T. Giordano
- T. Hinoue
- T. Knijnenburg
- T. Knutson
- T. Ley
- T. Mikkelsen
- T. Naska
- T. Owonikoko
- T. Patel
- T. Pihl
- T. Schlomm
- T. Shelton
- T. Skelly
- T. Smyrk
- T. Teng
- T. Thompson
- T. Wang
- T. Wong
- T. Zelinka
- T.A. Chan
- T.M. Lichtenberg
- U. Veluvolu
- V. Cardinale
- V. Chandan
- V. Dhankani
- V. Jakrot
- V. Korchina
- V. Lyadov
- V. Reuter
- V. Thorsson
- W. Barrett
- W. Eijckenboom
- W. Hale
- W. Kycler
- W. Liu
- W. Oosterhuis
- W. Urba
- W. Ye
- W. Zhang
- W. Zhou
- W.E. Grizzle
- W.G. Richards
- W.J. Edenfield
- W.K. Chatila
- W.K. Rathmell
- W.M. Linehan
- X. Liu
- X. Liu
- X. Sastre
- Y. Han
- Y. Lihua
- Y. Liu
- Y. Shi
- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 03/04/2018
- Field of study
Hotspot mutations in splicing factor genes have been recently reported at high frequency in hematological malignancies, suggesting the importance of RNA splicing in cancer. We analyzed whole-exome sequencing data across 33 tumor types in The Cancer Genome Atlas (TCGA), and we identified 119 splicing factor genes with significant non-silent mutation patterns, including mutation over-representation, recurrent loss of function (tumor suppressor-like), or hotspot mutation profile (oncogene-like). Furthermore, RNA sequencing analysis revealed altered splicing events associated with selected splicing factor mutations. In addition, we were able to identify common gene pathway profiles associated with the presence of these mutations. Our analysis suggests that somatic alteration of genes involved in the RNA-splicing process is common in cancer and may represent an underappreciated hallmark of tumorigenesis
Pan-cancer Alterations of the MYC Oncogene and Its Proximal Network across the Cancer Genome Atlas
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
- A. Bergeron
- A. Bossler
- A. Boussioutas
- A. Breggia
- A. Burnette
- A. Chen
- A. Clipca
- A. Davis
- A. De Rienzo
- A. De Rose
- A. Fehrenbach
- A. Gillis
- A. Gimenez-Roqueplo
- A. Gopalan
- A. Haddad
- A. Hartmann
- A. Jimeno
- A. Kastl
- A. Kendler
- A. Kibel
- A. Korkut
- A. Longatto-Filho
- A. Luna
- A. Malykh
- A. Mariamidze
- A. Mes-Masson
- A. Noss
- A. Ochoa
- A. Perin
- A. Piché
- A. Pickens
- A. Rao
- A. Sankarankuty
- A. Secord
- A. Sepulveda
- A. Shabunin
- A. Sharp
- A. Sood
- A. Spillane
- A. Tam
- A. Tischler
- A. Tsao
- A. Unterberg
- A. Ventura
- A. Vicha
- A. von Deimling
- A.B. Richardson
- A.C. Berger
- A.C. Berger
- A.C. de Carvalho
- A.D. Cherniack
- A.D. Cherniack
- A.E. Sloan
- A.G. Robertson
- A.H. Bryce
- A.H. Perou
- A.J. Kovatich
- A.J. Lazar
- A.J. Mungall
- A.K. Godwin
- A.L. Carvalho
- A.L. Guillermo
- A.M. Angulo Gonzalez
- A.M. Hegde
- A.P. Hoyle
- A.R. Metwalli
- B. Bernard
- B. Bernard
- B. Campos
- B. Czerniak
- B. Deyarmin
- B. Drake
- B. Esmaeli
- B. Hermes
- B. Hernandez
- B. Kohl
- B. Kumar
- B. Pollo
- B. Rabeno
- B. Robinson
- B. Singh
- B. Tê
- B. Van Tine
- B. Wullich
- B.D. Phu
- B.E. Gross
- B.M. Broom
- B.P. O’
- B.S. Taylor
- B.Y. Karlan
- C. Adebamowo
- C. Andry
- C. Behrens
- C. Benz
- C. Bifulco
- C. Bradford
- C. Brewer
- C. Calatozzolo
- C. Carter
- C. Chen
- C. Cibulskis
- C. Fan
- C. Farver
- C. Feltmate
- C. Goparaju
- C. Grandori
- C. Guo
- C. Herold-Mende
- C. Hovens
- C. Jungk
- C. Kandoth
- C. Larson
- C. Logothetis
- C. Mcpherson
- C. Mirsaidi
- C. Moran
- C. Morrison
- C. Moser
- C. Sander
- C. Scapulatempo-Neto
- C. Schilero
- C. Shelton
- C. Shipman
- C. Stoehr
- C. Yau
- C.A. Miller
- C.C. Fronick
- C.D. Jones
- C.D. Shriver
- C.D. Vocke
- C.G. Carlotti
- C.H. Hagedorn
- C.J. Creighton
- C.K. Wong
- C.M. Cebulla
- C.M. Hutter
- C.M. Perou
- C.N. Landen
- C.P. Raut
- C.S. Shelley
- C.W. Seder
- D. Alvaro
- D. Aziz
- D. Beer
- D. Bell
- D. Bigner
- D. Brooks
- D. Chakravarty
- D. Chesla
- D. Crain
- D. Cramer
- D. Hoon
- D. Huntsman
- D. Lee
- D. Mallery
- D. Morton
- D. Murawa
- D. Muzny
- D. Nagorney
- D. O’
- D. Raymond
- D. Rice
- D. Schadendorf
- D. Tan
- D. Tcaciuc
- D. Tirapelli
- D. Voet
- D.A. Levine
- D.A. Wheeler
- D.E. Ayer
- D.I. Heiman
- D.J. Brat
- D.J. Van Den Berg
- D.J. Weisenberger
- D.M. Rassl
- D.M. Shin
- D.N. Hayes
- D.O. Vidal
- D.T. Maglinte
- E. Baudin
- E. Campo
- E. Castle
- E. Chuah
- E. Curley
- E. Gaudio
- E. Giné
- E. Kebebew
- E. Korpershoek
- E. Lipp
- E. Reznik
- E. Shinbrot
- E. Swisher
- E. Thompson
- E. Zmuda
- E.C. Zwarthoff
