Energy-aware Load Balancing of Parallel Evolutionary Algorithms with Heavy Fitness Functions in Heterogeneous CPU-GPU Architectures

By means of the availability of mechanisms such as Dynamic Voltage and Frequency Scaling (DVFS) and heterogeneous architectures including processors with different power consumption profiles, it is possible to devise scheduling algorithms aware of both runtime and energy consumption in parallel programs. In this paper, we propose and evaluate a multi-objective (more specifically, a bi-objective) approach to distribute the workload among the processing cores in a given heterogeneous parallel CPU-GPU architecture. The aim of this distribution may be either to save energy without increasing the running time or to reach a trade-off among time and energy consumption. The parallel programs considered here are master-worker evolutionary algorithms where the evaluation of the fitness function for the individuals in the population demands the most part of the computing time. As many useful bioinformatics and data mining applications exhibit this kind of parallel profile, the proposed energy-aware approach for workload scheduling could be frequently applied.Spanish Ministerio de Economía y Competitividad under grant TIN2015-67020-PERDF fun

Scheduling and Tuning Kernels for High-performance on Heterogeneous Processor Systems

Accelerated parallel computing techniques using devices such as GPUs and Xeon Phis (along with CPUs) have proposed promising solutions of extending the cutting edge of high-performance computer systems. A significant performance improvement can be achieved when suitable workloads are handled by the accelerator. Traditional CPUs can handle those workloads not well suited for accelerators. Combination of multiple types of processors in a single computer system is referred to as a heterogeneous system. This dissertation addresses tuning and scheduling issues in heterogeneous systems. The first section presents work on tuning scientific workloads on three different types of processors: multi-core CPU, Xeon Phi massively parallel processor, and NVIDIA GPU; common tuning methods and platform-specific tuning techniques are presented. Then, analysis is done to demonstrate the performance characteristics of the heterogeneous system on different input data. This section of the dissertation is part of the GeauxDock project, which prototyped a few state-of-art bioinformatics algorithms, and delivered a fast molecular docking program. The second section of this work studies the performance model of the GeauxDock computing kernel. Specifically, the work presents an extraction of features from the input data set and the target systems, and then uses various regression models to calculate the perspective computation time. This helps understand why a certain processor is faster for certain sets of tasks. It also provides the essential information for scheduling on heterogeneous systems. In addition, this dissertation investigates a high-level task scheduling framework for heterogeneous processor systems in which, the pros and cons of using different heterogeneous processors can complement each other. Thus a higher performance can be achieve on heterogeneous computing systems. A new scheduling algorithm with four innovations is presented: Ranked Opportunistic Balancing (ROB), Multi-subject Ranking (MR), Multi-subject Relative Ranking (MRR), and Automatic Small Tasks Rearranging (ASTR). The new algorithm consistently outperforms previously proposed algorithms with better scheduling results, lower computational complexity, and more consistent results over a range of performance prediction errors. Finally, this work extends the heterogeneous task scheduling algorithm to handle power capping feature. It demonstrates that a power-aware scheduler significantly improves the power efficiencies and saves the energy consumption. This suggests that, in addition to performance benefits, heterogeneous systems may have certain advantages on overall power efficiency

Proactive Adaptation in Self-Organizing Task-based Runtime Systems for Different Computing Classes

