RrmA regulates the stability of specific transcripts in response to both nitrogen source and oxidative stress

Differential regulation of transcript stability is an effective means by which an organism can modulate gene expression. A well-characterized example is glutamine signalled degradation of specific transcripts in Aspergillus nidulans. In the case of areA, which encodes a wide-domain transcription factor mediating nitrogen metabolite repression, the signal is mediated through a highly conserved region of the 3′ UTR. Utilizing this RNA sequence we isolated RrmA, an RNA recognition motif protein. Disruption of the respective gene led to loss of both glutamine signalled transcript degradation as well as nitrate signalled stabilization of niaD mRNA. However, nitrogen starvation was shown to act independently of RrmA in stabilizing certain transcripts. RrmA was also implicated in the regulation of arginine catabolism gene expression and the oxidative stress responses at the level of mRNA stability. ΔrrmA mutants are hypersensitive to oxidative stress. This phenotype correlates with destabilization of eifE and dhsA mRNA. eifE encodes eIF5A, a translation factor within which a conserved lysine is post-translationally modified to hypusine, a process requiring DhsA. Intriguingly, for specific transcripts RrmA mediates both stabilization and destabilization and the specificity of the signals transduced is transcript dependent, suggesting it acts in consort with other factors which differ between transcripts

European Stakeholder Round Table on Citizen and DIY Science and Responsible Research and Innovation

Göbel, C., Agnello, G., Baïz, I., Berditchevskaia, A., Evers, L., García, D., Pritchard, H., Luna, S., Ramanauskaite, E. M., Serrano, F., Boheemen, P. v., Völker, T., Wyszomirski, P., Vohland, K. (2017): European Stakeholder Round Table on Citizen and DIY Science and Responsible Research and Innovation. Doing-it-Together Science Report. URI: http://discovery.ucl.ac.uk/id/eprint/1563626 / The report is the result of an event on 8th November 2016 in Berlin. The round table has been organized by ECSA as part of the Doing-it-Together Science project (DITOs) and realized in the framework of the Berlin Science Week

Assessing anti-rabies baiting – what happens on the ground?

BACKGROUND: Rabies is one of the most hazardous zoonoses in the world. Oral mass vaccination has developed into the most effective management method to control fox rabies. The future need to control the disease in large countries (i.e. Eastern Europe and the Americas) forces cost-benefit discussions. The 'Increase bait density' option refers to the usual management assumption that more baits per km(2 )could compensate for high fox abundance and override the imperfect supply of bait pieces to the individual fox. METHODS: We use a spatial simulation, which combines explicitly fox space use (tessellation polygons) and aeroplane flight lines (straight lines). The number of baits actually falling into each polygon is measured. The manager's strategic options are converted into changes of the resulting bait distribution on the ground. The comparison enables the rating of the options with respect to the management aim (i.e. accessibility of baits). RESULTS: Above 5% (approx. 10%) of all fox groups without any bait (at most 5 baits) relate to the baiting strategy applied in the field (1 km spaced parallel flight lines, 20 baits per km(2 )distributed) under habitat conditions comparable to middle and western Europe (fox group home-range 1 km(2), 2.5 adults; reference strategy). Increasing the bait density on the same flight-line pattern neither reduces the number of under-baited fox group home-ranges, nor improves the management outcome and hence wastes resources. However, reducing the flight line distance provides a more even bait distribution and thus compensates for missed fox groups or extra high fox density. The reference strategy's bait density can be reduced when accounting for the missed fox groups. The management result with the proper strategy is likely the same but with reduced costs. CONCLUSION: There is no overall optimal strategy for the bait distribution in large areas. For major parts of the landscape, the reference strategy will be more competitive. In situations where set backs are attributed to non-homogeneous bait accessibility the distribution scheme has to be refined zone-based (i.e. increase of the flight line length per unit area). However, increase in bait density above the reference strategy appears inappropriate at least for non-urban abundance conditions of the red fox