- E.G. Van Meir
- E.L. Appelbaum
- E.M. Godwin
- E.M. Mora Pinero
- E.R. Duffy
- E.R. Mardis
- F. Beuschlein
- F. Brimo
- F. Carey
- F. Cheng
- F. Dimeco
- F. Facciolo
- F. Giuliante
- F. Khuri
- F. Meric-Bernstam
- F. Moiseenko
- F. Que
- F. Saad
- F. Sanchez-Vega
- F. Valdivieso
- F. Williams
- F. Zhao
- F.X. Schaub
- G. Barnett
- G. Bubley
- G. Carpino
- G. Finocchiaro
- G. Getz
- G. Gorincioi
- G. Grazi
- G. Long
- G. Manikhas
- G. Mann
- G. Mckercher
- G. Petersen
- G. Saksena
- G. Sauter
- G. Setdikova
- G. Sica
- G. Thomas
- G. Wolf
- G.B. Mills
- G.F. Gao
- H. Al-Ahmadie
- H. Colman
- H. Dinh
- H. Doddapaneni
- H. Fan
- H. Gabra
- H. Gavin
- H. Hai
- H. Hibshoosh
- H. Huland
- H. Jianhong
- H. Juhl
- H. Kakavand
- H. Liang
- H. Noushmehr
- H. Pass
- H. Sekhon
- H. Shen
- H. Stoop
- H. Taubert
- H. Thai
- H. Timmers
- H. Yang
- H. Zaren
- H. Zhang
- H. Zhang
- H. Zhang
- H.C.S. Silveira
- H.G. Rosenthal
- H.J. Sofia
- H.K. Schmidt
- I. Alexopoulou
- I. Caraman
- I. Chemencedji
- I. de Bruijn
- I. Felau
- I. Forgie
- I. Shmulevich
- I. Stancul
- I. Wistuba
- I. Yang
- J. Armenia
- J. Bartlett
- J. Bennett
- J. Bondaruk
- J. Bowen
- J. Catto
- J. Chabot
- J. Cheville
- J. Cho
- J. Creaney
- J. Dipersio
- J. Drummond
- J. Eckman
- J. Engel
- J. Eschbacher
- J. Fujimoto
- J. Fulop
- J. Galbraith
- J. Gao
- J. Gardner
- J. Gershenwald
- J. Harr
- J. Henderson
- J. Hess
- J. Hilty
- J. Houck
- J. Kim
- J. Kocher
- J. Lang
- J. Liu
- J. Luketich
- J. Marks
- J. Martin
- J. Melamed
- J. Miller
- J. Moyer
- J. Myers
- J. Parfitt
- J. Park
- J. Paulauskis
- J. Phillips
- J. Powers
- J. Roach
- J. Santibanez
- J. Shih
- J. Simko
- J. Slotta-Huspenina
- J. Smith
- J. Stretch
- J. Thompson
- J. Waldmann
- J. Walker
- J. Wang
- J. Wang
- J. Wilmott
- J. Zhang
- J. Zhenlin
- J.(. Zhang
- J.A. Ajani
- J.A. Borgia
- J.A. Copland
- J.A. Demchok
- J.A. Hooke
- J.A. Martignetti
- J.B. Elder
- J.C. Zenklusen
- J.D. Yang
- J.E. Schein
- J.H. Fregnani
- J.I. Lee
- J.J. Olson
- J.L. Fantacone-Campbell
- J.M. Chan
- J.M. Gastier-Foster
- J.M. Stuart
- J.N. Weinstein
- J.S. Barnholtz-Sloan
- J.S. Dos Santos
- J.S. Parker
- J.T. Auman
- J.V. Simons
- K. Agnew
- K. Ahn
- K. Becker
- K. Birsoy
- K. Chang
- K. Chung
- K. Covington
- K. Delman
- K. Devine
- K. Evason
- K. Janssen
- K. Junker
- K. Kasaian
- K. Kopp
- K. Lau
- K. Lee
- K. Leinonen
- K. Magliocca
- K. Moore
- K. Moxley
- K. Mungall
- K. Pacak
- K. Rai
- K. Roggin
- K. Senecal
- K. Shannon
- K. Shimmel
- K. Smith-McCune
- K. Smolenski
- K. Tse
- K. Tucker
- K.A. Hoadley
- K.C. Sexton
- K.E. van Kessel
- K.J. Kang
- K.M. Fong
- K.M. Leraas
- L. Cope
- L. Cuppini
- L. Danilova
- L. Desjardins
- L. Ding
- L. Haydu
- L. Jacobus
- L. Jun
- L. Konnor
- L. Kvecher
- L. Lacombe
- L. Landrum
- L. Lewis
- L. Lolla
- L. Looijenga
- L. Mattei
- L. Omberg
- L. Peterson
- L. Ramondetta
- L. Roberts
- L. Rozek
- L. Scarpace
- L. Schoenfield
- L. Wang
- L. Wei
- L. Wise
- L. Xuan
- L. Yang
- L. Yiling
- L. Zhang
- L.A. Donehower
- L.A. Fulton
- L.A. Zach
- L.E. Mose
- L.S. Schmidt
- M. Albert
- M. Aymerich
- M. Bailey
- M. Balasundaram
- M. Behera
- M. Bellair
- M. Birrer
- M. Borad
- M. Carney
- M. Cernat
- M. Couce
- M. Deqin
- M. Dinkin
- M. Dubina
- M. Farnell
- M. Fassnacht
- M. Feldman
- M. Gerken
- M. Goodman
- M. Graefen
- M. Iacocca
- M. Ittmann
- M. Kasapi
- M. Kendrick
- M. Knudson
- M. Ladanyi
- M. Latour
- M. Mannelli
- M. Marino
- M. Mayo
- M. Mcgraw
- M. Meyerson
- M. Milhem
- M. Miller
- M. Moncrieff
- M. Morgan
- M. Muto
- M. Nelson
- M. Peto
- M. Pirtac
- M. Pool
- M. Prados
- M. Prince
- M. Quinn
- M. Quintero-Aguilo
- M. Rivera
- M. Ryan
- M. Schiffman
- M. Sherman
- M. Sheth
- M. Stanton
- M. Stern
- M. Synott
- M. Tavobilov
- M. Torbenson
- M. Trivedi
- M. Wang
- M. Wiznerowicz
- M. Yussanne
- M.A. Marra
- M.A. Rubin
- M.C. Bragazzi
- M.D. Mclellan
- M.D. Wilkerson
- M.G. Cordes
- M.G. Nissan
- M.G. Soloway
- M.H. Abdel-Rahman
- M.H. Kucherlapati
- M.J. Liptay
- M.L. Anderson
- M.L. Ferguson
- M.S. Bootwalla
- M.S. Lawrence
- M.S. Noble
- N. Botnariuc
- N. Chambwe
- N. Corcoran
- N. Dhalla
- N. Gehlenborg
- N. Giama
- N. Girard
- N. Hayward
- N. Horowitz
- N. Kwok-Shing
- N. Schultz
- N. Thiessen
- N. Van Bang
- N. Wentzensen
- N.A. Pennell
- N.C. Ramirez
- N.D. Aredes
- N.L. Lehman
- N.P. Hung
- N.V. Tien
- O. Bathe
- O. Mariani
- O. Olabode