Moderne Computersysteme bieten Anwendern und Anwendungsentwicklern ein hohes Maß an Parallelität und Heterogenität. Die effiziente Nutzung dieser Systeme erfordert jedoch tiefgreifende Kenntnisse, z.B. der darunterliegenden Hardware-Plattform und den notwendigen Programmiermodellen, und umfangreiche Arbeit des Entwicklers. In dieser Thesis bezieht sich die effiziente Nutzung auf die Gesamtausführungszeit der Anwendungen, den Energieverbrauch des Systems, die maximale Temperatur der Verarbeitungseinheiten und die Zuverlässigkeit des Systems. Neben den verschiedenen Optimierungszielen muss ein Anwendungsentwickler auch die spezifischen Einschränkungen und Randbedingungen des Systems berücksichtigen, wie z. B. Deadlines oder Sicherheitsgarantien, die mit bestimmten Anwendungsbereichen einhergehen. Diese Komplexität heterogener Systeme macht es unmöglich, alle potenziellen Systemzustände und Umwelteinflüsse, die zur Laufzeit auftreten können, vorherzusagen. Die System- und Anwendungsentwickler sind somit nicht in der Lage, zur Entwurfszeit festzulegen, wie das System und die Anwendungen in allen möglichen Situationen reagieren sollen. Daher ist es notwendig, die Systeme zur Laufzeit der aktuellen Situation anzupassen, um ihr Verhalten entsprechend zu optimieren. In eingebetteten Systemen mit begrenzten Kühlkapazitäten muss z.B. bei Erreichen einer bestimmten Temperaturschwelle eine Lastverteilung vorgenommen, die Frequenz verringert oder Verarbeitungseinheiten abgeschaltet werden, um die Wärmeentwicklung zu reduzieren. Normalerweise reicht es aber nicht aus, einfach nur auf einen ungünstigen Systemzustand zu reagieren. Das Ziel sollte darin bestehen, ungünstige oder fehlerhafte Systemzustände vor dem Auftreten zu vermeiden, um die Notwendigkeit des Aufrufs von Notfallfunktionen zu verringern und die Benutzerfreundlichkeit zu verbessern. Anstatt beispielsweise die Wärmeentwicklung durch eine Neuverteilung der Anwendungen zu reduzieren, könnten proaktive Mechanismen kritische Temperaturen bereits im Vorfeld vermeiden, indem sie bestimmte unkritische Aufgaben verzögern oder deren Genauigkeit oder QoS verringern. Auf diese Weise wird die Systemlast reduziert, bevor ein kritischer Punkt erreicht wird. Lösungen des aktuellen Stands der Technik wie einheitliche Programmiersprachen oder Laufzeitsysteme adressieren einige der oben genannten Herausforderungen, jedoch existiert kein Ansatz, der in der Lage ist, eine Optimierung mehrerer sich widersprechender Zielfunktionen dynamisch und vor allem proaktiv durchzuführen. Ein Konzept, das diese komplexe Aufgabe für den Entwickler übernimmt und eine Möglichkeit zur dynamischen und proaktiven Anpassung an Veränderungen bietet, ist die Selbstorganisation. Selbstorganisation ist jedoch definiert als ein Prozess ohne externe Kontrolle oder Steuerung. Im Kontext der Systemoptimierung kann dies leicht zu unerwünschten Ergebnissen führen. Ein Ansatz, der Selbstorganisation mit einem Kontrollmechanismus kombiniert, welcher auf Robustheit und Widerstandsfähigkeit gegenüber äußeren Störungen abzielt, ist Organic Computing. Das bestimmende Merkmal von Organic Computing ist eine Observer/Controller-Architektur. Das Konzept dieser Architektur besteht darin, den aktuellen Zustand des Systems und der Umgebung zu überwachen, diese Daten zu analysieren und auf der Grundlage dieser Analyse Entscheidungen über das zukünftige Systemverhalten zu treffen. Organic Computing ermöglicht es also auf der Grundlage