A novel Gateway®-compatible binary vector allows direct selection of recombinant clones in Agrobacterium tumefaciens

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Cloning genes into plasmid vectors is one of the key steps for studying gene function. Recently, Invitrogen™ developed a convenient Gateway^®cloning system based on the site-specific DNA recombination properties of bacteriophage lambda and the cytotoxic protein ccdB, which is lethal to most <it>E. coli </it>strains. The ccdB protein, however, is not toxic to <it>Agrobacterium tumefaciens</it>, an important player often used for studying gene function <it>in planta</it>. This limits the direct application of the Gateway^®cloning system in plant transformation-mediated research.</p> <p>Results</p> <p>In this study, we constructed a novel Gateway^®-compatible destination vector, pEG101-SacB/R, by replacing the <it>ccdB </it>gene with a <it>SacB-SacR </it>gene cassette as the negative selectable marker.</p> <p>Conclusion</p> <p>Our results demonstrate that the new pEG101-SacB/R destination vector can be used for Gateway^®cloning in <it>Agrobacterium tumefaciens</it>. pEG101-SacB/R will be a valuable tool for high-throughput functional analysis of genes <it>in planta</it>.</p

Determination of the optimal dose and date of application of mineral manure on sesame (sesamum indicum L.) in Burkina Faso

The decrease in soil fertility is the main cause of low crops yields in Burkina Faso. It is therefore necessary to make a supply of fertilizers to increase yields. This is the reason why during the 2015 rainy season from July to October, a study was conducted on sesame fertilization in Souri located in the Province du Mouhoun. The goal of our study is to fertilize plants with increasing doses of mineral fertilizers at different application dates on sesame. The objective is to determine the optimum dose and date of fertilizer application to increase the yields. For this purpose four NPK (14-23-14) fertilizer treatments have been experimented with following doses NPK0 (0kg.ha-1), NPK50 (50 kg.ha-1) NPK100 (100kg.ha-1) NPK150 (150 kg.ha-1) with three application dates (sowing, 15 DAS, 30 DAS) in Fisher’s completely randomized blocks with four replications in split-plot. The results showed that NPK doses had an effect on sesame throughout morphological development (height, number of ramifications, number of capsules) and yield performance. Yields have increased according to the doses applied in the following order: NPK0 (226 kg.ha-1) &lt; NPK50 (348 kg.ha-1) &lt;NPK100 (550 kg.ha-1) &lt;NPK150 (593 kg.ha-1). Through economic calculations, the NPK100 dose with 550 kg.ha-1 yield can be chosen as the most cost-effective dose for producers. The application dates of NPK had various effects on sesame that emerged on the height and grain yield. The plants had the best performance on the date of application of the 15 DAS (475 kg.ha-1) followed by the application at planting time (450 kg.ha-1) and at the end the application on 30 DAS (375 kg.ha-1). Interaction between the doses and the dates of application of fertilizer is significant and should be considered in sesame. La baisse de la fertilité des sols est une cause des faibles rendements au Burkina Faso. Ainsi, il faudra faire de bons apports d’engrais pour augmenter les rendements. Dans ce cadre, une étude a été conduite de juillet à octobre 2015 à Souri dans la Province du Mouhoun. Il s’est agi d’apporter des doses croissantes de fumure minérale à différentes dates d’application sur le sésame. L’objectif est de déterminer la dose et la date d’application optimales de la fumure minérale. A cet effet quatre traitements de doses d’engrais NPK (14-23-14) : NPK0 (0 kg.ha-1), NPK50 (50 kg.ha-1), NPK100 (100kg.ha-1), NPK150 (150 kg.ha-1) ont été appliqués selon trois dates d’application (au semis, le 15ème JAS, le 30ème JAS) dans un dispositif expérimental en blocs de Fisher à 4 répétitions avec un arrangement en split-plot. Les résultats obtenus ont montré que les doses NPK ont un effet positif sur le sésame à travers son développement morphologique (sa hauteur, ses ramifications, ses capsules) et son rendement. Les rendements obtenus ont permis de classer les doses selon cet ordre croissant : NPK0 (266 kg.ha-1) &lt;NPK50 (348 kg.ha-1) &lt;NPK100 (550 kg.ha-1) &lt;NPK150 (593kg.ha-1). L’évaluation économique effectuée sur la base du ratio valeur sur coût (RVC) a permis de retenir la dose NPK100 comme étant la plus rentable pour les producteurs. Les dates d’applications NPK sur le sésame ont également des effets visibles sur la hauteur et le rendement en grain. Le meilleur rendement est obtenu avec l’application du NPK 15 JAS (475 kg.ha-1) suivi de l’application au semis (450 kg.ha-1) et enfin de celle effectuée au 30ème JAS (375 kg.ha-1). L’interaction doses et dates d’application d’engrais NPK doit être considérée chez le sésame

