Olivier Cléach et Guillaume Tiffon (dir.), Invisibilisations au travail, des salariés en mal de reconnaissance, Toulouse, Éditions Octares, 2017, 349 p.

Près d’une trentaine de contributions provenant à la fois de sociologues de gestion et de sociologues généralistes se retrouvent dans cet ouvrage collectif coordonné par Olivier Cléach et Guillaume Tiffon. Il prend racine dans le colloque Processus d’invisibilisation et de reconnaissance au travail tenu à l’hiver 2012 par l’Association Française de Sociologie. La référence du titre à des processus contradictoires, soit d’une part celui de l’invisibilisation et de l’autre, celui de la reconnai..

Functionalization of amorphous nitrogenated carbon thin film electrodes for improved detection of cadmium vs. copper cations

International audienceThe specificity of a sensor relative to specific cations can be modified by functionalization of amorphous nitrogenated carbon thin film (a-C:Nx) electrodes. This surface modification was performed through the reduction of diazonium salts presenting different functionalities which could interact selectively with ions in solution. Cyclic voltammetry from +0.3 to −1.0 V vs. SCE was used for the grafting process leading to the formation of covalent CC bonds onto the film surface. The precursor concentration and number of cycles were optimized and correlated to the specificity and sensitivity for copper and/or cadmium ion detection. The coverage of the electrode was checked by cyclic voltammetry measurements using the Fe(CN)63−/4− system, interface charge transfer and contact angle. It showed that the electroreduction of diazonium salt and grafting of substituted aryl groups was effective on the surface of the a-C:Nx electrodes. A greater sensitivity of the electrode to Cd2+ was observed for the highest concentrations of precursors (4-amino benzene carboxylic acid (4-ABA)) compared to the pristine electrodes. Moreover, a marked decrease of cadmium sensitivity is noted after grafting but at the same time with a decreased influence of copper on the Cd2+ signal, indicating a better specificity of these functionalized sensor

Transcriptome annotation using tandem SAGE tags

Analysis of several million expressed gene signatures (tags) revealed an increasing number of different sequences, largely exceeding that of annotated genes in mammalian genomes. Serial analysis of gene expression (SAGE) can reveal new Poly(A) RNAs transcribed from previously unrecognized chromosomal regions. However, conventional SAGE tags are too short to identify unambiguously unique sites in large genomes. Here, we design a novel strategy with tags anchored on two different restrictions sites of cDNAs. New transcripts are then tentatively defined by the two SAGE tags in tandem and by the spanning sequence read on the genome between these tagged sites. Having developed a new algorithm to locate these tag-delimited genomic sequences (TDGS), we first validated its capacity to recognize known genes and its ability to reveal new transcripts with two SAGE libraries built in parallel from a single RNA sample. Our algorithm proves fast enough to experiment this strategy at a large scale. We then collected and processed the complete sets of human SAGE tags to predict yet unknown transcripts. A cross-validation with tiling arrays data shows that 47% of these TDGS overlap transcriptional active regions. Our method provides a new and complementary approach for complex transcriptome annotation

Analysis of adequacy levels for human resources improvement within primary health care framework in Africa

Human resources in health care system in sub-Saharan Africa are generally picturing a lack of adequacy between expected skills from the professionals and health care needs expressed by the populations. It is, however, possible to analyse these various lacks of adequacy related to human resource management and their determinants to enhance the effectiveness of the health care system. From two projects focused on nurse professionals within the health care system in Central Africa, we present an analytic grid for adequacy levels looking into the following aspects: - adequacy between skills-based profiles for health system professionals, quality of care and service delivery (health care system /medical standards), needs and expectations from the populations, - adequacy between allocation of health system professionals, quality of care and services delivered (health care system /medical standards), needs and expectations from the populations, - adequacy between human resource management within health care system and medical standards, - adequacy between human resource management within education/teaching/training and needs from health care system and education sectors, - adequacy between basic and on-going education and realities of tasks expected and implemented by different categories of professionals within the health care system body, - adequacy between intentions for initial and on-going trainings and teaching programs in health sciences for trainers (teachers/supervisors/health care system professionals/ directors (teaching managers) of schools...). This tool is necessary for decision-makers as well as for health care system professionals who share common objectives for changes at each level of intervention within the health system. Setting this adequacy implies interdisciplinary and participative approaches for concerned actors in order to provide an overall vision of a more broaden system than health district, small island with self-rationality, and in which they operate

