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Strategic communication and barriers to strategy implementation
This dissertation aims to understand and identify the barriers to strategic implementation, focusing, then, through an inquiry, in one of them, to make a deeper analysis of one of the variables.
To that end, this document begins by exploring what the concept of strategic management consists of, contextualizing history on this theme - from the 1950s to the present - and analyzing all its steps and processes - especially the moment of formulation, implementation and evaluation and control.
Subsequently, based on a poem and an interesting time from a cultural and communicational point of view, one begins to identify the importance that strategic communication has in the process of propagating a given individual idea or, in the terms that interests us most, within of an organization - whether ascending or descending, horizontal or vertical. In the organizational arena, business and communication are two
inseparable issues.
The last point ends with the connection to the most important part of these lines: the barriers to strategic implementation. In this part, it is explained more deeply in what this moment consists in its variances of application and it is immersed in the multiple possibilities that can cause the collapse of the plans orchestrated by the companies and the main responsible ones.
In the end, as a theoretical complement, a questionnaire was designed for a relatively large number of people who were confronted with the topics under discussion throughout this dissertation.Esta dissertação tem como objectivo fundamental compreender e identificar quais são as barreiras à implementação estratégica, focando, depois, através de um inquérito, numa delas, para fazer uma análise um pouco mais profunda sobre uma das variáveis.
Para tal, este documento começa por explorar no que consiste o conceito de gestão estratégica, fazendo uma contextualização história sobre este tema - desde os anos 50 até aos dias de hoje - e analisando todos os seus passos e processos - principalmente o momento de formulação, implementação e avaliação e controlo.
Posteriormente, com base num poema e numa época interessante do ponto de vista cultural e comunicacional, começa-se a identificar a importância que a comunicação estratégica detém no processo de propagação de uma dada ideia individual ou, nos termos em que mais nos interessa, dentro de uma organização - quer seja por via ascendente ou descendente, horizontais ou verticais. Na arena organizacional, empresas e comunicação são dois assuntos inseparáveis.
O último ponto desemboca com a ligação à parte mais importante destas linhas: as barreiras à implementação estratégica. Nesta parte, explica-se mais profundamente no que consiste este momento, nas suas variâncias de aplicação e mergulha-se nas múltiplas possibilidades que podem causar o colapso dos planos orquestrados pelas empresas e pelos principais responsáveis.
No fim, como complemento teórico, foi realizado um questionário destinado a número relativamente vasto de pessoas que foram confrontadas com os temas em discussão ao longo desta dissertação
Stoniness as status indicator of soil physical degradation: comparison between nativeand degraded soils
A pedregosidade (elementos grosseiros) dos solos é uma característica incontornável na análise de processos pedológicos, geoquímicos e geomorfológicos, sendo bastante significativa em várias áreas da Europa Mediterrânica. Os efeitos da pedregosidade superficial são notáveis em vários solos, tendo um papel importante na redução da erosão. O principal objetivo deste trabalho é testar uma metodologia de avaliação do estado de degradação física dos solos, usando como indicador o teor de elementos grosseiros presente nos 20 cm superficiais do solo. Selecionou-se duas áreas de amostragem: uma em condição assumida como climácica, ou seja, um local representativo de baixa degradação do solo, e outra em áreas queimadas, onde a degradação do solo é severa. Foram definidos aleatoriamente pontos em cada área, e delimitada uma superfície quadrada de 20 cm x 20 cm. Nesta área foram definidas diversas camadas, que foram colhidas separadamente até uma profundidade de 20 cm. A partir destas amostras determinou-se a massa, volume e densidade dos elementos grosseiros. Os resultados obtidos mostram que em casos de degradação severa o teor em elementos grosseiros à superfície é maior do que em condição não degradada, situação explicada pela remoção seletiva de elementos finos por erosão hídrica acelerada naquelas áreas.info:eu-repo/semantics/publishedVersio
A pedregosidade como indicador do estado de degradação física do solo: comparação entre solos climácicos e solos degradados
O solo é a camada superficial da crosta terrestre, cobre os continentes, constitui a interface
entre a terra, o ar e a água e aloja a maior parte da biosfera [1]. O solo é um recurso natural não
renovável à escala da vida humana, e como tal, é indispensável a sua conservação. Qualquer
tipo de perturbação deste recurso pode traduzir-se em danos no meio ambiente e nos
ecossistemas.
