Minería de datos aplicada a la Microscopía de Sistemas: Estudio de la relación entre las anotaciones fenotípicas y funcionales en células humanas

Sin embargo, al relacionar dicha similitud fenotípica con la similitud funcional en GO (Gene Ontology) entre pares de genes, solo los fenotipos muy específicos se asociaron con anotaciones funcionales específicas. Dada la ausencia de correlación entre la similitud funcional y fenotípica de pares de genes anotados con términos funcionales y fenotípicos, se definieron las funciones celulares como grupos de términos GO co-ocurrentes, lo que permitió recuperar la relación entre la similitud fenotípica y la funcional. De forma análoga, definir los fenotipos como grupos de términos fenotípicos co-ocurrentes también permitió definir relaciones significativas entre los fenotipos y las funciones de los genes. Por tanto, con estas nuevas definiciones de fenotipo y función como entidades complejas y conexas, se observó que los genes con funciones celulares similares se relacionan con fenotipos similares; y que genes con fenotipos similares se relacionan con funciones similares. De este estudio se derivan varias implicaciones. La primera es aplicable en el ámbito experimental: la forma habitual de agrupar los perfiles fenotípicos –mediante métricas vectoriales– no parece ser la mejor de las aproximaciones para predecir la función de los genes, siendo una posible mejora considerar el contenido informativo de los fenotipos. La segunda implicación está relacionada con el proceso habitual de anotación funcional: en vez de agrupar los genes, se pueden agrupar los fenotipos según los genes anotados en ellos. El cálculo del enriquecimiento en términos funcionales de esos clústeres de fenotipos propicia la anotación de los genes también con las funciones con las que se relaciona. Esta aplicación es relevante para las tareas de anotación tanto en los procesos de curación de datos ya existentes como en los análisis de experimentos donde se estudien distintos fenotipos.En el ámbito de la Biología Molecular, uno de los métodos tradicionales que se aplica para asignar funciones a los genes se basa en el silenciamiento de los mismos para observar su fenotipo y de ahí, inferir su función. Un principio generalmente aceptado es que la inhibición de genes implicados en un mismo proceso biológico muestra fenotipos parecidos. Sin embargo, dado que evaluar cómo de parecidos son dos fenotipos no siempre resulta trivial, es fundamental contar con la organización de los fenotipos en una ontología como CMPO (Cellular Microscopy Phenotype Ontology). Gracias a la Microscopía de Sistemas, se ha empezado a describir sistemáticamente el espacio fenotípico, caracterizando al gen mediante un perfil fenotípico. Aunque esta descripción multiparamétrica puede parecer en principio más completa por recoger distintas mediciones, la asociación con la función biológica resulta menos evidente y la anotación funcional termina haciéndose manualmente. Para poder efectuar la conversión de un perfil fenotípico en anotación funcional automáticamente, es necesario entender cómo están relacionados los fenotipos y las funciones. Con este objetivo, la primera cuestión es seleccionar una medida de similitud fenotípica entre pares de genes que refleje la similitud funcional. Tras analizar distintas alternativas, se encontró que aquellas basadas en el contenido informativo presentan una mayor correlación con las interacciones funcionales, destacando especialmente la similitud semántica de Resnik sobre la ontología CMPO

Galaxy: A Decade of Realising CWFR Concepts

Despite recent encouragement to follow the FAIR principles, the day-to-day research practices have not changed substantially. Due to new developments and the increasing pressure to apply best practices, initiatives to improve the efficiency and reproducibility of scientific workflows are becoming more prevalent. In this article, we discuss the importance of well-annotated tools and the specific requirements to ensure reproducible research with FAIR outputs. We detail how Galaxy, an open-source workflow management system with a web-based interface, has implemented the concepts that are put forward by the Canonical Workflow Framework for Research (CWFR), whilst minimising changes to the practices of scientific communities. Although we showcase concrete applications from two different domains, this approach is generalisable to any domain and particularly useful in interdisciplinary research and science-based applications.publishedVersio

Proposal of pedagogical strategies to promote early training in research from preschool

