MDL and Wavelet Denoising with Soft Thresholding

We propose a soft thresholding approach to the minimum description length wavelet denoising. Our method is based on combining two-part coding with normalized maximum likelihood universal models to give a soft thresholding denoising criterion. Experiments with the proposed MDL soft thresholding method indicate that our denoising criterion leads to fairly similar performance as with the well-known VisuShrink method.JRC.G.4-Maritime affair

Finland: European Integration and International Human Rights Treaties as Sources of Domestic Constitutional Change and Dynamism

The Constitution Act of 1919 was replaced in 2000 by a new Constitution, which was amended in 2012. While the institution of exceptive enactments, which enables the adoption of laws that are in conflict with the Constitution, had earlier assumed a key role in constitutional adjustment for EU integration, the 2012 amendments expressed a constitutional commitment to EU membership and provided for the transfer of powers to the EU. As a result, exceptive enactments are no longer needed for such transfer. Instead of a constitutional court, a key role in constitutional review is played by the Constitutional Law Committee of Parliament through ex ante review of legislative proposals or other matters pending before Parliament, including proposals for EU legislation, for their compatibility with the Constitution and Finland’s international human rights obligations. From the late 1980s onwards, the constitutional tendency has increasingly been towards rights-based judicial review. Aside from the ECHR and other human rights treaties, EU membership has greatly contributed to both judicial empowerment and enhanced rights protection. Areas where EU law has presented constitutional challenges include: (a) the European Arrest Warrant, with regard to which Finland introduced constitutional and legislative safeguards for the sake of fundamental rights; (b) the Laval and Viking Line stream of case law; and (c) concerns around preserving ‘the quality of law’ when implementing EU law. In result of the ex ante constitutional review of the draft ESM Treaty, a change in the draft treaty stemming from constitutional concerns about increased financial liabilities without parliamentary control was proposed and achieved.Peer reviewe

Robust denoising of electrophoresis and mass spectrometry signals with minimum description length principle

AbstractThe need for high-throughput assays in molecular biology places increasing requirements on the applied signal processing and modelling methods. In order to be able to extract useful information from the measurements, the removal of undesirable signal characteristics such as random noise is required. This can be done in a quite elegant and efficient way by the minimum description length (MDL) principle, which treats and separates `noise' from the useful information as that part in the data that cannot be compressed. In its current form the MDL denoising method assumes the Gaussian noise model but does not require any ad hoc parameter settings. It provides a basis for high-speed automated processing systems without requiring continual user interventions to validate the results as in the conventional signal processing methods. Our analysis of the denoising problem in mass spectrometry, capillary electrophoresis genotyping, and sequencing signals suggests that the MDL denoising method produces robust and intuitively appealing results sometimes even in situations where competing approaches perform poorly

