Näytekuljetusten lämpötilapoikkeamien vaikutus kokoverenä saapuvien näytteiden analysointikelpoisuuteen

Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli selvittää yleisimpien kokoverinäytteiden säilyvyyttä poikkeavissa näytekuljetuslämpötiloissa. Tavoitteena oli, että tutkimuksen avulla Meilahden sairaalan automaatiopäivystyslaboratorio saisi alustavan toimintamallin siitä, miten näytekuljetuksissa poikkeaville lämpötiloille altistuneiden näytteiden kanssa tulisi toimia. Tutkimuksen pohjalta luotiin laboratorion käyttöön luonnos ohjeesta näytteiden lämpötilatestausta varten, sillä vastaavaa ohjetta ei tällä hetkellä ole. Analyyttien säilyvyyttä tutkittiin kirjallisuuskatsauksen avulla perehtymällä aikaisempiin tieteellisiin tutkimuksiin aiheesta. Tutkimukset rajattiin koskemaan kuuden tunnin säilyvyyttä kokoverenä, sillä suurin osa näytteistä kuljetetaan HUSLABin toimipisteissä erottelematta, ja kuljetukset kestävät pisimmillään kahdesta tunnista kuuteen tuntiin. Kirjallisuuskatsauksen perusteella kalium, glukoosi, laktaattidehydrogenaasi ja epäorgaaninen fosfaatti olivat kaikkein herkimpiä lämpötilamuutoksille. Muut opinnäytetyöhön sisällytetyt analyytit säilyivät verraten hyvin sekä matalissa että korkeissa lämpötiloissa. Suoria johtopäätöksiä näytteiden säilyvyydestä ei voitu tehdä, sillä käytetyt tutkimusmenetelmät, lämpötilat ja ajat sekä tilastolliset menetelmät erosivat toisistaan aikaisemmissa tutkimuksissa. Useimmiten tulokset olivat kuitenkin samansuuntaisia, joten tuloksia voi pitää suuntaa-antavina. Tuloksiin tulee suhtautua kriittisesti, sillä joiltain osin eri tutkimusten välillä oli eriäviä tuloksia. CLSI:n (Clinical and Laboratory Standards Institute) suosituksen mukaisesti tulee varmistua aikaisemman tutkimustiedon soveltuvuudesta yksittäisen laboratorion käyttöön.The purpose of our study was to report the validity of the results of some of the most common whole blood sample analytes exposed to variant temperature conditions. The information we gathered will be utilised by the HUSLAB Automation Laboratory of Meilahti Hospital, Helsinki, Finland, to develop an operational model for the cases of sample temperature deviations during regional transportation. We did a literature review of the studies of the effects of temperature on the results of several common laboratory analyses. The temperatures varied from 3 to 38 degrees Celsius. Our main focus was on the studies that involved sustaining these temperatures from at least two to six hours which were the minimum and maximum durations of the regional transports in the HUS service area. We found out that potassium, glucose, lactate dehydrogenase and inorganic phosphorus were the least stable analytes in prolonged variant temperatures. The other analytes included in our study were relatively stable in all the studied temperatures. The results were merely indicative, though, since as the Clinical and Laboratory Standards Institute recommended the applicability of previous research findings should be verified before deployment. Moreover, the methods used in the studies were not altogether similar and we found some sporadic contradictory results

A systematic comparison of data- and knowledge-driven approaches to disease subtype discovery

bbab314Typical clustering analysis for large-scale genomics data combines two unsupervised learning techniques: dimensionality reduction and clustering (DR-CL) methods. It has been demonstrated that transforming gene expression to pathway-level information can improve the robustness and interpretability of disease grouping results. This approach, referred to as biological knowledge-driven clustering (BK-CL) approach, is often neglected, due to a lack of tools enabling systematic comparisons with more established DR-based methods. Moreover, classic clustering metrics based on group separability tend to favor the DR-CL paradigm, which may increase the risk of identifying less actionable disease subtypes that have ambiguous biological and clinical explanations. Hence, there is a need for developing metrics that assess biological and clinical relevance. To facilitate the systematic analysis of BK-CL methods, we propose a computational protocol for quantitative analysis of clustering results derived from both DR-CL and BK-CL methods. Moreover, we propose a new BK-CL method that combines prior knowledge of disease relevant genes, network diffusion algorithms and gene set enrichment analysis to generate robust pathway-level information. Benchmarking studies were conducted to compare the grouping results from different DR-CL and BK-CL approaches with respect to standard clustering evaluation metrics, concordance with known subtypes, association with clinical outcomes and disease modules in co-expression networks of genes. No single approach dominated every metric, showing the importance multi-objective evaluation in clustering analysis. However, we demonstrated that, on gene expression data sets derived from TCGA samples, the BK-CL approach can find groupings that provide significant prognostic value in both breast and prostate cancers.Peer reviewe