A pedregosidade (elementos grosseiros) dos solos é uma característica incontornável na análise
de processos pedológicos, geoquímicos e geomorfológicos, sendo bastante significativa em
várias áreas da Europa Mediterrânica, onde Trás-os-Montes se integra [2,3]. Os efeitos da
pedregosidade superficial são notáveis em vários solos, tendo um papel importante na redução
da erosão. Os solos mais representativos em Trás-os-Montes são os Leptosolos, principalmente
em áreas de xistos, de maior declive, caracterizando-se por serem limitados em profundidade e
terem um elevado teor de elementos grosseiros. A erosão dos solos é um problema que tem
vindo a aumentar ao longo dos últimos anos, devido principalmente ao impacto das atividades
humanas [3].
Com o trabalho desenvolvido pretende-se testar uma metodologia de avaliação do estado de
degradação física dos solos, usando como indicador o teor de elementos grosseiros presente nos
20 cm superficiais do solo. Foram assim selecionadas duas áreas de amostragem: uma em
condição assumida como climácica (Serra da Nogueira, sob carvalhal), ou seja, um local
representativo de degradação reduzida do solo e outra em áreas queimadas, onde a degradação
do solo é severa (Aveleda, Parque Natural de Montesinho, sob mato ardido).info:eu-repo/semantics/publishedVersio
Regulamentação nacional e internacional no âmbito dos produtos à base de canábis
Dissertação para obtenção do grau de Mestre no Instituto Universitário Egas MonizA Cannabis sativa L. é uma planta sobre a qual existe um interesse científico pelas suas propriedades medicinais, sendo, no entanto, notória a sua extensa utilização para fins recreativos. O crescimento da pesquisa sobre a planta da canábis e da sua utilização para fins medicinais tem promovido nos últimos anos uma alteração da regulamentação associada.
A presente monografia tem como objetivo analisar a regulamentação em vigor em Portugal referente aos produtos à base da planta da canábis, e comparar com a regulamentação internacional: Europa (Alemanha, França, Itália e Holanda) - cada Estado Membro tem autoridade a nível nacional para definir o quadro legal da canábis para fins medicinais (22 países permitem o uso de canábis medicinal) seguindo um conjunto de diretrizes dadas pela EMA; Estados Unidos da América; Canadá; Austrália e Israel. A escolha destes países em específico recaiu no avanço regulamentar que estes apresentam em todo o processo de cultivo, produção, distribuição, prescrição e dispensa.
Com a intensa procura de produtos à base da planta da canábis tornou-se necessário avaliar o mercado europeu e nacional. Nesta categoria para além dos medicamentos estão inseridos outros produtos como os cosméticos e os suplementos alimentares, mercado com grande expressão, cujo quadro regulamentar é discutível e pouco consensual.
Por fim as perspetivas futuras na utilização da planta da canábis para fins medicinais em Portugal parecem promissoras, no entanto, torna-se necessário passar “à prática”. Até à data, existe um número reduzido de medicamentos com AIM e ainda não existe nenhum produto no mercado com ACM, limitando a componente de prescrição e dispensa em farmácias comunitárias.Cannabis sativa L. is a plant that has been subjected to scientific interest due to its medicinal proprieties. However, it is also notorious, its extensive use for recreational purposes. The research increases about cannabis plant and its medicinal applications has been promoting associated regulation changes in the last few years.