- O. Paklina
- O. Potapova
- O. Voronina
- P. Anur
- P. Disaia
- P. Drwiega
- P. Glenn
- P. Hansen
- P. Hersey
- P. Lin
- P. Lohavanichbutr
- P. Nair
- P. Nguyen
- P. Sipahimalani
- P. Spellman
- P. Swanson
- P. Tamboli
- P. Tennstedt
- P. Troncoso
- P. Wakely
- P. Westervelt
- P. Yena
- P.A. Mieczkowski
- P.A. Pinto
- P.D. Castro
- P.H. Lai
- P.J. Hurlin
- P.R. Carroll
- P.R. Dottino
- P.T. Hanh
- P.W. Laird
- Q. Sun
- Q.T. Ostrom
- R. Akbani
- R. Berkowitz
- R. Beroukhim
- R. Bowlby
- R. Bowman
- R. Broaddus
- R. Bueno
- R. Carlsen
- R. de Krijger
- R. Dhanasekaran
- R. Dhir
- R. Duell
- R. Ghossein
- R. Glenn
- R. Govindan
- R. Holt
- R. Kefford
- R. Kemp
- R. Korst
- R. Kramer
- R. Kundra
- R. Lechan
- R. Madan
- R. Mandt
- R. Mannel
- R. Mclendon
- R. Merola
- R. Naresh
- R. Penny
- R. Pilarski
- R. Postier
- R. Saw
- R. Scolyer
- R. Shaw
- R. Sheridan
- R. Sigmund
- R. Simon
- R. Singh
- R. Smallridge
- R. Steele
- R. Stoehr
- R. Tamakawa
- R. Tarnuzzer
- R. Thorp
- R. Warnick
- R. Worrell
- R. Zuna
- R.A. Gibbs
- R.A. Moore
- R.C. Rintoul
- R.H. Thompson
- R.J. Mural
- R.K. Kelley
- R.K. Wilson
- R.M. Reis
- R.N. Eisenman
- R.S. Fulton
- R.S. Kanchi
- R.S. Kucherlapati
- S. Balu
- S. Baylin
- S. Bell
- S. Chevalier
- S. Chudamani
- S. Cottingham
- S. Cuzzubbo
- S. Doruc
- S. Force
- S. Frazer
- S. Gilbert
- S. Heath
- S. Kalkanis
- S. Kendall
- S. Lee
- S. Ling
- S. Maithel
- S. Mccall
- S. Meier
- S. Meng
- S. Morris
- S. Mura
- S. Porten
- S. Ramalingam
- S. Reynolds
- S. Roman-Roman
- S. Sadeghi
- S. Sifri
- S. Signoretti
- S. Singer
- S. Somiari
- S. Stepa
- S. Tao
- S. Vandenberg
- S. Wach
- S.B. Gabriel
- S.E. Schumacher
- S.J. Caesar-Johnson
- S.J.M. Jones
- S.L. Asa
- S.M. Phillips
- S.M. Staugaitis
- S.N. Adebamowo
- S.O. Sumer
- S.R. Jefferys
- T. Akeredolu
- T. Bocklage
- T. Bodenheimer
- T. Broudy
- T. Carey
- T. Costello
- T. Defreitas
- T. Flotte
- T. Giordano
- T. Hinoue
- T. Knijnenburg
- T. Knutson
- T. Ley
- T. Mikkelsen
- T. Naska
- T. Owonikoko
- T. Patel
- T. Pihl
- T. Schlomm
- T. Shelton
- T. Skelly
- T. Smyrk
- T. Thompson
- T. Wang
- T. Wong
- T. Zelinka
- T.A. Chan
- T.M. Lichtenberg
- U. Veluvolu
- V. Cardinale
- V. Chandan
- V. Dhankani
- V. Dhankani
- V. Jakrot
- V. Korchina
- V. Lyadov
- V. Reuter
- V. Thorsson
- W. Barrett
- W. Eijckenboom
- W. Hale
- W. Kycler
- W. Liu
- W. Oosterhuis
- W. Urba
- W. Ye
- W. Zhang
- W. Zhao
- W. Zhou
- W.E. Grizzle
- W.G. Richards
- W.J. Edenfield
- W.K. Chatila
- W.K. Rathmell
- W.M. Linehan
- X. Liu
- X. Liu
- X. Sastre
- X. Zhang
- Y. Han
- Y. Liu
- Y. Liu
- Y. Shi
- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 28/03/2018
- Field of study
Although the MYC oncogene has been implicated in cancer, a systematic assessment of alterations of MYC, related transcription factors, and co-regulatory proteins, forming the proximal MYC network (PMN), across human cancers is lacking. Using computational approaches, we define genomic and proteomic features associated with MYC and the PMN across the 33 cancers of The Cancer Genome Atlas. Pan-cancer, 28% of all samples had at least one of the MYC paralogs amplified. In contrast, the MYC antagonists MGA and MNT were the most frequently mutated or deleted members, proposing a role as tumor suppressors. MYC alterations were mutually exclusive with PIK3CA, PTEN, APC, or BRAF alterations, suggesting that MYC is a distinct oncogenic driver. Expression analysis revealed MYC-associated pathways in tumor subtypes, such as immune response and growth factor signaling; chromatin, translation, and DNA replication/repair were conserved pan-cancer. This analysis reveals insights into MYC biology and is a reference for biomarkers and therapeutics for cancers with alterations of MYC or the PMN. We present a computational study determining the frequency and extent of alterations of the MYC network across the 33 human cancers of TCGA. These data, together with MYC, positively correlated pathways as well as mutually exclusive cancer genes, will be a resource for understanding MYC-driven cancers and designing of therapeutics
Pan-Cancer Analysis of lncRNA Regulation Supports Their Targeting of Cancer Genes in Each Tumor Context
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
- A. Bergeron
- A. Bossler
- A. Boussioutas
- A. Breggia
- A. Burnette
- A. Chen
- A. Clipca
- A. Davis
- A. De Rienzo
- A. De Rose
