Desenvolvimento de ferramenta computacional para identificação de promotores Sigma 54 utilizando rede neural artificial

Orientadora: Profa. Dra. Liu Un RigoCo-orientadores: Roberto Tadeu Raittz, Paulo Afonso Bracarense CostaDissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa : Curitiba, 28/02/2012Inclui referências: p. 60-66Resumo: A transcrição de vários genes bacterianos é regulada por fatores sigma alternativos da RNA polimerase como o sigma 54 ou sigma N. A sequência consenso (mrNrYTGGCACG-N4-TTGCWNNw) do fator sigma 54 esta localizada 12 pares de bases acima do sitio de iniciação da transcrição e as bases mais conservadas estão localizadas nas posições -25/-24 (GG, 100% de conservação) e -13/-12 (GC, 96% de conservação). Algumas abordagens utilizando modelos ocultos de Markov (HMM) são reportadas em literatura para identificação de sequências promotoras em genomas completos. No entanto, estes métodos não apresentam resultados satisfatórios. Neste teste utilizamos um algoritmo que pré-seleciona candidatos a promotores sigma 54 baseando no padrão de conservação. Os candidatos são então classificados utilizando uma rede neuronal artificial treinada com um conjunto de sequências de promotores sigma 54 validados e um conjunto de sequências improváveis composto por metade apresentando o dois nucleotídeos "GG" e "GC" mais conservados e a outra metade com bases aleatórias. O método foi testado com o genoma da bactéria Herbaspirillum seropedicae, resultando em 3148 sequências candidatas com os padrões de conservação "GG" e "GC". Dentre estes, 126 são considerados regiões verdadeiras de ligação do fator de transcrição sigma 54 pela rede neuronal. Todas as sequências validadas de fatores sigma 54 em H. seropedicae foram identificadas pelo programa . Portanto, nossa abordagem é capaz de detectar fatores de transcrição sigma 54.Abstract: The transcription of many bacterial genes is regulated by alternative sigma factors of the RNA polymerase such as the sigma 54 or sigma N. The consensus sequence (mrNrYTGGCACG-N4-TTGCWNNw) of the sigma 54 promoter is located 12 base pairs upstream of the transcription start site and the most conserved bases are located at the positions -25/-24 (GG, 100% conservation) and -13/-12 (GC, 96% conservation). Several approaches using Hidden Markov Models (HMM) have been reported in the literature to identify promoter sequences in whole genomes. However, these methods frequently do not show satisfactory results. In this test we used an algorithm that pre-sort candidates for sigma 54 promoter sequences based on the presence of the conserved motifs. The candidates are then screened using an artificial neural network trained with a set of validated sigma 54 promoter sequences and another set of improbable sequences composed by half showing the two dinucleotides "GG" and "GC" most highly conserved and the another half with random bases. We also tested the method in the whole genome sequence of the bacterium Herbaspirillum seropedicae, resulting in 3148 candidate regions with the conserved GG and GC motifs. Out of these, 126 were considered true sigma 54-dependent promoter by the trained neural network. All the validated sigma 54 promoters of H. seropedicae were identified by our software. Therefore, our approach is capable of reliable detection of sigma 54 promoters

A Dialética Civil-Constitucional da Problemática da Quantificação do Dano Extrapatrimonial: imputações da violação do direito à honra

O presente artigo visa à análise das imputações da violação do direito à honra, acompanhada de oportuna visita em precedentes jurisprudenciais ao largo de todo o trabalho. Para tanto, inicialmente é elencado o rol de pressupostos que compõem os mais prestigiados entendimentos acerca da problemática da quantificação dos danos extrapatrimoniais. Consecutivamente, a segunda parte elucida o resultado do estudo dos principais juristas que se debruçaram sobre as atribuições jurídicas da tutela da honra, consoante à tendência metodológica civil-constitucional. Em desfecho, conclui-se que o mais fidedigno enquadramento das especificidades da responsabilização extrapatrimonial é mais bem obtido com a inserção do conceito da "compensatividade"

Desprescrição aplicada à polifarmácia / Description applied to polypharmacy

A polifarmácia representa atualmente um problema de grande importância no atendimento ao idoso em correlação com os eventos adversos a medicamentos, redução da funcionalidade e comprometimento da qualidade de vida. Com o envelhecimento populacional, esta tem se tornando cada vez mais frequente, uma vez que a maior prevalência de doenças crônicas não transmissíveis entre os indivíduos idosos resulta em uma maior utilização simultânea de múltiplos medicamentos, caracterizando um importante preditor de prescrição inadequada e potenciais riscos de iatrogenia na assistência geriátrica. Nesse sentido, polifarmácia associa-se à piora do estado físico e mental do paciente, torna-o mais susceptíveis à morbidade, à mortalidade e à maior utilização dos serviços de saúde. Evidencia-se assim, como ferramenta intervencionista, a desprescrição, definida como processo sistemático de redução ou suspensão de medicamentos com o objetivo de reduzir a polifarmácia e melhoras os desfechos de saúde dos idosos. Considera-se então, de acordo com evidencias observacionais, protocolos de intervenção que coadune na verificação das medicações em uso pelo paciente, avalie os riscos individuais e as potenciais reações adversas dos fármacos, priorize medicações a serem descontinuadas e, por fim, implementa a descontinuação, acompanhando o paciente a longo prazo. Desse modo, a desprescrição aplicada à polifarmácia traz à tona considerações de grande relevância sobre a melhora clínica e funcional dos pacientes, favorecendo a qualidade de vida do idoso e proporcionando-o menor vulnerabilidade a reações adversas