Vaellusesteiden purkaminen osana vaelluskalojen elinympäristökunnostuksia

Tämän selvityksen A-osiossa kerättiin yhteen tieteellisissä julkaisuissa esitettyä tutkimustietoa sekä virtavesien patoamisen että padon poistamisen ekologisista vaikutuksista. Vesien patoaminen on heikentänyt merkittävästi virtavesien habitaattien ja lajiston monimuotoisuutta. Patoaltaissa ovat virtavesiä suosineet lajit vähentyneet tai jopa kadonneet, ja niitä ovat korvanneet yleisemmät ja allasmaisempia olosuhteita suosivat lajit. Ihmisten kohdistamat toiveet vesistöjen hyöty- ja virkistyskäytölle ovat muuttuneet ja virtavesien monimuotoisuus koetaan yhä tärkeämmäksi. Vaellusesteiden purkaminen on tehokas tapa ennallistaa virtavesien yhtenäisyyttä ja mahdollistaa kalojen luontaiset vaellukset. Patojen purkamisessa suositeltiin yleisesti kiinnittämään erityistä huomiota purkamistöiden yhteydessä ja sen jälkeen mahdollisesti vapautuvan sedimentin hallitsemiseen. Purkutavan lisäksi vaikutuksien laajuuteen sekä ajoittumiseen vaikuttavat patorakenteiden koko ja säännöstellyn vesistön ominaispiirteet. Muutoksien havaitseminen voi tapahtua nopeasti tai se voi viedä vuosia. Selvityksen B-osiossa on esitetty esimerkinomaisesti kotimaisten patojen poistamisen ekologisen kriteeristön laatiminen hyödyntäen olemassa olevia aineistoja. Työn tavoitteena oli kohdistaa vaellusesteiden purkaminen ensimmäisenä niihin vaellusesteisiin ja vesistöihin, joilla saavutettaisiin mahdollisimman suuri ekologinen hyöty vaelluskalojen lisääntymisen kannalta. Työssä keskityttiin patojen poistamisen ekologiseen näkökulmaan ja kohdelajiksemme valikoitui taimen. Käytännössä päätöksiin patojen osittaiseen tai kokonaan purkamiseen vaikuttavat ekologisten tekijöiden lisäksi myös esimerkiksi alueen maankäyttö, tulvasuojelu, virkistyskäyttö ja matkailu, taloudellinen merkittävyys, vesioikeudelliset edellytysharkinnat ja kulttuuriperinnön säilyttäminen. Patojen purkamisella voi olla vaikutuksia myös alueen hydrologiaan, joten oletetut vaikutukset voivat olla osittain ristiriitaisiakin totutun maankäytön kannalta. Osasta patoaltaita ja niiden läheisyydessä olevia kosteikkoja on myös muodostunut tärkeitä virkistys- ja luontoarvoja tukevia kohteita, tai padot ovat merkittäviä maailman ruoan- ja sähköntuotannon kannalta. Näitä asioita ei tässä selvityksessä käsitelty, joten työ ei pyri olemaan kokonaisvaltainen selvitys tai opas patojen purkamiseen. Selvityksessä ei myöskään oteta kantaa siihen, mistä kohteista patoja voidaan poistaa. Ekologista selvitysosuutta täydennettiin esimerkeillä pienien voimalaitoksien nettonykyhyödyn taloudellisesta kannattavuusarvioinnista sekä virkistyskäyttöarvon arvioinnilla. Tämä sen vuoksi, että niistä ei ole aikaisemmin ollut helposti tutkimustietoa saatavilla. Selvitys toteutettiin osana maa- ja metsätalousministeriön koordinoimaa NOUSU-vaelluskalaohjelmaa sekä Luonnonvarakeskukselle ja Suomen ympäristökeskukselle asetettuja tulostavoitteita

Verotukseen perustuva ohjaus maatalouden ravinnepäästöjen rajoittamisessa

Tässä selvityksessä tarkastellaan missä maatalouden ravinnekuormitukseen kohdistuvan nykyisen ohjauksen keskeiset ongelmat ovat, mitä hyötyjä ja muita huomioon otettavia seikkoja liittyy mahdollisten verojen käyttöön sekä mihin maatalouden vesistökuormitusta rajoittavassa ympäristöohjauksessa tulisi tulevaisuudessa kiinnittää huomiota. Kehitettävät asiat liittyvät toisaalta toimenpiteiden kohdentamiseen ja toisaalta ohjauksen kannustavuuteen. Selvityksen vertailukohtana käytetään Euroopan Unionin yhteistä maatalouspolitiikkaa sekä siihen liittyvää ympäristötukijärjestelmää erityisesti tukijärjestelmän niiden toimenpiteiden osalta, joilla pyritään suoraan vaikuttamaan ravinteiden käyttöön maataloudessa. Selvityksessä todetaan, ettei lannoiteverolla yksinään pystytä korvaamaan nykyistä ympäristötukijärjestelmää eikä se toisaalta olisikaan mahdollisen veron tarkoitus. Nykyisessä järjestelmässä lannoitevero olisi ennen kaikkea tiedollisen ohjauksen tehostamiskeino. Lannoiteveron avulla olisi mahdollista jossain määrin tehostaa maatalouden vesiensuojelua. Maatalouden koko tuki- ja verojärjestelmän tarkastelu ennen seuraavaa tukijärjestelmäuudistusta olisi perusteltu etenemistapa

Zebavidin - An avidin-like protein from zebrafish

The avidin protein family members are well known for their high affinity towards D-biotin and high structural stability. These properties make avidins valuable tools for a wide range of biotechnology applications. We have identified a new member of the avidin family in the zebrafish (Danio rerio) genome, hereafter called zebavidin. The protein is highly expressed in the gonads of both male and female zebrafish and in the gills of male fish, but our data suggest that zebavidin is not crucial for the developing embryo. Biophysical and structural characterisation of zebavidin revealed distinct properties not found in any previously characterised avidins. Gel filtration chromatography and native mass spectrometry suggest that the protein forms dimers in the absence of biotin at low ionic strength, but assembles into tetramers upon binding biotin. Ligand binding was analysed using radioactive and fluorescently labelled biotin and isothermal titration calorimetry. Moreover, the crystal structure of zebavidin in complex with biotin was solved at 2.4 Å resolution and unveiled unique ligand binding and subunit interface architectures; the atomic-level details support our physicochemical observations.Public Library of Science open acces

