29 research outputs found
Phosphoproteomic characterization of viral infection
Phosphorylation is one of the most important post-translational modifications of proteins. Phosphorylation is a rapid and reversible way of modifying proteins; it is involved in the regulation of many cellular processes, serving as the main transducer of intracellular signaling cascades. It is possible to identify thousands of protein phosphorylation sites from a single sample with mass spectrometry (MS)-based phosphoproteomics. This is the main reason why MS-based phosphoproteomics is such an excellent method for revealing global changes in phosphoproteomes. Computational analysis of the MS data is vital for identifying the proteins and post-translational modifications. The data analysis steps in the phosphoproteomics workflow are also crucial for biological interpretation, e.g. identifying activated kinases and kinase substrates, as well as unravelling signaling pathways and networks.
Cells of the innate immune system are central players in the host defence against pathogens such as viruses. Their pattern-recognition receptors (PRRs) recognize pathogen-associated molecular patterns (PAMPs), which are conserved structures present in pathogens. The most important PAMPs in viral infections are the viral genomes and replication intermediates, and their detection evokes pro-inflammatory and antiviral responses in the infected cell. Host factors and signaling cascades that promote or inhibit virus infections can serve as potential drug targets. Since protein phosphorylation is vital for the progression of nearly all signaling cascades, there is an increasing interest in applying phosphoproteomics and combining it with bioinformatics in studying the regulation of cellular signaling under various conditions, including viral infections.
The main aim of the studies included in this PhD thesis was to characterize the global changes in the cellular phosphoproteomes of virus infected and dsRNA stimulated innate immune cells, and to identify the host proteins and cell signaling pathways involved in the early stages of the host response to Sendai virus (SeV), influenza A virus (IAV), and viral dsRNA. A computational analysis tool, named PhosFox, was developed for processing and comparing MS-based phosphoproteomic data generated by multiple database search algorithms. PhosFox was used for cross-sample comparisons of phosphopeptide identifications. PhosFox also facilitated the identification of those proteins whose phosphorylation was different between samples, and the clarification of phosphorylation sites not described in the literature. The findings from the phosphoproteomic data were explored further by implementing functional studies involving small interfering RNAs (siRNAs) and kinase inhibitors. There were extensive alterations in the phosphorylation of proteins in human epithelial cells and macrophages that were transfected with the synthetic dsRNA-mimic polyinosinic:polycytidylic acid (pI:C) or infected with SeV or IAV. Many of these proteins were determined to be members of pathways with little or no previously known role in the antiviral response to these particular viruses and viral PAMPs. Two novel host factors, RelA-associated inhibitor (RAI) and sirtuin 1 (SIRT1), were identified as negative regulators of dsRNA-induced apoptosis and NF-ÎșB regulated cytokine expression by combining 14-3-3 interactome and phosphoproteome characterizations. The p38 mitogen-activated protein kinase (MAPK) signaling pathway was found to be regulating cytokine expression and apoptosis in dsRNA-transfected human keratinocytes. MAPK signaling pathways were also regulated in SeV and IAV infected cells. The mTOR signaling pathway was shown to be critical for the interferon response and virus replication in SeV infected human lung epithelial cells. A substantial number of those cellular proteins whose phosphorylation status changed after SeV or IAV infection or viral dsRNA challenge were involved in Rho GTPase signaling. Major changes in protein phosphorylation in IAV infected primary human macrophages were linked to cyclin-dependent kinases (CDKs). CDK activity was shown to be required for efficient viral replication and host response in IAV infection. Administration of one specific CDK inhibitor, SNS-032, also protected mice from IAV-induced death.