der vergangenen und des aktuellen Zustands proaktiv Mechanismen auszuwählen und auszulösen, die das System optimieren und unerwünschte Zustände vermeiden. Um die Vorteile des Organic Computings auf moderne heterogene Systeme zu übertragen, kombiniere ich den Organic Computing-Ansatz mit einem Laufzeitsystem. Laufzeitsysteme sind ein vielversprechender Kandidat für die Umsetzung des Organic Computing-Ansatzes, da sie bereits die Ausführung von Anwendungen überwachen und steuern. Insbesondere betrachte und bearbeite ich in dieser Dissertation die folgenden Forschungsthemen, indem ich die Konzepte des Organic Computings und der Laufzeitsysteme kombiniere: • Erfassen des aktuellen Systemzustands durch Überwachung von Sensoren und Performance Countern • Vorhersage zukünftiger Systemzustände durch Analyse des vergangenen Verhaltens • Nutzung von Zustandsinformationen zur proaktiven Anpassung des Systems Ich erweitere das Thema der Erfassung von Systemzuständen auf zwei Arten. Zunächst führe ich eine neuartige heuristische Metrik zur Berechnung der Zuverlässigkeit einer Verarbeitungseinheit ein, die auf symptombasierter Fehlererkennung basiert. Symptombasierte Fehlererkennung ist eine leichtgewichtige Methode zur dynamischen Erkennung von soften Hardware-Fehlern durch Überwachung des Ausführungsverhaltens mit Performance Countern. Die dynamische Erkennung von Fehlern ermöglicht dann die Berechnung einer heuristischen Fehlerrate einer Verarbeitungseinheit in einem bestimmten Zeitfenster. Die Fehlerrate wird verwendet, um die Anzahl der erforderlichen Ausführungen einer Anwendung zu berechnen, um eine bestimmte Ergebniszuverlässigkeit, also eine Mindestwahrscheinlichkeit für ein korrektes Ergebnis, zu gewährleisten. Ein wichtiger Aspekt der Zustandserfassung ist die Minimierung des entstehenden Overheads. Ich verringere die Anzahl der für OpenMP-Tasks notwendigen Profiling-Durchläufe durch Thread-Interpolation und Überprüfungen des Skalierungsverhaltens. Zusätzlich untersuche ich die Vorhersage von OpenCL Task-Ausführungszeiten. Die Prädiktoren der Ausführungszeiten werden mit verschiedenen maschinellen Lernalgorithmen trainiert. Als Input werden Profile der Kernel verwendet, die durch statische Codeanalyse erstellt wurden. Um in dieser Dissertation zukünftige Systemzustände vorherzusagen, sollen Anwendungen vorausgesagt werden, die in naher Zukunft im System vorkommen werden. In Kombination mit der Ausführungsdatenbank ermöglicht dies die Schätzung der anstehenden Kosten, die das System zu bewältigen hat. In dieser Arbeit werden zwei Mechanismen zur Vorhersage von Anwendungen/Tasks entwickelt. Der erste Prädiktor zielt darauf ab, neue Instanzen unabhängiger Tasks vorherzusagen. Der zweite Mechanismus betrachtet Ausführungsmuster abhängiger Anwendungen und sagt auf dieser Grundlage zukünftig auftretende Anwendungen vorher. Beide Mechanismen verwenden eine Vorhersagetabelle, die auf Markov-Prädiktoren und dem Abgleich von Mustern basiert. In dieser Arbeit wird das Wissen, das durch die Systemüberwachung und die Vorhersage zukünftiger Anwendungen gewonnen wird, verwendet, um die Optimierungsziele des Systems proaktiv in Einklang zu bringen und zu gewichten. Dies geschieht durch eine Reihe von Regeln, die eine Systemzustandsbeschreibung, bestehend aus dem aktuellen Zustand, Vorhersagen und Randbedingungen bzw. Beschränkungen, auf einen Vektor aus Gewichten abbilden. Zum Erlernen der Regelmenge wird ein Extended Classifer System (XCS) eingesetzt. Das XCS ist in eine hierarchische Architektur eingebettet, die nach den Prinzipien des Organic Computing entworfen wurde. Eine wichtige Designentscheidung ist dabei die Auslagerung der Erstellung neuer Regeln an einen Offline-Algorithmus, der einen Simulator nutzt und parallel zum normalen Systemablauf ausgeführt wird. Dadurch wird sichergestellt, dass keine ungetesteten Regeln, deren Auswirkungen noch nicht bekannt sind, dem laufenden System hinzugefügt werden. Die sich daraus ergebenden Gewichte werden schließlich verwendet, um eine Bewertungsfunktion für List Scheduling-Algorithmen zu erstellen. Diese Dissertation erweitert das Forschungsgebiet der Scheduling-Algorithmen durch zwei Mechanismen für dynamisches Scheduling. Die erste Erweiterung konzentriert sich auf nicht sicherheitskritische Systeme, die Prioritäten verwenden, um die unterschiedliche Wichtigkeit von Tasks auszudrücken. Da statische Prioritäten in stark ausgelasteten Systemen zu Starvation führen können, habe ich einen dynamischen Ageing-Mechanismus entwickelt, der dazu in der Lage ist, die Prioritäten der Tasks entsprechend der aktuellen Auslastung und ihrer Wartezeiten anzupassen. Dadurch reduziert der Mechanismus die Gesamtlaufzeit über alle Tasks und die Wartezeit für Tasks mit niedrigerer Priorität. Noch ist eine große Anzahl von Anwendungen nicht dazu bereit, den hohen Grad an Parallelität zu nutzen, den moderne Computersysteme bieten. Ein Konzept, das versucht dieses Problem zu lösen, indem es mehrere verschiedene Prozesse auf demselben Rechenknoten zur Ausführung bringt, ist das Co-Scheduling. In dieser Dissertation stelle ich einen neuartigen Co-Scheduling-Mechanismus vor, welcher die Task-Schedules mehrerer Laufzeitsysteminstanzen optimiert, die auf demselben Rechenknoten ausgeführt werden. Um die notwendigen Informationen zwischen den Laufzeitsysteminstanzen zu teilen, speichert der Mechanismus die Daten in Shared Memory. Sobald ein Laufzeitsystem neue Tasks in das System einfügt, prüft der Mechanismus, ob die Berechnung eines neuen Schedules sinnvoll ist. Wird die Entscheidung getroffen, einen neuen Schedule zu berechnen, setzt der Mechanismus Simulated Annealing ein, um alle Tasks, die bisher noch nicht mit ihrer Ausführung begonnen haben, neu auf Ausführungseinheiten abzubilden. Zusammenfassend lässt sich sagen, dass diese Arbeit neuartige Mechanismen und Algorithmen sowie Erweiterungen zu verschiedenen Forschungsgebieten anbietet, um ein proaktives selbst-organisierendes System zu implementieren, das sich an neue und unbekannte Situationen anpassen kann. Dabei wird die Komplexität für Benutzer und Anwendungsentwickler reduziert, indem die Entscheidungsfindung in das System selbst ausgelagert wird. Gleichzeitig sorgt dieser Ansatz für eine effiziente Nutzung der Ressourcen des Systems. Insgesamt leistet diese Arbeit die folgenden Beiträge zur Erweiterung des Stands der Forschung: • Einführung einer neuartigen heuristischen Metrik zur Messung der Zuverlässigkeit von Verarbeitungseinheiten. Die Metrik basiert auf einer leichtgewichtigen Methode zur Fehlererkennung, genannt symptombasierte Fehlererkennung. Mit der symptombasierten Fehlererkennung ist es möglich, mehrere injizierte Fehlerklassen und Interferenzen, die Soft-Hardware-Fehler simulieren, sowohl auf einer CPU als auch auf einer GPU zuverlässig zu erkennen. Darüber hinaus werden diese Ergebnisse durch Welch\u27s t-Test statistisch bestätigt. • Vorschlag eines Vorhersagemodells