Virtualia 2016. La réalité virtuelle au service de la recherche: Actes du séminaire organisé par le CIREVE à Caen (19 octobre 2016),

International audienceLe séminaire Virtualia est né en 2006 en même temps que le Centre Interdisciplinaire de Réalité Virtuelle (CIREVE) de l’Université de Caen Normandie. Son objectif est de permettre aux équipes associées au CIREVE d’exposer leurs méthodologies et les résultats de leurs travaux dans le domaine de la Réalité Virtuelle, tout en s’ouvrant à des communications extérieures. Il a connu quatre éditions de 2006 à 2009.2016 fut l’occasion de relancer VIRTUALIA et de concrétiser le partenariat avec les Universités de Rouen et du Havre dans le cadre de la COMUE. Une Structure Fédérative de Recherche « CIREVE » est en effet en cours de labellisation au sein de Normandie Université. 2016 est également une année importante car elle marque à la fois le dixième anniversaire du CIREVE et la finalisation d’une plate-forme de réalité virtuelle normande, unique en son genre sur le territoire français. Elle est composée d’une salle immersive quatre faces de 45 m2, équipée d’un tapis roulant particulièrement adapté pour l’analyse de la marche en temps réel (GRAIL de Motek Medical). Les calculateurs de cette salle immersive sont mutualisés avec un amphithéâtre attenant de 150 places, de manière que les expérimentations effectuées avec un sujet unique dans la salle immersive puissent être suivies par un auditoire nombreux (besoins de formation notamment). Les équipes utilisent le matériel au fur et à mesure des développements informatiques et de nouveaux protocoles d’expérimentation germent dans l’esprit des chercheurs qui voient dans la réalité virtuelle des possibilités de tests jamais atteintes.Une centaine de chercheurs utilise régulièrement le plateau technique CIREVE, dans des visées de recherche qui leur sont propres. Il est toutefois apparu qu’un certain nombre de problématiques concernaient toutes les disciplines et qu’une partie de la réflexion sur les mondes virtuels pouvait être mutualisée. Le séminaire VIRTUALIA permet d’offrir un espace de rencontre à ces chercheurs, issus d’horizons différents, pour discuter de l’utilisation de l’outil d’un point de vue épistémologique. Il est par exemple capital de s’interroger sur la notion de présence. Le sujet se comporte-il de la même façon dans l’environnement virtuel et dans le monde réel ? Les chemins de circulation choisis dans le modèle virtuel sont-ils les mêmes que ceux qui seraient empruntés en réalité ? Les conclusions établies dans le modèle virtuel sont-elles directement transposables à la réalité ? Un des enjeux du travail est d’évaluer la pertinence subjective des modèles virtuels, ce qui est capital avant de généraliser leur utilisation dans des actions de formation par exemple. L’utilisation d’une technologie n’est jamais complètement neutre. Dans le cadre des mondes virtuels, l’interaction de l’homme avec le monde de synthèse n’est possible qu’au travers de logiciels et d’interfaces matérielles. Il faut s’assurer que les processus cognitifs soient adéquats avant de s’interroger sur le résultat des simulations. Naturellement, le