The studies included in this PhD thesis are some of the first to apply phosphoproteomics for characterizing host-virus interactions. They emphazise the benefit of applying phosphoproteomics and bioinformatics in innate immunity and viral research, i.e. it is possible not only to identify cell signaling pathways, but also the specific host factors that regulate the cellular responses to viral infections. The results of these studies underline the importance and the potential MS-based phosphoproteomics has in the discovery of novel host factors, which can serve as possible antiviral drug targets. In conclusion, the MS-based phosphoproteomics approach led to the discovery of novel host factors and cell signaling circuits in virus infected innate immune cells.Fosforylering Àr en enzymatisk process i celler dÀr en fosfatgrupp fÀsts t.ex. till ett protein. Fosforylering Àr en av de viktigaste post-translationella modifieringarna av proteiner och spelar en viktig roll i förmedlandet av intracellulÀra signaler och processer. Det Àr möjligt att identifiera tusentals protein-fosforyleringar med hjÀlp av mass spektrometri; sÄ kallad fosfoproteomik. Mass spektrometri-baserad fosfoproteomik Àr dÀrför en ypperlig metod för att undersöka omfattande förÀndringar i proteiners fosforylering, t.ex. i en cell eller vÀvnad. Datorstödda bioinformatiska analyser av det mass spektrometriska datat Àr avgörande för identifieringen av proteiner och deras modifikationer, men Àven för identifieringen av aktiva kinaser och deras substrat samt cellulÀra signaleringsrutter och nÀtverk.
Det naturliga immunsystemets celler spelar en central roll i försvaret mot patogener sÄsom virus och bakterier. Dessa celler har specialiserade receptorer som kan upptÀcka molekyler utmÀrkande för patogener, exempelvis nukleinsyror som tillhör virus. NÀr dessa upptÀcks av det naturliga immunförsvarets celler vÀcks en rad olika antivirala och inflammations-befrÀmjande reaktioner. Den infekterade cellens egna proteiner och signaleringsrutter kan gynna eller inhibera virusinfektioner och Àr dÀrmed potentiella föremÄl för antivirala lÀkemedel.
Det huvudsakliga syftet med studierna inkluderade i denna doktorsavhandling var att karakterisera de globala förÀndringarna i proteiners fosforylering i virusinfekterade och dsRNA-stimulerade mÀnskliga epitelceller och makrofager. Proteiner och cell signaleringsrutter med tidigare okÀnda eller dÄligt kÀnda roller i virusinfektioner upptÀcktes och undersöktes nÀrmare med funktionella studier omfattande siRNA molekyler och kinas inhibitorer. Dessutom utvecklades en programvara, PhosFox, för att analysera fosfoproteomik data genererat av mÄngahanda databas sökalgoritmer. PhosFox anvÀndes för att identifiera proteiner vars fosforylering var annorlunda i ett prov jÀmfört med ett annat och för att klargöra vilka fosforyliserade positioner i proteiner beskrivits tidigare i litteraturen.
Studierna i denna avhandling Àr bland de första dÀr fosfoproteomik anvÀnts för att karakterisera vÀxelverkan mellan virus och vÀrdcell och de betonar fördelarna av att anvÀnda fosfoproteomik och bioinformatik i vetenskapliga forskning som omfattar det naturliga immunförsvaret och virusinfektioner. Resultaten av studierna framhÀver betydelsen och potentialen som mass spektrometri-baserad fosfoproteomik har i upptÀckten av nya potentiella proteiner som reglerar virusinfektioner och dÀrmed kan fungera som objekt för antivirala lÀkemedel
Ăr sex och samlevnadsfrĂ„gor en del av patientarbetet pĂ„ reumatologisk mottagning? - ur ett verksamhetsperspektiv
Bakgrund: Varför upplevs det obekvĂ€mt att frĂ„ga patienter om hur deras samliv fungerar? De flesta yrkesutövare inom vĂ„rden tycker det Ă€r viktigt att frĂ„ga patienterna om deras samliv men det Ă€r bara ett fĂ„tal som faktiskt gör det. För patienter med reumatisk sjukdom kan symtomen utgöra begrĂ€nsningar för ett aktivt sexliv. Syfte: Undersöka om och hur olika yrkeskategorier initierar och hanterar frĂ„gor kring sex och samlevnad i patientarbetet pĂ„ reumatologisk mottagning Metod: En kvalitativ tvĂ€rsnittsstudie med semistrukturerad intervju dĂ€r urvalet gjordes genom bekvĂ€mlighetsurval med fĂ„ inklusionskriterier. Ă
tta deltagare representerade olika yrkeskategorier i teamet. Resultat: De största anledningarna till att deltagarna inte frÄgade sina patienter om sex och samlevnad orsakades av brist pÄ utbildning samt oro för att krÀnka sina patienter. Slutsats: BÀttre utbildning kan ge större trygghet i yrkesrollen vid sex och samlevnadsfrÄgor. FörbÀttrade riktlinjer och rutiner tydliggör vikten av sex och samlevnad som en del av patientarbetet
PhosFox : a bioinformatics tool for peptide-level processing of LC-MS/MS-based phosphoproteomic data
Peer reviewe
Specialist laboratory networks as preparedness and response tool - the Emerging Viral Diseases-Expert Laboratory Network and the Chikungunya outbreak, Thailand, 2019.