Type III restriction-modification enzymes: a historical perspective

Restriction endonucleases interact with DNA at specific sites leading to cleavage of DNA. Bacterial DNA is protected from restriction endonuclease cleavage by modifying the DNA using a DNA methyltransferase. Based on their molecular structure, sequence recognition, cleavage position and cofactor requirements, restriction-modification (R-M) systems are classified into four groups. Type III R-M enzymes need to interact with two separate unmethylated DNA sequences in inversely repeated head-to-head orientations for efficient cleavage to occur at a defined location (25-27 bp downstream of one of the recognition sites). Like the Type I R-M enzymes, Type III R-M enzymes possess a sequence-specific ATPase activity for DNA cleavage. ATP hydrolysis is required for the long-distance communication between the sites before cleavage. Different models, based on 1D diffusion and/or 3D-DNA looping, exist to explain how the long-distance interaction between the two recognition sites takes place. Type III R-M systems are found in most sequenced bacteria. Genome sequencing of many pathogenic bacteria also shows the presence of a number of phase-variable Type III R-M systems, which play a role in virulence. A growing number of these enzymes are being subjected to biochemical and genetic studies, which, when combined with ongoing structural analyses, promise to provide details for mechanisms of DNA recognition and catalysis

Fine grain fractions from basalts processing and their usefulness in ceramics

Produkcja kruszyw łamanych z bazaltów dolnośląskich wiąże się m.in. z otrzymywaniem znacznej ilości drobnych frakcji ziarnowych, często o pyłowym charakterze. Jak dotąd stopień ich gospodarczego wykorzystania jest niewielki. W składzie mineralnym surowca bazaltowego stwierdzono obecność – oprócz głównych składników (pirokseny, zasadowe plagioklazy oraz – rzadziej – oliwiny i nefelin) – produktów ich wietrzenia chemicznego, reprezentowanych przez minerały ilaste z grupy smektytu. Stwierdzono, że przejawy tego wietrzenia nie powinny stanowić przeszkody w wykorzystaniu tego surowca do produkcji klinkierowych wyrobów ceramicznych.Production of crushed aggregates from Lower Silesian basalts involves, among others, receiving of considerable amount of fine grain fractions, often dusty in character. So far, the degree of their economic utilization is low. The mineral composition of the raw basalt material contains – apart from the main components (pyroxenes, basic plagioclases and – in lesser extend – olivine and nepheline) – products of their chemical weathering, represented by clay minerals of the smectite group. It was found that these minerals should not be a negative component of basalt raw material for the manufacturing of clinker ceramic products

The basaltic raw materials from the Rutki and Ligota Tułowicka deposits (Opole Province) and the directions of their possible use

