The recombination dynamics of Staphylococcus aureus inferred from spA gene

BACKGROUND: Given the role of spA as a pivotal virulence factor decisive for Staphylococcus aureus ability to escape from innate and adaptive immune responses, one can consider it as an object subject to adaptive evolution and that variations in spA may uncover pathogenicity variations. RESULTS: The population genetic structure was deduced from the extracellular domains of SpA gene sequence (domains A-E and the X-region) and compared to the MLST-analysis of 41 genetically diverse methicillin-resistant (MRSA) and methicillin-susceptible (MSSA) S. aureus strains. Incongruence between tree topologies was noticeable and in the inferred spA tree most MSSA isolates were clustered in a distinct group. Conversely, the distribution of strains according to their spA-type was not always congruent with the tree inferred from the complete spA gene foreseeing that spA is a mosaic gene composed of different segments exhibiting different evolutionary histories. Evidences of a network-like organization were identified through several conflicting phylogenetic signals and indeed several intragenic recombination events (within subdomains of the gene) were detected within and between CC’s of MRSA strains. The alignment of SpA sequences enabled the clustering of several isoforms as a result of non-randomly distributed amino acid variations, located in two clusters of polymorphic sites in domains D to B and Xr (a). Nevertheless, evidences of cluster specific structural arrangements were detected reflecting alterations on specific residues with potential impact on S. aureus pathogenicity. CONCLUSIONS: The detection of positive selection operating on spA combined with frequent non-synonymous mutations, domain duplication and frequent intragenic recombination events represent important mechanisms acting in the evolutionary adaptive mechanism promoting spA genetic plasticity. These findings argue that crucial allelic forms correlated with pathogenicity can be identified by sequences analysis enabling the design of more robust schemes. ELECTRONIC SUPPLEMENTARY MATERIAL: The online version of this article (doi:10.1186/s12866-016-0757-9) contains supplementary material, which is available to authorized users

Timing Failure Detection with a Timely Computing Base

In a recent report we proposed an architectural construct to address the problem of dealing with timeliness specifications in a generic way. We called it the Timely Computing Base, TCB. The TCB defines a set of services available to applications, including timely execution, duration measurement and timing failure detection. We showed how these services could be used to build dependable and timely applications. In this paper we further extend the description of the TCB, namely by presenting a protocol for its Timing Failure Detection (TFD) service. We discuss the essential aspects of providing such a service under the TCB framework and make some considerations relative to the service interfac

Simulação Numérica da Interação de um Jato com um Escoamento Cruzado para Diferentes Configurações de Bocal

Nesta dissertação irá ser apresentado um estudo computacional de um jato de bocal circular e quadrado através de um escoamento cruzado para três razões de velocidade. Este estudo é o primeiro estudo que se foca na configuração do bocal recorrendo ao modelo RANS, pretendendo-se avaliar o impacto que a forma do bocal tem num jato através de um escoamento cruzado, nomeadamente na mistura entre os dois fluidos e na penetração do jato no escoamento cruzado. Assim, pode-se entender alguns dos processos existentes num jato através de um escoamento cruzado que estão presentes em situações reais, tais como no arrefecimento de pás de turbinas, na injeção de combustível em queimadores, na descarga de efluentes em rios, etc. O estudo numérico foi realizado recorrendo ao software ANSYS Fluent. Este baseia-se na utili- zação da técnica de volumes finitos para a solução das equações de conservação de um fluido, utili- zando um acoplamento entre a pressão e a velocidade. Para este estudo foi utilizado o modelo de turbulência k-ε Realizable e o algoritmo SIMPLE. A abordagem inicial para este estudo consistiu na criação de um domínio computacional seme- lhante ao presente em Salewski et al. (2008) com o objetivo de validar a malha gerada para o problema. Para as simulações serem realizadas com um menor esforço computacional, modelou-se apenas me- tade do domínio, em que este foi cortado ao meio pelo plano de simetria. Em seguida, realizou-se a independência das malhas, e simulou-se para cada razão de velocidade o caso de estudo em cada bocal. No total foram simulados seis casos, com três razões de velocidade para cada bocal, e analisa- ram-se os campos de velocidade, de pressão, de escoamento através das linhas de corrente, e a trajetória. Com os resultados obtidos, concluiu-se que a penetração do jato no escoamento cruzado au- menta com o aumento da razão de velocidades, e que para uma mesma razão de velocidades é maior para o bocal circular. É verificado também que a distância entre os vórtices do CVP (Counter-Rotating Vortex Pair) é menor no bocal circular do que no bocal quadrado. Para cada configuração de bocal verifica-se que a distância entre os vórtices do CVP aumenta à medida que a razão de velocidades cresce. No que toca ao enrolamento dos vórtices do CVP, denota-se um maior enrolamento para os vórtices criados a partir do bocal circular.In this dissertation, a computational study of a circular and square nozzle jet through a crossflow for three velocity ratios will be presented. This study is the first study that focuses on the nozzle config- uration using the RANS model, aiming to evaluate the impact that the shape of the nozzle has on a jet through a crossflow, namely on the mixing of jets and the penetration of the jet in the crossflow. Thus, it is possible to understand the existing processes in a jet through a crossflow that are presented in real situations, such as in the cooling of turbine blades, in the injection of fuel in burners, in the discharge of effluents in rivers, etc. The numerical study was performed using the ANSYS Fluent software. This is based on the use of the finite volume technique for the solution of the conservation equations of a fluid, using a coupling between pressure and velocity. For this study the k-ε Realizable turbulence model and the SIMPLE algorithm were used. The initial approach for this study consisted in the creation of a computational domain similar to one presented by Salewski et al. (2008) in order to validate the mesh generated for the problem. For the simulations to be performed with less computational effort, only half of the domain was modeled, in which it was cut in half by the symmetry plane. Then, the mesh independence was performed, and the case study was simulated for each velocity ratio in each nozzle. In total, six cases were simulated, with three velocity ratios for each nozzle, and the fields of velocity, pressure, flow through the streamlines, and the trajectory were analyzed. With the results obtained, it was concluded that the penetration of the jet in the crossflow in- creases with the increase of the velocity ratio, and that for the same velocity ratio it is greater for the circular nozzle. It is also verified that the distance between the vortices of the CVP (Counter-Rotating Vortex Pair) is smaller in the circular nozzle than in the square nozzle. For each nozzle configuration it is verified that the distance between the CVP vortices increases as the velocity ratio increases. Regard- ing the winding of the CVP vortices, there is a greater winding for the vortices created from the circular nozzle