für die Ausführungszeit von OpenCL Kerneln, das auf statischer Code-Analyse basiert. Das Modell ist in der Lage, die schnellste Verarbeitungseinheit aus einer Menge von Verarbeitungseinheiten mit einer Genauigkeit von im schlechtesten Fall $69\,\%$ auszuwählen. Zum Vergleich: eine Referenzvariante, welche immer den Prozessor vorhersagt, der die meisten Kernel am schnellsten ausführt, erzielt eine Genauigkeit von $25\,\%$. Im besten Fall erreicht das Modell eine Genauigkeit von bis zu $83\,\%$. • Bereitstellung von zwei Prädiktoren für kommende Tasks/Anwendungen. Der erste Mechanismus betrachtet unabhängige Tasks, die ständig neue Task-Instanzen erstellen, der zweite abhängige Anwendungen, die Ausführungsmuster bilden. Dabei erzielt der erste Mechanismus bei der Vorhersage der Zeitspanne zwischen zwei aufeinanderfolgenden Task-Instanzen einen maximalen\\ $sMAPE$-Wert von $4,33\,\%$ für sporadische und $0,002 \,\%$ für periodische Tasks. Darüber hinaus werden Tasks mit einem aperiodischen Ausführungsschema zuverlässig erkannt. Der zweite Mechanismus erreicht eine Genauigkeit von $77,6 \,\%$ für die Vorhersage der nächsten anstehenden Anwendung und deren Startzeit. • Einführung einer Umsetzung eines hierarchischen Organic Computing Frameworks mit dem Anwendungsgebiet Task-Scheduling. Dieses Framework enthält u.a. ein modifiziertes XCS, für dessen Design und Implementierung ein neuartiger Reward-Mechanismus entwickelt wird. Der Mechanismus bedient sich dabei eines speziell für diesen Zweck entwickelten Simulators zur Berechnung von Task-Ausführungskosten. Das XCS bildet Beschreibungen des Systemzustands auf Gewichte zur Balancierung der Optimierungsziele des Systems ab. Diese Gewichte werden in einer Bewertungsfunktion für List Scheduling-Algorithmen verwendet. Damit wird in einem Evaluationsszenario, welches aus einem fünfmal wiederholten Muster aus Anwendungen besteht, eine Reduzierung der Gesamtlaufzeit um $10,4\,\%$ bzw. $26,7\,s$, des Energieverbrauchs um $4,7\,\%$ bzw. $2061,1\,J$ und der maximalen Temperatur der GPU um $3,6\,\%$ bzw. $2,7 K$ erzielt. Lediglich die maximale Temperatur über alle CPU-Kerne erhöht sich um $6\,\%$ bzw. $2,3\,K$. • Entwicklung von zwei Erweiterungen zur Verbesserung des dynamischen Task-Schedulings für einzelne und mehrere Prozesse, z.B. mehrere Laufzeitsysteminstanzen. Der erste Mechanismus, ein Ageing-Algorithmus, betrachtet nicht sicherheitskritische Systeme, welche Task-Prioritäten verwenden, um die unterschiedliche Bedeutung von Anwendungen darzustellen. Da es in solchen Anwendungsszenarien in Kombination mit hoher Systemauslastung zu Starvation kommen kann, passt der Mechanismus die Task-Prioritäten dynamisch an die aktuelle Auslastung und die Task-Wartezeiten an. Insgesamt erreicht dieser Mechanismus in zwei Bewertungsszenarien eine durchschnittliche Laufzeitverbesserung von $3,75\,\%$ und $3,16\,\%$ bei gleichzeitiger Reduzierung der Durchlaufzeit von Tasks mit niedrigerer Priorität um bis zu $25,67\,\%$. Der zweite Mechanismus ermöglicht die Optimierung von Schedules mehrerer Laufzeitsysteminstanzen, die parallel auf demselben Rechenknoten ausgeführt werden. Dieser Co-Scheduling-Ansatz verwendet Shared Memory zum Austausch von Informationen zwischen den Prozessen und Simulated Annealing zur Berechnung neuer Task-Schedules. In zwei Evaluierungsszenarien erzielt der Mechanismus durchschnittliche Laufzeitverbesserungen von $19,74\,\%$ und $20,91\,\%$ bzw. etwa $2,7\,s$ und $3\,s$