- A. Fehrenbach
- A. Gillis
- A. Gimenez-Roqueplo
- A. Gopalan
- A. Haddad
- A. Hartmann
- A. Jimeno
- A. Kastl
- A. Kendler
- A. Kibel
- A. Korkut
- A. Longatto-Filho
- A. Luna
- A. Malykh
- A. Mariamidze
- A. Mes-Masson
- A. Noss
- A. Ochoa
- A. Perin
- A. Piché
- A. Pickens
- A. Rao
- A. Sankarankuty
- A. Secord
- A. Sepulveda
- A. Shabunin
- A. Sharp
- A. Sood
- A. Spillane
- A. Tam
- A. Tischler
- A. Tsao
- A. Unterberg
- A. Vicha
- A. von Deimling
- A.C. Berger
- A.C. de Carvalho
- A.D. Cherniack
- A.E. Sloan
- A.G. Robertson
- A.H. Bryce
- A.H. Perou
- A.J. Kovatich
- A.J. Lazar
- A.J. Mungall
- A.K. Godwin
- A.K. Sood
- A.L. Carvalho
- A.L. Guillermo
- A.M. Hegde
- A.M.A. Gonzalez
- A.P. Hoyle
- A.R. Metwalli
- B. Bernard
- B. Campos
- B. Czerniak
- B. Deyarmin
- B. Drake
- B. Esmaeli
- B. Hermes
- B. Hernandez
- B. Kohl
- B. Kumar
- B. Pollo
- B. Rabeno
- B. Robinson
- B. Singh
- B. Tê
- B. Van Tine
- B. Wullich
- B. Zorman
- B.D. Phu
- B.E. Gross
- B.M. Broom
- B.P. O’
- B.S. Taylor
- B.Y. Karlan
- C. Adebamowo
- C. Andry
- C. Behrens
- C. Benz
- C. Bifulco
- C. Bradford
- C. Brewer
- C. Calatozzolo
- C. Carter
- C. Chen
- C. Cibulskis
- C. Fan
- C. Farver
- C. Feltmate
- C. Goparaju
- C. Guo
- C. Herold-Mende
- C. Hovens
- C. Jungk
- C. Kandoth
- C. Larson
- C. Logothetis
- C. Mcpherson
- C. Mirsaidi
- C. Moran
- C. Morrison
- C. Moser
- C. Sander
- C. Scapulatempo-Neto
- C. Schilero
- C. Shelton
- C. Shipman
- C. Stoehr
- C. Yau
- C.A. Miller
- C.C. Fronick
- C.D. Jones
- C.D. Shriver
- C.D. Vocke
- C.G. Carlotti
- C.H. Hagedorn
- C.J. Creighton
- C.K. Wong
- C.M. Cebulla
- C.M. Hutter
- C.M. Perou
- C.N. Landen
- C.P. Raut
- C.S. Shelley
- C.W. Seder
- D. Alvaro
- D. Aziz
- D. Beer
- D. Bell
- D. Bigner
- D. Brooks
- D. Chakravarty
- D. Chesla
- D. Crain
- D. Cramer
- D. Hoon
- D. Huntsman
- D. Lee
- D. Mallery
- D. Morton
- D. Murawa
- D. Muzny
- D. Nagorney
- D. O’
- D. Raymond
- D. Rice
- D. Schadendorf
- D. Tan
- D. Tcaciuc
- D. Tirapelli
- D. Voet
- D.A. Levine
- D.A. Wheeler
- D.I. Heiman
- D.J. Brat
- D.J. Van Den Berg
- D.J. Weisenberger
- D.M. Rassl
- D.M. Shin
- D.N. Hayes
- D.O. Vidal
- D.T. Maglinte
- E. Baudin
- E. Campo
- E. Castle
- E. Chuah
- E. Curley
- E. Gaudio
- E. Giné
- E. Kebebew
- E. Korpershoek
- E. Lipp
- E. Patel
- E. Reznik
- E. Shinbrot
- E. Swisher
- E. Thompson
- E. Zmuda
- E.C. Zwarthoff
- E.G. Van Meir
- E.L. Appelbaum
- E.M. Godwin
- E.M.M. Pinero
- E.R. Duffy
- E.R. Mardis
- F. Beuschlein
- F. Brimo
- F. Carey
- F. Cheng
- F. Dimeco
- F. Facciolo
- F. Giuliante
- F. Khuri
- F. Meric-Bernstam
- F. Moiseenko
- F. Que
- F. Saad
- F. Sanchez-Vega
- F. Valdivieso
- F. Williams
- F. Zhao
- G. Barnett
- G. Bubley
- G. Carpino
- G. Finocchiaro
- G. Getz
- G. Gorincioi
- G. Grazi
- G. Long
- G. Manikhas
- G. Mann
- G. Mckercher
- G. Petersen
- G. Saksena
- G. Sauter
- G. Setdikova
- G. Sica
- G. Thomas
- G. Wolf
- G.B. Mills
- G.F. Gao
- H. Al-Ahmadie
- H. Chiu
- H. Colman
- H. Dinh
- H. Doddapaneni
- H. Fan
- H. Gabra
- H. Gavin
- H. Hai
- H. Hibshoosh
- H. Huland
- H. Jianhong
- H. Juhl
- H. Kakavand
- H. Liang
- H. Noushmehr
- H. Pass
- H. Sekhon
- H. Shen
- H. Stoop
- H. Taubert
- H. Thai
- H. Timmers
- H. Yang
- H. Zaren
- H. Zhang
- H. Zhang
- H. Zhang
- H.C.S. Silveira
- H.G. Rosenthal
- H.J. Sofia
- H.K. Schmidt
- I. Alexopoulou
- I. Caraman
- I. Chemencedji
- I. de Bruijn
- I. Felau
- I. Forgie
- I. Shmulevich
- I. Stancul
- I. Wistuba
- I. Yang
- J. Armenia
- J. Bartlett
- J. Bennett
- J. Bondaruk
- J. Bowen
- J. Catto
- J. Chabot
- J. Cheville
- J. Cho
- J. Creaney
- J. Dipersio
- J. Drummond
- J. Eckman
- J. Engel
- J. Eschbacher
- J. Fujimoto
- J. Fulop
- J. Galbraith
- J. Gao
- J. Gardner
- J. Gershenwald
- J. Harr
- J. Henderson
- J. Hess
- J. Hilty
- J. Houck
- J. Kim
- J. Kocher
- J. Lang
- J. Liu
- J. Luketich
- J. Marks
- J. Martin
- J. Melamed
- J. Miller
- J. Moyer
- J. Myers
- J. Parfitt
- J. Park
- J. Paulauskis
- J. Phillips
- J. Powers
- J. Roach
- J. Santibanez
- J. Shih
- J. Simko
- J. Slotta-Huspenina
- J. Smith
- J. Stretch
- J. Thompson
- J. Waldmann
- J. Walker
- J. Wang
- J. Wang
- J. Wilmott
- J. Zhang
- J. Zhenlin
- J.(. Zhang
- J.A. Ajani
- J.A. Borgia
- J.A. Copland
- J.A. Demchok
- J.A. Hooke
- J.A. Martignetti
- J.B. Elder
- J.C. Zenklusen
- J.D. Yang
- J.E. Schein
- J.H. Fregnani
- J.I. Lee
- J.J. Olson