Soybean as a Model Crop to Study Plant Oil Genes: Mutations in FAD2 Gene Family

Plants have numerous fatty acid desaturase (FAD) enzymes regulating the unsaturation of fatty acids, which are encoded by a FAD gene family. The FAD2 genes belong to such family and play a vital role in converting monounsaturated oleic acid to polyunsaturated linoleic acid. Oleic acid has the health benefits for humans, such as reduction in cholesterol level, antioxidation property, and industrial benefits like longer shelf life. The development of genotypes with high oleic acid content in seeds has become one of the primary goals in breeding oilseed plants. The identification and characterization of the FAD2 genes in plants have been an important step to better manipulate gene expression to improve the seed oil quality. The induction of mutations in FAD2 genes to reduce FAD2 enzyme activity has been an integral approach to generate genotypes with high oleic acid. This chapter will describe the FAD2 gene family in the model organism soybean and the correction of mutations in FAD2 genes with the increase of oleic acid content. Leveraging advanced research of FAD2 gene family in soybean promotes the study of FAD2 genes in other legume species, including peanut. The future perspectives and challenges associated with mutations in FAD2 genes will be discussed

L’entrepreneuriat féminin au Mali : Enjeux et perspectives

Today access to employment in the public services in Mali constitutes a major challenge for the active population, in particular women. This constraint results in a dominance of informal employment. This type of employment exists in all institutional sectors and in all regions and regardless of background and sex. Female entrepreneurship has taken on increasing importance for decades in most industrialized countries but also in developing countries with specific characteristics (micro-enterprises). International organizations see women's entrepreneurship as an important means of combating poverty and promoting the women’s development. It is in this context that the article discusses the issues and in order to decide the future prospects of this entrepreneurship on the labor market. In a theoretical context, without modeling aspect, the methodological research focuses on the documentary review, the exploration of available data produced by the statistical information structures of public administrations in Mali. The analyzes of these data are contrasted with the various socio-demographic determinants. The results showed that female entrepreneurship is topical in Mali through different forms of organizations, especially in the informal sector in small businesses such as agribusiness. It emerges from these results that the difficulties or constraints are multiple, for which support measures are requested by women entrepreneurs. &nbsp; &nbsp; Classification&nbsp;JEL&nbsp;: J64 Paper type&nbsp;: Empirical ResearchL'accès à l'emploi dans les fonctions publiques de l’État constitue aujourd’hui au Mali un défi majeur pour la population active, en particulier les femmes. Cette contrainte se traduit par une dominance de l'emploi informel Ce type d'emploi existe dans tous les secteurs institutionnels et dans toutes les régions et quel que soit le milieu et le sexe. L’entrepreneuriat féminin a pris depuis des décennies une importance croissante dans la plupart des pays industrialisés, mais aussi dans les pays en voie de développement avec des caractéristiques spécifiques (micro entreprises). Les organisations internationales voient l’entrepreneuriat féminin comme un important moyen de lutte contre la pauvreté et de l’épanouissement de la femme. C’est dans ce contexte que cet article évoque les enjeux et opine les perspectives d’avenir de cet entrepreneuriat sur le marché du travail. Dans un contexte théorique, sans aspect de modélisation, la méthodologie de la recherche porte sur la revue documentaire, l’exploration des données disponibles produites par les structures d’informations statistiques des administrations publiques du Mali. Les analyses de ces données sont contrastées aux divers déterminants sociodémographiques. Les résultats ont montré que l’entrepreneuriat féminin est à l’actualité au Mali à travers différentes formes d’organisations surtout dans le secteur informel dans de petites entreprises comme les agroalimentaires. Il ressort de ces résultats que les difficultés ou les contraintes sont multiples dont des mesures d’accompagnement sont sollicitées par les femmes entrepreneures. &nbsp; &nbsp; Classification&nbsp;JEL&nbsp;: J64 Type de papier&nbsp;: Recherche empiriqu