Esta investigación se propuso, en primer lugar, diagnosticar las dificultades, necesidades, oportunidades de mejora o problemas para la formación temprana para la investigación en Colombia para confrontarla con la situación que se presentaba en varias sedes de preescolar de una institución educativa del área metropolitana de Bucaramanga (Colombia). En segundo lugar, tuvo el propósito de conocer, adecuar, implementar y plantear estrategias pedagógicas para afrontar al diagnóstico realizado de la formación en investigación desde la primera infancia, como un semillero de investigadores de nuestra sociedad del mañana, así como de ciudadanos preparados para la apropiación de los resultados o productos de la ciencia para sus actividades productivas y cotidianas. Lo anterior se basó en una revisión bibliográfica, la construcción de un estado del arte y el diseño y adecuación de estrategias pedagógicas para necesidades específicas de la institución bajo estudio. Por último, esta investigación elaboró una guía o compendio de dichas estrategias pertinentes para trabajar la ciencia, la investigación y el pensamiento crítico, como un recurso para docentes de preescolar de Colombia. La investigación realizada es de tipo cualitativo, y el marco de la investigación - acción. Se obtuvieron los siguientes productos: un diagnóstico de la institución de preescolar en Bucaramanga confrontado con la situación colombiana; una revisión bibliográfica de dificultades estrategias, actividades y recursos pedagógicos para la formación de los niños y niñas en la ciencia, en la investigación, en el pensamiento científico; y propuesta de estrategias pedagógicas seleccionadas por su efectividad y pertinencia consolidadas en una cartilla pedagógica. Como conclusión principal, el presente estudio propone nueve estrategias, con sus actividades y recursos pedagógicos, compiladas en una cartilla pedagógica, que fueron implementadas y valoradas por diferentes agentes desde el punto de vista de su efectividad y pertinencia, como un recurso para las docentes de preescolar para que apoyen su práctica docente.INTRODUCCIÓN 17 CAPÍTULO 1. DESCRIPCIÓN GENERAL INICIAL DEL PROYECTO 19 Antecedentes del problema 19 Problema de investigación 23 Objetivos de la investigación 26 Objetivo general 26 Objetivos específicos 26 Hipótesis 27 Justificación de la investigación 27 Limitaciones y Delimitaciones 29 Limitación 29 Delimitación 30 CAPÍTULO 2. REVISIÓN DE LA LITERATURA 31 Marco conceptual 31 Investigación 31 Formación para la investigación 31 Educación preescolar 32 Estrategia 32 Estrategia Pedagógica 33 Diagnóstico pedagógico 33 Marco Legal 34 Ley General de Educación 115 de 1994 34 Decreto 2247 de 1997 35 Resolución 2343 de 1997 36 Documento No 24 sobre Lineamientos pedagógicos de educación inicial del MEN, 2012 36 Marco teórico 36 Desarrollo de pensamiento del niño 36 Desarrollo del pensamiento científico 47 Desarrollo del pensamiento científico en Colombia 48 Estado del arte 54 CAPÍTULO 3. DESCRIPCIÓN DEL PROCESO INVESTIGATIVO 64 Enfoque 64 Marco contextual 67 Población y selección de la muestra 69 Técnicas de recolección de información 71 Instrumentos de recolección de datos 72 Actividades realizadas en la investigación 73 Revisión bibliográfica sobre formación temprana para la investigación en Colombia en la escuela 75 Identificación y descripción de dificultades y oportunidades en cuanto a formación para la investigación en prescolar en Colombia 75 Descripción de la situación actual de la formación temprana para la investigación de una institución educativa con preescolar de Bucaramanga 78 Confrontación entre la situación institucional (diagnóstico) y la revisión bibliográfica sobre la formación temprana para la investigación en Colombia y el mundo 81 Revisión bibliográfica y en la web sobre estrategias, actividades y recursos pedagógicos para favorecer la formación para la investigación en el preescolar 86 Clasificación y descripción de estrategias, actividades y recursos pedagógicos para favorecer la formación investigativa en preescolares, encontradas en la revisión