Optimización de algoritmos bioinspirados en sistemas heterogéneos CPU-GPU.

Los retos científicos del siglo XXI precisan del tratamiento y análisis de una ingente cantidad de información en la conocida como la era del Big Data. Los futuros avances en distintos sectores de la sociedad como la medicina, la ingeniería o la producción eficiente de energía, por mencionar sólo unos ejemplos, están supeditados al crecimiento continuo en la potencia computacional de los computadores modernos. Sin embargo, la estela de este crecimiento computacional, guiado tradicionalmente por la conocida “Ley de Moore”, se ha visto comprometido en las últimas décadas debido, principalmente, a las limitaciones físicas del silicio. Los arquitectos de computadores han desarrollado numerosas contribuciones multicore, manycore, heterogeneidad, dark silicon, etc, para tratar de paliar esta ralentización computacional, dejando en segundo plano otros factores fundamentales en la resolución de problemas como la programabilidad, la fiabilidad, la precisión, etc. El desarrollo de software, sin embargo, ha seguido un camino totalmente opuesto, donde la facilidad de programación a través de modelos de abstracción, la depuración automática de código para evitar efectos no deseados y la puesta en producción son claves para una viabilidad económica y eficiencia del sector empresarial digital. Esta vía compromete, en muchas ocasiones, el rendimiento de las propias aplicaciones; consecuencia totalmente inadmisible en el contexto científico. En esta tesis doctoral tiene como hipótesis de partida reducir las distancias entre los campos hardware y software para contribuir a solucionar los retos científicos del siglo XXI. El desarrollo de hardware está marcado por la consolidación de los procesadores orientados al paralelismo masivo de datos, principalmente GPUs Graphic Processing Unit y procesadores vectoriales, que se combinan entre sí para construir procesadores o computadores heterogéneos HSA. En concreto, nos centramos en la utilización de GPUs para acelerar aplicaciones científicas. Las GPUs se han situado como una de las plataformas con mayor proyección para la implementación de algoritmos que simulan problemas científicos complejos. Desde su nacimiento, la trayectoria y la historia de las tarjetas gráficas ha estado marcada por el mundo de los videojuegos, alcanzando altísimas cotas de popularidad según se conseguía más realismo en este área. Un hito importante ocurrió en 2006, cuando NVIDIA (empresa líder en la fabricación de tarjetas gráficas) lograba hacerse con un hueco en el mundo de la computación de altas prestaciones y en el mundo de la investigación con el desarrollo de CUDA “Compute Unified Device Arquitecture. Esta arquitectura posibilita el uso de la GPU para el desarrollo de aplicaciones científicas de manera versátil. A pesar de la importancia de la GPU, es interesante la mejora que se puede producir mediante su utilización conjunta con la CPU, lo que nos lleva a introducir los sistemas heterogéneos tal y como detalla el título de este trabajo. Es en entornos heterogéneos CPU-GPU donde estos rendimientos alcanzan sus cotas máximas, ya que no sólo las GPUs soportan el cómputo científico de los investigadores, sino que es en un sistema heterogéneo combinando diferentes tipos de procesadores donde podemos alcanzar mayor rendimiento. En este entorno no se pretende competir entre procesadores, sino al contrario, cada arquitectura se especializa en aquella parte donde puede explotar mejor sus capacidades. Donde mayor rendimiento se alcanza es en estos clústeres heterogéneos, donde múltiples nodos son interconectados entre sí, pudiendo dichos nodos diferenciarse no sólo entre arquitecturas CPU-GPU, sino también en las capacidades computacionales dentro de estas arquitecturas. Con este tipo de escenarios en mente, se presentan nuevos retos en los que lograr que el software que hemos elegido como candidato se ejecuten de la manera más eficiente y obteniendo los mejores resultados posibles. Estas nuevas plataformas hacen necesario un rediseño del software para aprovechar al máximo los recursos computacionales disponibles. Se debe por tanto rediseñar y optimizar los algoritmos existentes para conseguir que las aportaciones en este campo sean relevantes, y encontrar algoritmos que, por su propia naturaleza sean candidatos para que su ejecución en dichas plataformas de alto rendimiento sea óptima. Encontramos en este punto una familia de algoritmos denominados bioinspirados, que utilizan la inteligencia colectiva como núcleo para la resolución de problemas. Precisamente esta inteligencia colectiva es la que les hace candidatos perfectos para su implementación en estas plataformas bajo el nuevo paradigma de computación paralela, puesto que las soluciones pueden ser construidas en base a individuos que mediante alguna forma de comunicación son capaces de construir conjuntamente una solución común. Esta tesis se centrará especialmente en uno de estos algoritmos bioinspirados que se engloba dentro del término metaheurísticas bajo el paradigma del Soft Computing, el Ant Colony Optimization “ACO”. Se realizará una contextualización, estudio y análisis del algoritmo. Se detectarán las partes más críticas y serán rediseñadas buscando su optimización y paralelización, manteniendo o mejorando la calidad de sus soluciones. Posteriormente se pasará a implementar y testear las posibles alternativas sobre diversas plataformas de alto rendimiento. Se utilizará el conocimiento adquirido en el estudio teórico-práctico anterior para su aplicación a casos reales, más en concreto se mostrará su aplicación sobre el plegado de proteínas. Todo este análisis es trasladado a su aplicación a un caso concreto. En este trabajo, aunamos las nuevas plataformas hardware de alto rendimiento junto al rediseño e implementación software de un algoritmo bioinspirado aplicado a un problema científico de gran complejidad como es el caso del plegado de proteínas. Es necesario cuando se implementa una solución a un problema real, realizar un estudio previo que permita la comprensión del problema en profundidad, ya que se encontrará nueva terminología y problemática para cualquier neófito en la materia, en este caso, se hablará de aminoácidos, moléculas o modelos de simulación que son desconocidos para los individuos que no sean de un perfil biomédico.Ingeniería, Industria y Construcció

