Optimisation du protocole de recherche des Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) dans les aliments

Les Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) sont des agents pathogènes importants émergents en santé publique. Ces bactéries sont à l origine des épidémies de colites hémorragiques et de syndrome hémolytique et urémique (SHU). La grande majorité des cas est liée à la consommation d aliments contaminés par un type particulier de STEC appelés E. coli entérohémorragiques (EHEC) parmi lesquels on trouve les sérogroupes définis comme pathogènes par l AFSSA : O26, O103, O111, O145 et O157.Les bovins ont depuis longtemps été identifiés comme un important réservoir de STEC. Bien que la transmission des STEC à l'homme soit fréquemment associée à la consommation de viande, les produits laitiers ont également été impliqués dans les cas humains. Le développement de méthodes rapides pour la détection des STEC les plus impliqués en pathologie humaine est donc essentiel pour assurer la sécurité des produits alimentaires. Cependant, la détection des STEC dans les aliments est problématique principalement en raison de la diversité des sérogroupes de STEC et de l'absence de caractéristiques biochimiques communes permettant de les distinguer des autres E. coli.L'objectif de cette thèse était d optimiser le protocole de détection des STEC dans les aliments de manière à pouvoir proposer aux industriels des protocoles leur permettant une réelle maîtrise du danger STEC dans leur filière.Pour se faire, nous sommes intervenus à différentes étapes du protocole. Nous avons notamment sélectionné un milieu d enrichissement permettant la détection des E. coli O26 dans les fromages au lait cru : EPT+ acriflavine + CT. Nous avons également évalué les performances d une méthode de détection des E. coli O157 :H7 (VIDAS ECPT UP) dans la viande de boeuf. Cette nouvelle technique est basée sur l utilisation de protéines recombinante de phage qui ciblent spécifiquement les E. coli O157. A travers cette étude, nous avons démontré la possibilité d avoir des temps d enrichissement minimes pour l analyse d échantillon de 25g (6h) et la faisabilité d analyser des échantillons de 375g avec un ratio de dilution de et un enrichissement de 24h. Enfin nous nous sommes intéressés à l étape de confirmation en mettant au point un test d immuno-concentration automatisé (utilisant des protéines de phages spécifiques de nos bactéries cibles) permettant d immuno-concentrer les 5 sérogroupes les plus connus de STEC (O26, O103, O111, O145 et O157) en une seule foisEnterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) are an important subset of Shiga toxin producing E. coli (STEC) associated with foodborne infections. These bacteria can cause hemorrhagic diarrhoeal disease and Haemolytic and Uremic Syndrome which are associated with some predominant serotypes defined by AFSSA institute: O26, O103, O111, O145 and O157.Cattle are the primary reservoir of STEC. Although STEC transmission to humans is frequently associated with consumption of meat, dairy products have also been implicated in human cases. Sensitive and rapid detection methods for STEC are essential for the food industry to ensure a safe food supply. However, the detection of STEC in foods is problematic because it s an heterogeneous group which displays a broad range of both genotypic and phenotypic differences.The aim of this thesis was to optimize the research protocol of STEC strains in food in order to provide some protocols to the industries for improving risk management protocol.So, we involved in different steps of the protocol: the enrichment of E. coli O26 allowing their detection in raw milk cheeses after 24 h enrichment in EPT+ acriflavine + cefixime-tellurite. Then, we evaluated the VIDAS ECPT UP performances for the detection of E. coli O157: H7 in raw ground beef. Through this study, we showed the ability to reduce enrichment time for sample analysis of 25g (6h) and the feasibility of analyzing samples of 375g with a sample to broth ratio of after 24h enrichment. Thereafter we looked at the confirmation step. We developed and optimized automated VIDAS immuno-concentration of E. coli O157, O26, O103, O111 and O145 (VIDAS ESPT) with the use of recombinant phage proteins for captureDIJON-BU Doc.électronique (212319901) / SudocSudocFranceF

Optimisation du protocole de recherche des Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) dans les aliments

Enterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) are an important subset of Shiga toxin–producing E. coli (STEC) associated with foodborne infections. These bacteria can cause hemorrhagic diarrhoeal disease and Haemolytic and Uremic Syndrome which are associated with some predominant serotypes defined by AFSSA institute: O26, O103, O111, O145 and O157.Cattle are the primary reservoir of STEC. Although STEC transmission to humans is frequently associated with consumption of meat, dairy products have also been implicated in human cases. Sensitive and rapid detection methods for STEC are essential for the food industry to ensure a safe food supply. However, the detection of STEC in foods is problematic because it’s an heterogeneous group which displays a broad range of both genotypic and phenotypic differences.The aim of this thesis was to optimize the research protocol of STEC strains in food in order to provide some protocols to the industries for improving risk management protocol.So, we involved in different steps of the protocol: the enrichment of E. coli O26 allowing their detection in raw milk cheeses after 24 h enrichment in EPT+ acriflavine + cefixime-tellurite. Then, we evaluated the VIDAS ECPT UP performances’ for the detection of E. coli O157: H7 in raw ground beef. Through this study, we showed the ability to reduce enrichment time for sample analysis of 25g (6h) and the feasibility of analyzing samples of 375g with a sample to broth ratio of ¼ after 24h enrichment. Thereafter we looked at the confirmation step. We developed and optimized automated VIDAS immuno-concentration of E. coli O157, O26, O103, O111 and O145 (VIDAS ESPT) with the use of recombinant phage proteins for captureLes Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) sont des agents pathogènes importants émergents en santé publique. Ces bactéries sont à l’origine des épidémies de colites hémorragiques et de syndrome hémolytique et urémique (SHU). La grande majorité des cas est liée à la consommation d’aliments contaminés par un type particulier de STEC appelés E. coli entérohémorragiques (EHEC) parmi lesquels on trouve les sérogroupes définis comme pathogènes par l’AFSSA : O26, O103, O111, O145 et O157.Les bovins ont depuis longtemps été identifiés comme un important réservoir de STEC. Bien que la transmission des STEC à l'homme soit fréquemment associée à la consommation de viande, les produits laitiers ont également été impliqués dans les cas humains. Le développement de méthodes rapides pour la détection des STEC les plus impliqués en pathologie humaine est donc essentiel pour assurer la sécurité des produits alimentaires. Cependant, la détection des STEC dans les aliments est problématique principalement en raison de la diversité des sérogroupes de STEC et de l'absence de caractéristiques biochimiques communes permettant de les distinguer des autres E. coli.L'objectif de cette thèse était d’optimiser le protocole de détection des STEC dans les aliments de manière à pouvoir proposer aux industriels des protocoles leur permettant une réelle maîtrise du « danger STEC » dans leur filière.Pour se faire, nous sommes intervenus à différentes étapes du protocole. Nous avons notamment sélectionné un milieu d’enrichissement permettant la détection des E. coli O26 dans les fromages au lait cru : EPT+ acriflavine + CT. Nous avons également évalué les performances d’une méthode de détection des E. coli O157 :H7 (VIDAS ECPT UP) dans la viande de boeuf. Cette nouvelle technique est basée sur l’utilisation de protéines recombinante de phage qui ciblent spécifiquement les E. coli O157. A travers cette étude, nous avons démontré la possibilité d’avoir des temps d’enrichissement minimes pour l’analyse d’échantillon de 25g (6h) et la faisabilité d’analyser des échantillons de 375g avec un ratio de dilution de ¼ et un enrichissement de 24h. Enfin nous nous sommes intéressés à l’étape de confirmation en mettant au point un test d’immuno-concentration automatisé (utilisant des protéines de phages spécifiques de nos bactéries cibles) permettant d’immuno-concentrer les 5 sérogroupes les plus connus de STEC (O26, O103, O111, O145 et O157) en une seule foi

Optimisation of shiga toxin producing escherichia coli (STEC) research protocol in food

