GWAS in the SIGNAL/PHARE clinical cohort restricts the association between the FGFR2 locus and estrogen receptor status to HER2-negative breast cancer patients

International audienceGenetic polymorphisms are associated with breast cancer risk. Clinical and epidemiological observations suggest that clinical characteristics of breast cancer, such as estrogen receptor or HER2 status, are also influenced by hereditary factors. To identify genetic variants associated with pathological characteristics of breast cancer patients, a Genome Wide Association Study was performed in a cohort of 9365 women from the French nationwide SIGNAL/PHARE studies (NCT00381901/RECF1098). Strong association between the FGFR2 locus and ER status of breast cancer patients was observed (ER-positive n=6211, ER-negative n=2516; rs3135718 OR=1.34 p=5.46x10-12). This association was limited to patients with HER2-negative tumors (ER-positive n=4267, ER-negative n=1185; rs3135724 OR=1.85 p=1.16x10-11). The FGFR2 locus is known to be associated with breast cancer risk. This study provides sound evidence for an association between variants in the FGFR2 locus and ER status among breast cancer patients, particularly among patients with HER2-negative disease. This refinement of the association between FGFR2 variants and ER-status to HER2-negative disease provides novel insight to potential biological and clinical influence of genetic polymorphisms on breast tumors

Le néoconservatisme canadien : Essai de conceptualisation

Existe-t-il un néoconservatisme canadien ? De nombreux analystes de politique étrangère canadienne utilisent ce terme pour décrire le gouvernement Harper et l’« école de Calgary », sans toutefois conceptualiser précisément l’objet politique dont il est question. Certains affirment même qu’il s’agit d’une idéologie importée des États-Unis. Cet article montre d’abord la « reconnaissance » que les néoconservateurs américains accordent à leurs homologues canadiens, et vice versa, illustrant ainsi la proximité idéologique entre les deux néoconservatismes. Cependant, dans la deuxième portion de l’article est proposée une définition générique du néoconservatisme, montrant que, s’il est juste de parler de néoconservatisme pour décrire Harper et l’« école de Calgary », il ne faut pas y voir une influence américaine. Le néoconservatisme canadien a ses particularités et sa tradition propres.Is there such a thing as Canadian neoconservatism ? Even though many analysts in Canadian foreign policy use this term to describe the Harper government and the « Calgary School », they fail to conceptualize precisely the political object in question. Some go as far as saying that this ideology was imported from the United States. This paper’s goal is, first, to show the « recognition » that American neoconservatives give to their Canadian counterparts and vice versa, thus illustrating the ideological proximity between these two neoconservatisms. However, the second portion of the article consists in proposing a generic definition of neoconservatism, to show that if it is warranted to speak of a Canadian neoconservatism to describe the Harper government and the « Calgary School », it is not a sign of American influence. Rather, Canadian neoconservatism has its own particularities and tradition.Existe un neoconsevadurismo candiense ? Numerosos analisis de politica exterior canadiense utilizan ese termino para referirse al gobierno de Harper y a la “Escuela de Calgary” sin conceptualizar con precisión el objeto político al que hace referencia. Algunos afirman incluso que se trata de una ideologia importada desde Estados Unidos. Este artículo tiene por objetivo, en primer lugar mostrar el reconocimiento que los neoconservadores estadounidenses acuerdan a sus homologos canadienses, y viceversa, lo que ilustra la proximidad ideológica entre ambos. Sin embargo, la segunda parte del trabajo consiste en proponer una definición genérica de neoconservadurismo a fin de demostrar que, si bien es pertinente hablar del neoconservadurismo de Harper y de la “Escuela de Calgary”, no lo es respecto a la supuesta influencia de Estados Unidos. El neoconservadurismo canadiense tiene sus propias tradiciones y particularidades

A new method to estimate planktonic oxygen metabolism using high‐frequency sensor measurements in mesocosm experiments and considering daytime and nighttime respirations