Livsmiljöprogrammet Helmi 2021–2030 : Statsrådets principbeslut

Huvudsyftet med livmiljöprogrammet Helmi är att stärka den biologiska mångfalden i Finland och förbättra livsmiljöernas tillstånd genom att skydda och restaurera myrar samt återställa och vårda fågelvatten, vårdbiotoper och skogliga livsmiljöer samt småvatten och strandmiljöer. Syftet är även att främja ekosystemtjänster, vattenskydd och kolupptaget samt anpassningen till klimatförändringen. Nästan hälften av naturtyperna och 12 procent av arterna i Finland är hotade. Den främsta orsaken är att livsmiljöerna minskar och deras kvalitet försämras. Helmi-programmet är en viktig åtgärdshelhet i arbetet med att stoppa förlusten av den biologiska mångfalden i Finland. Programmets genomförande baserar sig på markägarnas frivillighet. I Helmi-programmet fastställs kvantitativa och kvalitativa mål fram till 2030 för att återställa och vårda livsmiljöer både inom och utanför skyddsområdena. Programmet genomförs genom 40 åtgärder, till vilka också hör åtgärder angående kommunikation och stärkandet av kunskapsunderlaget. Dessutom följer man upp programmets framsteg och effekt. Miljöministeriet och jord- och skogsbruksministeriet svarar för genomförandet av åtgärderna. De beräknade kostnaderna för Helmi-programmet för hela programperioden är cirka 423 miljoner euro. Programmet förbinder sig också till fortsättningen av METSO-programmet till 2026–2030, vilket beräknas kosta 332 miljoner euro

Helmi-elinympäristöohjelma 2021–2030 : Valtioneuvoston periaatepäätös

Helmi-ohjelman päätavoitteena on vahvistaa Suomen luonnon monimuotoisuutta ja parantaa elinympäristöjen tilaa suojelemalla ja ennallistamalla soita, kunnostamalla ja hoitamalla lintuvesiä, perinnebiotooppeja ja metsäisiä elinympäristöjä sekä pienvesiä ja rantaluontoa. Tavoitteena on myös edistää ekosysteemipalveluja, vesiensuojelua ja hiilensidontaa sekä ilmastonmuutokseen sopeutumista. Suomen luontotyypeistä lähes puolet ja lajeista 12 % on uhanalaisia. Suurin syy uhanalaistumiseen on elinympäristöjen väheneminen ja laadullinen heikkeneminen. Helmi-ohjelma on keskeinen toimenpidekokonaisuus Suomen luonnon monimuotoisuuden heikkenemisen pysäyttämisessä. Ohjelman toteutus perustuu maanomistajien vapaaehtoisuuteen. Helmi-ohjelmassa asetetaan vuoteen 2030 ulottuvat määrälliset ja laadulliset tavoitteet elinympäristöjen kunnostukselle ja hoidolle sekä suojelualueilla että niiden ulkopuolella. Ohjelma toteutetaan 40 toimenpiteellä, joihin kuuluu myös viestintään ja tietopohjan vahvistamiseen liittyviä toimia. Lisäksi seurataan ohjelman edistymistä ja vaikuttavuutta. Toimenpiteiden toteuttamisesta ovat vastuussa ympäristöministeriö ja maa- ja metsätalousministeriö. Helmi-ohjelman arvioidut kustannukset koko ohjelmakaudelle ovat noin 423 miljoonaa euroa. Tämän lisäksi ohjelmassa sitoudutaan METSO-ohjelman jatkamiseen 2026–2030, minkä kustannuksiksi arvioidaan 332 miljoonaa euro

