Homology modeling, molecular dynamics and docking simulations of rat A2A receptor: a three-dimensional model validation under QSAR studies

Understanding the three-dimensional structure (3-D) of GPCRs (G protein coupled receptors) can aid in the design of applicable compounds for the treatment of several human disorders. To this end, several 3-D models have been obtained in recent years. In this work, we have built the rat adenosine receptor model (rA2AR) by employing computational tools. First, the 3-D rA2AR model was built by homology modeling using the human adenosine receptor (hA2AR) structure (PDB codes: 3EML) as a template. Then, the rA2AR model was refined by molecular dynamics simulations, in which the initial and refined 3-D structures were used for molecular docking simulations and Quantitative structure-activity relationship (QSAR) studies using a set of known experimentally tested ligands to validate this rA2AR model. The results showed that the hindrance effect caused by ribose attached to agonists play an important role in activating the receptor via formation of several hydrogen bonds. In contrast, the lack of this moiety allows blocking of the receptor. The theoretical affinity estimation shows good correlation with reported experimental data. Therefore, this work represents a good example for getting reliable GPCR models under computational procedures.We are grateful for the scholarships and financial support from CONACYT, México (132353), ICyTDF (PIRIVI09-9), COFAA and SIP-IPN (20110786), PAPIIT-DGAPA UNAM-215708 and Posgrado en Ciencias Biológicas UNAM. The authors thank the Centro Nacional de Supercomputo, México, for providing access to the “Argentum” cluster

Crystal polymorphism and spectroscopical properties of sulfonamides in solid state by means of First Principles calculations

Sulfonamides are an important class of therapeutic agents. The increase in the number of new sulfonamide derivatives makes it necessary to study more rationally the chemical structure, because the solid forms often display different mechanical, thermal and physicochemical properties that can influence the bioavailability and stability of the drugs; consequently, the polymorphic structures are of great interest to the pharmaceutical industry because of their ability to modify the physical properties of the active pharmaceutical ingredient. The molecular interactions of these drugs in their crystal lattice are important for the stability of the crystals and polymorphism and for preparing composite complexes for optimizing the use of these drugs. In this work, the crystal structure of these drugs and crystal polymorphism is investigated. So, the crystal forms of antibiotics derivatives of the sulfonamides, sulfamethoxazole, sulfamethazine, sulfachloropyridazine, and sulfacetamide are studied at the molecular and supramolecular level by using computational modeling approach at quantum mechanical level. The spectroscopic properties of these systems are also studied explaining assignments of previous experimental data. The results of DFT calculations reproduce the crystal structures of sulfonamides determined experimentally and the polymorphism in these molecules have been clarified. Likewise, the main intermolecular interactions in all crystal forms of these sulfonamides are H-bonds among the sulfonic and amino groups and SNH groups, and also some π-π interactions. Also, these 3-D periodical models allow the exploration of the intermolecular interactions included in the crystal structures and some of these interactions can alter the vibration modes of the molecules. Therefore, the use of these models can be useful for experimental spectroscopy studies where use actual crystal solids.EU Framework Program Horizon 2020 CA17120Andalusian project P18-RT-3786Secretaria de Educacion, Ciencia, Tecnologia e Innovacion (SECTEI) of the Mexico City PAPIIT-IN23041

Retratamiento de conductos

La desobturación es un procedimiento que consiste en el retiro parcial o total del material de obturación del sistema de conductos, el cual no esta cumpliendo con las funciones que se establecen para la permanencia de la pieza dentaria en boca. Existen gran variedad de métodos para extraer la gutapercha, entre los más usados se encuentran: la eliminación manual con limas Hedstrom y calor o sustancias químicas; los sistemas rotarios y de ultrasonido. A pesar de que el sistema manual necesita más tiempo de empleo, tiene la ventaja de ser mucho más seguro (menor riesgo de fracturas, perforaciones, bloqueos) y de fácil acceso por parte del profesional. Por lo mismo, en este caso se opto por la técnica no quirúrgica manual con limas Heldstrom más un solvente químico. El solvente químico ayuda a la solubilidad de la gutapercha y del cemento endodóntico, disolviéndolos, además de poseer acción antimicrobiano (algunos). Dentro de los más utilizados se encuentran el cloroformo, el xilol, eucaliptol, halotano, aceite de trementina, aceite de naranjo. La elección fue el xilol que a pesar de ser tener una acción irritante sobre las mucosas, posee un alto poder de disolución a los 5 minutos de colocado, plastificando la gutapercha de manera satisfactoria para su posterior remoción.Categoría: Casos clínicos.Facultad de Odontologí