bibliográfica 87 Identificación de las estrategias, actividades y recursos pedagógicos más pertinentes para afrontar las necesidades institucionales 104 Adecuación de las estrategias, actividades y recursos pedagógicos para su aplicación en la institución 109 Selección del grupo muestra para la realización de la implementación 125 Programación de la implementación de las actividades pedagógicas en acuerdo con la institución bajo estudio 125 Definición de técnicas y diseños de instrumentos de evaluación de la efectividad de las estrategias, actividades y recursos pedagógicos 130 Aplicación de las estrategias, actividades y recursos pedagógicos en la muestra seleccionada 133 Valoración de la efectividad de las estrategias, actividades y recursos pedagógicos implementados 134 Selección de las estrategias, actividades y recursos pedagógicos más efectivos para favorecer la formación para la investigación en el preescolar 149 Integración de las estrategias, actividades y recursos pedagógicos más efectivos en una propuesta 150 CAPÍTULO 4. RESULTADOS Y PRODUCTOS 151 Diagnóstico del estado actual de la formación temprana para la investigación en una institución con preescolar de Bucaramanga (Colombia) 151 Estrategias, actividades y recursos pedagógicos para favorecer la formación temprana en investigación desde la edad preescolar 152 Estrategia N° 1. Experimentando con los experimentos 152 Estrategias N° 2. Ambientes y espacios de ciencias 155 Estrategia N° 3. Alfabetización Científica en preescolar 156 Estrategia N° 4. Desarrollo del Pensamiento Matemático 158 Estrategia N° 5. Explorando ando y curioseando investigando… Estimular la Curiosidad y el Asombro en los Niños 160 Estrategia N° 6. Mejoramiento de competencias científicas en Docentes 161 Estrategia N° 7. La pregunta una puerta al conocimiento – El agujero 162 Estrategia N° 8. El pensamiento científico: la incorporación de la indagación guiada a los proyectos de aula 164 Estrategia N° 9. Pensamiento Científico: Hablando y preguntando 165 Propuesta (cartilla pedagógica) con las estrategias pedagógicas más efectivas en cuanto a la formación temprana para la investigación en preescolar 165 Aporte de los resultados al área de investigación 167 CAPÍTULO 5: CONCLUSIONES Y RECOMENDACIONES 169 Conclusiones 170 Recomendaciones 173 ANEXOS 183MaestríaThis research was proposed, first, diagnose difficulties, needs, opportunities for improvement or problems early research training in Colombia to confront the situation that was presented at various venues preschool educational institution in the metropolitan area Bucaramanga (Colombia). Secondly, had the purpose to learn, adapt, implement and raise educational strategies to address the diagnosis made of research training from early childhood, as a hotbed of researchers in our society of tomorrow, as well as citizens prepared for the appropriation of the results or products of science for their production and daily activities. This was based on a literature review, building a state of the art and design and adaptation of teaching strategies for specific needs of the institution under study. Finally, this research produced a guide or compendium of such relevant strategies to work science, research and critical thinking, as a resource for preschool teachers in Colombia. The research is qualitative, and the framework of the research - action. The following products are obtained: a diagnosis of preschool institution in Bucaramanga confronted with the situation in Colombia; A literature review of difficulties strategies, activities and teaching resources for training children in science, research, scientific thinking; and proposed teaching strategies selected for their effectiveness and relevance consolidated in an educational primer. The main conclusion, this study suggests nine strategies with its activities and teaching resources, compiled in an educational primer, which were implemented and evaluated by different agents from the point of view of its effectiveness and relevance, as a resource for teachers preschool to support their teaching