We illustrate the potential for specialist laboratory networks to be used as preparedness and response tool through rapid collection and sharing of data. Here, the Emerging Viral Diseases-Expert Laboratory Network (EVD-LabNet) and a laboratory assessment of chikungunya virus (CHIKV) in returning European travellers related to an ongoing outbreak in Thailand was used for this purpose. EVD-LabNet rapidly collected data on laboratory requests, diagnosed CHIKV imported cases and sequences generated, and shared among its members and with the European Centre for Disease Prevention and Control. Data across
the network showed an increase in CHIKV imported cases during 1 October 2018-30 April 2019 vs the same period in 2018 (172 vs
50), particularly an increase in cases known to be related to travel to Thailand (72 vs 1). Moreover, EVD-LabNet showed that strains were imported from Thailand that cluster with strains of the ECSA-IOL E1 A226 variant emerging in Pakistan in 2016 and involved in the 2017 outbreaks in Italy. CHIKV diagnostic requests increased by 23.6% between the two periods. The impact of using EVD-LabNet or similar networks as preparedness and response tool could be improved by standardisation of the collection, quality and mining of data in routine laboratory management systems
Specialist laboratory networks as preparedness and response tool - The emerging viral diseases-expert laboratory network and the chikungunya outbreak, Thailand, 2019
We illustrate the potential for specialist laboratory networks to be used as preparedness and response tool through rapid collection and sharing of data. Here, the Emerging Viral Diseases-Expert Laboratory Network (EVD-LabNet) and a laboratory assessment of chikungunya virus (CHIKV) in returning European travellers related to an ongoing outbreak in Thailand was used for this purpose. EVD-LabNet rapidly collected data on laboratory requests, diagnosed CHIKV imported cases and sequences generated, and shared among its members and with the European Centre for Disease Prevention and Control. Data across the network showed an increase in CHIKV imported cases during 1 October 2018-30 April 2019 vs the same period in 2018 (172 vs 50), particularly an increase in cases known to be related to travel to Thailand (72 vs 1). Moreover, EVD-LabNet showed that strains were imported from Thailand that cluster with strains of the ECSA-IOL E1 A226 variant emerging in Pakistan in 2016 and involved in the 2017 outbreaks in Italy. CHIKV diagnostic requests increased by 23.6% between the two periods. The impact of using EVD-LabNet or similar networks as preparedness and response tool could be improved by standardisation of the collection, quality and mining of data in routine laboratory management systems
Skapandet av en evidensbaserad amningsguide : Hur fullamningen kan frÀmjas
Detta examensarbete har utförts som en kvalitativ litteraturstudie med en tyngdpunkt pÄ amningshandledningen. Syftet med studien Àr att utreda hurdan kunskap och handledning nyblivna förÀldrar Àr i behov av under tiden pÄ barnsÀngsavdelningen för att amningen skall lyckas sÄ bra som möjligt. DÀrtill utreds i arbetet hur förlossningssjukhusets vÄrdpraxis pÄverkar amningen. Arbetet Àr en del av Prostar projektet i Lojo, och kommer Àven att fungera som en grund för en PowerPoint presentation som pÄ barns-Àngsavdelningen i Lojo sjukhus kommer att visas för svensktalande förÀldrar.
Den övergripande frÄgestÀllningen i arbetet Àr " Hur kan fullamningen frÀmjas?", och för att fÄ svar pÄ denna frÄga har denne spjÀlkats upp i tre underkategoriska frÄgor. Evidens samlades in via databaserna Medic och Cinalh, och dÀrtill inkluderades tre stycken artiklar frÄn praktiken pÄ Lojo sjukhus i och med Learning by developing-konceptet. Materialet bearbetades med en induktiv innehÄllsanalys som baserade sig pÄ Tuomi & SarajÀrvis (2002) teori. Resultatet av analysen speglades mot den teoretiska referensra-men som utgjordes av Katie Eriksson (1987) teori om att ansa, leka och lÀra.