Otimização do Mix de Produção Renovável em Estações de Tratamentos de Águas Residuais (ETAR): Análise de Cenários na ETAR do Barreiro/Moita

intensivo de energia, com um balanço energético consideravelmente negativo. A produção interna de bioenergia cobre apenas uma parte do consumo energético total inerente ao seu funcionamento. A integração de energias renováveis ao nível das ETAR, em que a produção energética das mesmas tem como função o suprimento das suas necessidades, poderá constituir uma solução atraente do ponto de vista económico e ambiental. O presente estudo passa pela análise da variação do consumo da ETAR do Barreiro/Moita com o aumento de águas residuais tratadas, e para além disto, será analisado o processo de digestão anaeróbia (DA) e cogeração do biogás produzido. Posteriormente, recorrendo a diferentes cenários explorativos, serão dimensionados sistemas fotovoltaicos, quer para a obtenção de um balanço energético o mais próximo do nulo possível, quer visando a otimização económica do investimento. Os consumos energéticos específicos da ETAR, em termos de energia consumida por carga mássica tratada, apresentaram o efeito de escala, o que se repercute no consumo elétrico total da instalação, aplicando-se uma relação positiva entre quantidade efluente tratado na ETAR e a eficiência energética da mesma. Posteriormente à análise de consumos da ETAR e as relações verificadas no processo de DA em 2018, ao implementar uma instalação solar fotovoltaica com uma potência igual à máxima permitida de ligação à rede elétrica de serviço publico (RESP), ter-se-á uma produção correspondente a 60% do consumo. Por outro lado, ao considerar-se as cargas tratadas anualmente em sólidos suspensos totais (SST), iguais aquelas para qual a ETAR foi dimensionada, os valores do parâmetro, produção face ao consumo, são de aproximadamente 85%. O mix energético que melhor se adapta ao caso de estudo, a nível de retorno económico, passa pela cogeração de biogás produzido, com a cedência total de energia elétrica à RESP, e pela adoção de uma unidade produtiva fotovoltaica com a potência aproximada de 500 kWp, em regime UPAC, sendo que 99% a energia elétrica produzida por esta é utlizada para suprimir as necessidades da ETAR. Relativamente à diminuição do consumo de energia proveniente da RESP total é de 20%, sendo que, no horário de ponta, cheia, vazio e super vazio a redução é de 40%, 24%, 15% e 0, respetivamente

Desenvolvimento social: Algumas considerações teóricas

O presente artigo tem como objectivo apresentar algumas perspectivas teóricas sobre o processo de desenvolvimento, especificamente ao nível dos múltiplos factores que contribuem para o desenvolvimento sócio-emocional da criança. Procura-se salientar a definição de desenvolvimento como produto de uma co-acção entre a biologia e as influências sociais. As interacções precoces assim como as interacções entre pares são abordadas como importantes contextos de desenvolvimento

A haplotype-resolved draft genome of the European sardine (Sardina pilchardus)