- J.L. Fantacone-Campbell
- J.M. Chan
- J.M. Gastier-Foster
- J.M. Stuart
- J.N. Weinstein
- J.S. Barnholtz-Sloan
- J.S. Dos Santos
- J.S. Parker
- J.T. Auman
- J.V. Simons
- K. Agnew
- K. Ahn
- K. Becker
- K. Birsoy
- K. Chang
- K. Chung
- K. Covington
- K. Delman
- K. Devine
- K. Evason
- K. Janssen
- K. Junker
- K. Kasaian
- K. Kopp
- K. Lau
- K. Lee
- K. Leinonen
- K. Magliocca
- K. Moore
- K. Moxley
- K. Mungall
- K. Pacak
- K. Rai
- K. Roggin
- K. Senecal
- K. Shannon
- K. Shimmel
- K. Smith-McCune
- K. Smolenski
- K. Tse
- K. Tucker
- K.A. Hoadley
- K.C. Sexton
- K.E. van Kessel
- K.J. Kang
- K.M. Fong
- K.M. Leraas
- L. Cope
- L. Cuppini
- L. Danilova
- L. Desjardins
- L. Ding
- L. Haydu
- L. Jacobus
- L. Jun
- L. Konnor
- L. Kvecher
- L. Lacombe
- L. Landrum
- L. Lewis
- L. Lolla
- L. Looijenga
- L. Mattei
- L. Omberg
- L. Peterson
- L. Ramondetta
- L. Roberts
- L. Rozek
- L. Scarpace
- L. Schoenfield
- L. Wang
- L. Wei
- L. Wise
- L. Xuan
- L. Yang
- L. Yiling
- L. Zhang
- L.A. Donehower
- L.A. Fulton
- L.A. Zach
- L.E. Mose
- L.S. Schmidt
- M. Albert
- M. Aymerich
- M. Bailey
- M. Balasundaram
- M. Behera
- M. Bellair
- M. Birrer
- M. Borad
- M. Carney
- M. Cernat
- M. Couce
- M. Deqin
- M. Dinkin
- M. Dubina
- M. Farnell
- M. Fassnacht
- M. Feldman
- M. Gerken
- M. Goodman
- M. Graefen
- M. Iacocca
- M. Ittmann
- M. Kasapi
- M. Kendrick
- M. Knudson
- M. Ladanyi
- M. Latour
- M. Mannelli
- M. Marino
- M. Mayo
- M. Mcgraw
- M. Meyerson
- M. Milhem
- M. Miller
- M. Moncrieff
- M. Morgan
- M. Muto
- M. Nelson
- M. Peto
- M. Pirtac
- M. Pool
- M. Prados
- M. Prince
- M. Quinn
- M. Quintero-Aguilo
- M. Rivera
- M. Ryan
- M. Schiffman
- M. Sherman
- M. Sheth
- M. Stanton
- M. Stern
- M. Synott
- M. Tavobilov
- M. Torbenson
- M. Wang
- M. Wiznerowicz
- M. Yussanne
- M.A. Marra
- M.A. Rubin
- M.C. Bragazzi
- M.D. Mclellan
- M.D. Wilkerson
- M.G. Cordes
- M.G. Nissan
- M.G. Soloway
- M.H. Abdel-Rahman
- M.H. Kucherlapati
- M.J. Liptay
- M.L. Anderson
- M.L. Ferguson
- M.S. Bootwalla
- M.S. Lawrence
- M.S. Noble
- N. Botnariuc
- N. Chambwe
- N. Corcoran
- N. Dhalla
- N. Gehlenborg
- N. Giama
- N. Girard
- N. Hayward
- N. Horowitz
- N. Kwok-Shing
- N. Schultz
- N. Thiessen
- N. Van Bang
- N. Wentzensen
- N.A. Pennell
- N.C. Ramirez
- N.D. Aredes
- N.L. Lehman
- N.P. Hung
- N.V. Tien
- O. Bathe
- O. Mariani
- O. Olabode
- O. Paklina
- O. Potapova
- O. Voronina
- P. Anur
- P. Disaia
- P. Drwiega
- P. Glenn
- P. Hansen
- P. Hersey
- P. Lin
- P. Lohavanichbutr
- P. Nair
- P. Nguyen
- P. Sipahimalani
- P. Spellman
- P. Sumazin
- P. Swanson
- P. Tamboli
- P. Tennstedt
- P. Troncoso
- P. Wakely
- P. Westervelt
- P. Yena
- P.A. Mieczkowski
- P.A. Pinto
- P.D. Castro
- P.H. Gunaratne
- P.H. Lai
- P.R. Carroll
- P.R. Dottino
- P.T. Hanh
- P.W. Laird
- Q. Sun
- Q.T. Ostrom
- R. Akbani
- R. Berkowitz
- R. Beroukhim
- R. Bowlby
- R. Bowman
- R. Broaddus
- R. Bueno
- R. Carlsen
- R. de Krijger
- R. Dhanasekaran
- R. Dhir
- R. Duell
- R. Ghossein
- R. Glenn
- R. Govindan
- R. Holt
- R. Kefford
- R. Kemp
- R. Korst
- R. Kramer
- R. Kundra
- R. Lechan
- R. Madan
- R. Mandt
- R. Mannel
- R. Mclendon
- R. Merola
- R. Naresh
- R. Penny
- R. Pilarski
- R. Postier
- R. Saw
- R. Scolyer
- R. Sheridan
- R. Sigmund
- R. Simon
- R. Singh
- R. Smallridge
- R. Steele
- R. Stoehr
- R. Tamakawa
- R. Tarnuzzer
- R. Thorp
- R. Warnick
- R. Worrell
- R. Zuna
- R.A. Gibbs
- R.A. Moore
- R.C. Rintoul
- R.H. Thompson
- R.J. Mural
- R.K. Kelley
- R.K. Wilson
- R.M. Reis
- R.S. Fulton
- R.S. Kanchi
- R.S. Kucherlapati
- S. Balu
- S. Baylin
- S. Bell
- S. Chevalier
- S. Chudamani
- S. Cottingham
- S. Cuzzubbo
- S. Doruc
- S. Force
- S. Frazer
- S. Gilbert
- S. Heath
- S. Kalkanis
- S. Kendall
- S. Lee
- S. Ling
- S. Maithel
- S. Mccall
- S. Meier
- S. Meng
- S. Morris
- S. Mura
- S. Porten
- S. Ramalingam
- S. Reynolds
- S. Roman-Roman
- S. Sadeghi
- S. Sifri
- S. Signoretti
- S. Singer
- S. Somiari
- S. Somvanshi
- S. Stepa
- S. Tao
- S. Vandenberg
- S. Wach
- S.B. Gabriel
- S.E. Schumacher
- S.J. Caesar-Johnson
- S.J.M. Jones
- S.L. Asa
- S.L. Patil
- S.M. Phillips
- S.M. Staugaitis
- S.N. Adebamowo
- S.O. Sumer
- S.R. Jefferys
- S.S. Chatterjee
- T. Akeredolu
- T. Bocklage
- T. Bodenheimer
- T. Broudy
- T. Carey
- T. Chen
- T. Costello
- T. Defreitas
- T. Flotte
- T. Giordano
- T. Hinoue
- T. Knijnenburg
- T. Knutson
- T. Ley
- T. Mikkelsen
