Curation and expansion of Human Phenotype Ontology for defined groups of inborn errors of immunity

BACKGROUND Accurate, detailed, and standardized phenotypic descriptions are essential to support diagnostic interpretation of genetic variants and to discover new diseases. The Human Phenotype Ontology (HPO), extensively used in rare disease research, provides a rich collection of vocabulary with standardized phenotypic descriptions in a hierarchical structure. However, to date, the use of HPO has not yet been widely implemented in the field of inborn errors of immunity (IEIs), mainly due to a lack of comprehensive IEI-related terms. OBJECTIVES We sought to systematically review available terms in HPO for the depiction of IEIs, to expand HPO, yielding more comprehensive sets of terms, and to reannotate IEIs with HPO terms to provide accurate, standardized phenotypic descriptions. METHODS We initiated a collaboration involving expert clinicians, geneticists, researchers working on IEIs, and bioinformaticians. Multiple branches of the HPO tree were restructured and extended on the basis of expert review. Our ontology-guided machine learning coupled with a 2-tier expert review was applied to reannotate defined subgroups of IEIs. RESULTS We revised and expanded 4 main branches of the HPO tree. Here, we reannotated 73 diseases from 4 International Union of Immunological Societies-defined IEI disease subgroups with HPO terms. We achieved a 4.7-fold increase in the number of phenotypic terms per disease. Given the new HPO annotations, we demonstrated improved ability to computationally match selected IEI cases to their known diagnosis, and improved phenotype-driven disease classification. CONCLUSIONS Our targeted expansion and reannotation presents enhanced precision of disease annotation, will enable superior HPO-based IEI characterization, and hence benefit both IEI diagnostic and research activities

Objetivos de desarrollo sostenibles (ODS), a través de la metodología de Educación Deportiva, en las prácticas de los alumn@s de la mención Educación Física, en los colegios de Ceuta