Pathways to change: improving the quality of education in Timor-Leste

After more than 400 years of Portuguese colonization and a 24-year period of Indonesian occupation, Timor-Leste became a fully independent state on May 20, 2012. Independence followed a period of extreme violence caused by the Indonesians, who destroyed homes, livelihoods and infrastructure and devastated schools before leaving the country. Since 2012, the country has resorted to international aid to reconstruct the country and rebuild its education system. Following the restructuring of the basic education, the country has recently implemented a new general secondary education curriculum, through international cooperation with Portuguese institutions. This article presents the new curriculum developed and puts forward some of the challenges regarding its implementation. Based on interviews conducted with several policy makers, findings suggest challenges related with the use of Portuguese language, the scientific and pedagogical training of teachers and the pedagogical and administrative management capacity in most secondary school

DESAFIOS DAS ORGANIZAÇÕES CONTÁBEIS ACERCA DO eSOCIAL APÓS SUA IMPLEMENTAÇÃO

Este artigo teve como objetivo analisar os desafios de organizações contábeis acerca do eSocial após sua implementação. Foi utilizado o método de pesquisa quantitativa, descritiva e de levantamento. O instrumento de coleta de dados foi um questionário validado e utilizado por Muller, Godoy Filho e Martins (2019), com 20 (vinte) questões fechadas. A população deste estudo foi de 2840 escritórios de Contabilidade da Grande Florianópolis/SC, obtendo-se uma amostra de 61 respondentes, que representa 2,15% da população. Os dados foram tabulados por meio do Google Formulários® e a técnica de análise de dados utilizada foi a estatística descritiva, segundo a distribuição de frequência relativa. Como principais resultados, foi possível observar que as organizações contábeis não estão preparadas em relação ao eSocial. Destaca-se também que apesar de grande maioria dos respondentes ter conhecimento do eSocial, mostram-se sem capacitação adequada. Por fim, constatou-se que apesar da baixa carga horária de participação em cursos, tem-se um alto conhecimento sobre o grau das penalidades aplicadas pelo eSocial

A notch methodology to estimate fretting fatigue strength

The aim of this work is to propose a methodology to estimate the fatigue limit of cylindrical contacts under a partial slip regime. Taylors point stress method, usually applied to estimate fatigue limit for notched structures, was associated with the Modified Wöhler Curves to define the fretting crack initiation thres hold methodology. Twenty-nine tests on cylindrical contacts were selected from the literature and considered to evaluate the quality of the estimates. The results agree well for twenty-three experimental data. As the fatigue limit under fully reversed bending is the fatigue parameter usually available for most metallic alloys, it was also showed how the second fatigue limit needed to calibrate the proposed procedure could be estimated by taking full advantage from other standard predictive methodologies previously devised to estimate the mean stress effect under uniaxial fatigue loading

Impactos hidrometeóricos na cidade de Sobral-CE: episódio do dia 03 de novembro de 2013.

A partir do presente trabalho foi realizada uma análise em torno dos impactos hidrometeóricos, causados pelo evento do dia 03 de novembro de 2013, para a cidade de Sobral-CE. O estudo tem como fundamento teórico-metodológico os ensinamentos de Monteiro (1976), tomando como base, o Sistema Clima Urbano, a partir do subsistema hidrometeórico, com o propósito de realizar um estudo que identifique os impactos oriundos de eventos climáticos responsáveis por variações extremas no ritmo climático. Procurou-se caracterizar a gênese do evento com base na dinâmica atmosférica regional aliada a componente geográfica, em particular o fator climático relevo, algo destacado por Monteiro (1973). O evento por si só demonstra violência e variações que fogem do ritmo habitual, a partir de impactos acentuados devido a interação socioambiental, reveladora das fragilidades ambientais e sociais, frente a problemática oriunda no ambiente urbano

Prevalência de fatores de risco cardiovasculares em adolescentes e comparação entre sexos