- T. Naska
- T. Owonikoko
- T. Patel
- T. Pihl
- T. Schlomm
- T. Shelton
- T. Skelly
- T. Smyrk
- T. Thompson
- T. Wang
- T. Wong
- T. Zelinka
- T.A. Chan
- T.M. Lichtenberg
- U. Veluvolu
- V. Cardinale
- V. Chandan
- V. Dhankani
- V. Jakrot
- V. Korchina
- V. Lyadov
- V. Reuter
- V. Thorsson
- V.P. Singh
- W. Barrett
- W. Eijckenboom
- W. Hale
- W. Kycler
- W. Liu
- W. Oosterhuis
- W. Urba
- W. Ye
- W. Zhang
- W. Zhou
- W.E. Grizzle
- W.G. Richards
- W.J. Edenfield
- W.K. Chatila
- W.K. Rathmell
- W.M. Linehan
- X. Liu
- X. Liu
- X. Sastre
- Y. Han
- Y. Liu
- Y. Pan
- Y. Shi
- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 03/04/2018
- Field of study
Long noncoding RNAs (lncRNAs) are commonly dysregulated in tumors, but only a handful are known to play pathophysiological roles in cancer. We inferred lncRNAs that dysregulate cancer pathways, oncogenes, and tumor suppressors (cancer genes) by modeling their effects on the activity of transcription factors, RNA-binding proteins, and microRNAs in 5,185 TCGA tumors and 1,019 ENCODE assays. Our predictions included hundreds of candidate onco- and tumor-suppressor lncRNAs (cancer lncRNAs) whose somatic alterations account for the dysregulation of dozens of cancer genes and pathways in each of 14 tumor contexts. To demonstrate proof of concept, we showed that perturbations targeting OIP5-AS1 (an inferred tumor suppressor) and TUG1 and WT1-AS (inferred onco-lncRNAs) dysregulated cancer genes and altered proliferation of breast and gynecologic cancer cells. Our analysis indicates that, although most lncRNAs are dysregulated in a tumor-specific manner, some, including OIP5-AS1, TUG1, NEAT1, MEG3, and TSIX, synergistically dysregulate cancer pathways in multiple tumor contexts. Chiu et al. present a pan-cancer analysis of lncRNA regulatory interactions. They suggest that the dysregulation of hundreds of lncRNAs target and alter the expression of cancer genes and pathways in each tumor context. This implies that hundreds of lncRNAs can alter tumor phenotypes in each tumor context
An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics
- Author
- A. Abeshouse
- A. Ally
- A. Antenucci
- A. Arnaout
- A. Berchuck
- A. Bergeron
- A. Bossler
- A. Boussioutas
- A. Breggia
- A. Burnette
- A. Chen
- A. Clipca
- A. Davis
- A. De Rienzo
- A. De Rose
- A. Fehrenbach
- A. Gillis
- A. Gimenez-Roqueplo
- A. Gopalan
- A. Haddad
- A. Hartmann
- A. Jimeno
- A. Kastl
- A. Kendler
- A. Kibel
- A. Korkut
- A. Longatto-Filho
- A. Luna
- A. Malykh
- A. Mariamidze
- A. Mes-Masson
- A. Noss
- A. Ochoa
- A. Perin
- A. Piché
- A. Pickens
- A. Rao
- A. Sankarankuty
- A. Secord
- A. Sepulveda
- A. Shabunin
- A. Sharp
- A. Sood
- A. Spillane
- A. Tam
- A. Tischler
- A. Tsao
- A. Unterberg
- A. Vicha
- A. von Deimling
- A.C. Berger
- A.C. de Carvalho
- A.D. Cherniack
- A.D. Cherniack
- A.E. Sloan
- A.G. Robertson
- A.H. Bryce
- A.H. Perou
- A.J. Kovatich
- A.J. Kovatich
- A.J. Lazar
- A.J. Lazar
- A.J. Mungall
- A.K. Godwin
- A.L. Carvalho
- A.L. Guillermo
- A.M. Angulo Gonzalez
- A.M. Hegde
- A.P. Hoyle
- A.R. Metwalli
- A.V. Lee
- B. Bernard
- B. Campos
- B. Czerniak
- B. Deyarmin
- B. Drake
- B. Esmaeli
- B. Hermes
- B. Hernandez
- B. Kohl
- B. Kumar
- B. Pollo
- B. Rabeno
- B. Robinson
- B. Singh
- B. Tê
- B. Van Tine
- B. Wullich
- B.D. Phu
- B.E. Gross
- B.M. Broom
- B.P. O’
- B.S. Taylor
- B.Y. Karlan
- C. Adebamowo
- C. Andry
- C. Behrens
- C. Benz
- C. Bifulco
- C. Bradford
- C. Brewer
- C. Calatozzolo
- C. Carter
- C. Chen
- C. Cibulskis
- C. Fan
- C. Farver
- C. Feltmate
- C. Goparaju
- C. Guo
- C. Herold-Mende
- C. Hovens
- C. Jungk
- C. Kandoth
- C. Larson
- C. Logothetis
- C. Mcpherson
- C. Mirsaidi
- C. Moran
- C. Morrison
- C. Moser
- C. Sander
- C. Scapulatempo-Neto
- C. Schilero
- C. Shelton
- C. Shipman
- C. Stoehr
- C. Yau
- C.A. Miller
- C.C. Benz
- C.C. Fronick
- C.D. Jones
- C.D. Shriver
- C.D. Shriver
- C.D. Vocke
- C.H. Hagedorn
- C.J. Creighton
- C.K. Wong
- C.M. Cebulla
- C.M. Hutter
- C.M. Perou
- C.N. Landen
- C.P. Raut
- C.S. Shelley
- C.W. Seder
- D. Alvaro
- D. Aziz
- D. Beer
- D. Bell
- D. Bigner
- D. Brooks
- D. Chakravarty
- D. Chesla
- D. Crain
- D. Cramer
- D. Hoon
- D. Huntsman
- D. Lee
- D. Mallery
- D. Morton
- D. Murawa
- D. Muzny
- D. Nagorney
- D. O’
- D. Raymond
- D. Rice
- D. Schadendorf
- D. Tan
- D. Tcaciuc
- D. Tirapelli
- D. Voet
