Etude de FOXA1 dans les cellules épithéliales mammaires humaines

Les cancers du sein sont divisés en sous types définis par leur histologie, leur prolifération et l expression du récepteur aux œstrogènes ER. Notre étude porte sur le gène FOXA1 dans le sous-type luminal caractérisé par des cellules bien différenciées, peu prolifératives et exprimant fortement les protéines FOXA1 et ER. Des études suggèrent que FOXA1 est impliqué dans le développement de la glande mammaire, dans la différenciation et la prolifération des cellules mammaires. Dans ce cadre, mon projet de thèse s articulait autour de trois points ; développer un Knock-In au niveau du gène FOXA1, identifier le rôle de FOXA1 dans la différenciation mammaire et enfin rechercher le rôle des facteurs ER et FOXA1 dans la résistance à l hormonothérapie. De nombreux tests d intégration ciblée ont été réalisés à l aide de différentes matrices de recombinaison et de nucléases spécifiques, les ZFNs. Aucune intégration ciblée n a finalement été observée. Nous avons montré qu en fonction du contexte cellulaire, FOXA1 jouait différents rôles dans la différenciation cellulaire et l expression de la molécule d adhérence E-Cadhérine. Ces résultats suggèrent que FOXA1 influence l agressivité tumorale suivant le contexte cellulaire. Nous avons également identifié une amplification d ER et de FOXA1 dans les cellules tumorales résistantes à l hormonothérapie par une étude génomique. Les tests in vitro ont montré que la surexpression de FOXA1 augmenterait bien la résistance au fulvestrant mais la surexpression d ER aurait l effet inverse, suggérant l implication d autres facteurs. De futures recherches nous permettront d identifier ces facteurs et de préciser les rôles de FOXA1 et d ER dans la différenciation luminale, l agressivité tumorale et dans la réponse cellulaire à l hormonothérapieBreast cancers are divided into subtypes defined by their histology, proliferation and expression of estrogen receptor ER. Our study focuses on the FOXA1 gene in the luminal subtype characterized by well-differentiated cells, low proliferative and strongly expressing FOXA1 protein and ER. Studies suggest that FOXA1 is involved in the mammary gland development and in the differentiation and proliferation of mammary cells. In this context, my thesis project was structured around three points, develop a knock-in at the FOXA1 gene, identify the role of FOXA1 in mammary differentiation and finally explore the role of ER and FOXA1 in resistance to hormone therapy. Many targeted integration tests were performed using different matrix of recombination and specific nucleases, the ZFNs. No direct integration was finally observed. We showed that depending on the cell context, FOXA1 played different roles in cell differentiation and expression of E-cadherin, an adhesion molecule. These results suggest that FOXA1 influence tumor aggressiveness depending on the cell context. We also identified amplification of ER and FOXA1 in tumor cell resistant to hormone therapy by a genomic study. Surprisingly, in vitro tests showed that overexpression of FOXA1 increased resistance to fulvestrant whereas overexpression of ER would have the opposite effect, suggesting the involvement of other factors. Future research will allow us to identify these factors and to clarify the roles of ER and FOXA1 in luminal differentiation, tumor aggressiveness and response to hormone therapy.BORDEAUX1-Bib.electronique (335229901) / SudocSudocFranceF

Characterization of auxin transporter PIN6 plasma membrane targeting reveals a function for PIN6 in plant bolting

Auxin gradients are sustained by series of influx and efflux carriers whose subcellular localization is sensitive to both exogenous and endogenous factors. Recently the localization of the Arabidopsis thaliana auxin efflux carrier PIN-FORMED (PIN) 6 was reported to be tissue-specific and regulated through unknown mechanisms. Here, we used genetic, molecular and pharmacological approaches to characterize the molecular mechanism(s) controlling the subcellular localization of PIN6. PIN6 localizes to endomembrane domains in tissues with low PIN6 expression levels such as roots, but localizes at the plasma membrane (PM) in tissues with increased PIN6 expression such as the inflorescence stem and nectary glands. We provide evidence that this dual localization is controlled by PIN6 phosphorylation and demonstrate that PIN6 is phosphorylated by mitogen-activated protein kinases (MAPKs) MPK4 and MPK6. The analysis of transgenic plants expressing PIN6 at PM or in endomembrane domains reveals that PIN6 subcellular localization is critical for Arabidopsis inflorescence stem elongation post-flowering (bolting). In line with a role for PIN6 in plant bolting, inflorescence stems elongate faster in pin6 mutant plants than in wild-type plants. We propose that PIN6 subcellular localization is under the control of developmental signals acting on tissue-specific determinants controlling PIN6-expression levels and PIN6 phosphorylation

Extracorporeal Membrane Oxygenation for Severe Acute Respiratory Distress Syndrome associated with COVID-19: An Emulated Target Trial Analysis.