Kopalinę z sąsiadujących ze sobą złóż Rutki i Ligota Tułowicka (okolice Niemodlina) stanowi wyłącznie jedna odmiana petrograficzna bazaltoidów, tj. nefelinit. Charakteryzuje się ona występowaniem w tle skalnym dominującego jasnego składnika mineralnego, którym jest nefelin zaliczany do skaleniowców. W skład tła skalnego obok nefelinu wchodzą drobne kryształy piroksenów i niezbyt liczny magnetyt. Pomiędzy tymi składnikami rozproszone są wyraźnie większe prakryształy piroksenów i oliwinów. Minerały tła skalnego, a także prakryształy piroksenów nie wykazują przejawów wietrzenia chemicznego. Są one natomiast wyraźnie widoczne w prakryształach oliwinów. Kopalina bazaltowa z omawianych złóż jest głównie wykorzystywana do produkcji różnych asortymentów kruszywa łamanego dla potrzeb budownictwa drogowego i jako składnik betonów. Do tego celu nadają się kruszywa o uziarnieniu >2 mm. Istnieje też perspektywa wykorzystania grubych frakcji kruszywa bazaltowego do produkcji wełny mineralnej. Korzystną w tym względzie cechą skał z Rutek i Ligoty Tułowickiej jest stosunkowo mała zawartość magnetytu i związana z tym niska podatność stopionego bazaltu do krystalizacji. Proces wietrzenia chemicznego prakryształów oliwinu doprowadził do powstania minerałów ilastych, reprezentowanych w zdecydowanej przewadze przez minerały grupy smektytu. Ich podwyższony udział obserwuje się w najdrobniejszym kruszywie, tj. we frakcji ziarnowej 0–0,85 mm. Drobne uziarnienie, a także podwyższony udział minerałów ilastych stanowią korzystną przesłankę do wykorzystania tego surowca zwłaszcza w przemyśle ceramiki budowlanej jako dodatku poprawiającego parametry fizykomechaniczne i kolorystykę produktów.The rocks quarried in the neighboring Rutki and Ligota Tułowicka deposits (vicinity of Niemodlin) represent a single petrographic variety of basalt, i.e. nephelinite. The presence of nepheline (the mineral belonging to the group of feldspathoids) that forms the light-colored component of the groundmass is the characteristic feature of these rocks. Nepheline is accompanied by fine crystals of pyroxene and, occasionally, magnetite. Distinctly larger pyroxene and olivine phenocrysts are dispersed within the groundmass. Neither minerals of the ground-mass nor the phenocrysts of the pyroxenes reveal any signs of chemical weathering. However, such alterations are clearly visible in the phenocrysts of olivine. The basalt raw materials of both deposits are utilized mainly for the production of various assortments of crushed road aggregates and as components of concretes. These applications require the aggregates with the grain sizes >2 mm. There is also a possibility to utilize coarse-grained basalt aggregates for the manufacturing of rock wool. This is due to a favorable property of the rocks from Rutki and Ligota Tułowicka that is their relatively low content of magnetite resulting in the low capability of the molten basalt to crystallize. The chemical weathering of the olivine phenocrysts have proceeded toward the formation of clay minerals, among which those of the smectite group prevail. Their elevated quantities occur in the finest aggregate assortment, i.e. 0–0.85 mm. The fineness of this grain fraction and its elevated quantity of clay minerals are two favorable features to utilize this part of the basalt aggregate by the heavy clay industry as an additive improving the physico-mechanical parameters and providing the required red color of ceramic products

