DECRYPTING THE DIVERSITY OF MICROBIOME IN AQUACULTURE

Aquaculture can play an important role in reducing the overexploitation of natural re- sources and feeding the world’s growing population. However, the use of e.g., antibiotics in aquaculture can favor the development of resistant bacteria and jeopardize the safety of its products. Thus, this Ph.D. thesis aimed to contribute to the deciphering of aquaculture’s mi- crobiome and resistome, as well as to the understanding of the role of mobile genetic elements (MGE) in the dissemination of resistance genes in these environments. Several approaches were used, to obtain the results that most reflect the microbiome and resistome of seabream and bivalve mollusks from aquaculture. All microbiomes studied were very diverse, encompassing commensal and pathogenic bacteria from seabream and bivalve mollusks (e.g., Aeromonas,Kocuria, Pseudomonas and Vibrio genera), as well as bacteria important in human medicine (e.g., Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae). Twenty-one new se- quence types were described in Aeromonas spp., Citrobacter sp., Enterobacter spp., Shewanella spp., Staphylococcus sp. and Vibrio spp. Decreased susceptibilities to phenicols, oxytetracy- cline, β-lactams (namely carbapenems), quinolones, glycopeptides, mupirocin, erythromycin, and colistin were found. The resistome also revealed a great diversity of genes in all samples studied associated with antibiotics (e.g., blaTEM-1B, mecA, sul2, mcr-9.1), disinfectants (e.g.,formA-type), and heavy metals (e.g., sil) resistance. Twenty-five different genes related with increased virulence were also detected. Thirteen new β-lactams resistance genes were identi- fied (e.g., blaCTX-M-246, blaFOX-18, and blaOXA-958) and 35 other resistance genes, namely for antibi- otics (e.g., mcr-9 and qnrD2), heavy metals (e.g., emrA and mdtE) and disinfectants ( sitABCD- type), and virulence factors (e.g., astA and hlyF) were here described for the first time associated with aquaculture. Our results suggest that some of these resistance genes (e.g., erm(T)-type,qnrB19, catA1-type, tet(A), dfrA-type, aph(6)-Id, qacE∆ 1 and merA) are being disseminated by MGE such as plasmids, class 1 integrons, and Tn As1. These findings not only expand our knowledge about aquaculture’s microbiome and resistome, but also provide the necessary xiv information to implement the most suitable measures to control antibiotic resistance in aqua- culture environments.A aquacultura pode desempenhar um papel importante na redução da sobre-explora- ção dos recursos naturais e no fornecimento de alimentos para a crescente população mundial. No entanto, o uso de, por exemplo, antibióticos em aquacultura pode favorecer o desenvolvi- mento de bactérias resistentes e comprometer a segurança dos seus produtos. Assim, esta tese de Doutoramento teve como objetivo contribuir para a decifração do microbioma e resistoma em aquacultura, bem como compreender o papel dos elementos genéticos móveis na disse- minação de genes de resistência nestes ambientes. Foram usadas diversas abordagens com o intuito de obter os resultados que melhor refletem o microbioma e o resistoma das douradas e moluscos bivalves de aquacultura. Os microbiomas estudados apresentaram uma grande diversidade, englobando bactérias comensais e patogénicas das douradas e moluscos bivalves (ex.: os géneros Aeromonas, Kocuria, Pseudomonas e Vibrio), assim como bactérias importan- tes em medicina humana (ex.: Staphylococcus aureus, Escherichia coli e Klebsiella pneumo- niae). Foram descritos 21 novos sequence type em Aeromonas spp., Citrobacter sp., Entero- bacter spp., Shewanella spp., Staphylococcus sp. e Vibrio spp. Foram encontradas suscetibili- dades diminuídas aos fenicois, oxitetraciclina, β-lactâmicos (como carbapenemes), quinolonas, glicopéptidos, mupirocina, eritromicina e colistina. Também os resistomas revelaram uma grande diversidade de genes associados a resistências aos antibióticos (ex.: blaTEM-1B, mecA,sul2, mcr-9.1), desinfetantes (ex.: formA-type) e metais pesados (ex.: sil). Foram também dete- tados 25 genes diferentes, associados a uma maior virulência. Encontram-se aqui descritos 13 novos genes de resistência aos β-lactâmicos (ex.: blaCTX-M-246, blaFOX-18, blaOXA-958) e outros 35 genes de resistência, nomeadamente aos antibióticos (ex.: mcr-9 e qnrD2), metais pesados (ex.:emrA e mdtE) e desinfetantes ( sitABCD-type), e fatores de virulência (ex.: astA e hlyF) são aqui identificados pela primeira vez associados à aquacultura. Os nossos resultados sugerem que alguns destes genes de resistência (como erm(T)-type, qnrB19, catA1-type, tet(A), dfrA-type, aph(6)-Id, qacE∆ 1 e merA) estarão a ser disseminados por elementos genéticos móveis, como plasmídeos, integrões de classe 1 e Tn As1. Estes estudos não só ampliam o nosso conheci- mento sobre o microbioma e o resistoma em aquacultura, mas também providenciam a infor- mação necessária para a implementação das medidas mais adequadas ao controlo da resis- tência aos antibióticos em aquacultura