RATIONALE: Whether COVID patients may benefit from extracorporeal membrane oxygenation (ECMO) compared with conventional invasive mechanical ventilation (IMV) remains unknown. OBJECTIVES: To estimate the effect of ECMO on 90-Day mortality vs IMV only Methods: Among 4,244 critically ill adult patients with COVID-19 included in a multicenter cohort study, we emulated a target trial comparing the treatment strategies of initiating ECMO vs. no ECMO within 7 days of IMV in patients with severe acute respiratory distress syndrome (PaO2/FiO2 <80 or PaCO2 ≥60 mmHg). We controlled for confounding using a multivariable Cox model based on predefined variables. MAIN RESULTS: 1,235 patients met the full eligibility criteria for the emulated trial, among whom 164 patients initiated ECMO. The ECMO strategy had a higher survival probability at Day-7 from the onset of eligibility criteria (87% vs 83%, risk difference: 4%, 95% CI 0;9%) which decreased during follow-up (survival at Day-90: 63% vs 65%, risk difference: -2%, 95% CI -10;5%). However, ECMO was associated with higher survival when performed in high-volume ECMO centers or in regions where a specific ECMO network organization was set up to handle high demand, and when initiated within the first 4 days of MV and in profoundly hypoxemic patients. CONCLUSIONS: In an emulated trial based on a nationwide COVID-19 cohort, we found differential survival over time of an ECMO compared with a no-ECMO strategy. However, ECMO was consistently associated with better outcomes when performed in high-volume centers and in regions with ECMO capacities specifically organized to handle high demand. This article is open access and distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial No Derivatives License 4.0 (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/)

FOXA1 study in human mammary epithelial cells

Les cancers du sein sont divisés en sous types définis par leur histologie, leur prolifération et l’expression du récepteur aux œstrogènes ER. Notre étude porte sur le gène FOXA1 dans le sous-type luminal caractérisé par des cellules bien différenciées, peu prolifératives et exprimant fortement les protéines FOXA1 et ER. Des études suggèrent que FOXA1 est impliqué dans le développement de la glande mammaire, dans la différenciation et la prolifération des cellules mammaires. Dans ce cadre, mon projet de thèse s’articulait autour de trois points ; développer un Knock-In au niveau du gène FOXA1, identifier le rôle de FOXA1 dans la différenciation mammaire et enfin rechercher le rôle des facteurs ER et FOXA1 dans la résistance à l’hormonothérapie. De nombreux tests d’intégration ciblée ont été réalisés à l’aide de différentes matrices de recombinaison et de nucléases spécifiques, les ZFNs. Aucune intégration ciblée n’a finalement été observée. Nous avons montré qu’en fonction du contexte cellulaire, FOXA1 jouait différents rôles dans la différenciation cellulaire et l’expression de la molécule d’adhérence E-Cadhérine. Ces résultats suggèrent que FOXA1 influence l’agressivité tumorale suivant le contexte cellulaire. Nous avons également identifié une amplification d’ER et de FOXA1 dans les cellules tumorales résistantes à l’hormonothérapie par une étude génomique. Les tests in vitro ont montré que la surexpression de FOXA1 augmenterait bien la résistance au fulvestrant mais la surexpression d’ER aurait l’effet inverse, suggérant l’implication d’autres facteurs. De futures recherches nous permettront d’identifier ces facteurs et de préciser les rôles de FOXA1 et d’ER dans la différenciation luminale, l’agressivité tumorale et dans la réponse cellulaire à l’hormonothérapieBreast cancers are divided into subtypes defined by their histology, proliferation and expression of estrogen receptor ER. Our study focuses on the FOXA1 gene in the luminal subtype characterized by well-differentiated cells, low proliferative and strongly expressing FOXA1 protein and ER. Studies suggest that FOXA1 is involved in the mammary gland development and in the differentiation and proliferation of mammary cells. In this context, my thesis project was structured around three points, develop a knock-in at the FOXA1 gene, identify the role of FOXA1 in mammary differentiation and finally explore the role of ER and FOXA1 in resistance to hormone therapy. Many targeted integration tests were performed using different matrix of recombination and specific nucleases, the ZFNs. No direct integration was finally observed. We showed that depending on the cell context, FOXA1 played different roles in cell differentiation and expression of E-cadherin, an adhesion molecule. These results suggest that FOXA1 influence tumor aggressiveness depending on the cell context. We also identified amplification of ER and FOXA1 in tumor cell resistant to hormone therapy by a genomic study. Surprisingly, in vitro tests showed that overexpression of FOXA1 increased resistance to fulvestrant whereas overexpression of ER would have the opposite effect, suggesting the involvement of other factors. Future research will allow us to identify these factors and to clarify the roles of ER and FOXA1 in luminal differentiation, tumor aggressiveness and response to hormone therapy