The present monography has the objective to analyze the current regulation associated with products made from the Cannabis plant and compare with the International regulations: Europe (Germany, France, Italy and Netherlands), each country has the authority to change its own regulatory framework associated with the use of Cannabis for medicinal purposes (22 countries allow the use of medicinal Cannabis) following guidelines provided by EMA; United States of America; Canada; Australia and Israel. The guidelines are provided by these countries in specific due to the fact of having advanced regulation related with all the growing, production, distribution, prescription and dispensing processes.
With the increase demand of products made from the Cannabis plant, it has become necessary to evaluate the national and European markets. In this category, besides drugs, there are included cosmetic products and dietary supplements which is a market in expansion but with a debatable regulatory framework.
Lastly, future expectations of Cannabis use for medical purposes in Portugal look promising, however it will be needed to "put it into practice". So far there is a reduced number of products with MA and inexistent with “ACM” in the market, limiting the prescription and dispensing component in community pharmacies
A criatividade na composição visual: pintura e design publicitário
A presente dissertação de mestrado tem como campo de estudo o desenvolvimento do raciocínio criativo, e a influência da própria criatividade, na produção criativa de elementos visuais bidimensionais. Dada as diferentes naturezas e possibilidades da composição visual, o seguinte estudo é focado sobre duas áreas da produção visual: Pintura e Publicidade. É então, o objetivo desta investigação, comparar o raciocínio criativo, e o seu desenvolvimento, nas duas áreas, e assim averiguar se existem similaridades e/ou divergências entre cada uma das mesmas, sendo que ambas têm como objetivo a produção de um elemento de comunicação visual, seja este de natureza artística ou comercial.
A investigação teve como base a definição e estudo da criatividade, quer como capacidade cognitiva, como estudo filosófico, sendo analisadas diversas características subjacentes à mesma. Depois do levantamento do enquadramento teórico, apresentam-se os conceitos mais relevantes para o tópico de investigação, as principais ideias de suporte à reflexão crítica, assim como algumas questões inerentes à análise sintática do processo criativo.
Como casos de estudo, foi realizada uma investigação e análise de dados relacionados com a produção criativa de oito indivíduos, dos quais: quatro pintores e quatro criativos publicitários (três designers com trabalho de publicidade e propaganda, e um diretor de arte). Tendo em conta o objetivo, esses casos de estudo, focam-se em duas características do desenvolvimento criativo inerentes a cada indivíduo: perfil criativo e processo criativo. As conclusões retiradas da comparação, entre esses casos, dão então resposta às questões de investigação inicialmente propostas.The present master's thesis has as field of study the development of creative thinking, and the influence of creativity itself, in the creative production of two-dimensional visual elements. Given the different natures and possibilities of visual composition, the following study focuses on two areas of visual production: Painting and Advertising. It is the purpose of this investigation to compare creative thinking and its development in the two areas, and to ascertain if there are similarities and / or divergences between each one of them, both of which are aimed at producing an element of visual communication, be it of an artistic or commercial nature.
The research was based on the definition and study of creativity, both as cognitive ability and as a philosophical study. After the theoretical framework, the most relevant concepts for the topic of research are presented, which are the main ideas of support for critical reflection, as well as some issues inherent to the syntactic analysis of the creative process.
As case studies, an investigation and analysis of data related to the creative production of eight individuals was carried out, including four painters and four advertising creatives (three designers with advertising and publicity work, and one art director). Taking into account the purpose of this dissertation, these case studies focus on two characteristics of creative development inherent to each individual: creative profile and creative process. The conclusions drawn from the comparison between these cases, will then respond to the originally proposed research questions
As circulações interfuncionais em ambulatório : aplicação do Método Production Flow Analysis no Hospital de Santa Maria do Centro Hospitalar Lisboa Norte
Trabalho Final do Curso de Especialização em Administração HospitalarRESUMO - O Hospital de Santa Maria tem o seu maior desafio na procura de uma resposta à constante
alteração da procura, imposta pela redução do internamento face ao aumento dos atos
médicos e cirúrgicos realizados em ambulatório. Esta é a área de maior afluência do
hospital e a capacidade de gerir a circulação contínua de doentes, funcionários e bens
determina a eficiência do hospital no decorrer da sua vida útil.