En un periodo histórico como el que nos está tocando vivir, marcado por la reciente pandemia y el estallido de la guerra de Ucrania, a menudo olvidamos cuales son los grandes retos a los que la humanidad se enfrenta en su conjunto, sin duda el más urgente de solucionar es el cambio climático. El calentamiento global ya está produciendo efectos innegables y en la vida de los seres vivos que la habitan con desaparición de especies, perdidas de cosechas, migraciones de refugiados climáticos... Ante la lentitud de los gobiernos, cuya agenda sigue marcada por preceptos económicos, sin entender que sin planeta no habrá economía, como educadores nos vemos en la obligación de intentar aportar nuestro granito de arena, fruto del cual surge este proyecto de innovación, cuyo objetivo es doble, por un lado pretende un aumento significativo del número de prácticas externas reales en los centros educativos con los alumnos de primaria, involucrando a más de 10 centros de la ciudad de Ceuta, que llevarían a cabo los alumnos de la mención de Educación Física. Por otro lado, pretende concienciar a alumno de prácticas, personal docente y sobre todo a los alumnos de educación primaria sobre las posibilidades que tenemos para mejorar nuestra huella ambiental. Este proyecto nace como una propuesta paralela a los proyectos anteriormente presentados. Queremos innovar en los proyectos anteriores, alineando nuestro proyecto de innovación docente con la Agenda 2030, consiguiendo aplicar Objetivos de Desarrollo Sostenible (En adelante ODS) en los centros de primaria desde la asignatura de educación física, consiguiendo la sensibilización de todos los participantes y su círculo de influencia (docentes de otras especialidades, familias y demás entorno cercano del alumno). El proyecto se ha desarrollado con una metodología innovadora basada en Modelo de Educación Deportiva (en adelante MED), mediante el cual los alumnos han sido protagonistas de su aprendizaje ocupando distintos roles mediante un aprendizaje transversal, con una gran capacidad adherencia a la práctica físico-deportiva de forma y desarrollando en el alumnado altos niveles de motivación intrínseca hacia la práctica de Educación Física. El MED tiene como objetivo principal propiciar experiencias deportivas auténticas, ricas y llenas de significado con el fin de que los estudiantes se conviertan en personas cultas, competentes desde el punto de vista motor y entusiastas. Otra innovación docente que desde el equipo docente añadimos a este modelo, es la implementación de deportes alternativos con materiales generados por los propios alumnos de primaria, trabajando de forma transversal con otras asignaturas, como por ejemplo educación plástica, para que los alumnos realicen sus propios materiales de juego y competición y ceremonias de premios, o con la asignatura de música para componer una música o ritmo que será asociado a su equipo. Mediante este modelo de aprendizaje MOD el alumno desarrollará unidades didácticas más extensas de lo habitual (12-14 sesiones) llamadas temporadas, en las que el alumno profundización en las relaciones sociales, desarrollo de la autonomía, potenciación de la competencia motora, etc. Una segunda innovación que completa el MOD y que se propone en este proyecto de innovación docente, es la inclusión de dos tiempos educativos, ya descritos en el modelo de pedagogía de la aventura con una duración de 5´cada uno, uno en la información inicial en el que se le da al alumno una información de lo que se espera conseguir en la sesión y se lanzan algunas nociones sobre OBS y los materiales, y otro final en el que se genera un debate, acerca de lo trabajado en la sesión de deportes alternativos, sensaciones después de jugar con materiales creados por ellos mismos y como eso puede repercutir en su planeta y su vida actual o futura. ¿Se podría aplicar lo aprendido en educación física a otros aspectos de la vida para ayudar al planeta y mejorar nuestra calidad de vida y la de otros seres humanos? Mediante estas propuestas los alumnos se sienten protagonistas de su aprendizaje y empatizan con otros alumnos que juegan así por necesidad, ante la ausencia de material deportivo que se confronta con la abundancia de basura y residuos sobre producidos, que destruyen el medio ambiente y les rodean ante una ausencia de política de reciclaje y consumo responsable. Los alumnos se ponen en su lugar, para ver sus dificultades y sus ventajas, vivenciando y experimentando, de forma práctica y lúdica, la situación y proyectando a los maestros las posibilidades de trabajar de forma esta temática en el aula, proyectando los ODS desde distintos ámbitos de conocimiento. Los estudiantes de la mención de Educación Física del campus de Ceuta, durante la ejecución del proyecto, desarrollaran prácticas educativas en el área de educación física, dando un servicio de formación a los maestros de los centros educativos de primaria del Ministerio de Educación en Ceuta. El estudiantado de la UGR llevará a cabo, en los centros escolares de primaria, una planificación de las unidades didácticas, junto con el maestro tutor del centro y el profesor responsable de la facultad, para poder desarrollar, planificar, intervenir y evaluar mediante tareas motrices dirigida a una Educación Física siguiendo el modelo MED encaminados a cumplir con Objetivos de Desarrollo Sostenible. Con esta metodología innovadora, los alumnos de educación primaria de los centros, dirigidos por los estudiantes de la mención de Educación Física, y bajo la supervisión de los tutores del centro y de la UGR, podrán experimentar y participar en sesiones de E.F. cuya puesta en acción será de forma activa y colaborativa, con estrategias socializantes con el fin de que los alumnos reflexionen sobre los ODS y la implicación en su vida y el planeta. Por parte de los supervisores de la UGR, se centrará, el trabajo en el aula, a la formación de los estudiantes de la mención de Educación Física, centrándolos en la creación de nuevas actividades que sitúe a los alumnos de primaria en una situación de necesidad educativa, y su ulterior resolución mediante metodologías activas e innovadoras. Este proyecto facilitará una unidad didáctica de juegos y deportes alternativos, que los alumnos de la mención de E.F. deberán llevar a cabo, con las respectivas adaptaciones al grupo clase, y que tendrá como resultado una competición regular, y un gran evento final en la que distintos centros competirán y ellos mismos serán los encargados de arbitrar, y realizar la ceremonia de entrega de premios. Un torneo de juegos y deportes alternativos, reforzando a nuestros alumnos de la mención de E.F. a la vivencia de prácticas experienciales, gestión de actividades, resolución del conflicto en el aula y prácticas docentes en situaciones reales. Este proyecto supone un salto de calidad y concreción a los proyectos docentes anteriores, y pretende ser más innovador mediante el uso de metodologías activas e innovadoras, como el MED, y llevando a las aulas de primaria la Agenda 2030 y sus vitales objetivos para el estudiantado de educación primaria. Además, el presente proyecto supone, para el estudiantado de la mención de E.F. del campus de Ceuta, un incremento, en el número de horas de formación práctica en centros escolares, tomando parte en la realidad educativa de la ciudad y vivenciando y experimentando la docencia práctica de cada centro escolar. Los estudiantes del grado de Primaria (mención E.F.) podrán, al finalizar el proyecto de innovación docente, establecer correlaciones entre los contenidos impartidos en las asignaturas de la mención y entre los contenidos que ellos mismos tendrán que aplicar en el período de tiempo que estén dando clases en los centros de primaria., enriqueciendo su formación docente y mejorando la calidad educativa de la mención en E.F. del grado en Educación Primaria del campus de Ceuta. Además, todo lo anterior ayudará, al estudiantado de la mención, a abrir nuevas líneas de investigación para sus TFG y también les posibilitará conocer previamente el centro en el que se verán inmersos durante el Practicum II. Al igual que en proyectos anteriores, existe la cooperación entre la universidad y los centros educativos para que los alumnos puedan tener unas buenas prácticas docentes. Los profesores de la mención concluirán todos los contenidos de sus asignaturas antes de que los alumnos tomen parte en su período de prácticas del proyecto de innovación docente, con el fin de que apliquen lo aprendido en la facultad, a la realizada educativa de los centros de primara de Ceuta. Las prácticas realizadas en los proyectos anteriores no llevaban una carga tan específica de contenido y formación que pudiera ser aprovechada por los maestros tutores y alumnos/as de los centros educativos, de ahí su carácter formativo para los propios maestros de los centros, siendo una forma más de acercar nuevamente nuestra universidad y su carácter de servicio a otras comunidades. El presente proyecto complementará y reforzará específicamente a los anteriores, haciéndolo más concreto en sus contenidos y nos llevará a realizar todas las modificaciones que hemos visto oportunas en las evaluaciones de los proyectos anteriores, entre las que destacaríamos: realizar observaciones de clases a través de videos, hacer efectiva la realización de una metodología como la MED que se ha demostrado altamente motivante, en coordinación con todos los maestros de educación física, y los alumnos empezarán durante este proyecto su proceso de investigación en cada uno de los centros educativos, que les pueda ayudar al desarrollo final de su TFG a lo largo de sus prácticas en la asignatura de Practicum II de Educación Primaria. Estamos seguros de que este tipo de proyecto mejora de forma significativa la formación de nuestros alumnos/as matriculados en las diferentes asignaturas de la mención de Educación Física en el Grado de Educación Primaria. Además, de manera mucho más específica, también mejorará la formación práctica de las diferentes asignaturas de dicha mención, con relación a la necesidad de aprender y enseñar realizando prácticas en contextos reales con alumnos de primaria, extendiendo las oportunidades y posibilidades de realizar prácticas de aprendizaje en la mención de educación física. Tales aspectos han sido analizados y evaluados en el seno de la comisión de prácticas de la Dirección Provincial del MECD en Ceuta. Responde a las recomendaciones específicas y directas realizadas en su día por la DEVA en la evaluación de la titulación de Educación Primaria, para la renovación de la acreditación, donde dice textualmente: “El estudiante cuando aplica de forma práctica lo aprendido en las asignaturas, aumenta exponencialmente su motivación con la profesión y su satisfacción con la formación universitaria”. La idea principal es que los estudiantes de las diferentes optativas de la Mención de Educación Física participen durante un periodo de tiempo (cuatro semanas) en el desarrollo de la docencia de educación física específica, solicitada previamente por los diferentes centros escolares de la ciudad de Ceuta, con el MOD como principal metodología de formación, estableciendo conexiones entre los aspectos trabajados en las diferentes asignaturas, y esta nueva realidad educativa de los colegios, la posibilidad de buscar líneas de investigación para su TFG y sobre todo la necesidad de formación y de nuevos e innovadores aprendizajes en los diferentes centros. Existirá un trabajo cooperativo entre los profesores de la Universidad, Departamentos y maestros especialistas en educación física que participan en este proyecto, para mejorar las prácticas de las asignaturas especificas de la Mención. Los profesores del proyecto imparten el 100% de las asignaturas de la mención en el 4º curso durante el primer semestre, lo que facilita la coordinación de dicho proyecto.Universidad de Granada, Unidad de Calidad, innovación Docente y prospectiva