Retratamiento de conductos

La desobturación es un procedimiento que consiste en el retiro parcial o total del material de obturación del sistema de conductos, el cual no esta cumpliendo con las funciones que se establecen para la permanencia de la pieza dentaria en boca. Existen gran variedad de métodos para extraer la gutapercha, entre los más usados se encuentran: la eliminación manual con limas Hedstrom y calor o sustancias químicas; los sistemas rotarios y de ultrasonido. A pesar de que el sistema manual necesita más tiempo de empleo, tiene la ventaja de ser mucho más seguro (menor riesgo de fracturas, perforaciones, bloqueos) y de fácil acceso por parte del profesional. Por lo mismo, en este caso se opto por la técnica no quirúrgica manual con limas Heldstrom más un solvente químico. El solvente químico ayuda a la solubilidad de la gutapercha y del cemento endodóntico, disolviéndolos, además de poseer acción antimicrobiano (algunos). Dentro de los más utilizados se encuentran el cloroformo, el xilol, eucaliptol, halotano, aceite de trementina, aceite de naranjo. La elección fue el xilol que a pesar de ser tener una acción irritante sobre las mucosas, posee un alto poder de disolución a los 5 minutos de colocado, plastificando la gutapercha de manera satisfactoria para su posterior remoción.Categoría: Casos clínicos.Facultad de Odontologí

Transformación Mecánico Química de una Zeolita por Molienda de Alta Energía

Fil: Correa, Agustín Francisco. Servicio Geológico Minero Argentino. Instituto de Geología y Recursos Minerales; Argentina.Fil: Sánchez, Laura Miriam. Servicio Geológico Minero Argentino. Centro Salta; Argentina.Fil: Soriano, María Verónica. Servicio Geológico Minero Argentino. Centro Salta; Argentina.Fil: Moriconi, Micaela. Servicio Geológico Minero Argentino. Instituto de Geología y Recursos Minerales; Argentina.El presente trabajo de investigación basado en trabajos a nivel académico e industrial para procesos, consiste en estudiar los cambios estructurales que sufre una zeolita proveniente de la Provincia de San Juan Argentina, al ser sometida bajo un esquema de molienda a diferentes tiempos, y en los que se obtuvieron productos con diferentes granulometrías. Se trabajó con un mineral de zeolita dada su amplia utilización en diversos campos, como la industria del petróleo, la adsorción de gases, la separación, la purificación de aguas residuales y la remediación de suelos. A fin de colaborar en la investigación y mejoras de productos y procesos, y al ser la molienda de alta energía un método que ofrece diferentes posibilidades de cambiar cualitativamente las propiedades de los sólidos en diversas aplicaciones tecnológicas, resulta favorable el estudio de este proceso de reducción de tamaño de partícula. En la primera etapa del estudio (Parte I), se realizó una caracterización granulométrica de la muestra de cabeza y luego se trituró la misma con trituradora de Mandíbula y Molino de Disco, cuyos productos fueron también caracterizados. En la segunda etapa (Parte II) los productos pulverizados emergentes del esquema cinético de molienda están siendo caracterizados mediante Difracción de Rayos X, Espectroscopía Infrarroja FTIR, Superficie específica (BET), Capacidad de Intercambio catiónico (CEC) de manera de evaluar los cambios cualitativos estructurales de los mismos y sus aplicaciones tecnológicas. Independientemente de los resultados obtenidos, se espera incorporar los conocimientos del proceso de molienda aplicada al procesamiento de minerales y dar impulso al inicio de nuevas líneas de trabajo concernientes a esta temática

Complexity-entropy causality plane: a useful approach for distinguishing songs

Nowadays we are often faced with huge databases resulting from the rapid growth of data storage technologies. This is particularly true when dealing with music databases. In this context, it is essential to have techniques and tools able to discriminate properties from these massive sets. In this work, we report on a statistical analysis of more than ten thousand songs aiming to obtain a complexity hierarchy. Our approach is based on the estimation of the permutation entropy combined with an intensive complexity measure, building up the complexity-entropy causality plane. The results obtained indicate that this representation space is very promising to discriminate songs as well as to allow a relative quantitative comparison among songs. Additionally, we believe that the here-reported method may be applied in practical situations since it is simple, robust and has a fast numerical implementation.Comment: Accepted for publication in Physica