L’hésitation à la vaccination COVID-19 dans les communes de Bamako au Mali

Bien que le développement de vaccins soit un exploit considérable, ce n'est que récemment qu'une attention considérable a été accordée à l'hésitation face au vaccin COVID-19. L'hésitation à la vaccination pourrait être un obstacle à l'optimisation de l'adoption et de l'acceptation des vaccins COVID-19. Cette étude voudrait déterminer les facteurs associés à l’hésitation à la vaccination COVID-19 dans les communes de Bamako au Mali. C’est une étude quantitative, descriptive et transversale utilisant un questionnaire pour déterminer les facteurs associés à l’hésitation à la vaccination COVID-19. La population de cette étude a concerné les adultes vivants dans les communes de Bamako au Mali. Au total 532 personnes vivants dans les communes de Bamako ont accepté de participer dont plus de la moitié étaient des femmes.  Environ 18,6 % avaient déjà reçu au moins une dose de vaccin contre la COVID-19. La peur des réactions secondaires (77 ,1%), était la principale raison de la réticence ou de l’hésitation à la vaccination COVID-19. Cette étude a rapporté une relation significative entre le statut vaccinal et les caractérisques socio-démographiques à savoir le sexe (p=0,01), l’âge (p=0,02), situation matrimoniale (p=0,04), le niveau d’éducation (p=0,01) et la connaissance sur la vaccination COVID-19 (p=0,002). L'hésitation à l'égard des vaccins est une menace imminente dans la bataille contre le COVID-19, car l'obtention d'une immunité collective dépend de l'efficacité du vaccin lui-même et de la volonté de la population à l’accepter

L’hésitation à la vaccination COVID-19 dans les communes de Bamako au Mali

Bien que le développement de vaccins soit un exploit considérable, ce n'est que récemment qu'une attention considérable a été accordée à l'hésitation face au vaccin COVID-19. L'hésitation à la vaccination pourrait être un obstacle à l'optimisation de l'adoption et de l'acceptation des vaccins COVID-19. Cette étude voudrait déterminer les facteurs associés à l’hésitation à la vaccination COVID-19 dans les communes de Bamako au Mali. C’est une étude quantitative, descriptive et transversale utilisant un questionnaire pour déterminer les facteurs associés à l’hésitation à la vaccination COVID-19. La population de cette étude a concerné les adultes vivants dans les communes de Bamako au Mali. Au total 532 personnes vivants dans les communes de Bamako ont accepté de participer dont plus de la moitié étaient des femmes.  Environ 18,6 % avaient déjà reçu au moins une dose de vaccin contre la COVID-19. La peur des réactions secondaires (77 ,1%), était la principale raison de la réticence ou de l’hésitation à la vaccination COVID-19. Cette étude a rapporté une relation significative entre le statut vaccinal et les caractérisques socio-démographiques à savoir le sexe (p=0,01), l’âge (p=0,02), situation matrimoniale (p=0,04), le niveau d’éducation (p=0,01) et la connaissance sur la vaccination COVID-19 (p=0,002). L'hésitation à l'égard des vaccins est une menace imminente dans la bataille contre le COVID-19, car l'obtention d'une immunité collective dépend de l'efficacité du vaccin lui-même et de la volonté de la population à l’accepter

SacB-SacR Gene Cassette As the Negative Selection Marker to Suppress Agrobacterium Overgrowth in Agrobacterium-Mediated Plant Transformation

Agrobacterium overgrowth is a common problem in Agrobacterium-mediated plant transfor-mation. To suppress the Agrobacterium overgrowth, various antibiotics have been used during plant tissue culture steps. The antibiotics are expensive and may adversely affect plant cell differentiation and reduce plant transformation efficiency. The SacB-SacR proteins are toxic to most Agrobacterium tumefaciens strains when they are grown on culture medium sup¬plemented with sucrose. Therefore, SacB-SacR genes can be used as negative selection markers to suppress the overgrowth of Agrobacterium tumefaciens in the plant tissue culture process. We generated a mutant Agrobacterium tumefaciens strain GV2260 (recA-SacB/R) that has the SacB-SacR cassette inserted into the bacterial genome at the recA gene locus. The mutant Agrobacterium strain is sensitive to sucrose but maintains its ability to transform plant cells in both transient and stable transformation assays. We demonstrated that the mutant strain GV2260 (recA-SacB/R) can be inhibited by sucrose that reduces the overgrowth of Agrobacterium and therefore improves the plant transformation efficiency. We employed GV2260 (recA-SacB/R) to generate stable transgenic N. benthamiana plants expressing a CRISPR-Cas9 for knocking out a WRKY transcrip¬tion factor

An African Approach for Risk Reduction of Soil Contaminated by Obsolete Pesticides