Turkish feldspar raw materials in polish production of ceramic tiles

Surowce skaleniowe należą do tych surowców mineralnych, na które zapotrzebowanie w Polsce rośnie w ostatnich latach w najszybszym tempie. Dzieje się to głównie dzięki ekspansji krajowej branży płytek ceramicznych. Duży i ciągle rosnący popyt na surowce skaleniowe ze strony polskiego przemysłu płytek ceramicznych jest zaspokajany m.in. w coraz większym stopniu importem z Turcji. Surowce skaleniowe w Turcji pozyskiwane są głównie ze skał zasobnych w albit, które występują w zachodniej części tego kraju w masywie Menderes, zwłaszcza w jego południowej części (submasyw Çine). Ich eksploatacją i przeróbką zajmuje się wiele firm, z których na polskim rynku największe znaczenie mają: KALTUN, ESAN ECZACIBASI, ÇINE AKMADEN, KALEMADEN i ERMAD. Surowiec najwyższej klasy [...] jest pozyskiwany po wzbogaceniu wyjściowej kopaliny metodą flotacyjną. Głównym - obok kwarcu - składnikiem badanych próbek analizowanych metodą mikroskopową są skalenie reprezentowane przede wszystkim przez albit. Minerał ten występuje w dwóch odmianach. Pierwszą z nich, zdecydowanie dominującą, jest tzw. albit szachownicowy powstający w wyniku albityzacji różnego typu skaleni. Znacznie rzadziej spotyka się typowe, wielokrotnie zbliźniaczone kryształy tego minerału. Albit zawiera najczęściej 5-10% mol. cząsteczki anortytowej. W badanych próbkach sporadycznie występują minerały podrzędne i/lub śladowe (np. tytanit, rutyl, miki). Są one nośnikami tlenków barwiących Fe2O3 i TiO2 , których obecność jest wybitnie niepożądana zwłaszcza w surowcach do produkcji płytek ceramicznych najwyższej klasy, tj. typu gres porcellanato. Cechą charakterystyczną tureckich surowców skaleniowych jest występowanie nieznacznej, czy wręcz śladowej ilości TiO2 w przewadze jednak nad na ogół bardziej pospolitym w surowcach skaleniowych tlenkiem barwiącym, jakim jest Fe2O3. Wiąże się to ze sporadycznym występowaniem takich minerałów tytanu jak tytanit [...] i rutyl TiO2. W większości badanych próbek nie stwierdzono jednak obecności tych nośników tlenków barwiących, co potwierdza opinię o wysokiej jakości surowców skaleniowych produkcji tureckiej.Feldspar raw materials belong to such raw materials for which demand has risen in Poland in the last years to a largest extent. The reason of it is the expansion of domestic branch of ceramic tiles. Larger and larger demand of the Polish industry of ceramic tiles for feldspar raw materials is covered among others in greater and greater extent by import from Turkey. Feldspar raw materials in that country are mainly obtained from albite-rich rocks which occur in the west part of the country in Menderes Massif particularly in its south fragment (Submassif Çine). Their exploitation and proccessing are carried out by many companies from which KALTUN, ESAN ECZACIBASI, ÇINE AKMADEN, KALEMADEN and ERMAD are of the greatest importance in the Polish market. The raw material of the highest quality [...] is obtained as a result of benefication of primary rocks by flotation. The main compounds - apart from quartz - of studied samples analized by means of microscopic method are feldspars represented first of all by albite. This mineral occurs in two varieties. First of them - which strongly dominates - is so called chessboard albite. This variety is formed as a result of albitization of feldspars of various types. On the other hand, typical, multitwinned crystals of this mineral are observed significantly rarer. Albite most often contains 5-10 mol.% of anorthite molecule. Sporadically minor and/or trace minerals (e.g. titanite, rutile, micas) occur in samples studied. They are the carriers of colouring oxides (Fe2O3, TiO2) presence of which is outstandingly undesirable, especially in raw materials for the production of ceramic tiles of the highest quality such as gres porcellanato. The characteristic feature of the Turkish feldspar raw materials is occurrence of minor or trace amount of TiO2 in domination compared to Fe2O3 which mostly is more common colouring oxide in feldspar raw materials. It is connected with sporadic occurrence of such titanium minerals as titanite [...] and rutile TiO2. However, in the majority of investigated samples the presence of these carriers of colouring oxides was not stated which confirms the opinion about high quality of feldspar raw materials of Turkish production

The pressure granulation of dolomite decarbonates for the production of refractory materials

Próbki dekarbonatów surowców dolomitowych ze złóż Brudzowice, Ząbkowice, Żelatowa i Ołdrzychowice zostały zaformowane pod ciśnieniami 20, 50 i 200 MPa. Stwierdzono, że podwyższenie wartości ciśnieniami formowania przyczynia się do wzrostu odporności na hydratację pastylek po ich uprzednim spieczeniu w 1550, 1600 i 1650°C. Najbardziej korzystne właściwości, m.in. najmniejszą podatność na hydratację wykazały próbki otrzymane z dolomitu triasowego z Brudzowic. W przeciwieństwie do tego, w przypadku wybitnie czystego dolomitu z Ołdrzychowic hydratacja przebiegała w sposób gwałtowny pomimo zastosowania najwyższego ciśnienia formowania (200 MPa) i najwyższej temperatury spiekania(1650°C). W przypadku tego surowca niezbędne będzie przeprowadzenie spiekania dekarbonatu w jeszcze wyższych temperaturach.Decarbonated dolostones of Brudzowice, Ząbkowice, Żelatowa and Ołdrzychowice deposits were moulded under the following pressures: 20, 50 and 200 MPa. Authors found a significant impact of the moulding pressure in the hydration of pellets burnt at three various temperatures:1550, 1600 and1650oC. The highest resistance to hydration showed the samples obtained from Triassic dolostone of Brudzowice. On the contrary hydration of pellets obtained from dolostone of Ołdrzychowice runs quickly despite the formation pressure of 200 MPa and sintering temperature of 1650oC. The decarbonated samples obtained from this raw material require higher sintering temperature