Este estudo tem por objetivo caracterizar e analisar as circulações realizadas pelos doentes
no ambulatório do Hospital de Santa Maria com vista à sua racionalização.
A aplicação do método Production Flow Analysis identificou um conjunto de doentes com
uma distância percorrida muito superior ao que o autor considera expectável, alcançando
um máximo equivalente a 4,5 voltas a uma pista normalizada de atletismo. A análise dos
motivos de cada deslocação dos doentes permitiu verificar que, em alguns casos, estes não
correspondiam a uma prestação de cuidados de saúde ou a deslocação era evitável. O
estudo aponta para a influência da organização administrativa do hospital no aumento do
número de etapas, enquanto a organização funcional, à data do estudo, potenciava a
ocorrência de percursos mais longos em ambulatório.
Os resultados deste estudo apresentam uma redução significativa das circulações
interfuncionais de doentes no ambulatório com a eliminação das deslocações
potencialmente evitáveis, em resultado de uma melhoria na organização administrativa, não
obrigando a intervenções dispendiosas e penosas nas instalações, para alcançar uma
prestação de cuidados mais eficiente, segura e de melhor qualidade.ABSTRACT - The Santa Maria Hospital has its greatest challenge on the search for an answer to the
constantly changing demand imposed by falling inpatient care and rising medical and
surgical procedures performed on an outpatient basis. The ambulatory department is the
busiest part of the hospital and the ability to manage the continuous flow of patients, staff
and goods will determine the efficiency of the hospital for all of the years of its use.
This study aimed to describe and analyse the movements of the patients at Santa Maria
Hospital in order to identify opportunities to streamline patient flows.
The use of Production Flow Analysis identified a set of patients with a distance far superior
to what the author expected, reaching a maximum equivalent to 4.5 laps around a standard
running track. Analysing the reasons for each movement within the hospital ambulatory
setting, it was possible to identify that some of them are not taking place for care delivery
and some are avoidable. The study points to the influence of the organizational structure on
the increasing number of stages and the hospital layout, at that time, boosted longer
journeys in the outpatient facilities.
The findings indicate that through administrative reorganization is possible to eliminate
patient movements that would significantly reduce the distance walked by patients, avoiding
a facilities conversion or extension negative impact, to achieve a more efficient, safer and
better quality healthcare
Genome-wide profiling of RNA polymerase II and associated co-transcriptional processes using advanced NET-seq data
Tese de mestrado, Bioinformática e Biologia Computacional (Biologia Computacional), Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2014A transcrição é o processo, presente em todos os seres vivos, em que a partir de uma cadeia molde de DNA se sintetiza uma cadeia complementar de RNA. A grande maioria dos genes em eucariotas é transcrita pela RNA polimerase II. A cadeia de RNA sintetizada não é, no entanto, o produto final, já que pode ser alvo de vários tipos de processamento, como splicing, poliadenilação ou edição de bases. Estes fenómenos foram já descritos como ocorrendo co ou pós-transcricionalmente. No entanto, não são ainda conhecidos todos os componentes, nem como são regulados estes processos ou qual a sua interação com a RNA polimerase II, em particular com o seu domínio carboxi-terminal (CTD). Para abordar estes problemas de uma forma não enviesada, optou-se por adaptar uma técnica anteriormente descrita, que abrange todo o genoma, de alto rendimento e precisão, a native elongating transcript sequencing (NET-seq); sendo ela modificada de modo a poder detetar qual o estado de fosforilação do domínio carboxi-terminal da polimerase isolada em cada ensaio. Ao novo protocolo chamou-se advanced NET-seq (ANET-seq). Para além dos dados gerados por este protocolo, foram também obtidos dados de RNA ligado à fração de cromatina (ChrRNA). Todos os dados foram obtidos de células HeLa, sendo esta a primeira instância em que um estudo de nível genómico com esta precisão de mapeamento foi aplicado em mamíferos. Análise inicial