The Image Data Explorer: Interactive exploration of image-derived data

International audienceMany bioimage analysis projects produce quantitative descriptors of regions of interest in images. Associating these descriptors with visual characteristics of the objects they describe is a key step in understanding the data at hand. However, as many bioimage data and their analysis workflows are moving to the cloud, addressing interactive data exploration in remote environments has become a pressing issue. To address it, we developed the Image Data Explorer (IDE) as a web application that integrates interactive linked visualization of images and derived data points with exploratory data analysis methods, annotation, classification and feature selection functionalities. The IDE is written in R using the shiny framework. It can be easily deployed on a remote server or on a local computer. The IDE is available at https://git.embl.de/heriche/image-data-explorer and a cloud deployment is accessible at https://shiny-portal.embl.de/shinyapps/app/01_image-data-explorer

Concepciones del embarazo en adolescentes gestantes de la ciudad de Bucaramanga

Introducción: El embarazo adolescente es una problemática que tiene consecuencias en la vida de las adolescentes y sus familias. Conocer las concepciones y representaciones que tienen las adolescentes gestantes es una herramienta fundamental para fortalecer la toma de decisiones y las redes de apoyo social. Objetivo: Identificar las concepciones sobre el embarazo, las características sociales, económicas y de redes de apoyo en un grupo de adolescentes gestantes de Bucaramanga. Materiales y Métodos: Se realizó un estudio cualitativo (estudio de caso) mediante las técnicas de grupo focal, observación participante y elaboración de diario de campo. Se incluyeron 15 participantes de las 100 adolescentes beneficiadas por el Programa Plan Padrino de la Secretaría de Salud y Ambiente de Bucaramanga durante el año 2014. Resultados: La mayoría de las participantes refirieron que, aunque el embarazo fue no deseado lo han aceptado y asumido con grandes cambios en sus vidas, especialmente la relación con sus amigos y con su familia. Identificaron como red de apoyo fundamental la familia. Discusión: Las concepciones sobre embarazo en las adolescentes coinciden con los estudios reportados en Colombia en el sentido que lo asumieron con responsabilidad, pero les representó un doble reto en especial para continuar con sus estudios. Conclusiones: Fortalecer la red de apoyo de las adolescentes en especial la relacionada con procesos educativos y de familia.Cómo citar este artículo: Niño BAP, Ortíz SP, Solano S, Amaya CM, Serrano L. Concepciones del embarazo en adolescentes gestantes de la ciudad de Bucaramanga. Rev Cuid. 2017; 8(3): 1875-86. http://dx.doi.org/10.15649/cuidarte.v8i3.448 

Taphonomic and spatial analyses from the Early Pleistocene site of Venta Micena 4 (Orce, Guadix-Baza Basin, southern Spain)

Venta Micena is an area containing several palaeontological sites marking the beginning of the Calabrian stage (Early Pleistocene). The richness of the fossil accumulation including species of Asian, African and European origin, makes Venta Micena a key site for the the palaeoecological and palaeoenvironmental study of southern Europe during the Early Pleistocene. Thus, research has been focused on Venta Micena 3, which was originally interpreted as a single palaeosurface associated with a marshy context, in which most of the fauna was accumulated by Pachycrocuta brevirostris. Recent excavations have unearthed a new site, Venta Micena 4, located in the same stratigraphic unit (Unit C) and in close proximity to Venta Micena 3. Here we show the first analyses regarding the taphonomic and spatial nature of this new site, defining two stratigraphic boundaries corresponding to two different depositional events. Furthermore, the taphonomic analyses of fossil remains seem to indicate a different accumulative agent than Pachycrocuta, thus adding more complexity to the palaeobiological interpretation of the Venta Micena area. These results contribute to the discussion of traditional interpretations made from Venta Micena 3.Peer reviewe

Training Infrastructure as a Service

Background Hands-on training, whether in bioinformatics or other domains, often requires significant technical resources and knowledge to set up and run. Instructors must have access to powerful compute infrastructure that can support resource-intensive jobs running efficiently. Often this is achieved using a private server where there is no contention for the queue. However, this places a significant prerequisite knowledge or labor barrier for instructors, who must spend time coordinating deployment and management of compute resources. Furthermore, with the increase of virtual and hybrid teaching, where learners are located in separate physical locations, it is difficult to track student progress as efficiently as during in-person courses. Findings Originally developed by Galaxy Europe and the Gallantries project, together with the Galaxy community, we have created Training Infrastructure-as-a-Service (TIaaS), aimed at providing user-friendly training infrastructure to the global training community. TIaaS provides dedicated training resources for Galaxy-based courses and events. Event organizers register their course, after which trainees are transparently placed in a private queue on the compute infrastructure, which ensures jobs complete quickly, even when the main queue is experiencing high wait times. A built-in dashboard allows instructors to monitor student progress. Conclusions TIaaS provides a significant improvement for instructors and learners, as well as infrastructure administrators. The instructor dashboard makes remote events not only possible but also easy. Students experience continuity of learning, as all training happens on Galaxy, which they can continue to use after the event. In the past 60 months, 504 training events with over 24,000 learners have used this infrastructure for Galaxy training

To den or not to den. Contributions to the taphonomic history of the Early Pleistocene site of Venta Micena 4 (Orce, Guadix-Baza Basin)