UtifrÄn analysen steg tre huvudomrÄden upp, det vill sÀga hurudan handledning samt kunskap de nyblivna förÀldrarna Àr i behov av under tiden pÄ barnsÀngsavdelningen samt hur sjukhusets vÄrdpraxis pÄverkar möjligheten att lyckas med amningen. Under dessa huvudrubriker framkommer bland annat vikten av emotionellt stöd, uppmÀrksammandet av individuella behov och vikten av relevant och enhetlig information. Kunskapen som arbetet bidrar med kan bland annat anvÀndas för att förbÀttra pÄ amnings-handledningen samt pÄ lÄng sikt Àven höja pÄ amningsstatistiken i Finland.TÀmÀ opinnÀytetyö on tehty laadullisena kirjallisuustutkimusena ja teemana on imetysohjaus lapsivuodeosastolla. Tutkimuksen tarkoituksena oli selvittÀÀ millaista tietoa ja ohjausta vanhemmat tarvitsevat lapsivuodeosastolla, jotta imetys onnistuisi mahdollisimman hyvin sekÀ tutkia miten sairaalan hoitokÀytÀnnöt vaikuttavat imetykseen.TÀmÀ opinnÀytetyö on osa Lohjan sairaalan Prostar hanketta, ja työ toimii pohjana laatimaamme PowerPoint-esitykseen, joka imetyksen edistÀmiseksi tulee nÀytettÀvÀksi ruotsinkielisille vanhemmille Lohjan sairaalan lapsivuodesastolla.
OpinnĂ€ytetyön pÀÀkysymys on âMiten tĂ€ysimetystĂ€ voidaan edistÀÀ?â, ja saadaksemme tĂ€hĂ€n vastauksen asetettiin kolme alakysymystĂ€. Tiedonkeruu on tehty systemaattisesti kahdessa eri tietokannassa, Medic ja Cinahlissa. TĂ€mĂ€n lisĂ€ksi kolme artikkelia on saatu Lohjan lapsivuodeosastolta Learning by developing-toimintamallin myötĂ€. Materiaali on analysoitu laadullisella sisĂ€ltöanalyysillĂ€ joka perustuu Tuomi & SarajĂ€rvin (2002) teo-riaan. Teoreettisena viitekehyksenĂ€ on kĂ€ytetty Katie Erikssonin (1987) hoitoteoria hoivaamisesta, leikkimisestĂ€ ja oppimisesta.
Analyysin perusteella kolme pÀÀaluetta nousi esille, eli ohjaus ja tieto mitÀ vanhemmat tarvitsevat lapsivudeosastolla sekÀ miten sairaalan hoitokÀytÀnnöt vaikuttavat imetyksen onnistumiseen. Työn tulokset nÀyttÀvÀt muun muassa emotionaalisen tuen tÀrkeyttÀ, yksilöllisten tarpeiden huomioimista, ja merkityksellisen sekÀ yhdenmukaisen tiedon annon tÀrkeyttÀ. Tutkimuksen tulos osoittaa ettÀ imetysohjaus lapsivuodeosastolla on kehitettÀvissÀ. OpinnÀytetyön tulosten perusteella, lapsivuodeosastolla tapahtuva imetysohjaus voidaan parantaa, sekÀ Suomen imetystilastoja kohentaa.This thesis is a qualitative inductive study of breastfeeding counseling and the effect it has on the parents. The purpose of this study is to contribute knowledge and consequently be able to further breastfeeding statistics in Finland. The work is part of the Prostar project in Lohja and will serve as a basis for a powerpoint presentation that will be displayed for Swedish speaking parents at the maternity ward in Lohja.
The main issue in this thesis was, "How can we best promote breastfeeding postpartum? â. Evidence was gathered from databases Medic and Cinalh and also through a search for Hannula Leena's research articles. Additionally three articles from our practice in the hospital in Lohja were included to promote the Learning by Developing Concept. The material was processed with an inductive content analysis method based on Tuomi and SarajĂ€rvi's theory (2002). The result of the analysis was studied with the theoretical framework of Katie Eriksson theory (1987) about grooming, playing and learning.