séminaire permet également à chaque discipline d’exposer les résultats des dernières recherches réalisées grâce à la réalité virtuelle.Les domaines scientifiques concernés par la réalité virtuelle sont multiples : les civilisations et les patrimoines culturels, la médecine, les neurosciences, la psychologie, les sciences du mouvement et du sport, l’ingénierie, l’informatique. L’Université de Caen Normandie étant pluridisciplinaire, le spectre des utilisations est très large. Elles se répartissent en trois axes principaux et un axe en émergence :LA REPRÉSENTATION : la réalité virtuelle permet de représenter et de visualiser, interactivement et en trois dimensions, des environnements disparus, dégradés, inaccessibles, ou des environnements futurs.Domaines concernés : civilisations, patrimoine, linguistique...L'EXPÉRIMENTATION : en permettant d'interagir en temps réel avec un monde numérique 3D, la réalité virtuelle offre de nouvelles perspectives d'expérimentations dans des environnements de plus en plus proches du réel et en même temps parfaitement contrôlables.Domaines concernés : santé, neuropsychologie, psychologie, activités physiques et sportives...LA CREATION ET LE DEVELOPPEMENT D’OUTILS : les informaticiens créent et testent des applications concernant les méthodes de navigation en monde virtuel, de restitution de la réalité.Domaine concerné : informatique.LA FORMATION (axe en émergence) : par la représentation de la connaissance, par les diverses possibilités d'expérimentation, la réalité virtuelle est un formidable outil de formation.Domaines concernés : sciences du langage, médecine, informatique (serious game, simulation...).Une partie importante de la réflexion développée lors du séminaire Virtualia 2016 a été consacrée aux enjeux sociétaux liés à la réalité virtuelle : notions de mémoire, d’apprentissage des gestes techniques, d’être humain « augmenté » etc. Les articles publiés attestent du savoir-faire, bien réel cette fois, que le CIREVE a acquis en termes de création de mondes virtuels pour représenter, expérimenter et former. La publication des actes du séminaire Virtualia vise à mettre en lumière des recherches particulièrement innovantes qui s’effectuent dans un cadre technologique exceptionnel.- S. Madeleine, Virtualia 2016. Introduction (et direction de l'édition)- J. Grieu, F. Lecroq, Th. Galinho, H. Boukachour, Environnements industriels virtualisés et processus d’apprentissage- Ph. Brunet, J. Dehut, Images 3D et humanités numériques : modélisation et restitution du geste théâtral- G. Lecouvey, J. Gonneaud, N. Legrand, G. Rauchs, F. Eustache, B. Desgranges, Réalité virtuelle et mémoire- N. Benguigui, C. Mandil, M. Mallek, L. Lejeune, R. Thouvarecq, Étude des liens entre perception et action dans des environnements virtuels- E.-G. Dupuy, A. Maneuvrier, E. Vlamynck, S. Besnard, B. Bienvenu, L.-M. Decker, Le syndrome d’Ehlers-Danlos type hypermobile : évolution des stratégies posturales en réponse à un programme de rééducation à visée somesthésique- C. Weismann-Arcache, Réalité virtuelle et humain augmenté : subjectivation, désubjectivation ?- L. Haddouk, Réalité psychique en visioconsultatio