Since the 1950s, large amounts of pesticides were shipped to Africa for locust control, but did not arrive at the proper place or proper time thereby rendering them obsolete. Stockpiles of these pesticides have created a serious problem and The Africa Stockpiles Programme (ASP), launched by FAO, is designed to rid Africa of stockpiles and to dispose of them in an environmentally sound manner (ASP, 2009). From July to August 2007, an investigation mission was organized by FAO pesticide management programme, in collaboration with Wageningen University and Research Centre and the relevant national counterpart institutions of the Ministries of Agriculture and the Ministries of Environment in Mali and Mauritania. During the investigation, three sites in Mali and three sites in Mauretania were visited in the summer of 2007. High concentrations of pesticides were found in soils on the stockpiles. From a riskbased point of view, contaminations are only a risk if they are or may become available. Based on the results obtained and results of analysis of the samples taken, risk reduction proposals have been developed. All proposals are based on stimulation of the possibilities of biological degradation of the pesticides in combination with isolation and preventing rain water from transporting the pesticides. The results were discussed in May 2008 and the first implementation was started in Molodo (Mali) in July 2008

Visite technique des experts du Centre Regional Aghrymet/Projet ECOAGRIS au Centre Commun de Recherche de la Commission Europeenne a Ispra/Italie

D’une part, cette visite technique s’inscrit dans le cadre de la collaboration entre le Centre AGRHYMET et le Centre Commun de Recherche (CCR) de la Commission Européenne. D’autre part, cette visite permet aux chercheurs du JRC-D5 engagés dans le suivi-technique et scientifique du projet ECOAGRIS de faire le suivi. En effet, les experts du CCR/Ispra appuient les activités du Centre AGHRYMET et spécialement le développement de l’outil Cadre Harmonisé (CH) et l’analyse régionale de la sécurité alimentaire et nutritionnelle en Afrique de l’Ouest et au Sahel. En outre, le CCR a signé avec la DG DEVCO un Arrangement Administratif (AA) dans le cadre du projet « Technical and scientific Support to agriculture and Food and Nutrition Security (TS4FNS »). Dans le cadre de cet instrument, le CCR est un partenaire technique dans l’implémentation du projet ECOAGRIS. C’est dans le but de faire le suivi technique et scientifique du projet ECOAGRIS et d’assurer une formation aux outils développés par le CCR que cette formation a été organisée. Une revue de l’état d’avancement du projet a été présentée. Des outils varies développés par le CCR-D5 et D6 ont été partages avec les experts du projet ECOAGRIS. Plus spécifiquement, des modules sur le produit ASAP, CST, e-Station et l’analyse des séries chronologiques ont été présentés. En plus d’une formation théorique sur l’analyse des séries chronologiques, une formation pratique sur l’analyse économétrique des séries chronologiques/time series a été organisée avec le logiciel STATA. Cette formation a été couronnée de succès étant donne que la région de l’Afrique de l’Ouest possède des données sous forme de séries chronologiques (prix, données climatologiques, nutrition, production, etc.…). Cette formation a une plus-value pour des modèles de prévision.JRC.D.5-Food Securit

Genome-Wide Identification of Powdery Mildew Resistance in Common Bean (Phaseolus vulgaris L.)

Genome-wide association studies (GWAS) have been utilized to detect genetic variations related to several agronomic traits and disease resistance in common bean. However, its application in the powdery mildew (PM) disease to identify candidate genes and their location in the common bean genome has not been fully addressed. Single-nucleotide polymorphism (SNP) genotyping with a BeadChip containing 5398 SNPs was used to detect genetic variations related to PM disease resistance in a panel of 211 genotypes grown under two field conditions for two consecutive years. Significant SNPs identified on chromosomes Pv04 and Pv10 were repeatable, ensuring the phenotypic data’s reliability and the causal relationship. A cluster of resistance genes was revealed on the Pv04 of the common bean genome, coiled-coil-nucleotide-binding site–leucine-rich repeat (CC-NBS-LRR, CNL), and Toll/interleukin-1 receptor-nucleotide-binding site–leucine-rich repeat type (TIR-NBS-LRR, TNL)-like resistance genes were identified. Furthermore, two resistance genes, Phavu_010G1320001g and Phavu_010G136800g, were also identified on Pv10. Further sequence analysis showed that these genes were homologs to the disease-resistance protein (RLM1A-like) and the putative disease-resistance protein (At4g11170.1) in Arabidopsis. Significant SNPs related to two LRR receptor-like kinases (RLK) were only identified on Pv11 in 2018. Many genes encoding the auxin-responsive protein, TIFY10A protein, growth-regulating factor five-like, ubiquitin-like protein, and cell wall RBR3-like protein related to PM disease resistance were identified nearby significant SNPs. These results suggested that the resistance to PM pathogen involves a network of many genes constitutively co-expressed