Based on the analysis, three main areas rose from the material. These were what kind of guidance and knowledge the new parents are in need of and eventually also how the hospital's care practices directly affect breastfeeding. This includes for instance the importance of emotional support, individual needs and the need of relevant information
A Mututal Understanding of SOA â A Case Study at WM-data
Den nya tidens utmaningar stÀller allt högre krav pÄ effektivitet och flexibilitet hos
verksamheter. Traditionella informationssystem har svÄrt att tillmötesgÄ dessa krav. Den
serviceorienterade arkitekturen (SOA) betraktas som ett nÀsta steg i utvecklingen, med syfte
att hantera denna problematik. FörutsÀttningarna för att ett förÀndringsarbete skall lyckas kan
definieras i termer av överblickbarhet, samförstÄelse (medvetenhet) och meningsfullhet. En
lyckad övergÄng till SOA förutsÀtter att dessa faktorer har beaktats i förÀndringsarbetet.
Begreppet SOA Àr fortfarande nytt för mÄnga och dÀrmed kan förvÀntningar pÄ arkitekturen
variera stort. Syftet med vÄr studie Àr att belysa denna problematik och skapa förutsÀttning för
att uppnÄ en överblickbarhet över, samt en samförstÄelse och meningsfullhet kring ett
förÀndringsarbete som innebÀr att gÄ mot en SOA. Syftet med vÄr studie Àr att besvara
följande frÄgestÀllningar: Vilka faktorer Àr viktiga att beakta för att bedöma hur intressenter
förvÀntar sig att SOA skall ge nytta för verksamheten? Hur bedömer vi graden av
samförstÄelse kring förvÀntningen pÄ dessa faktorer? För att besvara frÄgorna har vi skapat en
modell vilket belyser en verksamhet i förhÄllande till SOA utifrÄn fem dimensionella aspekter.
Dimensionerna har vÀglett för identifiering och kategorisering av 25 faktorer som teoretiskt
motiveras som kritiska för att bedöma hur intressenter förvÀntar sig att SOA ska ge nytta för
verksamheten. Uppsatsen presenterar Àven ett verktyg för att belysa graden av samförstÄelse
kring dessa faktorer. Den empiriska bilden har skapats med stöd av modellen och dess
tillhörande frÄgeformulÀr genom ett praktikfall hos WM-data. Resultatet av vÄr empiriska
studie visar att en högre samförstÄelse kring intressenternas förvÀntningar pÄ SOA och dess
effekter i verksamheten Àr nödvÀndig för att ett förÀndringsarbete skall lyckas. Modellen
bedöms utifrÄn anvÀnda valideringsformer som representativ och av hög kvalitet. DÀrmed kan
modellens syfte betraktas som uppfyllt. DÀremot kan inte modellen sÀgas vara generell, dÄ den
endast har applicerats pÄ ett studieobjekt.
Denna uppsats Àr skriven pÄ svenska
Varastonhallinnan haasteet hoitologistiikassa
Sairaaloiden menoista jopa 30â40 prosenttia kytkeytyy erilaisiin logistisiin prosesseihin. KehittĂ€mĂ€llĂ€ ja parantamalla logistisia prosesseja sairaalat voisivat eliminoida jopa puolet logistiikkakustannuksista. Parantamalla sisĂ€logistisia prosesseja ja materiaalivirtojen ohjausta voidaan kohentaa organisaatioiden kustannustehokkuutta samalla saavuttaen korkeatasoista palvelutasoa. Hoitologistiikkapalvelun myötĂ€ voidaan esimerkiksi tehostaa varastonhallintaa, pienentÀÀ varastoon sitoutunutta pÀÀomaa ja vapauttaa hoitohenkilökunnan työaikaa potilas- ja hoitotyöhön.
OpinnÀytetyön tavoitteena oli tehdÀ nykytilaanalyysi Uuden lastensairaalan leikkaus- ja anestesiayksikön varastonhallinnasta ja selvittÀÀ mitkÀ asiat toimivat hyvin ja millaisia haasteita ja kehittÀmiskohteita löytyy. Tutkimus selvitti leikkaus- ja anestesiayksikön tÀmÀnhetkistÀ varastonhallintaa hoitologistikkojen nÀkökulmasta.