Parallel and Distributed Computing

The 14 chapters presented in this book cover a wide variety of representative works ranging from hardware design to application development. Particularly, the topics that are addressed are programmable and reconfigurable devices and systems, dependability of GPUs (General Purpose Units), network topologies, cache coherence protocols, resource allocation, scheduling algorithms, peertopeer networks, largescale network simulation, and parallel routines and algorithms. In this way, the articles included in this book constitute an excellent reference for engineers and researchers who have particular interests in each of these topics in parallel and distributed computing

Design Space Exploration and Resource Management of Multi/Many-Core Systems

The increasing demand of processing a higher number of applications and related data on computing platforms has resulted in reliance on multi-/many-core chips as they facilitate parallel processing. However, there is a desire for these platforms to be energy-efficient and reliable, and they need to perform secure computations for the interest of the whole community. This book provides perspectives on the aforementioned aspects from leading researchers in terms of state-of-the-art contributions and upcoming trends

Energy Aware Runtime Systems for Elastic Stream Processing Platforms

Following an invariant growth in the required computational performance of processors, the multicore revolution started around 20 years ago. This revolution was mainly an answer to power dissipation constraints restricting the increase of clock frequency in single-core processors. The multicore revolution not only brought in the challenge of parallel programming, i.e. being able to develop software exploiting the entire capabilities of manycore architectures, but also the challenge of programming heterogeneous platforms. The question of “on which processing element to map a specific computational unit?”, is well known in the embedded community. With the introduction of general-purpose graphics processing units (GPGPUs), digital signal processors (DSPs) along with many-core processors on different system-on-chip platforms, heterogeneous parallel platforms are nowadays widespread over several domains, from consumer devices to media processing platforms for telecom operators. Finding mapping together with a suitable hardware architecture is a process called design-space exploration. This process is very challenging in heterogeneous many-core architectures, which promise to offer benefits in terms of energy efficiency. The main problem is the exponential explosion of space exploration. With the recent trend of increasing levels of heterogeneity in the chip, selecting the parameters to take into account when mapping software to hardware is still an open research topic in the embedded area. For example, the current Linux scheduler has poor performance when mapping tasks to computing elements available in hardware. The only metric considered is CPU workload, which as was shown in recent work does not match true performance demands from the applications. Doing so may produce an incorrect allocation of resources, resulting in a waste of energy. The origin of this research work comes from the observation that these approaches do not provide full support for the dynamic behavior of stream processing applications, especially if these behaviors are established only at runtime. This research will contribute to the general goal of developing energy-efficient solutions to design streaming applications on heterogeneous and parallel hardware platforms. Streaming applications are nowadays widely spread in the software domain. Their distinctive characiteristic is the retrieving of multiple streams of data and the need to process them in real time. The proposed work will develop new approaches to address the challenging problem of efficient runtime coordination of dynamic applications, focusing on energy and performance management.Efter en oföränderlig tillväxt i prestandakrav hos processorer, började den flerkärniga processor-revolutionen för ungefär 20 år sedan. Denna revolution skedde till största del som en lösning till begränsningar i energieffekten allt eftersom klockfrekvensen kontinuerligt höjdes i en-kärniga processorer. Den flerkärniga processor-revolutionen medförde inte enbart utmaningen gällande parallellprogrammering, m.a.o. förmågan att utveckla mjukvara som använder sig av alla delelement i de flerkärniga processorerna, men också utmaningen med programmering av heterogena plattformar. Frågeställningen ”på vilken processorelement skall en viss beräkning utföras?” är väl känt inom ramen för inbyggda datorsystem. Efter introduktionen av grafikprocessorer för allmänna beräkningar (GPGPU), signalprocesserings-processorer (DSP) samt flerkärniga processorer på olika system-on-chip plattformar, är heterogena parallella plattformar idag omfattande inom många domäner, från konsumtionsartiklar till mediaprocesseringsplattformar för telekommunikationsoperatörer. Processen att placera beräkningarna på en passande hårdvaruplattform kallas för utforskning av en designrymd (design-space exploration). Denna process är mycket utmanande för heterogena flerkärniga arkitekturer, och kan medföra fördelar när det gäller energieffektivitet. Det största problemet är att de olika valmöjligheterna i designrymden kan växa exponentiellt. Enligt den nuvarande trenden som förespår ökad heterogeniska aspekter i processorerna är utmaningen att hitta den mest passande placeringen av beräkningarna på hårdvaran ännu en forskningsfråga inom ramen för inbyggda datorsystem. Till exempel, den nuvarande schemaläggaren i Linux operativsystemet är inkapabel att hitta en effektiv placering av beräkningarna på den underliggande hårdvaran. Det enda mätsättet som används är processorns belastning vilket, som visats i tidigare forskning, inte motsvarar den verkliga prestandan i applikationen. Användning av detta mätsätt vid resursallokering resulterar i slöseri med energi. Denna forskning härstammar från observationerna att dessa tillvägagångssätt inte stöder det dynamiska beteendet hos ström-processeringsapplikationer (stream processing applications), speciellt om beteendena bara etableras vid körtid. Denna forskning kontribuerar till det allmänna målet att utveckla energieffektiva lösningar för ström-applikationer (streaming applications) på heterogena flerkärniga hårdvaruplattformar. Ström-applikationer är numera mycket vanliga i mjukvarudomän. Deras distinkta karaktär är inläsning av flertalet dataströmmar, och behov av att processera dem i realtid. Arbetet i denna forskning understöder utvecklingen av nya sätt för att lösa det utmanade problemet att effektivt koordinera dynamiska applikationer i realtid och fokus på energi- och prestandahantering