Contribuição para a avaliação da acumulação de arsénio e desenvolvimento de um método de especificação no processo de produção de algas

Mestrado em BiotecnologiaO crescente aumento no interesse de consumo de algas marinhas devido aos respetivos benefícios nutricionais, tem realçado a preocupação com a saúde humana devido à eventual presença de contaminantes e substâncias indesejáveis, nomeadamente o arsénio (As). O presente trabalho reporta o estudo da bioacumulação de arsénio por macroalgas (Fucus vesiculosus, Ulva rigida, Porphyra dioica e Gracilaria sp.) cultivadas de forma sustentável num sistema de aquacultura multi-trófica integrada (IMTA) operado pela empresa, ALGAplus, Lda. O interesse pela determinação de As inorgânico (iAs), arsenito e arsenato, nos alimentos é regido pelo conhecimento dos seus efeitos tóxicos em seres humanos, mesmo em baixas concentrações. Tornou-se assim importante a contribuição deste estudo para o desenvolvimento de um método de especiação de baixo custo (HPLC-HG-AFS), capaz de detetar e quantificar a presença de iAs nas macroalgas cultivadas pela ALGAplus, Lda. Os resultados evidenciaram que a maior acumulação de As ocorre no inverno presumivelmente devido à baixa taxa de crescimento das espécies, causando um aumento na concentração de As. Os resultados mostraram também que o aumento da acumulação de As seguiu a seguinte ordem: algas castanhas> algas vermelhas> algas verdes, sugerindo que as diferenças na concentração de As podem resultar das diferentes ordens taxonómicas. A metodologia analítica HPLC-HG-AFS demonstrou ser eficiente e adequada para o processo de especiação revelando ser uma possível alternativa aos métodos de elevado custo. As baixas concentrações de arsenito e arsenato obtidas nos estudos de especiação, evidenciaram, tomando como base a legislação francesa, que a ingestão das macroalgas cultivadas na ALGAplus, Lda não é tóxica para humanos.The increasing interest in edible macroalgae due to its nutritional benefits, has promoted the research about harmful contaminants and other unwanted substances, such as arsenic (As). The present work reports the study of the bioaccumulation of As by macroalgae (Fucus vesiculosus, Ulva rigida, Porphyra dioica and Gracilaria sp.) produced on a sustainable integrated multi-trophic aquaculture (IMTA) system, operated by ALGAplus, Lda. The interest in the determination of inorganic As (iAs), arsenite and arsenate, in food is governed by the knowledge of its toxic effects on humans, even at low concentrations. Thus, the development of a relatively inexpensive speciation method (HPLC-HG-AFS), reported in this study, contributed to an improvement in detection and quantification of the presence of iAs in macroalgae cultivated by ALGAplus, Lda. The results highlighted that the highest accumulation of As occurs in winter, presumably due to the low growth rate of the species, causing an increase in As concentration. The increase in As accumulation in macroalgae showed the following order: brown> red> green; suggesting that the differences in the concentration of As is the result of the different taxonomic orders. HPLC-HG-AFS has proved to be efficient and fit for purpose in this study of speciation, thus becoming a possible alternative to high costly methods. The low concentrations of iAs obtained during speciation, revealed, based on French legislation, that the ingestion of macroalgae produced in ALGAplus, Lda is not toxic to humans