- D.A. Levine
- D.A. Levine
- D.A. Wheeler
- D.I. Heiman
- D.J. Brat
- D.J. Van Den Berg
- D.J. Weisenberger
- D.M. Rassl
- D.M. Shin
- D.M. Wolf
- D.N. Hayes
- D.O. Vidal
- D.T. Maglinte
- E. Baudin
- E. Campo
- E. Castle
- E. Chuah
- E. Curley
- E. Gaudio
- E. Giné
- E. Kebebew
- E. Korpershoek
- E. Lipp
- E. Reznik
- E. Shinbro
- E. Swisher
- E. Thompson
- E. Zmuda
- E.C. Zwarthoff
- E.G. Van Meir
- E.L. Appelbaum
- E.M. Godwin
- E.M. Mora Pinero
- E.R. Duffy
- E.R. Mardis
- F. Beuschlein
- F. Brimo
- F. Carey
- F. Cheng
- F. Dimeco
- F. Facciolo
- F. Giuliante
- F. Khuri
- F. Meric-Bernstam
- F. Moiseenko
- F. Que
- F. Saad
- F. Sanchez-Vega
- F. Valdivieso
- F. Williams
- F. Zhao
- G. Barnett
- G. Bubley
- G. Carlos
- G. Carpino
- G. Finocchiaro
- G. Getz
- G. Gorincioi
- G. Grazi
- G. Long
- G. Manikhas
- G. Mann
- G. Mckercher
- G. Petersen
- G. Saksena
- G. Sauter
- G. Setdikova
- G. Sica
- G. Thomas
- G. Wolf
- G.B. Mills
- G.F. Gao
- H. Al-Ahmadie
- H. Colman
- H. Dinh
- H. Doddapaneni
- H. Fan
- H. Gabra
- H. Gavin
- H. Hai
- H. Hai
- H. Hibshoosh
- H. Huland
- H. Jianhong
- H. Juhl
- H. Kakavand
- H. Liang
- H. Noushmehr
- H. Pass
- H. Sekhon
- H. Shen
- H. Stoop
- H. Taubert
- H. Thai
- H. Timmers
- H. Yang
- H. Zaren
- H. Zhang
- H. Zhang
- H. Zhang
- H.C.S. Silveira
- H.G. Rosenthal
- H.J. Sofia
- H.K. Schmidt
- I. Alexopoulou
- I. Caraman
- I. Chemencedji
- I. de Bruijn
- I. Felau
- I. Forgie
- I. Shmulevich
- I. Stancul
- I. Wistuba
- I. Yang
- J. Armenia
- J. Bartlett
- J. Bennett
- J. Bondaruk
- J. Bowen
- J. Carlotti
- J. Catto
- J. Chabot
- J. Cheville
- J. Cho
- J. Creaney
- J. Dipersio
- J. Drummond
- J. Eckman
- J. Engel
- J. Eschbacher
- J. Fujimoto
- J. Fulop
- J. Galbraith
- J. Gao
- J. Gardner
- J. Gershenwald
- J. Harr
- J. Henderson
- J. Hess
- J. Hilty
- J. Houck
- J. Kim
- J. Kocher
- J. Lang
- J. Liu
- J. Liu
- J. Luketich
- J. Marks
- J. Martin
- J. Melamed
- J. Miller
- J. Moyer
- J. Myers
- J. Parfitt
- J. Park
- J. Paulauskis
- J. Phillips
- J. Powers
- J. Roach
- J. Santibanez
- J. Shih
- J. Simko
- J. Slotta-Huspenina
- J. Smith
- J. Stretch
- J. Thompson
- J. Waldmann
- J. Walker
- J. Wang
- J. Wang
- J. Wilmott
- J. Zhang
- J. Zhenlin
- J.(. Zhang
- J.A. Ajani
- J.A. Borgia
- J.A. Copland
- J.A. Demchok
- J.A. Hooke
- J.A. Martignetti
- J.B. Elder
- J.C. Zenklusen
- J.D. Yang
- J.E. Schein
- J.H. Fregnani
- J.I. Lee
- J.J. Olson
- J.L. Fantacone-Campbell
- J.M. Chan
- J.M. Gastier-Foster
- J.M. Stuart
- J.N. Weinstein
- J.S. Barnholtz-Sloan
- J.S. Dos Santos
- J.S. Parker
- J.T. Auman
- J.V. Simons
- K. Agnew
- K. Ahn
- K. Becker
- K. Birsoy
- K. Chang
- K. Chung
- K. Covington
- K. Delman
- K. Devine
- K. Evason
- K. Janssen
- K. Junker
- K. Kasaian
- K. Kopp
- K. Lau
- K. Lee
- K. Leinonen
- K. Magliocca
- K. Moore
- K. Moxley
- K. Mungall
- K. Pacak
- K. Rai
- K. Roggin
- K. Senecal
- K. Shannon
- K. Shimmel
- K. Smith-McCune
- K. Smolenski
- K. Tse
- K. Tucker
- K.A. Hoadley
- K.A. Hoadley
- K.C. Sexton
- K.E. van Kessel
- K.J. Kang
- K.M. Fong
- K.M. Leraas
- L. Cope
- L. Cuppini
- L. Danilova
- L. Desjardins
- L. Ding
- L. Haydu
- L. Jacobus
- L. Jun
- L. Konnor
- L. Kvecher
- L. Lacombe
- L. Landrum
- L. Lewis
- L. Lolla
- L. Looijenga
- L. Mattei
- L. Omberg
- L. Omberg
- L. Peterson
- L. Ramondetta
- L. Roberts
- L. Rozek
- L. Scarpace
- L. Schoenfield
- L. Wang
- L. Wei
- L. Wise
- L. Xuan
- L. Yang
- L. Yiling
- L. Zhang
- L.A. Donehower
- L.A. Fulton
- L.A. Zach
- L.E. Mose
- L.M. Poisson
- L.S. Schmidt
- M. Albert
- M. Aymerich
- M. Bailey
- M. Balasundaram
- M. Behera
- M. Bellair
- M. Birrer
- M. Borad
- M. Carney
- M. Cernat
- M. Couce
- M. Deqin
- M. Dinkin
- M. Dubina
- M. Farnell
- M. Fassnacht
- M. Feldman
- M. Gerken
- M. Goodman
- M. Graefen
- M. Iacocca
- M. Ittmann
- M. Kasapi
- M. Kendrick
- M. Knudson
- M. Ladanyi
- M. Latour
- M. Mannelli
- M. Marino
- M. Mayo
- M. Mcgraw
- M. Meyerson
- M. Milhem
- M. Miller
- M. Moncrieff
- M. Morgan
- M. Muto
- M. Nelson
- M. Peto
- M. Pirtac
- M. Pool
- M. Prados
- M. Prince
- M. Quinn
- M. Quintero-Aguilo
- M. Rivera
- M. Ryan
- M. Schiffman
- M. Sherman
- M. Sheth
- M. Stanton
- M. Stern
- M. Synott
- M. Tavobilov
- M. Torbenson
- M. Wang
- M. Wiznerowicz
- M. Yussanne
- M.A. Marra
- M.A. Rubin
- M.C. Bragazzi
- M.D. Mclellan
- M.D. Wilkerson
- M.G. Cordes
- M.G. Nissan
- M.G. Soloway