Dolostones of the Holy Cross Mts. region as raw materials for the production of refractories from clinker of a new type

Dolomity świętokrzyskie uważane były do tej pory za nieperspektywiczne z punktu widzenia produkcji wyrobów ogniotrwałych. Dotyczyło to jednak jednostopniowej metody wytwarzania klinkieru dolomitowego. Aktualnie coraz częściej w praktyce przemysłowej znajduje zastosowanie dwustopniowy sposób przygotowania takiego klinkieru. W pierwszym etapie tego procesu wytwarzany jest dekarbonat, który stosunkowo łatwo otrzymuje się z wyjściowego surowca dolomitowego o drobnoziarnistej strukturze, w drugim zaś półprodukt ten poddawany jest zagęszczaniu i spiekaniu. Z tak uzyskanego klinkieru wytwarzane są dolomitowe wyroby ogniotrwałe. Do przeprowadzonych badań przeznaczono dolomity ze złóż Winna, Jaźwica i Laskowa. Stwierdzono, że w złożu Winna na drugim, środkowym poziomie eksploatacyjnym (284 m n.p.m.) występuje kopalina o bardzo drobnym uziarnieniu rzędu 0,01-0,03 mm i zawartości SiO2 wynoszącej około 2,47%. Przeprowadzone badania zagęszczonego dekarbonatu otrzymanego z tego surowca wykazały jego dobrą spiekalność i dużą odporność na hydratację w agresywnych warunkach komory klimatycznej (temperatura 40°C, wilgotność względna 70%). Stwarza to perspektywy produkcji dolomitowych wyrobów ogniotrwałych wysokiej jakości metodą dwustopniowego przygotowania klinkieru. W innych częściach złoża stwierdzono jednak występowanie dolomitu o mniej korzystnej, bardziej gruboziarnistej strukturze. Tak więc wykorzystanie kopaliny z Winnej w przemyśle materiałów ogniotrwałych wymagać będzie selektywnej jej eksploatacji. Surowiec dolomitowy z Jaźwicy i Laskowej uznano w świetle przeprowadzonych badań za nieperspektywiczny.The dolostones of the Holy Cross Mountains region so far have been considered as unsuitable for the production of refractory materials. However, this evaluation remains true only if the refractories would have been produced applying the one-stage method of a dolostone clinker manufacturing. Currently, such clinkers have been more and more often prepared applying the two-stage method. In the first stage, a decarbonate is produced which is a relatively simple process if the starting dolostone material is fine-grained; in the second stage, this semi-product is compacted and sintered. The clinker manufactured in this way is used in the production of dolostone-based refractories. Investigations were carried out on the dolostones from the Winna, Jaźwica and Laskowa deposits. It has been found that the rocks from the Winna deposit that occur at the second middle exploitation level (284 m asl) are very fine-grained (0.01-0.03 mm) and contain ca. 2.47% SiO2. Further tests on the compacted decarbonate obtained from these dolostones have revealed its good sintering properties and high resistance to hydration under aggressive conditions in a climatic cabinet (temperature 40°C, relative humidity 70%). Such a two-stage manufactured clinker is a prospective material for the production of dolostone-based refractories of high quality. As other parts of the Winna deposit contain more coarse-grained dolostones, thus inferior for the process considered, the utilization of the rock in Winna would require its selective exploitation. The dolostones from Jaźwica and Laskowa have been found to represent rocks unsuitable for the two-stage clinkering method