The GenTree Dendroecological Collection, tree-ring and wood density data from seven tree species across Europe

The dataset presented here was collected by the GenTree project (EU-Horizon 2020), which aims to improve the use of forest genetic resources across Europe by better understanding how trees adapt to their local environment. This dataset of individual tree-core characteristics including ring-width series and whole-core wood density was collected for seven ecologically and economically important European tree species: silver birch (Betula pendula), European beech (Fagus sylvatica), Norway spruce (Picea abies), European black poplar (Populus nigra), maritime pine (Pinus pinaster), Scots pine (Pinus sylvestris), and sessile oak (Quercus petraea). Tree-ring width measurements were obtained from 3600 trees in 142 populations and whole-core wood density was measured for 3098 trees in 125 populations. This dataset covers most of the geographical and climatic range occupied by the selected species. The potential use of it will be highly valuable for assessing ecological and evolutionary responses to environmental conditions as well as for model development and parameterization, to predict adaptability under climate change scenarios

The FANCM:p.Arg658* truncating variant is associated with risk of triple-negative breast cancer

Abstract: Breast cancer is a common disease partially caused by genetic risk factors. Germline pathogenic variants in DNA repair genes BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, and CHEK2 are associated with breast cancer risk. FANCM, which encodes for a DNA translocase, has been proposed as a breast cancer predisposition gene, with greater effects for the ER-negative and triple-negative breast cancer (TNBC) subtypes. We tested the three recurrent protein-truncating variants FANCM:p.Arg658*, p.Gln1701*, and p.Arg1931* for association with breast cancer risk in 67,112 cases, 53,766 controls, and 26,662 carriers of pathogenic variants of BRCA1 or BRCA2. These three variants were also studied functionally by measuring survival and chromosome fragility in FANCM−/− patient-derived immortalized fibroblasts treated with diepoxybutane or olaparib. We observed that FANCM:p.Arg658* was associated with increased risk of ER-negative disease and TNBC (OR = 2.44, P = 0.034 and OR = 3.79; P = 0.009, respectively). In a country-restricted analysis, we confirmed the associations detected for FANCM:p.Arg658* and found that also FANCM:p.Arg1931* was associated with ER-negative breast cancer risk (OR = 1.96; P = 0.006). The functional results indicated that all three variants were deleterious affecting cell survival and chromosome stability with FANCM:p.Arg658* causing more severe phenotypes. In conclusion, we confirmed that the two rare FANCM deleterious variants p.Arg658* and p.Arg1931* are risk factors for ER-negative and TNBC subtypes. Overall our data suggest that the effect of truncating variants on breast cancer risk may depend on their position in the gene. Cell sensitivity to olaparib exposure, identifies a possible therapeutic option to treat FANCM-associated tumors

The GenTree Platform: growth traits and tree-level environmental data in 12 European forest tree species

Background: Progress in the field of evolutionary forest ecology has been hampered by the huge challenge of phenotyping trees across their ranges in their natural environments, and the limitation in high-resolution environmental information. Findings: The GenTree Platform contains phenotypic and environmental data from 4,959 trees from 12 ecologically and economically important European forest tree species: Abies alba Mill. (silver fir), Betula pendula Roth. (silver birch), Fagus sylvatica L. (European beech), Picea abies (L.) H. Karst (Norway spruce), Pinus cembra L. (Swiss stone pine), Pinus halepensis Mill. (Aleppo pine), Pinus nigra Arnold (European black pine), Pinus pinaster Aiton (maritime pine), Pinus sylvestris L. (Scots pine), Populus nigra L. (European black poplar), Taxus baccata L. (English yew), and Quercus petraea (Matt.) Liebl. (sessile oak). Phenotypic (height, diameter at breast height, crown size, bark thickness, biomass, straightness, forking, branch angle, fructification), regeneration, environmental in situ measurements (soil depth, vegetation cover, competition indices), and environmental modeling data extracted by using bilinear interpolation accounting for surrounding conditions of each tree (precipitation, temperature, insolation, drought indices) were obtained from trees in 194 sites covering the species’ geographic ranges and reflecting local environmental gradients. Conclusion: The GenTree Platform is a new resource for investigating ecological and evolutionary processes in forest trees. The coherent phenotyping and environmental characterization across 12 species in their European ranges allow for a wide range of analyses from forest ecologists, conservationists, and macro-ecologists. Also, the data here presented can be linked to the GenTree Dendroecological collection, the GenTree Leaf Trait collection, and the GenTree Genomic collection presented elsewhere, which together build the largest evolutionary forest ecology data collection available

Between but not within species variation in the distribution of fitness effects

New mutations provide the raw material for evolution and adaptation. The distribution of fitness effects (DFE) describes the spectrum of effects of new mutations that can occur along a genome, and is therefore of vital interest in evolutionary biology. Recent work has uncovered striking similarities in the DFE between closely related species, prompting us to ask whether there is variation in the DFE among populations of the same species, or among species with different degrees of divergence, i.e., whether there is variation in the DFE at different levels of evolution. Using exome capture data from six tree species sampled across Europe we characterised the DFE for multiple species, and for each species, multiple populations, and investigated the factors potentially influencing the DFE, such as demography, population divergence and genetic background. We find statistical support for there being variation in the DFE at the species level, even among relatively closely related species. However, we find very little difference at the population level, suggesting that differences in the DFE are primarily driven by deep features of species biology, and that evolutionarily recent events, such as demographic changes and local adaptation, have little impact