Étude de la spéciation de l'uranium d'origine anthropique dans un sol naturel par approche multitechnique

The thesis work presented in this manuscript focused on the study of the speciation and behavior of anthropogenic uranium dispersed on natural soil. A multi-technique approach combining analytical techniques carried out at the SOLEIL synchrotron, such as EXAFS (Extended X-rays Absorption Fine Structure), XANES (X-rays Absorption Nearl Edge Structure), XRF (X-Ray Fluorescence) mapping, or more conventional techniques such as SLRT (Laser Spectrofluorimetry at Temporal Resolution), has made it possible to highlight the evolution of the chemical form of uranium as it migrates through the subsoil of the site studied. The use of the linear combination of EXAFS spectra obtained on samples taken at different depths has proven to be a powerful tool for data processing. Thus, a strong correlation was established between the evolution of uranium speciation, its concentration profile, and the chemical and mineralogical composition of the soil and substrate at the site, suggesting the relevance of the analytical approach chosen.In parallel with the study of the site, experiments were carried out in the laboratory to improve our knowledge of the dynamic behavior of uranium. To do this, model columns composed of a uranium source term and a stationary phase were leached for several months in order to study the migration and evolution of the speciation of uranium. The results obtained show the impact of humic acids on the behavior of uranium. Indeed, the presence of organic matter leads to observations never before made. When it is present in the leaching water, it sorbs and migrates to the heart of the uranium source term used. When it is present in the matrix that makes up the column, significant diffusion phenomena are observed, correlated with a reduction of the uranium.This work was also used to develop the X-ray fluorescence mapping technique on the MARS line of the SOLEIL synchrotron, which, as the various analysis sessions and the inherent trials and errors were carried out, made the analysis routine and reliable. Moreover, some approaches, notably XANES mapping, open many possibilities of study, especially on systems presenting phase transitions and speciation changes at the interface between two media.Les travaux de thèse présentés dans le présent manuscrit ont porté sur l'étude de la spéciation et du comportement de l'uranium d'origine anthropique ayant été dispersé sur un sol naturel. Une approche multitechnique groupant des techniques d'analyse réalisée au synchrotron SOLEIL tel que l'EXAFS (Extended X-raies Absorption Fine Structure), le XANES (X-raies Absorption Nearl Edge Structure), la cartographie XRF (X-Raie Fluorescence) ou plus conventionnelle tels que la SLRT (Spectrofluorimétrie Laser à Résolution Temporelle) à permis de mettre en évidence l'évolution de la forme chimique de l'uranium au fur et à mesure de sa migration dans le sous-sol du site étudié. L'utilisation de la combinaison linéaire des spectres EXAFS obtenus sur des échantillons prélevés à différentes profondeurs s'est avéré être un outil puissant des traitements de données. Ainsi, une forte corrélation a pu être établie entre l'évolution de la spéciation de l'uranium, son profil de concentration, et la composition chimique et minéralogique du sol et du substrat du site, suggérant dès lors de la pertinence de l'approche analytique choisie.En parallèle de l'étude du site, des expérimentations ont été réalisées en laboratoire afin d'améliorer nos connaissances sur le comportement dynamique de l'uranium. Pour ce faire, des colonnes modèles composées d'un terme source en uranium et d'une phase stationnaire ont été lixiviées durant plusieurs mois afin d'étudier la migration et l'évolution de la spéciation de l'uranium. Les résultats obtenus montrent l'impact des acides humiques sur le comportement de l'uranium. En effet, la présence de matière organique engendre des observations jusqu'ici jamais réalisées. Lorsqu'elle est présente dans l'eau de lixiviation, celle-ci se sorbe et migre au cœur du terme source d'uranium utilisé. Lorsqu'elle est présente dans la matrice composant la colonne, des phénomènes de diffusion importants sont observés, corrélés avec une réduction de l'uranium.Ces travaux auront également servi à développer la technique de cartographie de la fluorescence X sur la ligne MARS du synchrotron SOLEIL, qui, au fur et à mesure des différentes sessions d'analyses et des essais/erreurs inhérents, a permis de rendre l'analyse routinière et fiable. De plus, certaines approches, notamment celle de la cartographie XANES, ouvrent de nombreuses possibilités d'étude, notamment sur les systèmes présentant des transitions de phases et des changements de spéciation à l'interface entre deux milieux