Analytical methodologies for arsenic speciation in macroalgae: a critical review

Marine and estuarine macroalgae are increasingly used for direct consumption, due to its high content of essential nutrients. However, the toxicity of chemical forms of arsenic (As) present in macroalgae are becoming of great concern and an important research topic. This review will discuss the sophisticated analytical methodologies used for arsenic speciation, as well the investigation of cheaper and fit for purpose methods able to inform about the safety of macroalgae consumption. Furthermore, we will also discuss relevant speciation studies performed by various authors highlighting the methodologies and respective figures of merit for all components of As in macroalgae, not only inorganic As (iAs). Focusing on the steps prior to speciation, such as sample extraction and clean-up, it will be stressed the need to develop certified reference materials (CRMs) in order to assist in the validation of analytical methodologies for As speciation in macroalgae.publishe

Let’s save the bees! An environmental activism initiative in elementary school.

Science education research emphasizes the need to engage students in socio-scientific issues, empowering them to act in a substantiated manner. This study aims to understand the potential of a collective action initiative, focused on the decreasing honey production issue, and on the students’ empowerment for action. A qualitative research methodology was used with an interpretative stance. The participants were 26 3rd grade students and their teacher. Data was collected from the students written documents, and through an interview with the teacher. Results show that students’ engagement in collective action focused on the decreasing honey production issue, required them to mobilize their scientific knowledge to support their actions, as well as the development of several other competences. Students also became aware of the importance, for every citizen, to substantiate their knowledge in order to act, that acting is crucial to overcome issues that may persist and impact future generations, and that only by engaging in action can change take place. Another highlight was the students’ strong engagement in collective action, allowing them to raise awareness this issue in their local community

O Performance Prism como Ferramenta de Controlo de Gestão

O controlo de gestão tem um papel fulcral no que concerne a potencializar o desempenho organizacional, quer seja pelo controlo de custos, por servir de apoio à tomada de decisão ou mesmo pelo facto de alinhar os objetivos pessoais dos colaboradores com os objetivos estratégicos da organização. Para que estes objetivos sejam concretizados é essencial a existência de modelos de avaliação de desempenho que permitam estabelecer metas a atingir, sendo estas quantificadas por indicadores. Assim, surge o Performance Prism como um modelo de avaliação com foco em todos os stakeholders de uma organização.O objetivo desta dissertação é analisar o Performance Prism como ferramenta de controlo de gestão e estudar a aplicabilidade do mesmo no mundo empresarial em Portugal. Para concretizar este estudo, recorre-se a uma abordagem teórica dos temas inerentes ao controlo de gestão, como o seu conceito e origem e os seus princípios básicos. Posteriormente, para uma melhor compreensão do Performance Prism, analisa-se também outro modelo de avaliação de desempenho: o Balanced Scorecard. Desta forma, é possível fazer uma análise comparativa entre os dois modelos e determinar quais as principais diferenças e semelhanças. Para consubstanciar a pesquisa teórica, aplica-se uma metodologia mais prática, através da análise de um questionário realizado, maioritariamente, a profissionais da área financeira. De acordo com o estudo e respetivos resultados, é possível aferir que o Performance Prism ainda é pouco relevante no mundo empresarial, sendo conhecido por 17,13% dos inquiridos e aplicado por apenas 6,99% das empresas com controlo de gestão em que os inquiridos trabalham