destes dados revelou uma distribuição das isoformas do CTD nos genes idêntica ao previamente descrito por outras técnicas. Adicionalmente, verificou-se também a captura de precursores do splicing, nomeadamente do 3’ do exão upstream, distintamente nos casos em que este é incluído no transcrito final. Estes exões aparecem principalmente associados a polimerase fosforilada na serina 5 do seu CTD. Outra observação curiosa foi a deteção de precursores do processamento de micro RNAs pelo complexo Drosha/DGCR8. Diferenças na deteção destes precursores permitiu postular diferentes dinâmicas para o processamento destes RNAs não codificantes. Também se obtiveram dados de ANET-seq (com anticorpo para fosforilação da serina 2) e ChrRNA de células HeLa transfetadas com siRNA contra fatores de terminação – Xrn2 – e processamento do terminal 3’ do pre-mRNA – CPSF73 e CstF64+CstF64τ. Análise destes dados permitiu concluir que os fatores de processamento, mas não o Xrn2, influenciam significativamente a dinâmica da polimerase na região 3’ do gene, no final da transcrição, promovendo a sua pausa e subsequente desassociação do DNA. Constatou-se também que estes fatores afetam a acumulação de polimerase junto ao promotor dos genes, afetando igualmente a produção de transcritos upstream do promotor (PROMPTs), podendo concluir-se que estes fatores participam na regulação da transcrição não-produtiva. Os resultados obtidos foram satisfatórios e também surpreendentes. Com este trabalho, é apresentada uma nova forma de estudar, ao nível do genoma, como ocorre a regulação da transcrição pelo CTD. Mostram-se também novas provas sobre processamento cotranscricional do RNA e a sua ligação à fosforilação do CTD. Foram igualmente elucidados os papéis de alguns fatores envolvidos na fase final da transcrição. Finalmente, ficou outra vez demonstrada a importância de estudos abrangentes na área da transcrição, em complemento dos trabalhos moleculares e bioquímicos já desenvolvidos há décadas. Esperase, de futuro, um aprofundamento das técnicas de alto rendimento, e uma consequente adequação das ferramentas bioinformáticas a estes estudos.Transcription is a process present in all living beings where, from a DNA template, a complementary RNA strand is synthesized. Most eukaryotic genes are transcribed by RNA polymerase II. The resulting RNA strand is not, however, the final product, since it’ll still be subject to various processing steps, such as splicing, polyadenylation or base editing. These modifications have been described as occurring co or post-transcriptionally. Yet, it is still not known how these processes are regulated, nor what all of their interveners are or how do they interact with RNA polymerase II, in particular with its C-terminal domain (CTD). To address these problems in an unbiased way, a previously described genome-wide and high-precision technique, native elongating transcript sequencing (NET-seq), was adapted so it could detect what was the phosphorylation isoform from the isolated polymerase’s CTD. The new protocol was called advanced NET-seq (ANET-seq). In addition to the data generated by this protocol, RNA associated with the chromatin fraction was also sequenced. All data was obtained from HeLa cells, applying this genome-wide high-resolution technique to a mammalian system. Initial analysis of ANET-seq data revealed that distribution of CTD isoforms in genes was similar to previously described profiles obtained by other protocols. Additionally, it was also verified the capture of splicing intermediates, in particular the 3’ end of the upstream exon, distinctively in cases where it was included in the final transcript. These exons are mainly associated with polymerase phosphorylated in the CTD’s Ser5. Another curious observation was the detection of micro RNA precursors, resulting from Drosha/DGCR8 processing. Differences in the detection of these precursors allowed the proposal of different processing dynamics for this type of non-coding RNAs. ANET-seq data (with a Ser2-directed antibody) and ChrRNA from HeLa cells transfected with siRNA for termination factor Xrn2 and 3’ processing factors CPSF73 and CstF64+CstF64τ were also obtained. The analysis of this data showed that 3’ processing factors, but not Xrn2, significantly influence Pol II dynamics in the gene’s 3’ region, at the end of