Does General Parenting Context Modify Adolescents' Appraisals and Coping with a Situation of Parental Regulation? The Case of Autonomy-Supportive Parenting

Theory and research suggest that adolescents differ in their appraisals and coping reactions in response to parental regulation. Less is known, however, about factors that determine these differences in adolescents’ responses. In this study, we examined whether adolescents' appraisals and coping reactions depend upon parents’ situation-specific autonomy-supportive or controlling communication style (i.e., the situation) in interaction with adolescents’ past experiences with general autonomy-supportive parenting (i.e., the parenting context). Whereas in Study 1 (N = 176) adolescents’ perceived general autonomy-supportive parenting context was assessed at one point in time, in Study 2 (N = 126) it was assessed multiple times across a 6-year period, allowing for an estimation of trajectories of perceived autonomy-supportive parenting context. In each study, adolescents read a vignette-based scenario depicting a situation of maternal regulation (i.e., a request to study more), which was communicated in either an autonomy-supportive or a controlling way. Following this scenario, they reported upon their appraisals and their anticipated coping reactions. Results of each study indicated that both the autonomy-supportive (relative to the controlling) situation and the perceived autonomy-supportive parenting context generally related to more positive appraisals (i.e., more autonomy need satisfaction, less autonomy need frustration), as well as to more constructive coping responses (i.e., less oppositional defiance and submission, more negotiation and accommodation). In addition, situation × context interactions were found, whereby adolescents growing up in a more autonomy-supportive context seemed to derive greater benefits from the exposure to an autonomy-supportive situation and reacted more constructively to a controlling situation

Lyhimmän kuvauspituuden periaate kohinanpoistossa

Lyhimmän kuvauspituuden (minimum description length, MDL) periaate on informaatio- ja koodausteoriaan pohjautuva lähestymistapa tilastolliseen mallinnukseen. MDL-teoriassa tilastollinen mallinnus ajatellaan prosessina, jossa datasta etsitään säännöllisyyksiä. MDL-periaatteen mukaan paras malli kilpailevien mallien joukossa minimoi datan kuvauspituuden. Kohinanpoisto on eräs tilastollisen signaalikäsittelyn keskeisistä ongelmista Satunnaisten häiriöiden eli kohinan turmelemia signaaleja kohdataan jatkuvasti eri tekniikan ja tieteen osa-alueilla. Kohinanpoistossa kohinan vaikutukset poistetaan mahdollisimman hyvin käyttäen apuna datan tunnettuja tilastollisia ominaisuuksia. Viime vuosina datan aalloke-esitykseen (wavelet) perustuvat kohinanpoistomenetelmät ovat tulleet yhä suositummiksi. Tässä työssä kuvaillaan kaksi hyvin erilaista MDL-lähestymistapaa aallokekohinanpoistoon. MDL-LQ-menetelmä perustuu lineaarisen regressio-ongelman normalisoidun suurimman uskottavuuden ratkaisuun tilanteessa, jossa virhemitta on neliöllinen, eli kohina on oletettu normaalijakautuneeksi. MDL-histo-menetelmä pohjautuu datan histogrammikuvaukseen, eikä menetelmässä oleteta mitään kiinnitettyä muotoa kohinan jakaumalle. Kohinanpoistokokeita suoritetaan MDL-LQ- ja MDL-histo-menetelmien suoritustehon ja käyttäytymisen selvittämiseksi sekä kahden MDL-lähestysmistavan vertailemiseksi perinteisiin kohinanpoistomenetelmiin. Kokeet näyttävät että MDL-histo-menetelmä toimii hyvin erilaisissa olosuhteissa ja erilaisilla kohinan jakaumilla. MDL-LQ-menetelmän suorituskyvyn havaitaan heikkenevän suurilla kohinatasoilla. Työssä esitellään korjaus, joka parantaa MDL-LQ-menetelmän suorituskykyä