Die Bedeutung der Maßnahme Clearing aus der Perspektive betroffener Jugendlicher

Nachdem die Bedeutung des frühzeitigen Einsetzens beruflicher Orientierungs- und Vorbereitungsmaßnahmen bei Jugendlichen mit Beeinträchtigungen erkannt wurde, erfuhr das „Clearing“, eine spezielle Form der Berufsorientierung, zunehmend Anerkennung und wurde schließlich 2003 von der Europäischen Kommission als „best-practise“-Methode ausgezeichnet. Diese Diplomarbeit verfolgte das Ziel, aufzuzeigen, wie Jugendliche mit Beeinträchtigungen diese Fördermaßnahme erleben und welche Bedeutung dieser aus deren Perspektive zukommt. Der Fokus liegt hinsichtlich der Zielgruppe auf TeilnehmerInnen mit sonderpädagogischem Förderbedarf, da diese die größte Gruppe in diesem Rahmen darstellen. Nach einer theoretischen Auseinandersetzung mit dem Thema, bei dem grundlegende Begriffe und spezifische Problemfelder beim Übergang Schule-Beruf erörtert sowie ein Überblick über arbeitsmarktpolitische Maßnahmen in dieser Phase gegeben wurde, erfolgte die Darstellung der empirischen Untersuchung. Im Rahmen dieser wurden auf der wissenschaftlich-methodologischen Basis des „Symbolischen Interaktionismus“ acht problemzentrierte Interviews mit Jugendlichen, die den Clearingprozess zum Zeitpunkt der Befragung durchliefen, geführt. Als Auswertungsmethode diente die „Qualitative Inhaltsanalyse“ nach Mayring. Es konnte anhand der Aussagen der befragten Jugendlichen festgestellt werden, dass dem Clearingprozess eine hohe Bedeutung zukommt. So vermittelten alle Interviewten, dass sie von der Teilnahme an dieser Maßnahme und der Sinnhaftigkeit derer überzeugt sind.When the importance of the early onset of professional orientation and preparatory activities for young people with disabilities has been identified, "Clearing", a special form of vocational guidance, gaining recognition and was finally honored as "best practice" method by the European Commission in 2003. The aim of this thesis is to show how young people with disabilities experience this funding program and the importance of these method from their perspective. The focus in regard to the target group of participants with special needs, as these represent the largest group in this context. After a theoretical discussion of the topic, in which the fundamental concepts and specific problem areas in the transition from school to work has been argued and an overview of labor market policies in this phase has been given, the presentation of empirical investigation followed. As part of these eight problem-centered interviews with young people who went through the clearing process at the time of the survey, were done conducted on the scientific and methodological basis of the "symbolic interactionism". The evaluation method was the "Qualitative Analysis" by Mayring. It could be inferred from the statements of the young people, that the clearing process plays a large role. So all interviewees communicated, that they believe in this measure and in the reasonableness of these method

Relação entre parâmetros fisiológicos e perceptivos durante caminhada em intensidade preferida em mulheres adultas previamente sedentárias

Orientador: Sergio Gregorio da SilvaCo-Orientador: Cosme Franklim BuzzacheraMonografia (bacharelado) - Universidade Federal do Paraná. Setor de Ciências Biológicas. Curso de Graduação em Educação Físic

Ana and Mia in the "new" network: comunities reunite anorexic and bulimic individuals in the Web 2.0

O artigo pretende, através de uma contextualização histórica, situar o movimento pró-anorexia e pró-bulimia difundido na Internet como um dos fenômenos característicos da cultura contemporânea, em muito pautada pela velocidade dos fluxos de informação e pela organização em rede. Partimos de um mapeamento cronológico da Internet, desde seu surgimento aos dias atuais, com a chamada Web 2.0. Em seguida, procedemos a uma descrição do movimento pró-ana e pró-mia, através de pesquisa empírica em diversos sites e comunidades virtuais. Por fim, desenvolvemos uma análise deste fenômeno, enfatizando sua relação com a rede e a cultura que proporcionaram seu desenvolvimento e expansão.The article seeks, through a historical contextualization, to situate the pro-anorexia and pro-bulimia movement broadcasted on the Internet as one of the characteristic phenomena of the contemporary culture, remarkably influenced by the speed of the information flows and network organization. We start with a chronological survey of the Internet, since its debut to present day, with the so-called Web 2.0. Then we proceed to a description of the pro-ana and pro-mia movement, through empirical research on several sites and virtual communities. Finally, we have developed an analysis of this phenomenon, emphasizing its relation to the network and culture that provided its development and expansion.