transcription, promoting its pause and dissociation from the DNA template. It was also observed that these factors influence polymerase accumulation near gene’s promoters, and equally affect promoter upstream transcripts (PROMPTs), leading to the conclusion that these factors regulate termination of unproductive transcription. Obtained results were satisfactory and also sometimes surprising. This work presents a novel genome-wide way to study how transcription is regulated by the CTD. New evidence of cotranscriptional RNA processing arouse, as well as their connection with CTD isoforms. There were also new revelations about transcription termination factor’s functions. Finally, it was once again demonstrated the importance of genome-wide techniques in transcription study, which complete molecular and biochemical work in the same area that has been developed for decades. In the future, a greater development of high-throughput techniques, and a constant adaptation of bioinformatical tools to these studies is expected
Associated lawyers and law firms : the employment relationship
Dissertação de mestrado em Direito (Ciências Jurídico-Empresariais / Direito Laboral), apresentada à Faculdade de Direito da Universidade de CoimbraO modo tal como, classicamente, se exercia a advocacia – profissão liberal por
excelência -, isto é, individualmente e em prática isolada, em face do progresso da
tecnologia, da complexidade do tráfico negocial, e bem assim, da globalização, deu lugar
a um novo modelo.
Do advogado que exercia sozinho, em prática individual, num modelo puramente
liberal, passamos a vislumbrar a incessante implementação das sociedades de advogados,
da prática da advocacia por grupos, estruturados por especialidades e níveis de formação.
Paralelamente, multiplicam-se “os” e “a” figura do (s) advogados associados,
colaboradores das sociedades de advogados e que com ela estabelecem relação jurídica.
Contudo, a multiplicação do número de advogados qualificados de «associados», não foi
acompanhada, como seria expetável e até desejável, do competente regime jurídico. Esta
lacuna, potencia o chamado fenómeno da “proletarização das profissões liberais”, em
que o caráter laboral de muitas prestações fica na sombra, na penumbra do direito do
trabalho, quando, muitas vezes, geneticamente lhe pertence.
Ao invés, em Espanha, fruto da expansão subjetiva do direito laboral, o legislador
estabeleceu, normativamente, a relação jurídica especial dos advogados que prestam a
sua atividade para outros advogados, em escritórios individuais e/ou coletivos, atento o
elevado número de falsos trabalhadores autónomos que se vinham estabelecendo neste
campo. O mesmo se diga em França, em que o legislador soube acompanhar, não ficando
indiferente, às transformações económicas e sociais que perpetraram o campo das
profissões liberais.
Em Portugal o status quo mantém-se inalterado. Existem mecanismos jurídicos,
recentes, subaproveitados, o que potencia o recuo do direito do trabalho, da sua
normatividade e tutela.
No Brasil, a título exemplar, a relação estabelecida entre os advogados associados
e as sociedades de advogados, é largamente discutida, mas a precariedade real ou
potencial destes, não raras vezes, falsos prestadores de serviços que, alegadamente, são
apenas e somente advogados associados, mantém-se.
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Desde sempre que, no plano prático, é tarefa complexa descortinar a ténue
fronteira que é estabelecida entre o direito autónomo e o trabalho subordinado, e
certamente, não seremos nós a colocar termo a esta vexata quaestio.
Perdoe-se-nos a ousadia. Mas é precisamente deste estado de coisas, e da ausência
de uma competente regulamentação e tutela necessária, na relação firmada entre os
advogados associados e as sociedades de advogados, que nos propomos dissertar. Abstract
The manner in which traditionally law was practiced – liberal profession
par excellence – i. e., individually and in isolated practice, given the progress of
technology, the complexity of negotiating traffic, as well as globalization, has given rise
to a new model.
From the lonesome lawyer who practiced by himself, in private practice, within a
purely liberal model, we began to observe the ceaseless enforcement of law firms, the
practice of law by group, structured by field of expertise and level of training.