Les Escherichia coli producteurs de Shiga-toxines (STEC) sont des agents pathogènes importants émergents en santé publique. Ces bactéries sont à l’origine des épidémies de colites hémorragiques et de syndrome hémolytique et urémique (SHU). La grande majorité des cas est liée à la consommation d’aliments contaminés par un type particulier de STEC appelés E. coli entérohémorragiques (EHEC) parmi lesquels on trouve les sérogroupes définis comme pathogènes par l’AFSSA : O26, O103, O111, O145 et O157.Les bovins ont depuis longtemps été identifiés comme un important réservoir de STEC. Bien que la transmission des STEC à l'homme soit fréquemment associée à la consommation de viande, les produits laitiers ont également été impliqués dans les cas humains. Le développement de méthodes rapides pour la détection des STEC les plus impliqués en pathologie humaine est donc essentiel pour assurer la sécurité des produits alimentaires. Cependant, la détection des STEC dans les aliments est problématique principalement en raison de la diversité des sérogroupes de STEC et de l'absence de caractéristiques biochimiques communes permettant de les distinguer des autres E. coli.L'objectif de cette thèse était d’optimiser le protocole de détection des STEC dans les aliments de manière à pouvoir proposer aux industriels des protocoles leur permettant une réelle maîtrise du « danger STEC » dans leur filière.Pour se faire, nous sommes intervenus à différentes étapes du protocole. Nous avons notamment sélectionné un milieu d’enrichissement permettant la détection des E. coli O26 dans les fromages au lait cru : EPT+ acriflavine + CT. Nous avons également évalué les performances d’une méthode de détection des E. coli O157 :H7 (VIDAS ECPT UP) dans la viande de boeuf. Cette nouvelle technique est basée sur l’utilisation de protéines recombinante de phage qui ciblent spécifiquement les E. coli O157. A travers cette étude, nous avons démontré la possibilité d’avoir des temps d’enrichissement minimes pour l’analyse d’échantillon de 25g (6h) et la faisabilité d’analyser des échantillons de 375g avec un ratio de dilution de ¼ et un enrichissement de 24h. Enfin nous nous sommes intéressés à l’étape de confirmation en mettant au point un test d’immuno-concentration automatisé (utilisant des protéines de phages spécifiques de nos bactéries cibles) permettant d’immuno-concentrer les 5 sérogroupes les plus connus de STEC (O26, O103, O111, O145 et O157) en une seule foisEnterohemorrhagic Escherichia coli (EHEC) are an important subset of Shiga toxin–producing E. coli (STEC) associated with foodborne infections. These bacteria can cause hemorrhagic diarrhoeal disease and Haemolytic and Uremic Syndrome which are associated with some predominant serotypes defined by AFSSA institute: O26, O103, O111, O145 and O157.Cattle are the primary reservoir of STEC. Although STEC transmission to humans is frequently associated with consumption of meat, dairy products have also been implicated in human cases. Sensitive and rapid detection methods for STEC are essential for the food industry to ensure a safe food supply. However, the detection of STEC in foods is problematic because it’s an heterogeneous group which displays a broad range of both genotypic and phenotypic differences.The aim of this thesis was to optimize the research protocol of STEC strains in food in order to provide some protocols to the industries for improving risk management protocol.So, we involved in different steps of the protocol: the enrichment of E. coli O26 allowing their detection in raw milk cheeses after 24 h enrichment in EPT+ acriflavine + cefixime-tellurite. Then, we evaluated the VIDAS ECPT UP performances’ for the detection of E. coli O157: H7 in raw ground beef. Through this study, we showed the ability to reduce enrichment time for sample analysis of 25g (6h) and the feasibility of analyzing samples of 375g with a sample to broth ratio of ¼ after 24h enrichment. Thereafter we looked at the confirmation step. We developed and optimized automated VIDAS immuno-concentration of E. coli O157, O26, O103, O111 and O145 (VIDAS ESPT) with the use of recombinant phage proteins for captur

Adherence to ‘5-2-1-0’ guidelines and multiple risky behaviours among adolescents in nine sub-Saharan African countries: evidence from Global School-based Student Health Survey 2012–2017

Objective Overweight and obesity constitute a new challenge in low-income and middle-countries. The obesity prevention programme, called ‘5-2-1-0’, promotes healthy eating habits, physical activity and limited screen time among young people. This study aimed to assess adherence to the ‘5-2-1-0’ recommendations and to study multiple risky behaviours among adolescents in nine countries in sub-Saharan Africa. Methods Meta-analyses with a random effect were used to calculate overall prevalence. Non-random patterns of the co-occurrence of the four risky behaviours were explored using observed/expected prevalence ratios. Data came from the Global School-based Health Survey and 18 314 adolescents were considered. Results Among the participants, 12.7% (95% CI 7.5% to 19.0%) had overweight and 3.2% (95% CI 1.1% to 6.1%) had obesity. In almost all countries studied, girls were more affected by overweight and obesity than boys. While only 0.2% (95% CI 0.1% to 0.4%) of the adolescents fully complied with the recommendations, 4.8% (95% CI 3.1% to 6.9%), 28.4% (95% CI 22.4% to 34.8%), 43.8% (95% CI 41.9% to 45.8%) and 17.0% (95% CI 11.8% to 23.0%), respectively, combined 1, 2, 3 and 4 risky behaviours among the four ‘5-2-1-0’ criteria. The most observed combination was found for co-occurrence of three risky behaviours: insufficient fruit/vegetables consumption, physical activity and non-zero consumption of sugar-sweetened beverages. Conclusion In conclusion, the insufficient adherence to ‘5-2-1-0’ recommendations and the high prevalence of the co-occurrence of risky behaviours underscore the need to strengthen health interventions and programmes to prevent obesity among adolescents in sub-Saharan Africa.info:eu-repo/semantics/publishe

Impact of young age on platinum response in women with epithelial ovarian cancer: Results of a large single-institution registry