Plataforma digital de salud Red Medics

El acceso al sistema de salud público y privado del Perú constituye un grave problema para el ciudadano común, las dificultades de accesibilidad inmediata a profesionales de la salud competentes capaces de darle un tratamiento efectivo a las diferentes enfermedades comunes que tienen los pacientes representa una incertidumbre que no produce ningún beneficio a las partes involucradas (profesionales de la salud y pacientes). Red Medics tiene como misión solucionar este problema al brindar salud a la población peruana acercando a los pacientes y médicos mediante la creación de una plataforma digital que funcione como gestora de servicios en la que los profesionales de la salud podrán ofertar sus servicios de acuerdo a su especialidad, disponibilidad y horario garantizando para los pacientes el acceso al sistema sanitario del país de forma rápida y efectiva 24/7 en la modalidad teleconsulta o presencial. El registro y afiliación de los pacientes en la plataforma Red Medics será de forma gratuita y como valor añadido se ofrecerá la personalización y el seguimiento post consulta, brindando un acercamiento a estos para recibir orientaciones y recomendaciones para su tratamiento una vez obtenida la receta médica. Entre tanto, los profesionales de la salud podrán usar del servicio en tres modalidades o planes (FREEMIUM, BASICO Y PREMIUM), de acuerdo a las características y situación de cada uno de ellos, de lo cual, se genera nuestra fuente de ingresos que está basado en la cobranza de membresías en el plan Básico y Premium enfocados en brindarle beneficios tales como; aumento del número de consultas mensuales, estatus dentro de la comunidad médica afiliados en la plataforma Red Medics, calificación e intercambio de opiniones de tratamiento entre profesionales, facilitación en los procesos de la teleconsulta y telemonitoreo, creación y administración de la historia clínica única del paciente, integración con laboratorios clínicos y cadena de farmacias, capacitación para transformación digital, posicionamiento SEO, SEM y redes sociales. Red Medics, cuenta con grandes ventajas con respecto a sus competidores ya que ofrece precios en promedio del mercado, altos niveles de innovación en la oferta de sus servicios con una plataforma digital que a la fecha ninguno de los principales competidores ha ofrecido como es la teleconsulta, telemonitoreo, administración de la historia clínica, el seguimiento personalizado post consulta, integración con laboratorios clínicos y cadena de farmacias, capacitación en transformación digital y feedback obtenido de las encuesta post atención realizada al paciente y la verificación de las credenciales en línea de los profesionales de la salud mediante alianzas estratégicas con entes reguladores de la salud en el Perú. Para la creación de esta plataforma digital, así como también como para disponer de suficientes fondos se recurrirá a una inversión inicial de trescientos mil soles (S/300,000) los emprendedores aportarán un 50% de esta cantidad, recurriendo a la financiación externa por medio de un préstamo bancario a largo plazo. El negocio será rentable debido a que se ofrece una solución expedita al problema del acceso a la atención sanitaria rápida, garantizando la fiabilidad y el profesionalismo de todos los afiliados mediante la certificación de sus credenciales haciendo uso de nuestras alianzas estratégicas, posterior a esto se les ofrecerá a los afiliados el PLAN FREEMIUM durante tres meses al comprobar que la captación de nuevos pacientes aumenta gratamente estarán dispuestos a pagar para continuar disfrutando de los beneficios de la plataforma. La oportunidad es clara, aún más si se presenta una pandemia como el COVID-19 donde ha quedado demostrado que el acceso a la salud en el Perú es un lujo, las complicaciones consecuentes de esto no han sido aprovechadas o cubiertas debido a la escasez de empresas que ofrezcan a la población peruana una vía rápida y barata a las atenciones que necesiten sea a los Profesionales de la Salud o el Paciente.Escuela de Postgrad

Acute WNT signalling activation perturbs differentiation within the adult stomach and rapidly leads to tumour formation

A role for WNT signalling in gastric carcinogenesis has been suggested due to two major observations. First, patients with germline mutations in adenomatous polyposis coli (APC) are susceptible to stomach polyps and second, in gastric cancer, WNT activation confers a poor prognosis. However, the functional significance of deregulated WNT signalling in gastric homoeostasis and cancer is still unclear. In this study we have addressed this by investigating the immediate effects of WNT signalling activation within the stomach epithelium. We have specifically activated the WNT signalling pathway within the mouse adult gastric epithelium via deletion of either glycogen synthase kinase 3 (GSK3) or APC or via expression of a constitutively active β-catenin protein. WNT pathway deregulation dramatically affects stomach homoeostasis at very short latencies. In the corpus, there is rapid loss of parietal cells with fundic gland polyp (FGP) formation and adenomatous change, which are similar to those observed in familial adenomatous polyposis. In the antrum, adenomas occur from 4 days post-WNT activation. Taken together, these data show a pivotal role for WNT signalling in gastric homoeostasis, FGP formation and adenomagenesis. Loss of the parietal cell population and corresponding FGP formation, an early event in gastric carcinogenesis, as well as antral adenoma formation are immediate effects of nuclear β-catenin translocation and WNT target gene expression. Furthermore, our inducible murine model will permit a better understanding of the molecular changes required to drive tumourigenesis in the stomach

Transgenic Mice for a Tamoxifen-Induced, Conditional Expression of the Cre Recombinase in Osteoclasts

Background: Studies on osteoclasts, the bone resorbing cells, have remained limited due to the lack of transgenic mice allowing the conditional knockout of genes in osteoclasts at any time during development or adulthood. Methodology/Principal Finding: We report here on the generation of transgenic mice which specifically express a tamoxifen-inducible Cre recombinase in osteoclasts. These mice, generated on C57BL/6 and FVB background, express a fusion Cre recombinase-ERT2 protein whose expression is driven by the promoter of cathepsin K (CtsK), a gene highly expressed in osteoclasts. We tested the cellular specificity of Cre activity in CtsKCreERT2 strains by breeding with Rosa26LacZ reporter mice. PCR and histological analyses of the CtsKCreERT2LacZ positive adult mice and E17.5 embryos show that Cre activity is restricted largely to bone tissue. In vitro, primary osteoclasts derived from the bone marrow of CtsKCreERT2+/2LacZ+/2 adult mice show a Cre-dependent b-galactosidase activity after tamoxifen stimulation