A Crystal Structure of the Bifunctional Antibiotic Simocyclinone D8, Bound to DNA Gyrase

Simocyclinones are bifunctional antibiotics that inhibit bacterial DNA gyrase by preventing DNA binding to the enzyme. We report the crystal structure of the complex formed between the N-terminal domain of the Escherichia coli gyrase A subunit and simocyclinone D8, revealing two binding pockets that separately accommodate the aminocoumarin and polyketide moieties of the antibiotic. These are close to, but distinct from, the quinolone-binding site, consistent with our observations that several mutations in this region confer resistance to both agents. Biochemical studies show that the individual moieties of simocyclinone D8 are comparatively weak inhibitors of gyrase relative to the parent compound, but their combination generates a more potent inhibitor. Our results should facilitate the design of drug molecules that target these unexploited binding pockets

The crystal structure of the TetR family transcriptional repressor SimR bound to DNA and the role of a flexible N-terminal extension in minor groove binding

SimR, a TetR-family transcriptional regulator (TFR), controls the export of simocyclinone, a potent DNA gyrase inhibitor made by Streptomyces antibioticus. Simocyclinone is exported by a specific efflux pump, SimX and the transcription of simX is repressed by SimR, which binds to two operators in the simR-simX intergenic region. The DNA-binding domain of SimR has a classical helix-turn-helix motif, but it also carries an arginine-rich N-terminal extension. Previous structural studies showed that the N-terminal extension is disordered in the absence of DNA. Here, we show that the N-terminal extension is sensitive to protease cleavage, but becomes protease resistant upon binding DNA. We demonstrate by deletion analysis that the extension contributes to DNA binding, and describe the crystal structure of SimR bound to its operator sequence, revealing that the N-terminal extension binds in the minor groove. In addition, SimR makes a number of sequence-specific contacts to the major groove via its helix-turn-helix motif. Bioinformatic analysis shows that an N-terminal extension rich in positively charged residues is a feature of the majority of TFRs. Comparison of the SimR–DNA and SimR–simocyclinone complexes reveals that the conformational changes associated with ligand-mediated derepression result primarily from rigid-body rotation of the subunits about the dimer interface

Exploiting bacterial DNA gyrase as a drug target: current state and perspectives

DNA gyrase is a type II topoisomerase that can introduce negative supercoils into DNA at the expense of ATP hydrolysis. It is essential in all bacteria but absent from higher eukaryotes, making it an attractive target for antibacterials. The fluoroquinolones are examples of very successful gyrase-targeted drugs, but the rise in bacterial resistance to these agents means that we not only need to seek new compounds, but also new modes of inhibition of this enzyme. We review known gyrase-specific drugs and toxins and assess the prospects for developing new antibacterials targeted to this enzyme

Om du vill ha fred, förbered dig på krig : en studie i den militära styrkans betydelse

Denna uppsats kretsar kring att pröva hur en av de främsta företrädarna för den realistiska skolan, förklarar de amerikanska anfallen mot Afghanistan (2001) och Irak (2003). Hans namn är Robert Kagan och uppsatsen syftar till ge en realists tolkning till varför USA handlade som man gjorde. Man måste därför försöka uppfatta världen utifrån USA:s horisont och försöka tolka samt sätta sig in i den amerikanska positionen på den internationella arenan. Problemformuleringarna kretsar kring att få insikt i grundstenarna i Kagans teori, samt hur Kagans grundsyn skiljer sig gentemot den idealistiska. Vidare hur USA:s militära styrka, enligt Kagan, påverkar dess beteende på den internationella arenan, men även hur Kagan ser på USA:s kommande globala engagemang. Robert Kagans bok Om paradiset och makten USA och Europa i den nya världsordningen kommer att utgöra fundamentet i studien. I boken kretsar bl.a. Kagans resonemang kring att USA och Europa distanserar från varandra, men även kring militär styrka. Därför ger boken oss en väldigt bra bild av USA:s position på den internationella arenan. Kagans resonemang vävs sedan ihop med kritik, realism, idealism och geopolitik. Slutsatsen blir att grundstenarna i Kagans resonemang återfinns i den s.k. realismteorin, men även till viss del i geopolitiken. Han sätter stor vikt vid militära medel och ser staterna som de mest betydelsefulla aktörerna, samt ser världen som allmänt hotfull. Han realistiska resonemang grundas på amerikanska spelregler och ledarskap på den internationella arenan. Skillnaden mellan Kagans grundsyn och den idealistiska bottnar främst i idealisternas fokusering på integration mellan stater. Vidare att de sätter tilltro till internationell rätt, samt har ett mer multilateralt förhållningssätt till omvärlden. Kagan menar vidare att starka stater är mer villiga att använda tvång och hot i internationella relationer. De bedömer dessutom hot och risker annorlunda jämfört med svagare stater. Enligt Kagan beter sig USA som en internationell sheriff på den globala arenan och beteendet bottnar i militär styrka. Vidare anser Kagan att USA har haft samma kurs i flera århundraden. USA har expanderat in i Europa och Asien och aldrig dragit sig tillbaka. Man hade redan före den 11 september 2001 fokuserat på Kina som motspelare. Dessutom, menar Kagan, att USA varit villiga att satsa på ny militär teknik, vilken kan förändra krigföringen. Han skriver även att både Clinton och Bushadministrationen varit grundade på att USA är en nödvändig nation, samt att amerikaner vill beskydda och sprida det liberala systemet i världen

Capacity of health-care facilities to deliver HIV treatment and care services, Northern Tanzania, 2004.

Contains fulltext : 49877.pdf (publisher's version ) (Closed access)Few data exist on the current capacity of Tanzanian health-care facilities to deliver antiretroviral therapy (ART). We evaluated this capacity among Northern Zone facilities in 2004 using a questionnaire that addressed human resources, clinical facilities and services, and laboratory capacity. Of 19 facilities surveyed, nine (47%) had staff trained to manage ART and three (16%) prescribed ART. Two (11%) offered CD4 counts, five (26%) offered liver function tests, 16 (84%) offered chest radiography, and 18 (95%) offered acid-fast sputum staining. Of 12 (67%) facilities offering outpatient HIV/AIDS services, 12 (100%) provided co-trimoxazole to outpatients and six (50%) provided isoniazid (INH). All 19 (100%) facilities offered rapid HIV tests and full blood pictures. Overall in 2004, facilities needed strengthening to increase staff training in ART management and to implement INH for treatment of latent tuberculosis. Laboratory facilities for ART monitoring were inadequate, and outpatient ART was limited