ABSTRACT: Objective: to describe and compare the prevalence of risk factors for cardiovascular disease in adolescents, according to sex. Method: cross-sectional study with elementary school students, aged between 12 and 13 years old, enrolled in a public school in São José do Rio Preto, SP. The following instruments were used for data collection: physical activity questionnaire for adolescents (FAQ), anthropometric data (weight, height, body mass index (BMI) and waist circumference), in addition to the six-minute walk test (6MWT)). The investigated outcomes were insufficient levels of physical activity, excess body weight and low functional capacity. Results: sixty-four adolescents were analyzed, 32 of each sex. The most prevalent cardiovascular risk factor was low functional capacity (76%), followed by insufficiently active level (59%). When comparing the sexes, it was found that low functional capacity was the most prevalent factor in both males (72%) and females (75%). Female adolescents had higher mean BMI (p=0.01) and waist/height ratio (p<0.001) and walked a shorter distance (p=0.03) in the 6MWT than male adolescents. Conclusion: it was observed that low functional capacity was the most prevalent risk factor, regardless of gender. Insufficient levels of physical activity were more prevalent in male adolescents and excess body weight was higher in female adolescents. Keywords: Adolescent; Risk factors; Cardiovascular diseases; Physical activity.RESUMO: Objetivo: descrever e comparar a prevalência de fatores de risco para doenças cardiovasculares em adolescentes, de acordo com o sexo. Método: estudo transversal com estudantes do ensino fundamental, com idades entre 12 e 13 anos, matriculados em uma escola pública em São José do Rio Preto, SP. Foram utilizados os seguintes instrumentos para coleta de dados: questionário de atividade física para adolescentes (QAFA), dados antropométricos (peso, estatura, índice de massa corporal (IMC) e circunferência da cintura), além do teste de caminhada de seis minutos (TC6). Os desfechos investigados foram níveis insuficientes de atividade física, excesso de peso corporal e baixa capacidade funcional. Resultados: foram analisados 64 adolescentes, sendo 32 de cada sexo. O fator de risco cardiovascular mais prevalente foi a baixa capacidade funcional (76%), seguida do nível insuficientemente ativo (59%). Na comparação entre os sexos, verificou-se que a baixa capacidade funcional foi o fator mais prevalente tanto no sexo masculino (72%) quanto no feminino (75%). As adolescentes do sexo feminino apresentaram maiores médias de IMC (p=0,01) e de razão cintura/estatura (p<0,001) e percorreram distância menor (p=0,03) no TC6 que os adolescentes do sexo masculino. Conclusão: observou-se que a baixa capacidade funcional foi o fator de risco mais prevalente, independentemente do sexo. Os níveis insuficientes de atividade física foram mais prevalentes nos adolescentes do sexo masculino e o excesso de peso corporal foi superior nas adolescentes do sexo feminino. Palavras-Chave: Adolescente; Fatores de risco; Doenças cardiovasculares; Atividade física

Comparação das técnicas onlay e sublay para correção de hérnia incisional : desfechos nos primeiros 30 dias pós-operatórios

BACKGROUND: The development of an incisional hernia is a common complication following laparotomy. It also has an important economic impact on healthcare systems and social security budget. The mesh reinforcement of the abdominal wall was an important advancement to increase the success of the repairs and reduce its long-term recurrence. The two most common locations for mesh placement in ventral hernia repairs include the premuscular (onlay technique) and retromuscular planes (sublay technique). However, until now, there is no consensus in the literature about the ideal location of the mesh. AIM: The aim of this study was to compare the two most common incisional hernia repair techniques (onlay and sublay) with regard to the complication rate within the first 30 days of postoperative care. METHOD: This study analyzes 115 patients who underwent either onlay or sublay incisional hernia repairs and evaluates the 30-day postoperative surgical site occurrences and hernia recurrence for each technique. RESULTS: We found no difference in the results between the groups, except in seroma formation, which was higher in patients submitted to the sublay technique, probably due to the lower rate of drain placement in this group. CONCLUSION: Both techniques of mesh placement seem to be adequate in the repair of incisional hernias, with no major difference in surgical site occurrences.RACIONAL: O desenvolvimento de hérnia incisional é uma complicação comum após laparotomias. Também tem um impacto econômico importante nos sistemas de saúde e no orçamento da previdência social. O reforço com tela da parede abdominal foi um avanço importante para aumentar o sucesso dos reparos e ajudou a reduzir sua recorrência em longo prazo. Os dois locais mais comuns para colocação de tela em reparos de hérnia incisional incluem os planos pré-muscular (técnica onlay) e retromuscular (técnica sublay). Porém, até o momento, não há consenso na literatura sobre a localização ideal da tela. OBJETIVOS: Comparar as duas técnicas de reparo de hérnia incisional mais comuns (onlay e sublay) em relação à taxa de complicações nos primeiros 30 dias de pós-operatório. MÉTODO: Analisar 115 pacientes submetidos a reparos de hérnia incisional onlay ou sublay e avaliar, como desfecho, as ocorrências de sítio cirúrgico no pós-operatório de trinta dias e a recorrência precoce para cada técnica. RESULTADOS: Não encontramos diferença nos resultados entre os grupos, exceto na formação de seroma, que foi maior nos pacientes submetidos à técnica de sublay, provavelmente pela menor taxa de colocação de dreno neste grupo. CONCLUSÃO: Assim, ambas as técnicas de colocação de tela parecem ser adequadas no reparo de hérnias incisionais, sem grande diferença nos desfechos precoces, relacionados a ao sítio cirúrgico