Venta Micena (Orce, Guadix-Baza Basin, Spain) is an Early Pleistocene locality renowned for the richness and quality of its palaeontological record. VM is spread over an area of 2.5 km2, where several exposed fossil outcrops are visible amidst its gorges and ravines. The best known of these sites, VM3, has been interpreted as a hyaena den. In addition, a new site, named VM4, has recently been the focus of fieldwork and taphonomic studies. The publication by Luzón et al. (2021) pointed out that VM4 presents a more complex history than VM3. First, two different sub-levels were identified: VM4-I and VM4-II. Secondly, the preliminary taphonomic analysis showed conspicuous differences with regard to VM3. Nevertheless, such interpretation has been challenged by Palmqvist et al. (2022) who proposed that VM3 and VM4 are both the result of a single depositional process, entailing the selective transport of skeletal parts by the giant extinct hyaena Pachycrocuta brevirostris back to its den. Using well-preserved faunal elements whose depositional context and provenance are reliable, in this paper we show that: 1) there are two clearly defined sub-levels in VM4 with some shared taphonomic characteristics as well as some notable differences; 2) VM3 and VM4 exhibit enough divergence to support differences in site formation processes; 3) The interpretation of both VM4-I and VM4-II is more consistent with their characterisation as open-air sites in which multiple agents and depositional processes contributed to its formation, rather than with hyaena dens. Nevertheless, excavations are still in progress at VM4 and therefore any results and interpretations ought to be considered as provisional

Pliocene to Middle Pleistocene climate history in the Guadix-Baza Basin, and the environmental conditions of early Homo dispersal in Europe

The Guadix-Baza Basin (GBB) in Andalucia, Spain, comprises palaeontological and archaeological sites dating from the Early Pliocene to the Middle Pleistocene, including some of the earliest sites with evidence for the presence of early humans (Homo sp.) in Europe. Thus, the history of climate and environments in this basin contributes significantly to our understanding of the conditions under which early humans spread into Europe during the Early Pleistocene. Here we present estimates of precipitation and primary productivity in the GBB from the Pliocene to the Middle Pleistocene based on dental ecometrics in fossil communities of large herbivorous mammals, and perform an ecometrics-based distribution modelling to analyse the environmental conditions of Early and Middle Pleistocene human sites in Europe. Our results show that Early Pleistocene humans generally occupied on average relatively diverse habitats with ecotones, such as woodlands and savannas, but avoided very open and harsh (cool or dry) environments. During the Middle Pleistocene in Europe, humans occupied a comparatively much broader range of environments than during the Early Pleistocene, but were on average more concentrated in environments where the dental ecometric of mammals indicate wooded palaeoenvironments. In the earliest human occupation sites of the GBB, Barranco Leon and Fuente Nueva 3, the mean annual precipitation and net primary production estimates indicate climatic conditions close to modern Mediterranean sclerophyllous woodland environments, but with slightly higher primary productivity, indicating some similarity with East African woodlands. On the other hand, the environments did not resemble African grassland savannas. The browse-dominated diets of ungulates from Barranco Leon and Fuente Nueva 3 further suggest palaeoenvironments where grasses were a minor component of the vegetation. In the slightly older site of Venta Micena that has no evidence for the presence of hominins, dental ecometric estimates indicate climate and environments similar to Mediterranean "forest steppe" environments existing in the surroundings of Baza today. Grasses were prevalent in the diet of some taxa, especially equids, in Venta Micena, but most of the species show browse-dominated diets even there. (C) 2021 The Authors. Published by Elsevier Ltd.Peer reviewe

The Genotype of the Donor for the (GT)n Polymorphism in the Promoter/Enhancer of FOXP3 Is Associated with the Development of Severe Acute GVHD but Does Not Affect the GVL Effect after Myeloablative HLA-Identical Allogeneic Stem Cell Transplantation

The FOXP3 gene encodes for a protein (Foxp3) involved in the development and functional activity of regulatory T cells (CD4+/CD25+/Foxp3+), which exert regulatory and suppressive roles over the immune system. After allogeneic stem cell transplantation, regulatory T cells are known to mitigate graft versus host disease while probably maintaining a graft versus leukemia effect. Short alleles (≤(GT)15) for the (GT)n polymorphism in the promoter/enhancer of FOXP3 are associated with a higher expression of FOXP3, and hypothetically with an increase of regulatory T cell activity. This polymorphism has been related to the development of auto- or alloimmune conditions including type 1 diabetes or graft rejection in renal transplant recipients. However, its impact in the allo-transplant setting has not been analyzed. In the present study, which includes 252 myeloablative HLA-identical allo-transplants, multivariate analysis revealed a lower incidence of grade III-IV acute graft versus host disease (GVHD) in patients transplanted from donors harboring short alleles (OR = 0.26, CI 0.08-0.82, p = 0.021); without affecting chronic GVHD or graft versus leukemia effect, since cumulative incidence of relapse, event free survival and overall survival rates are similar in both groups of patients