Algoritmo Evolutivo Multiobjetivo con Paralelismo Multinivel para Clasificación de EEGs: Análisis Energía-tiempo en Clústeres Heterogéneos

Acceso a través de la plataforma ZENODO: https://zenodo.org/record/7181229/#.Y71LhHbMKUkToday's heterogeneous architectures interconnect nodes with multiple microprocessors and multicore accelerators that allow different strategies to accelerate applications and optimize their power consumption. In this work, a multilevel parallel procedure is proposed that takes advantage of all the nodes of a heterogeneous CPU-GPU cluster. Three different versions have been implemented, which have been analyzed in terms of execution time and energy consumption. Although the work considers an evolutionary master-worker algorithm for feature selection and EEG classification, the conclusions of the experimental analysis can be extrapolated to other applications in bioinformatics and data mining with the same computational profile as the problem considered here. The proposed parallel approach allows to reduce the execution time by a factor of up to 83 with only 4.9% of the energy consumed by the sequential procedure.Las arquitecturas heterogéneas actuales interconectan nodos con múltiples microprocesadores y aceleradores multinúcleo que permiten diferentes estrategias para acelerar las aplicaciones y optimizar su consumo de energía. En este trabajo se propone un procedimiento paralelo multinivel que aprovecha todos los nodos de un clúster CPU-GPU heterogéneo. Se han implementado tres versiones diferentes, que han sido analizadas en términos de tiempo de ejecución y consumo energético. Aunque el trabajo considera un algoritmo maestro-trabajador evolutivo para selección de características y clasificación de EEGs, las conclusiones del análisis experimental se pueden extrapolar a otras aplicaciones en bioinformática y minería de datos con el mismo perfil de cómputo que el problema considerado aquí. El enfoque paralelo propuesto permite reducir el tiempo de ejecución en un factor de hasta 83 con sólo un 4,9% de la energía consumida por el procedimiento secuencial.Investigación financiada parcialmente por el Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades (MICIU) junto con el Fondo Europeo de Desarrollo Regional (FEDER), proyecto PGC2018-098813-B-C31