International audienceObjective: In young women, EOC is a rare disease with an uncertain genetic and biological substrate. Methods: We report a long follow-up of EOC patients treated at Gustave Roussy between 1990 and 2009. We matched young patients aged ≤30 years to randomly selected older patients aged ≥40 years according to known prognostic factors (i.e. FIGO stage, histology and surgical residual disease) and the date of diagnosis with a threshold at the year 2000 to balance the treatment procedures. Results: EOC was diagnosed in 68 patients aged ≤30 years matched with 111 patients aged ≥40 years. Low-grade (LG) (i.e. serous and endometrioid) (52%, n = 35) and mucinous (i.e. 23%, n = 16 infiltrative and 12% n = 8 expansile) tumors are prevalent. High-grade (HG) tumors are rare (7%, n = 5). Early stage diseases (53%, n = 36 FIGO I/II) are predominant. Response to platinum based chemotherapy is observed to be inferior in young patients as compared to matched older patients (ORR, 29 vs 84% p = 0.0002). For HG tumors the PFS is of 0% at 5 and 10 years in younger as compared to 30% in older patients. No difference in PFS (median 4.9 vs 9.8 ms, p = 0.58) and OS (not reached vs 15.3 ms, p = 0.47) is found overall among younger and older patients respectively. The median follow-up was 72 months (range, 11–288 months). No genetic abnormalities were found. Conclusions: Young EOC patients are most often diagnosed at an early FIGO stage with LG serous or mucinous histology. Tumors are significantly more resistant to platinum-based chemotherapy in younger patients

Pancréatite aiguë grave du patient adulte en soins critiques 2021

International audienc

Guidelines for the management of patients with severe acute pancreatitis, 2021

International audienceObjective: To provide guidelines for the management of the intensive care patient with severe acute pancreatitis.Design: A consensus committee of 22 experts was convened. A formal conflict-of-interest (COI) policy was developed at the beginning of the process and enforced throughout. The entire guideline construction process was conducted independently of any industrial funding (i.e. pharmaceutical, medical devices). The authors were required to follow the rules of the Grading of Recommendations Assessment, Development and Evaluation (GRADE®) system to guide assessment of quality of evidence. The potential drawbacks of making strong recommendations in the presence of low-quality evidence were emphasised.Methods: The most recent SFAR and SNFGE guidelines on the management of the patient with severe pancreatitis were published in 2001. The literature now is sufficient for an update. The committee studied 14 questions within 3 fields. Each question was formulated in a PICO (Patients Intervention Comparison Outcome) format and the relevant evidence profiles were produced. The literature review and recommendations were made according to the GRADE® methodology.Results: The experts' synthesis work and their application of the GRADE® method resulted in 24 recommendations. Among the formalised recommendations, 8 have high levels of evidence (GRADE 1+/-) and 12 have moderate levels of evidence (GRADE 2+/-). For 4 recommendations, the GRADE method could not be applied, resulting in expert opinions. Four questions did not find any response in the literature. After one round of scoring, strong agreement was reached for all the recommendations.Conclusions: There was strong agreement among experts for 24 recommendations to improve practices for the management of intensive care patients with severe acute pancreatitis

IMPact of the COVID-19 epidemic on the moRTAlity of kidney transplant recipients and candidates in a French Nationwide registry sTudy (IMPORTANT)

International audienceEnd stage kidney disease increase the risk of COVID-19 related death but how the kidney replacement strategy should be adapted during the pandemic is unknown. Chronic hemodialysis makes social distancing difficult to achieve. Alternatively, kidney transplantation could increase the severity of COVID-19 due to therapeutic immunosuppression and contribute to saturation of intensive care units. For these reasons, kidney transplantation was suspended in France during the first epidemic wave. Here, we retrospectively evaluated this strategy by comparing the overall and COVID-19 related mortality in kidney transplant recipients and candidates over the last three years. Cross-interrogation of two national registries for the period 1 March and 1 June 2020, identified 275 deaths among the 42812 kidney transplant recipients and 144 deaths among the 16210 candidates. This represents an excess of deaths for both populations, as compared with the same period the two previous years (mean of two previous years: 253 in recipients and 112 in candidates). This difference was integrally explained by COVID-19, which accounted for 44% (122) and 42% (60) of the deaths in recipients and candidates, respectively. Taking into account the size of the two populations and the geographical heterogeneity of virus circulation, we found that the excess of risk of death due to COVID-19 was similar for recipients and candidates in high viral risk area but four-fold higher for candidates in the low viral risk area. Thus, in case of a second epidemic wave, kidney transplantation should be suspended in high viral risk areas but maintained outside those areas, both to reduce the excess of deaths of candidates and avoid wasting precious resources