The European sardine (Sardina pilchardus Walbaum, 1792) is culturally and economically important throughout its distribution. Monitoring studies of sardine populations report an alarming decrease in stocks due to overfishing and environmental change, which has resulted in historically low captures along the Iberian Atlantic coast. Important biological and ecological features such as population diversity, structure, and migratory patterns can be addressed with the development and use of genomics resources.Agência financiadora Portuguese national funds from FCT-Foundation for Science and Technology: UID/Multi/04326/2016; European Regional Development Fund (FEDER): 22153-01/SAICT/2016; ALG-01-0145-FEDER-022121; ALG-01-0145-FEDER-022231; MAR2020 operational programme of the European Maritime and Fisheries Fund (project SARDI-NOMICS): MAR-01.04.02-FEAMP-0024; European Union's Horizon 2020 research and innovation programme: 654008info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Desenvolvimento social: Algumas considerações teóricas

O presente artigo tem como objectivo apresentar algumas perspectivas teóricas sobre o processo de desenvolvimento, especificamente ao nível dos múltiplos factores que contribuem para o desenvolvimento sócio-emocional da criança. Procura-se salientar a definição de desenvolvimento como produto de uma co-acção entre a biologia e as influências sociais. As interacções precoces assim como as interacções entre pares são abordadas como importantes contextos de desenvolvimento

O impacte da responsabilidade social corporativa externa : influência na motivação dos colaboradores

A responsabilidade social corporativa (RSC) é um tema chave para as empresas que pretendem posicionar-se como pioneiras num mundo cada vez mais focado na gestão consciente dos recursos que usamos no nosso dia a dia. Os estudos realizados mostram que a RSC tem impactos e benefícios nos vários stakeholders da empresa, melhorando inclusivamente a imagem da empresa perante a sociedade, a qual perceciona estas empresas como socialmente responsáveis. Uma vez que os colaboradores são os recursos mais importantes de uma empresa, importa perceber de que forma é que estes se relacionam com a responsabilidade social corporativa que é implementada e praticada pelas empresas. O presente estudo teve como objetivo contribuir para uma melhor compreensão dos constructos relacionados com a RSC nomeadamente a RSC que é focada nos stakeholders externos, e com a motivação dos colaboradores, tomando como base os conceitos de regulação identificada, regulação integrada e motivação intrínseca, presentes na teoria da autodeterminação, e que dizem respeito a um tipo de motivação mais autónoma no indivíduo e portanto que não lhe é imposta. Esta compreensão permitiu melhor analisar como é que estas ações de RSC, que à partida não são especificamente desenhadas para o colaborador, impactam a sua motivação. O estudo foi aplicado a colaboradores de diversas empresas, algumas das quais com uma forte componente de responsabilidade social, e revelou resultados interessantes: a RSC externa relacionase positivamente com a motivação intrínseca e com a regulação integrada, pelo que se conclui que a RSC influencia positivamente estes tipos de motivação. Por outro lado não foi encontrada qualquer relação entre a RSC externa e a regulação identificada, não tendo a RSC qualquer impacto neste tipo de motivação. Por fim, mas não menos importante, foi possível confirmar que a coerência e alinhamento da empresa relativamente às ações de RSC que desenvolve é uma variável moderadora da relação entre a RSC externa e a motivação intrínseca e regulação integrada, afetando a direção e/ou a força da relação destas variáveis

Caregivers’ responses to children’s negative emotions: Associations with preschoolers’ executive functioning

There is a lack of knowledge regarding the connection between parental emotional responsiveness and children’s executive functioning (EF). This study aimed to explore the relations between caregivers’ reactions to their children’s distress and children’s EF. Mothers of 136 preschoolers reported their reactions to their children’s negative emotions using the Coping with Children’s Negative Emotions Scale. Children’s EF was assessed through the mothers and teachers’ reports using the Behavioral Inventory of Executive Functioning for Preschool Children. Results showed that the mothers’ perceived use of negative emotional regulation responses (i.e., punitive and minimizing reactions) was associated with lower levels of EF in children, as reported by both mothers and teachers. The association between the mothers’ use of positive emotional regulation responses (i.e., problem-focused, emotion-focused, and expressive encouragement reactions) and children’s EF was not significant. Multiple regression analyses revealed that the mothers’ use of negative emotional regulation responses accounted for significant proportions of variance in EF indexes. These findings suggest that parental socialization of emotion could be important for children’s EF. Specifically, caregivers’ negative emotional regulation responses to children’s distress may serve as a risk factor for poorer EF in children. Efforts to improve children’s EF may be more effective when parental emotional responsiveness to their distress is considered.Fundação para a Ciência e Tecnologia - FCTinfo:eu-repo/semantics/publishedVersio