A molecular-based identification resource for the arthropods of Finland

Publisher Copyright: © 2021 The Authors. Molecular Ecology Resources published by John Wiley & Sons Ltd.To associate specimens identified by molecular characters to other biological knowledge, we need reference sequences annotated by Linnaean taxonomy. In this study, we (1) report the creation of a comprehensive reference library of DNA barcodes for the arthropods of an entire country (Finland), (2) publish this library, and (3) deliver a new identification tool for insects and spiders, as based on this resource. The reference library contains mtDNA COI barcodes for 11,275 (43%) of 26,437 arthropod species known from Finland, including 10,811 (45%) of 23,956 insect species. To quantify the improvement in identification accuracy enabled by the current reference library, we ran 1000 Finnish insect and spider species through the Barcode of Life Data system (BOLD) identification engine. Of these, 91% were correctly assigned to a unique species when compared to the new reference library alone, 85% were correctly identified when compared to BOLD with the new material included, and 75% with the new material excluded. To capitalize on this resource, we used the new reference material to train a probabilistic taxonomic assignment tool, FinPROTAX, scoring high success. For the full-length barcode region, the accuracy of taxonomic assignments at the level of classes, orders, families, subfamilies, tribes, genera, and species reached 99.9%, 99.9%, 99.8%, 99.7%, 99.4%, 96.8%, and 88.5%, respectively. The FinBOL arthropod reference library and FinPROTAX are available through the Finnish Biodiversity Information Facility (www.laji.fi) at https://laji.fi/en/theme/protax. Overall, the FinBOL investment represents a massive capacity-transfer from the taxonomic community of Finland to all sectors of society.Peer reviewe

Migrating a Java application to Microsoft Azure : simplifying maintenance and scalability by migrating to a cloud-based solution

Kasvava tarve skaalautuville ja joustaville pilviratkaisuille on saanut monet organisaatiot harkitsemaan jo olemassa olevan infrastruktuurin siirtämistä pilvipalveluntarjoajien alustoille. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli tutkia prosessia, jossa Java-pohjainen sovellus siirretään Microsoft Azure -pilvipalveluun hyödyntämällä Azuren hallinnoituja palveluita keskittyen siirtymään liittyviin haasteisiin ja parhaisiin käytäntöihin. Päätavoitteena oli ymmärtää onnistuneen siirtymisen vaiheet ja saavutettavat edut, kuten yksinkertaistettu ylläpito ja parantunut skaalautuvuus. Tässä opinnäytetyössä käsitellyt tulokset on johdettu työn aikana tehdystä testauksesta, koska tuotantoympäristöä ei ollut vielä täysin siirretty Azureen. Migraation tulokset olivat lupaavia, ja sovellus osoitti parantunutta skaalautuvuutta, jolloin se pystyi mukautumaan käyttäjäkysyntään ilman suorituskyvyn heikkenemistä. Azuren hallittujen palveluiden käyttö vähensi infrastruktuurin ylläpidon kuormitusta. Haasteet, kuten tietokantarakenteen muokkaaminen ja kolmannen osapuolen palveluiden integrointi, vaativat erityistä huomiota, ja ne ratkaistiin huolellisella suunnittelulla ja perusteellisella testaamisella.The increasing demand for scalable and flexible cloud solutions has driven many organizations to consider migrating their existing infrastructure to cloud platforms. This thesis aimed to explore the process of migrating a Java-based application to Microsoft Azure with the help of Azure-managed services, focusing on the challenges and best practices involved in this transition. The primary objective was to understand the steps for a successful migration and the benefits that can be achieved, such as simplified maintenance and improved scalability. The results discussed in this thesis have been derived from testing done in a quality assurance environment, as the production environment had not yet been fully migrated to Azure. The results from the migration were promising, with the application showing improved scalability, allowing it to adapt based on user demand without compromising performance. The use of Azure-managed services reduced the overhead of maintaining infrastructure. Challenges such as migrating database relations and integrations with third-party services required specific attention and were resolved through detailed planning and thorough testing