Curation and expansion of Human Phenotype Ontology for defined groups of inborn errors of immunity.

BACKGROUND: Accurate, detailed, and standardized phenotypic descriptions are essential to support diagnostic interpretation of genetic variants and to discover new diseases. The Human Phenotype Ontology (HPO), extensively used in rare disease research, provides a rich collection of vocabulary with standardized phenotypic descriptions in a hierarchical structure. However, to date, the use of HPO has not yet been widely implemented in the field of inborn errors of immunity (IEIs), mainly due to a lack of comprehensive IEI-related terms. OBJECTIVES: We sought to systematically review available terms in HPO for the depiction of IEIs, to expand HPO, yielding more comprehensive sets of terms, and to reannotate IEIs with HPO terms to provide accurate, standardized phenotypic descriptions. METHODS: We initiated a collaboration involving expert clinicians, geneticists, researchers working on IEIs, and bioinformaticians. Multiple branches of the HPO tree were restructured and extended on the basis of expert review. Our ontology-guided machine learning coupled with a 2-tier expert review was applied to reannotate defined subgroups of IEIs. RESULTS: We revised and expanded 4 main branches of the HPO tree. Here, we reannotated 73 diseases from 4 International Union of Immunological Societies-defined IEI disease subgroups with HPO terms. We achieved a 4.7-fold increase in the number of phenotypic terms per disease. Given the new HPO annotations, we demonstrated improved ability to computationally match selected IEI cases to their known diagnosis, and improved phenotype-driven disease classification. CONCLUSIONS: Our targeted expansion and reannotation presents enhanced precision of disease annotation, will enable superior HPO-based IEI characterization, and hence benefit both IEI diagnostic and research activities