Understanding how aquatic ecosystems respond to perturbations has emerged as a crucial way to predict the future of these ecosystems and to assess their capacity to produce oxygen and store atmospheric carbon. In this context, in situ mesocosm experiments are a useful approach for simulating disturbances and observing changes in planktonic communities over time and under controlled conditions. Within mesocosm experiments, the estimation of fundamental parameters such as gross primary production (GPP), net community production (NCP), and respiration (R) allows the evaluation of planktonic metabolic responses to a perturbation. The continuous estimation of these metabolic parameters in real time and at high frequency is made possible by employing noninvasive automated sensors in the water column. However, some uncertainties and methodological questions about the estimation of daytime respiration remain to be addressed for this method, and notably to address the fact that respiration could be significantly higher during the day than during the night. In this study, data from two in situ mesocosm experiments performed in fall and spring in a coastal Mediterranean area were used to develop a new method of estimating daytime respiration, and in turn daily GPP, R, and NCP, by considering the maximum instantaneous R, and that takes into account the variability of the coupling between day–night and dissolved oxygen cycles. This new method was compared with the Winkler incubation technique and with another existing method. Results showed that using this existing method, daytime R was significantly underestimated relative to estimates obtained with the newly proposed method

Developing a bioeconomic simulation tool of fisheries dynamics: a case study

International audienc

Virtual Laboratory Environment : un environnement de multimodélisation et de simulation de systèmes complexes

L’étude des systèmes complexes dynamiques est une problématique de plus en plus importante dans le cadre de l’activité scientifique. L’étude de tels systèmes nécessite fréquemment l’emploi d’un cadre de modélisation et de simulation avec des outils mathématiques etinformatiques suffisamment évolués pour prendre en compte la diversité de ces systèmes. En effet, l’une des particularités des systèmes complexes est que leur étude est interdisciplinaire et par conséquent, les paradigmes ou formalismes employés par les différentes communautés sonthétérogènes. Dans cet article, nous présentons une démarche de modélisation basée sur la théorie systémique et sur le formalisme à événements discrets DEVS qui supporte le couplage de modèles hétérogènes. Nous développons les bases théoriques de notre plate-forme VLE (VirtualLaboratory Environment) issue des travaux sur DEVS ainsi que ses caractéristiques techniques. Finalement, nous illustrons notre démarche sur deux exemples développés à l’aide de VLE

La modélisation dans la compréhension des déplacements de grands pélagiques exploités par la pêche

Katsuwonus pelamis (Linneaeus, 1758)© P. Opic L’approche classique de la théorie des pêches L’exploitation des populations de poissons et autres organismes marins par l’homme, par l’extraction directe de la pêche, est un phénomène fondamentalement opaque et quasi mystérieux, puisque le plus souvent réalisé par le biais d’engins de captures posés ou halés sur le fond ou en pleine eau, à des endroits inaccessibles à l’observation jusqu’il y a encore peu de temps. Malgré tout, c’est aussi une ac..

Effects of experimental warming on small phytoplankton, bacteria and viruses in autumn in the Mediterranean coastal Thau Lagoon

To investigate the responses of a natural microbial plankton community of coastal Mediterranean waters to warming, which are still poorly known, an in situ mesocosm experiment was carried out in Thau Lagoon during autumn 2018. Several microorganisms, including virio-, bacterio-, and phytoplankton < 10 µm in size, were monitored daily and analysed using flow cytometry for 19 consecutive days in six mesocosms. Three mesocosms (control) had the same natural water temperature as the lagoon, and the other three were warmed by + 3 °C in relation to the control temperature. The cytometric analyses revealed an unexpected community dominated by picophytoplanktonic cells, including Prochlorococcus-like and Picochlorum-like cells, which had not previously been found in Thau Lagoon. The experimental warming treatment increased the abundances of nanophytoplankton, cyanobacteria, bacteria and viruses during the experiment and triggered earlier blooms of cyanobacteria and picoeukaryotes. Only the abundance of Picochlorum-like cells was significantly reduced under warmer conditions. The growth and grazing rates of phytoplankton and bacterioplankton estimated on days 2 and 8 showed that warming enhanced the growth rates of most phytoplankton groups, while it reduced those of bacteria. Surprisingly, warming decreased grazing on phytoplankton and bacteria at the beginning of the experiment, while during the middle of the experiment it decreased the grazing on prokaryote only but increased it for eukaryotes. These results reveal that warming affected the Thau Lagoon plankton community from viruses to nanophytoplankton in fall, inducing changes in both dynamics and metabolic rates

Un applicatif de modélisation individus-centrée fondé sur une architecture de type multi-agents (MUFINS)

© D. Guyomard À la suite des démarches statistiques exploratoires, qui ont permis de dégager notamment les principales relations pouvant exister entre les paramètres de l’environnement océanique et les résultats des pêches, une approche de modélisation des comportements des grands pélagiques dans le paysage océanique tropical du sud-ouest de l’océan Indien est proposée. Deux domaines nous ont semblé particulièrement porteurs de concepts et de méthodes originales : l’écologie du paysage et la ..