Teoriaosuudessa kÀsiteltiin tilaus- toimitusketjua ja logistiikkaa, varastoja ja varastonhallintaa sekÀ sairaaloiden logistisia prosesseja. Empiriaosuudessa tutkimusmenetelmÀnÀ kÀytettiin kvalitatiivista eli laadullista tutkimusta. TiedonkeruumenetelminÀ kÀytettiin teemahaastatteluja ja havainnointia.
Tutkimustulokset osoittivat, ettÀ hoitologistikot olivat suhteellisen tyytyvÀisiÀ leikkaus- ja anestesiayksikön varastonhallinnan nykytilaan. Tutkimuksessa nousi kuitenkin esille useita erilaisia haasteita ja kehittÀmiskohteita. Hoitologistikot kokivat, ettÀ varastonhallinnan prosessit ja toiminnot ovat hyvin manuaalisia ja toivottiin, ettÀ toiminta olisi nykyaikaisempaa. Haastatteluissa nousi vahvasti esille esimerkiksi se, ettÀ hoitologistikot toivoivat enemmÀn reaaliaikaista tietoa sekÀ teknologioita ja jÀrjestelmiÀ, jotka tukisivat ja tehostaisivat varastonhallinnan prosesseja ja toimintoja ja mahdollistaisivat varastonhallinnan tavoitteiden parempaa saavuttamista. Haastatteluissa hoitologistikot toivat esille sen, ettÀ laajat toimitus- ja saatavuusongelmat ovat tuottaneet paljon haasteita varastonhallinnassa viimeisten vuosien aikana
Elevers motivation i dagens samhÀlle - undersökning med elever och lÀrare
Undersökningens syftet Àr att ta reda pÄ vad som motiverar elever i dagens samhÀlle. Vi har anlagt ett samhÀllsperspektiv pÄ undersökningen för att se om det finns faktorer i samhÀllet som pÄverkar elevers motivation. VÄra teoretiska utgÄngspunkter Àr tagna i samhÀllsvetenskapsteorier sÄsom postmoderna och sociokulturella. Vi har Àven anvÀnt oss av tvÄ teorier som behandlar motivationsperspektivet och dessa Àr Maslows behovstrappa samt den kognitiva motivationsteorin. Vi genomförde undersökningen med hjÀlp av kvalitativa intervjuer. Intervjuerna inkluderade sÄvÀl elever som lÀrare dÄ vi ansÄg att de skulle komplettera varandra.
Resultatet framhÄller att elever eftertraktar en undervisning som Àr anpassad efter deras verklighet, deras intressen och förmÄga, sÄ att de ska motiveras. FörÀldrarnas instÀllning och förvÀntningar har Àven den en avgörande faktor. LÀrarna i undersökningen nÀmner mÄnga delar som kan pÄverka elevernas motivation sÄsom, bakgrund, politiska beslut, skolans resurser samt sociala delar. Slutsatser vi har kunnat dra utifrÄn denna undersökning berör bland annat att det finns skillnad i motivation mellan könen, förÀldrarnas avgörande betydelse för elevens instÀllning och motivation, bristande resurser i skolan bidrar till att det Àr svÄrt att se till varje enskild individ och dess behov. Vi menar vidare att för att fÄ en full förstÄelse kring en elevs motivation sÄ gÀller det att se till ett helhetsperspektiv dÀr sÄvÀl inre som yttre faktorer kan bidra med en riktig förklaring
The C terminus of NS1 protein of influenza A/WSN/1933(H1N1) virus modulates antiviral responses in infected human macrophages and mice
Non-structural protein NS1 of influenza A viruses interacts with cellular factors through its N-terminal RNA-binding, middle effector and C-terminal non-structured domains. NS1 attenuates antiviral responses in infected cells and thereby secures efficient virus replication. Some influenza strains express C-terminally truncated NS1 proteins due to nonsense mutations in the NS1 gene. To understand the role of the NS1 C-terminal region in regulation of antiviral responses, we engineered influenza viruses expressing C-terminally truncated NS1 proteins using A/WSN/33(H1N1) reverse genetics and tested them in human macrophages and in mice. We showed that a WSN virus expressing NS1 with a 28 aa deletion from its C terminus is a more powerful inducer of antiviral responses than the virus expressing full-length NS1, or one with a 10 aa truncation of NS1 in vitro. Thus, our findings suggest that the C-terminal region of NS1 is essential for regulation of antiviral responses. Moreover, viruses expressing truncated NS1 proteins could be good vaccine candidates