Mutations affecting the actin regulator WD repeat–containing protein 1 lead to aberrant lymphoid immunity

Background: The actin-interacting protein WD repeat–containing protein 1 (WDR1) promotes cofilin-dependent actin filament turnover. Biallelic WDR1 mutations have been identified recently in an immunodeficiency/autoinflammatory syndrome with aberrant morphology and function of myeloid cells. Objective: Given the pleiotropic expression of WDR1, here we investigated to what extent it might control the lymphoid arm of the immune system in human subjects. Methods: Histologic and detailed immunologic analyses were performed to elucidate the role of WDR1 in the development and function of B and T lymphocytes. Results: Here we identified novel homozygous and compound heterozygous WDR1 missense mutations in 6 patients belonging to 3 kindreds who presented with respiratory tract infections, skin ulceration, and stomatitis. In addition to defective adhesion and motility of neutrophils and monocytes, WDR1 deficiency was associated with aberrant T-cell activation and B-cell development. T lymphocytes appeared to develop normally in the patients, except for the follicular helper T-cell subset. However, peripheral T cells from the patients accumulated atypical actin structures at the immunologic synapse and displayed reduced calcium flux and mildly impaired proliferation on T-cell receptor stimulation. WDR1 deficiency was associated with even more severe abnormalities of the B-cell compartment, including peripheral B-cell lymphopenia, paucity of B-cell progenitors in the bone marrow, lack of switched memory B cells, reduced clonal diversity, abnormal B-cell spreading, and increased apoptosis on B-cell receptor/Toll-like receptor stimulation. Conclusion: Our study identifies a novel role for WDR1 in adaptive immunity, highlighting WDR1 as a central regulator of actin turnover during formation of the B-cell and T-cell immunologic synapses

Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality

Global urban environmental change drives adaptation in white clover

Urbanization transforms environments in ways that alter biological evolution. We examined whether urban environmental change drives parallel evolution by sampling 110,019 white clover plants from 6169 populations in 160 cities globally. Plants were assayed for a Mendelian antiherbivore defense that also affects tolerance to abiotic stressors. Urban-rural gradients were associated with the evolution of clines in defense in 47% of cities throughout the world. Variation in the strength of clines was explained by environmental changes in drought stress and vegetation cover that varied among cities. Sequencing 2074 genomes from 26 cities revealed that the evolution of urban-rural clines was best explained by adaptive evolution, but the degree of parallel adaptation varied among cities. Our results demonstrate that urbanization leads to adaptation at a global scale

Identification of insect-deterrent metabolites from acremonium masseei strain CICY026, a saprophytic fungus from a sinkhole in Yucatán

Micromycetes from unexplored sources represent an opportunity to discover novel natural products to control insect pests. With this aim, a strain of Acremonium masseei CICY026 isolated from a tropical sinkhole was identified, cultured on fermented rice, and its ethyl acetate extract (EAE) was evaluated against three serious phytophagous insects (Bemisia tabaci, Myzus persicae, and Rhopalosiphum padi). DNA from A. masseei CICY026 was used to confirm its identity. EAE caused settling inhibition (SI) of M. persicae and R. padi (67.5% and 75.3%, respectively). Bioassay-guided fractionation of the active EAE led to the isolation of a novel metabolite, named hexahydroacremonintriol (1), and of acremonin A glucoside (2). The structures of 1 and 2 were determined using IR, one- and two-dimensional NMR, HRMS, and confirmed by theoretical data. The aphid M. persicae was noticeably sensitive to 1 and 2 (SI: 55.6% and 67.2%, respectively), whereas R. padi was only slightly affected by 1 (SI: 59%). This new knowledge about mycobiota from these special sinkhole ecosystems will inform the development of new biorational pesticides.This work was supported by CONACyT project number CB-132156, PDCPN-2015-266, and partially by Grant CTQ2015-64049-C3-1-R, Ministerio de Economia y Competitividad, Spain (MINECO/FEDER).Peer reviewe

Servicio de atención en línea de la biblioteca de la Universidad de Málaga

Objectives and design of the online information service, which has been implemented by the Chat Service Work Team for the Library of the Universidad de Málaga , are presented. Main outcomes and conclusions are also highlighted

Compilación de Proyectos de Investigación desde el año 2003 al 2012

Listado de Proyectos de investigación de UPIICSA desde 2003 a 201