- M.H. Abdel-Rahman
- M.H. Kucherlapati
- M.J. Liptay
- M.L. Anderson
- M.L. Ferguson
- M.S. Bootwalla
- M.S. Lawrence
- M.S. Noble
- N. Botnariuc
- N. Chambwe
- N. Corcoran
- N. Dhalla
- N. Gehlenborg
- N. Giama
- N. Girard
- N. Hayward
- N. Horowitz
- N. Kwok-Shing
- N. Schultz
- N. Thiessen
- N. Van Bang
- N. Wentzensen
- N.A. Pennell
- N.C. Ramirez
- N.D. Aredes
- N.L. Lehman
- N.P. Hung
- N.V. Tien
- O. Bathe
- O. Mariani
- O. Olabode
- O. Paklina
- O. Potapova
- O. Voronina
- P. Anur
- P. Disaia
- P. Drwiega
- P. Glenn
- P. Hansen
- P. Hersey
- P. Lin
- P. Lohavanichbutr
- P. Nair
- P. Nguyen
- P. Sipahimalani
- P. Spellman
- P. Swanson
- P. Tamboli
- P. Tennstedt
- P. Troncoso
- P. Wakely
- P. Westervelt
- P. Yena
- P.A. Mieczkowski
- P.A. Pinto
- P.D. Castro
- P.H. Lai
- P.R. Carroll
- P.R. Dottino
- P.T. Hanh
- P.W. Laird
- Q. Sun
- Q.T. Ostrom
- R. Akbani
- R. Berkowitz
- R. Beroukhim
- R. Bowlby
- R. Bowman
- R. Broaddus
- R. Bueno
- R. Carlsen
- R. de Krijger
- R. Dhanasekaran
- R. Dhir
- R. Duell
- R. Ghossein
- R. Glenn
- R. Govindan
- R. Holt
- R. Kefford
- R. Kemp
- R. Korst
- R. Kramer
- R. Kundra
- R. Lechan
- R. Madan
- R. Mandt
- R. Mannel
- R. Mclendon
- R. Merola
- R. Naresh
- R. Penny
- R. Pilarski
- R. Postier
- R. Saw
- R. Scolyer
- R. Sheridan
- R. Sigmund
- R. Simon
- R. Singh
- R. Smallridge
- R. Steele
- R. Stoehr
- R. Tamakawa
- R. Tarnuzzer
- R. Thorp
- R. Warnick
- R. Worrell
- R. Zuna
- R.A. Gibbs
- R.A. Moore
- R.C. Rintoul
- R.H. Thompson
- R.J. Mural
- R.K. Kelley
- R.K. Wilson
- R.M. Reis
- R.S. Fulton
- R.S. Kanchi
- R.S. Kucherlapati
- S. Balu
- S. Baylin
- S. Bell
- S. Chevalier
- S. Chudamani
- S. Cottingham
- S. Cuzzubbo
- S. Doruc
- S. Force
- S. Frazer
- S. Gilbert
- S. Heath
- S. Kalkanis
- S. Kendall
- S. Lee
- S. Ling
- S. Maithel
- S. Mccall
- S. Meier
- S. Meng
- S. Morris
- S. Mura
- S. Porten
- S. Ramalingam
- S. Reynolds
- S. Roman-Roman
- S. Sadeghi
- S. Sifri
- S. Signoretti
- S. Singer
- S. Somiari
- S. Stepa
- S. Tao
- S. Vandenberg
- S. Wach
- S.B. Gabriel
- S.E. Schumacher
- S.J. Caesar-Johnson
- S.J.M. Jones
- S.L. Asa
- S.M. Phillips
- S.M. Staugaitis
- S.N. Adebamowo
- S.O. Sumer
- S.R. Jefferys
- T. Akeredolu
- T. Bocklage
- T. Bodenheimer
- T. Broudy
- T. Carey
- T. Costello
- T. Defreitas
- T. Flotte
- T. Giordano
- T. Hinoue
- T. Knijnenburg
- T. Knutson
- T. Ley
- T. Lichtenberg
- T. Mikkelsen
- T. Naska
- T. Owonikoko
- T. Patel
- T. Pihl
- T. Schlomm
- T. Shelton
- T. Skelly
- T. Smyrk
- T. Thompson
- T. Wang
- T. Wong
- T. Zelinka
- T.A. Chan
- T.M. Lichtenberg
- U. Veluvolu
- V. Cardinale
- V. Chandan
- V. Dhankani
- V. Jakrot
- V. Korchina
- V. Lyadov
- V. Reuter
- V. Thorsson
- V. Thorsson
- W. Barrett
- W. Eijckenboom
- W. Hale
- W. Kycler
- W. Liu
- W. Oosterhuis
- W. Urba
- W. Ye
- W. Zhang
- W. Zhou
- W.E. Grizzle
- W.G. Richards
- W.J. Edenfield
- W.K. Chatila
- W.K. Rathmell
- W.M. Linehan
- X. Liu
- X. Liu
- X. Sastre
- Y. Han
- Y. Liu
- Y. Shi
- Y. Sun
- Y. Tang
- Y. Wan
- Y. Wolinsky
- Z. Wang
- Z.J. Heins
- Publication venue
- 'Elsevier BV'
- Publication date
- 05/04/2018
- Field of study
For a decade, The Cancer Genome Atlas (TCGA) program collected clinicopathologic annotation data along with multi-platform molecular profiles of more than 11,000 human tumors across 33 different cancer types. TCGA clinical data contain key features representing the democratized nature of the data collection process. To ensure proper use of this large clinical dataset associated with genomic features, we developed a standardized dataset named the TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource (TCGA-CDR), which includes four major clinical outcome endpoints. In addition to detailing major challenges and statistical limitations encountered during the effort of integrating the acquired clinical data, we present a summary that includes endpoint usage recommendations for each cancer type. These TCGA-CDR findings appear to be consistent with cancer genomics studies independent of the TCGA effort and provide opportunities for investigating cancer biology using clinical correlates at an unprecedented scale. Analysis of clinicopathologic annotations for over 11,000 cancer patients in the TCGA program leads to the generation of TCGA Clinical Data Resource, which provides recommendations of clinical outcome endpoint usage for 33 cancer types