FOXA1 study in human mammary epithelial cells

Les cancers du sein sont divisés en sous types définis par leur histologie, leur prolifération et l’expression du récepteur aux œstrogènes ER. Notre étude porte sur le gène FOXA1 dans le sous-type luminal caractérisé par des cellules bien différenciées, peu prolifératives et exprimant fortement les protéines FOXA1 et ER. Des études suggèrent que FOXA1 est impliqué dans le développement de la glande mammaire, dans la différenciation et la prolifération des cellules mammaires. Dans ce cadre, mon projet de thèse s’articulait autour de trois points ; développer un Knock-In au niveau du gène FOXA1, identifier le rôle de FOXA1 dans la différenciation mammaire et enfin rechercher le rôle des facteurs ER et FOXA1 dans la résistance à l’hormonothérapie. De nombreux tests d’intégration ciblée ont été réalisés à l’aide de différentes matrices de recombinaison et de nucléases spécifiques, les ZFNs. Aucune intégration ciblée n’a finalement été observée. Nous avons montré qu’en fonction du contexte cellulaire, FOXA1 jouait différents rôles dans la différenciation cellulaire et l’expression de la molécule d’adhérence E-Cadhérine. Ces résultats suggèrent que FOXA1 influence l’agressivité tumorale suivant le contexte cellulaire. Nous avons également identifié une amplification d’ER et de FOXA1 dans les cellules tumorales résistantes à l’hormonothérapie par une étude génomique. Les tests in vitro ont montré que la surexpression de FOXA1 augmenterait bien la résistance au fulvestrant mais la surexpression d’ER aurait l’effet inverse, suggérant l’implication d’autres facteurs. De futures recherches nous permettront d’identifier ces facteurs et de préciser les rôles de FOXA1 et d’ER dans la différenciation luminale, l’agressivité tumorale et dans la réponse cellulaire à l’hormonothérapieBreast cancers are divided into subtypes defined by their histology, proliferation and expression of estrogen receptor ER. Our study focuses on the FOXA1 gene in the luminal subtype characterized by well-differentiated cells, low proliferative and strongly expressing FOXA1 protein and ER. Studies suggest that FOXA1 is involved in the mammary gland development and in the differentiation and proliferation of mammary cells. In this context, my thesis project was structured around three points, develop a knock-in at the FOXA1 gene, identify the role of FOXA1 in mammary differentiation and finally explore the role of ER and FOXA1 in resistance to hormone therapy. Many targeted integration tests were performed using different matrix of recombination and specific nucleases, the ZFNs. No direct integration was finally observed. We showed that depending on the cell context, FOXA1 played different roles in cell differentiation and expression of E-cadherin, an adhesion molecule. These results suggest that FOXA1 influence tumor aggressiveness depending on the cell context. We also identified amplification of ER and FOXA1 in tumor cell resistant to hormone therapy by a genomic study. Surprisingly, in vitro tests showed that overexpression of FOXA1 increased resistance to fulvestrant whereas overexpression of ER would have the opposite effect, suggesting the involvement of other factors. Future research will allow us to identify these factors and to clarify the roles of ER and FOXA1 in luminal differentiation, tumor aggressiveness and response to hormone therapy

Study of the speciation of anthropogenic uranium in a natural soil using : a multi-technique approach