Simultaneously, there is a clear progression in associated law, in number and as
legal figure, as well as among law firms’ employees with whom they establish legal
relationship. However, the growing number of alleged “associated” lawyers, was not
followed, as one would expect and even desire, by the proper legal regime. This loophole
empowers the so-called “proletarianisation of liberal professions" phenomenon, in which
the professional character of many laboring provisions remain in the dark, in the
penumbra of labor law, when often it is his to belong by right of birth.
Instead, in Spain, as a result of subjective expansion in labor law, the legislator
normatively established the special legal relationship of lawyers who provide their
activity to other attorneys in individual offices and/or collective ones, given the
significant number of false independent workers who chose to practice in this field. The
same is true in France, where the lawmaker followed up and stood not indifferent to the
economic and social transformations that perpetrated the field of liberal professions.
In Portugal the status quo remains unchanged. There are recent yet underutilized
legal mechanisms, which strengthens the downturn of labor law, its normativity and
judicial protection.
In Brazil, per example, the relationship established between the associated
lawyers and law firms is widely discussed, but the true precariousness or potential of
these often false service providers, who are presumptively only and solely associated
layers, remains.
It has always been a complex practical task to unveil the fine line that is
established between the independent right and the subordinate labor, and we certainly
won’t be putting an end to this vexata quaestio.
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May we be excused in our boldness, but it is precisely by this state of affairs, and
in the absence of an appropriate regulation and necessary judicial protection, in the
established relationship between associated lawyers and law firms, that we propose to
discourse upo
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Tissue-specific adaptations of cell types
Cells are the building blocks of life, forming the vast diversity of tissues and organisms
in Nature. Across these, common cellular morphologies and functions have been
identified. High-throughput, multifactorial profiling of cells has grown exponentially
in recent years with the advent of single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq),
increasingly unravelling cell diversity. Nonetheless, it is not yet known how different
environments affect cellular phenotypes.
The work presented on this Thesis reports on the transcriptional variation of
cell types across tissues, by use of single-cell RNA-sequencing. This technology,
developed in the last 10 years, has greatly impacted our ability to distinguish cellular
heterogeneity by their gene expression in various tissues or conditions.
Chapter 1 outlines the impact of single-cell RNA-sequencing in cell biology, presenting
the technology as the natural progression of lower throughput or low-resolution
methods. The chapter then shows how cellular heterogeneity can be deconstructed
by analysing this type of genomics data. It then expands on how individual datasets
can be used to build models of cell type identity for automatic annotation, ultimately
outlining the need to create a global cell type census of a whole organism. A cell
compendium like this should be useful for automatic annotation, as well as to obtain
a cross-tissue integrative overview of cell identity.
The same chapter also delves into the topic of heterogeneity in immune cells. Due
to the evolutionary pressure they are subject to and ubiquitous nature across the
organism, these are some of the most diverse cell types in multicellular organisms.
Chapter 2 presents a deconstruction of T-regulatory cells’ phenotypes in different
mouse and human tissues using single-cell RNA-sequencing. The analysis in this
chapter will show how these cells are structured in subpopulations, and how they
adapt when migrating between lymphoid and non-lymphoid tissues. It will also assess
the conservation of gene expression programmes for the same populations between
mouse and human.
The creation of a global cell type reference is an endeavour that can facilitate
analysis of new data, and reveal novel insights about cell and tissue biology. Several datasets have now been produced, and a method that can efficiently integrate them
and prepare them for use as a reference is necessary. Chapter 3 details the development
of such method, exploring its strengths and how it can be improved, in a
mouse dataset. Chapter 4 then applies this pipeline to a collection of human data,
and shows how cell types relate across tissues, as well as how the human reference
can be used in a practical case.
Lastly, Chapter 5 summarises all chapters, providing an overview on how single cell
sequencing has changed what we know about tissue biology, and how listing cell
types and compiling them as a functional reference can help future developments in
life sciences.Funded by the European Union’s H2020 research and innovation programme ‘ENLIGHT-TEN’ under Marie Skłodowska-Curie grant agreement no. 675395
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