Les travaux de thèse présentés dans le présent manuscrit ont porté sur l'étude de la spéciation et du comportement de l'uranium d'origine anthropique ayant été dispersé sur un sol naturel. Une approche multitechnique groupant des techniques d'analyse réalisée au synchrotron SOLEIL tel que l'EXAFS (Extended X-raies Absorption Fine Structure), le XANES (X-raies Absorption Nearl Edge Structure), la cartographie XRF (X-Raie Fluorescence) ou plus conventionnelle tels que la SLRT (Spectrofluorimétrie Laser à Résolution Temporelle) à permis de mettre en évidence l'évolution de la forme chimique de l'uranium au fur et à mesure de sa migration dans le sous-sol du site étudié. L'utilisation de la combinaison linéaire des spectres EXAFS obtenus sur des échantillons prélevés à différentes profondeurs s'est avéré être un outil puissant des traitements de données. Ainsi, une forte corrélation a pu être établie entre l'évolution de la spéciation de l'uranium, son profil de concentration, et la composition chimique et minéralogique du sol et du substrat du site, suggérant dès lors de la pertinence de l'approche analytique choisie.En parallèle de l'étude du site, des expérimentations ont été réalisées en laboratoire afin d'améliorer nos connaissances sur le comportement dynamique de l'uranium. Pour ce faire, des colonnes modèles composées d'un terme source en uranium et d'une phase stationnaire ont été lixiviées durant plusieurs mois afin d'étudier la migration et l'évolution de la spéciation de l'uranium. Les résultats obtenus montrent l'impact des acides humiques sur le comportement de l'uranium. En effet, la présence de matière organique engendre des observations jusqu'ici jamais réalisées. Lorsqu'elle est présente dans l'eau de lixiviation, celle-ci se sorbe et migre au cœur du terme source d'uranium utilisé. Lorsqu'elle est présente dans la matrice composant la colonne, des phénomènes de diffusion importants sont observés, corrélés avec une réduction de l'uranium.Ces travaux auront également servi à développer la technique de cartographie de la fluorescence X sur la ligne MARS du synchrotron SOLEIL, qui, au fur et à mesure des différentes sessions d'analyses et des essais/erreurs inhérents, a permis de rendre l'analyse routinière et fiable. De plus, certaines approches, notamment celle de la cartographie XANES, ouvrent de nombreuses possibilités d'étude, notamment sur les systèmes présentant des transitions de phases et des changements de spéciation à l'interface entre deux milieux.The thesis work presented in this manuscript focused on the study of the speciation and behavior of anthropogenic uranium dispersed on natural soil. A multi-technique approach combining analytical techniques carried out at the SOLEIL synchrotron, such as EXAFS (Extended X-rays Absorption Fine Structure), XANES (X-rays Absorption Nearl Edge Structure), XRF (X-Ray Fluorescence) mapping, or more conventional techniques such as SLRT (Laser Spectrofluorimetry at Temporal Resolution), has made it possible to highlight the evolution of the chemical form of uranium as it migrates through the subsoil of the site studied. The use of the linear combination of EXAFS spectra obtained on samples taken at different depths has proven to be a powerful tool for data processing. Thus, a strong correlation was established between the evolution of uranium speciation, its concentration profile, and the chemical and mineralogical composition of the soil and substrate at the site, suggesting the relevance of the analytical approach chosen.In parallel with the study of the site, experiments were carried out in the laboratory to improve our knowledge of the dynamic behavior of uranium. To do this, model columns composed of a uranium source term and a stationary phase were leached for several months in order to study the migration and evolution of the speciation of uranium. The results obtained show the impact of humic acids on the behavior of uranium. Indeed, the presence of organic matter leads to observations never before made. When it is present in the leaching water, it sorbs and migrates to the heart of the uranium source term used. When it is present in the matrix that makes up the column, significant diffusion phenomena are observed, correlated with a reduction of the uranium.This work was also used to develop the X-ray fluorescence mapping technique on the MARS line of the SOLEIL synchrotron, which, as the various analysis sessions and the inherent trials and errors were carried out, made the analysis routine and reliable. Moreover, some approaches, notably XANES mapping, open many possibilities of study, especially on systems presenting phase transitions and speciation changes at the interface between two media

Identification de la fraction active des bactéries du microbiote améliorant la résistance à la colonisation intestinale contre les entérocoques résistants à la vancomycine

Communication orale (20 minutes)International audienc